Details of the Researcher

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Yusuke Yamada
Section
International Center for Synchrotron Radiation Innovation Smart
Job title
Associate Professor
Degree

  • 博士（理学）（総合研究大学院大学）

  • 修士（理学）（東京工業大学）

Research History 3

  • 2024/04 - Present
    Tohoku University　International Center for Synchrotron Radiation Innovation Smart　Assistant Professor

  • 2022/12 - 2024/03
    High Energy Accelerator Research Organization　Institute of Materials Structure Science　Associate Professor

  • 2004/08 - 2022/12
    High Energy Accelerator Research Organization　Institute of Materials Structure Science　Assistant Professor

Research Interests 12

  • X線結晶構造解析

  • 構造生物学

  • 低エネルギーSAD法

  • 低エネルギーX線

  • 放射光

  • タンパク質結晶構造解析

  • 位相決定

  • X線結晶学

  • 放射線損傷

  • SAD法

  • X線結晶解析

  • タンパク質

Research Areas 3

  • Life sciences / Structural biochemistry /

  • Informatics / Mechanics and mechatronics /

  • Informatics / Robotics and intelligent systems /

Papers 57

  1. Development of a direct reading system for an RFID-tagged Uni-puck in liquid nitrogen

    M. Hiraki, N. Matsugaki, Y. Yamada, M. Hikita, T. Senda

    Journal of Physics: Conference Series　2380　(1)　2022

    DOI： 10.1088/1742-6596/2380/1/012105 　

    ISSN： 1742-6588

    eISSN： 1742-6596

  2. A fully automated crystallization apparatus for small protein quantities. International-journal

    Ryuichi Kato, Masahiko Hiraki, Yusuke Yamada, Mikio Tanabe, Toshiya Senda

    Acta crystallographica. Section F, Structural biology communications　77　(Pt 1)　29-36　2021/01/01

    DOI： 10.1107/S2053230X20015514 　

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    In 2003, a fully automated protein crystallization and monitoring system (PXS) was developed to support the structural genomics projects that were initiated in the early 2000s. In PXS, crystallization plates were automatically set up using the vapor-diffusion method, transferred to incubators and automatically observed according to a pre-set schedule. The captured images of each crystallization drop could be monitored through the internet using a web browser. While the screening throughput of PXS was very high, the demands of users have gradually changed over the ensuing years. To study difficult proteins, it has become important to screen crystallization conditions using small amounts of proteins. Moreover, membrane proteins have become one of the main targets for X-ray crystallography. Therefore, to meet the evolving demands of users, PXS was upgraded to PXS2. In PXS2, the minimum volume of the dispenser is reduced to 0.1 µl to minimize the amount of sample, and the resolution of the captured images is increased to five million pixels in order to observe small crystallization drops in detail. In addition to the 20°C incubators, a 4°C incubator was installed in PXS2 because crystallization results may vary with temperature. To support membrane-protein crystallization, PXS2 includes a procedure for the bicelle method. In addition, the system supports a lipidic cubic phase (LCP) method that uses a film sandwich plate and that was specifically designed for PXS2. These improvements expand the applicability of PXS2, reducing the bottleneck of X-ray protein crystallography.

  3. Development of microspectrophotometer for the macromolecular crystallography beamline at the Photon Factory, Japan

    Masahide Hikita, Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Masahiko Hiraki, Toshiya Senda

    Acta Crystallographica Section A Foundations and Advances　75　(a2)　e735-e735　2019/08/18

    Publisher: International Union of Crystallography (IUCr)

    DOI： 10.1107/s2053273319088211 　

    ISSN： 2053-2733

  4. Current status of sample exchange robots on the Photon Factory macromolecular crystallography beamlines

    Masahiko Hiraki, Naohiro Matsugaki, Yusuke Yamada, Masahide Hikita, Toshiya Senda

    Acta Crystallographica Section A Foundations and Advances　75　(a2)　e740-e740　2019/08/18

    Publisher: International Union of Crystallography (IUCr)

    DOI： 10.1107/s2053273319088168 　

    ISSN： 2053-2733

  5. Long-wavelength native-SAD phasing: opportunities and challenges. International-journal Peer-reviewed

    Shibom Basu, Vincent Olieric, Filip Leonarski, Naohiro Matsugaki, Yoshiaki Kawano, Tomizaki Takashi, Chia-Ying Huang, Yusuke Yamada, Laura Vera, Natacha Olieric, Jerome Basquin, Justyna A Wojdyla, Oliver Bunk, Kay Diederichs, Masaki Yamamoto, Meitian Wang

    IUCrJ　6　(Pt 3)　373-386　2019/05/01

    DOI： 10.1107/S2052252519002756 　

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    Native single-wavelength anomalous dispersion (SAD) is an attractive experimental phasing technique as it exploits weak anomalous signals from intrinsic light scatterers (Z < 20). The anomalous signal of sulfur in particular, is enhanced at long wavelengths, however the absorption of diffracted X-rays owing to the crystal, the sample support and air affects the recorded intensities. Thereby, the optimal measurable anomalous signals primarily depend on the counterplay of the absorption and the anomalous scattering factor at a given X-ray wavelength. Here, the benefit of using a wavelength of 2.7 over 1.9 Å is demonstrated for native-SAD phasing on a 266 kDa multiprotein-ligand tubulin complex (T2R-TTL) and is applied in the structure determination of an 86 kDa helicase Sen1 protein at beamline BL-1A of the KEK Photon Factory, Japan. Furthermore, X-ray absorption at long wavelengths was controlled by shaping a lysozyme crystal into spheres of defined thicknesses using a deep-UV laser, and a systematic comparison between wavelengths of 2.7 and 3.3 Å is reported for native SAD. The potential of laser-shaping technology and other challenges for an optimized native-SAD experiment at wavelengths >3 Å are discussed.

  6. RFID Tag System for Sample Tracking at Structural Biology Beamlines Peer-reviewed

    Masahiko Hiraki, Naohiro Matsugaki, Yusuke Yamada, Masahide Hikita, Masashi Yamanaka, Toshiya Senda

    AIP Conference Proceedings　2054　060074　2019/01

  7. Classification of X-Ray Protein Crystallization Using Deep Convolutional Neural Networks with a Finder Module. Peer-reviewed

    Yusei Miura, Tetsuya Sakurai, Claus Aranha, Toshiya Senda, Ryuichi Kato, Yusuke Yamada

    CoRR　abs/1812.10087　2018

  8. The first crystal structure of a family 129 glycoside hydrolase from a probiotic bacterium reveals critical residues and metal cofactors Peer-reviewed

    Mayo Sato, Dorothee Liebschner, Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Takatoshi Arakawa, Siobhan S. Wills, Mitchell Hattie, Keith A. Stubbs, Tasuku Ito, Toshiya Senda, Hisashi Ashida, Shinya Fushinobu

    JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY　292　(29)　12126-12138　2017/07

    DOI： 10.1074/jbc.M117.777391 　

    ISSN： 0021-9258

    eISSN： 1083-351X

  9. Crystallographic analysis of murine p24 gamma 2 Golgi dynamics domain Peer-reviewed

    Masamichi Nagae, Dorothee Liebschner, Yusuke Yamada, Kana Morita-Matsumoto, Naohiro Matsugaki, Toshiya Senda, Morihisa Fujita, Taroh Kinoshita, Yoshiki Yamaguchi

    PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS　85　(4)　764-770　2017/04

    DOI： 10.1002/prot.25242 　

    ISSN： 0887-3585

    eISSN： 1097-0134

  10. Developments of Sample Exchange Robot at Protein Crystallography Beamline and Sample Preparation Cooperative Robot

    HIRAKI Masahiko, NAKAMURA Tetsuro, KUWABARA Naoyuki, HARADA Ayaka, KOIWAI Kotaro, MATSUGAKI Naohiro, YAMADA Yusuke, HIKITA Masahide, SENDA Toshiya

    The Proceedings of JSME annual Conference on Robotics and Mechatronics (Robomec)　2017　2A2-H10　2017

    Publisher: The Japan Society of Mechanical Engineers

    DOI： 10.1299/jsmermd.2017.2A2-H10 　

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    <p>It is important to solve structures of bio-macromolecules (protein, etc.), for structure-based drug design as well as understanding of biological processes. One of the most popular methods for protein structure analysis is X-ray crystallography. Sample exchange robots have been developed and installed to protein crystallography beamlines at Photon Factory synchrotron in Tsukuba. A beamline BL-1A, one of the protein crystallography beamlines, was built for lower energy experiments. For effective lower energy experiments, we covered whole diffractometer with a helium chamber. In addition, we developed a new sample exchange robot to minimize a leak of helium gas. All BL-1A users have to prepare sample cassettes because BL-1A is the beamline for robot use only. Therefore, we are developing sample preparation robot so that even a beginner can prepare easily. The first X-ray experimental results of protein crystals prepared by a prototype of sample preparation robot are shown in this paper.</p>

  11. Protein crystallography beamline BL2S1 at the Aichi synchrotron Peer-reviewed

    Nobuhisa Watanabe, Takayuki Nagae, Yusuke Yamada, Ayana Tomita, Naohiro Matsugaki, Masao Tabuchi

    JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION　24　338-343　2017/01

    DOI： 10.1107/S1600577516018579 　

    ISSN： 1600-5775

  12. Protein crystallography beamline BL2S1 at the Aichi synchrotron Peer-reviewed

    Nobuhisa Watanabe, Takayuki Nagae, Yusuke Yamada, Ayana Tomita, Naohiro Matsugaki, Masao Tabuchi

    Journal of Synchrotron Radiation　24　(1)　338-343　2017/01/01

    Publisher: International Union of Crystallography

    DOI： 10.1107/S1600577516018579 　

    ISSN： 1600-5775 0909-0495

  13. Crystal structure of an IclR homologue from Microbacterium sp strain HM58-2 Peer-reviewed

    Tomonori Akiyama, Yusuke Yamada, Naoki Takaya, Shinsaku Ito, Yasuyuki Sasaki, Shunsuke Yajima

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS　73　(Pt 1)　16-23　2017/01

    DOI： 10.1107/S2053230X16019208 　

    ISSN： 2053-230X

  14. On the influence of crystal size and wavelength on native SAD phasing Peer-reviewed

    Dorothee Liebschner, Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Miki Senda, Toshiya Senda

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-STRUCTURAL BIOLOGY　72　(Pt 6)　728-741　2016/06

    DOI： 10.1107/S2059798316005349 　

    ISSN： 2059-7983

  15. In-situ data collection at the Photon Factory macromolecular crystallography beamlines Peer-reviewed

    Yamada Yusuke, Hiraki Masahiko, Matsugaki Naohiro, Kato Ryuichi, Senda Toshiya

    PROCEEDINGS OF THE 12TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON SYNCHROTRON RADIATION INSTRUMENTATION (SRI2015)　1741　2016

    DOI： 10.1063/1.4952943 　

    ISSN： 0094-243X

  16. Development of Sample Exchange Robot PAM-HC for Beamline BL-1A at the Photon Factory Peer-reviewed

    Hiraki Masahiko, Matsugaki Naohiro, Yamada Yusuke, Senda Toshiya

    PROCEEDINGS OF THE 12TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON SYNCHROTRON RADIATION INSTRUMENTATION (SRI2015)　1741　2016

    DOI： 10.1063/1.4952852 　

    ISSN： 0094-243X

  17. Expanded potential of seleno-carbohydrates as a molecular tool for X-ray structural determination of a carbohydrate-protein complex with single/multi-wavelength anomalous dispersion phasing Peer-reviewed

    Tatsuya Suzuki, Hisayoshi Makyio, Hiromune Ando, Naoko Komura, Masanori Menjo, Yusuke Yamada, Akihiro Imamura, Hideharu Ishida, Soichi Wakatsuki, Ryuichi Kato, Makoto Kiso

    BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY　22　(7)　2090-2101　2014/04

    DOI： 10.1016/j.bmc.2014.02.023 　

    ISSN： 0968-0896

    eISSN： 1464-3391

  18. New methodologies at PF AR-NW12A: the implementation of high-pressure macromolecular crystallography Peer-reviewed

    Leonard Michel Gabriel Chavas, Tadayuki Nagae, Hiroyuki Yamada, Nobuhisa Watanabe, Yusuke Yamada, Masahiko Hiraki, Naohiro Matsugaki

    JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION　20　(Pt 6)　838-842　2013/11

    DOI： 10.1107/S0909049513020797 　

    ISSN： 0909-0495

    eISSN： 1600-5775

  19. Improvement of an automated protein crystal exchange system PAM for high-throughput data collection Peer-reviewed

    Masahiko Hiraki, Yusuke Yamada, Leonard M. G. Chavas, Soichi Wakatsuki, Naohiro Matsugaki

    JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION　20　(Pt 6)　890-893　2013/11

    DOI： 10.1107/S0909049513021067 　

    ISSN： 0909-0495

    eISSN： 1600-5775

  20. Improvements toward highly accurate diffraction experiments at the macromolecular micro-crystallography beamline BL-17A Peer-reviewed

    Yusuke Yamada, Leonard M. G. Chavas, Noriyuki Igarashi, Masahiko Hiraki, Soichi Wakatsuki, Naohiro Matsugaki

    Journal of Synchrotron Radiation　20　(6)　938-942　2013/11

    DOI： 10.1107/S0909049513022875 　

    ISSN： 0909-0495 1600-5775

  21. Structural basis of preferential binding of fucose-containing saccharide by the Caenorhabditis elegans galectin LEC-6 Peer-reviewed

    Hisayoshi Makyio, Tomoharu Takeuchi, Mayumi Tamura, Kazusa Nishiyama, Hideyo Takahashi, Hideaki Natsugari, Yoichiro Arata, Ken-Ichi Kasai, Yusuke Yamada, Soichi Wakatsuki, Ryuichi Kato

    Glycobiology　23　(7)　797-805　2013/07

    DOI： 10.1093/glycob/cwt017 　

    ISSN： 0959-6658 1460-2423

    eISSN： 1460-2423

  22. Data management system at the Photon Factory macromolecular crystallography beamline Peer-reviewed

    Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Leonard, M. G. Chavas, Masahiko Hiraki, Noriyuki Igarashi, Soichi Wakatsuki

    Journal of Physics: Conference Series　425　(1)　012017-1-012017-4　2013/04

    Publisher: IOP Publishing

    DOI： 10.1088/1742-6596/425/1/012017 　

    ISSN： 1742-6588

    eISSN： 1742-6596

  23. Current status and future prospects of an automated sample exchange system PAM for protein crystallography Peer-reviewed

    Masahiko Hiraki, Yusuke Yamada, Leonard, M. G. Chavas, Naohiro Matsugaki, Noriyuki Igarashi, Soichi Wakatsuki

    Journal of Physics: Conference Series　425　(1)　012014-1-012014-4　2013/04

    Publisher: IOP Publishing

    DOI： 10.1088/1742-6596/425/1/012014 　

    ISSN： 1742-6588

    eISSN： 1742-6596

  24. 10 years of protein crystallography at AR-NW12A beamline Peer-reviewed

    Leonard M. G. Chavas, Yusuke Yamada, Masahiko Hiraki, Noriyuki Igarashi, Naohiro Matsugaki, Soichi Wakatsuki

    Journal of Physics: Conference Series　425　(1)　012008-1-012008-4　2013/04

    Publisher: IOP Publishing

    DOI： 10.1088/1742-6596/425/1/012008 　

    ISSN： 1742-6588

    eISSN： 1742-6596

  25. 1P001 Promotion of the Platform for Drug discovery, Informatics, and Structural life science (PDIS) project at Photon Factory in KEK(01A. Protein:Structure,Poster)

    Kato Ryuichi, Matsugaki Naohiro, Yamada Yusuke, Chavas Leonard, Yumoto Fumiaki, Kawasaki Masato, Hiraki Masahiko, Senda Toshiya

    Seibutsu Butsuri　53　(1)　S106　2013

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

    DOI： 10.2142/biophys.53.S106_1 　

  26. Fully Automated Data Collection and Processing System on Macromolecular Crystallography Beamlines at the PF

    YAMADA Yusuke, HIRAKI Masahiko, MATSUGAKI Naohiro, CHAVAS Leonard M. G., IGARASHI Noriyuki, WAKATSUKI Soichi

    X-RAYS　54　(6)　359-363　2012/12/31

    Publisher: The Crystallographic Society of Japan

    DOI： 10.5940/jcrsj.54.359 　

    ISSN： 0369-4585

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    Fully automated data collection and processing system has been developed on macromolecular crystallography beamlines at the Photon Factory. In this system, the sample exchange, centering and data collection are sequentially performed for all samples stored in the sample exchange system at a beamline without any manual operations. Data processing of collected data sets is also performed automatically. These results are stored into the database system, and users can monitor the progress and results of automated experiment via a Web browser.

  27. Beamline AR-NW12A: High-throughput beamline for macromolecular crystallography at the Photon Factory Peer-reviewed

    Chavas L.M.G, Matsugaki N, Yamada Y, Hiraki M, Igarashi N, Suzuki M, Wakatsuki S

    Journal of Synchrotron Radiation　19　(3)　450-454　2012

    Publisher: International Union of Crystallography (IUCr)

    DOI： 10.1107/S0909049512009727 　

    ISSN： 0909-0495

    eISSN： 1600-5775

  28. UV LED lighting for automated crystal centring Peer-reviewed

    Leonard M. G. Chavas, Yusuke Yamada, Masahiko Hiraki, Noriyuki Igarashi, Naohiro Matsugaki, Soichi Wakatsuki

    JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION　18　(1)　11-15　2011/01

    DOI： 10.1107/S0909049510028670 　

    ISSN： 0909-0495

    eISSN： 1600-5775

  29. Crystallization of small proteins assisted by green fluorescent protein Peer-reviewed

    Nobuhiro Suzuki, Masahiko Hiraki, Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Noriyuki Igarashi, Ryuichi Kato, Ivan Dikic, David Drew, So Iwata, Soichi Wakatsuki, Masato Kawasaki

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY　66　(Pt 10)　1059-1066　2010/10

    DOI： 10.1107/S0907444910032944 　

    ISSN： 0907-4449

  30. Advancement of Synchrotron Radiation Protein Crystallography Aimed by the Targeted Protein Research Program: Beamline Developments at the Photon Factory Peer-reviewed

    Soichi Wakatsuki, Yusuke Yamada, Leonard M. G. Chavas, Noriyuki Igarashi, Masato Kawasaki, Ryuichi Kato, Masahiko Hiraki, Naohiro Matsugaki

    YAKUGAKU ZASSHI-JOURNAL OF THE PHARMACEUTICAL SOCIETY OF JAPAN　130　(5)　631-640　2010/05

    DOI： 10.1248/yakushi.130.631 　

    ISSN： 0031-6903

  31. Fully Automated Data Collection Using PAM and the Development of PAM/SPACE Reversible Cassettes Peer-reviewed

    Hiraki Masahiko, Watanabe Shokei, Chavas Leonard M. G, Yamada Yusuke, Matsugaki Naohiro, Igarashi Noriyuki, Wakatsuki Soichi, Fujihashi Masahiro, Miki Kunio, Baba Seiki, Ueno Go, Yamamoto Masaki, Suzuki Mamoru, Nakagawa Atsushi, Watanabe Nobuhisa, Tanaka Isao

    SRI 2009: THE 10TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON SYNCHROTRON RADIATION INSTRUMENTATION　1234　673-+　2010

    DOI： 10.1063/1.3463297 　

    ISSN： 0094-243X

  32. AR-NE3A, a New Macromolecular Crystallography Beamline for Pharmaceutical Applications at the Photon Factory Peer-reviewed

    Yamada Yusuke, Hiraki Masahiko, Sasajima Kumiko, Matsugaki Naohiro, Igarashi Noriyuki, Amano Yasushi, Warizaya Masaichi, Sakashita Hitoshi, Kikuchi Takashi, Mori Takeharu, Toyoshima Akio, Kishimoto Shunji, Wakatsuki Soichi

    SRI 2009: THE 10TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON SYNCHROTRON RADIATION INSTRUMENTATION　1234　415-+　2010

    DOI： 10.1063/1.3463228 　

    ISSN： 0094-243X

  33. [Structure determination of proteins without preparing derivative crystals]. Peer-reviewed

    Matsugaki N, Yamada Y, Hiraki M, Igarashi N, Wakatsuki S

    Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme　54　(12 Suppl)　1484-1489　2009/09

    ISSN： 0039-9450

  34. X-ray beam stabilization at BL-17A, the protein microcrystallography beamline of the Photon Factory Peer-reviewed

    Noriyuki Igarashi, Kazuyuki Ikuta, Toshinobu Miyoshi, Naohiro Matsugaki, Yusuke Yamada, Mohammad S. Yousef, Soichi Wakatsuki

    JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION　15　(Pt 3)　292-295　2008/05

    DOI： 10.1107/S0909049507067118 　

    ISSN： 0909-0495

  35. Implementation of remote monitoring and diffraction evaluation systems at the Photon Factory macromolecular crystallography beamlines Peer-reviewed

    Yusuke Yamada, Nobuo Phonda, Naohiro Matsugaki, Noriyuki Igarashi, Masahiko Hiraki, Soichi Wakatsuki

    JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION　15　(Pt 3)　296-299　2008/05

    DOI： 10.1107/S0909049508004019 　

    ISSN： 0909-0495

  36. High-throughput operation of sample-exchange robots with double tongs at the Photon Factory beamlines Peer-reviewed

    Masahiko Hiraki, Shokei Watanabe, Nobuo Phonda, Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Noriyuki Igarashi, Yurii Gaponov, Soichi Wakatsuki

    JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION　15　(Pt 3)　300-303　2008/05

    DOI： 10.1107/S0909049507064680 　

    ISSN： 0909-0495

  37. Development of an X-ray HARP-FEA detector system for high-throughput protein crystallography Peer-reviewed

    Toshinobu Miyoshi, Noriyuki Igarashi, Naohiro Matsugaki, Yusuke Yamada, Keiichi Hirano, Kazuyuki Hyodo, Kenkichi Tanioka, Norifumi Egami, Masakazu Namba, Misao Kubota, Teruo Kawai, Soichi Wakatsuki

    JOURNAL OF SYNCHROTRON RADIATION　15　(Pt 3)　281-284　2008/05

    DOI： 10.1107/S0909049508006584 　

    ISSN： 0909-0495

  38. 2P-031 Structure determination of a native protein crystal by S-SAD phasing with synchrotron radiation(The 46th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)

    Yamada Yusuke, Igarashi Noriyuki, Matsugaki Naohiro, Hiraki Masahiko, Kawasaki Masato, Kato Ryuichi, Wakatsuki Soichi

    Seibutsu Butsuri　48　S79　2008

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

    DOI： 10.2142/biophys.48.S79_6 　

  39. 1S6-4 Structure determination of a native protein crystal by S-SAD phasing with synchrotron radiation(1S6 Cutting edge of protein crystallography with synchrotron radiation,The 46th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan)

    Yamada Yusuke, Igarashi Noriyuki, Matsugaki Naohiro, Hiraki Masahiko, Kawasaki Masato, Kato Ryuichi, Wakatsuki Soichi

    Seibutsu Butsuri　48　S5　2008

    Publisher: The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

    DOI： 10.2142/biophys.48.S5_6 　

  40. Automation in Structural Biology Beamlines of the Photon Factory

    IGARASHI Noriyuki, HIRAKI Masahiko, MATSUGAKI Naohiro, YAMADA Yusuke, WAKATSUKI Soichi

    X-RAYS　49　(6)　359-363　2007/12/31

    Publisher: The Crystallographic Society of Japan

    DOI： 10.5940/jcrsj.49.359 　

    ISSN： 0369-4585

    More details Close

    The Photon Factory currently operates four synchrotron beamlines for protein crystallography and two more beamlines are scheduled to be constructed in the next years. Over the last years these beamlines have been upgraded and equipped with a fully automated beamline control system based on a robotic sample changer. The current system allows for remote operation, controlled from the user's area, of sample mounting, centering and data collection of pre-frozen crystals mounted in Hampton-type cryo-loops on goniometer head. New intuitive graphical user interfaces have been developed so as to control the complete beamline operation. Furthermore, algorithms for automatic sample centering based on pattern matching and X-ray beam scanning are being developed and combined with newly developed diffraction evaluation programs in order to complete entire automation of the data collection.

  41. Design of disulfide-linked thioredoxin dimers and multimers through analysis of crystal contacts Peer-reviewed

    Mili Das, Masanori Kobayashi, Yusuke Yamada, Sridhar Sreeramulu, C. Ramakrishnan, Soichi Wakatsuki, Ryuichi Kato, Raghavan Varadarajan

    JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY　372　(5)　1278-1292　2007/10

    DOI： 10.1016/j.jmb.2007.07.033 　

    ISSN： 0022-2836

  42. Molecular basis for autoregulatory interaction between GAE domain and hinge region of GGA1 Peer-reviewed

    Michio Inoue, Tomoo Shiba, Kentaro Ihara, Yusuke Yamada, Satoshi Hirano, Hironari Kamikubo, Mikio Kataoka, Masato Kawasaki, Ryuichi Kato, Kazuhisa Nakayama, Soichi Wakatsuki

    TRAFFIC　8　(7)　904-913　2007/07

    DOI： 10.1111/j.1600-0854.2007.00577.x 　

    ISSN： 1398-9219

  43. BL-17A, a new protein micro-crystallography beam line of the photon factory Peer-reviewed

    Noriyuki Igarashi, Naohiro Matsugaki, Yusuke Yamada, Masahiko Hiraki, Atsushi Koyama, Keiichi Hirano, Toshinobu Miyoshi, Soichi Wakatsuki

    SYNCHROTRON RADIATION INSTRUMENTATION, PTS 1 AND 2　879　812-+　2007

    DOI： 10.1063/1.2436184 　

    ISSN： 0094-243X

  44. Development of control applications for high-throughput protein crystallography experiments Peer-reviewed

    Yurii A. Gaponov, Naohiro Matsugaki, Nobuo Honda, Kumiko Sasajima, Noriyuki Igarashi, Masahiko Hiraki, Yusuke Yamada, Soichi Wakatsuki

    SYNCHROTRON RADIATION INSTRUMENTATION, PTS 1 AND 2　879　1932-+　2007

    DOI： 10.1063/1.2436451 　

    ISSN： 0094-243X

  45. Automated sample exchange robots for the structural biology beam lines at the photon factory Peer-reviewed

    Masahiko Hiraki, Shokel Watanabe, Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Noriyuki Igarashi, Yurii Gaponov, Soichi Wakatsuki

    SYNCHROTRON RADIATION INSTRUMENTATION, PTS 1 AND 2　879　1924-+　2007

    DOI： 10.1063/1.2436449 　

    ISSN： 0094-243X

  46. Design and construction of a high-speed network connecting all the protein crystallography beamlines at the photon factory Peer-reviewed

    Naohiro Matsugaki, Yusuke Yamada, Noyuki Igarashi, Soichi Wakatsuki

    SYNCHROTRON RADIATION INSTRUMENTATION, PTS 1 AND 2　879　1936-+　2007

    DOI： 10.1063/1.2436452 　

    ISSN： 0094-243X

  47. Development of an automated large-scale protein-crystallization and monitoring system for high-throughput protein-structure analyses. Peer-reviewed

    Hiraki M, Kato R, Nagai M, Satoh T, Hirano S, Ihara K, Kudo N, Nagae M, Kobayashi M, Inoue M, Uejima T, Oda S, Chavas LM, Akutsu M, Yamada Y, Kawasaki M, Matsugaki N, Igarashi N, Suzuki M, Wakatsuki S

    Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography　62　(Pt 9)　1058-1065　2006/09

    DOI： 10.1107/S0907444906023821 　

    ISSN： 0907-4449

    eISSN： 1399-0047

  48. Structures of the carbohydrate recognition domain of Ca2+-independent cargo receptors Emp46p and Emp47p Peer-reviewed

    T Satoh, K Sato, A Kanoh, K Yamashita, Y Yamada, N Igarashi, R Kato, A Nakano, S Wakatsuki

    JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY　281　(15)　10410-10419　2006/04

    DOI： 10.1074/jbc.M512258200 　

    ISSN： 0021-9258

  49. [Progress and maturation of protein crystallographic experiments]. Peer-reviewed

    Wakatsuki S, Kato R, Igarashi N, Kawasaki M, Matsugaki N, Hiraki M, Yamada Y

    Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme　50　(7)　846-852　2005/06

    ISSN： 0039-9450

  50. Structure determination of GGA-GAE and gamma 1-ear in complex with peptides: crystallization of low-affinity complexes in membrane traffic Peer-reviewed

    Y Yamada, M Inoue, T Shiba, M Kawasaki, R Kato, K Nakayama, S Wakatsuki

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY　61　(Pt 6)　731-736　2005/06

    DOI： 10.1107/S0907444905009595 　

    ISSN： 0907-4449

  51. Structural consequences of hen egg-white lysozyme orthorhombic crystal growth in a high magnetic field: validation of X-ray diffraction intensity, conformational energy searching and quantitative analysis of B factors and mosaicity Peer-reviewed

    S Saijo, Y Yamada, T Sato, N Tanaka, T Matsui, G Sazaki, K Nakajima, Y Matsuura

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY　61　(Pt 3)　207-217　2005/03

    DOI： 10.1107/S0907444904030926 　

    ISSN： 0907-4449

  52. Centering of Protein Crystal Holding Loop Using Image Processing Peer-reviewed

    Enami Kazuhiro, Ueno Kenji, Sasajima Kumiko, Hiraki Masahiko, Yamada Yusuke, Matsugaki Naohiro, Igarashi Noriyuki, Wakatsuki Soichi, Kume Tatsuya, Higashi Yasuo

    Proceedings of JSPE Semestrial Meeting　2005　(0)　265-265　2005

    Publisher: The Japan Society for Precision Engineering

    DOI： 10.11522/pscjspe.2005S.0.265.0 　

    More details Close

    Before diffraction data acquisition of protein crystals, we have to place the protein crystal on the X-ray beam axis. At present, we need to adjust the position of the crystal manually because loop holder has different shape and dimension. In order to decrease this setup time, we are developing an automatic sample centering system. As the 1st step, a loop centering system using image processing was developed. In this report, a recognition method of loop center is proposed and results of experiments using the proposed method are described.

  53. The 2.0 angstrom crystal structure of catalase-peroxidase from Haloarcula marismortui Peer-reviewed

    Y Yamada, T Fujiwara, T Sato, N Igarashi, N Tanaka

    NATURE STRUCTURAL BIOLOGY　9　(9)　691-695　2002/09

    DOI： 10.1038/nsb834 　

    ISSN： 1072-8368

  54. Improvement in diffraction maxima in orthorhombic HEWL crystal grown under high magnetic field Peer-reviewed

    Sato T, Yamada Y, Saijo S, Hori T, Hirose R, Tanaka N, Sazaki G, Nakajima K, Igarashi N, Tanaka M, Matsuura Y

    JOURNAL OF CRYSTAL GROWTH　232　(1-4)　229-236　2001/11

    DOI： 10.1016/S0022-0248(01)01067-3 　

    ISSN： 0022-0248

  55. Crystallization and preliminary X-ray analysis of catalase-peroxidase from the halophilic archaeon Haloarcula marismortui Peer-reviewed

    Y Yamada, S Saijo, T Sato, N Igarashi, H Usui, T Fujiwara, N Tanaka

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY　57　1157-1158　2001/08

    ISSN： 0907-4449

  56. Enhancement in the perfection of orthorhombic lysozyme crystals grown in a high magnetic field (10 T) Peer-reviewed

    Sato T, Yamada Y, Saijo S, Hori T, Hirose R, Tanaka N, Sazaki G, Nakajima K, Igarashi N, Tanaka M, Matsuura Y

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY　56　1079-1083　2000/08

    DOI： 10.1107/S0907444900008155 　

    ISSN： 0907-4449

  57. Enhancements of resolution maximum of diffaction in protein crystal grown under high magnetic field

    Sato Takao, Yamada Yusuke, Saijo Shinya, Tanaka Nobuo, Sazaki Gen, Nakajima Kazuo, Igarashi Noriyuki, Tanaka Masahiko, Matsuura Yoshiki

    Journal of the Japanese Association for Crystal Growth　27　(1)　114　2000

    Publisher: The Japanese Association for Crystal Growth

    DOI： 10.19009/jjacg.27.1_114 　

    ISSN： 0385-6275

    eISSN： 2187-8366

    More details Close

    Orthorhombic lysozyme crystals grown under high magnetic field showed improvements both in maximum resolution of diffraction ( 1.33Å to 1.13Å) and lower mosaicity (30 % decrease) for X-ray analysis.

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Misc. 172

  1. Current status of macromolecular crystallography beamline AR-NW12A

    引田理英, 引田理英, 松垣直宏, 松垣直宏, 山田悠介, 山田悠介, 平木雅彦, 平木雅彦, 千田俊哉, 千田俊哉

    量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2023　2024

  2. タンパク質結晶構造解析ビームラインAR-NW12Aにおける顕微分光測定について

    引田理英, 松垣直宏, 山田悠介, 平木雅彦, 千田俊哉

    日本結晶学会年会講演要旨集　2023　2023

  3. PF-BL-17Aにおけるin-situデータ測定の自動化

    山田悠介, 引田理英, 松垣直宏, 平木雅彦, 加藤龍一, 千田俊哉, 山田悠介, 引田理英, 松垣直宏, 平木雅彦, 加藤龍一, 千田俊哉

    日本結晶学会年会講演要旨集　2023　2023

  4. KEK構造生物学研究センタータンパク質結晶構造解析ビームラインによる構造生物学研究支援

    山田悠介, 松垣直宏, 引田理英, 加藤龍一, 千田俊哉, 山田悠介, 松垣直宏, 引田理英, 加藤龍一, 千田俊哉

    日本生化学会大会(Web)　96th　2023

  5. PFタンパク質結晶構造解析ビームラインBL-17A,AR-NE3Aの現状

    山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 引田理英, 引田理英, 平木雅彦, 平木雅彦, 千田俊哉, 千田俊哉

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　35th　2022

  6. 構造生物学ビームラインBL-5Aの室温測定環境

    松垣直宏, 引田理英, 山田悠介, 平木雅彦, 千田美紀, 千田俊哉

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　35th　2022

  7. 長波長X線を利用したタンパク質結晶構造解析のパイプライン

    松垣直宏, 引田理英, 山田悠介, 平木雅彦, 千田俊哉

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　22nd (Web)　2022

  8. PFタンパク質結晶構造解析ビームラインにおけるX線回折実験の自動化

    山田悠介, 山田悠介, 篠田晃, 松垣直宏, 松垣直宏, 引田理英, 引田理英, 平木雅彦, 平木雅彦, 加藤龍一, 加藤龍一, 千田俊哉, 千田俊哉

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　22nd (Web)　2022

  9. PFタンパク質結晶構造解析ビームラインAR-NW12Aにおける顕微分光装置の開発

    引田理英, 山田悠介, 松垣直宏, 平木雅彦, 千田俊哉

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　22nd (Web)　2022

  10. フォトンファクトリーのタンパク質結晶構造解析ビームラインにおける顕微分光装置利用の現状

    引田理英, 山田悠介, 松垣直宏, 平木雅彦, 千田俊哉

    生体分子科学討論会講演要旨集　48th　2022

  11. PF結晶構造解析ビームラインBL-5Aの現状

    松垣直宏, 山田悠介, 引田理英, 平木雅彦, 千田俊哉

    日本結晶学会年会講演要旨集　2022　2022

  12. 結晶構造解析ビームラインAR-NW12Aにおけるタンパク質結晶の顕微分光測定

    引田理英, 山田悠介, 松垣直宏, 平木雅彦, 千田俊哉

    日本結晶学会年会講演要旨集　2022　2022

  13. PF BL-17Aにおけるin-situデータ測定の高度化

    山田悠介, 加藤龍一, 引田理英, 松垣直宏, 千田俊哉, 山田悠介, 加藤龍一, 引田理英, 松垣直宏, 千田俊哉

    日本結晶学会年会講演要旨集　2022　2022

  14. フォトンファクトリータンパク質結晶構造解析ビームラインが提供する構造生物学研究支援

    山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 引田理英, 引田理英, 加藤龍一, 加藤龍一, 千田俊哉, 千田俊哉

    日本生化学会大会(Web)　95th　2022

  15. An automated unattended experiment and a remote interactive experiment at PF macromolecular crystallography beamlines

    山田悠介, 山田悠介, 篠田晃, 松垣直宏, 松垣直宏, 引田理英, 引田理英, 平木雅彦, 平木雅彦, 千田俊哉, 千田俊哉

    量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2021　2022

  16. Room Temperature data collection environment using humidity-controlled air stream

    松垣直宏, 引田理英, 山田悠介, 平木雅彦, 千田美紀, 千田俊哉

    量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2021　2022

  17. The current status of micro-spectrophotometer for UV/Vis absorption on the macromolecular crystallography beamline AR-NW12A

    引田理英, 引田理英, 山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 平木雅彦, 平木雅彦, 千田俊哉, 千田俊哉

    量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2021　2022

  18. タンパク質結晶構造解析ビームラインにおけるRFIDタグを用いた試料の識別

    平木雅彦, 松垣直宏, 山田悠介, 引田理英, 千田俊哉

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　34th　2021

  19. PFタンパク質結晶構造解析ビームラインにおける測定の自動化とリモート化

    山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 引田理英, 引田理英, 篠田晃, 千田俊哉, 千田俊哉

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　34th　2021

  20. X線結晶構造解析ビームラインにおける振動分光法の利用について

    引田理英, 山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, 千田俊哉

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　34th　2021

  21. より低温でのタンパク質結晶回折データ収集に向けて

    松垣直宏, 引田理英, 山田悠介, 平木雅彦, 千田美紀, 千田俊哉

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　34th　2021

  22. フォトンファクトリータンパク質結晶構造解析ビームラインにおける顕微分光装置の利用

    引田理英, 山田悠介, 松垣直宏, 平木雅彦, 千田俊哉

    生体分子科学討論会講演要旨集　47th　2021

  23. PF BL-17Aにおける結晶化プレートからのX線回折データ収集

    山田悠介, 山田悠介, 菅原隆広, 加藤龍一, 加藤龍一, 引田理英, 引田理英, 松垣直宏, 松垣直宏, 千田俊哉, 千田俊哉

    日本結晶学会年会講演要旨集　2021　2021

  24. 結晶レーザー加工の自動化へ向けたビームライン制御系への統合

    松垣直宏, 引田理英, 山田悠介, 篠田晃, 千田俊哉

    日本結晶学会年会講演要旨集　2021　2021

  25. PFタンパク質結晶構造解析ビームラインにおけるタンパク質結晶の顕微分光測定の現状

    引田理英, 山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, 千田俊哉

    日本結晶学会年会講演要旨集　2021　2021

  26. フォトンファクトリータンパク質結晶構造解析ビームラインが支援する構造生物学研究

    山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 引田理英, 引田理英, 平木雅彦, 平木雅彦, 篠田晃, 千田俊哉, 千田俊哉

    日本生化学会大会(Web)　94th　2021

  27. Daily use of full automated measurement system in KEK

    篠田晃, 山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, 千田俊哉

    量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2020　2021

  28. Practical operation of MX experiment at around 30K

    松垣直宏, 引田理英, 山田悠介, 千田美紀, 千田俊哉

    量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2020　2021

  29. The Use of Spectroscopic System at Protein Crystallography beamline AR-NW12A

    引田理英, 引田理英, 山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 平木雅彦, 平木雅彦, 千田俊哉, 千田俊哉

    量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2020　2021

  30. Structure determination using full-automated small-wedge data collection system and MR Native-SAD phasing method

    小林淳, 山田悠介, 篠田晃, 松垣直宏, 引田理英, 千田俊哉, 加藤龍一

    量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2020　2021

  31. An automated unattended experiment and a remote interactive experiment at PF macromolecular crystallography beamlines

    山田悠介, 山田悠介, 篠田晃, 松垣直宏, 松垣直宏, 引田理英, 引田理英, 平木雅彦, 平木雅彦, 千田俊哉, 千田俊哉

    量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2020　2021

  32. Automation of data collection in macromolecular crystallography

    松垣直宏, 山田悠介, 引田理英, 篠田晃, 平木雅彦, 千田俊哉

    量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2020　2021

  33. KEKにおける全自動測定システムの現状と高度化

    篠田晃, 山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, 千田俊哉

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　33rd　2020

  34. 低エネルギーX線を用いたタンパク質結晶のNative SAD構造決定の進展

    松垣直宏, 山田悠介, 引田理英, 原田彩佳, 平木雅彦, 千田美紀, 千田俊哉

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　33rd　2020

  35. フォトンファクトリータンパク質結晶構造解析ビームラインによる構造生物学研究の支援

    山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 引田理英, 引田理英, 平木雅彦, 平木雅彦, 篠田晃, 千田俊哉, 千田俊哉

    日本生化学会大会(Web)　93rd　2020

  36. Macromolecular Crystallography Using Long Wavelength X-ray

    松垣直宏, 山田悠介, 引田理英, 平木雅彦, 千田美紀, 千田俊哉

    日本結晶学会誌　62　(1)　2020

    ISSN： 0369-4585

  37. PF AR-NW12APF AR-NW12Aにおける顕微分光装置の現状と今後の高度化について

    引田理英, 引田理英, 山田悠介, 山田悠介, 平木雅彦, 平木雅彦, 松垣直宏, 松垣直宏, 千田俊哉, 千田俊哉

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　33rd　2020

  38. 深紫外レーザーによる結晶加工技術のnative SAD位相決定への応用

    松垣直宏, 引田理英, 山田悠介, 千田美紀, 千田俊哉

    日本結晶学会年会講演要旨集　2020 (CD-ROM)　2020

  39. PFタンパク質結晶構造解析ビームラインにおける全自動測定,およびリモート実験の現状

    山田悠介, 山田悠介, 篠田晃, 松垣直宏, 松垣直宏, 引田理英, 引田理英, 平木雅彦, 千田俊哉, 千田俊哉

    日本結晶学会年会講演要旨集　2020 (CD-ROM)　2020

  40. 放射光ビームラインにおける顕微分光の利用

    引田理英, 山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, 千田俊哉

    日本結晶学会年会講演要旨集　2020 (CD-ROM)　2020

  41. The Development of Spectroscopic System at AR-NW12A

    引田理英, 引田理英, 山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 平木雅彦, 平木雅彦, 千田俊哉, 千田俊哉

    量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2019　2020

  42. Resent status of fully-automated measurement for X-ray crystallography at KEK

    篠田晃, 山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, 千田俊哉

    量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2019　2020

  43. Progress of the structure determination by native SAD phasing at BL-1A

    松垣直宏, 山田悠介, 引田理英, 原田彩佳, 平木雅彦, 千田美紀, 千田俊哉

    量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2019　2020

  44. Automated data analysis pipelines in PF macromolecular crystallography beamlines

    山田悠介, 山田悠介, 小祝孝太郎, 篠田晃, 松垣直宏, 松垣直宏, 引田理英, 引田理英, 千田俊哉, 千田俊哉

    量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2019　2020

  45. フォトンファクトリータンパク質結晶構造解析ビームラインによる構造生物学研究の支援

    山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 引田理英, 引田理英, 平木雅彦, 平木雅彦, 篠田晃, 小祝孝太郎

    日本生化学会大会(Web)　92nd　2019

  46. PFにおける全自動測定システムの現状と高度化

    篠田晃, 山田悠介, 山田悠介, 平木雅彦, 平木雅彦, 松垣直宏, 松垣直宏, 千田俊哉, 千田俊哉

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　32nd　2019

  47. PF AR-NW12Aにおけるオフライン紫外可視吸収分光装置開発の現状と今後の高度化について

    引田理英, 引田理英, 山田悠介, 山田悠介, 平木雅彦, 平木雅彦, 松垣直宏, 松垣直宏, 千田俊哉, 千田俊哉

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　32nd　2019

  48. タンパク質X線結晶構造解析実験のための試料交換システムの高速化

    平木雅彦, 引田理英, 山田悠介, 松垣直宏, 千田俊哉, 平木雅彦, 引田理英, 山田悠介, 松垣直宏, 千田俊哉

    日本機械学会ロボティクス・メカトロニクス講演会講演論文集(CD-ROM)　2019　2019

    ISSN： 2424-3124

  49. PFタンパク質X線結晶構造解析ビームラインにおける自動化の現状と将来

    山田悠介, 篠田晃, 平木雅彦, 引田理英, 加藤龍一, 松垣直宏, 千田俊哉

    KEK Proceedings (Web)　(2018-11)　2019

  50. KEK構造生物学研究センターにおけるタンパク質結晶構造解析実験の自動化

    山田悠介, 山田悠介, 平木雅彦, 平木雅彦, 松垣直宏, 松垣直宏, 引田理英, 引田理英, 田辺幹雄, 田辺幹雄, 加藤龍一, 加藤龍一, 千田俊哉, 千田俊哉

    日本細胞生物学会大会(Web)　71st　2019

  51. 深紫外レーザ加工を行った結晶を利用したNative-SAD法による位相決定

    原田彩佳, 松垣直宏, 引田理英, 山田悠介, 千田俊哉

    日本生化学会大会(Web)　92nd　2019

  52. 全自動測定を活用したPFタンパク質結晶構造解析ビームラインの新しい利用法

    山田悠介, 山田悠介, 篠田晃, 小祝孝太郎, 松垣直宏, 松垣直宏, 平木雅彦, 平木雅彦, 引田理英, 千田俊哉, 引田理英, 千田俊哉

    日本結晶学会年会講演要旨集　2019　2019

  53. The Development of Offline Spectroscopic System at PF-AR NW12A

    引田理英, 引田理英, 山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 平木雅彦, 平木雅彦, 千田俊哉, 千田俊哉

    量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2018　2019

  54. Mechanical Engineering Support for the Photon Factory-Development of Sample Exchange Systems-

    平木雅彦, 平木雅彦, 松垣直宏, 松垣直宏, 山田悠介, 山田悠介, 引田理英, 引田理英, 千田俊哉, 千田俊哉, 丹羽尉博, 高橋慧, 木村正雄, 木村正雄, 山中将, 山中将

    KEK Proceedings (Web)　(2018-2)　2018

  55. KEKにおける全自動測定システムの現状と高度化

    篠田晃, 山田悠介, 山田悠介, 平木雅彦, 平木雅彦, 松垣直宏, 松垣直宏, 千田俊哉, 千田俊哉

    日本結晶学会年会講演要旨集　2018　2018

  56. 放射光ビームラインにおける分光法の利用とその装置開発

    引田理英, 山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, 千田俊哉

    日本結晶学会年会講演要旨集　2018　2018

  57. PFタンパク質結晶構造解析ビームラインによる構造生物学研究支援

    山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 引田理英, 引田理英, 平木雅彦, 平木雅彦, 田辺幹雄, 田辺幹雄, 加藤龍一, 加藤龍一, 千田俊哉, 千田俊哉

    日本生化学会大会(Web)　91st　2018

  58. PFタンパク質結晶構造解析ビームラインBL-17AにおけるIn-situ測定

    山田悠介, 山田悠介, 菅原隆広, 菅原隆広, 引田理英, 引田理英, 松垣直宏, 松垣直宏, 平木雅彦, 平木雅彦, 千田俊哉, 千田俊哉

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　31st　2018

  59. タンパク質結晶交換システムの現状と将来計画

    平木雅彦, 平木雅彦, 松垣直宏, 松垣直宏, 山田悠介, 山田悠介, 引田理英, 引田理英, 中村哲朗, 山中将, 山中将, 千田俊哉, 千田俊哉

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　31st　2018

  60. PF AR-NW12Aでの顕微分光装置の開発とその利用について

    引田理英, 引田理英, 山田悠介, 山田悠介, 平木雅彦, 平木雅彦, 松垣直宏, 松垣直宏, 千田俊哉, 千田俊哉

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　31st　2018

  61. The Development of Offline Spectroscopic System at PF-AR NW12A

    引田理英, 引田理英, 山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 平木雅彦, 平木雅彦, 千田俊哉, 千田俊哉

    量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2017　2018

  62. Native SAD data collection with laser fabricated sample crystals

    松垣直宏, 山田悠介, 原田彩佳, 平木雅彦, 千田美紀, 千田俊哉

    量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2017　2018

  63. New beamline application scheme with fully automated data collection on macromolecular crystallography beamlines

    山田悠介, 山田悠介, 篠田晃, 篠田晃, 平木雅彦, 平木雅彦, 引田理英, 引田理英, 松垣直宏, 松垣直宏, 千田俊哉, 千田俊哉

    量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2017　2018

  64. GH129α-N-アセチルガラクトサミニダーゼの金属結合サイトと阻害剤を用いた解析

    佐藤真与, LIEBSCHNER Dorothee, 山田悠介, 松垣直宏, 千田俊哉, 荒川孝俊, 芦田久, 伏信進矢

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2017　2017

    ISSN： 2186-7976

  65. PFタンパク質結晶構造解析ビームラインによる構造生物学研究支援

    山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 引田理英, 引田理英, 平木雅彦, 平木雅彦, 加藤龍一, 加藤龍一, 千田俊哉, 千田俊哉

    日本生化学会大会(Web)　90th　2017

  66. Native-SAD法をベースとした自動構造決定システム開発

    山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 千田美紀, 千田美紀, 原田彩佳, 原田彩佳, 小祝孝太郎, 千田俊哉, 千田俊哉

    KEK Proceedings (Web)　(2016-4)　2017

  67. BINDSにおけるPFタンパク質結晶構造解析ビームラインの支援と高度化

    山田悠介, 山田悠介, 引田理英, 引田理英, 松垣直宏, 松垣直宏, 平木雅彦, 平木雅彦, 田辺幹雄, 田辺幹雄, 湯本史明, 湯本史明, 加藤龍一, 加藤龍一, 千田俊哉, 千田俊哉

    日本結晶学会年会講演要旨集　2017　2017

  68. PFにおける全自動データ収集・処理システム開発

    山田悠介, 山田悠介, 平木雅彦, 平木雅彦, 松垣直宏, 松垣直宏, 千田俊哉, 千田俊哉

    KEK Proceedings (Web)　(2016-4)　2017

  69. 構造生物ビームラインにおける試料交換システムの現状

    平木雅彦, 平木雅彦, 松垣直宏, 松垣直宏, 山田悠介, 山田悠介, 引田理英, 引田理英, 千田俊哉, 千田俊哉

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　30th　2017

  70. 低エネルギーX線を用いたタンパク質結晶構造解析の現状

    松垣直宏, 山田悠介, LIEBSCHNER Dorothee C., 原田彩佳, 平木雅彦, 千田美紀, 千田俊哉

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　30th　2017

  71. Native-SAD法を利用した位相決定のためのデータ評価

    原田彩佳, 山田悠介, 松垣直宏, 千田俊哉

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　30th　2017

  72. PF AR-NW12Aにおける分光測定装置開発の現状

    引田理英, 山田悠介, 松垣直宏, 千田俊哉

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム(Web)　30th　2017

  73. Fully automated data collection on macromolecular crystallography beamlines

    山田悠介, 山田悠介, 篠田晃, 平木雅彦, 平木雅彦, 引田理英, 引田理英, 松垣直宏, 松垣直宏, 千田俊哉, 千田俊哉

    量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2016　2017

  74. Current status of the low-energy MX beamline BL-1A

    松垣直宏, 山田悠介, 原田彩佳, 平木雅彦, 千田美紀, 千田俊哉

    量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2016　2017

  75. 単結晶構造解析用ビームラインBL2S1の現状

    永江峰幸, 山田悠介, 松垣直宏, 富田文菜, 田渕雅夫, 渡邉信久, 渡邉信久

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　29th　2016

  76. 試料交換ロボットPAM-HCの安定化

    平木雅彦, 平木雅彦, 松垣直宏, 松垣直宏, 山田悠介, 山田悠介, 千田俊哉, 千田俊哉

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　29th　2016

  77. 高度化されたPF構造生物学ビームラインBL-17A

    山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, 千田俊哉

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　29th　2016

  78. Development of New Sample Exchange System for Helium Chamber

    平木雅彦, 平木雅彦, 山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 千田俊哉, 千田俊哉

    KEK Proceedings (Web)　(2016-3)　2016

  79. 低エネルギーX線に最適化した回折データ収集環境の開発

    松垣直宏, 山田悠介, LIEBSCHNER Dorothee C., 平木雅彦, 千田美紀, 千田俊哉

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　29th　2016

  80. 高分解能native SADデータ収集環境の開発

    松垣直宏, 山田悠介, 原田彩佳, 平木雅彦, 千田美紀, 千田俊哉

    日本結晶学会年会講演要旨集　2016　2016

  81. タンパク質結晶構造解析ビームラインBL-17Aの高度化

    山田悠介, 松岡亜衣, 小山篤, 松垣直宏, 千田俊哉, 五十嵐教之, 平木雅彦

    Photon Factory News　34　(1)　2016

    ISSN： 0916-0604

  82. High-angle diffraction data collection environment using two area detectors

    松垣直宏, 山田悠介, LIEBSCHNER Dorothee C., 平木雅彦, 千田美紀, 千田俊哉

    量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2015　2016

  83. Upgrade of a macromolecular crystallography beamline, BL-17A

    山田悠介, 松岡亜依, 小山篤, 平木雅彦, 松垣直宏, 千田俊哉

    量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2015　2016

  84. Current Status of Sample Exchange System at Structural Biology Beamlines

    平木雅彦, 平木雅彦, 山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 千田俊哉, 千田俊哉

    量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2015　2016

  85. The Development of Spectroscopic System at PF-AR NW12A

    引田理英, 山田悠介, 富田文菜, 松垣直宏, 千田俊哉

    量子ビームサイエンスフェスタ(Web)　2015　2016

  86. ヒトリソソーム性シアリダーゼ(NEU1)の細胞内結晶化と構造解析に向けて

    小祝 孝太郎, 東 哲也, 山田 悠介, 平木 雅彦, 月本 準, 加藤 龍一, 千田 俊哉, Chavas Leonard M.G, 伊藤 孝司, 湯本 史明

    日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集　88回・38回　[3T17-04(3P0315)]　2015/12

    Publisher: (公社)日本生化学会

  87. 2A2-T04 Sample Exchange Robots for Protein Crystallography Beamlines in Photon Factory

    HIRAKI Masahiko, MATSUGAKI Naohiro, YAMADA Yusuke, TOMITA Ayana, SENDA Toshiya

    2015　"2A2-T04(1)"-"2A2-T04(2)"　2015/05/17

    Publisher: The Japan Society of Mechanical Engineers

    More details Close

    To solve structures of biomacromolecules is important for structure-based drug design as well as understanding of various biological processes. X-ray crystallography is one of the most popular methods for structure analysis of protein in atomic resolution. Sample exchange robots have been developed and implemented to protein crystallography beamlines in Photon Factory, KEK, for higher efficient experiments, remote-controlled experiments, and fully-automated experiments. In this paper, we proposed using a force and torque sensor installed at the sample exchange robot for stable operation. The sensor records various parameters of the robots' status when the tongs access sample cassettes in a liquid nitrogen Dewar. Distorted load distribution is caused by inclination of the cassette, miscalculation of the center of the cassette, mis-setting of the robot parameters, and other causes. In order to assure stable operation, the robots are appropriately re-calibrated according to the load distribution information.

  88. PF構造生物学ビームラインBL-17Aの高度化

    山田悠介, 上條亜衣, 小山篤, 富田文菜, 平木雅彦, 松垣直宏, 千田俊哉

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　28th　2015

  89. 単結晶構造解析用ビームライン(BL2S1)の現状

    永江峰幸, 山田悠介, 松垣直宏, 富田文菜, 田渕雅夫, 渡邉信久, 渡邉信久

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　28th　2015

  90. タンパク質結晶構造解析ビームラインにおける試料交換ロボットの現状

    平木雅彦, 松垣直宏, 山田悠介, 富田文菜, 千田俊哉

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　28th　2015

  91. 低エネルギー構造生物学ビームラインBL-1A用試料交換システムPAM-HC

    平木雅彦, 平木雅彦, 松垣直宏, 松垣直宏, 山田悠介, 山田悠介, 富田文菜, 富田文菜, 千田俊哉, 千田俊哉

    物構研サイエンスフェスタ要旨集　3rd　2015

  92. 大学共同利用機関における社会実装~蛋白質結晶交換システムの実用化~

    平木雅彦, 山田悠介, 松垣直宏, 千田俊哉

    日本ロボット学会学術講演会予稿集(CD-ROM)　33rd　2015

  93. Development of Sample Exchange System PAM-HC for Longer Wavelength X-ray Beamline PF/BL-1A

    平木雅彦, 平木雅彦, 山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 松垣直宏, 千田俊哉, 千田俊哉

    KEK Proceedings (Web)　(2015-1)　2015

  94. PF BL-17Aの高度化とin-situデータ収集

    山田悠介, 松岡亜衣, 小山篤, 小祝孝太郎, 平木雅彦, 湯本史明, 松垣直宏, 千田俊哉

    日本結晶学会年会講演要旨集　2015　2015

  95. PFタンパク質結晶解析ビームラインBL-17Aの高度化

    山田悠介, 山田悠介, 山田悠介, 上條亜衣, 富田文菜, 富田文菜, 富田文菜, 平木雅彦, 平木雅彦, 小山篤, 松垣直宏, 松垣直宏, 松垣直宏, 千田俊哉, 千田俊哉, 千田俊哉

    物構研サイエンスフェスタ要旨集　3rd　2015

  96. フォトンファクトリータンパク質結晶構造解析ビームラインにおける新しい測定技術

    山田悠介, 松垣直宏, 平木雅彦, 千田俊哉

    日本生化学会大会(Web)　88th　2015

  97. 構造生物学ビームラインAR-NE3Aにおける大規模全自動実験のための結晶交換システムPAMの開発

    平木雅彦, 山田悠介, 松垣直宏, CHAVAS Leonard M. G., CHAVAS Leonard M. G., 千田俊哉

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　27th　2014

  98. PF構造生物ビームラインにおける結晶化プレート直接評価システムの開発

    山田悠介, 松垣直宏, 平木雅彦, CHEVAS Leonard M. G., 千田俊哉

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　27th　2014

  99. PF構造生物学ビームラインにおける回折実験の自動化

    山田悠介, 平木雅彦, LIEBSCHNER Dorothee, 千田俊哉, 松垣直宏

    物構研サイエンスフェスタ要旨集　2013　2014

  100. AR-NE3Aにおける大規模全自動実験のための試料交換システムPAMの改良

    平木雅彦, 山田悠介, 松垣直宏, 千田俊哉

    物構研サイエンスフェスタ要旨集　2013　2014

  101. 放射光ビームラインにおける試料交換システムの開発

    平木雅彦, 松垣直宏, 山田悠介, 富田文菜, 千田俊哉

    日本ロボット学会学術講演会予稿集(CD-ROM)　32nd　2014

  102. PF構造生物学ビームラインBL-17Aの高度化計画

    山田悠介, 富田文菜, 上條亜衣, 小山篤, 松垣直宏, 千田俊哉

    日本結晶学会年会講演要旨集　2014　2014

  103. 創薬等支援基盤技術プラットフォーム事業による高エネ機構フォトンファクトリーの高度化と支援

    加藤龍一, 松垣直宏, 山田悠介, 湯本史明, 清水伸隆, 平木雅彦, 五十嵐教之, 川崎政人, 富田文菜, 西條慎也, 佐藤希美, 千田俊哉

    日本生化学会大会(Web)　87th　2014

  104. Robotics for Platform for Drug Discovery, Informatics, and Structural Life Science

    平木雅彦, 山田悠介, 松垣直宏, 加藤龍一, 清水伸隆, 五十嵐教之, 川崎政人, 湯本史明, 千田俊哉

    KEK Proceedings (Web)　(2014-2)　2014

  105. KEK-PFタンパク質結晶構造解析ビームラインの現状

    松垣直宏, 山田悠介, 富田文菜, 平木雅彦, 千田俊哉

    日本結晶学会年会講演要旨集　2014　2014

  106. KEK-PF BL-1Aにおける低エネルギーSAD測定のための回折計高度化

    松垣直宏, 山田悠介, CHAVAS Leonard, 平木雅彦, 若槻壮市, 若槻壮市, 千田俊哉

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　27th　2014

  107. タンパク質結晶交換システムPAMの現状とPF BL-1A用新結晶交換システムの開発

    平木雅彦, 松垣直宏, CHAVAS Leonard M. G., 山田悠介, 若槻壮市

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　26th　2013

  108. タンパク質結晶交換システムPAMの現状

    平木雅彦, 山田悠介, シャバス レオナルド, 松垣直宏

    物構研サイエンスフェスタ要旨集　1st　2013

  109. PF構造生物ビームラインにおける結晶化プレート直接評価システムの開発

    山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, CHAVAS Leonard M. G., 若槻壮市

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　26th　2013

  110. 低エネルギー構造生物学ビームラインKEK-PF BL-1Aの現状と高度化計画

    松垣直宏, 山田悠介, CHAVAS Leonard, 平木雅彦, 若槻壮市

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　26th　2013

  111. 低エネルギー構造生物学ビームラインBL-1Aの現状

    松垣直宏, 山田悠介, シャバス レオナルド, 平木雅彦

    物構研サイエンスフェスタ要旨集　1st　2013

  112. PF構造生物学ビームラインにおける回折データの自動処理

    山田悠介, CHAVAS Leonard M. G., 千田俊哉, 松垣直宏

    日本結晶学会年会講演要旨集　2013　2013

  113. 構造生物学ビームラインBL-17AとAR-NE3A,および回折実験の自動化開発における現状

    山田悠介, 松垣直宏, CHAVAS Leonard M. G., 平木雅彦, 若槻壮市

    物構研サイエンスフェスタ要旨集　1st　2013

  114. PF構造生物ビームラインにおけるデータ管理

    山田悠介, 松垣直宏, CHAVAS Leonard M. G., 平木雅彦, 五十嵐教之, 若槻壮市

    PFシンポジウム要旨集　29th　2012

  115. 創薬等支援技術基盤プラットフォーム事業におけるPhoton Factoryのとりくみ

    松垣直宏, 山田悠介, 平木雅彦, シャバス レオナルド, 五十嵐教之, 清水伸隆, 加藤龍一, 川崎政人, 若槻壮市

    日本結晶学会年会講演要旨集　2012　2012

  116. PF構造生物学研究センターにおける創薬等支援技術基盤プラットフォームによる構造生物学研究の支援と高度化

    山田悠介, 松垣直宏, 平木雅彦, CHAVAS M.G. Leonard, 清水伸隆, 五十嵐教之, 川崎政人, 加藤龍一, 若槻壮市

    日本生化学会大会(Web)　85th　2012

  117. 創薬等支援基盤プラットフォームによるフォトンファクトリーにおける構造生物学研究の支援と高度化

    加藤龍一, 山田悠介, 松垣直宏, 平木雅彦, CHAVAS Leonard, 清水伸隆, 五十嵐教之, 川崎政人, 若槻壮市

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)　35th　2012

  118. PFにおける低エネルギーSAD法のための多結晶の併合法の開発の現状

    岡崎誠司, 山田悠介, 松垣直宏, 五十嵐教之, CHAVAS Leonard M. G,, 平木雅彦, 加藤龍一, 川崎政人, 若槻壮市

    PFシンポジウム要旨集　29th　2012

  119. タンパク質結晶自動交換システムPAMの現状と将来

    平木雅彦, 山田悠介, シャバス レオナルド, 松垣直宏, 五十嵐教之, 若槻壮市

    PFシンポジウム要旨集　29th　2012

  120. PF構造生物ビームラインにおける全自動回折実験システムの高度化と汎用化

    山田悠介, 松垣直宏, 平木雅彦, CHAVAS Leonard M.G., 五十嵐教之, 若槻壮市

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　25th　2012

  121. 構造生物学用低エネルギービームラインBL-1Aを用いたS-SAD位相決定

    松垣直宏, 山田悠介, CHAVAS Leonard, 平木雅彦, 五十嵐教之, 岡崎誠司, 鈴木博紀, 加藤龍一, 川崎政人, 若槻壮市

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　25th　2012

  122. 低エネルギー構造生物学ビームラインBL-1Aの現状

    松垣直宏, 山田悠介, CHAVAS Leonard, 平木雅彦, 五十嵐教之, 若槻壮市

    PFシンポジウム要旨集　29th　2012

  123. タンパク質結晶交換システムPAMの現状

    平木雅彦, CHAVAS Leonard M.G., 山田悠介, 松垣直宏, 五十嵐教之, 若槻壮市

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　25th　2012

  124. タンパク質結晶構造解析を支援するロボットの開発

    平木雅彦, 山田悠介, CHAVAS Leonard M. G., 松垣直宏, 五十嵐教之, 若槻壮市

    KEK Proceedings　(2012-2)　2012

  125. Structural biology beamlines at the Photon Factory

    Yusuke Yamada, Naohiro Matsugaki, Leonard M. G. Chavas, Masahiko Hiraki, Nobutaka Shimizu, Noriyuki Igarashi, Soichi Wakatsuki

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES　68　S148-S148　2012

    DOI： 10.1107/S0108767312097152 　

    ISSN： 2053-2733

  126. PF構造生物学ビームラインにおける回折データセットの収集と解析の自動化

    山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, CHAVAS Leonard M.G., 五十嵐教之, 若槻壮市

    PFシンポジウム要旨集　28th　2011

  127. タンパク質結晶自動交換ロボットPAM

    平木雅彦, レオナルド シャバス, 山田悠介, 松垣直宏, 五十嵐教之, 若槻壮市

    PFシンポジウム要旨集　28th　2011

  128. タンパク質結晶自動交換ロボットPAM

    平木雅彦, CHAVAS Leonard M. G., 山田悠介, 松垣直宏, 五十嵐教之, 若槻壮市

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　24th　2011

  129. より高度なタンパク質X線結晶構造解析のための回折データ処理の自動化

    山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, CHAVAS Leonard M. G., 五十嵐教之, 若槻壮市

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　24th　2011

  130. PFにおける低エネルギーSAD法のための実験手法開発の現状

    岡崎誠司, 山田悠介, 松垣直宏, 五十嵐教之, CHAVAS Leonard M.G., 平木雅彦, 加藤龍一, 川崎政人, 若槻壮市

    PFシンポジウム要旨集　28th　2011

  131. 低エネルギーSAD実験用構造生物学ビームラインBL-1Aの現状

    松垣直宏, 山田悠介, CHAVAS Leonard, 平木雅彦, 小山篤, 五十嵐教之, 加藤龍一, 川崎政人, 山本樹, 土屋公央, 塩屋達郎, 前澤秀樹, 浅岡聖二, 宮内洋司, 田原俊央, 谷本育律, 若槻壮市

    PFシンポジウム要旨集　28th　2011

  132. 構造生物学用低エネルギービームラインの現状

    松垣直宏, 山田悠介, CHAVAS Leonard, 平木雅彦, 五十嵐教之, 小山篤, 山本樹, 土屋公央, 塩屋達郎, 青戸智浩, 前澤秀樹, 浅岡聖二, 宮内洋司, 田原俊央, 谷本育律, 若槻壮市

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　24th　2011

  133. PF構造生物ビームラインにおける高度化への取り組み

    山田悠介, 松垣直宏, 平木雅彦, CHAVAS Leonard M.G., 岡崎誠司, 五十嵐教之, 若槻壮市

    日本結晶学会年会講演要旨集　2011　2011

  134. Potential of UV in phasing and its implementation for crystal centering at PF

    Leonard M. G. Chavas, Yusuke Yamada, Masahiro Hiraki, Seiji Okazaki, Noriyuki Igarashi, Naohiro Matsugaki, Soichi Wakatsuki

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES　67　C656-C656　2011

    DOI： 10.1107/S0108767311083425 　

    ISSN： 2053-2733

  135. Structural biology and SAXS beamlines at the photon factory

    Noriyuki Igarashi, Naohiro Matsugaki, Yusuke Yamada, Leonard G. M. Chavas, Masahiko Hiraki, Nobutaka Shimizu, Takeharu Mori, Soichi Wakatsuki

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES　67　C803-C803　2011

    DOI： 10.1107/S0108767311079669 　

    ISSN： 2053-2733

  136. Low energy SAD experiments performed at the photon factory BL-1A

    Naohiro Matsugaki, Yusuke Yamada, Leonard M. G. Chavas, Masahiko Hiraki, Masato Kawasaki, Ryuichi Kato, Noriyuki Igarashi, Soichi Wakatsuki

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA A-FOUNDATION AND ADVANCES　67　C355-C355　2011

    DOI： 10.1107/S0108767311091057 　

    ISSN： 2053-2733

  137. 低エネルギーマイクロビームビームラインBL-1Aの開発状況

    松垣直宏, 山田悠介, チャバス レオナルド, 平木雅彦, 五十嵐教之, 加藤龍一, 川崎政人, 若槻壮市

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　10th　2010

  138. 高エネ研フォトンファクトリーにおける生体高分子X線結晶構造解析ビームラインの高度化

    山田悠介, 山田悠介, 松垣直宏, 平木雅彦, CHAVAS Leonard M. G., CHAVAS Leonard M. G., 五十嵐教之, 川崎政人, 川崎政人, 加藤龍一, 加藤龍一, 加藤龍一, 若槻壮市, 若槻壮市, 若槻壮市

    生化学　2010

    ISSN： 0037-1017

  139. 高エネ研フォトンファクトリーにおける低エネルギーX線結晶構造解析ビームラインの開発

    加藤龍一, 加藤龍一, 加藤龍一, 松垣直宏, 山田悠介, 平木雅彦, 平木雅彦, CHAVAS Leonard, CHAVAS Leonard, 川崎政人, 川崎政人, 五十嵐教之, 若槻壮市, 若槻壮市, 若槻壮市

    生化学　2010

    ISSN： 0037-1017

  140. GFP融合法を用いた低分子量蛋白質の結晶化

    鈴木喜大, 平木雅彦, 山田悠介, 松垣直宏, 五十嵐教之, 加藤龍一, DREW David, 岩田想, 若槻壮市, 川崎政人

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　10th　2010

  141. 蛋白質結晶構造解析ビームラインにおける自動測定

    山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, CHAVAS Leonard M. G., 五十嵐教之, 若槻壮市

    PFシンポジウム要旨集　27th　2010

  142. ターゲットタンパク研究用ビームラインBL-1A

    松垣直宏, 五十嵐教之, 山田悠介, CHAVAS Leonard, 平木雅彦, 加藤龍一, 川崎政人, 山本樹, 土屋公央, 塩屋達郎, 前澤秀樹, 浅岡聖二, 宮内洋司, 田原俊央, 谷本育律, 若槻壮市

    PFシンポジウム要旨集　27th　2010

  143. 蛋白質結晶自動交換ロボットの現状と今後の予定

    平木雅彦, CHAVAS Leonard M. G., 山田悠介, 松垣直宏, 五十嵐教之, 若槻壮市

    PFシンポジウム要旨集　27th　2010

  144. タンパク質結晶自動交換ロボットPAM

    平木雅彦, CHAVAS Leonard M.G., 山田悠介, 松垣直宏, 五十嵐教之, 若槻壮市

    日本結晶学会年会講演要旨集　2010　2010

  145. PF構造生物ビームラインの高度化と自動化

    山田悠介, 松垣直宏, CHAVAS Leonard M. G., 平木雅彦, 五十嵐教之, 若槻壮市

    日本結晶学会年会講演要旨集　2010　2010

  146. 解析部門 高難度蛋白質をターゲットとした放射光X線結晶構造解析技術の開発 重原子標識の不要な蛋白質結晶構造解析—Structure determination of proteins without preparing derivative crystals—融合発展する構造生物学とケミカルバイオロジーの最前線 ; ターゲットタンパク研究プログラムの紹介

    松垣 直宏, 山田 悠介, 平木 雅彦

    蛋白質核酸酵素 / 共立出版株式会社 [編]　54　(12)　1484-1489　2009/09

    Publisher: 東京 : 共立出版

    ISSN： 0039-9450

  147. PF構造生物ビームラインにおける全自動回折データ収集の実現への取り組み

    平木雅彦, 山田悠介, 松垣直宏, 五十嵐教之, 若槻壮市

    PFシンポジウム要旨集　26th　2009

  148. タンパク質結晶交換ロボットによる測定の自動化とサンプル用カセットの共通化

    平木雅彦, 山田悠介, 松垣直宏, 五十嵐教之, 若槻壮市, 藤橋雅宏, 上野剛, 馬場清喜, 鈴木守

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　22nd　2009

  149. フォトンファクトリー構造生物ビームラインの開発状況

    五十嵐教之, 松垣直宏, 山田悠介, CHAVAS Leonard MG, 平木雅彦, 若槻壮市

    日本結晶学会年会講演要旨集　2009　2009

  150. 創薬研究に最適化されたビームラインAR-NE3Aと全自動データ収集・処理システムの開発

    山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, CHAVAS Leonard M. G., 五十嵐教之, 若槻壮市

    日本結晶学会年会講演要旨集　2009　2009

  151. 結晶交換システムPAMの高度化

    平木雅彦, 山田悠介, 松垣直宏, CHAVAS Leonard, 五十嵐教之, 若槻壮市

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　23rd　2009

  152. 創薬研究に最適化された構造生物学ビームラインAR-NE3Aの開発と回折実験の自動化

    山田悠介, 平木雅彦, 松垣直宏, CHAVAS Leonard M.G., 五十嵐教之, 若槻壮市

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　23rd　2009

  153. PFにおけるタンパク質結晶X線構造解析ビームラインの現状

    松垣直宏, 山田悠介, 平木雅彦, 五十嵐教之, 川崎政人, 加藤龍一, 若槻壮市

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　9th　2009

  154. ターゲットタンパク研究プログラムの紹介 2.解析部門 高難度蛋白質をターゲットとした放射光X線結晶構造解析技術の開発 重原子標識の不要な蛋白質結晶構造解析

    松垣直宏, 山田悠介, 平木雅彦, 五十嵐教之, 若槻壮市

    蛋白質 核酸 酵素　54　(12)　2009

    ISSN： 0039-9450

  155. 創薬に向けた蛋白質結晶構造解析ビームラインPF-AR NE3A

    山田悠介, 菊地貴司, 森丈晴, 豊島章雄, 岸本俊二, 五十嵐教之, 松垣直宏, 平木雅彦, 川崎政人, 加藤龍一, 若槻壮市

    PFシンポジウム要旨集　26th　2009

  156. 高エネ研フォトンファクトリーにおける最新のタンパク質X線結晶構造解析用ビームラインの開発

    加藤龍一, 加藤龍一, 加藤龍一, 松垣直宏, 平木雅彦, 山田悠介, 山田悠介, CHAVAS Leonard, CHAVAS Leonard, 川崎政人, 川崎政人, 若槻壮市, 若槻壮市, 若槻壮市

    生化学　2009

    ISSN： 0037-1017

  157. ターゲットタンパク研究用ビームラインBL-1Aの建設計画

    松垣直宏, 五十嵐教之, 山田悠介, 平木雅彦, 加藤龍一, 川崎政人, 山本樹, 土屋公央, 塩屋達郎, 前澤秀樹, 浅岡聖二, 宮内洋司, 田原俊央, 谷本育律, 若槻壮市

    PFシンポジウム要旨集　26th　2009

  158. 構造生物学用低エネルギービームラインの開発

    松垣直宏, 五十嵐教之, 山田悠介, 平木雅彦, 加藤龍一, 川崎政人, 山本樹, 土屋公央, 塩屋達郎, 前澤秀樹, 浅岡聖二, 宮内洋司, 田原俊央, 谷本育律, 若槻壮市

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　22nd　2009

  159. PF構造生物学研究用ビームラインの現状と今後

    五十嵐教之, 松垣直宏, 山田悠介, 平木雅彦, 若槻壮市

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　22nd　2009

  160. 創薬に向けた蛋白質結晶構造解析ビームラインPF-AR NE3A

    山田悠介, 菊地貴司, 森丈晴, 豊島章雄, 岸本俊二, 五十嵐教之, 松垣直宏, 平木雅彦, 若槻壮市

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　22nd　2009

  161. 高エネ研フォトンファクトリーにおけるタンパク質X線結晶構造解析用ビームラインとその成果

    若槻壮市, 若槻壮市, 若槻壮市, 加藤龍一, 加藤龍一, 加藤龍一, 五十嵐教之, 五十嵐教之, 平木雅彦, 松垣直宏, 川崎政人, 川崎政人, 山田悠介, 山田悠介, CHAVAS Leonard, CHAVAS Leonard

    KEK Proceedings　(2009-10 (Web))　2009

  162. 創薬に向けた新構造生物学ビームラインAR-NE3A

    山田悠介, 菊地貴司, 森丈晴, 豊島章雄, 岸本俊二, 五十嵐教之, 松垣直宏, 平木雅彦, 川崎政人, 加藤龍一, 若槻壮市

    PFシンポジウム要旨集　25th　2008

  163. New protein crystallography beamline, PF-AR NE3A, for pharmaceutical research

    YAMADA Yusuke, IGARASHI Noriyuki, MATSUGAKI Naohiro, HIRAKI Masahiko, WAKATSUKI Soichi

    20　(5)　322-323　2007/09/30

    ISSN： 0914-9287

  164. New Developments for Evaluation of Protein Crystals

    HIRAKI Masahiko, IGARASHI Noriyuki, KATO Ryuichi, YAMADA Yusuke, MATSUGAKI Naohiro, KAWASAKI Masato, WAKATSUKI Soichi

    Journal of the Japanese Association of Crystal Growth　34　(3)　131-138　2007/09/23

    Publisher: The Japanese Association for Crystal Growth (JACG)

    ISSN： 0385-6275

    More details Close

    Structural Biology provides vital information for understanding functions of molecular machineries of life. X-ray protein crystallography has been and will be a primary method of choice for elucidating atomic details of macromolecular complexes. Crystallization of proteins and their complexes remains one of the bottlenecks in structural studies and of date there are numerous groups around the globe who are developing new methods for crystallization and evaluation of protein crystals. This review starts with a short introduction on the principles of protein crystallization, followed by a description of recent developments for automation of protein crystallization, detection and evaluation by visible and UV light. We then discuss methodology to evaluate crystal quality by X-ray beams and ways to facilitate data collection from micro-crystal on synchrotron beam lines.

  165. PF構造生物学ビームラインにおける自動化の推進

    松垣直宏, 山田悠介, 五十嵐教之, 平木雅彦, GAPONOV Yurii, 若槻壮市

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　21st　2007

  166. PF構造生物学研究用ビームラインの整備・開発状況

    五十嵐教之, 松垣直宏, 山田悠介, 平木雅彦, 若槻壮市

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　21st　2007

  167. KEK-PF構造生物学ビームラインにおけるサンプル交換ロボット

    平木雅彦, 山田悠介, 松垣直宏, 五十嵐教之, 若槻壮市

    日本結晶学会年会講演要旨集　2007　2007

  168. PF構造生物学ビームラインの高度化・自動化に向けた取り組み

    山田悠介, 五十嵐教之, 松垣直宏, 平木雅彦, GAPONOV Yurii, 若槻壮市

    日本結晶学会年会講演要旨集　2007　2007

  169. 高感度・高分解能X線HARP-FEA検出器の開発

    三好敏喜, 五十嵐教之, 小林正則, 兵藤一行, 平野馨一, 松垣直宏, 山田悠介, 若槻壮市, 谷岡健吉, 江上典文, 久保田節, 河合輝男

    PFシンポジウム要旨集　24th　2007

  170. フォトンファクトリーにおける低エネルギー利用実験の実践と今後の展開

    山田悠介, 五十嵐教之, 松垣直宏, 平木雅彦, 川崎政人, 加藤龍一, 若槻壮市

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　21st　2007

  171. KEK-PFにおける蛋白質構造解析の自動化

    平木雅彦, 渡部正景, 山田悠介, 松垣直宏, 五十嵐教之, GAPONOV Yurii, 若槻壮市

    KEK Proceedings　(2007-1)　2007

  172. タンパク質結晶交換ロボットの現状と安定化

    平木雅彦, 山田悠介, 松垣直宏, 五十嵐教之, GAPONOV Yurii, 若槻壮市

    日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム予稿集　21st　2007

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Research Projects 7

  1. Evaluation of a crystallization drop by a diffraction imaging method, and automated optimization of crystallization conditions

    Yamada Yusuke

    Offer Organization: Japan Society for the Promotion of Science

    System: Grants-in-Aid for Scientific Research

    Category: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research

    Institution: High Energy Accelerator Research Organization

    2016/04/01 - 2019/03/31

    More details Close

    Protein crystallography is one of the most powerful techniques to determine three-dimensional structures of proteins at the atomic resolution. In this study, a new imaging method of a protein crystallization drop has been developed. In this method, a crystallization drop is scanned with a tiny X-ray beam at a synchrotron radiation beamline, and a diffraction image from each position is recorded. The diffraction image is processed and resulted value is mapped to the position where the diffraction image is recorded. As the result, positions, shape, number and diffractivities of protein crystals in the drop are imaged. The trial of clarifying the relationship between the image obtained by the new method and the crystallization condition has been started.

  2. Crystallography of membrane protein complex by S-SAD method

    KATO Ryuichi, MAKIYO Hisayoshi, MATSUGAKI Naohiro, YAMADA Yusuke, MANYA Hiroshi

    Offer Organization: Japan Society for the Promotion of Science

    System: Grants-in-Aid for Scientific Research

    Category: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research

    Institution: High Energy Accelerator Research Organization

    2015/04/01 - 2018/03/31

    More details Close

    For structural study of the membrane protein complex POMT1-POMT2, which is involved in congenital muscular dystrophy, expression experiments in mammalian cultured cells were performed. Unfortunately, the expression level was very low, which is insufficient to start crystallization experiments. We also examined the method of crystallizing proteins expressed in insect body, but the proteins did not express. In parallel, we studied development of a method of performing X-ray crystal structure analysis of membrane protein POMT1-POMT2 by a phase determination method utilizing the anomalous dispersion effect of sulfur atoms (S-SAD method). By using standard proteins with synchrotron beamline at KEK, S-SAD method was improved, and sufficient results were obtained.

  3. Technical developments for high S/N ratio of diffraction data in low energy SAD phasing

    YAMADA Yusuke

    Offer Organization: Japan Society for the Promotion of Science

    System: Grants-in-Aid for Scientific Research

    Category: Grant-in-Aid for Young Scientists (A)

    Institution: High Energy Accelerator Research Organization

    2009 - 2011

    More details Close

    In this project, technical developments to measure weak anomalous signals in diffraction data for low energy SAD phasing method has been carried out. As results, a helium gas cryo-stream system and a helium gas substitution chamber has been made to decrease X-ray absorption effects around samples. In addition, automated data processing system which rapidly evaluates a level of anomalous signals in diffraction data has been developed.

  4. Development of automated visualization system for very fine protein crystals

    IGARASHI Noriyuki, WAKATSUKI Soichi, HIRAKI Masahiko, MATSUGAKI Naohiro, YAMADA Yusuke

    Offer Organization: Japan Society for the Promotion of Science

    System: Grants-in-Aid for Scientific Research

    Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

    Institution: High Energy Accelerator Research Organization

    2009 - 2011

    More details Close

    We pursued development of automated visualization system for very fine protein crystals using edge enhancement of very fine crystals by controlling light direction. We completed development of elemental technology of micron-size visualization system and will do futher development in order to implement this system into fully-automated data collection system.

  5. Upgrade of sample exchanger to accelerate protein X-ray crystal structure analysis

    HIRAKI Masahiko, WAKATSUKI Soichi, KATO Ryuichi, KAWASAKI Masato, IGARASHI Noriyuki, MATSUGAKI Naohiro, YAMADA Yusuke

    Offer Organization: Japan Society for the Promotion of Science

    System: Grants-in-Aid for Scientific Research

    Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

    Institution: High Energy Accelerator Research Organization

    2008 - 2010

    More details Close

    We developed a sample exchange system that was able to insert sample holders to cassettes in a liquid nitrogen Dewar. The developed system was operated stably with only 0.1% troubles after the calibration of the system. In addition, the X-ray diffraction data of protein crystals stored by the developed system were enough for structure analysis.

  6. Recognition mechanism of Lys63-linked ubiquitin chain involved in transcription regulation and DNA repair

    KAWASAKI Masato, WAKATSUKI Soichi, KATO Ryuichi, IGARASHI Noriyuki, HIRAKI Masahiko, MATSUGAKI Naohiro, YAMADA Yusuke, SUZUKI Nobuhiro, RAHIGHI Simin, ROHAIM Ahmed

    Offer Organization: Japan Society for the Promotion of Science

    System: Grants-in-Aid for Scientific Research

    Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

    Institution: High Energy Accelerator Research Organization

    2007 - 2008

  7. 放射光低エネルギーX線を用いた蛋白質結晶構造解析手法の開発

    山田 悠介

    Offer Organization: 日本学術振興会

    System: 科学研究費助成事業

    Category: 若手研究(B)

    Institution: 大学共同利用機関法人高エネルギー加速器研究機構

    2006 - 2007

    More details Close

    低エネルギー領域のX線を利用した蛋白質結晶の解析手法(低エネルギーSAD法)は、解析の困難な膜蛋白質や高等生物由来の蛋白質にも適用が可能な手法として期待されている。しかしながら、解析に用いる軽原子からの異常散乱シグナルが非常に微弱であることや、低エネルギー領域ではX線の吸収効果が増大しデータ精度を悪化させる要因となることから、回折実験ではシグナルの向上させとノイズを極力減らすよう格段の配慮が必要となる。本研究では、低エネルギーSAD法をより高度化、汎用化させることを目的として、放射光ビームラインを用いて精度の高いデータ収集を行うための実験手法の開発を行ってきた。 平成19年度は、複数の結晶からの回折データの足し合わせ、及び平均化を行うことで、データ精度を向上させ、正確な異常散乱シグナルを測定して解析の成功率を向上させることが出来ないかどうかについて検討を行った。その結果、2〜3個の結晶を平均化するとデータの質は悪化し、解析の成功率が下がるが、ある程度以上の数の結晶を用いることで、データの質が改善し、解析の成功率が上がることが分かった。この結果は回折データの足し合わせの有効性を示すだけでなく、微小な結晶のように放射線損傷の影響で単一の結晶から回折データセットを取得できないような試料に対しても、複数の結晶で精度の高い完全データセットを得ることが可能であることを示唆しており、大変有意義なものである。

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