研究者詳細

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ホシノ　タツヒコ
星野　辰彦
Tatsuhiko Hoshino
所属
高等研究機構変動海洋エコシステム高等研究所
職名
教授
学位

  • 博士（工学） （早稲田大学）

経歴 12

  • 2025年4月 ～ 継続中
    広島大学　大学院先進理工学系科学研究科　客員教授

  • 2024年6月 ～ 継続中
    東北大学　変動海洋エコシステム高等研究所　教授

  • 2023年4月 ～ 継続中
    高知大学　客員教授

  • 2014年 ～ 継続中
    海洋研究開発機構　高知コア研究所　主任研究員

  • 2009年11月 ～ 継続中
    海洋研究開発機構　高知コア研究所　研究員

  • 2016年4月 ～ 2025年4月
    広島大学　大学院先進理工学系科学研究科　客員准教授

  • 2008年4月 ～ 2009年10月
    東京大学　海洋研究所生態系動態部門微生物分野　特別研究員

  • 2008年4月 ～ 2009年10月
    オーフス大学（デンマーク）　生態学部　博士研究員

  • 2008年4月 ～ 2009年10月
    日本学術振興会　特別研究員SPD

  • 2006年4月 ～ 2008年3月
    ウィーン大学（オーストリア）　微生物生態学科　博士研究員

  • 2006年4月 ～ 2008年3月
    日本学術振興会　海外特別研究員

  • 2004年4月 ～ 2006年3月
    早稲田大学　理工学術院　助手

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学歴 1

  • 早稲田大学　大学院　理工学研究科 応用化学専攻 化学工学分野 博士課程

    2002年4月 ～ 2005年3月

委員歴 4

  • 日本地球掘削科学コンソーシアム (J-DESC)　科学推進専門部会委員

    2024年 ～ 継続中

  • IODP3　Science Evaluation Panel

    2025年4月 ～ 2027年3月

  • 科学技術予測センター　専門調査員

    2022年 ～ 2025年

  • 日本地球掘削科学コンソーシアム (J-DESC)　科学技術専門部会委員

    2015年 ～ 2019年

研究キーワード 5

  • 海洋掘削科学

  • 進化

  • 遺伝子解析

  • 環境微生物

  • 微生物生態

研究分野 3

  • ライフサイエンス / 多様性生物学、分類学 /

  • 環境・農学 / ランドスケープ科学 / 生態・環境

  • 環境・農学 / 環境農学 / 生態・環境

受賞 3

  1. Deep Life Paper awards of 2020

    2021年3月

  2. PNAS Cozzarreli Prize 2017

    2018年12月　米国アカデミー

  3. 年会優秀発表賞

    2002年3月　日本水環境学会

論文 56

  1. Temperature limits to deep subseafloor life in the Nankai Trough subduction zone 国際誌 査読有り

    Verena B. Heuer, Fumio Inagaki, Yuki Morono, Yusuke Kubo, Arthur J. Spivack, Bernhard Viehweger, Tina Treude, Felix Beulig, Florence Schubotz, Satoshi Tonai, Stephen A. Bowden, Margaret Cramm, Susann Henkel, Takehiro Hirose, Kira Homola, Tatsuhiko Hoshino, Akira Ijiri, Hiroyuki Imachi, Nana Kamiya, Masanori Kaneko, Lorenzo Lagostina, Hayley Manners, Harry-Luke McClelland, Kyle Metcalfe, Natsumi Okutsu, Donald Pan, Maija J. Raudsepp, Justine Sauvage, Man-Yin Tsang, David T. Wang, Emily Whitaker, Yuzuru Yamamoto, Kiho Yang, Lena Maeda, Rishi R. Adhikari, Clemens Glombitza, Yohei Hamada, Jens Kallmeyer, Jenny Wendt, Lars Wörmer, Yasuhiro Yamada, Masataka Kinoshita, Kai-Uwe Hinrichs

    Science　370　(6521)　1230-1234　2020年12月4日

    出版者・発行元： American Association for the Advancement of Science (AAAS)

    DOI： 10.1126/science.abd7934 　

    ISSN：0036-8075

    eISSN：1095-9203

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    Microorganisms in marine subsurface sediments substantially contribute to global biomass. Sediments warmer than 40°C account for roughly half the marine sediment volume, but the processes mediated by microbial populations in these hard-to-access environments are poorly understood. We investigated microbial life in up to 1.2-kilometer-deep and up to 120°C hot sediments in the Nankai Trough subduction zone. Above 45°C, concentrations of vegetative cells drop two orders of magnitude and endospores become more than 6000 times more abundant than vegetative cells. Methane is biologically produced and oxidized until sediments reach 80° to 85°C. In 100° to 120°C sediments, isotopic evidence and increased cell concentrations demonstrate the activity of acetate-degrading hyperthermophiles. Above 45°C, populated zones alternate with zones up to 192 meters thick where microbes were undetectable.

  2. Global diversity of microbial communities in marine sediment 査読有り

    Tatsuhiko Hoshino, Hideyuki Doi, Go-Ichiro Uramoto, Lars Wörmer, Rishi R. Adhikari, Nan Xiao, Yuki Morono, Steven D’Hondt, Kai-Uwe Hinrichs, Fumio Inagaki

    Proceedings of the National Academy of Sciences　117　(44)　27587-27597　2020年11月3日

    DOI： 10.1073/pnas.1919139117 　

    ISSN：0027-8424

    eISSN：1091-6490

  3. Aerobic microbial life persists in oxic marine sediment as old as 101.5 million years. 国際誌 査読有り

    Yuki Morono, Motoo Ito, Tatsuhiko Hoshino, Takeshi Terada, Tomoyuki Hori, Minoru Ikehara, Steven D'Hondt, Fumio Inagaki

    Nature communications　11　(1)　3626-3626　2020年7月28日

    DOI： 10.1038/s41467-020-17330-1 　

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    Sparse microbial populations persist from seafloor to basement in the slowly accumulating oxic sediment of the oligotrophic South Pacific Gyre (SPG). The physiological status of these communities, including their substrate metabolism, is previously unconstrained. Here we show that diverse aerobic members of communities in SPG sediments (4.3‒101.5 Ma) are capable of readily incorporating carbon and nitrogen substrates and dividing. Most of the 6986 individual cells analyzed with nanometer-scale secondary ion mass spectrometry (NanoSIMS) actively incorporated isotope-labeled substrates. Many cells responded rapidly to incubation conditions, increasing total numbers by 4 orders of magnitude and taking up labeled carbon and nitrogen within 68 days after incubation. The response was generally faster (on average, 3.09 times) for nitrogen incorporation than for carbon incorporation. In contrast, anaerobic microbes were only minimally revived from this oxic sediment. Our results suggest that microbial communities widely distributed in organic-poor abyssal sediment consist mainly of aerobes that retain their metabolic potential under extremely low-energy conditions for up to 101.5 Ma.

  4. Microbial dormancy in the marine subsurface: Global endospore abundance and response to burial 査読有り

    Woermer Lars, Hoshino Tatsuhiko, Bowles Marshall W, Viehweger Bernhard, Adhikari Rishi R, Xiao Nan, Uramoto Go-ichiro, Koenneke Martin, Lazar Cassandre S, Morono Yuki, Inagaki Fumio, Hinrichs Kai-Uwe

    SCIENCE ADVANCES　5　(2)　2019年2月

    DOI： 10.1126/sciadv.aav1024 　

    ISSN：2375-2548

  5. Abundance and distribution of Archaea in the subseafloor sedimentary biosphere 査読有り

    Tatsuhiko Hoshino, Fumio Inagaki

    ISME Journal　2018年1月

    DOI： 10.1038/s41396-018-0253-3 　

    ISSN：1751-7362

  6. Impact of Anaerobic Cold Storage on Subseafloor Microbial Communities

    Tastuhiko Hoshino, Kana Jitsuno, Yohei Nishikawa, Ken Ikehara, Michael Strasser, Haruko Takeyama, Fumio Inagaki

    Journal of Geophysical Research: Biogeosciences　130　(12)　2025年12月23日

    出版者・発行元： American Geophysical Union (AGU)

    DOI： 10.1029/2025jg009286 　

    ISSN：2169-8953

    eISSN：2169-8961

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    Abstract Sediment cores recovered from the deep sea often cannot be sampled for microbiological analysis immediately due to the need for core splitting and processing for subsequent onboard measurements and core storage. Consequently, sections are often stored at 4°C under anaerobic conditions for extended periods. However, the impact of the temporal storage on microbiological analysis remains uncertain. In this study, using paired sediment samples from the Japan Trench collected during International Ocean Discovery Program (IODP) Expedition 386, we performed comparative analysis of microbial community composition between samples immediately frozen after core recovery onboard and samples stored anaerobically for 9–11 months onshore. Although the overall community structure was broadly preserved, we observed substantial increases in some opportunistic taxa (e.g., Shewanella, Psychrobacter, and Firmicutes) and a marked decrease in archaeal abundance and diversity. Nevertheless, more than 95% of amplicon sequence variants (ASVs) were retained, and key subseafloor bacterial lineages such as Atribacterota and Chloroflexi showed no significant change in abundance. These results indicate that although long‐term cold storage can introduce identifiable preservation‐related biases, DNA‐based analyses of archived cores can still provide meaningful insights into subseafloor microbial communities when interpreted with appropriate caution.

  7. Spatiotemporal distribution of eukaryotic environmental DNA in global subseafloor sediments. 査読有り

    Hoshino, T, Inagaki, F

    Progress in Earth and Planetary Sciences　11　1-9　2024年4月7日

    DOI： 10.1186/s40645-024-00621-2 　

  8. The copy number of the eukaryotic rRNA gene can be counted comprehensively 査読有り

    Akinori Yabuki, Tatsuhiko Hoshino, Tamiko Nakamura, Keiko Mizuno

    MicrobiologyOpen　13　(2)　2024年3月4日

    出版者・発行元： Wiley

    DOI： 10.1002/mbo3.1399 　

    ISSN：2045-8827

    eISSN：2045-8827

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    Abstract Gene sequence has been widely used in molecular ecology. For instance, the ribosomal RNA (rRNA) gene has been widely used as a biological marker to understand microbial communities. The variety of the detected rRNA gene sequences reflects the diversity of the microorganisms existing in the analyzed sample. Their biomass can also be estimated by applying quantitative sequencing with information on rRNA gene copy numbers in genomes; however, information on rRNA gene copy numbers is still limited. Especially, the copy number in microbial eukaryotes is much less understood than that of prokaryotes, possibly because of the large and complex structure of eukaryotic genomes. In this study, we report an alternative approach that is more appropriate than the existing method of quantitative sequencing and demonstrate that the copy number of eukaryotic rRNA can be measured efficiently and comprehensively. By applying this approach widely, information on the eukaryotic rRNA copy number can be determined, and their community structures can be depicted and compared more efficiently.

  9. Comparative single-cell genomics of Atribacterota JS1 in the Japan Trench hadal sedimentary biosphere 査読有り

    Kana Jitsuno, Tatsuhiko Hoshino, Yohei Nishikawa, Masato Kogawa, Katsuhiko Mineta, Michael Strasser, Ken Ikehara, Jeremy Everest, Lena Maeda, Fumio Inagaki, Haruko Takeyama, Piero Bellanova, Morgane Brunet, Zhirong Cai, Antonio Cattaneo, Katharina Hochmuth, Kanhsi Hsiung, Takashi Ishizawa, Takuya Itaki, Kana Jitsuno, Joel Johnson, Toshiya Kanamatsu, Myra Keep, Arata Kioka, Christian Maerz, Cecilia McHugh, Aaron Micallef, Luo Min, Dhananjai Pandey, Jean Noel Proust, Troy Rasbury, Natascha Riedinger, Rui Bao, Yasufumi Satoguchi, Derek Sawyer, Chloe Seibert, Maxwell Silver, Susanne Straub, Joonas Virtasalo, Yonghong Wang, Ting-Wei Wu, Sarah Zellers, Martin Kölling, Jyh-Jaan Steven Huang, Yoshitaka Nagahashi

    mSphere　2024年1月3日

    出版者・発行元： American Society for Microbiology

    DOI： 10.1128/msphere.00337-23 　

    eISSN：2379-5042

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    ABSTRACT Deep-sea and subseafloor sedimentary environments host heterotrophic microbial communities that contribute to Earth’s carbon cycling. However, the potential metabolic functions of individual microorganisms and their biogeographical distributions in hadal ocean sediments remain largely unexplored. In this study, we conducted single-cell genome sequencing on sediment samples collected from six sites (7,445–8,023 m water depth) along an approximately 500 km transect of the Japan Trench during the International Ocean Discovery Program Expedition 386. A total of 1,886 single-cell amplified genomes (SAGs) were obtained, offering comprehensive genetic insights into sedimentary microbial communities in surface sediments (<1 m depth) above the sulfate-methane transition zone along the Japan Trench. Our genome data set included 269 SAGs from Atribacterota JS1, the predominant bacterial clade in these hadal environments. Phylogenetic analysis classified SAGs into nine distinct phylotypes, whereas metagenome-assembled genomes were categorized into only two phylotypes, advancing JS1 diversity coverage through a single cell-based approach. Comparative genomic analysis of JS1 lineages from different habitats revealed frequent detection of genes related to organic carbon utilization, such as extracellular enzymes like clostripain and α-amylase, and ABC transporters of oligopeptide from Japan Trench members. Furthermore, specific JS1 phylotypes exhibited a strong correlation with in situ methane concentrations and contained genes involved in glycine betaine metabolism. These findings suggest that the phylogenomically diverse and novel Atribacterota JS1 is widely distributed in Japan Trench sediment, playing crucial roles in carbon cycling within the hadal sedimentary biosphere. IMPORTANCE The Japan Trench represents tectonically active hadal environments associated with Pacific plate subduction beneath the northeastern Japan arc. This study, for the first time, documented a large-scale single-cell and metagenomic survey along an approximately 500 km transect of the Japan Trench, obtaining high-quality genomic information on hadal sedimentary microbial communities. Single-cell genomics revealed the predominance of diverse JS1 lineages not recoverable through conventional metagenomic binning. Their metabolic potential includes genes related to the degradation of organic matter, which contributes to methanogenesis in the deeper layers. Our findings enhance understanding of sedimentary microbial communities at water depths exceeding 7,000 m and provide new insights into the ecological role of biogeochemical carbon cycling in the hadal sedimentary biosphere.

  10. Origins of sediments and fluids in submarine mud volcanoes off Tanegashima Island, northern Ryukyu Trench, Japan 査読有り

    Ijiri, A, Setoguchi, R, Mitsutome, Y, Toki, T, Murayama, M, Hagino, K, Hamada, Y, Yamagata, T, Matsuzaki, H, Tanikawa, W, Tadai, O, Kitada, K, Hoshino, T, Noguchi, T, Ashi, J, Inagaki, F

    Front. Earth Sci.　11　2023年6月

    出版者・発行元：

    DOI： 10.3389/feart.2023.1206810 　

    eISSN：2296-6463

  11. Genome characterization of two novel deep-sea sediment fungi, Penicillium pacificagyrus sp. nov. and Penicillium pacificasedimenti sp. nov., from South Pacific Gyre subseafloor sediments, highlights survivability. 国際誌 査読有り

    Morgan S Sobol, Tatsuhiko Hoshino, Victor Delgado, Taiki Futagami, Chihiro Kadooka, Fumio Inagaki, Brandi Kiel Reese

    BMC genomics　24　(1)　249-249　2023年5月10日

    DOI： 10.1186/s12864-023-09320-6 　

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    BACKGROUND: Marine deep subsurface sediments were once thought to be devoid of eukaryotic life, but advances in molecular technology have unlocked the presence and activity of well-known closely related terrestrial and marine fungi. Commonly detected fungi in deep marine sediment environments includes Penicillium, Aspergillus, Cladosporium, Fusarium, and Schizophyllum, which could have important implications in carbon and nitrogen cycling in this isolated environment. In order to determine the diversity and unknown metabolic capabilities of fungi in deep-sea sediments, their genomes need to be fully analyzed. In this study, two Penicillium species were isolated from South Pacific Gyre sediment enrichments during Integrated Ocean Drilling Program Expedition 329. The inner gyre has very limited productivity, organic carbon, and nutrients. RESULTS: Here, we present high-quality genomes of two proposed novel Penicillium species using Illumina HiSeq and PacBio sequencing technologies. Single-copy homologues within the genomes were compared to other closely related genomes using OrthoMCL and maximum-likelihood estimation, which showed that these genomes were novel species within the genus Penicillium. We propose to name isolate SPG-F1 as Penicillium pacificasedimenti sp. nov. and SPG-F15 as Penicillium pacificagyrus sp. nov. The resulting genome sizes were 32.6 Mbp and 36.4 Mbp, respectively, and both genomes were greater than 98% complete as determined by the presence of complete single-copy orthologs. The transposable elements for each genome were 4.87% for P. pacificasedimenti and 10.68% for P. pacificagyrus. A total of 12,271 genes were predicted in the P. pacificasedimenti genome and 12,568 genes in P. pacificagyrus. Both isolates contained genes known to be involved in the degradation of recalcitrant carbon, amino acids, and lignin-derived carbon. CONCLUSIONS: Our results provide the first constructed genomes of novel Penicillium isolates from deep marine sediments, which will be useful for future studies of marine subsurface fungal diversity and function. Furthermore, these genomes shed light on the potential impact fungi in marine sediments and the subseafloor could have on global carbon and nitrogen biogeochemical cycles and how they may be persisting in the most energy-limited sedimentary biosphere.

  12. Terpene Synthase Gene Amplicons from Subseafloor Sediment. 国際誌 査読有り

    Ruth L Schmidt, Tatsuhiko Hoshino, Yuki Morono, Julien Tremblay, Dana Ulanova

    Microbiology resource announcements　e0103722　2023年1月18日

    DOI： 10.1128/mra.01037-22 　

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    In this announcement, we present the set of putative terpene synthase (TS) gene fragments detected in a subseafloor sediment sample collected off Shimokita Peninsula, Japan. This data set contains sequences with 72 to 100% identity to TS from actinobacteria and cyanobacteria.

  13. Simultaneous absolute quantification and sequencing of fish environmental DNA in a mesocosm by quantitative sequencing technique

    Tatsuhiko Hoshino, Ryohei Nakao, Hideyuki Doi, Toshifumi Minamoto

    Scientific Reports　11　(1)　2021年12月

    出版者・発行元： Springer Science and Business Media LLC

    DOI： 10.1038/s41598-021-83318-6 　

    eISSN：2045-2322

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    <title>Abstract</title>The combination of high-throughput sequencing technology and environmental DNA (eDNA) analysis has the potential to be a powerful tool for comprehensive, non-invasive monitoring of species in the environment. To understand the correlation between the abundance of eDNA and that of species in natural environments, we have to obtain quantitative eDNA data, usually via individual assays for each species. The recently developed quantitative sequencing (qSeq) technique enables simultaneous phylogenetic identification and quantification of individual species by counting random tags added to the 5′ end of the target sequence during the first DNA synthesis. Here, we applied qSeq to eDNA analysis to test its effectiveness in biodiversity monitoring. eDNA was extracted from water samples taken over 4 days from aquaria containing five fish species (<italic>Hemigrammocypris neglectus</italic>, <italic>Candidia temminckii</italic>, <italic>Oryzias latipes</italic>, <italic>Rhinogobius flumineus</italic>, and <italic>Misgurnus anguillicaudatus</italic>), and quantified by qSeq and microfluidic digital PCR (dPCR) using a TaqMan probe. The eDNA abundance quantified by qSeq was consistent with that quantified by dPCR for each fish species at each sampling time. The correlation coefficients between qSeq and dPCR were 0.643, 0.859, and 0.786 for <italic>H. neglectus</italic>, <italic>O. latipes</italic>, and <italic>M. anguillicaudatus</italic>, respectively, indicating that qSeq accurately quantifies fish eDNA.

  14. Hydrothermal formation of iron-oxyhydroxide chimney mounds in a shallow semi-enclosed bay at Satsuma Iwo-Jima Island, Kagoshima, Japan 査読有り

    Shoichi Kiyokawa, Takashi Kuratomi, Tatsuhiko Hoshino, Shusaku Goto, Minoru Ikehara

    Bulletin of the Geological Society of America　133　(9-10)　1890-1908　2021年

    DOI： 10.1130/B35782.1 　

    ISSN：0016-7606

    eISSN：1943-2674

  15. 南海地震水没災害伝承の痕跡発掘に向けた沿岸域海底調査： 須崎市野見湾を例に

    谷川 亘, 岡﨑 啓史, 徳山 英一, 村山 雅史, 井尻 暁, 廣瀬 丈洋, 浦本 豪一郎, 星野 辰彦, 田中 幸記, 山本 裕二, 濱田 洋平

    沿岸海洋研究　59　(1)　2021年

    出版者・発行元： 日本海洋学会 沿岸海洋研究会

    DOI： 10.32142/engankaiyo.2021.4.001 　

    ISSN：1342-2758

  16. Innovative microfossil (radiolarian) analysis using a system for automated image collection and AI-based classification of species 査読有り

    Takuya Itaki, Yosuke Taira, Naoki Kuwamori, Hitoshi Saito, Minoru Ikehara, Tatsuhiko Hoshino

    Scientific Reports　10　(1)　2020年12月

    DOI： 10.1038/s41598-020-77812-6 　

    eISSN：2045-2322

  17. Deep microbial proliferation at the basalt interface in 33.5–104 million-year-old oceanic crust 査読有り

    Yohey Suzuki, Seiya Yamashita, Mariko Kouduka, Yutaro Ao, Hiroki Mukai, Satoshi Mitsunobu, Hiroyuki Kagi, Steven D’Hondt, Fumio Inagaki, Yuki Morono, Tatsuhiko Hoshino, Naotaka Tomioka, Motoo Ito

    Communications Biology　3　(1)　2020年12月1日

    DOI： 10.1038/s42003-020-0860-1 　

    eISSN：2399-3642

  18. A New Method for Quality Control of Geological Cores by X-Ray Computed Tomography: Application in IODP Expedition 370 査読有り

    Satoshi Tonai, Yusuke Kubo, Man-Yin Tsang, Stephen Bowden, Kotaro Ide, Takehiro Hirose, Nana Kamiya, Yuzuru Yamamoto, Kiho Yang, Yasuhiro Yamada, Yuki Morono, Verena B. Heuer, Fumio Inagaki, Lena Maeda, Margaret Cramm, Susann Henkel, Kira Homola, Tatsuhiko Hoshino, Akira Ijiri, Hiroyuki Imachi, Masanori Kaneko, Lorenzo Lagostina, Hayley Manners, Ilarry-Luke McClelland, Kyle Metcalfe, Natsumi Okutsu, Donald Pan, Maija Jocelyn Raudsepp, Justine Sauvage, Florence Schubotz, Arthur Spivack, Tina Treude, Bernhard Viehweger, David T. Wang, Emily Whitaker, Masataka Kinoshita

    FRONTIERS IN EARTH SCIENCE　7　2019年5月

    DOI： 10.3389/feart.2019.00117 　

    eISSN：2296-6463

  19. Naturally occurring, microbial induced smectite-to-illite reaction 査読有り

    Jinwook Kim, Hailiang Dong, Kiho Yang, Hanbeom Park, W Crawford Elliott, Arthur Spivack, Tae-hee Koo, Gilyoung Kim, Yuki Morono, Susann Henkel, Fumio Inagaki, Qiang Zeng, Tatsuhiko Hoshino, Verena B Heuer

    Geology　47　(6)　535-539　2019年4月

  20. Cultivable microbial community in 2-km-deep, 20-million-year-old subseafloor coalbeds through ~1000 days anaerobic bioreactor cultivation. 国際誌 査読有り

    Hiroyuki Imachi, Eiji Tasumi, Yoshihiro Takaki, Tatsuhiko Hoshino, Florence Schubotz, Shuchai Gan, Tzu-Hsuan Tu, Yumi Saito, Yuko Yamanaka, Akira Ijiri, Yohei Matsui, Masayuki Miyazaki, Yuki Morono, Ken Takai, Kai-Uwe Hinrichs, Fumio Inagaki

    Scientific reports　9　(1)　2305-2305　2019年2月19日

    DOI： 10.1038/s41598-019-38754-w 　

    ISSN：2045-2322

  21. Draft Genome Sequences of Penicillium spp. from Deeply Buried Oligotrophic Marine Sediments. 国際誌 査読有り

    Morgan S Sobol, Tatsuhiko Hoshino, Taiki Futagami, Fumio Inagaki, Brandi Kiel Reese

    Microbiology resource announcements　8　(6)　2019年2月

    DOI： 10.1128/MRA.01613-18 　

    ISSN：2576-098X

  22. Microbial Metabolism and Community Dynamics in Hydraulic Fracturing Fluids Recovered From Deep Hydrocarbon-Rich Shale. 国際誌 査読有り

    Yuki Morono, Jessie R Wishart, Motoo Ito, Akira Ijiri, Tatsuhiko Hoshino, Marta Torres, Circe Verba, Takeshi Terada, Fumio Inagaki, Frederick S Colwell

    Frontiers in microbiology　10　376-376　2019年

    DOI： 10.3389/fmicb.2019.00376 　

    ISSN：1664-302X

  23. In-situ mechanical weakness of subducting sediments beneath a plate boundary décollement in the Nankai Trough 査読有り

    Yohei Hamada, Takehiro Hirose, Akira Ijiri, Yasuhiro Yamada, Yoshinori Sanada, Saneatsu Saito, Noriaki Sakurai, Takamitsu Sugihara, Takahiro Yokoyama, Tomokazu Saruhashi, Tatsuhiko Hoshino, Nana Kamiya, Stephen Bowden, Margaret Cramm, Susann Henkel, Kira Homola, Hiroyuki Imachi, Masanori Kaneko, Lorenzo Lagostina, Hayley Manners, Harry-Luke McClelland, Kyle Metcalfe, Natsumi Okutsu, Donald Pan, Maija Jocelyn Raudsepp, Justine Sauvage, Florence Schubotz, Arthur Spivack, Satoshi Tonai, Tina Treude, Man-Yin Tsang, Bernhard Viehweger, David T. Wang, Emily Whitaker, Yuzuru Yamamoto, Kiho Yang, Masataka Kinoshita, Lena Maeda, Yusuke Kubo, Yuki Morono, Fumio Inagaki, Verena B. Heuer

    Progress in Earth and Planetary Science　5　(1)　2018年12月

    DOI： 10.1186/s40645-018-0228-z 　

    ISSN：2197-4284

    eISSN：2197-4284

  24. Magnetic Mineral Diagenesis in a High Temperature and Deep Methanic Zone in Izu Rear Arc Marine Sediments, Northwest Pacific Ocean 査読有り

    Kars Myriam, Musgrave Robert J, Hoshino Tatsuhiko, Jonas Ann-Sophie, Bauersachs Thorsten, Inagaki Fumio, Kodama Kazuto

    JOURNAL OF GEOPHYSICAL RESEARCH-SOLID EARTH　123　(10)　8331-8348　2018年10月

    DOI： 10.1029/2018JB015861 　

    ISSN：2169-9313

  25. Magnetic Mineral Diagenesis in a High Temperature and Deep Methanic Zone in Izu Rear Arc Marine Sediments, Northwest Pacific Ocean 査読有り

    Myriam Kars, Robert J Musgrave, Tatsuhiko Hoshino, Ann‐Sophie Jonas, Thorsten Bauersachs, Fumio Inagaki, Kazuto Kodama

    JGR Solid Earth　2018年9月

    DOI： 10.1029/2018JB015861 　

  26. Collaborative environmental DNA sampling from petal surfaces of flowering cherry Cerasus × yedoensis ‘Somei-yoshino’ across the Japanese archipelago 査読有り

    Tazro Ohta, Takeshi Kawashima, Natsuko O. Shinozaki, Akito Dobashi, Satoshi Hiraoka, Tatsuhiko Hoshino, Keiichi Kanno, Takafumi Kataoka, Shuichi Kawashima, Motomu Matsui, Wataru Nemoto, Suguru Nishijima, Suguru Nishijima, Suguru Nishijima, Natsuki Suganuma, Haruo Suzuki, Y. H. Taguchi, Yoichi Takenaka, Yosuke Tanigawa, Momoka Tsuneyoshi, Kazutoshi Yoshitake, Yukuto Sato, Riu Yamashita, Kazuharu Arakawa, Wataru Iwasaki

    Journal of Plant Research　131　(4)　709-717　2018年7月

    DOI： 10.1007/s10265-018-1017-x 　

    ISSN：0918-9440

  27. Deep-biosphere methane production stimulated by geofluids in the Nankai accretionary complex. 国際誌 査読有り

    Akira Ijiri, Fumio Inagaki, Yusuke Kubo, Rishi R Adhikari, Shohei Hattori, Tatsuhiko Hoshino, Hiroyuki Imachi, Shinsuke Kawagucci, Yuki Morono, Yoko Ohtomo, Shuhei Ono, Sanae Sakai, Ken Takai, Tomohiro Toki, David T Wang, Marcos Y Yoshinaga, Gail L Arnold, Juichiro Ashi, David H Case, Tomas Feseker, Kai-Uwe Hinrichs, Yojiro Ikegawa, Minoru Ikehara, Jens Kallmeyer, Hidenori Kumagai, Mark A Lever, Sumito Morita, Ko-Ichi Nakamura, Yuki Nakamura, Manabu Nishizawa, Victoria J Orphan, Hans Røy, Frauke Schmidt, Atsushi Tani, Wataru Tanikawa, Takeshi Terada, Hitoshi Tomaru, Takeshi Tsuji, Urumu Tsunogai, Yasuhiko T Yamaguchi, Naohiro Yoshida

    Science advances　4　(6)　eaao4631　2018年6月

    DOI： 10.1126/sciadv.aao4631 　

  28. 海底下深部生命圏フロンティアの探究と将来展望

    稲垣史生, 稲垣史生, 稲垣史生, 諸野祐樹, 諸野祐樹, 星野辰彦, 星野辰彦, 井尻暁, 井尻暁, XIAO Nan, 鈴木志野, 石井俊一, 浦本豪一郎, 浦本豪一郎, 寺田武志, 井町寛之, 井町寛之, 久保雄介

    地質学雑誌　124　(1)　77-92　2018年

    出版者・発行元： 一般社団法人 日本地質学会

    DOI： 10.5575/geosoc.2017.0079 　

    ISSN：0016-7630

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    <p>約半世紀の歴史を持つ海洋掘削科学は，プレートテクトニクスの実証や過去の劇的な地球環境変動など，教科書にその名を刻む輝かしい科学的成果をもたらしてきた．中でも，「海底下生命圏」の発見による生命生息可能域の大幅な拡大は，それまでの地球生命科学の概念（パラダイム）を覆すマイルストーン的な科学成果の一つである．これまでに，世界各地の海洋底から掘削されたコアサンプルの多面的な分析研究により，水・エネルギー供給が極めて限られた海底下環境に，固有の進化を遂げた膨大な数の未知微生物が生息していることが明らかとなっている．その生態系機能は，極めて低活性な生命活動により支えられている静的なものであるが，地質学的時間スケールで，地球規模の元素循環に重要な役割を果たしていることが明らかとなってきた．</p>

  29. Assessment of capacity to capture DNA aerosols by clean filters for molecular biology experiments 査読有り

    Yuki Morono, Tatsuhiko Hoshino, Takeshi Terada, Taketo Suzuki, Takahiro Sato, Hisashi Yuasa, Yuji Kubota, Fumio Inagaki

    Microbes and Environments　33　(2)　222-226　2018年1月

    DOI： 10.1264/jsme2.ME18012 　

    ISSN：1342-6311

  30. Unusual metabolic diversity of hyperalkaliphilic microbial communities associated with subterranean serpentinization at The Cedars 査読有り

    Shino Suzuki, Shun'ichi Ishii, Tatsuhiko Hoshino, Amanda Rietze, Aaron Tenney, Penny L. Morrill, Fumio Inagaki, J. Gijs Kuenen, Kenneth H. Nealson

    ISME JOURNAL　11　(11)　2584-2598　2017年11月

    DOI： 10.1038/ismej.2017.111 　

    ISSN：1751-7362

    eISSN：1751-7370

  31. Methyl-compound use and slow growth characterize microbial life in 2-km-deep subseafloor coal and shale beds 査読有り

    Elizabeth Trembath-Reichert, Yuki Morono, Akira Ijiri, Tatsuhiko Hoshino, Katherine S. Dawson, Fumio lnagaki, Victoria J. Orphan

    PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA　114　(44)　E9206-E9215　2017年10月

    DOI： 10.1073/pnas.1707525114 　

    ISSN：0027-8424

  32. Estimation of the influence of sequencing errors and distribution of random sequence tags on quantitative sequencing 査読有り

    Tatsuhiko Hoshino, Yohei Hamada

    JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING　124　(3)　359-364　2017年9月

    DOI： 10.1016/j.jbiosc.2017.04.003 　

    ISSN：1389-1723

    eISSN：1347-4421

  33. Atribacteria from the Subseafloor Sedimentary Biosphere Disperse to the Hydrosphere through Submarine Mud Volcanoes

    Tatsuhiko Hoshino, Tomohiro Toki, Akira Ijiri, Yuki Morono, Hideaki Machiyama, Juichiro Ashi, Kei Okamura, Fumio Inagaki

    FRONTIERS IN MICROBIOLOGY　8　2017年6月

    DOI： 10.3389/fmicb.2017.01135 　

    ISSN：1664-302X

  34. Distribution of anaerobic carbon monoxide dehydrogenase genes in deep subseafloor sediments 査読有り

    T. Hoshino, F. Inagaki

    LETTERS IN APPLIED MICROBIOLOGY　64　(5)　355-363　2017年5月

    DOI： 10.1111/lam.12727 　

    ISSN：0266-8254

    eISSN：1472-765X

  35. Application of Stochastic Labeling with Random-Sequence Barcodes for Simultaneous Quantification and Sequencing of Environmental 16S rRNA Genes 査読有り

    Tatsuhiko Hoshino, Fumio Inagaki

    PLOS ONE　12　(1)　2017年1月

    DOI： 10.1371/journal.pone.0169431 　

    ISSN：1932-6203

  36. Dense microbial community on a ferromanganese nodule from the ultra-oligotrophic South Pacific Gyre: Implications for biogeochemical cycles 査読有り

    Fumito Shiraishi, Satoshi Mitsunobu, Katsuhiko Suzuki, Tatsuhiko Hoshino, Yuki Morono, Fumio Inagaki

    EARTH AND PLANETARY SCIENCE LETTERS　447　10-20　2016年8月

    DOI： 10.1016/j.epsl.2016.04.021 　

    ISSN：0012-821X

    eISSN：1385-013X

  37. IODP Expedition 337: Deep Coalbed Biosphere off Shimokita - Microbial processes and hydrocarbon system associated with deeply buried coalbed in the ocean 査読有り

    Fumio Inagaki, Kai Uwe Hinrichs, Yusuke Kubo, Monika Bihan, Stephen A. Bowden, Marshall Bowles, Marcus Elvert, Clemens Glombitza, Doris Gross, Guy J. Harrington, Verena Heuer, Wei Li Hong, Tomoyuki Hori, Tatsuhiko Hoshino, Akira Ijiri, Hiroyuki Imachi, Motoo Ito, Masanori Kaneko, Mark A. Lever, Kevin Li, David Limmer, Yu Shih Lin, Chang Hong Liu, Barbara A. Methé, Sumito Morita, Yuki Morono, Masafumi Murayama, Naohiko Ohkouchi, Shuhei Ono, Young Soo Park, Stephen C. Phillips, Xavier Prieto-Mollar, Marcella Purkey, Natascha Riedinger, Yoshinori Sanada, Justine Sauvage, Glen Snyder, Rita Susilawati, Yoshinori Takano, Wataru Tanikawa, Eiji Tasumi, Takeshi Terada, Hitoshi Tomaru, Elizabeth Trembath-Reichert, David T. Wang, Yasuhiro Yamada

    Scientific Drilling　21　17-28　2016年6月27日

    DOI： 10.5194/sd-21-17-2016 　

    ISSN：1816-8957

    eISSN：1816-3459

  38. Ecophysiology of Zetaproteobacteria Associated with Shallow Hydrothermal Iron-Oxyhydroxide Deposits in Nagahama Bay of Satsuma Iwo-Jima, Japan

    Tatsuhiko Hoshino, Takashi Kuratomi, Yuki Morono, Tomoyuki Hori, Hisashi Oiwane, Shoichi Kiyokawa, Fumio Inagaki

    FRONTIERS IN MICROBIOLOGY　6　2016年1月

    DOI： 10.3389/fmicb.2015.01554 　

    ISSN：1664-302X

  39. Exploring deep microbial life in coal-bearing sediment down to ∼2.5 km below the ocean floor 査読有り

    F. Inagaki, F. Inagaki, K. U. Hinrichs, Y. Kubo, Y. Kubo, M. W. Bowles, V. B. Heuer, W. L. Hong, W. L. Hong, T. Hoshino, T. Hoshino, A. Ijiri, A. Ijiri, H. Imachi, H. Imachi, M. Ito, M. Ito, M. Kaneko, M. Kaneko, M. A. Lever, M. A. Lever, Y. S. Lin, Y. S. Lin, B. A. Methé, S. Morita, Y. Morono, Y. Morono, W. Tanikawa, W. Tanikawa, M. Bihan, S. A. Bowden, M. Elvert, C. Glombitza, D. Gross, G. J. Harrington, T. Hori, K. Li, D. Limmer, D. Limmer, C. H. Liu, M. Murayama, N. Ohkouchi, N. Ohkouchi, S. Ono, Y. S. Park, S. C. Phillips, X. Prieto-Mollar, M. Purkey, M. Purkey, N. Riedinger, N. Riedinger, Y. Sanada, Y. Sanada, J. Sauvage, G. Snyder, G. Snyder, R. Susilawati, Y. Takano, Y. Takano, E. Tasumi, T. Terada, H. Tomaru, E. Trembath-Reichert, D. T. Wang, Y. Yamada, Y. Yamada

    Science　349　(6246)　420-424　2015年7月24日

    DOI： 10.1126/science.aaa6882 　

    ISSN：0036-8075

    eISSN：1095-9203

  40. Hot-Alkaline DNA Extraction Method for Deep-Subseafloor Archaeal Communities (vol 80, pg 1985, 2014) 査読有り

    Yuki Morono, Takeshi Terada, Tatsuhiko Hoshino, Fumio Inagaki

    APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY　80　(15)　4785-4785　2014年8月

    DOI： 10.1128/AEM.01499-14 　

    ISSN：0099-2240

    eISSN：1098-5336

  41. Biological CO2 conversion to acetate in subsurface coal-sand formation using a high-pressure reactor system 査読有り

    Yoko Ohtomo, Akira Ijiri, Yojiro Ikegawa, Masazumi Tsutsumi, Hiroyuki Imachi, Go-Ichiro Uramoto, Tatsuhiko Hoshino, Yuki Morono, Sanae Sakai, Yumi Saito, Wataru Tanikawa, Takehiro Hirose, Fumio Inagaki

    FRONTIERS IN MICROBIOLOGY　4　2013年12月

    DOI： 10.3389/fmicb.2013.00361 　

    ISSN：1664-302X

  42. A comparative study of microbial diversity and community structure in marine sediments using poly(A) tailing and reverse transcription-FOR 査読有り

    Tatsuhiko Hoshino, Fumio Inagaki

    FRONTIERS IN MICROBIOLOGY　4　2013年6月

    DOI： 10.3389/fmicb.2013.00160 　

    ISSN：1664-302X

  43. Metabolically active microbial communities in marine sediment under high-CO2 and low-pH extremes 査読有り

    Katsunori Yanagawa, Yuki Morono, Dirk de Beer, Matthias Haeckel, Michinari Sunamura, Taiki Futagami, Tatsuhiko Hoshino, Takeshi Terada, Ko-ichi Nakamura, Tetsuro Urabe, Gregor Rehder, Antje Boetius, Fumio Inagaki

    ISME JOURNAL　7　(3)　555-567　2013年3月

    DOI： 10.1038/ismej.2012.124 　

    ISSN：1751-7362

    eISSN：1751-7370

  44. Molecular quantification of environmental DNA using microfluidics and digital PCR 査読有り

    Tatsuhiko Hoshino, Fumio Inagaki

    SYSTEMATIC AND APPLIED MICROBIOLOGY　35　(6)　390-395　2012年9月

    DOI： 10.1016/j.syapm.2012.06.006 　

    ISSN：0723-2020

  45. Comparative study of subseafloor microbial community structures in deeply buried coral fossils and sediment matrices from the Challenger Mound in the Porcupine Seabight 査読有り

    Tatsuhiko Hoshino, Yuki Morono, Takeshi Terada, Hiroyuki Imachi, Timothy G. Ferdelman, Fumio Inagaki

    FRONTIERS IN MICROBIOLOGY　2　2011年

    DOI： 10.3389/fmicb.2011.00231 　

    ISSN：1664-302X

  46. Detection of denitrification genes by in situ rolling circle amplification-fluorescence in situ hybridization to link metabolic potential with identity inside bacterial cells 査読有り

    Tatsuhiko Hoshino, Andreas Schramm

    ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY　12　(9)　2508-2517　2010年9月

    DOI： 10.1111/j.1462-2920.2010.02224.x 　

    ISSN：1462-2912

  47. Quantification of target molecules needed to by fluorescence in situ hybridization (FISH) and catalyzed reporter deposition-FISH 査読有り

    Tatsuhiko Hoshino, L. Safak Yilmaz, Daniel R. Noguera, Holger Daims, Michael Wagner

    APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY　74　(16)　5068-5077　2008年8月

    DOI： 10.1128/AEM.00208-08 　

    ISSN：0099-2240

  48. RNA microarray for estimating relative abundance of 16S rRNA in microbial communities 査読有り

    Tatsuhiko Hoshino, Kazuhiro Furukawa, Satoshi Tsuneda, Yuhei Inamori

    Journal of Microbiological Methods　69　(2)　406-410　2007年5月

    DOI： 10.1016/j.mimet.2007.01.007 　

    ISSN：0167-7012

  49. Direct profiling of rRNA in saline wastewater treatment samples using an oligonucleotide Microarray 査読有り

    Hidetoshi Urakawa, Junpei Matsumoto, Tatsuhiko Hoshino, Satoshi Tsuneda

    MICROBES AND ENVIRONMENTS　22　(2)　116-122　2007年

    ISSN：1342-6311

  50. Long-term monitoring of the succession of a microbial community in activated sludge from a circulation flush toilet as a closed system 査読有り

    Tatsuhiko Hoshino, Takeshi Terahara, Kenji Yamada, Hideo Okuda, Isao Suzuki, Satoshi Tsuneda, Akira Hirata, Yuhei Inamori

    FEMS Microbiology Ecology　55　(3)　459-470　2006年3月

    DOI： 10.1111/j.1574-6941.2005.00047.x 　

    ISSN：0168-6496 1574-6941

  51. Comprehensive Analysis of Cell Wall-Permeabilizing Conditions for Highly Sensitive Fluorescence in Situ Hybridization 査読有り

    Kazuhiro Furukawa, Tatsuhiko Hoshino, Satoshi Tsuneda, Yuhei Inamori

    Microbes and Environments　21　(4)　227-234　2006年

    DOI： 10.1264/jsme2.21.227 　

    ISSN：1347-4405 1342-6311

  52. 硝化グラニュールを利用した高塩濃度産業廃水処理 査読有り

    星野辰彦, 広沢英信, 松川忠史, 小川知幸, 江尻慶央, 常田聡, 平田彰

    日本水処理生物学会誌　40　(4)　137-142　2004年12月

    出版者・発行元： Japanese Society of Water Treatment Biology

    DOI： 10.2521/jswtb.40.137 　

    ISSN：0910-6758

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    Wastewater containing high nitrogen and high salinity is discharged from the processes of recovering precious metals from industrial waste. Because high salinity inhibits metabolic activity of microorganisms, biological nitrogen removal from such a wastewater has a lot of difficulties. The purpose of this study is to develop an effective nitrification denitrification process for industrial saline-wastewater. At first, nitrogen removal from this wastewater was attempted using a normal suspended nitrifying sludge system. In consequence of estimating tolerance of such a sludge system to salinity, nitrification progressed up to 5% of salt concentration. However, keeping MLSS at 5, 000 g/m3 is necessary to achieve practical nitrification rate. Therefore, nitrifying granules resulting from an aerobic upflow fluidized bed reactor for inorganic wastewater containing high concentration of NH4-N were applied to this industrial saline-wastewater. In consequence of operating nitrification reactor at various salt concentrations, MLSS was kept at 12000g/m3 throughout the operation, and sufficient nitrogen removal rate was achieved. Finally, the nitrifying granules were applied to an aerobic reactor in the aerobic-anaerobic nitrogen removal system. As a result, nitrogen in the saline wastewater was completely removed for 150 days. Through these experiments, it is demonstrated that nitrifying granules are effectively applied to nitrogen removal from industrial saline-wastewater.

  53. Monitoring the microbial population dynamics at the start-up stage of wastewater treatment reactor by terminal restriction fragment length polymorphism analysis based on 16s rDNA and rRNA gene sequences 査読有り

    Takeshi Terahara, Tatsuhiko Hoshino, Satoshi Tsuneda, Akira Hirata, Yuhei Inamori

    Journal of Bioscience and Bioengineering　98　(6)　425-428　2004年

    出版者・発行元： Society of Fermentation and Bioengineering

    DOI： 10.1016/S1389-1723(05)00307-5 　

    ISSN：1389-1723

  54. In situ PCR for visualizing distribution of a functional gene "amoA" in a biofilm regardless of activity 査読有り

    Tatsuhiko Hoshino, Satoshi Tsuneda, Akira Hirata, Yuhei Inamori

    Journal of Biotechnology　105　(1-2)　33-40　2003年10月9日

    出版者・発行元： Elsevier

    DOI： 10.1016/S0168-1656(03)00171-8 　

    ISSN：0168-1656

  55. Characterization of nitrifying granules produced in an aerobic upflow fluidized bed reactor 査読有り

    Satoshi Tsuneda, Tatsuo Nagano, Tatsuhiko Hoshino, Yoshihiro Ejiri, Naohiro Noda, Akira Hirata

    Water Research　37　(20)　4965-4973　2003年

    出版者・発行元： Elsevier Ltd

    DOI： 10.1016/j.watres.2003.08.017 　

    ISSN：0043-1354

  56. Direct Detection by in Situ PCR of the amoA Gene in Biofilm Resulting from a Nitrogen Removal Process 査読有り

    Tatsuhiko Hoshino, Naohiro Noda, Satoshi Tsuneda, Akira Hirata, Yuhei Inamori

    Applied and Environmental Microbiology　67　(3-12)　5261-5266　2001年

    ISSN：0099-2240

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MISC 76

  1. Linking sediment porosity to taxon-specific patterns of eDNA preservation in a temperate, semi-enclosed bay

    Tatsuhiko Hoshino, Saki Toyama, Wataru Tanikawa, Masafumi Murayama

    2025年11月19日

    出版者・発行元： openRxiv

    DOI： 10.1101/2025.11.19.689188 　

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    Abstract Sedimentary environmental DNA provides unique insights into past community dynamics. However, the influence of physical sediment properties, such as porosity, on taxon-specific eDNA preservation remains poorly understood, particularly in temperate inner-bay environments. Therefore, here, we characterized eukaryotic communities in sediment cores from the surface to 6-m depth in the inner and mouth regions of the Uranouchi Bay, a semi-enclosed embayment in temperate Japan. Both 18S rRNA and mitochondrial cytochrome c oxidase subunit I gene metabarcoding revealed marked spatial variation; specifically, inner-bay sediments were enriched in terrestrial plant DNA and dinoflagellates, whereas mouth sediments contained higher proportions of marine diatoms. Vertical profiles further highlighted differences in DNA persistence, with terrestrial and particle-associated taxa retained deeper in the inner-bay sediments. Land–sea connectivity and basin geography strongly shape sedimentary eDNA composition, reflecting both ecological sourcing and preservation bias. We further systematically analyzed the relationship between sediment porosity, a critical physical property governing pore water mobility and solute diffusion, and taxon-specific sedimentary eDNA preservation. To highlight effects of porosity independent of burial depth, we modeled porosity as a function of depth and correlated the residual porosity with the relative abundances of individual phyla. Notably, the phyla exhibited contrasting preservation patterns: Dinoflagellata, Euglenozoa, and Rotifera showed weak to moderate positive correlations with porosity, whereas Chlorophyta and Ochrophyta displayed weak negative correlations. When depth correlations were examined jointly, multiple distinct pattern groups emerged: some taxa (e.g., Dinoflagellata) exhibited negative depth but positive porosity correlations, whereas others showed opposite or neutral patterns. These divergent responses suggest that DNA preservation in marine sediments involves multiple taxon-specific mechanisms rather than a single universal process, with porosity acting as an independent determinant of burial depth. Our results highlight the importance of integrating physical properties of sediments into sedimentary environmental DNA-based paleoenvironmental reconstructions.

  2. Evolutionary stasis and homogeneous selection structure microbial communities in the deep subseafloor sedimentary biosphere

    Tatsuhiko Hoshino, Atsuhiro Sakuma, Rei Kajitani, Hideyuki Doi, Takehiko Ito, Fumio Inagaki

    2025年11月18日

    出版者・発行元： openRxiv

    DOI： 10.1101/2025.11.18.689030 　

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    The subseafloor biosphere, one of the Earth's largest and most stable microbial habitats, mainly consists of energy-limited sediments where microbial life persists over geological timescales. However, the mechanisms governing microbial community assembly and evolution under condition of extreme energy limitation remains unclear. Here, we analysed a 296 m sediment core off the Shimokita Peninsula using amplicon sequencing, metagenomics, and genome-resolved analyses from 31 depth intervals spanning ~480 kyr. The microbial community composition was governed primarily by homogeneous selection, consistent with persistent environmental uniformity during burial. Genome-resolved analyses of 224 high-quality metagenome-assembled genomes revealed highy conserved gene repertoires and uniformly low ratios of non-synonymous-to-synonymous substitutions, suggesting strong purifying selection with minimal genomic changes over this timescale. Our results indicate that evolutionary stasis is a pervasive feature of microbial life in deep subseafloor sediments, and propose a conceptual framework linking long-term environmental stability to genomic preservation in the Earth's most persistent biosphere.

  3. 日本海溝の超深海堆積物を対象とした細菌および(プロ)ファージのシングルセルゲノム解析

    西川洋平, 西川洋平, 我妻竜太, 我妻竜太, 實野佳奈, 星野辰彦, 稲垣史生, 稲垣史生, 竹山春子, 竹山春子, 竹山春子, 竹山春子

    マリンバイオテクノロジー学会大会講演要旨集　24th　2024年

  4. 日本海溝堆積物微生物群集の地理空間的分布

    星野辰彦, 星野辰彦, 西川洋平, 西川洋平, 竹山春子, 竹山春子, 竹山春子, 竹山春子, 稲垣史生, 稲垣史生

    日本微生物生態学会大会(Web)　37th　2024年

  5. 喜界島沖・種子島沖・日向灘海底泥火山群からの溶存有機態炭素の放出

    吉崎結衣, 星野辰彦, 松井洋平, 川口慎介, 竹内誠, 岡村慶, 野口拓郎, 乙坂重嘉, 井尻暁

    日本地球化学会年会要旨集(Web)　71st　2024年

  6. 多様性と存在量を同時に推定する環境DNA解析手法の提案

    矢吹彬憲, 星野辰彦, 中村多実子, 水野恵子

    藻類　72　(1)　2024年

    ISSN： 0038-1578

  7. 日本海溝に生息する深海微生物の多様性及び機能の解明

    實野佳奈, 實野佳奈, 西川洋平, 西川洋平, 星野辰彦, 稲垣史生, 稲垣史生, 竹山春子, 竹山春子, 竹山春子, 竹山春子

    日本生物工学会大会講演要旨集　75th　2023年

  8. 高知県浦の内湾堆積物中の環境DNA解析による生物変遷分析

    星野辰彦, 遠山早紀, 村山雅氏, 神徳理紗

    日本水産学会大会講演要旨集(CD-ROM)　2023　2023年

  9. 高知県浦ノ内湾堆積物中に残存する環境DNAによる生物相変遷分析の試み

    星野辰彦, 谷川亘, 井尻暁, 遠山早紀, 村山雅史, 神徳理紗

    日本水環境学会年会講演集　57th　2023年

  10. 日本海溝に生息する超深海微生物群の遺伝的機能の解明

    實野佳奈, 西川洋平, 星野辰彦, 稲垣史生, 稲垣史生, 稲垣史生, 竹山春子, 竹山春子, 竹山春子

    マリンバイオテクノロジー学会大会講演要旨集　23rd　2023年

  11. 海底下堆積物-地球最大規模の生命圏-

    星野辰彦

    月刊細胞　55　(14)　2023年

    ISSN： 1346-7557

  12. 薩摩硫黄島の鉄リッチなチムニーに生息する電気微生物の網羅的解析

    石井俊一, 星野辰彦, 鈴木志野, 鈴木志野, 鈴木志野, 清川昌一

    日本微生物生態学会大会(Web)　36th　2023年

  13. 海底下深部堆積物における微生物叢の成り立ちと適応

    星野辰彦, 土居秀幸, 伊藤武彦

    日本微生物生態学会大会(Web)　36th　2023年

  14. 溶存態有機物濃度による海洋細菌の表面性状変化とナノ粒子付着の関係解明

    山田洋輔, 望月俊昭, 星野辰彦, PATEL Nirav, AZAM Farooq, 福田秀樹, 御手洗哲司

    日本海洋学会大会講演要旨集(Web)　2023　2023年

  15. 日本海溝における底質柱状試料中の微小マイクロプラスチックの存在実態調査

    田中周平, 實野佳奈, 實野佳奈, 星野辰彦, 西川洋平, 西川洋平, 竹山春子, 竹山春子, 稲垣史生

    日本水環境学会シンポジウム講演集　26th　2023年

  16. 日本海溝の海底堆積物における微生物群集の地域多様性

    實野佳奈, 實野佳奈, 西川洋平, 西川洋平, 星野辰彦, 小川雅人, 稲垣史生, 竹山春子, 竹山春子, 竹山春子, 竹山春子

    マリンバイオテクノロジー学会大会講演要旨集　22nd　2022年

  17. ゲノム情報を用いた日本海溝の海底微生物の多様性と機能の解明

    實野佳奈, 實野佳奈, 西川洋平, 西川洋平, 小川雅人, 星野辰彦, 稲垣史生, 竹山春子, 竹山春子, 竹山春子, 竹山春子

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2022　2022年

    ISSN： 2186-7976

  18. 海底下堆積物の微生物多様性

    星野辰彦

    日本地球化学会年会要旨集(Web)　69th　2022年

  19. 南海地震水没伝承「黒田郡」の痕跡発掘に向けた沿岸域海底調査:高知県須崎市野見湾を例に

    谷川亘, 村山雅史, 井尻暁, 廣瀬丈洋, 岡崎啓史, 濱田洋平, 浦本豪一郎, 星野辰彦, 山本裕二, 正木裕香, 徳山英一

    日本地球惑星科学連合大会予稿集(Web)　2021　2021年

  20. 浦ノ内湾から採取された海洋コア堆積物の特徴と年代およびイベント堆積物について

    村山雅史, 村山雅史, 谷川亘, 井尻暁, 星野辰彦, 廣瀬丈洋, 捫垣勝哉, 新井和乃, 浦本豪一郎, 近藤康生, 尾嵜大真, 米田穣

    日本地球惑星科学連合大会予稿集(Web)　2021　2021年

  21. 黒田郡伝承の謎にせまる高知県沿岸部海底調査:概要紹介

    谷川亘, 徳山英一, 山本裕二, 村山雅史, 田中幸記, 井尻暁, 星野辰彦

    日本地球惑星科学連合大会予稿集(Web)　2020　2020年

  22. 高知県浦ノ内湾奥から採取された海洋コアの堆積物の特徴とその意義

    村山雅史, 谷川亘, 井尻暁, 星野辰彦, 廣瀬丈洋, 富士原敏也, 北田数也, 捫垣勝哉, 徳山英一, 浦本豪一郎, 新井和乃, 近藤康生, 山本裕二

    日本地球惑星科学連合大会予稿集(Web)　2020　2020年

  23. 次世代シーケンシングを用いた核酸定量法の環境影響評価への適用

    猪又健太郎, 北橋倫, 西島美由紀, 星野辰彦, 下田代雅文, 山本啓之

    ブルーアースサイエンス・テク要旨集　2019　2019年

  24. 種子島沖海底泥火山の活動度調査速報

    井尻暁, 星野辰彦, 北田数也, 土岐知弘, 村山雅史, 野口拓郎, 芦寿一郎

    日本地質学会学術大会講演要旨　126th　2019年

    ISSN： 1348-3935

  25. 微小生命活動の現場を視る-X線マイクロ/ナノCTによる微生物細胞可視化の試み

    諸野祐樹, 浦本豪一郎, 浦本豪一郎, 上杉健太朗, 竹内晃久, 上椙真之, 久保田健吾, 星野辰彦, 稲垣史生

    日本地球惑星科学連合大会予稿集(Web)　2019　2019年

  26. 南海地震の災害記録を海底地形・海底面調査から掘り起こす:高知県須崎市野見湾を例に

    谷川亘, 村山雅史, 徳山英一, 田中幸記, 井尻暁, 星野辰彦, 廣瀬丈洋, 北田数也, 富士原敏也

    日本地球惑星科学連合大会予稿集(Web)　2019　ROMBUNNO.SSS15‐P17 (WEB ONLY)　2019年

  27. 人工知能による放散虫の自動分類と今後の展望

    板木拓也, 平陽介, 鍬守直樹, 斎藤仁志, 河地正伸, 星野辰彦

    日本古生物学会例会講演予稿集　167th　2018年

  28. 海底下微生物の全球的な多様性分布と規定環境要因

    星野辰彦, 土居秀幸, XIAO Nan, 諸野祐樹, 浦本豪一郎, 稲垣史生

    日本地質学会学術大会講演要旨　125th　2018年

    ISSN： 1348-3935

  29. 人工知能による微化石群集解析の自動化:南大洋における放散虫Cycadophora davisianaの産出頻度を例に

    板木拓也, 平陽介, 鍬守直樹, 斎藤仁志, 星野辰彦, 池原実

    日本地質学会学術大会講演要旨　125th　2018年

    ISSN： 1348-3935

  30. 人工知能を用いた放散虫群集の自動データ取得へ向けた試み

    板木拓也, 平陽介, 鍬守直樹, 斎藤仁志, 星野辰彦

    日本古生物学会年会講演予稿集　2018　2018年

  31. 海底下堆積物中に残存する真核生物由来DNAの分布:古代生態系復元への応用の可能性を探る

    星野辰彦, 星野辰彦, XIAO Nan, 浦本豪一郎, 諸野祐樹, 諸野祐樹, RISHI Adhikari, 稲垣史生, 稲垣史生, 稲垣史生

    日本地球惑星科学連合大会予稿集(Web)　2018　2018年

  32. 微化石分析の新たなツール:人工知能と連携した顕微鏡画像の自動取得システム

    板木拓也, 河地正伸, 平陽介, 鍬守直樹, 斎藤仁志, 星野辰彦

    日本地球惑星科学連合大会予稿集(Web)　2018　2018年

  33. 画像認識・機械学習による微化石の自動分類の評価

    山口龍彦, 萩野恭子, 平陽介, 濱田洋平, 斎藤仁志, 小野寺丈尚太郎, 板木拓也, 星野辰彦, 星野辰彦, 稲垣史生, 稲垣史生, 稲垣史生

    日本地球惑星科学連合大会予稿集(Web)　2018　2018年

  34. スーパークリーン技術を用いた実験環境下におけるDNA汚染の影響評価

    寺田武志, 諸野祐樹, 星野辰彦, 鈴木剛人, 佐藤卓広, 湯浅久史, 久保田裕仁, 稲垣史生

    日本地球惑星科学連合大会予稿集(Web)　2018　2018年

  35. ランダムシーケンスタグを応用した定量シーケンス(qSeq)法の開発

    星野辰彦, 濱田洋平, 稲垣史生

    日本微生物生態学会大会(Web)　2017　2017年

  36. スーパークリーン技術を用いた実験環境下におけるDNA汚染の影響評価

    寺田武志, 諸野祐樹, 星野辰彦, 鈴木剛人, 佐藤卓広, 湯浅久史, 久保田裕仁, 稲垣史生

    日本微生物生態学会大会(Web)　2017　2017年

  37. 種子島沖海底泥火山群の間隙水の化学組成鉛直プロファイルから見積もられた泥火山の活動状況

    井尻暁, 濱田洋平, 土岐知弘, 安慶名昂, 星野辰彦, 萩野恭子, 町山栄章, 芦寿一郎, 稲垣史生

    日本地球惑星科学連合大会予稿集(Web)　2017　2017年

  38. 自動年代決定AIシステム開発を目指した画像認識・機械学習による微化石分類

    星野辰彦, 星野辰彦, 平陽介, 斎藤仁志, 萩野恭子, 小野寺丈尚太郎, 板木拓也, 山口龍彦, 稲垣史生, 稲垣史生, 稲垣史生

    日本地球惑星科学連合大会予稿集(Web)　2017　2017年

  39. 新たな分析技術を用いた深部海底下生命圏の生態生理

    諸野祐樹, 諸野祐樹, 寺田武志, 星野辰彦, 星野辰彦, 伊藤元雄, 伊藤元雄, 稲垣史生, 稲垣史生, 稲垣史生

    日本細菌学雑誌(Web)　72　(1)　2017年

    ISSN： 1882-4110

  40. 海底下深部生命圏の実態解明に向けた技術開発

    星野辰彦

    環境バイオテクノロジー学会大会プログラム講演要旨集　2016　2016年

  41. 種子島沖海底泥火山における水とメタンの起源

    井尻暁, 井尻暁, 土岐知弘, 安慶名昴, 星野辰彦, 星野辰彦, 町山栄章, 芦寿一郎, 稲垣史生, 稲垣史生

    日本地球惑星科学連合大会予稿集(Web)　2016　2016年

  42. CCS現場条件を再現するリアクターシステムの開発及びシステムを利用したCO2資源化菌の培養実験

    大友陽子, 井尻暁, 堤正純, 井町寛之, 浦本豪一郎, 星野辰彦, 諸野祐樹, 酒井早苗, 斉藤由美, 谷川亘, 廣瀬丈洋, 稲垣史生, 池川洋二郎

    資源・素材学会北海道支部春季講演会講演要旨集　2015　2015年

  43. 土佐清水市竜串海底の石柱群の歴史地震考古学的意義

    谷川亘, 山本裕二, 浦本豪一郎, 濱田洋平, 井尻暁, 星野辰彦, 若木重行, 村山雅史, 廣瀬丈洋, 林原利明, 徳山英一

    日本地質学会学術大会講演要旨　122nd　2015年

    ISSN： 1348-3935

  44. クリーン実験環境下におけるDNA汚染の影響評価

    寺田武志, 諸野祐樹, 星野辰彦, 鈴木剛人, 佐藤卓広, 湯浅久史, 久保田裕二, 稲垣史生

    日本微生物生態学会大会(Web)　30th　2015年

  45. 薩摩硫黄島長浜湾内に形成された水酸化鉄マウンドに生息する鉄酸化ゼータプロテオバクテリアの生理生態

    星野辰彦, 倉富隆, 諸野裕樹, 掘知行, 清川昌一, 稲垣史生

    日本微生物生態学会大会(Web)　30th　2015年

  46. 歴史南海地震災害の理解に向けた高知県沿岸の海底構造物の形成過程

    谷川亘, 山本裕二, 村山雅史, 徳山英一, 若木重行, 廣瀬丈洋, 井尻暁, 星野辰彦

    日本地球惑星科学連合大会予稿集(Web)　2015　2015年

  47. 浅海熱水における水酸化鉄マウンドの構造と形成史:鹿児島県薩摩硫黄島長浜湾の例

    倉冨隆, 清川昌一, 池原実, 後藤秀作, 星野辰彦, 池上郁彦, 蓑和雄人

    日本地球惑星科学連合大会予稿集(Web)　2015　2015年

  48. 浅海熱水域薩摩硫黄島における,鉄とシリカに富むマウンドの構造とバクテリアとの関連性

    倉冨隆, 清川昌一, 池原実, 後藤秀作, 星野辰彦, 池上郁彦, 蓑和雄人

    日本地質学会学術大会講演要旨　121st　2014年

    ISSN： 1348-3935

  49. nxrBを標的としたin situ RCA-FISH法による亜硝酸酸化細菌の探索

    牛木章友, 藤谷拓嗣, 星野辰彦, 常田聡

    日本土壌微生物学会講演要旨集　2014　2014年

  50. P24-2 Metabolic potential and community structure of anaerobically respiring microorganisms enriched from deep subseafloor sediments of the Shimokita Coalbed, Japan :

    Hori Tomoyuki, Aoyagi Tomo, Navarro Ronald, Sato Yuya, Itoh Hideomi, Hoshino Tatsuhiko, Morono Yuki, Inagaki Fumio, Kamagata Yoichi

    日本微生物生態学会講演要旨集　2014　235-235　2014年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  51. O34-03 The Cedars蛇紋岩水系に生息する微生物群のメタゲノムおよび生理機能解析(口頭発表)

    鈴木 志野, 石井 俊一, 星野 辰彦, 稲垣 史生, 鎌形 洋一, Gijs Kuenen J., Nealson H. Kenneth

    日本微生物生態学会講演要旨集　2014　124-124　2014年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  52. O34-07 基質誘導型遺伝子発現解析による海底下微生物の機能遺伝子探索(口頭発表)

    諸野 祐樹, 寺田 武志, 星野 辰彦, 二神 泰基, 稲垣 史生

    日本微生物生態学会講演要旨集　2014　2014年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  53. O22-07 海底下生命圏の地球横断的解析 : 存在量・多様性を規定する因子の解明(口頭発表)

    星野 辰彦, 諸野 祐樹, 寺田 武志, 稲垣 史生

    日本微生物生態学会講演要旨集　2014　2014年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  54. P17-2 海底下微生物の統合的生態・機能解析を実現する基盤方法論の確立とその応用(ポスター発表)

    寺田 武志, 諸野 祐樹, 伊藤 元雄, 星野 辰彦, 稲垣 史生

    日本微生物生態学会講演要旨集　2014　176-176　2014年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  55. シングルセルレベル解析が明らかにする海底下地下生命圏の微生物生態

    星野辰彦

    Institute for Fermentation, Osaka. Research Communications　(27)　2013年

    ISSN： 0073-8751

  56. digital PCRによる高精度環境微生物定量

    星野辰彦, 稲垣史生

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2013　2013年

    ISSN： 2186-7976

  57. OI-001 プライマー配列に依存しないバイアスレスな微生物群集構造解析 : poly(A)tailing法とRT-PCR法の比較(方法論,口頭発表)

    星野 辰彦, 稲垣 史生

    日本微生物生態学会講演要旨集　29th　(29)　91-91　2013年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  58. 3A14-3 細菌の細胞壁構造の違いを考慮した高感度FISH操作条件の検討(その他,一般講演)

    古川 和寛, 星野 辰彦, 常田 聡, 稲森 悠平

    日本生物工学会大会講演要旨集　17　72-72　2005年

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  59. 高感度FISHの水処理生態系への適用における課題

    古川和寛, 星野辰彦, 常田聡, 平田彰, 稲森悠平

    日本水環境学会年会講演集　39th　2005年

  60. 水処理プロセスに関与する微生物に高感度FISHを適用するための最適細胞壁消化条件の解析

    古川和寛, 星野辰彦, 常田聡, 稲森悠平

    日本水処理生物学会誌 別巻　(25)　2005年

    ISSN： 0910-6766

  61. rRNAを標的とした環境微生物DNAマイクロアレイ操作条件の最適化

    松本純平, 星野辰彦, 常田聡, 平田彰, 珠坪一晃, 浦川秀敏

    日本水環境学会年会講演集　39th　2005年

  62. 高感度FISHを様々な細菌に適用する際の細胞壁消化条件の検討(モニタリング,口頭発表)

    星野辰彦, 古川和寛, 常田聡, 稲森悠平

    日本微生物生態学会講演要旨集　(21)　2005年

  63. T-RFLP法による排水処理細菌叢の迅速モニタリング

    星野 辰彦, 寺原 猛, 常田 聡

    用水と廃水　46　(5)　408-412　2004年5月

    出版者・発行元： 産業用水調査会

    ISSN： 0513-5907

  64. T-RFLP法およびクローニング法の併用による排水処理脱窒細菌群の同定

    星野辰彦, 寺原猛, 常田聡, 平田彰, 稲森悠平

    日本水処理生物学会誌 別巻　(24)　2004年

    ISSN： 0910-6766

  65. T-RFLP法による生物学的排水処理反応槽内のバイオコミュニティー変遷モニタリング

    星野辰彦, 寺原猛, 常田聡, 平田彰, 稲森悠平

    日本水環境学会年会講演集　38th　2004年

  66. T-RFLP法による排水処理微生物叢の簡易・迅速モニタリング

    寺原猛, 星野辰彦, 常田聡, 平田彰

    化学工学会年会研究発表講演要旨集　69th　2004年

  67. T-RFLP法による排水処理細菌叢の迅速モニタリング

    星野辰彦, 寺原猛, 常田聡, 平田彰, 稲森悠平

    日本水処理生物学会誌 別巻　(23)　2003年

    ISSN： 0910-6766

  68. T-RFLP法による排水処理微生物叢の簡易・迅速モニタリング技術の開発

    稲森悠平, 寺原猛, 星野辰彦, 常田聡, 平田彰

    日本水環境学会年会講演集　37th　2003年

  69. T-RFLP法を用いた機能遺伝子発現プロファイルの解析

    星野辰彦, 寺原猛, 常田聡, 平田彰, 稲森悠平

    日本水環境学会年会講演集　37th　2003年

  70. 機能に基づいた排水処理微生物検出手法の開発

    星野 辰彦, 常田 聡, 平田 彰, 稲森 悠平

    日本水処理生物学会誌. 別巻 = Journal Japan Biological Society of Water and Waste　22　(22)　40-40　2002年10月15日

    ISSN： 0910-6766

  71. T-RFLP法による排水処理微生物叢の解析評価

    稲森悠平, 寺原猛, 星野辰彦, 常田聡, 平田彰

    日本水処理生物学会誌 別巻　(22)　2002年

    ISSN： 0910-6766

  72. 分子生物学的手法を用いた生物学的リン除去プロセスにおける有用微生物の評価・解析

    近藤貴志, 星野辰彦, 吉江幸子, えび江美孝, 常田聡, 平田彰, 稲森悠平

    日本水処理生物学会誌 別巻　(22)　2002年

    ISSN： 0910-6766

  73. B-11 バイオフィルム内における機能遺伝子(amoA)のin situ検出(群集構造解析,B会場,口頭発表)

    星野 辰彦, 永野 達生, 野田 尚宏, 常田 聡, 平田 彰, 稲森 悠平

    日本微生物生態学会講演要旨集　(17)　61-61　2001年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  74. 硝化グラニュール形成微生物の分子生物学的手法による解析

    星野辰彦, 永野達生, 野田尚宏, 常田聡, 平田彰, 稲森悠平

    日本水処理生物学会誌 別巻　(21)　2001年

    ISSN： 0910-6766

  75. 嫌気好気循環生物膜法における生活排水中の環境ホルモン様物質の除去特性の評価

    稲森悠平, 星野辰彦, 平田彰, 常田聡, 野田尚宏, 西村浩

    日本水環境学会年会講演集　34th　2000年

  76. 嫌気好気循環生物膜法における生活排水中の外因性内分泌撹乱物質の除去特性の評価

    稲森悠平, 星野辰彦, 西村浩, 常田聡, 平田彰, 野田尚宏

    日本水処理生物学会誌　1999年

    ISSN： 0910-6758

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講演・口頭発表等 130

  1. Physical Property Constraints on Past Slip-to-the-Trench Megathrust Earthquakes from Trench-Fill Sediments, Central Japan Trench

    橋本 善孝, Shorrock Anthony, Hanifah Dina, Bowden Stephe, Chang Yu-Chun, Cornard Pauline, Diz Paula, 江口 暢久, 藤島 誠也, 福地 里菜, Gea MariaGea, 星野 辰彦, Hovikosko Jussi, Huang Tzu-Ha, 塚, 石澤 尭, 北里 洋, März Christia, Muthre Mishelle, 奥津 なつみ, Pizer Charlotte, Test Claudio, 里口 保, Stipp Michael, Stewart Margare, Strachan Lorn, Toczko Sea, Xiao Wenjie, 山岸 昇玄, 山本 裕二, 横山 由, Zabel Matthia, 前田 玲奈, 池原, Strasser Michael

    2026年5月26日

  2. 琉球海溝海底泥火山群の潜航調査（KS-25-15次航海）速報

    井尻 暁, 土岐 知弘, 星野 辰彦, 大塚 宏徳, 波々伯部, 自見 直人, 田中 翔, 河野 龍馬

    JpGU-AGU Joint Meeting 2026　2026年5月27日

  3. 津波沈水遺跡と火山灰埋没遺跡の統合解析による日本列島の生存史解明に向けて

    山本 裕二, 井尻 暁, 伊藤 元雄, 浦本 豪一郎, 奥村 知世, 木村 淳, 佐川 拓也, 谷川 亘, 中西 諒, 馬場 基, 星野 辰彦, 山崎 新太郎

    JpGU-AGU Joint Meeting 2026　2026年5月24日

  4. Seasonal microbial community dynamics in the Ariake Sea responding to coastal hypoxia and algal blooms

    森 郁晃, 山口 聖, 岩永 卓也, 堀 知行, 青柳 智, 諸野 祐樹, 星野 辰彦

    JpGU-AGU Joint Meeting 2026　2026年5月28日

  5. 水底考古遺跡に対する柱状試料解析の有効性：桧原湖湖底遺跡の事例

    谷川 亘, 山本 裕二, 三宅 尚, 山本 哲也, 井尻 暁, 星野 辰彦, 木村 淳

    JpGU-AGU Joint Meeting 2026　2026年5月24日

  6. 人新世を掘る：東京湾人工地層の地下地球科学的進化

    谷川亘, 井尻暁, 星野辰彦, 朝日博史, 山本裕二

    J-DESCシンポジウム「新たなICDP掘削提案に向けてー成功を共有し、次の挑戦へー　2025年11月29日

  7. 海洋一粒子の微生物叢･機能･成分の統合分析

    星野辰彦, 山田洋輔, 長野由梨子, 菊池早希子, 稲垣史生

    日本海洋学会2025年度秋季大会　2025年9月22日

  8. 海底下堆積物における微生物ゲノムの進化的静止

    星野 辰彦, 佐久間 敦丈, 伊藤 武彦, 土居 秀幸, 稲垣 史生

    2025年9月9日

  9. 北部琉球海溝海底泥火山群からの溶存有機態炭素の放出

    吉崎 結衣, 星野 辰彦, 乙坂 重嘉, 山下 洋平, 松井 洋平, 川口 慎介, 山地 一代, 竹内 誠, 岡村 慶, 野口 拓郎, 井尻 暁

    日本地球惑星科学連合2025年大会　2025年5月25日

  10. 海洋深層水を用いた微生物培養によるバイオMn酸化物の合成および有用元素の回収

    菊池 早希子, 星野 辰彦, 宮崎 征行, 秋田 もなみ, 井町 寛之

    日本地球惑星科学連合2025年大会　2025年5月27日

  11. 海洋沈降粒子一粒子分析スキームの構築

    星野辰彦, 山田洋輔, 高橋亮, 稲垣史生

    日本地球惑星科学連合2025年大会　2025年5月27日

  12. 海洋粒子の一粒子レベル解析による微生物群集組成と代謝機能ポテンシャル

    星野辰彦, 山田洋輔, 長野由梨子, 稲垣史生

    第25回マリンバイオテクノロジー学会大会　2025年5月25日

  13. 岩石内地下水圏環境に生命は存続可能か？世界最古の地下水圏環境における微生物学的解析 国際共著

    鈴木志野, 星野辰彦, Oliver Warr, 石井俊一, 稲垣史生, Barbara Sherwood Lollar

    日本微生物生態学会 第37回大会　2024年10月30日

  14. 日本海溝超深海微生物群集の地理的空間分布

    星野辰彦, 西川洋平, 竹山春子, 稲垣史生

    日本微生物生態学会 第37回大会　2024年10月29日

  15. Discharge and dispersal of deep sub-seafloor microorganisms from mud volcanoes into ocean

    星野 辰彦, 土岐 知弘, 野口 拓郎, 芦 寿一郎, 村山 雅史, 井尻 暁

    日本地球惑星科学連合2024年大会　2024年5月26日

  16. 海底泥火山群からの溶存態有機物および栄養塩の放出

    吉崎 結衣, 岡村 慶, 野口 拓郎, 八田 万有美, 星野 辰彦, 竹内 誠, 板木 拓也, 遠山 早紀, 小林 祐大, 塚原 佳穂, 山下 廉太郎, 乙坂 重嘉, 井尻 暁

    日本地球惑星科学連合2024年大会　2024年5月26日

  17. KH-23-4航海で採取された西南海トラフおよび琉球海溝北部の泥火山噴出物の空隙率

    福地 里菜, 趙, 陽, 井尻 暁, 板木 拓也, 吉本 剛瑠, 山口 飛鳥, 村山 雅史, 大塚 宏徳, 土岐 知弘, 星野 辰彦, KH23-4乗船研究者

    2024年5月26日

  18. 喜界島～日向灘における泥火山分布 -白鳳丸KH-23-4 地物調査速報- 国際会議

    大塚 宏徳, 井尻 暁, 中西 諒, 福地 里菜, 星野 辰彦, 土岐 知弘, 板木 拓也, 北田 数也, 浅田 美穂, 中尾 眞子, 鈴木 由布, 波多野 泰成, 松下 誠, 辰巳 寛二, 吉本 剛瑠, KH-23-4乗船研究者

    日本地球惑星科学連合2024年大会　2024年5月26日

  19. 多様性と存在量を同時に推定する環境DNA解析手法の提案

    矢吹彬憲,星野辰彦,中村多実子,水野恵子

    日本藻類学会第 48 回大会　2024年3月24日

    詳細を見る 詳細を閉じる

    Ks00068433

  20. 薩摩硫黄島の鉄リッチなチムニーに生息する電気微生物の網羅的解析 招待有り

    石井 俊一, 星野 辰彦, 鈴木 志野, 清川 昌一

    微生物生態学会第36回大会 シンポジウム 微生物電気化学が切り拓く未来 〜電気微生物の探索・創成・応用〜　2023年11月30日

    詳細を見る 詳細を閉じる

    Ks00069173

  21. 海底下深部堆積物における微生物叢の成り立ちと適応

    星野辰彦、土居秀幸、伊藤武彦

    第36回日本微生物生態学会　2023年11月28日

    詳細を見る 詳細を閉じる

    Ks00068580

  22. Comparative single-cell genomics of Atribacterota JS1 in the Japan Trench hadal sedimentary biosphere

    2023年10月3日

    詳細を見る 詳細を閉じる

    Ks00068618

  23. 溶存態有機物濃度による海洋細菌の表面性状変化とナノ粒子付着の関係解明

    山田 洋輔, 望月 俊昭, 星野 辰彦, Nirav Patel, Farooq Azam, 福田 秀樹, 御手洗 哲司

    日本海洋学会 2023年度秋季大会　2023年9月25日

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    Ks00068719

  24. 日本海溝における底質柱状試料中の微小マイクロプラスチックの存在実態調査

    田中周平、實野佳奈、星野辰彦、西川洋平、竹山春子、稲垣史生

    水環境学会シンポジウム　2023年9月20日

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    Ks00067311

  25. 日本海溝に生息する超深海底微生物群集の多様性及び代謝機能の解明

    實野佳奈, 西川洋平, 星野辰彦, 稲垣史生, 竹山春子

    第75回 日本生物工学会大会　2023年9月3日

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    Ks00068616

  26. 日本海溝に生息する超深海微生物群の遺伝的機能の解明

    實野 佳奈, 西川 洋平, 星野 辰彦, 稲垣 史生, 竹山 春子

    マリンバイオテクノロジー2023　2023年5月28日

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    Ks00068615

  27. Mechanism of community assembly in the subseafloor biosphere 招待有り

    2023年5月22日

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    Ks00068818

  28. 高知県浦ノ内湾堆積物中の環境DNA解析による生物変遷分析

    星野辰彦、遠山早紀、谷川亘、神徳理沙、村山雅史

    令和５年度日本水産学会春季大会　2023年3月31日

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    Ks00066443

  29. 高知県浦ノ内湾堆積物中に残存する環境DNAによる生物相変遷の試み

    星野 辰彦、谷川 亘、井尻 暁、遠山 早紀、村山 雅史、神徳 理沙

    第57回日本水環境学会年会　2023年3月16日

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    Ks00066175

  30. 海底下深部微生物群の生態と進化

    星野 辰彦

    第11回宇宙における生命ワークショップ　2023年2月17日

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    Ks00066450

  31. 温暖化以前の海洋微⽣物群集復元の試み -PCR発明前のフィルターからの環境DNA分析-

    星野辰彦、萩野恭子、氏家由利香

    環境DNA 学会オンラインワークショップ「あなたが主役のワークショップ」 プ　2022年11月19日

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    Ks00065157

  32. 海底下堆積物の微生物多様性 招待有り

    星野辰彦

    日本地球化学会第69回年会　2022年9月8日

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    Ks00064939

  33. Marine phytoplankton biogeography before the recent global ocean warming

    2022年8月30日

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    Ks00064870

  34. Biogeographical distribution and diversity of hadal microbial communities along a ~500 km-transect of the Japan Trench (IODP Expedition 386)

    2022年8月16日

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    Ks00065163

  35. 日本海溝の海底微生物の地域多様性と代謝機構の解析

    實野佳奈、西川洋平、星野辰彦、小川雅人、稲垣史生、竹山春子、IODP Expedition 386 Scientists

    第20回 産総研・産技連LS-BT合同研究発表会　2022年6月29日

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    Ks00065164

  36. 海底下泥火山微生物群集の起源と直上海水との相互作用

    星野 辰彦、土岐 知弘、野口 拓郎、芦 寿一郎、村山 雅史、井尻 暁

    JpGU２０２２　2022年6月1日

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    Ks00064788

  37. 日本海溝の海底堆積物における微生物群集の地域多様性

    實野 佳奈、西川 洋平、星野 辰彦、小川 雅人、稲垣 史生、竹山 春子

    第２２回マリンバイオテクノロジー学会大会　2022年5月29日

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    Ks00064790

  38. 種子島沖海底泥火山群の総合調査（KS-２１-２７次航海）速報

    井尻、土岐、村山、星野 辰彦、瀬戸口 亮眞、満留 由来、宮本 洋好、田代 昴士、安村 幸真、小林 祐大、山田 貫太郎、吉崎 結衣、大塚 宏徳、加藤 萌

    JgGU2022　2022年5月24日

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    Ks00064789

  39. ゲノム情報を用いた日本海溝の海底微生物の多様性と機能の解明

    實野佳奈、西川洋平、小川雅人、星野辰彦、稲垣史生、竹山春子

    日本農芸化学会２０２２年度大会　2022年3月18日

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    Ks00064787

  40. 全球規模の海底堆積物を用いた古環境DNA分析の予察と地球システム科学への適用可能性について

    星野辰彦、肖楠、稲垣史生

    環境DNA学会第4回大会　2021年11月20日

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    Ks00063682

  41. Global microbial diversity in subseafloor sediment 招待有り

    2021年11月18日

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    Ks00063683

  42. 浦ノ内湾から採取された海洋コア堆積物の特徴と年代およびイベント堆積物について

    村山 雅史、谷川 亘、井尻 暁、星野 辰彦、廣瀬 丈洋、捫垣 勝哉、新井 和乃、浦本 豪一郎、近藤 康生、尾嵜 大真、米田 穣

    JpGU2021 / MIS16-P12　2021年6月5日

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    Ks00064054

  43. 南海地震水没伝承「黒田郡」の痕跡発掘に向けた沿岸域海底調査：高知県須崎市野見湾を例に 招待有り

    谷川 亘、村山 雅史、井尻 暁、廣瀬 丈洋、岡崎 啓史、濱田 洋平、浦本 豪一郎、星野 辰彦、山本 裕二、正木 裕香、徳山 英一

    JpGU2021 / SSS10-P11　2021年6月4日

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    Ks00064052

  44. Preliminary investigation on geochemical distribution of heavy metals in Uranouchi Inlet Bay sediments during the the Anthropocene Epoch

    2021年6月3日

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    Ks00064053

  45. 高知県浦ノ内湾奥から採取された海洋コアの堆積物の特徴とその意義

    村山 雅史、谷川 亘、井尻 暁、星野 辰彦、廣瀬 丈洋、富士原 敏也、北田 数也、捫垣 勝哉、徳山 英一、浦本 豪一郎、新井 和乃、近藤 康生、山本 裕二

    JpGU2020/HQR05-P02　2020年7月12日

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    Ks00064066

  46. 黒田郡伝承の謎にせまる高知県沿岸部海底調査：概要紹介

    谷川 亘、徳山 英一、山本 裕二、村山 雅史、田中 幸記、井尻 暁、星野 辰彦

    JpGU２０２０ / HQR05-P01　2020年7月12日

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    Ks00064063

  47. Global diversity of subseafloor sedimentary microbiome

    2019年10月25日

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    Ks00059884

  48. 種子島沖海底泥火山の活動度調査速報

    井尻暁, 星野辰彦, 北田数也, 土岐知弘, 村山雅史, 野口拓郎, 芦寿一郎

    日本地質学会第126年学術大会　2019年9月24日

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    Ks00059731

  49. 南海地震の災害記録を海底地形・海底面調査から掘り起こす：高知県須崎市野見湾を例に

    谷川 亘、村山 雅史、徳山 英一、田中 幸記、井尻 暁、星野 辰彦、廣瀬 丈洋、北田 数也、富士原 敏也

    JPGU2019 / SSS15-P17　2019年5月28日

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    Ks00059764

  50. Interaction between submarine landslides and subseafloor sedimentary microbiome: Chikyu SCORE Expedition 910 off Cape Erimo

    星野 辰彦, 浦本 豪一郎, 藤内 智士, 諸野 祐樹, 井尻 暁, 鈴木 志野, 久保 雄介, 稲垣 史生

    JpGU2019　2019年5月27日

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    Ks00059881

  51. 次世代シーケンシングを用いた核酸定量法の環境影響評価への適用

    猪又 健太郎, 北橋 倫, 西島 美由紀, 星野 辰彦, 下田代 雅文, 山本 啓之

    ブルーアースサイエンス・テク2019　2019年2月21日

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    Ks00056970

  52. Exploration of the sedimentary biosphere in Bengal Fan (IODP Exp. 354)

    2018年12月11日

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    Ks00055885

  53. Global diversity of subseafloor microbial community

    2018年12月11日

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    Ks00055884

  54. A new tool for microfossil analysis in the Southern Ocean -automatic image collector equipped with deep learning-

    2018年12月11日

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    Ks00055883

  55. クリーンフィルターはDNAエアロゾルを止められるのか？汚染除去効果の検証

    諸野祐樹、星野辰彦、寺田武志、鈴木剛人、佐藤卓広、湯浅久史、久保田裕仁、稲垣史生

    極限環境生物学会2018年会　2018年12月8日

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    Ks00055919

  56. 海底下深部堆積物中の真核生物環境DNAによる古代生態系の復元

    星野辰彦、伊達康博、肖楠、浦本豪一郎、諸野祐樹、稲垣史生

    第１回 環境DNA学会 東京大会　2018年9月29日

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    Ks00055656

  57. 微小生命活動の現場を視る−X線マイクロ/ナノCTによる微生物細胞可視化の試み X-ray computed nano-tomography for visualizing microbial cells and its surrounding environments

    諸野祐樹、浦本豪一郎、上杉健太朗、竹内晃久、上椙真之、久保田健吾、星野辰彦、稲垣史生

    微生物生態学会 第32回大会　2018年7月12日

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    Ks00055559

  58. 海底下深部生命圏から海水中への泥火山を通した微生物の拡散

    星野辰彦、土岐知弘、井尻暁、諸野祐樹、芦寿一郎、稲垣史生

    日本微生物生態学会第３２回大会　2018年7月12日

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    Ks00055423

  59. 微化石分析の新たなツール：人工知能と連携した顕微鏡画像の自動取得システム

    板木 拓也、河地 正伸、平 陽介、鍬守 直樹、斎藤 仁志、星野 辰彦

    JpGU2018　2018年5月23日

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    Ks00055229

  60. Distribution of Aerobic Microbial Activities in Ultra-Oligotrophic Sediments of the South Pacific Gyre

    2018年5月22日

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    Ks00055555

  61. 海底下堆積物中に残存する真核生物由来DNAの分布：古代生態系復元への応用の可能性を探る

    星野 辰彦、肖 楠、浦本 豪一郎、諸野 祐樹、Rishi Adhikari、稲垣 史生

    JpGU2018　2018年5月22日

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    Ks00055230

  62. 画像認識・機械学習による微化石の自動分類の評価

    山口 龍彦、萩野 恭子、平 陽介、濱田 洋平、斎藤 仁志、小野寺 丈尚太郎、板木 拓也、星野 辰彦、稲垣 史生

    JpGU2018　2018年5月20日

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    Ks00055231

  63. 人工知能による放散虫の自動分類と今後の展望

    板木 拓也、平 陽介、鍬守 直樹、斎藤 仁志、河地 正伸、星野 辰彦

    日本古生物学会　2018年2月2日

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    Ks00053587

  64. Global microbial diversity in subseafloor sediment

    2017年11月9日

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    Ks00053564

  65. オープンクリーンシステムを用いた実験環境下におけるDNA汚染の影響評価

    寺田武志、諸野祐樹、星野辰彦、鈴木剛人、佐藤卓広、湯浅久史、久保田裕仁、稲垣史生

    環境微生物系合同大会2017　2017年8月30日

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    Ks00053895

  66. ランダムシーケンスタグを応用した定量シーケンス（qSeq）法の開発

    星野 辰彦, 濱田 洋平, 稲垣 史生

    環境微生物系学会合同大会2017　2017年8月30日

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    Ks00052421

  67. Metabolic diversity of hyperalkaliphilic microbial communities associated with serpentinization at The Cedars 招待有り

    2017年8月18日

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    Ks00053541

  68. The global survey of subseafloor sedimentary microbiomes

    2017年8月18日

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    Ks00052420

  69. The deep biosphere in Bengal Fan sediments (IODP Exp. 354)

    2017年8月17日

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    Ks00052418

  70. Secondary Methanogenesis in Dormant Submarine Mud Volcano off Tanegashima Island, Japan

    2017年8月15日

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    Ks00054901

  71. Characterization of Deep Marine Subsurface Fungi from South Pacific Gyre Sediments

    2017年6月5日

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    Ks00052322

  72. 自動年代決定AIシステム開発を目指した画像認識・機械学習による微化石分類

    星野 辰彦、平 陽介、斎藤 仁志、萩野 恭子、小野寺 丈尚太郎、板木 拓也、山口 龍彦、稲垣 史生

    JpGU-AGU Joint Meeting 2017　2017年5月24日

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    Ks00052417

  73. お花見メタゲノム プロジェクト結果報告

    大田 達郎,川島 武士,土橋 映仁,平岡 聡史,星野 辰彦,菅野 圭一,片岡 剛文,川島 秀一,松井 求,根本 航,西嶋 傑,菅沼 名津季,鈴木 治夫,田口 善弘,竹中 要一,谷川 洋介,恒吉 桃香,吉武 和敏,荒川 和晴,山下 理宇,岩崎 渉

    第五回NGS現場の会　2017年5月22日

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    Ks00052323

  74. 種子島沖海底泥火山群の間隙水の化学組成鉛直プロファイルから見積もられた泥火山の活動状況

    井尻 暁、濱田 洋平、土岐 知弘、安慶名 昂、星野 辰彦、萩野 恭子、町山 栄章、芦 寿一郎、稲垣 史生

    日本地球惑星科学連合大会2017　2017年5月20日

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    Ks00054898

  75. The global biogeography of subseafloor sedimentary microbiomes

    2017年3月23日

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    Ks00052325

  76. Recent development in the use of per fluorocarbon tracers for contamination monitoring in ocean drilling

    2017年3月23日

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    Ks00052324

  77. Biosphere in subseafloor environment and its ecophysiology 招待有り

    諸野祐樹、寺田武志、星野辰彦、伊藤元雄、稲垣史生

    日本細菌学会総会シンポジウム「Sleeping Microbes: 眠れる微生物の秘めた力」　2017年3月20日

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    Ks00050292

  78. Subseafloor life and carbon cycling in the Bengal Fan (IODP Exp. 354)

    2017年3月14日

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    Ks00051985

  79. Preliminary results from IODP Expedition 370 (Temperature Limit of the Deep Biosphere off Muroto, T-LIMIT)

    2017年3月14日

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    Ks00051065

  80. IODP室戸沖限界生命圏掘削調査（T-Limit）の概要について

    稲垣史生(海洋研究開発機構), Verena B. Heuer(ブレーメン大学), 諸野祐樹, 久保雄介(海洋研究開発機構), IODP Expedition 370 Scientists

    ブルーアースシンポジウム2017　2017年3月2日

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    Ks00052186

  81. 「ちきゅう」によるIODP室戸沖限界生命圏掘削調査（T-Limit）のオペレーション概要

    久保雄介・稲垣史生・諸野祐樹(海洋研究開発機構),Verena Heuer (ブレーメン大学),IODP Expedition 370 Scientists

    ブルーアースシンポジウム2017　2017年3月2日

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    Ks00052185

  82. Distribution of Aerobic Microbial Activities in Ultra-Oligotrophic Sediments of the South Pacific Gyre

    2016年8月22日

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    Ks00050425

  83. Assessing Abundance and Relevance of Bacterial Endospores in the Marine Subsurface

    2016年6月30日

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    Ks00050445

  84. Global distribution pattern of aerobic and anaerobic communities in deep subseafloor sediments

    2016年6月30日

    詳細を見る 詳細を閉じる

    Ks00050444

  85. Metabolic Diversity of Microorganisms Associated with Active Subsurface Serpentinization

    2016年6月29日

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    Ks00051945

  86. Distribution of Aerobic Microbial Activities in Ultra-Oligotrophic Sediments of the South Pacific Gyre

    2016年6月27日

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    Ks00050284

  87. 海底下生物圏の解明を目指した技術開発 招待有り

    星野 辰彦, 稲垣 史生

    環境バイオテクノロジー学会　2016年6月13日

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    Ks00050435

  88. 海底泥火山から水圏への海底下微生物群集の拡散

    星野 辰彦, 土岐 知弘, 井尻 暁, 諸野 祐樹, 町山 栄章, 芦 寿一郎, 稲垣 史生

    日本地球惑星科学連合2016年大会　2016年5月24日

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    Ks00050697

  89. 種子島沖海底泥火山における水とメタンの起源

    井尻 暁、土岐 知弘、安慶名 昴、星野 辰彦、町山 栄章、芦 寿一郎、稲垣 史生

    日本地球惑星科学連合2016年大会　2016年5月24日

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    Ks00050384

  90. Ecophysiology of iron-oxidizing Zetaproteobacteria in an iron oxyhydroxide mound in a shallow marine environment at Satsuma Iwo-jima, Japan.

    2015年12月14日

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    Ks00046981

  91. 海底下生命のセンサス：海底下微生物群集の空間的分布と地球環境との相互作用の解明

    星野 辰彦, 諸野 祐樹, 稲垣 史生

    第16回極限環境生物学会　2015年11月7日

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    Ks00046979

  92. 薩摩硫黄島長浜湾内に形成された水酸化鉄マウンドに生息する鉄酸化ゼータプロテオバクテリアの生理生態

    星野 辰彦, 倉富 隆, 掘 知行, 諸野 祐樹, 稲垣 史生, 清川 昌一

    第30回日本微生物生態学　2015年10月19日

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    Ks00048763

  93. 歴史南海地震の理解にむけた高知県西部海底構造物の地質学的研究

    谷川亘・井尻暁・廣瀬丈洋・星野辰彦・若木重行・浦本豪一郎・濱田洋平・山本裕二・村山雅史・徳山英一

    第32回 歴史地震研究会京丹後大会　2015年9月21日

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    Ks00048646

  94. 土佐清水市竜串海底の石柱群の歴史地震考古学的意義

    谷川亘・山本裕二・浦本豪一郎・濱田洋平・井尻 暁・星野辰彦・若木重行・村山雅史・廣瀬丈洋・林原利明・徳山英一

    日本地質学会第122 年学術大会（2015 長野大会）　2015年9月12日

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    Ks00048639

  95. 地下深部微生物群集構造解析

    星野 辰彦, 稲垣 史生

    第４回NGS現場の会　2015年7月2日

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    Ks00046978

  96. 歴史南海地震災害の理解に向けた高知県沿岸の海底構造物の形成過程

    谷川 亘、山本 裕二、村山 雅史、徳山 英一、若木 重行、廣瀬 丈洋、井尻 暁、星野 辰彦

    Japan Geoscience Union Meeting/S-SS28　2015年5月27日

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    Ks00048640

  97. 浅海熱水における水酸化鉄マウンドの構造と形成史：鹿児島県薩摩硫黄島長浜湾の例

    倉冨 隆, 清川 晶一, 池原 実, 後藤 秀作, 星野 辰彦, 池上 郁彦, 蓑和 雄人

    本地球惑星科学連合2015年大会　2015年5月27日

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    Ks00046975

  98. 薩摩硫黄島の浅海性熱水マウンドにおける鉄酸化微生物群集の分子生態学的・鉱物学的特徴

    星野 辰彦, 倉富 隆, 堀 知行, 諸野 祐樹, 稲垣 史生, 清川 晶一

    日本地球惑星科学連合2015年大会　2015年5月26日

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    Ks00046974

  99. Microbial life associated with active subsurface serpentinization at “The Cedars” springs

    2015年5月8日

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    Ks00047055

  100. Extensive quantification of the genes in subseafloor sediments using microfluidic digital PCR

    2015年5月6日

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    Ks00046973

  101. Digging out DNA sequences of indigenous microbial community in the ultra-deep subsurface sediment cores

    2015年4月13日

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    Ks00046972

  102. The structure of iron-oxyhydroxide mounds affected by iron-oxidizing bacteria at shallow submarine hydrothermal vent in Satsuma Iwo-Jima

    2014年12月18日

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    Ks00044228

  103. エアロゾルDNAフリー環境の構築とその評価

    77. 諸野祐樹、星野辰彦、鈴木剛人、佐藤卓広、湯浅久史、久保田裕仁、寺田武志、稲垣史生

    極限環境生物学会年会　2014年11月2日

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    Ks00043312

  104. nxrBを標的としたin situ RCA-FISH法による亜硝酸酸化細菌の探索

    牛木 章友, 藤谷 拓嗣 , 星野 辰彦, 常田 聡

    環境微生物系学会合同大会2014　2014年10月24日

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    Ks00043769

  105. Metabolic potential and community structure of anaerobically respiring microorganisms enriched from deep subseafloor sediments of the Shimokita Coalbed, Japan

    堀 知行, 青柳 智 , , 佐藤 由也 , 伊藤 英臣 , 星野 辰彦 , 諸野 祐樹, 稲垣 史生, 鎌形 洋一

    環境微生物系学会合同大会2014　2014年10月24日

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    Ks00043768

  106. 基質誘導型遺伝子発現解析による海底下微生物の機能遺伝子探索

    諸野祐樹、寺田武志、星野辰彦、二神泰基、稲垣史生

    環境微生物系学会合同大会2014　2014年10月24日

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    Ks00043318

  107. 蛇紋岩水系に生息する微生物群のメタゲノムおよび生理機能解析

    鈴木 志野, 石井 俊一, 星野 辰彦 , 稲垣 史生, 鎌形 洋一

    環境微生物系学会合同大会2014　2014年10月23日

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    Ks00043767

  108. 海底下生命圏の地球横断的解析−存在量・多様性を規定する因子の解明−

    星野辰彦、諸野、寺田武志、稲垣史生

    環境微生物系学会合同大会2014　2014年10月23日

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    Ks00043765

  109. Development of Analytical Technologies for Low-Biomass Microbial Communities in the Subseafloor Sedimentary Biosphere

    2014年10月6日

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    Ks00043295

  110. 浅海熱水域薩摩硫黄島における、鉄とシリカに富むマウンドの構造解析とバクテリアとの関連性

    倉冨 隆, 清川 昌一 , 池原 実 , 後藤 秀作 , 星野 辰彦, 池上 郁彦, 蓑和 雄人

    地質学会　2014年9月11日

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    Ks00043760

  111. Detection of nxrB genes by in situ RCA-FISH to identify unrecognized nitrite-oxidizing microorganisms in environments

    2014年8月28日

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    Ks00043753

  112. Geographical survey of microbiome in the deep subseafloor sediments

    2014年8月25日

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    Ks00043749

  113. Metabolic potential and community structure of anaerobically respiring microorganisms enriched from deep subseafloor sediments of the Shimokita Coalbed, Japan

    2014年8月25日

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    Ks00043748

  114. Microfluidic digital PCR for less-biased quantification of microbial communities in marine subsurface environments

    2014年8月25日

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    Ks00043745

  115. Geographical Molecular Analysis of the Deep Subseafloor Sedimentary Microbiomes

    2014年8月6日

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    Ks00043754

  116. 熱アルカリ細胞溶菌法による海底下微生物群集構造解析

    諸野祐樹、寺田武志、星野辰彦、稲垣史生

    日本地球惑星科学連合2014年大会　2014年4月30日

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    Ks00043319

  117. The structure of iro- and silica-rich mounds at hydrothermal environment in shallow marine, Satsuma Iwo-Jima, Kikai caldera, Japan

    2014年4月29日

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    Ks00043762

  118. The structure of iron-hydroxide mounds at hydrothermal environment in shallow marine, Satsuma Iwo-Jima, Kikai caldera, Japan

    2013年12月10日

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    Ks00041228

  119. Technological challenges for the advanced study of deep subseafloor life

    2013年11月30日

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    Ks00039220

  120. Global census of microbial life in marine subsurface sediments

    2013年11月29日

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    Ks00040423

  121. プライマー配列に依存しないバイアスレスな微生物群集構造解析:poly(A) tailing法とRT-PCR法の比較

    星野 辰彦, 星野 辰彦, 稲垣 史生

    第２９回日本微生物生態学会　2013年11月23日

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    Ks00041217

  122. 強アルカリ条件を用いた海底下試料からの効率的核酸抽出法の確立とその評価

    諸野祐樹,諸野祐樹,寺田武志,星野辰彦,稲垣史生

    第14回極限環境生物学会年会　2013年10月27日

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    Ks00041223

  123. An improved hot-alkaline DNA extraction method for high cell-lysis efficiency of subseafloor microbial communties

    2013年8月26日

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    Ks00041225

  124. Technological challenges for the advanced study of subseafloor life 招待有り

    2013年8月26日

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    Ks00038153

  125. A Global Molecular Ecological Survey of Subseafloor Microbial Communities

    2013年8月25日

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    Ks00041226

  126. The Challenge of Contamination in Deep Life Exploration

    2013年4月22日

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    Ks00041227

  127. digital PCRによる高精度環境微生物定量

    星野辰彦、稲垣史生

    日本農芸化学会大会2013　2013年3月25日

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    Ks00035974

  128. 薩摩硫黄島における浅海熱水環境中での鉄とシリカに富むマウンドの構造解析

    倉富 隆, 清川 昌一, 池原 実, 後藤 秀作, 星野 辰彦, 池上 郁彦, 蓑和 雄人

    日本地質学会西日本支部平成25年度総会　2013年2月23日

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    Ks00041221

  129. 海底下に埋もれたサンゴ化石は微生物の住処となっているのか？ −NGSを用いた微生物群集構造の比較解析−

    星野辰彦、諸野祐樹、稲垣史生

    第2回NGS現場の会　2012年5月24日

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    Ks00035969

  130. Digital PCR法による環境微生物の高精度遺伝子定量

    星野 辰彦, 稲垣 史生

    第12回極限環境生物学会　2011年11月28日

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    Ks00030751

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産業財産権 4

  1. 標的核酸の定量方法及びそのためのキット

    星野 辰彦

    産業財産権の種類: 特許権

  2. 微生物を含有する充填用組成物及びその利用

    廣瀬丈洋, 谷川亘, 星野辰彦, 井尻暁

    産業財産権の種類: 特許権

  3. 解析装置、地層年代推定装置、解析方法、地層年代推定方法、およびプログラム

    星野辰彦, 平陽介, 鍬守直樹, 小野寺丈尚太郎, 山口龍彦, 富岡恭子, 板木拓也

    産業財産権の種類: 特許権

  4. 標的核酸の定量方法及びそのためのキット

    星野 辰彦

    特許第6284137号

    産業財産権の種類: 特許権

共同研究・競争的資金等の研究課題 26

  1. 急速な海洋温暖化が海洋微生物生態系へ及ぼした影響を理解する

    星野 辰彦、横川 太一、纐纈 慎也、萩野 恭子、長田 穣

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (A)

    研究機関：Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology

    2025年4月 ～ 2029年3月

  2. 海底泥火山活動が繋ぐ地圏-水圏-生命圏：深部生命・炭素の海洋拡散過程とその影響

    井尻 暁, 星野 辰彦, 乙坂 重嘉, 村山 雅史, 土岐 知弘, 渡部 裕美, 野口 拓郎, 大塚 宏徳

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (A)

    研究機関：Kobe University

    2024年4月 ～ 2029年3月

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    本研究の目的は、海底泥火山の活動を介した海洋プレート沈み込み帯における地圏-水圏-生命圏の相互作用の全容を明らかにし、海洋全体の生命・物質循環への泥火山の寄与を見積もることである。 令和6年度は、KH-23-4次航海において喜界島沖、種子島沖、日向灘の泥火山で採取した海水試料、堆積物試料の分析を行った。 海水中のDOC濃度は泥火山直上で増加しており、泥火山からのDOCの放出が示唆された。特にメタンの放出が活発な泥火山では、泥火山直上のメタン濃度の増大とDOC濃度の増大が一致しており、DOCがメタンと共に海水中に放出されていることが示された。泥火山直上の濃度が高いDOCの放射性炭素年代を測定し、一般的な海水中のDOCより古い（放射性炭素を含まない）DOCが混合していることを明らかにした。このことは、海底下深部から泥火山の活動により海底面に供給された5万年よりも古いDOCが海水中に放出されていることを示す。さらに定常状態での渦拡散を仮定しDOCの濃度勾配から鉛直方向へのDOCフラックスを求め、泥火山一山からのDOCの放出量が世界で最もDOC放出量が多い海底メタン湧水域と同程度の放出量であることを明らかにした。これは海底泥火山からのDOC放出が海洋の炭素循環に無視できない影響を与えている可能性を示す。 また、泥火山山頂付近で採取したピストンコア試料から抽出した間隙水の化学分析により、泥火山の堆積物に含まれる流体は、種子島沖と同じく海底下数kmの高温下で起こる粘土鉱物の脱水由来の水を含み、海水に比べてCl-濃度が低いことが明らかとなった。また喜界島、種子島沖、日向灘の各泥火山の間隙水中の溶存Liの安定同位体比は、熱水域で見られる低いLi同位体比を持つLiと海水Liの混合を示し、流体の起源が同じであることを示唆している。

  3. 海洋炭素フラックス予測のミッシングピースを埋める一粒子網羅的解析への挑戦

    星野 辰彦, 山口 飛鳥, 山田洋輔

    2024年6月 ～ 2028年3月

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    R6年度は、フィルター上に捕捉した海洋粒子の顕微鏡下での形態観察、個々の海洋粒子のレーザーマイクロダイセクションによる切り出し、DNA増幅のプロトコールを確立するべく検討を行ってきた。レーザーマイクロ第セクションによる個々の粒子のサンプリングは、粒子を捕捉するフィルターの材質によってレーザーによる切り出し効率が変わってくるため、複数の材質・メーカーのフィルターを試した結果、ポリカーボネート製のフィルターが適していることがわかった。また、切り出した海洋粒子から効率よくDNAの増幅を行うためには、微生物の細胞を消化する必要がある。細胞を消化する手段として、アルカリ(KOH)溶液による処理、あるいは酵素（プロテナーゼK、リゾチーム、または複数の酵素）による処理が考えられる。これらの方法で海洋粒子を処理したのちに定量PCRやアンプリコンシーケンスを実施し、それぞれの処理方法を評価した。その結果、酵素処理と比較してKOHで処理したサンプルにおいてDNAがよく増幅されるとともに、多様性の高い微生物群集が得られることがわかった。 また、個々の海洋粒子の元素組成の解析に向けて、海洋粒子を常温常圧かつ湿潤条件で元素分析を行うために、東京大学大気海洋研究所に既設の微小部蛍光X線分析装置（μXRF）にHeパージ機能を追加装備した。また、生物源粒子や海洋堆積物などのマッピング分析・定量分析を行い、さまざまな空間スケールにおける分析手法の確立に努めた。

  4. 海洋深層水を用いた微生物培養による鉱物資源の創出

    菊池 早希子, 星野 辰彦

    2025年6月27日 ～ 2027年3月31日

  5. 海底下の「静かな」微生物進化

    星野 辰彦, 伊藤 武彦, 梶谷 嶺

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    研究機関：Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology

    2022年4月1日 ～ 2026年3月31日

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    本研究では、2006年に下北半島沖において地球深部探査船「ちきゅう」による掘削航海で採取され冷凍保存されている堆積物試料（海底下表層―海底下320m付近）より抽出されたDNAの分析を行なっている。具体的には、16S rRNA遺伝子のアンプリコンシーケンスならびにメタゲノムシーケンスを行い、得られたDNAを解析することで微生物群集形成メカニズムおよび個々の微生物の適応メカニズム解明を目指し解析を進めている。本年度は、R4年度に構築したメタゲノム解析パイプラインを使用し、メタゲノムライブラリからのmetagenome assembled genomes(MAGs)の生成を行なった。その結果、243のHigh Quality (HQ)MAGsおよび1409のMedium Quality (MQ)MAGsを獲得した。そのうち世界中の有機物リッチな堆積物に特異的に存在していることが知られているAtribacterota門JS1綱に属するHQ MAGは25個であった。これらのMAGの系統解析を実施したところ、ゲノムデータベース上に登録されているJS1綱とは異なるクラスターを形成する海底下堆積物に独自に適応した微生物種であることが示唆された。200m以深の堆積物においてはサイズがデータベース上のものと比較して小さいMAGが観察され、海底下の過酷な環境に数十万年を超える時間スケールで閉じ込められた結果、ゲノムサイズの減少が引き起こされたことが示されている。今後さらに異なる深度間から得られたHQ MAGの比較ゲノム解析を進め、海底下環境におけるゲノム進化プロセスをあきらかにする予定である。

  6. 日本海溝乱泥流物質供給システムと超深海・海底下微生物生態系との広域時空相関の解明

    稲垣 史生, 竹山 春子, 星野 辰彦, 田中 周平, 西川 洋平

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (A)

    研究機関：Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology

    2022年4月 ～ 2025年3月

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    国際深海科学掘削計画（IODP）第386次研究航海により日本海溝に沿った15地点から採取された底層水及び堆積物のサンプルを対象に、シングルセルゲノミクス及びメタゲノミクス手法を用いて超深海微生物群集の多様性分布及び代謝機能推定分析を行った。その結果、当該環境に固有の優占種であるアトリバクテロータ門JS1綱に９つの新規系統群を同定し、それらのゲノムがアルギニン分解酵素であるクロストリパイン等をコードする遺伝子やリボース輸送体をコードする遺伝子、グリシン・ベタイン代謝に関連する遺伝子を有することを見出した。さらに、当該環境に微小なマイクロプラスチック粒子を検出し、その化学的特性を明らかにした。

  7. 海洋の微生物への温暖化の影響の解明

    萩野 恭子, 氏家 由利香, 星野 辰彦, Jordan Richard

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    研究機関：Kochi University

    2020年4月1日 ～ 2024年3月31日

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    産業革命以来、人為的に放出された温室効果ガスによって、地球の平均気温は上昇傾向にある。それに伴い、海洋の温暖化も1970年代後半から顕著になってきた。地球温暖化は海洋の生態系にどのような影響を与えているのか？この問いに答えるには、温暖化以前と現在の生物群集を比べる必要がある。しかしながら、温暖化以前の生物群集の情報が決定的に不足しているため、その影響を評価することは困難だった。 本研究では、1960から1970年代前半に世界中の海水から作成された海水ろ過フィルター試料を多角的に研究することにより、温暖化以前の微細藻類（主に、第一次生産者である円石藻・珪藻・パルマ藻などの微細藻類）の生物地理の実態の解明を目指している。具体的には、温暖化が顕著になる「前」の微生物の多様性と地理分布を、形態分類と環境DNA解析の両方に基づいて復元し、温暖化前の海洋微生物相の基準となる地図を作成する。それを、1990年以降に行われた微細藻の生物地理の研究や、Tara Ocean Projectで得られた最近の海の環境DNA試料の解析結果と比較することにより、過去50年間の温暖化が海洋微生物生態系へ与えた影響を評価する。この目的を達成するために、2021年度は以下の課題に取り組んだ。 １）光学顕微鏡観察による試料の保存状態の確認と、その結果に基づいた、SEM観察と遺伝子解析に供する試料の選定 ２）選定した試料の顕微鏡観察試料に基づいた群集解析 ３）選定した試料からのDNA抽出の比較実験と遺伝子解析のテスト

  8. 堆積物コア環境DNAによる古代生態系の復元―古環境指標としての可能性を探るー

    星野 辰彦

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

    研究機関：Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology

    2021年7月 ～ 2024年3月

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    R3年度は、高知県土佐市にある浦戸湾の海底から採取した堆積物からDNA抽出を実施し、真核生物をターゲットとしたPCR条件の最適化を行った。 海底堆積物は、高知県土佐市浦ノ内湾内の6サイトから採取した合計36サンプルを用いた。これらのサンプルは海底表層（海底下０m）から海底下4m付近にわたり採取され、微生物学分析用に-80℃において冷凍保存されているものである。これらの堆積物サンプル5gずつからDNeasy PowerLyzer PowerSoil Kitを使用してDNAを抽出したところ全てのサンプルから200-800 pg/μlの濃度のDNAが得られた。抽出したDNAをテンプレートとし18S rRNA遺伝子、COI遺伝子（シトクロームc オキシダーゼ・サブユニットI ）、魚類のミトコンドリアリボソーム（12S rRNA）遺伝子を標的としたPCRの条件検討を行った。このうち、魚類の12S rRNA遺伝子についてはPCR産物を得ることができなかったが、18S rRNA遺伝子、COI遺伝子について反応条件の最適化に成功し、PCR産物を得ることができた。堆積物中の魚類環境DNAについては、他の生物由来のDNAに対して相対的に非常に少ないことでうまく増幅が行えなかった可能性があり、磁気ビーズの使用などターゲット特異的なDNA濃縮について検討する必要があると思われた。得られたPCR産物についてはアガロースゲル電気泳動により目的のバンドを切り出し、精製を行った。精製したPCR産物に対しiTagシーケンスを行うためのindex PCRを行いシーケンスライブラリの作成を完了した。

  9. 超低エネルギー環境における微生物の存続メカニズムの解明

    星野辰彦

    2022年4月 ～ 2023年3月

  10. 高知県浦ノ内湾コアから読み解く人新世を挟む底質環境の変化と生物群集の変遷

    村山 雅史, 山本 裕二, 星野 辰彦, 井尻 暁, 谷川 亘, 近藤 康生, 新井 和乃

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    研究機関：Kochi University

    2020年4月 ～ 2023年3月

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    地球温暖化にともなう海洋環境の変化や人為起源の汚染物質ならびに生態系への影響が強く懸念されており，内湾から採取した連続する堆積物試料の各種解析から，人新世以前と以後との海洋環境の変遷を解明することを目的としている。そのため，精度の高い年代軸を加え，重金属元素，有機・無機炭素，硫黄，酸素量，環境DNAなどの湾内における物質循環と生物生産やその内容，底層の酸化・還元度の変動を数十年単位の時間解像度で定量的に復元し，環境変化の要因，過程，変化の程度，それらの相互作用などを明らかにする。 ダイバーによる海底表層コア（50cm）の直接採取を、浦ノ内湾の湾奥、湾央、湾口の3点で実施した。特に、湾奥と湾口の堆積物表層コアは、シルト質泥であり、X線CT・帯磁率・年代測定の結果から，1900年代以降に連続で堆積していた。XRFコアスキャナーによる連続元素分析では，重金属元素（Cu，Zn，Ni）が，湾奥では，コア表層より約18cm付近から変化し，湾央では，約36．5cm付近からの変化が見られた．これらは、1960年代以降に顕著に増加していた。また，Mnも，同様な深さから減少しており，海底環境が還元的になったと推定される．さらに、EA-IR-MSによる有機物分析から有機炭素量（TOC）と炭素・窒素同位体比は、湾奥コアで約25cm、湾央コアで約45cmから変化しており、養殖がおこなわれた時期以降と一致しており、人為的な影響があったと考えられる． また、多産する貝化石の同定も行い、それらから湾内の生態環境変化について考察中である。 以上の成果については、国際論文（査読有）1本、学会発表3件をおこなった。

  11. 海底泥火山活動を介した地下深部生命、炭素の海洋への拡散・循環モデルの構築

    井尻 暁, 星野 辰彦, 村山 雅史, 土岐 知弘, 野口 拓郎, 乙坂 重嘉

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    研究機関：Kobe University

    2020年4月 ～ 2023年3月

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    本研究は、種子島沖海底泥火山群の調査により採取された海水・堆積物試料中の炭素含有物質(メタン、有機物)の炭素安定同位体・放射性炭素同位体分析および微生物叢解析により、泥火山から放出される炭素物質・微生物の起源を明らかにする。また、これら炭素含有物質の海洋中の挙動（拡散、反応過程）を調べ、微生物活動との関連について定量的に把握することにより、泥火山活動を介した地圏-水圏-生命圏の相互作用を解き明かすことを目的とする。 令和2年度に溶存態有機物の濃度・安定・放射性炭素同位体比の測定を行う予定であったが、コロナ禍のために研究が進められなかったた。令和3年度は、TOC計を立ち上げ、海水中溶存態有機炭素濃度の精密測定のプロトコルの作成を行った。この結果、外洋の低濃度溶存態有機炭素濃度を繰り返し測定精度を1%以内におさえる分析手順を確立した。 その他、種子島沖海底泥火山で得られた間隙水、ガス、噴出堆積物の分析をすすめた。堆積物中のビトリナイトの反射率から堆積物の温度履歴を求めた。その結果、堆積物の経験温度は70℃程度であり、泥火山の流体に含まれる熱分解起源炭化水素ガスや、粘土鉱物の脱水由来の水を生成するには経験温度が低いことが明らかになった。このことは、水や炭化水素ガスは、噴出堆積物の起源層よりも深い深度から供給されていることを示唆しており、泥火山の噴出には、泥火山の噴出堆積物起源層への深部流体の注入とそれによる間隙水圧の上昇が寄与している可能性が高いと考えられる。

  12. 地球最古の地下水圏環境に生息する微生物群のゲノム進化と存続メカニズムの解明

    稲垣 史生, 鈴木 志野, 星野 辰彦, 浦本 豪一郎

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Challenging Research (Pioneering)

    研究機関：Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology

    2020年4月 ～ 2022年3月

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    カナダ・オンタリオ州のキッド・クリーク鉱山には、始生代約26.4億年前のものと推定される世界最古の地下水圏環境の存在が発見されている。本研究では、カナダ・トロント大学と共同で、地下約2.4 kmの水平抜水井に中空糸膜フィルターを設置し、膜に捕集された地下水圏微生物群集のメタゲノム及びメタトランスクリプトーム解析を実施した。その結果、地下水1 mLに100細胞程度のProteobacteria門やFirmicutes門に属する活動的な細菌群が存在し、アルカン分解や水素・炭素・硫黄・ヒ素化合物の酸化還元反応等の生物地球化学的な元素循環に寄与していることが示唆された。

  13. 地球最古の地下水圏環境に生息する微生物群のゲノム進化と存続メカニズムの解明

    稲垣 史生, 鈴木 志野, 星野 辰彦, 浦本 豪一郎

    2019年6月 ～ 2022年3月

  14. 生命の生存限界を探る：海底下高温高圧環境での活動的生命圏の限界と生き残り戦略 競争的資金

    諸野 祐樹

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (A)

    研究機関：Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology

    2019年 ～ 2022年

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    本研究では、生命の存続に必須の「栄養供給」と均衡する生命活動を明らかにするため、海底下地層環境を題材として、そこで連続的、経時的に変化する温度・圧力条件と生命およびその存続について観察することを目的とした。海底下にはマリンスノーなどが堆積して形成した地層が存在し、海底下深部へ向かって地層温度が上昇する。室戸岬沖の海底下、およびメキシコ東岸のグアイマス海盆等の試料を用いて微生物数の推移や周辺環境条件、生命の生存について解析を行い、極めて貧栄養かつ高温の環境においても微生物が存在していることを突き止めた。

  15. 地球最古の地下水圏環境における微生物生態系の存続と進化プロセスの解明 競争的資金

    稲垣 史生

    2019年 ～ 2021年

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    カナダ・オンタリオ州のキッド・クリーク鉱山の地下約2.5kmの岩体に設置された水平抜湯井から、生物サンプルを採取するため、農林水産省による輸入許可を得た。その後、カナダ・トロント大学のBarbara Sharwood Lollar教授のラボと共同で、10Lの地下水を採取し、DNA分析用と細胞計数・観察用にメンブレンフィルターを用いてろ過を行なった。それらのサンプルを適切に現地で処理し、ドライアイス詰めにして海洋研究開発機構高知コア研究所に発送した。鉱山内での作業時間や使用する機器・電源などに制限があり、水平抜湯井から湧出する地下水の流量が少なく、ガス成分に富んでいることから、採取した10Lの地下水では解析に十分な微生物細胞数を得られない可能性が考えられた。そのため、ろ過面積が大きくガス等による閉塞が少ない中空糸メンブレンフィルターのカートリッジを水平抜湯井にセットし、今後のサンプリングの機会に回収することとした。その後、高知コア研究所のラボにおいて、フィルターに捕獲された微生物細胞を蛍光染色し、当該環境に微生物細胞が存在することを確認した。予察的な検討では、地下水1 mLに含まれる細胞密度は約100細胞程度であることが示唆された。現在、メンブレンからDNAを抽出し、PCRで増幅された16S rRNA遺伝子の塩基配列に基づく微生物群集構造について解析を進めている。

  16. 数百万年にわたる海底下微生物の進化動態を追う 競争的資金

    星野 辰彦

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    研究機関：Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology

    2017年 ～ 2020年

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    地球表面の７割を占める海底のさらにその下には海洋や土壌といった表層の生命圏とは異なる独自の生態系が存在し、莫大な数の微生物の存在が確認されている。本研究では、海底下という極低エネルギー環境において、どのようにその生態系が構築されたのかを、世界各地の海底下０－６００mから得られた堆積物を解析することで明らかにした。海底下の微生物群集構造は、嫌気・富栄養環境と好気・貧栄養環境で大きく異なり、前者におけるアーキア/バクテリア比は後者より有意に高いことがわかった。また、全堆積物中のアーキア細胞の割合は37%程度であると推算され、海洋中の割合と同程度であることを明らかにした。

  17. 海底下に潜む未知の生命－多面的アプローチで明らかにする地球深部微生物の実態

    諸野 祐樹, 伊藤 元雄, 星野 辰彦, 稲垣 史生

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Young Scientists (A)

    研究機関：Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology

    2015年4月1日 ～ 2018年3月31日

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    本研究では、超高空間分解能二次イオン質量分析計（NanoSIMS）による元素同位体分析や分子生物学的解析等を駆使し、最大で1 億年前に堆積した海底下試料中に存在する未知微生物の姿形を捉えると同時に、それら微生物が「生きているのか？」「機能・役割は？」「代謝活性は？」という基本的かつ重要な問いに答えることを目標とした。多様な海底下環境で採取した試料から申請者が開発した独自の技術によって微生物細胞を分取し、安定同位体基質取り込み、細胞DNA解析やアミノ酸組成分析等、多面的な解析を実施した。

  18. 網羅的シングルセルゲノミクスの技術基盤構築 –究極の環境微生物解析ツールを目指す- 競争的資金

    星野 辰彦

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research

    研究機関：Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology

    2015年 ～ 2017年

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    単一細胞のゲノムDNAを解読するシングルセルゲノミクスは、微生物の系統および機能に関する情報を網羅的に得ることができるため、環境中の微生物生態を解析する上で非常に有効なツールである。しかし、微生物細胞一つに含まれるDNAは非常に微量でありそこから遺伝子解析をするために十分な量のDNAを増幅することは容易ではなく、海底下深部堆積物に生息する微生物への適用は限られいている。本研究では、新たにタンパク質分解酵素を用いた溶菌プロセス、メタルプレートを用いた遺伝子増幅反応を取り入れることで、コンタミネーションを排除するとともに効率的に海底下堆積物中の単一細胞から遺伝子を増幅する新たな方法論を確立した。

  19. 海底下生命のセンサス：地球内部における生命活動の地理的空間分布と規定要因の解明 競争的資金

    稲垣 史生

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (A)

    研究機関：Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology

    2014年 ～ 2017年

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    地球表層の約7割を占める海洋堆積物環境に生息する膨大な微生物群の地理的空間分布を明らかにするため、過去10年間の科学海洋掘削により採取された凍結コアサンプルを用いて環境ゲノムDNAを抽出し、16S rRNA遺伝子の定量と塩基配列の網羅的な解読を実施した。その結果、地球全体の海洋堆積物に生息するアーキア（古細菌）の割合は約37%であり、海水中に生息する微生物群のアーキアの割合とほぼ一致することが明らかとなった。さらに、微生物群集構造や系統分類の解析結果から、海底下生命圏は外洋の好気的微生物生態系と沿岸部の嫌気的微生物生態系の二つに大別可能であり、深部にまで鉛直的に存続していることが示唆された。

  20. 土佐湾海底遺構調査による南海トラフ地震の地震性地殻変動と災害状況の究明

    徳山 英一, 村山 雅史, 山本 裕二, 廣瀬 丈洋, 井尻 暁, 星野 辰彦, 谷川 亘

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research

    研究機関：Kochi University

    2014年4月 ～ 2016年3月

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    高知県内各地では684年に発生した南海地震の被害を伝える水没集落伝承（黒田郡）が残されており、実際に沿岸部海底において人工構造物を確認した情報もある。そこで本研究では、南海地震との関係を明らかにするために海底遺構調査を実施した。 海底地形・潜水調査の結果、５地点において海底構造物を確認することができた。爪白沖、野見湾の構造物は人工物の痕跡を示す証拠が認められたが、柏島、南国市十一沖、志和沖の構造物は天然物である可能性を示唆する。さらに、爪白海底の石柱は陸上爪白地区の石造物が流された可能性があり、野見湾海底で確認された平たんな台地は、かつての住居地が地震により沈降した可能性を示唆している。

  21. Quantification of the genes in global subseafloor sediments using a micro-fluidic digital PCR technique 競争的資金

    星野 辰彦

    2015年 ～ 2015年

  22. 海底下深部炭素フローの端緒を担う微生物の系統・機能・生理生態の解明 競争的資金

    星野 辰彦

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Young Scientists (B)

    2012年 ～ 2014年

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    本研究では、最も単純な炭素酸化物であるCOを、堆積物内部の嫌気環境下で資化することのできる微生物を推定することを目的として研究を行った。世界各地の海底下1－400mから得られたセディメントよりDNAを抽出し、嫌気的一酸化炭素デヒロゲナーゼのβサブユニットをコードする遺伝子の増幅を試みたところ、およそ20%のサンプルから遺伝子の増幅が確認された。さらにそれらの遺伝子断片の配列を決定し系統学的な解析を行った。その結果、本研究で得られたcooS遺伝子は既に知られているものとは全く異なるものであることが分かり、海底下においては未だ知られていない微生物によりCOが資化されている可能性が示された。

  23. 海底下生命圏に棲息する未知微生物の発見を目指した新規rRNA 配列解析手法の開発 競争的資金

    星野 辰彦

    2012年 ～ 2012年

  24. シングルセルレベル解析が明らかにする海底下地下生命圏の微生物生態 競争的資金

    星野 辰彦

    2011年 ～ 2012年

  25. バイオフィルム内脱窒細菌の生態解明 -系統・機能・生理生態のin situ検出- 競争的資金

    星野 辰彦

    2008年 ～ 2009年

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    平成20年度はin situ RCAのプロトコールを最適化し、P.stutzeri内部の脱窒に関わる遺伝子群(nirS,nosZ)を同時に検出する事に成功した。平成21年度はこのプロトコールを複合微生物生態系である環境サンプルに適用し、バクテリアの機能と系統をリンクすることを可能にする手法の開発をおこなった。サンプルとして、デンマーク・オールボーにある排水処理施設(生物学的リン除去プロセス)内の活性汚泥を用いた。活性汚泥から抽出したDNAからPCRにより脱窒を担う遺伝子の一つであるnirSを増幅し、クローンライブラリーを作成した。クローンライブラリー中で優占化するいくつかのクラスターを検出するためにin situ RCA用のプローブを設計し、活性汚泥中の脱窒細菌の検出を試みた結果、非常にクリアに脱窒細菌を検出できた。また、2種類のプローブを同時にアプライし、2種類の脱窒細菌の空間的分布を視覚化する事に成功した。さらに、検出された脱窒細菌の形態がリン蓄積細菌のものだと思われたため、16S rRNAを標的としたFISH法によりリン蓄積細菌を検出した後、in situ RCA法でnirS遺伝子を検出した。その結果、今回nirSクローンライブラリー中で優占化した配列がリン蓄積細菌由来であることがわかった。これは複合微生物系においてバクテリアの系統と機能をin situでリンクする事に成功した世界で初めての事例であり、機能と系統をリンクするという環境微生物生態学の10年来の課題を解決する成果である。今後、フローサイトメトリーやレーザーマイクロダイセクションなどにより、in situ RCAで機能に基づいて検出した細胞を分取、16S rRNA遺伝子の配列を決定することでさらに効率的に、機能と系統のリンクを行う事が可能であると思われる。

  26. 微生物生態系を制御した高性能窒素・リン同時除去型排水処理システムの開発

    常田 聡, 青井 議輝, 星野 辰彦

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    研究機関：Waseda University

    2005年 ～ 2008年

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    本研究では,様々な産業から排出される排水中の窒素・リンを高効率に除去する高度処理システムの開発に取り組んだ。特に,小規模事業場へも導入可能な単一槽型栄養塩除去プロセスである嫌気/好気/無酸素(AOA)プロセスの開発を行い,長期間にわたる安定した除去性能維持の実現をめざした。また,AOAプロセスとメンブレンエアレーション法を組み合わせることにより,槽内の微生物生態系を制御し,外部から基質を添加せずに窒素・リン同時除去に成功した。

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担当経験のある科目(授業) 1

  1. 地球史　広島大学地球惑星システム学プログラム

社会貢献活動 11

  1. DNAワークショップ 海の生命を分子レベルから学ぶ

    東京都立西高等学校

    2026年1月31日 ～ 2026年1月31日

  2. ひらめき⭐︎ときめきサイエンス PCRを体験し、その原理を学ぼう

    高知みらい科学館

    2025年8月7日 ～ 2025年8月7日

  3. 海底のさらに下には何がいる？海底下生命圏の広がりと多様性

    海と地球の研究所〜海洋研究最前線！〜

    2024年12月8日 ～ 2024年12月8日

  4. ひらめきときめき⭐︎サイエンス PCRでDNAを増やし、その原理を学ぼう！

    高知みらい科学館

    2024年8月22日 ～ 2024年8月22日

  5. ペットボトルで顕微鏡を作ってみよう！

    「十川を知り、十川に学び、十川を愛する子」プロジェクト　四万十町立十川小学校

    2022年7月19日 ～ 2022年7月19日

  6. 顕微鏡をつくってみよう

    舟入小学校わくわく自然教室　香美市立舟入小学校

    2021年9月25日 ～ 2021年9月25日

  7. 深海のふしぎな生きものと海洋プラスチック汚染

    高新文化ホール

    2021年2月27日 ～ 2021年2月27日

  8. ペットボトル顕微鏡を使っていろいろなものを観察しよう

    高知子ども未来プロジェクト2020

    2020年10月30日 ～ 2020年10月30日

  9. 小さい微生物の見えない力

    高知大学附属中学校

    2020年1月31日 ～ 2020年1月31日

  10. 顕微鏡をつくってみよう

    高知大学附属中学校

    2019年12月5日 ～ 2019年12月5日

  11. 海底化に広がる巨大生命圏

    高知県立美術館ホール

    2019年11月7日 ～ 2019年11月7日

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