東北大学研究者紹介

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ヤマダ　ユウスケ

山田　悠介

Yusuke Yamada

所属

国際放射光イノベーション・スマート研究センター　展開研究部門　イノベーション展開セクション

職名

准教授

学位

博士（理学）（総合研究大学院大学）
修士（理学）（東京工業大学）

researchmap

https://researchmap.jp/yusuke_yamada

J-GLOBAL ID

201301002910638550

経歴 3

2024年4月～継続中

東北大学　国際放射光イノベーション・スマート研究センター　准教授
2022年12月～ 2024年3月

大学共同利用機関法人高エネルギー加速器研究機構　物質構造科学研究所　研究機関講師
2004年8月～ 2022年12月

高エネルギー加速器研究機構　物質構造科学研究所　助教

研究キーワード 12

X線結晶構造解析
構造生物学
低エネルギーSAD法
低エネルギーX線
放射光
タンパク質結晶構造解析
位相決定
X線結晶学
放射線損傷
SAD法
X線結晶解析
タンパク質

研究分野 3

ライフサイエンス / 構造生物化学 /
情報通信 / 機械力学、メカトロニクス /
情報通信 / ロボティクス、知能機械システム /

論文 57

Development of a direct reading system for an RFID-tagged Uni-puck in liquid nitrogen

M. Hiraki, N. Matsugaki, Y. Yamada, M. Hikita, T. Senda

Journal of Physics: Conference Series　2380　(1)　2022年

DOI： 10.1088/1742-6596/2380/1/012105 　

ISSN：1742-6588

eISSN：1742-6596
A fully automated crystallization apparatus for small protein quantities. 国際誌

Ryuichi Kato, Masahiko Hiraki, Yusuke Yamada, Mikio Tanabe, Toshiya Senda

Acta crystallographica. Section F, Structural biology communications　77　(Pt 1)　29-36　2021年1月1日

DOI： 10.1107/S2053230X20015514 　

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In 2003, a fully automated protein crystallization and monitoring system (PXS) was developed to support the structural genomics projects that were initiated in the early 2000s. In PXS, crystallization plates were automatically set up using the vapor-diffusion method, transferred to incubators and automatically observed according to a pre-set schedule. The captured images of each crystallization drop could be monitored through the internet using a web browser. While the screening throughput of PXS was very high, the demands of users have gradually changed over the ensuing years. To study difficult proteins, it has become important to screen crystallization conditions using small amounts of proteins. Moreover, membrane proteins have become one of the main targets for X-ray crystallography. Therefore, to meet the evolving demands of users, PXS was upgraded to PXS2. In PXS2, the minimum volume of the dispenser is reduced to 0.1 µl to minimize the amount of sample, and the resolution of the captured images is increased to five million pixels in order to observe small crystallization drops in detail. In addition to the 20°C incubators, a 4°C incubator was installed in PXS2 because crystallization results may vary with temperature. To support membrane-protein crystallization, PXS2 includes a procedure for the bicelle method. In addition, the system supports a lipidic cubic phase (LCP) method that uses a film sandwich plate and that was specifically designed for PXS2. These improvements expand the applicability of PXS2, reducing the bottleneck of X-ray protein crystallography.
Development of microspectrophotometer for the macromolecular crystallography beamline at the Photon Factory, Japan

Masahide Hikita, Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Masahiko Hiraki, Toshiya Senda

Acta Crystallographica Section A Foundations and Advances　75　(a2)　e735-e735　2019年8月18日
出版者・発行元： International Union of Crystallography (IUCr)
DOI： 10.1107/s2053273319088211 　

ISSN：2053-2733
Current status of sample exchange robots on the Photon Factory macromolecular crystallography beamlines

Masahiko Hiraki, Naohiro Matsugaki, Yusuke Yamada, Masahide Hikita, Toshiya Senda

Acta Crystallographica Section A Foundations and Advances　75　(a2)　e740-e740　2019年8月18日
出版者・発行元： International Union of Crystallography (IUCr)
DOI： 10.1107/s2053273319088168 　

ISSN：2053-2733
Long-wavelength native-SAD phasing: opportunities and challenges. 国際誌査読有り

Shibom Basu, Vincent Olieric, Filip Leonarski, Naohiro Matsugaki, Yoshiaki Kawano, Tomizaki Takashi, Chia-Ying Huang, Yusuke Yamada, Laura Vera, Natacha Olieric, Jerome Basquin, Justyna A Wojdyla, Oliver Bunk, Kay Diederichs, Masaki Yamamoto, Meitian Wang

IUCrJ　6　(Pt 3)　373-386　2019年5月1日

DOI： 10.1107/S2052252519002756 　

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Native single-wavelength anomalous dispersion (SAD) is an attractive experimental phasing technique as it exploits weak anomalous signals from intrinsic light scatterers (Z < 20). The anomalous signal of sulfur in particular, is enhanced at long wavelengths, however the absorption of diffracted X-rays owing to the crystal, the sample support and air affects the recorded intensities. Thereby, the optimal measurable anomalous signals primarily depend on the counterplay of the absorption and the anomalous scattering factor at a given X-ray wavelength. Here, the benefit of using a wavelength of 2.7 over 1.9 Å is demonstrated for native-SAD phasing on a 266 kDa multiprotein-ligand tubulin complex (T2R-TTL) and is applied in the structure determination of an 86 kDa helicase Sen1 protein at beamline BL-1A of the KEK Photon Factory, Japan. Furthermore, X-ray absorption at long wavelengths was controlled by shaping a lysozyme crystal into spheres of defined thicknesses using a deep-UV laser, and a systematic comparison between wavelengths of 2.7 and 3.3 Å is reported for native SAD. The potential of laser-shaping technology and other challenges for an optimized native-SAD experiment at wavelengths >3 Å are discussed.
RFID Tag System for Sample Tracking at Structural Biology Beamlines 査読有り

Masahiko Hiraki, Naohiro Matsugaki, Yusuke Yamada, Masahide Hikita, Masashi Yamanaka, Toshiya Senda

AIP Conference Proceedings　2054　060074　2019年1月
Classification of X-Ray Protein Crystallization Using Deep Convolutional Neural Networks with a Finder Module. 査読有り

Yusei Miura, Tetsuya Sakurai, Claus Aranha, Toshiya Senda, Ryuichi Kato, Yusuke Yamada

CoRR　abs/1812.10087　2018年
The first crystal structure of a family 129 glycoside hydrolase from a probiotic bacterium reveals critical residues and metal cofactors 査読有り

Mayo Sato, Dorothee Liebschner, Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Takatoshi Arakawa, Siobhan S. Wills, Mitchell Hattie, Keith A. Stubbs, Tasuku Ito, Toshiya Senda, Hisashi Ashida, Shinya Fushinobu

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY　292　(29)　12126-12138　2017年7月

DOI： 10.1074/jbc.M117.777391 　

ISSN：0021-9258

eISSN：1083-351X
Crystallographic analysis of murine p24γ2 Golgi dynamics domain. 査読有り

Nagae M, Liebschner D, Yamada Y, Morita-Matsumoto K, Matsugaki N, Senda T, Fujita M, Kinoshita T, Yamaguchi Y

Proteins　85　(4)　764-770　2017年4月

DOI： 10.1002/prot.25242 　

ISSN：0887-3585

eISSN：1097-0134
タンパク質X線結晶構造解析ビームラインにおける試料交換ロボットおよび試料準備協働ロボットの開発

平木雅彦, 中村哲朗, 桑原直之, 原田彩佳, 小祝孝太郎, 松垣直宏, 山田悠介, 引田理英, 千田俊哉

ロボティクス・メカトロニクス講演会講演概要集　2017　2A2-H10　2017年
出版者・発行元：一般社団法人日本機械学会
DOI： 10.1299/jsmermd.2017.2A2-H10 　

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<p>It is important to solve structures of bio-macromolecules (protein, etc.), for structure-based drug design as well as understanding of biological processes. One of the most popular methods for protein structure analysis is X-ray crystallography. Sample exchange robots have been developed and installed to protein crystallography beamlines at Photon Factory synchrotron in Tsukuba. A beamline BL-1A, one of the protein crystallography beamlines, was built for lower energy experiments. For effective lower energy experiments, we covered whole diffractometer with a helium chamber. In addition, we developed a new sample exchange robot to minimize a leak of helium gas. All BL-1A users have to prepare sample cassettes because BL-1A is the beamline for robot use only. Therefore, we are developing sample preparation robot so that even a beginner can prepare easily. The first X-ray experimental results of protein crystals prepared by a prototype of sample preparation robot are shown in this paper.</p>
Protein crystallography beamline BL2S1 at the Aichi synchrotron 査読有り

Nobuhisa Watanabe, Takayuki Nagae, Yusuke Yamada, Ayana Tomita, Naohiro Matsugaki, Masao Tabuchi

JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION　24　338-343　2017年1月

DOI： 10.1107/S1600577516018579 　

ISSN：1600-5775
Protein crystallography beamline BL2S1 at the Aichi synchrotron 査読有り

Nobuhisa Watanabe, Takayuki Nagae, Yusuke Yamada, Ayana Tomita, Naohiro Matsugaki, Masao Tabuchi

Journal of Synchrotron Radiation　24　(1)　338-343　2017年1月1日
出版者・発行元： International Union of Crystallography
DOI： 10.1107/S1600577516018579 　

ISSN：1600-5775 0909-0495
Crystal structure of an IclR homologue from Microbacterium sp strain HM58-2 査読有り

Tomonori Akiyama, Yusuke Yamada, Naoki Takaya, Shinsaku Ito, Yasuyuki Sasaki, Shunsuke Yajima

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS　73　(Pt 1)　16-23　2017年1月

DOI： 10.1107/S2053230X16019208 　

ISSN：2053-230X
On the influence of crystal size and wavelength on native SAD phasing 査読有り

Dorothee Liebschner, Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Miki Senda, Toshiya Senda

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-STRUCTURAL BIOLOGY　72　(Pt 6)　728-741　2016年6月

DOI： 10.1107/S2059798316005349 　

ISSN：2059-7983
In-situ data collection at the Photon Factory macromolecular crystallography beamlines 査読有り

Yamada Yusuke, Hiraki Masahiko, Matsugaki Naohiro, Kato Ryuichi, Senda Toshiya

PROCEEDINGS OF THE 12TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON SYNCHROTRON RADIATION INSTRUMENTATION (SRI2015)　1741　2016年

DOI： 10.1063/1.4952943 　

ISSN：0094-243X
Development of Sample Exchange Robot PAM-HC for Beamline BL-1A at the Photon Factory 査読有り

Hiraki Masahiko, Matsugaki Naohiro, Yamada Yusuke, Senda Toshiya

PROCEEDINGS OF THE 12TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON SYNCHROTRON RADIATION INSTRUMENTATION (SRI2015)　1741　2016年

DOI： 10.1063/1.4952852 　

ISSN：0094-243X
Expanded potential of seleno-carbohydrates as a molecular tool for X-ray structural determination of a carbohydrate-protein complex with single/multi-wavelength anomalous dispersion phasing 査読有り

Tatsuya Suzuki, Hisayoshi Makyio, Hiromune Ando, Naoko Komura, Masanori Menjo, Yusuke Yamada, Akihiro Imamura, Hideharu Ishida, Soichi Wakatsuki, Ryuichi Kato, Makoto Kiso

BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY　22　(7)　2090-2101　2014年4月

DOI： 10.1016/j.bmc.2014.02.023 　

ISSN：0968-0896

eISSN：1464-3391
New methodologies at PF AR-NW12A: the implementation of high-pressure macromolecular crystallography 査読有り

Leonard Michel Gabriel Chavas, Tadayuki Nagae, Hiroyuki Yamada, Nobuhisa Watanabe, Yusuke Yamada, Masahiko Hiraki, Naohiro Matsugaki

JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION　20　(Pt 6)　838-842　2013年11月

DOI： 10.1107/S0909049513020797 　

ISSN：0909-0495

eISSN：1600-5775
Improvement of an automated protein crystal exchange system PAM for high-throughput data collection 査読有り

Masahiko Hiraki, Yusuke Yamada, Leonard M. G. Chavas, Soichi Wakatsuki, Naohiro Matsugaki

JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION　20　(Pt 6)　890-893　2013年11月

DOI： 10.1107/S0909049513021067 　

ISSN：0909-0495

eISSN：1600-5775
Improvements toward highly accurate diffraction experiments at the macromolecular micro-crystallography beamline BL-17A 査読有り

Yusuke Yamada, Leonard M. G. Chavas, Noriyuki Igarashi, Masahiko Hiraki, Soichi Wakatsuki, Naohiro Matsugaki

Journal of Synchrotron Radiation　20　(6)　938-942　2013年11月

DOI： 10.1107/S0909049513022875 　

ISSN：0909-0495 1600-5775
Structural basis of preferential binding of fucose-containing saccharide by the Caenorhabditis elegans galectin LEC-6 査読有り

Hisayoshi Makyio, Tomoharu Takeuchi, Mayumi Tamura, Kazusa Nishiyama, Hideyo Takahashi, Hideaki Natsugari, Yoichiro Arata, Ken-Ichi Kasai, Yusuke Yamada, Soichi Wakatsuki, Ryuichi Kato

Glycobiology　23　(7)　797-805　2013年7月

DOI： 10.1093/glycob/cwt017 　

ISSN：0959-6658 1460-2423

eISSN：1460-2423
Data management system at the Photon Factory macromolecular crystallography beamline 査読有り

Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Leonard, M. G. Chavas, Masahiko Hiraki, Noriyuki Igarashi, Soichi Wakatsuki

Journal of Physics: Conference Series　425　(1)　012017-1-012017-4　2013年4月
出版者・発行元：
DOI： 10.1088/1742-6596/425/1/012017 　

ISSN：1742-6588

eISSN：1742-6596
Current status and future prospects of an automated sample exchange system PAM for protein crystallography 査読有り

Masahiko Hiraki, Yusuke Yamada, Leonard, M. G. Chavas, Naohiro Matsugaki, Noriyuki Igarashi, Soichi Wakatsuki

Journal of Physics: Conference Series　425　(1)　012014-1-012014-4　2013年4月
出版者・発行元：
DOI： 10.1088/1742-6596/425/1/012014 　

ISSN：1742-6588

eISSN：1742-6596
10 years of protein crystallography at AR-NW12A beamline 査読有り

Leonard M. G. Chavas, Yusuke Yamada, Masahiko Hiraki, Noriyuki Igarashi, Naohiro Matsugaki, Soichi Wakatsuki

Journal of Physics: Conference Series　425　(1)　012008-1-012008-4　2013年4月
出版者・発行元：
DOI： 10.1088/1742-6596/425/1/012008 　

ISSN：1742-6588

eISSN：1742-6596
1P001 高エネ機構フォトンファクトリーにおける創薬等支援基盤プラットフォーム事業による構造生物学研究の支援と高度化(01A. 蛋白質:構造,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

Kato Ryuichi, Matsugaki Naohiro, Yamada Yusuke, Chavas Leonard, Yumoto Fumiaki, Kawasaki Masato, Hiraki Masahiko, Senda Toshiya

生物物理　53　(1)　S106　2013年
出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会
DOI： 10.2142/biophys.53.S106_1 　
PF構造生物学ビームラインにおける全自動回折データセット収集/処理システムの開発

山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, Leonard M. G. Chavas, 五十嵐教之, 若槻壮市

日本結晶学会誌　54　(6)　359-363　2012年12月31日
出版者・発行元： The Crystallographic Society of Japan
DOI： 10.5940/jcrsj.54.359 　

ISSN：0369-4585

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Fully automated data collection and processing system has been developed on macromolecular crystallography beamlines at the Photon Factory. In this system, the sample exchange, centering and data collection are sequentially performed for all samples stored in the sample exchange system at a beamline without any manual operations. Data processing of collected data sets is also performed automatically. These results are stored into the database system, and users can monitor the progress and results of automated experiment via a Web browser.
Beamline AR-NW12A: High-throughput beamline for macromolecular crystallography at the Photon Factory 査読有り

Chavas L.M.G, Matsugaki N, Yamada Y, Hiraki M, Igarashi N, Suzuki M, Wakatsuki S

Journal of Synchrotron Radiation　19　(3)　450-454　2012年
出版者・発行元：
DOI： 10.1107/S0909049512009727 　

ISSN：0909-0495

eISSN：1600-5775
UV LED lighting for automated crystal centring 査読有り

Leonard M. G. Chavas, Yusuke Yamada, Masahiko Hiraki, Noriyuki Igarashi, Naohiro Matsugaki, Soichi Wakatsuki

JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION　18　(1)　11-15　2011年1月

DOI： 10.1107/S0909049510028670 　

ISSN：0909-0495

eISSN：1600-5775
Crystallization of small proteins assisted by green fluorescent protein 査読有り

Nobuhiro Suzuki, Masahiko Hiraki, Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Noriyuki Igarashi, Ryuichi Kato, Ivan Dikic, David Drew, So Iwata, Soichi Wakatsuki, Masato Kawasaki

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY　66　(Pt 10)　1059-1066　2010年10月

DOI： 10.1107/S0907444910032944 　

ISSN：0907-4449
Advancement of Synchrotron Radiation Protein Crystallography Aimed by the Targeted Protein Research Program: Beamline Developments at the Photon Factory 査読有り

Soichi Wakatsuki, Yusuke Yamada, Leonard M. G. Chavas, Noriyuki Igarashi, Masato Kawasaki, Ryuichi Kato, Masahiko Hiraki, Naohiro Matsugaki

YAKUGAKU ZASSHI-JOURNAL OF THE PHARMACEUTICAL SOCIETY OF JAPAN　130　(5)　631-640　2010年5月

DOI： 10.1248/yakushi.130.631 　

ISSN：0031-6903
Fully Automated Data Collection Using PAM and the Development of PAM/SPACE Reversible Cassettes 査読有り

Hiraki Masahiko, Watanabe Shokei, Chavas Leonard M. G, Yamada Yusuke, Matsugaki Naohiro, Igarashi Noriyuki, Wakatsuki Soichi, Fujihashi Masahiro, Miki Kunio, Baba Seiki, Ueno Go, Yamamoto Masaki, Suzuki Mamoru, Nakagawa Atsushi, Watanabe Nobuhisa, Tanaka Isao

SRI 2009: THE 10TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON SYNCHROTRON RADIATION INSTRUMENTATION　1234　673-+　2010年

DOI： 10.1063/1.3463297 　

ISSN：0094-243X
AR-NE3A, a New Macromolecular Crystallography Beamline for Pharmaceutical Applications at the Photon Factory 査読有り

Yamada Yusuke, Hiraki Masahiko, Sasajima Kumiko, Matsugaki Naohiro, Igarashi Noriyuki, Amano Yasushi, Warizaya Masaichi, Sakashita Hitoshi, Kikuchi Takashi, Mori Takeharu, Toyoshima Akio, Kishimoto Shunji, Wakatsuki Soichi

SRI 2009: THE 10TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON SYNCHROTRON RADIATION INSTRUMENTATION　1234　415-+　2010年

DOI： 10.1063/1.3463228 　

ISSN：0094-243X
[Structure determination of proteins without preparing derivative crystals]. 査読有り

Matsugaki N, Yamada Y, Hiraki M, Igarashi N, Wakatsuki S

Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme　54　(12 Suppl)　1484-1489　2009年9月

ISSN：0039-9450
X-ray beam stabilization at BL-17A, the protein microcrystallography beamline of the Photon Factory 査読有り

Noriyuki Igarashi, Kazuyuki Ikuta, Toshinobu Miyoshi, Naohiro Matsugaki, Yusuke Yamada, Mohammad S. Yousef, Soichi Wakatsuki

JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION　15　(Pt 3)　292-295　2008年5月

DOI： 10.1107/S0909049507067118 　

ISSN：0909-0495
Implementation of remote monitoring and diffraction evaluation systems at the Photon Factory macromolecular crystallography beamlines 査読有り

Yusuke Yamada, Nobuo Phonda, Naohiro Matsugaki, Noriyuki Igarashi, Masahiko Hiraki, Soichi Wakatsuki

JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION　15　(Pt 3)　296-299　2008年5月

DOI： 10.1107/S0909049508004019 　

ISSN：0909-0495
High-throughput operation of sample-exchange robots with double tongs at the Photon Factory beamlines 査読有り

Masahiko Hiraki, Shokei Watanabe, Nobuo Phonda, Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Noriyuki Igarashi, Yurii Gaponov, Soichi Wakatsuki

JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION　15　(Pt 3)　300-303　2008年5月

DOI： 10.1107/S0909049507064680 　

ISSN：0909-0495
Development of an X-ray HARP-FEA detector system for high-throughput protein crystallography 査読有り

Toshinobu Miyoshi, Noriyuki Igarashi, Naohiro Matsugaki, Yusuke Yamada, Keiichi Hirano, Kazuyuki Hyodo, Kenkichi Tanioka, Norifumi Egami, Masakazu Namba, Misao Kubota, Teruo Kawai, Soichi Wakatsuki

JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION　15　(Pt 3)　281-284　2008年5月

DOI： 10.1107/S0909049508006584 　

ISSN：0909-0495
2P-031 放射光を用いたS-SAD法によるネイティブタンパク質結晶構造解析(蛋白質・構造(2),第46回日本生物物理学会年会)

Yamada Yusuke, Igarashi Noriyuki, Matsugaki Naohiro, Hiraki Masahiko, Kawasaki Masato, Kato Ryuichi, Wakatsuki Soichi

生物物理　48　S79　2008年
出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会
DOI： 10.2142/biophys.48.S79_6 　
1S6-4 放射光を用いたS-SAD法によるネイティブタンパク質結晶構造解析(1S6 放射光を用いたタンパク質結晶構造解析の最前線,第46回日本生物物理学会年会)

山田悠介, Igarashi Noriyuki, Matsugaki Naohiro, Hiraki Masahiko, Kawasaki Masato, Kato Ryuichi, Wakatsuki Soichi

生物物理　48　S5　2008年
出版者・発行元：一般社団法人日本生物物理学会
DOI： 10.2142/biophys.48.S5_6 　
フォトンファクトリー構造生物ビームラインにおける自動化に向けた取り組み

五十嵐教之, 平木雅彦, 松垣直宏, 山田悠介, 若槻壮市

日本結晶学会誌　49　(6)　359-363　2007年12月31日
出版者・発行元： The Crystallographic Society of Japan
DOI： 10.5940/jcrsj.49.359 　

ISSN：0369-4585

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The Photon Factory currently operates four synchrotron beamlines for protein crystallography and two more beamlines are scheduled to be constructed in the next years. Over the last years these beamlines have been upgraded and equipped with a fully automated beamline control system based on a robotic sample changer. The current system allows for remote operation, controlled from the user's area, of sample mounting, centering and data collection of pre-frozen crystals mounted in Hampton-type cryo-loops on goniometer head. New intuitive graphical user interfaces have been developed so as to control the complete beamline operation. Furthermore, algorithms for automatic sample centering based on pattern matching and X-ray beam scanning are being developed and combined with newly developed diffraction evaluation programs in order to complete entire automation of the data collection.
Design of disulfide-linked thioredoxin dimers and multimers through analysis of crystal contacts 査読有り

Mili Das, Masanori Kobayashi, Yusuke Yamada, Sridhar Sreeramulu, C. Ramakrishnan, Soichi Wakatsuki, Ryuichi Kato, Raghavan Varadarajan

JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY　372　(5)　1278-1292　2007年10月

DOI： 10.1016/j.jmb.2007.07.033 　

ISSN：0022-2836
Molecular basis for autoregulatory interaction between GAE domain and hinge region of GGA1 査読有り

Michio Inoue, Tomoo Shiba, Kentaro Ihara, Yusuke Yamada, Satoshi Hirano, Hironari Kamikubo, Mikio Kataoka, Masato Kawasaki, Ryuichi Kato, Kazuhisa Nakayama, Soichi Wakatsuki

TRAFFIC　8　(7)　904-913　2007年7月

DOI： 10.1111/j.1600-0854.2007.00577.x 　

ISSN：1398-9219
BL-17A, a new protein micro-crystallography beam line of the photon factory 査読有り

Noriyuki Igarashi, Naohiro Matsugaki, Yusuke Yamada, Masahiko Hiraki, Atsushi Koyama, Keiichi Hirano, Toshinobu Miyoshi, Soichi Wakatsuki

SYNCHROTRON RADIATION INSTRUMENTATION, PTS 1 AND 2　879　812-+　2007年

DOI： 10.1063/1.2436184 　

ISSN：0094-243X
Development of control applications for high-throughput protein crystallography experiments 査読有り

Yurii A. Gaponov, Naohiro Matsugaki, Nobuo Honda, Kumiko Sasajima, Noriyuki Igarashi, Masahiko Hiraki, Yusuke Yamada, Soichi Wakatsuki

SYNCHROTRON RADIATION INSTRUMENTATION, PTS 1 AND 2　879　1932-+　2007年

DOI： 10.1063/1.2436451 　

ISSN：0094-243X
Automated sample exchange robots for the structural biology beam lines at the photon factory 査読有り

Masahiko Hiraki, Shokel Watanabe, Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Noriyuki Igarashi, Yurii Gaponov, Soichi Wakatsuki

SYNCHROTRON RADIATION INSTRUMENTATION, PTS 1 AND 2　879　1924-+　2007年

DOI： 10.1063/1.2436449 　

ISSN：0094-243X
Design and construction of a high-speed network connecting all the protein crystallography beamlines at the photon factory 査読有り

Naohiro Matsugaki, Yusuke Yamada, Noyuki Igarashi, Soichi Wakatsuki

SYNCHROTRON RADIATION INSTRUMENTATION, PTS 1 AND 2　879　1936-+　2007年

DOI： 10.1063/1.2436452 　

ISSN：0094-243X
Development of an automated large-scale protein-crystallization and monitoring system for high-throughput protein-structure analyses. 査読有り

Hiraki M, Kato R, Nagai M, Satoh T, Hirano S, Ihara K, Kudo N, Nagae M, Kobayashi M, Inoue M, Uejima T, Oda S, Chavas LM, Akutsu M, Yamada Y, Kawasaki M, Matsugaki N, Igarashi N, Suzuki M, Wakatsuki S

Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography　62　(Pt 9)　1058-1065　2006年9月

DOI： 10.1107/S0907444906023821 　

ISSN：0907-4449

eISSN：1399-0047
Structures of the carbohydrate recognition domain of Ca2+-independent cargo receptors Emp46p and Emp47p 査読有り

T Satoh, K Sato, A Kanoh, K Yamashita, Y Yamada, N Igarashi, R Kato, A Nakano, S Wakatsuki

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY　281　(15)　10410-10419　2006年4月

DOI： 10.1074/jbc.M512258200 　

ISSN：0021-9258
[Progress and maturation of protein crystallographic experiments]. 査読有り

Wakatsuki S, Kato R, Igarashi N, Kawasaki M, Matsugaki N, Hiraki M, Yamada Y

Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme　50　(7)　846-852　2005年6月

ISSN：0039-9450
Structure determination of GGA-GAE and gamma 1-ear in complex with peptides: crystallization of low-affinity complexes in membrane traffic 査読有り

Y Yamada, M Inoue, T Shiba, M Kawasaki, R Kato, K Nakayama, S Wakatsuki

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY　61　(Pt 6)　731-736　2005年6月

DOI： 10.1107/S0907444905009595 　

ISSN：0907-4449
Structural consequences of hen egg-white lysozyme orthorhombic crystal growth in a high magnetic field: validation of X-ray diffraction intensity, conformational energy searching and quantitative analysis of B factors and mosaicity 査読有り

S Saijo, Y Yamada, T Sato, N Tanaka, T Matsui, G Sazaki, K Nakajima, Y Matsuura

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY　61　(Pt 3)　207-217　2005年3月

DOI： 10.1107/S0907444904030926 　

ISSN：0907-4449
画像によるタンパク質結晶保持ループのセンタリング査読有り

江並和宏, 上野健治, 笹島久美子, 平木雅彦, 山田悠介, 松垣直宏, 五十嵐教之, 若槻壮市, 久米達哉, 東保男

精密工学会学術講演会講演論文集　2005　(0)　265-265　2005年
出版者・発行元：公益社団法人精密工学会
DOI： 10.11522/pscjspe.2005S.0.265.0 　

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タンパク質のX線構造解析では,タンパク質結晶をループ状のホルダに固定し,これを回転させながらX線を照射する事でデータ収集を行う.回転中,常に結晶がX線の光軸上に来るよう,あらかじめループの中心を調整して回転軸と合わせる必要がある.ループは個体ごとに大きさ,形状が異なるため,現状では人による位置の調整が必要となっている.本研究では,画像によるループ中心の自動調整手法を開発した.
The 2.0 angstrom crystal structure of catalase-peroxidase from Haloarcula marismortui 査読有り

Y Yamada, T Fujiwara, T Sato, N Igarashi, N Tanaka

NATURE STRUCTURAL BIOLOGY　9　(9)　691-695　2002年9月

DOI： 10.1038/nsb834 　

ISSN：1072-8368
Improvement in diffraction maxima in orthorhombic HEWL crystal grown under high magnetic field 査読有り

Sato T, Yamada Y, Saijo S, Hori T, Hirose R, Tanaka N, Sazaki G, Nakajima K, Igarashi N, Tanaka M, Matsuura Y

JOURNAL OF CRYSTAL GROWTH　232　(1-4)　229-236　2001年11月

DOI： 10.1016/S0022-0248(01)01067-3 　

ISSN：0022-0248
Crystallization and preliminary X-ray analysis of catalase-peroxidase from the halophilic archaeon Haloarcula marismortui 査読有り

Y Yamada, S Saijo, T Sato, N Igarashi, H Usui, T Fujiwara, N Tanaka

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY　57　1157-1158　2001年8月

ISSN：0907-4449
Enhancement in the perfection of orthorhombic lysozyme crystals grown in a high magnetic field (10 T) 査読有り

Sato T, Yamada Y, Saijo S, Hori T, Hirose R, Tanaka N, Sazaki G, Nakajima K, Igarashi N, Tanaka M, Matsuura Y

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY　56　1079-1083　2000年8月

DOI： 10.1107/S0907444900008155 　

ISSN：0907-4449
強磁場下での蛋白質結晶化による回折分解能の向上 : バイオI

佐藤孝雄, 山田悠介, 西條慎也, 田中信夫, 佐崎元, 中嶋一雄, 五十嵐教之, 田中雅彦, 松浦良樹

日本結晶成長学会誌　27　(1)　114　2000年
出版者・発行元：日本結晶成長学会
DOI： 10.19009/jjacg.27.1_114 　

ISSN：0385-6275

eISSN：2187-8366

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MISC 172

タンパク質結晶構造解析ビームラインAR-NW12Aの現状

引田理英, 引田理英, 松垣直宏, 松垣直宏, 山田悠介, 山田悠介, 平木雅彦, 平木雅彦, 千田俊哉, 千田俊哉

量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2023　2024年
タンパク質結晶構造解析ビームラインAR-NW12Aにおける顕微分光測定について

引田理英, 松垣直宏, 山田悠介, 平木雅彦, 千田俊哉

日本結晶学会年会講演要旨集　2023　2023年
PF-BL-17Aにおけるin-situデータ測定の自動化

山田悠介, 引田理英, 松垣直宏, 平木雅彦, 加藤龍一, 千田俊哉, 山田悠介, 引田理英, 松垣直宏, 平木雅彦, 加藤龍一, 千田俊哉

日本結晶学会年会講演要旨集　2023　2023年
KEK構造生物学研究センタータンパク質結晶構造解析ビームラインによる構造生物学研究支援

山田悠介, 松垣直宏, 引田理英, 加藤龍一, 千田俊哉, 山田悠介, 松垣直宏, 引田理英, 加藤龍一, 千田俊哉

日本生化学会大会(Web)　96th　2023年
PFタンパク質結晶構造解析ビームラインBL-17A,AR-NE3Aの現状

山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 引田理英, 引田理英, 平木雅彦, 平木雅彦, 千田俊哉, 千田俊哉

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　35th　2022年
構造生物学ビームラインBL-5Aの室温測定環境

松垣直宏, 引田理英, 山田悠介, 平木雅彦, 千田美紀, 千田俊哉

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　35th　2022年
長波長X線を利用したタンパク質結晶構造解析のパイプライン

松垣直宏, 引田理英, 山田悠介, 平木雅彦, 千田俊哉

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　22nd (Web)　2022年
PFタンパク質結晶構造解析ビームラインにおけるX線回折実験の自動化

山田悠介, 山田悠介, 篠田晃, 松垣直宏, 松垣直宏, 引田理英, 引田理英, 平木雅彦, 平木雅彦, 加藤龍一, 加藤龍一, 千田俊哉, 千田俊哉

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　22nd (Web)　2022年
PFタンパク質結晶構造解析ビームラインAR-NW12Aにおける顕微分光装置の開発

引田理英, 山田悠介, 松垣直宏, 平木雅彦, 千田俊哉

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　22nd (Web)　2022年
フォトンファクトリーのタンパク質結晶構造解析ビームラインにおける顕微分光装置利用の現状

引田理英, 山田悠介, 松垣直宏, 平木雅彦, 千田俊哉

生体分子科学討論会講演要旨集　48th　2022年
PF結晶構造解析ビームラインBL-5Aの現状

松垣直宏, 山田悠介, 引田理英, 平木雅彦, 千田俊哉

日本結晶学会年会講演要旨集　2022　2022年
結晶構造解析ビームラインAR-NW12Aにおけるタンパク質結晶の顕微分光測定

引田理英, 山田悠介, 松垣直宏, 平木雅彦, 千田俊哉

日本結晶学会年会講演要旨集　2022　2022年
PF BL-17Aにおけるin-situデータ測定の高度化

山田悠介, 加藤龍一, 引田理英, 松垣直宏, 千田俊哉, 山田悠介, 加藤龍一, 引田理英, 松垣直宏, 千田俊哉

日本結晶学会年会講演要旨集　2022　2022年
フォトンファクトリータンパク質結晶構造解析ビームラインが提供する構造生物学研究支援

山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 引田理英, 引田理英, 加藤龍一, 加藤龍一, 千田俊哉, 千田俊哉

日本生化学会大会(Web)　95th　2022年
PFタンパク質結晶構造解析ビームラインでの全自動測定とリモート実験

山田悠介, 山田悠介, 篠田晃, 松垣直宏, 松垣直宏, 引田理英, 引田理英, 平木雅彦, 平木雅彦, 千田俊哉, 千田俊哉

量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2021　2022年
精密湿度気流を用いた室温測定環境

松垣直宏, 引田理英, 山田悠介, 平木雅彦, 千田美紀, 千田俊哉

量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2021　2022年
タンパク質結晶構造解析ビームラインAR-NW12Aにおける紫外・可視吸収分光装置の現状

引田理英, 引田理英, 山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 平木雅彦, 平木雅彦, 千田俊哉, 千田俊哉

量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2021　2022年
タンパク質結晶構造解析ビームラインにおけるRFIDタグを用いた試料の識別

平木雅彦, 松垣直宏, 山田悠介, 引田理英, 千田俊哉

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　34th　2021年
PFタンパク質結晶構造解析ビームラインにおける測定の自動化とリモート化

山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 引田理英, 引田理英, 篠田晃, 千田俊哉, 千田俊哉

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　34th　2021年
X線結晶構造解析ビームラインにおける振動分光法の利用について

引田理英, 山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, 千田俊哉

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　34th　2021年
より低温でのタンパク質結晶回折データ収集に向けて

松垣直宏, 引田理英, 山田悠介, 平木雅彦, 千田美紀, 千田俊哉

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　34th　2021年
フォトンファクトリータンパク質結晶構造解析ビームラインにおける顕微分光装置の利用

引田理英, 山田悠介, 松垣直宏, 平木雅彦, 千田俊哉

生体分子科学討論会講演要旨集　47th　2021年
PF BL-17Aにおける結晶化プレートからのX線回折データ収集

山田悠介, 山田悠介, 菅原隆広, 加藤龍一, 加藤龍一, 引田理英, 引田理英, 松垣直宏, 松垣直宏, 千田俊哉, 千田俊哉

日本結晶学会年会講演要旨集　2021　2021年
結晶レーザー加工の自動化へ向けたビームライン制御系への統合

松垣直宏, 引田理英, 山田悠介, 篠田晃, 千田俊哉

日本結晶学会年会講演要旨集　2021　2021年
PFタンパク質結晶構造解析ビームラインにおけるタンパク質結晶の顕微分光測定の現状

引田理英, 山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, 千田俊哉

日本結晶学会年会講演要旨集　2021　2021年
フォトンファクトリータンパク質結晶構造解析ビームラインが支援する構造生物学研究

山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 引田理英, 引田理英, 平木雅彦, 平木雅彦, 篠田晃, 千田俊哉, 千田俊哉

日本生化学会大会(Web)　94th　2021年
KEKにおける日常的な全自動測定システムの利用

篠田晃, 山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, 千田俊哉

量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2020　2021年
30K付近でのタンパク質結晶回折実験の実用化

松垣直宏, 引田理英, 山田悠介, 千田美紀, 千田俊哉

量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2020　2021年
タンパク質結晶構造解析ビームラインAR-NW12Aにおける顕微分光装置の利用について

引田理英, 引田理英, 山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 平木雅彦, 平木雅彦, 千田俊哉, 千田俊哉

量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2020　2021年
全自動多点測定システムとMR Native-SAD法を用いた構造決定

小林淳, 山田悠介, 篠田晃, 松垣直宏, 引田理英, 千田俊哉, 加藤龍一

量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2020　2021年
PFタンパク質結晶構造解析ビームラインでの全自動測定とリモート実験

山田悠介, 山田悠介, 篠田晃, 松垣直宏, 松垣直宏, 引田理英, 引田理英, 平木雅彦, 平木雅彦, 千田俊哉, 千田俊哉

量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2020　2021年
タンパク質結晶回折データ測定の全自動化

松垣直宏, 山田悠介, 引田理英, 篠田晃, 平木雅彦, 千田俊哉

量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2020　2021年
KEKにおける全自動測定システムの現状と高度化

篠田晃, 山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, 千田俊哉

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　33rd　2020年
低エネルギーX線を用いたタンパク質結晶のNative SAD構造決定の進展

松垣直宏, 山田悠介, 引田理英, 原田彩佳, 平木雅彦, 千田美紀, 千田俊哉

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　33rd　2020年
フォトンファクトリータンパク質結晶構造解析ビームラインによる構造生物学研究の支援

山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 引田理英, 引田理英, 平木雅彦, 平木雅彦, 篠田晃, 千田俊哉, 千田俊哉

日本生化学会大会(Web)　93rd　2020年
長波長X線を利用したタンパク質結晶構造解析

松垣直宏, 山田悠介, 引田理英, 平木雅彦, 千田美紀, 千田俊哉

日本結晶学会誌　62　(1)　2020年

ISSN： 0369-4585
PF AR-NW12APF AR-NW12Aにおける顕微分光装置の現状と今後の高度化について

引田理英, 引田理英, 山田悠介, 山田悠介, 平木雅彦, 平木雅彦, 松垣直宏, 松垣直宏, 千田俊哉, 千田俊哉

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　33rd　2020年
深紫外レーザーによる結晶加工技術のnative SAD位相決定への応用

松垣直宏, 引田理英, 山田悠介, 千田美紀, 千田俊哉

日本結晶学会年会講演要旨集　2020 (CD-ROM)　2020年
PFタンパク質結晶構造解析ビームラインにおける全自動測定,およびリモート実験の現状

山田悠介, 山田悠介, 篠田晃, 松垣直宏, 松垣直宏, 引田理英, 引田理英, 平木雅彦, 千田俊哉, 千田俊哉

日本結晶学会年会講演要旨集　2020 (CD-ROM)　2020年
放射光ビームラインにおける顕微分光の利用

引田理英, 山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, 千田俊哉

日本結晶学会年会講演要旨集　2020 (CD-ROM)　2020年
AR-NW12Aにおけるオフライン・オンライン顕微分光装置の現状と今後の高度化について

引田理英, 引田理英, 山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 平木雅彦, 平木雅彦, 千田俊哉, 千田俊哉

量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2019　2020年
KEKにおけるタンパク質X線結晶構造解析用全自動測定システムの現状と高度化

篠田晃, 山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, 千田俊哉

量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2019　2020年
BL-1AにおけるNative SAD構造決定の進展

松垣直宏, 山田悠介, 引田理英, 原田彩佳, 平木雅彦, 千田美紀, 千田俊哉

量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2019　2020年
PFタンパク質X線結晶構造解析ビームラインにおける自動解析パイプライン

山田悠介, 山田悠介, 小祝孝太郎, 篠田晃, 松垣直宏, 松垣直宏, 引田理英, 引田理英, 千田俊哉, 千田俊哉

量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2019　2020年
フォトンファクトリータンパク質結晶構造解析ビームラインによる構造生物学研究の支援

山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 引田理英, 引田理英, 平木雅彦, 平木雅彦, 篠田晃, 小祝孝太郎

日本生化学会大会(Web)　92nd　2019年
PFにおける全自動測定システムの現状と高度化

篠田晃, 山田悠介, 山田悠介, 平木雅彦, 平木雅彦, 松垣直宏, 松垣直宏, 千田俊哉, 千田俊哉

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　32nd　2019年
PF AR-NW12Aにおけるオフライン紫外可視吸収分光装置開発の現状と今後の高度化について

引田理英, 引田理英, 山田悠介, 山田悠介, 平木雅彦, 平木雅彦, 松垣直宏, 松垣直宏, 千田俊哉, 千田俊哉

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　32nd　2019年
タンパク質X線結晶構造解析実験のための試料交換システムの高速化

平木雅彦, 引田理英, 山田悠介, 松垣直宏, 千田俊哉, 平木雅彦, 引田理英, 山田悠介, 松垣直宏, 千田俊哉

日本機械学会ロボティクス・メカトロニクス講演会講演論文集(CD-ROM)　2019　2019年

ISSN： 2424-3124
PFタンパク質X線結晶構造解析ビームラインにおける自動化の現状と将来

山田悠介, 篠田晃, 平木雅彦, 引田理英, 加藤龍一, 松垣直宏, 千田俊哉

KEK Proceedings (Web)　(2018-11)　2019年
KEK構造生物学研究センターにおけるタンパク質結晶構造解析実験の自動化

山田悠介, 山田悠介, 平木雅彦, 平木雅彦, 松垣直宏, 松垣直宏, 引田理英, 引田理英, 田辺幹雄, 田辺幹雄, 加藤龍一, 加藤龍一, 千田俊哉, 千田俊哉

日本細胞生物学会大会(Web)　71st　2019年
深紫外レーザ加工を行った結晶を利用したNative-SAD法による位相決定

原田彩佳, 松垣直宏, 引田理英, 山田悠介, 千田俊哉

日本生化学会大会(Web)　92nd　2019年
全自動測定を活用したPFタンパク質結晶構造解析ビームラインの新しい利用法

山田悠介, 山田悠介, 篠田晃, 小祝孝太郎, 松垣直宏, 松垣直宏, 平木雅彦, 平木雅彦, 引田理英, 千田俊哉, 引田理英, 千田俊哉

日本結晶学会年会講演要旨集　2019　2019年
PF AR-NW12Aにおけるオフライン分光装置開発の現状と今後の高度化について

引田理英, 引田理英, 山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 平木雅彦, 平木雅彦, 千田俊哉, 千田俊哉

量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2018　2019年
フォトンファクトリーに対する支援~試料交換システムの開発~

平木雅彦, 平木雅彦, 松垣直宏, 松垣直宏, 山田悠介, 山田悠介, 引田理英, 引田理英, 千田俊哉, 千田俊哉, 丹羽尉博, 高橋慧, 木村正雄, 木村正雄, 山中将, 山中将

KEK Proceedings (Web)　(2018-2)　2018年
KEKにおける全自動測定システムの現状と高度化

篠田晃, 山田悠介, 山田悠介, 平木雅彦, 平木雅彦, 松垣直宏, 松垣直宏, 千田俊哉, 千田俊哉

日本結晶学会年会講演要旨集　2018　2018年
放射光ビームラインにおける分光法の利用とその装置開発

引田理英, 山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, 千田俊哉

日本結晶学会年会講演要旨集　2018　2018年
PFタンパク質結晶構造解析ビームラインによる構造生物学研究支援

山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 引田理英, 引田理英, 平木雅彦, 平木雅彦, 田辺幹雄, 田辺幹雄, 加藤龍一, 加藤龍一, 千田俊哉, 千田俊哉

日本生化学会大会(Web)　91st　2018年
PFタンパク質結晶構造解析ビームラインBL-17AにおけるIn-situ測定

山田悠介, 山田悠介, 菅原隆広, 菅原隆広, 引田理英, 引田理英, 松垣直宏, 松垣直宏, 平木雅彦, 平木雅彦, 千田俊哉, 千田俊哉

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　31st　2018年
タンパク質結晶交換システムの現状と将来計画

平木雅彦, 平木雅彦, 松垣直宏, 松垣直宏, 山田悠介, 山田悠介, 引田理英, 引田理英, 中村哲朗, 山中将, 山中将, 千田俊哉, 千田俊哉

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　31st　2018年
PF AR-NW12Aでの顕微分光装置の開発とその利用について

引田理英, 引田理英, 山田悠介, 山田悠介, 平木雅彦, 平木雅彦, 松垣直宏, 松垣直宏, 千田俊哉, 千田俊哉

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　31st　2018年
PF-AR NW12Aでのオフライン顕微分光装置の開発とその利用について

引田理英, 引田理英, 山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 平木雅彦, 平木雅彦, 千田俊哉, 千田俊哉

量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2017　2018年
Native SADデータ収集における試料結晶加工システムの導入

松垣直宏, 山田悠介, 原田彩佳, 平木雅彦, 千田美紀, 千田俊哉

量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2017　2018年
タンパク質X線結晶構造解析ビームラインにおける全自動測定を用いた新しい利用制度

山田悠介, 山田悠介, 篠田晃, 篠田晃, 平木雅彦, 平木雅彦, 引田理英, 引田理英, 松垣直宏, 松垣直宏, 千田俊哉, 千田俊哉

量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2017　2018年
GH129α-N-アセチルガラクトサミニダーゼの金属結合サイトと阻害剤を用いた解析

佐藤真与, LIEBSCHNER Dorothee, 山田悠介, 松垣直宏, 千田俊哉, 荒川孝俊, 芦田久, 伏信進矢

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2017　2017年

ISSN： 2186-7976
PFタンパク質結晶構造解析ビームラインによる構造生物学研究支援

山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 引田理英, 引田理英, 平木雅彦, 平木雅彦, 加藤龍一, 加藤龍一, 千田俊哉, 千田俊哉

日本生化学会大会(Web)　90th　2017年
Native-SAD法をベースとした自動構造決定システム開発

山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 千田美紀, 千田美紀, 原田彩佳, 原田彩佳, 小祝孝太郎, 千田俊哉, 千田俊哉

KEK Proceedings (Web)　(2016-4)　2017年
BINDSにおけるPFタンパク質結晶構造解析ビームラインの支援と高度化

山田悠介, 山田悠介, 引田理英, 引田理英, 松垣直宏, 松垣直宏, 平木雅彦, 平木雅彦, 田辺幹雄, 田辺幹雄, 湯本史明, 湯本史明, 加藤龍一, 加藤龍一, 千田俊哉, 千田俊哉

日本結晶学会年会講演要旨集　2017　2017年
PFにおける全自動データ収集・処理システム開発

山田悠介, 山田悠介, 平木雅彦, 平木雅彦, 松垣直宏, 松垣直宏, 千田俊哉, 千田俊哉

KEK Proceedings (Web)　(2016-4)　2017年
構造生物ビームラインにおける試料交換システムの現状

平木雅彦, 平木雅彦, 松垣直宏, 松垣直宏, 山田悠介, 山田悠介, 引田理英, 引田理英, 千田俊哉, 千田俊哉

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　30th　2017年
低エネルギーX線を用いたタンパク質結晶構造解析の現状

松垣直宏, 山田悠介, LIEBSCHNER Dorothee C., 原田彩佳, 平木雅彦, 千田美紀, 千田俊哉

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　30th　2017年
Native-SAD法を利用した位相決定のためのデータ評価

原田彩佳, 山田悠介, 松垣直宏, 千田俊哉

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　30th　2017年
PF AR-NW12Aにおける分光測定装置開発の現状

引田理英, 山田悠介, 松垣直宏, 千田俊哉

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　30th　2017年
タンパク質X線結晶構造解析ビームラインにおける全自動測定

山田悠介, 山田悠介, 篠田晃, 平木雅彦, 平木雅彦, 引田理英, 引田理英, 松垣直宏, 松垣直宏, 千田俊哉, 千田俊哉

量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2016　2017年
低エネルギータンパク質構造解析用ビームラインBL-1Aの現状

松垣直宏, 山田悠介, 原田彩佳, 平木雅彦, 千田美紀, 千田俊哉

量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2016　2017年
単結晶構造解析用ビームラインBL2S1の現状

永江峰幸, 山田悠介, 松垣直宏, 富田文菜, 田渕雅夫, 渡邉信久, 渡邉信久

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　29th　2016年
試料交換ロボットPAM-HCの安定化

平木雅彦, 平木雅彦, 松垣直宏, 松垣直宏, 山田悠介, 山田悠介, 千田俊哉, 千田俊哉

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　29th　2016年
高度化されたPF構造生物学ビームラインBL-17A

山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, 千田俊哉

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　29th　2016年
ヘリウムチャンバーに対応した新試料交換システムの開発

平木雅彦, 平木雅彦, 山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 千田俊哉, 千田俊哉

KEK Proceedings (Web)　(2016-3)　2016年
低エネルギーX線に最適化した回折データ収集環境の開発

松垣直宏, 山田悠介, LIEBSCHNER Dorothee C., 平木雅彦, 千田美紀, 千田俊哉

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　29th　2016年
高分解能native SADデータ収集環境の開発

松垣直宏, 山田悠介, 原田彩佳, 平木雅彦, 千田美紀, 千田俊哉

日本結晶学会年会講演要旨集　2016　2016年
タンパク質結晶構造解析ビームラインBL-17Aの高度化

山田悠介, 松岡亜衣, 小山篤, 松垣直宏, 千田俊哉, 五十嵐教之, 平木雅彦

Photon Factory News　34　(1)　2016年

ISSN： 0916-0604
2台の二次元検出器を用いた高角回折X線データ収集環境

松垣直宏, 山田悠介, LIEBSCHNER Dorothee C., 平木雅彦, 千田美紀, 千田俊哉

量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2015　2016年
構造生物学ビームラインBL-17Aの高度化

山田悠介, 松岡亜依, 小山篤, 平木雅彦, 松垣直宏, 千田俊哉

量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2015　2016年
構造生物ビームライン試料交換システムの現状

平木雅彦, 平木雅彦, 山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 千田俊哉, 千田俊哉

量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2015　2016年
PF-AR NW12Aにおける分光装置開発

引田理英, 山田悠介, 富田文菜, 松垣直宏, 千田俊哉

量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2015　2016年
ヒトリソソーム性シアリダーゼ(NEU1)の細胞内結晶化と構造解析に向けて

小祝孝太郎, 東哲也, 山田悠介, 平木雅彦, 月本準, 加藤龍一, 千田俊哉, Chavas Leonard M.G, 伊藤孝司, 湯本史明

日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集　88回・38回　[3T17-04(3P0315)]　2015年12月
出版者・発行元： (公社)日本生化学会
2A2-T04 フォトンファクトリー蛋白質結晶構造解析ビームラインにおける試料交換ロボットの開発

平木雅彦, 松垣直宏, 山田悠介, 富田文菜, 千田俊哉

ロボティクス・メカトロニクス講演会講演概要集　2015　"2A2-T04(1)"-"2A2-T04(2)"　2015年5月17日
出版者・発行元：一般社団法人日本機械学会

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To solve structures of biomacromolecules is important for structure-based drug design as well as understanding of various biological processes. X-ray crystallography is one of the most popular methods for structure analysis of protein in atomic resolution. Sample exchange robots have been developed and implemented to protein crystallography beamlines in Photon Factory, KEK, for higher efficient experiments, remote-controlled experiments, and fully-automated experiments. In this paper, we proposed using a force and torque sensor installed at the sample exchange robot for stable operation. The sensor records various parameters of the robots' status when the tongs access sample cassettes in a liquid nitrogen Dewar. Distorted load distribution is caused by inclination of the cassette, miscalculation of the center of the cassette, mis-setting of the robot parameters, and other causes. In order to assure stable operation, the robots are appropriately re-calibrated according to the load distribution information.
PF構造生物学ビームラインBL-17Aの高度化

山田悠介, 上條亜衣, 小山篤, 富田文菜, 平木雅彦, 松垣直宏, 千田俊哉

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　28th　2015年
単結晶構造解析用ビームライン(BL2S1)の現状

永江峰幸, 山田悠介, 松垣直宏, 富田文菜, 田渕雅夫, 渡邉信久, 渡邉信久

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　28th　2015年
タンパク質結晶構造解析ビームラインにおける試料交換ロボットの現状

平木雅彦, 松垣直宏, 山田悠介, 富田文菜, 千田俊哉

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　28th　2015年
低エネルギー構造生物学ビームラインBL-1A用試料交換システムPAM-HC

平木雅彦, 平木雅彦, 松垣直宏, 松垣直宏, 山田悠介, 山田悠介, 富田文菜, 富田文菜, 千田俊哉, 千田俊哉

物構研サイエンスフェスタ要旨集　3rd　2015年
大学共同利用機関における社会実装~蛋白質結晶交換システムの実用化~

平木雅彦, 山田悠介, 松垣直宏, 千田俊哉

日本ロボット学会学術講演会予稿集(CD-ROM)　33rd　2015年
長波長X線ビームラインPF/BL-1A用試料交換システムPAM-HCの開発

平木雅彦, 平木雅彦, 山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 千田俊哉, 千田俊哉

KEK Proceedings (Web)　(2015-1)　2015年
PF BL-17Aの高度化とin-situデータ収集

山田悠介, 松岡亜衣, 小山篤, 小祝孝太郎, 平木雅彦, 湯本史明, 松垣直宏, 千田俊哉

日本結晶学会年会講演要旨集　2015　2015年
PFタンパク質結晶解析ビームラインBL-17Aの高度化

山田悠介, 山田悠介, 山田悠介, 上條亜衣, 富田文菜, 富田文菜, 富田文菜, 平木雅彦, 平木雅彦, 小山篤, 松垣直宏, 松垣直宏, 松垣直宏, 千田俊哉, 千田俊哉, 千田俊哉

物構研サイエンスフェスタ要旨集　3rd　2015年
フォトンファクトリータンパク質結晶構造解析ビームラインにおける新しい測定技術

山田悠介, 松垣直宏, 平木雅彦, 千田俊哉

日本生化学会大会(Web)　88th　2015年
構造生物学ビームラインAR-NE3Aにおける大規模全自動実験のための結晶交換システムPAMの開発

平木雅彦, 山田悠介, 松垣直宏, CHAVAS Leonard M. G., CHAVAS Leonard M. G., 千田俊哉

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　27th　2014年
PF構造生物ビームラインにおける結晶化プレート直接評価システムの開発

山田悠介, 松垣直宏, 平木雅彦, CHEVAS Leonard M. G., 千田俊哉

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　27th　2014年
PF構造生物学ビームラインにおける回折実験の自動化

山田悠介, 平木雅彦, LIEBSCHNER Dorothee, 千田俊哉, 松垣直宏

物構研サイエンスフェスタ要旨集　2013　2014年
AR-NE3Aにおける大規模全自動実験のための試料交換システムPAMの改良

平木雅彦, 山田悠介, 松垣直宏, 千田俊哉

物構研サイエンスフェスタ要旨集　2013　2014年
放射光ビームラインにおける試料交換システムの開発

平木雅彦, 松垣直宏, 山田悠介, 富田文菜, 千田俊哉

日本ロボット学会学術講演会予稿集(CD-ROM)　32nd　2014年
PF構造生物学ビームラインBL-17Aの高度化計画

山田悠介, 富田文菜, 上條亜衣, 小山篤, 松垣直宏, 千田俊哉

日本結晶学会年会講演要旨集　2014　2014年
創薬等支援基盤技術プラットフォーム事業による高エネ機構フォトンファクトリーの高度化と支援

加藤龍一, 松垣直宏, 山田悠介, 湯本史明, 清水伸隆, 平木雅彦, 五十嵐教之, 川崎政人, 富田文菜, 西條慎也, 佐藤希美, 千田俊哉

日本生化学会大会(Web)　87th　2014年
創薬等支援技術基盤プラットフォームにおけるロボット技術

平木雅彦, 山田悠介, 松垣直宏, 加藤龍一, 清水伸隆, 五十嵐教之, 川崎政人, 湯本史明, 千田俊哉

KEK Proceedings (Web)　(2014-2)　2014年
KEK-PFタンパク質結晶構造解析ビームラインの現状

松垣直宏, 山田悠介, 富田文菜, 平木雅彦, 千田俊哉

日本結晶学会年会講演要旨集　2014　2014年
KEK-PF BL-1Aにおける低エネルギーSAD測定のための回折計高度化

松垣直宏, 山田悠介, CHAVAS Leonard, 平木雅彦, 若槻壮市, 若槻壮市, 千田俊哉

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　27th　2014年
タンパク質結晶交換システムPAMの現状とPF BL-1A用新結晶交換システムの開発

平木雅彦, 松垣直宏, CHAVAS Leonard M. G., 山田悠介, 若槻壮市

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　26th　2013年
タンパク質結晶交換システムPAMの現状

平木雅彦, 山田悠介, シャバスレオナルド, 松垣直宏

物構研サイエンスフェスタ要旨集　1st　2013年
PF構造生物ビームラインにおける結晶化プレート直接評価システムの開発

山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, CHAVAS Leonard M. G., 若槻壮市

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　26th　2013年
低エネルギー構造生物学ビームラインKEK-PF BL-1Aの現状と高度化計画

松垣直宏, 山田悠介, CHAVAS Leonard, 平木雅彦, 若槻壮市

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　26th　2013年
低エネルギー構造生物学ビームラインBL-1Aの現状

松垣直宏, 山田悠介, シャバスレオナルド, 平木雅彦

物構研サイエンスフェスタ要旨集　1st　2013年
PF構造生物学ビームラインにおける回折データの自動処理

山田悠介, CHAVAS Leonard M. G., 千田俊哉, 松垣直宏

日本結晶学会年会講演要旨集　2013　2013年
構造生物学ビームラインBL-17AとAR-NE3A,および回折実験の自動化開発における現状

山田悠介, 松垣直宏, CHAVAS Leonard M. G., 平木雅彦, 若槻壮市

物構研サイエンスフェスタ要旨集　1st　2013年
PF構造生物ビームラインにおけるデータ管理

山田悠介, 松垣直宏, CHAVAS Leonard M. G., 平木雅彦, 五十嵐教之, 若槻壮市

PFシンポジウム要旨集　29th　2012年
創薬等支援技術基盤プラットフォーム事業におけるPhoton Factoryのとりくみ

松垣直宏, 山田悠介, 平木雅彦, シャバスレオナルド, 五十嵐教之, 清水伸隆, 加藤龍一, 川崎政人, 若槻壮市

日本結晶学会年会講演要旨集　2012　2012年
PF構造生物学研究センターにおける創薬等支援技術基盤プラットフォームによる構造生物学研究の支援と高度化

山田悠介, 松垣直宏, 平木雅彦, CHAVAS M.G. Leonard, 清水伸隆, 五十嵐教之, 川崎政人, 加藤龍一, 若槻壮市

日本生化学会大会(Web)　85th　2012年
創薬等支援基盤プラットフォームによるフォトンファクトリーにおける構造生物学研究の支援と高度化

加藤龍一, 山田悠介, 松垣直宏, 平木雅彦, CHAVAS Leonard, 清水伸隆, 五十嵐教之, 川崎政人, 若槻壮市

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)　35th　2012年
PFにおける低エネルギーSAD法のための多結晶の併合法の開発の現状

岡崎誠司, 山田悠介, 松垣直宏, 五十嵐教之, CHAVAS Leonard M. G,, 平木雅彦, 加藤龍一, 川崎政人, 若槻壮市

PFシンポジウム要旨集　29th　2012年
タンパク質結晶自動交換システムPAMの現状と将来

平木雅彦, 山田悠介, シャバスレオナルド, 松垣直宏, 五十嵐教之, 若槻壮市

PFシンポジウム要旨集　29th　2012年
PF構造生物ビームラインにおける全自動回折実験システムの高度化と汎用化

山田悠介, 松垣直宏, 平木雅彦, CHAVAS Leonard M.G., 五十嵐教之, 若槻壮市

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　25th　2012年
構造生物学用低エネルギービームラインBL-1Aを用いたS-SAD位相決定

松垣直宏, 山田悠介, CHAVAS Leonard, 平木雅彦, 五十嵐教之, 岡崎誠司, 鈴木博紀, 加藤龍一, 川崎政人, 若槻壮市

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　25th　2012年
低エネルギー構造生物学ビームラインBL-1Aの現状

松垣直宏, 山田悠介, CHAVAS Leonard, 平木雅彦, 五十嵐教之, 若槻壮市

PFシンポジウム要旨集　29th　2012年
タンパク質結晶交換システムPAMの現状

平木雅彦, CHAVAS Leonard M.G., 山田悠介, 松垣直宏, 五十嵐教之, 若槻壮市

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　25th　2012年
タンパク質結晶構造解析を支援するロボットの開発

平木雅彦, 山田悠介, CHAVAS Leonard M. G., 松垣直宏, 五十嵐教之, 若槻壮市

KEK Proceedings　(2012-2)　2012年
Structural biology beamlines at the Photon Factory

Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Leonard M. G. Chavas, Masahiko Hiraki, Nobutaka Shimizu, Noriyuki Igarashi, Soichi Wakatsuki

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES　68　S148-S148　2012年

DOI： 10.1107/S0108767312097152 　

ISSN： 2053-2733
PF構造生物学ビームラインにおける回折データセットの収集と解析の自動化

山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, CHAVAS Leonard M.G., 五十嵐教之, 若槻壮市

PFシンポジウム要旨集　28th　2011年
タンパク質結晶自動交換ロボットPAM

平木雅彦, レオナルドシャバス, 山田悠介, 松垣直宏, 五十嵐教之, 若槻壮市

PFシンポジウム要旨集　28th　2011年
タンパク質結晶自動交換ロボットPAM

平木雅彦, CHAVAS Leonard M. G., 山田悠介, 松垣直宏, 五十嵐教之, 若槻壮市

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　24th　2011年
より高度なタンパク質X線結晶構造解析のための回折データ処理の自動化

山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, CHAVAS Leonard M. G., 五十嵐教之, 若槻壮市

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　24th　2011年
PFにおける低エネルギーSAD法のための実験手法開発の現状

岡崎誠司, 山田悠介, 松垣直宏, 五十嵐教之, CHAVAS Leonard M.G., 平木雅彦, 加藤龍一, 川崎政人, 若槻壮市

PFシンポジウム要旨集　28th　2011年
低エネルギーSAD実験用構造生物学ビームラインBL-1Aの現状

松垣直宏, 山田悠介, CHAVAS Leonard, 平木雅彦, 小山篤, 五十嵐教之, 加藤龍一, 川崎政人, 山本樹, 土屋公央, 塩屋達郎, 前澤秀樹, 浅岡聖二, 宮内洋司, 田原俊央, 谷本育律, 若槻壮市

PFシンポジウム要旨集　28th　2011年
構造生物学用低エネルギービームラインの現状

松垣直宏, 山田悠介, CHAVAS Leonard, 平木雅彦, 五十嵐教之, 小山篤, 山本樹, 土屋公央, 塩屋達郎, 青戸智浩, 前澤秀樹, 浅岡聖二, 宮内洋司, 田原俊央, 谷本育律, 若槻壮市

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　24th　2011年
PF構造生物ビームラインにおける高度化への取り組み

山田悠介, 松垣直宏, 平木雅彦, CHAVAS Leonard M.G., 岡崎誠司, 五十嵐教之, 若槻壮市

日本結晶学会年会講演要旨集　2011　2011年
Potential of UV in phasing and its implementation for crystal centering at PF

Leonard M. G. Chavas, Yusuke Yamada, Masahiro Hiraki, Seiji Okazaki, Noriyuki Igarashi, Naohiro Matsugaki, Soichi Wakatsuki

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES　67　C656-C656　2011年

DOI： 10.1107/S0108767311083425 　

ISSN： 2053-2733
Structural biology and SAXS beamlines at the photon factory

Noriyuki Igarashi, Naohiro Matsugaki, Yusuke Yamada, Leonard G. M. Chavas, Masahiko Hiraki, Nobutaka Shimizu, Takeharu Mori, Soichi Wakatsuki

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES　67　C803-C803　2011年

DOI： 10.1107/S0108767311079669 　

ISSN： 2053-2733
Low energy SAD experiments performed at the photon factory BL-1A

Naohiro Matsugaki, Yusuke Yamada, Leonard M. G. Chavas, Masahiko Hiraki, Masato Kawasaki, Ryuichi Kato, Noriyuki Igarashi, Soichi Wakatsuki

ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES　67　C355-C355　2011年

DOI： 10.1107/S0108767311091057 　

ISSN： 2053-2733
低エネルギーマイクロビームビームラインBL-1Aの開発状況

松垣直宏, 山田悠介, チャバスレオナルド, 平木雅彦, 五十嵐教之, 加藤龍一, 川崎政人, 若槻壮市

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　10th　2010年
高エネ研フォトンファクトリーにおける生体高分子X線結晶構造解析ビームラインの高度化

山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 平木雅彦, CHAVAS Leonard M. G., CHAVAS Leonard M. G., 五十嵐教之, 川崎政人, 川崎政人, 加藤龍一, 加藤龍一, 加藤龍一, 若槻壮市, 若槻壮市, 若槻壮市

生化学　2010年

ISSN： 0037-1017
高エネ研フォトンファクトリーにおける低エネルギーX線結晶構造解析ビームラインの開発

加藤龍一, 加藤龍一, 加藤龍一, 松垣直宏, 山田悠介, 平木雅彦, 平木雅彦, CHAVAS Leonard, CHAVAS Leonard, 川崎政人, 川崎政人, 五十嵐教之, 若槻壮市, 若槻壮市, 若槻壮市

生化学　2010年

ISSN： 0037-1017
GFP融合法を用いた低分子量蛋白質の結晶化

鈴木喜大, 平木雅彦, 山田悠介, 松垣直宏, 五十嵐教之, 加藤龍一, DREW David, 岩田想, 若槻壮市, 川崎政人

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　10th　2010年
蛋白質結晶構造解析ビームラインにおける自動測定

山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, CHAVAS Leonard M. G., 五十嵐教之, 若槻壮市

PFシンポジウム要旨集　27th　2010年
ターゲットタンパク研究用ビームラインBL-1A

松垣直宏, 五十嵐教之, 山田悠介, CHAVAS Leonard, 平木雅彦, 加藤龍一, 川崎政人, 山本樹, 土屋公央, 塩屋達郎, 前澤秀樹, 浅岡聖二, 宮内洋司, 田原俊央, 谷本育律, 若槻壮市

PFシンポジウム要旨集　27th　2010年
蛋白質結晶自動交換ロボットの現状と今後の予定

平木雅彦, CHAVAS Leonard M. G., 山田悠介, 松垣直宏, 五十嵐教之, 若槻壮市

PFシンポジウム要旨集　27th　2010年
タンパク質結晶自動交換ロボットPAM

平木雅彦, CHAVAS Leonard M.G., 山田悠介, 松垣直宏, 五十嵐教之, 若槻壮市

日本結晶学会年会講演要旨集　2010　2010年
PF構造生物ビームラインの高度化と自動化

山田悠介, 松垣直宏, CHAVAS Leonard M. G., 平木雅彦, 五十嵐教之, 若槻壮市

日本結晶学会年会講演要旨集　2010　2010年
解析部門高難度蛋白質をターゲットとした放射光X線結晶構造解析技術の開発重原子標識の不要な蛋白質結晶構造解析—Structure determination of proteins without preparing derivative crystals—融合発展する構造生物学とケミカルバイオロジーの最前線 ; ターゲットタンパク研究プログラムの紹介

松垣直宏, 山田悠介, 平木雅彦

蛋白質核酸酵素 / 共立出版株式会社 [編]　54　(12)　1484-1489　2009年9月
出版者・発行元：東京 : 共立出版
ISSN： 0039-9450
PF構造生物ビームラインにおける全自動回折データ収集の実現への取り組み

平木雅彦, 山田悠介, 松垣直宏, 五十嵐教之, 若槻壮市

PFシンポジウム要旨集　26th　2009年
タンパク質結晶交換ロボットによる測定の自動化とサンプル用カセットの共通化

平木雅彦, 山田悠介, 松垣直宏, 五十嵐教之, 若槻壮市, 藤橋雅宏, 上野剛, 馬場清喜, 鈴木守

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　22nd　2009年
フォトンファクトリー構造生物ビームラインの開発状況

五十嵐教之, 松垣直宏, 山田悠介, CHAVAS Leonard MG, 平木雅彦, 若槻壮市

日本結晶学会年会講演要旨集　2009　2009年
創薬研究に最適化されたビームラインAR-NE3Aと全自動データ収集・処理システムの開発

山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, CHAVAS Leonard M. G., 五十嵐教之, 若槻壮市

日本結晶学会年会講演要旨集　2009　2009年
結晶交換システムPAMの高度化

平木雅彦, 山田悠介, 松垣直宏, CHAVAS Leonard, 五十嵐教之, 若槻壮市

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　23rd　2009年
創薬研究に最適化された構造生物学ビームラインAR-NE3Aの開発と回折実験の自動化

山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, CHAVAS Leonard M.G., 五十嵐教之, 若槻壮市

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　23rd　2009年
PFにおけるタンパク質結晶X線構造解析ビームラインの現状

松垣直宏, 山田悠介, 平木雅彦, 五十嵐教之, 川崎政人, 加藤龍一, 若槻壮市

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　9th　2009年
ターゲットタンパク研究プログラムの紹介 2.解析部門高難度蛋白質をターゲットとした放射光X線結晶構造解析技術の開発重原子標識の不要な蛋白質結晶構造解析

松垣直宏, 山田悠介, 平木雅彦, 五十嵐教之, 若槻壮市

蛋白質核酸酵素　54　(12)　2009年

ISSN： 0039-9450
創薬に向けた蛋白質結晶構造解析ビームラインPF-AR NE3A

山田悠介, 菊地貴司, 森丈晴, 豊島章雄, 岸本俊二, 五十嵐教之, 松垣直宏, 平木雅彦, 川崎政人, 加藤龍一, 若槻壮市

PFシンポジウム要旨集　26th　2009年
高エネ研フォトンファクトリーにおける最新のタンパク質X線結晶構造解析用ビームラインの開発

加藤龍一, 加藤龍一, 加藤龍一, 松垣直宏, 平木雅彦, 山田悠介, 山田悠介, CHAVAS Leonard, CHAVAS Leonard, 川崎政人, 川崎政人, 若槻壮市, 若槻壮市, 若槻壮市

生化学　2009年

ISSN： 0037-1017
ターゲットタンパク研究用ビームラインBL-1Aの建設計画

松垣直宏, 五十嵐教之, 山田悠介, 平木雅彦, 加藤龍一, 川崎政人, 山本樹, 土屋公央, 塩屋達郎, 前澤秀樹, 浅岡聖二, 宮内洋司, 田原俊央, 谷本育律, 若槻壮市

PFシンポジウム要旨集　26th　2009年
構造生物学用低エネルギービームラインの開発

松垣直宏, 五十嵐教之, 山田悠介, 平木雅彦, 加藤龍一, 川崎政人, 山本樹, 土屋公央, 塩屋達郎, 前澤秀樹, 浅岡聖二, 宮内洋司, 田原俊央, 谷本育律, 若槻壮市

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　22nd　2009年
PF構造生物学研究用ビームラインの現状と今後

五十嵐教之, 松垣直宏, 山田悠介, 平木雅彦, 若槻壮市

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　22nd　2009年
創薬に向けた蛋白質結晶構造解析ビームラインPF-AR NE3A

山田悠介, 菊地貴司, 森丈晴, 豊島章雄, 岸本俊二, 五十嵐教之, 松垣直宏, 平木雅彦, 若槻壮市

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　22nd　2009年
高エネ研フォトンファクトリーにおけるタンパク質X線結晶構造解析用ビームラインとその成果

若槻壮市, 若槻壮市, 若槻壮市, 加藤龍一, 加藤龍一, 加藤龍一, 五十嵐教之, 五十嵐教之, 平木雅彦, 松垣直宏, 川崎政人, 川崎政人, 山田悠介, 山田悠介, CHAVAS Leonard, CHAVAS Leonard

KEK Proceedings　(2009-10 (Web))　2009年
創薬に向けた新構造生物学ビームラインAR-NE3A

山田悠介, 菊地貴司, 森丈晴, 豊島章雄, 岸本俊二, 五十嵐教之, 松垣直宏, 平木雅彦, 川崎政人, 加藤龍一, 若槻壮市

PFシンポジウム要旨集　25th　2008年
創薬研究に向けた新タンパク質結晶構造解析ビームラインPF-AR NE3A

山田悠介, 五十嵐教之, 松垣直宏, 平木雅彦, 若槻壮市

放射光　20　(5)　322-323　2007年9月30日

ISSN： 0914-9287
蛋白質結晶評価技術の新展開

平木雅彦, 五十嵐教之, 加藤龍一, 山田悠介, 松垣直宏, 川崎政人, 若槻壮市

日本結晶成長学会誌 = Journal of the Japanese Association for Crystal Growth　34　(3)　131-138　2007年9月23日
出版者・発行元：日本結晶成長学会
ISSN： 0385-6275

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構造生物学は生命科学や基礎医学の分野だけでなく,創薬,食品,環境等の応用分野においても重要な学問となっている.各国で進められてきた網羅的な蛋白質構造解析プロジェクトは,X線結晶構造解析に必要な結晶化,X線源,検出器などの要素技術開発を加速してきたが,同時にターゲットとなる蛋白質結晶の評価技術も格段に進歩してきた.本稿では,まず現在広く行われている蛋白質結晶化法と結晶評価技術を概観し,次に新しい要素技術を基にした結晶評価技術について述べる.さらに今後重要となってくる数ミクロン以下の蛋白質微小結晶の結晶評価及び構造解析について,新世代の技術を用いた方法を紹介する.
PF構造生物学ビームラインにおける自動化の推進

松垣直宏, 山田悠介, 五十嵐教之, 平木雅彦, GAPONOV Yurii, 若槻壮市

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　21st　2007年
PF構造生物学研究用ビームラインの整備・開発状況

五十嵐教之, 松垣直宏, 山田悠介, 平木雅彦, 若槻壮市

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　21st　2007年
KEK-PF構造生物学ビームラインにおけるサンプル交換ロボット

平木雅彦, 山田悠介, 松垣直宏, 五十嵐教之, 若槻壮市

日本結晶学会年会講演要旨集　2007　2007年
PF構造生物学ビームラインの高度化・自動化に向けた取り組み

山田悠介, 五十嵐教之, 松垣直宏, 平木雅彦, GAPONOV Yurii, 若槻壮市

日本結晶学会年会講演要旨集　2007　2007年
高感度・高分解能X線HARP-FEA検出器の開発

三好敏喜, 五十嵐教之, 小林正則, 兵藤一行, 平野馨一, 松垣直宏, 山田悠介, 若槻壮市, 谷岡健吉, 江上典文, 久保田節, 河合輝男

PFシンポジウム要旨集　24th　2007年
フォトンファクトリーにおける低エネルギー利用実験の実践と今後の展開

山田悠介, 五十嵐教之, 松垣直宏, 平木雅彦, 川崎政人, 加藤龍一, 若槻壮市

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　21st　2007年
KEK-PFにおける蛋白質構造解析の自動化

平木雅彦, 渡部正景, 山田悠介, 松垣直宏, 五十嵐教之, GAPONOV Yurii, 若槻壮市

KEK Proceedings　(2007-1)　2007年
タンパク質結晶交換ロボットの現状と安定化

平木雅彦, 山田悠介, 松垣直宏, 五十嵐教之, GAPONOV Yurii, 若槻壮市

日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　21st　2007年

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共同研究・競争的資金等の研究課題 7

回折イメージング法による結晶化ドロップ評価および最適結晶化条件探索の自動化

山田悠介

提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

研究種目：Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research

研究機関：High Energy Accelerator Research Organization

2016年4月1日～ 2019年3月31日

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タンパク質X線結晶構造解析はタンパク質の立体構造を原子レベルで明らかにすることが出来る非常に強力なツールである。しかしながら解析に十分な回折能を有する結晶を得ることが重要で、このための技術開発が求められている。本研究では、タンパク質結晶が析出した結晶化ドロップ全体に対して微小なX線を走査し、それぞれの箇所で得られる回折パターンを解析して得られる指標をマッピングすることで、結晶化ドロップ中のタンパク質結晶の位置や大きさ、個数、回折能などを可視化する回折イメージング法を開発した。また、この可視化されたイメージと結晶化条件を結び付けて、さらに良い結晶化条件を探索することを試みた。
膜タンパク質複合体のS-SAD法による構造解析

加藤龍一, 牧尾尚能, 松垣直宏, 山田悠介, 萬谷博

提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

研究種目：Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research

研究機関：High Energy Accelerator Research Organization

2015年4月1日～ 2018年3月31日

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先天性筋ジストロフィー症に関わる膜タンパク質複合体 POMT1-POMT2 の立体構造解析のため、哺乳類培養細胞での発現実験を行ったが発現量が非常に少なく、改善を試みたが結晶化を行うのに十分なタンパク質が得られなかった。そこで、昆虫虫体で発現させたタンパク質が体内で結晶化する方法を検討をしたが、目的タンパク質の発現は確認できなかった。膜タンパク質であるPOMT1-POMT2 のＸ線結晶構造解析を、硫黄原子の異常分散効果を利用する位相決定法（S-SAD 法）で行う手法の開発については、高エネ機構の放射光ビームラインで標準タンパク質を用いてS-SAD 法の改良を行い、十分な成果が得られた。
低エネルギーSAD法における回折データの高シグナル低ノイズ化に向けた技術開発

山田悠介

提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

研究種目：Grant-in-Aid for Young Scientists (A)

研究機関：High Energy Accelerator Research Organization

2009年～ 2011年

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本課題ではタンパク質X線結晶構造解析の位相決定手法の一つである低エネルギーSAD法について、回折データに存在する微弱な異常散乱シグナルを高精度に測定するための技術開発を行ってきた。その結果として、測定試料のまわりのX線吸収効果を低減するためのヘリウムガス吹付装置とヘリウム置換用チャンバー、そして取得したデータからいち早く異常散乱シグナルのレベルを評価するための回折データ処理システムの開発を行った。
超微小タンパク質結晶試料可視化技術の開発による全自動データ収集の実現

五十嵐教之, 若槻壮市, 平木雅彦, 松垣直宏, 山田悠介

提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

研究機関：High Energy Accelerator Research Organization

2009年～ 2011年

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本研究では、可視光では認識困難な微小結晶試料を、エッジ強調により認識可能にする装置を開発し、自動認識アルゴリズムを開発することにより、微小結晶試料の全自動測定システムの開発に繋げることを目的とした。研究を進める上で、視界深度不足、微小領域照度不足などの問題が明らかになり、全自動測定システムに組み込むには至らなかったが、ハードソフト両面で要素技術開発はほぼ終了することができ、実用化への目途を立てることができた。
タンパク質X線結晶構造解析を加速する結晶装填システムの高度化

平木雅彦, 若槻壮市, 加藤龍一, 川崎政人, 五十嵐教之, 松垣直宏, 山田悠介

提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

研究機関：High Energy Accelerator Research Organization

2008年～ 2010年

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タンパク質X線結晶構造解析の一連のプロセスの内、結晶を保持しているサンプルホルダーを液体窒素デュワー内の結晶保存用カセットに装填するためのシステム開発を行った。また、キャリブレーション法も開発し、トラブル率0.1%程度で安定に動作することを確認した。さらに実際にタンパク質結晶を用いてテスト実験を行い、カセットに装填されたタンパク質結晶を用いたデータ測定、構造解析が問題なく行えることを確認した。
転写制御とDNA修復に関わるLys63結合ユビキチン認識機構の解明

川崎政人, 若槻壮市, 加藤龍一, 五十嵐教之, 平木雅彦, 松垣直宏, 山田悠介, 鈴木喜大

提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

研究機関：High Energy Accelerator Research Organization

2007年～ 2008年

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NF-κBは、免疫、炎症、抗アポトーシスなどに関わる様々な遺伝子の転写を活性化する転写因子であり、NEMOにより活性化される。NEMOはLys63結合ユビキチン鎖と結合すると報告されていたが、意外なことにユビキチンが直列につながったタンデムユビキチン鎖により強く結合してNF-κBを活性化することが判明した。タンデムユビキチンとNEMOの複合体の結晶構造解析の結果、NEMOはコイルドコイル二量体の両面で2分子のタンデムユビキチンを対称的に結合しており、NEMOによるユビキチン鎖の選択的認識機構が明らかになった。
放射光低エネルギーX線を用いた蛋白質結晶構造解析手法の開発

山田悠介

2006年～ 2007年

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低エネルギー領域のX線を利用した蛋白質結晶の解析手法(低エネルギーSAD法)は、解析の困難な膜蛋白質や高等生物由来の蛋白質にも適用が可能な手法として期待されている。しかしながら、解析に用いる軽原子からの異常散乱シグナルが非常に微弱であることや、低エネルギー領域ではX線の吸収効果が増大しデータ精度を悪化させる要因となることから、回折実験ではシグナルの向上させとノイズを極力減らすよう格段の配慮が必要となる。本研究では、低エネルギーSAD法をより高度化、汎用化させることを目的として、放射光ビームラインを用いて精度の高いデータ収集を行うための実験手法の開発を行ってきた。平成19年度は、複数の結晶からの回折データの足し合わせ、及び平均化を行うことで、データ精度を向上させ、正確な異常散乱シグナルを測定して解析の成功率を向上させることが出来ないかどうかについて検討を行った。その結果、2〜3個の結晶を平均化するとデータの質は悪化し、解析の成功率が下がるが、ある程度以上の数の結晶を用いることで、データの質が改善し、解析の成功率が上がることが分かった。この結果は回折データの足し合わせの有効性を示すだけでなく、微小な結晶のように放射線損傷の影響で単一の結晶から回折データセットを取得できないような試料に対しても、複数の結晶で精度の高い完全データセットを得ることが可能であることを示唆しており、大変有意義なものである。

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