Text-Guided Object Removal for Drone-Based 3D Reconstruction with Gaussian Splatting 国際誌 査読有り

Kikuchi Y, Yamada KD, Koike A

IEEE/CVF Conference on Computer Vision and Pattern Recognition Workshops　2026年

NexusFlow: Unifying Disparate Tasks under Partial Supervision via Invertible Flow Networks 国際誌 国際共著 査読有り

Lin F, Wang Y, Guo Y, Huang Z, Huang X, Zhang H, Yamada KD, Tu Z, Ren L, Zhang Z

IEEE/CVF Conference on Computer Vision and Pattern Recognition　2026年

Physics-Aware Video Instance Removal Benchmark 国際誌 国際共著 査読有り

Li Z, Chen X, Jiang L, Hou D, Yamada KD, Lin F, Gao X, Tu Z

IEEE/CVF Conference on Computer Vision and Pattern Recognition Workshops　2026年

Procedural Content Generation via Generative Artificial Intelligence 国際誌 国際共著 査読有り

Mao X., Yu W., Okawara Y., Zhan X., Yamada KD, Zielewski MR

Interdisciplinary Information Sciences　2026年

Simulating Metabolic Pathways to Enhance Interpretations of Metabolome Genome-wide Association Studies 国際誌 査読有り

Kodate S, Sato M, Hishinuma E, Kojima K, Motoike IN, ToMMo Study Group, Koshiba S, Yamamoto M, Yamada KD, Kinoshita K

Scientific Reports　2025年

Effect of Cumulative Exposure on the Efficacy of Paroxetine: a Population Pharmacokinetic-pharmacodynamic and Machine Learning Analyses 国際誌 査読有り

Shigetome K, Egarashi T, Tomita T, Higa N, Iwashita K, Morita K, Nishimura M, Kankeko T, Maeda H, Yamada KD, Kajiwara-Morita A, Oniki K, Yasui-Furukori N, Saruwatari J

Pharmacometrics and Systems Pharmacology　2025年

GPS: A Probabilistic Distributional Similarity with Gumbel Priors for Set-to-Set Matching 国際誌 国際共著 査読有り

Lin F, Liu H, Zhang Z, Morales J, Zhang HK, Yamada KD, Kolachalama V, Saligrama V

International Conference on Learning Representations　2025年

Learning Random Numbers to Realize Appendable Memory System for Artificial Intelligence to Acquire New Knowledge after Deployment 国際誌 国際共著 査読有り

Kubota A, Kodate S, Li Y, Lin F, Fukuda H, Baladram MS, Yamada KD

Interdisciplinary Information Sciences　2025年

Loss Distillation via Gradient Matching for Point Cloud Completion with Weighted Chamfer Distance 国際誌 国際共著 査読有り

Lin F, Liu H, Zhou H, Hou S, Yamada KD, Fischer GS, Li Y, Zhang H, Zhang Z

IEEE/RSJ International Conference on Intelligent Robots and Systems　2024年

Question generation for English reading comprehension exercises using Transformers 国際誌 査読有り

Maas A, Yamada KD, Nagahama T, Kawada T, Horita T

Letters on Informatics and Interdisciplinary Research　2024年

InfoCD: A contrastive chamfer distance loss for point cloud completion 国際誌 国際共著 査読有り

Lin F, Yue Y, Zhang Z, Hou S, Yamada KD, Kolachalama VB, Saligrama V

Advances in Neural Information Processing Systems　2023年

Hyperbolic chamfer distance for point cloud completion 国際誌 国際共著 査読有り

Lin F, Yue Y, Hou S, Yu X, Xu Y, Yamada KD, Zhang Z

International Conference on Computer Vision　2023年

Serum fatty acid composition balance by fuzzy c-means method in individuals with or without metabolic dysfunction-associated fatty liver disease 国際誌 査読有り

Nagase Y, Satoh T, Shigetome K, Tokumaru N, Matsumoto E, Yamada KD, Imafuku T, Watanabe H, Maruyama T, Ogata Y, Yoshida M, Saruwatari J, Oniki K

Nutrients　15　(4)　809-809　2023年

DOI： 10.3390/nu15040809 　

eISSN：2072-6643

Identifying latent traits of questions for controllable machine generation 国際誌 査読有り

Maas A, Kawada T, Yamada K, Nagahama T, Horita T

EdMedia + Innovate Learning　2022年

Redox imaging of dextran sodium sulfate-induced colitis mice treated with nitric oxide synthase inhibitors 国際誌 査読有り

Yasukawa K, Yamada K, Tokuda H, Koyama S, Utsumi H

Advances in Redox Research　6　100047-100047　2022年

DOI： 10.1016/j.arres.2022.100047 　

ISSN：2667-1379

Relation is an option for processing context information 国際誌 査読有り

Yamada KD, Baladram MS, Lin F

Frontiers in Artificial Intelligence　5　2022年

DOI： 10.3389/frai.2022.924688 　

eISSN：2624-8212

Cosmos Propagation Network: Deep learning model for point cloud completion 国際誌 査読有り

Lin F, Xu Y, Zhang Z, Gao C, Yamada KD

Neurocomputing　507　221-234　2022年

DOI： 10.1016/j.neucom.2022.08.007 　

ISSN：0925-2312

Progress in research on implementing machine consciousness 国際誌 査読有り

Yamada KD, Baladram MS, Lin F

Interdisciplinary Information Sciences　28　(1)　95-105　2022年

DOI： 10.4036/iis.2022.r.02 　

ISSN：1340-9050

eISSN：1347-6157

An effective convolutional neural network for visualized understanding transboundary air pollution based on Himawari-8 satellite images 国際誌 査読有り

Lin F, Gao C, Yamada KD

IEEE Geoscience and Remote Sensing Letters　19　1-5　2022年

DOI： 10.1109/LGRS.2021.3102939 　

Developing a novel recurrent neural network architecture with fewer parameters and good learning performance 国際誌 査読有り

Yamada KD, Lin F, Nakamura T

Interdisciplinary Information Sciences　27　(1)　25-40　2021年

DOI： 10.4036/iis.2020.r.01 　

ISSN：1340-9050

eISSN：1347-6157

Introduction to supervised machine learning for data science 国際誌 査読有り

Baladram MS, Koike A, Yamada KD

Interdisciplinary Information Sciences　26　(1)　87-121　2020年

DOI： 10.4036/iis.2020.a.03 　

ISSN：1340-9050

eISSN：1347-6157

In vivo redox imaging of dextran sodium sulfate-induced colitis in mice using Overhauser-enhanced magnetic resonance imaging 国際誌 査読有り

Yasukawa K, Hirago A, Yamada K, Tun X, Ohkuma K, Utsumi H

Free Radical Biology and Medicine　136　1-11　2019年

DOI： 10.1016/j.freeradbiomed.2019.03.025 　

MAFFT online service: multiple sequence alignment, interactive sequence choice and visualization 国際誌 査読有り

Katoh K, Rozewicki J, Yamada KD

Briefings in Bioinformatics　20　(4)　1160-1166　2019年

DOI： 10.1093/bib/bbx108 　

ISSN：1467-5463

eISSN：1477-4054

De novo profile generation based on sequence context specificity with the long short-term memory network 国際誌 査読有り

Yamada KD, Kinoshita K

BMC Bioinformatics　2018年

DOI： 10.1186/s12859-018-2284-1 　

Parallelization of MAFFT for large-scale multiple sequence alignments 国際誌 査読有り

Nakamura T, Yamada KD, Tomii K, Katoh K

Bioinformatics　34　(14)　2490-2492　2018年

DOI： 10.1093/bioinformatics/bty121 　

ISSN：1367-4803

eISSN：1460-2059

Derivative-free neural network for optimizing the scoring functions associated with dynamic programming of pairwise-profile alignment 国際誌 査読有り

Yamada KD

Algorithms for molecular biology　2018年

DOI： 10.1186/s13015-018-0123-6 　

Designing better diffracting crystals of biotin carboxyl carrier protein from Pyrococcus horikoshii by a mutation based on crystal-packing propensity of amino acids 国際誌 査読有り

Yamada KD, Kunishima N, Matsuura Y, Nakai K, Naitow H, Fukasawa Y, Tomii K

Acta Crystallographica Section D　73　(Pt 9)　757-766　2017年

DOI： 10.1107/S2059798317010932 　

Identification of the sequence determinants of protein N-terminal acetylation through a decision tree approach 国際誌 国際共著 査読有り

Yamada KD, Omori S, Nish H, Miyagi M

BMC Bioinformatics　18　(1)　289-289　2017年

DOI： 10.1186/s12859-017-1699-4 　

Protein sequence-similarity search acceleration using a heuristic algorithm with a sensitive matrix 国際誌 査読有り

Lim K, Yamada KD, Frith MC, Tomii K

Journal of Structural and Functional Genomics　17　(4)　147-154　2016年

DOI： 10.1007/s10969-016-9210-4 　

Application of the MAFFT sequence alignment program to large data - reexamination of the usefulness of chained guide trees 国際誌 査読有り

Yamada KD, Tomii K, Katoh K

Bioinformatics　32　(21)　3246-3251　2016年

DOI： 10.1093/bioinformatics/btw412 　

ISSN：1367-4803

eISSN：1460-2059

Structural characterization of single nucleotide variants at ligand binding sites and enzyme active sites of human proteins 国際誌 査読有り

Yamada KD, Nishi H, Nakata J, Kinoshita K

Biophysics and Physicobiology　13　157-163　2016年

DOI： 10.2142/biophysico.13.0_157 　

Identification of hepta-histidine as a candidate drug for Huntington’s disease by in silico-in vitro-in vivo-integrated screens of chemical libraries 国際誌 国際共著 査読有り

Imamura T, Fujita K, Tagawa K, Ikura T, Chen X, Homma H, Tamura T, Mao Y, Taniguchi JB, Motoki K, Nakabayashi M, Ito N, Yamada K, Tomii K, Okano H, Kaye J, Finkbeiner S, Okazawa H

Scientific Reports　6　33861-33861　2016年

DOI： 10.1038/srep33861 　

Intrinsically disordered region of influenza A NP regulates viral genome packaging via interactions with viral RNA and host PI(4,5)P2 国際誌 査読有り

Kakisaka M, Yamada K, Yamaji-Hasegawa A, Kobayashi T, Aida Y

Virology　496　116-126　2016年

DOI： 10.1016/j.virol.2016.05.018 　

Prediction of homo- and hetero-protein complexes by protein docking and template-based modeling: a CASP-CAPRI experiment 国際誌 国際共著 査読有り

Lensink MF, Velankar S, Kryshtafovych A, Huang SY, Schneidman-Duhovny D, Sali A, Segura J, Fernandez-Fuentes N, Viswanath S, Elber R, Grudinin S, Popov P, Neveu E, Lee H, Baek M, Park S, Heo L, Rie Lee G, Seok C, Qin S, Zhou HX, Ritchie DW, Maigret B, Devignes MD, Ghoorah A, Torchala M, Chaleil RA, Bates PA, Ben-Zeev E, Eisenstein M, Negi SS, Weng Z, Vreven T, Pierce BG, Borrman TM, Yu J, Ochsenbein F, Guerois R, Vangone A, Rodrigues JP, van Zundert G, Nellen M, Xue L, Karaca E, Melquiond AS, Visscher K, Kastritis PL, Bonvin AM, Xu X, Qiu L, Yan C, Li J, Ma Z, Cheng J, Zou X, Shen Y, Peterson LX, Kim HR, Roy A, Han X, Esquivel-Rodriguez J, Kihara D, Yu X, Bruce NJ, Fuller JC, Wade RC, Anishchenko I, Kundrotas PJ, Vakser IA, Imai K, Yamada K, Oda T, Nakamura T, Tomii K, Pallara C, Romero-Durana M, Jiménez-García B, Moal IH, Férnandez-Recio J, Joung JY, Kim JY, Joo K, Lee J, Kozakov D, Vajda S, Mottarella S, Hall DR, Beglov D, Mamonov A, Xia B, Bohnuud T, Del Carpio CA, Ichiishi E, Marze N, Kuroda D, Roy Burman SS, Gray JJ, Chermak E, Cavallo L, Oliva R, Tovchigrechko A, Wodak SJ

Proteins　84　(S1)　323-348　2016年

DOI： 10.1002/prot.25007 　

ISSN：0887-3585

eISSN：1097-0134

Systematic exploration of an efficient amino acid substitution matrix: MIQS 国際誌 査読有り

Tomii K, Yamada K

Methods in Molecular Biology　2016年

DOI： 10.1007/978-1-4939-3572-7_11 　

A new genotype of bovine leukemia virus in South America identified by NGS-based whole genome sequencing and molecular evolutionary genetic analysis 国際誌 国際共著 査読有り

Polat M, Takeshima SN, Hosomichi K, Kim J, Miyasaka T, Yamada K, Arainga M, Murakami T, Matsumoto Y, de la Barra Diaz V, Panei CJ, González ET, Kanemaki M, Onuma M, Giovambattista G, Aida Y

Retrovirology　13　2016年

DOI： 10.1186/s12977-016-0239-z 　

eISSN：1742-4690

遠縁タンパク質検索に適した新規アミノ酸置換行列 査読有り

Yamada K, Tomii K

生物物理　55　(3)　133-136　2015年

DOI： 10.2142/biophys.55.133 　

ISSN：0582-4052

eISSN：1347-4219

A novel antiviral target structure involved in the RNA binding, dimerization, and nuclear export functions of the influenza A virus nucleoprotein 国際誌 査読有り

Kakisaka M, Sasaki Y, Yamada K, Kondoh Y, Hikono H, Osada H, Tomii K, Saito T, Aida Y

PLOS Pathogens　11　(7)　e1005062　2015年

DOI： 10.1371/journal.ppat.1005062 　

PoSSuM v.2.0: data update and a new function for investigating ligand analogs and target proteins of small-molecule drugs 国際誌 査読有り

Ito JI, Ikeda K, Yamada K, Mizuguchi K, Tomii K

Nucleic Acids Research (NAR)　2015年

DOI： 10.1093/nar/gku1144 　

Comparative analysis of seven viral nuclear export signals (NESs) reveals the crucial role of nuclear export mediated by the third NES consensus sequence of nucleoprotein (NP) in influenza A virus replication 国際誌 査読有り

Chutiwitoonchai N, Kakisaka M, Yamada K, Aida Y

PLOS ONE　9　(8)　e105081　2014年

DOI： 10.1371/journal.pone.0105081 　

Revisiting amino acid substitution matrices for identifying distantly related proteins 国際誌 査読有り

Yamada K, Tomii K

Bioinformatics　2014年

DOI： 10.1093/bioinformatics/btt694 　

Importin α3/Qip1 is involved in multiplication of mutant influenza virus with alanine mutation at amino acid 9 independently of nuclear transport function 国際誌 査読有り

Sasaki Y, Hagiwara K, Kakisaka M, Yamada K, Murakami T, Aida Y

PLOS ONE　8　(1)　e55765　2013年

DOI： 10.1371/journal.pone.0055765 　

Identification of a novel compound with antiviral activity against influenza A virus depending on PA subunit of viral RNA polymerase 国際誌 査読有り

Yamada K, Koyama H, Hagiwara K, Ueda A, Sasaki Y, Kanesashi SN, Ueno R, Nakamura HK, Kuwata K, Shimizu K, Suzuki M, Aida Y

Microbes and Infection　14　(9)　740-7　2012年

DOI： 10.1016/j.micinf.2012.02.012 　

Discovery of novel antiviral agents directed against the influenza A virus nucleoprotein using photo-cross-linked chemical arrays 国際誌 査読有り

Hagiwara K, Kondoh Y, Ueda A, Yamada K, Goto H, Watanabe T, Nakata T, Osada H, Aida Y

Biochemical and Biophysical Research Communications　394　(3)　721-7　2010年

DOI： 10.1016/j.bbrc.2010.03.058