研究者詳細

顔写真

ムラカミ　ヒロアキ
村上　弘章
Hiroaki Murakami
所属
大学院農学研究科　生物生産科学専攻　水圏生産科学講座（水産資源生態学分野）
職名
助教
学位

  • 博士（農学）（京都大学）

  • 修士（生命科学）（京都大学）

e-Rad 研究者番号
60880721
Researcher ID
JHQ-3968-2023
プロフィール

 

 

経歴 4

  • 2024年5月 ～ 継続中
    放送大学　宮城学習センター　非常勤講師 (兼任)

  • 2022年4月 ～ 継続中
    東北大学　大学院農学研究科 生物生産科学専攻 水産資源生態学分野　助教

  • 2020年4月 ～ 2022年3月
    京都大学 フィールド科学教育研究センター 舞鶴水産実験所　学際融合教育研究推進センター・森里海連環学教育研究ユニット　特定研究員

  • 2019年10月 ～ 2020年3月
    京都大学　フィールド科学教育研究センター 舞鶴水産実験所　博士研究員

所属学協会 3

  • 環境DNA学会

    2018年11月 ～ 継続中

  • 日本生態学会

    2016年3月 ～ 継続中

  • 日本水産学会

    2016年3月 ～ 継続中

研究キーワード 3

  • 魚類生態学

  • 水産学

  • 環境DNA

研究分野 1

  • ライフサイエンス / 生態学、環境学 / 水産学, 環境DNA

受賞 2

  1. 令和3年度日本水産学会 論文賞

    2022年3月　日本水産学会

  2. 第12回NTU国際生命科学学生ミニシンポジウム 優秀賞（ポスター発表）

    2013年12月

論文 19

  1. Cdc48 and its co-factor Ufd1 extract CENP-A from centromeric chromatin and can induce chromosome elimination in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe 査読有り

    Yukiko Nakase, Hiroaki Murakami, Michiko Suma, Kaho Nagano, Airi Wakuda, Teppei Kitagawa, Tomohiro Matsumoto

    Biology Open　2024年3月25日

    出版者・発行元： The Company of Biologists

    DOI： 10.1242/bio.060287 　

    eISSN：2046-6390

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    CENP-A determines the identity of the centromere. Because the position and size of the centromere and its number per chromosome must be maintained, the distribution of CENP-A is strictly regulated. In this study, we have aimed to understand mechanisms to regulate the distribution of CENP-A (Cnp1SP) in fission yeast. A mutant of the ufd1+ gene (ufd1-73) encoding a cofactor of Cdc48 ATPase is sensitive to Cnp1 expressed at a high level and allows mislocalization of Cnp1. The level of Cnp1 in centromeric chromatin is increased in the ufd1-73 mutant even when Cnp1 is expressed at a normal level. A preexisting mutant of the cdc48+ gene (cdc48-353) phenocopies the ufd1-73 mutant. We have also shown that Cdc48 and Ufd1 proteins physically interact with centromeric chromatin. Finally, Cdc48 ATPase with Ufd1 artificially recruited to the centromere of a mini-chromosome (Ch16) induce a loss of Cnp1 from Ch16, leading to an increased rate of chromosome loss. It appears that Cdc48 ATPase, together with its cofactor Ufd1 remove excess Cnp1 from chromatin, likely in a direct manner. This mechanism may play a role in centromere disassembly, a process to eliminate Cnp1 to inactivate the kinetochore function during development, differentiation, and stress response.

  2. Analysis of the Persistence and Particle Size Distributional Shift of Sperm-Derived Environmental DNA to Monitor Jack Mackerel Spawning Activity 査読有り

    Satsuki Tsuji, Hiroaki Murakami, Reiji Masuda

    Environmental Science & Technology　2022年7月22日

    出版者・発行元： American Chemical Society (ACS)

    DOI： 10.1021/acs.est.2c01904 　

    ISSN：0013-936X

    eISSN：1520-5851

  3. いけすに収容した魚から放出される環境DNAの海洋における分散と分解

    令和3年度論文賞受賞論文紹介　88　(4)　206-206　2022年7月15日

    出版者・発行元：

    DOI： 10.2331/suisan.133 　

    ISSN：0021-5392

    eISSN：1349-998X

  4. An efficient early‐pooling protocol for environmental <scp>DNA</scp> metabarcoding 査読有り

    Masayuki Ushio, Saori Furukawa, Hiroaki Murakami, Reiji Masuda, Atsushi J. Nagano

    Environmental DNA　2022年7月5日

    出版者・発行元： Wiley

    DOI： 10.1002/edn3.337 　

    ISSN：2637-4943

    eISSN：2637-4943

  5. Seasonal changes in the distribution of black sea bream Acanthopagrus schlegelii estimated by environmental DNA 査読有り

    Sachia Sasano, Hiroaki Murakami, Keita W. Suzuki, Toshifumi Minamoto, Yoh Yamashita, Reiji Masuda

    Fisheries Science　88　(1)　91-107　2022年1月30日

    出版者・発行元： Springer Science and Business Media LLC

    DOI： 10.1007/s12562-021-01572-z 　

    ISSN：0919-9268

    eISSN：1444-2906

  6. Environmental DNA emission by two carangid fishes in single and mixed-species tanks 査読有り

    Hiroaki Murakami, Reiji Masuda, Satoshi Yamamoto, Toshifumi Minamoto, Yoh Yamashita

    Fisheries Science　88　(1)　55-62　2022年1月

    出版者・発行元： Springer Science and Business Media LLC

    DOI： 10.1007/s12562-021-01565-y 　

    ISSN：0919-9268

    eISSN：1444-2906

  7. Universal performance of benzalkonium chloride for the preservation of environmental DNA in seawater samples 査読有り

    Toshiaki Jo, Masayuki K. Sakata, Hiroaki Murakami, Reiji Masuda, Toshifumi Minamoto

    Limnology and Oceanography: Methods　19　(11)　758-768　2021年11月

    出版者・発行元： Wiley

    DOI： 10.1002/lom3.10459 　

    ISSN：1541-5856

    eISSN：1541-5856

  8. Estimating fish population abundance by integrating quantitative data on environmental DNA and hydrodynamic modelling 査読有り

    Keiichi Fukaya, Hiroaki Murakami, Seokjin Yoon, Kenji Minami, Yutaka Osada, Satoshi Yamamoto, Reiji Masuda, Akihide Kasai, Kazushi Miyashita, Toshifumi Minamoto, Michio Kondoh

    Molecular Ecology　30　(13)　3057-3067　2021年7月

    出版者・発行元： Wiley

    DOI： 10.1111/mec.15530 　

    ISSN：0962-1083

    eISSN：1365-294X

  9. Selective collection of long fragments of environmental DNA using larger pore size filter 査読有り

    Toshiaki Jo, Hiroaki Murakami, Reiji Masuda, Toshifumi Minamoto

    Science of the Total Environment　(in press)　2020年5月

  10. Estimating shedding and decay rates of environmental nuclear DNA with relation to water temperature and biomass 査読有り

    Toshiaki Jo Mio Arimoto Hiroaki Murakami Reiji Masuda Toshifumi Minamoto

    2019年11月

  11. Particle Size Distribution of Environmental DNA from the Nuclei of Marine Fish 査読有り

    Toshiaki Jo, Mio Arimoto, Hiroaki Murakami, Reiji Masuda, Toshifumi Minamoto

    ENVIRONMENTAL SCIENCE & TECHNOLOGY　53　(16)　9947-9956　2019年8月

    出版者・発行元： AMER CHEMICAL SOC

    DOI： 10.1021/acs.est.9b02833 　

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    Environmental DNA (eDNA) analyses have enabled a more efficient surveillance of species distribution and composition than conventional methods. However, the characteristics and dynamics of eDNA (e.g., origin, state, transport, and fate) remain unknown. This is especially limited for the eDNA derived from nuclei (nu-eDNA), which has recently been used in eDNA analyses. Here, we compared the particle size distribution (PSD) of nu-eDNA from Japanese Jack Mackerel (Trachurus japonicus) with that of mt-eDNA (eDNA derived from mitochondria) reported in previous studies. We repeatedly sampled rearing water from the tanks under multiple temperatures and fish biomass levels, and quantified the copy numbers of size-fractioned nu-eDNA. We found that the concentration of nu-eDNA was higher than that of mt-eDNA at 3-10 mu m size fraction. Moreover, at the 0.8-3 mu m and 0.4-0.8 mu m size fractions, eDNA concentrations of both types increased with higher temperature and their degradation tended to be suppressed. These results imply that the production of eDNA from large to small size fractions could buffer the degradation of small-sized eDNA, which could improve its persistence in water. Our findings will contribute to refine the difference between nu- and mt-eDNA properties, and assist eDNA analyses as an efficient tool for the conservation of aquatic species.

  12. Biomass‐dependent emission of environmental DNA in jack mackerel Trachurus japonicus juveniles 査読有り

    Tomoya Horiuchi, Reiji Masuda, Hiroaki Murakami, Satoshi Yamamoto, Toshifumi Minamoto

    Journal of Fish Biology　2019年7月31日

    出版者・発行元： Wiley

    DOI： 10.1111/jfb.14095 　

    ISSN：0022-1112

    eISSN：1095-8649

  13. Effect of water temperature and fish biomass on environmental DNA shedding, degradation, and size distribution 査読有り

    Toshiaki Jo, Hiroaki Murakami, Satoshi Yamamoto, Reiji Masuda, Toshifumi Minamoto

    ECOLOGY AND EVOLUTION　9　(3)　1135-1146　2019年2月

    出版者・発行元： WILEY

    DOI： 10.1002/ece3.4802 　

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    Environmental DNA (eDNA) analysis has successfully detected organisms in various aquatic environments. However, there is little basic information on eDNA, including the eDNA shedding and degradation processes. This study focused on water temperature and fish biomass and showed that eDNA shedding, degradation, and size distribution varied depending on water temperature and fish biomass. The tank experiments consisted of four temperature levels and three fish biomass levels. The total eDNA and size-fractioned eDNA from Japanese Jack Mackerels (Trachurus japonicus) were quantified before and after removing the fish. The results showed that the eDNA shedding rate increased at higher water temperature and larger fish biomass, and the eDNA decay rate also increased at higher temperature and fish biomass. In addition, the small-sized eDNA fractions were proportionally larger at higher temperatures, and these proportions varied among fish biomass. After removing the fish from the tanks, the percentage of eDNA temporally decreased when the eDNA size fraction was >10 mu m, while the smaller size fractions increased. These results have the potential to make the use of eDNA analysis more widespread in the future.

  14. Dispersion and degradation of environmental DNA from caged fish in a marine environment

    Hiroaki Murakami, Seokjin Yoon, Akihide Kasai, Toshifumi Minamoto, Satoshi Yamamoto, Masayuki K. Sakata, Tomoya Horiuchi, Hideki Sawada, Michio Kondoh, Yoh Yamashita, Reiji Masuda

    Fisheries Science　85　(2)　327-337　2019年1月3日

    出版者・発行元： Springer Science and Business Media LLC

    DOI： 10.1007/s12562-018-1282-6 　

    ISSN：0919-9268

    eISSN：1444-2906

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    Abstract Environmental DNA (eDNA) consists of DNA fragments shed from organisms into the environment, and can be used to identify species presence and abundance. This study aimed to reveal the dispersion and degradation processes of eDNA in the sea. Caged fish were set off the end of a pier in Maizuru Bay, the Sea of Japan, and their eDNA was traced at sampling stations located at the cage and 10, 30, 100, 300, 600 and 1000 m distances from the cage along two transect lines. Sea surface water was collected at each station at 0, 2, 4, 8, 24 and 48 h after setting the cage, and again after removing the cage. Quantitative PCR analyses using a species-specific primer and probe set revealed that the target DNA was detectable while the cage was present and for up to 1 h after removing the cage, but not at 2 h or later. Among the 57 amplified samples, 45 (79%) were collected within 30 m from the cage. These results suggest that eDNA can provide a snapshot of organisms present in a coastal marine environment.

  15. Quantitative monitoring of multispecies fish environmental DNA using high-throughput sequencing 査読有り

    Masayuki Ushio, Hiroaki Murakami, Reiji Masuda, Tetsuya Sado, Masaki Miya, Sho Sakurai, Hiroki Yamanaka, Toshifumi Minamoto, Michio Kondoh

    Metabarcoding and Metagenomics (MBMG)　2017年11月

  16. Rapid degradation of longer DNA fragments enables the improved estimation of distribution and biomass using environmental DNA 査読有り

    Toshiaki Jo, Hiroaki Murakami, Reiji Masuda, Masayuki K. Sakata, Satoshi Yamamoto, Toshifumi Minamoto

    MOLECULAR ECOLOGY RESOURCES　17　(6)　e25-e33　2017年11月

    出版者・発行元： WILEY

    DOI： 10.1111/1755-0998.12685 　

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    The advent of environmental DNA (eDNA) analysis methods has enabled rapid and wide-range ecological monitoring in aquatic ecosystems, but there is a dearth of information on eDNA degradation. The results of previous studies suggest that the decay rate of eDNA varies depending on the length of DNA fragments. To examine this hypothesis, we compared temporal change in copy number of long eDNA fragments (719bp) with that of short eDNA fragments (127bp). First, we isolated rearing water from a target fish species, Japanese Jack Mackerel (Trachurus japonicus), and then quantified the copy number of the long and short eDNA fragments in 1L water samples after isolating the water from the fish. Long DNA fragments showed a higher decay rate than short fragments. Next, we measured the eDNA copy numbers of long and short DNA fragments using field samples, and compared them with fish biomass as measured by echo intensity. Although a previous study suggested that short eDNA fragments could be overestimated because of nontarget eDNA from a nearby fish market and carcasses, the eDNA concentrations of long fragments were correlated with echo intensity. This suggests that the concentration of longer eDNA fragments reflects fish biomass more accurately than the previous study by removing the effects of the fish market and carcasses. The length-related differences in eDNA have a substantial potential to improve estimation of species biomass.

  17. Inconsistency between salinity preference and habitat salinity in euryhaline gobiid fishes in the Isazu River, northern Kyoto Prefecture 査読有り

    Yumeki Oto, Masahiro Nakamura, Hiroaki Murakami, Reiji Masuda

    JOURNAL OF ETHOLOGY　35　(2)　203-211　2017年5月

    出版者・発行元： SPRINGER JAPAN KK

    DOI： 10.1007/s10164-017-0510-3 　

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    Adults of three amphidromous gobiid fishes, Tridentiger brevispinis, Rhinogobius similis, and Gymnogobius petschiliensis, are euryhaline and generally found in both freshwater (FW) and brackish water (BW) areas. The determining factors for their choice of habitat with different salinity have never been explored. In this study, a salinity-choice experiment was conducted using the above species captured in the FW region of the Isazu River, northern Kyoto Prefecture. For comparison, the fluvial goby Rhinogobius flumineus and BW-acclimated G. petschiliensis were also tested. We found that the three euryhaline species, including BW-acclimated G. petschiliensis, preferred BW to FW, whereas R. flumineus preferred FW. These results suggest that salinity preference did not determine habitat in these euryhaline gobiids, which were found in FW. Surveys were also conducted focusing on competitors and predators in their potential habitats. Thus, net sampling captured many other gobiid species, and an environmental DNA method detected Japanese temperate bass, a voracious predator, in the estuarine areas, suggesting that biotic factors are major determinants in the distribution of euryhaline species.

  18. Environmental DNA as a 'Snapshot' of Fish Distribution: A Case Study of Japanese Jack Mackerel in Maizuru Bay, Sea of Japan (vol 11, e0149786, 2016) 査読有り

    Satoshi Yamamoto, Kenji Minami, Keiichi Fukaya, Kohji Takahashi, Hideki Sawada, Hiroaki Murakami, Satsuki Tsuji, Hiroki Hashizume, Shou Kubonaga, Tomoya Horiuchi, Masamichi Hongo, Jo Nishida, Yuta Okugawa, Ayaka Fujiwara, Miho Fukuda, Shunsuke Hidaka, Keita W. Suzuki, Masaki Miya, Hitoshi Araki, Hiroki Yamanaka, Atsushi Maruyama, Kazushi Miyashita, Reiji Masuda, Toshifumi Minamoto, Michio Kondoh

    PLOS ONE　11　(4)　2016年4月

    DOI： 10.1371/journal.pone.0153291 　

    ISSN：1932-6203

  19. Environmental DNA as a 'Snapshot' of Fish Distribution: A Case Study of Japanese Jack Mackerel in Maizuru Bay, Sea of Japan 査読有り

    Satoshi Yamamoto, Kenji Minami, Keiichi Fukaya, Kohji Takahashi, Hideki Sawada, Hiroaki Murakami, Satsuki Tsuji, Hiroki Hashizume, Shou Kubonaga, Tomoya Horiuchi, Masamichi Hongo, Jo Nishida, Yuta Okugawa, Ayaka Fujiwara, Miho Fukuda, Shunsuke Hidaka, Keita W. Suzuki, Masaki Miya, Hitoshi Araki, Hiroki Yamanaka, Atsushi Maruyama, Kazushi Miyashita, Reiji Masuda, Toshifumi Minamoto, Michio Kondoh

    PLOS ONE　11　(3)　e0149786　2016年3月

    DOI： 10.1371/journal.pone.0149786 　

    ISSN：1932-6203

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MISC 18

  1. 舞鶴湾におけるマアジとカタクチイワシの環境DNAの水平・鉛直分布 口頭

    村上 弘章, 山本 哲史, 源 利文, 南 憲吏, 宮下 和士, 深谷 肇一, 尹 錫鎭, 笠井 亮秀, 澤田 英樹, 鈴木 啓太, 益田 玲爾, 山下 洋, 近藤 倫生

    平成30年度日本水産学会春季大会　p.28　2018年3月27日

  2. 異なるハビタットにおけるスズキ稚魚の生息密度と環境DNAの関係

    村上 弘章, 曽我部 共生, 鈴木 勇人, 源 利文, 笠井 亮秀, 鈴木 啓太, 山下 洋, 益田 玲爾

    2017年日本水産学会春季大会　p.33　2017年3月28日

  3. 沿岸海域における環境DNAの分散過程に関する生簀を用いた検証実験

    村上弘章, 尹錫鎭, 笠井亮秀, 源利文, 山本哲史, 坂田雅之, 堀内智矢, 澤田英樹, 益田玲爾

    日本水産学会大会講演要旨集　2016　35　2016年3月26日

  4. 音響テレメトリー手法を用いたスズキの河川に対する固執性と回帰に関する研究

    眞名野将大, 眞名野将大, 久米学, 三田村啓理, 村上弘章, 寺島佑樹, 渡邊俊, 和田敏裕, 高木淳一, 市川光太郎, 山下洋

    日本水産学会大会講演要旨集(CD-ROM)　2024　2024年

  5. スズキの河川利用と成長の地理的変異

    高井万葉, 黒木真理, 白井厚太朗, 久米学, 寺島佑樹, 村上弘章, 冨樫博幸, 三田村啓理, 山下洋

    日本水産学会大会講演要旨集(CD-ROM)　2024　2024年

  6. スズキ成魚が河川に回遊する理由

    山下洋, 高井万葉, 黒木真理, 眞名野将大, 村上弘章, 目戸綾乃, 渡邊俊, 久米学, 寺島佑樹, 和田敏裕, 高木淳一, 市川光太郎, 三田村啓理

    日本水産学会大会講演要旨集(CD-ROM)　2024　2024年

  7. 階層的クラスタリング分析を用いたスズキの回遊パターンの分類

    高井万葉, 黒木真理, 白井厚太朗, 寺島佑樹, 村上弘章, 久米学, 三田村啓理, 山下洋

    日本水産学会大会講演要旨集(CD-ROM)　2024　2024年

  8. ホシガレイVerasper variegatusの環境DNA技術の確立と種苗放流後の分布推定

    村上弘章, 深野直孝, う倩倩, 源利文, 山野辺貴寛, 高木淳一, 久米学, 山下洋, 三田村啓理, 和田敏裕

    日本水産学会大会講演要旨集(CD-ROM)　2023　2023年

  9. 瀬戸内海における河川の魚類多様性に与える環境要因と人間活動の影響

    山崎彩, 村上弘章, 亀岡大真, 山中裕樹, 亀山哲, 久米学, 山下洋, 笠井亮秀

    日本水産学会大会講演要旨集(CD-ROM)　2022　2022年

  10. Dispersion and degradation of environmental DNA from caged fish in a marine environment (vol 85, pg 327, 2019)

    Hiroaki Murakami, Seokjin Yoon, Akihide Kasai, Toshifumi Minamoto, Satoshi Yamamoto, Masayuki K. Sakata, Tomoya Horiuchi, Hideki Sawada, Michio Kondoh, Yoh Yamashita, Reiji Masuda

    FISHERIES SCIENCE　85　(6)　1109-1109　2019年11月

    DOI： 10.1007/s12562-019-01341-z 　

    ISSN： 0919-9268

    eISSN： 1444-2906

  11. 環境DNAから推測されるクロダイの分布様式：海洋および河川域での季節変化 ポスター

    笹野 祥愛, 村上 弘章, 鈴木 啓太, 源利 文, 山下 洋, 益田 玲爾

    第1回環境DNA学会　2018年9月29日

  12. 環境DNAが示すクロダイの河川進入の季節変化

    笹野 祥愛, 村上 弘章, 山下 洋, 益田 玲爾

    平成30年度日本水産学会秋季大会　p.9　2018年9月

  13. 環境DNAを用いて調査したクロダイの沿岸依存性と産卵期・仔魚期の分布特性 口頭

    笹野 祥愛, 村上 弘章, 鈴木 啓太, 源 利文, 山下 洋, 益田 玲爾

    平成30年度日本水産学会春季大会　p.47　2018年3月29日

  14. 環境DNAの有効性：水槽実験とフィールドでの検証 招待有り

    益田玲爾, 村上弘章, 高橋宏司, 源利文, 宮正樹

    海洋と生物　40　(1)　17-22　2018年2月

  15. 大量シーケンスと標準DNAを利用した魚類環境DNAの網羅的・定量的モニタリング:京都府舞鶴湾での解析事例

    潮雅之, 潮雅之, 村上弘章, 益田玲爾, 佐土哲也, 宮正樹, 櫻井翔, 山中裕樹, 源利文, 近藤倫生

    水産海洋研究　81　(4)　305‐307　2017年11月10日

    ISSN： 0916-1562

  16. 堆積物からのマアジの環境DNAの検出: 水槽実験とフィールドでの検証

    尾形 瑞紀, 益田 玲爾, 村上 弘章, 余田 昂彌, 澤田 英樹, 山下 洋, 源 利文

    2017年日本水産学会春季大会　p.34　2017年3月28日

  17. 環境DNAを用いたクラゲ防除技術の開発：季節的モニタリングとポリプからの検出

    余田 昂彌, 益田 玲爾, 村上 弘章, 尾形 瑞紀, 山下 洋, 源 利文

    2017年日本水産学会春季大会　p.34　2017年3月28日

  18. 日本海側河川の両側回遊性ハゼ科魚類における塩分環境利用パターンとこれに関わる環境要因

    大戸夢木, 中村政裕, 村上弘章, 益田玲爾

    日本水産学会大会講演要旨集　2016　2016年

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書籍等出版物 4

  1. 沿岸フィールド科学

    山下洋, 益田玲爾, 甲斐嘉晃ら

    2022年10月

  2. 環境DNA学会ニュースレター no. 3

    村上弘章, 学際融合教育研究推進センター, 舞鶴水産実験所, 特定研究員

    2021年1月

  3. 海洋における環境DNA研究の現状と今後の展望

    村上弘章, 益田玲爾

    沿岸域学会誌執筆　2020年6月

  4. 環境DNAが拓く魚類生態研究の未来

    益田 玲爾・村上 弘章・高橋 宏司・源 利文・宮 正樹

    海洋と生物　2018年2月

講演・口頭発表等 17

  1. ホシガレイ Verasper variegatusの環境DNA技術の確立と種苗放流後の分布推定

    村上 弘章, 深野 直孝, 鄔 倩倩, 源 利文, 髙木 淳一, 久米 学, 山下 洋, 三田村 啓理, 和田 敏裕

    令和５年度・日本水産学会秋季大会　2023年9月21日

  2. 環境DNAメタバーコーディング解析で読み解く京都府由良川の魚類相の季節変化

    村上 弘章 (東北大農), 笹野 祥愛 (京大フィールド研・現水産機構), 益田 玲爾 (京大フィールド研), 山下 洋 (京大フィールド研), 笠井 亮秀 (北大院水産)

    環境DNA学会「あなたが主役のワークショップ. 2022」　2022年11月19日

  3. Substantial seasonal intrusion of marine fish species elucidated by environmental DNA metabarcoding in Yura River, Kyoto

    Hiroaki Murakami, Sachia Sasano, Reiji Masuda, Yoh Yamashita, Akihide Kasai

    Tohoku University – OIST 3rd Joint Workshop on Biodiversity: From Genes and Species to Ecosystem Services and Resilience　2022年10月25日

  4. 環境DNA濃度で読み解く 京都府 由良川のスズキ Lateolabrax japonicusの分布と季節回遊

    村上 弘章, MURAKAMI Hiroaki, 笹野 祥愛, SASANO Sachia, 益田 玲爾, MASUDA Reiji, 京大フィールド研, 笠井 亮秀, KASAI Akihide, 山下 洋, YAMASHITA Yoh

    環境DNA学会第4回大会　2021年11月20日

  5. PicSeaってなんだ、シチズンサイエンスってなんだ?

    村上弘章, 伊藤真, 伊勢武史

    みんなのカメラで海洋ゴミの今を知る「PicSea」プロジェクト スタート記念オンライントークイベント　2021年9月25日

  6. 環境DNAで読み解く河川と沿岸域の 魚類多様性とその生態 ～シチズンサイエンスの実例～

    村上 弘章, 学際融合研, 内藤 隆慈, 志水 正敏, 北高校, 燈心嶺, 益田 玲爾, 大フィールド研, 笠井 亮秀

    日本生態学会 ESJ68 自由集会 W18「自然を知り環境を守るための新技術・新発想」　2021年3月21日

  7. 異種混合飼育が海産魚の環境 DNA の放出量に与える影響

    村上 弘章, 益田 玲爾, 山本 哲史, 源 利文, 山下 洋

    環境DNA学会第3回大会 第36回個体群生態学会 合同大会　2020年11月14日

  8. 舞鶴湾におけるマアジ環境DNA濃度の日周変化

    村上 弘章・益田 玲爾・山下 洋

    令和元年度 第2回環境DNA学会　2019年11月

  9. 環境DNAで読み解く舞鶴湾の魚の生態:スズキ、マアジ、カタクチイワシはどこにいる？ 招待有り

    村上弘章

    若狭湾生物同好会研修会　2018年6月16日

  10. 舞鶴湾におけるマアジとカタクチイワシの環境DNA量と水平・鉛直方向の分布特性

    村上 弘章・源 利文・山本 哲史・近藤 倫生・澤田 英樹・山下 洋・益田 玲爾

    平成30年度 日本水産学会春季大会　2018年3月

  11. 異なるハビタットにおけるスズキ稚魚の生息密度と環境DNAの関係

    村上 弘章・曽我部 共生・鈴木 勇人・源 利文・笠井 亮秀・鈴木 啓太・山下 洋・益田 玲爾

    平成29年度 日本水産学会春季大会　2017年3月

  12. 沿岸海域における環境DNAの分散過程に関する生簀を用いた検証実験

    村上 弘章・尹 錫鎭・笠井 亮秀・源 利文・山本 哲史・坂田 雅之・堀内 智矢・澤田 英樹・益田 玲爾

    平成28年度 日本水産学会春季大会　2016年3月

  13. 瀬戸内海における河川の魚類多様性に与える環境要因と 人間活動の影響

    山崎彩, 村上弘章, 亀岡大真, 学際融合研セ, 山中裕樹, 亀山哲, 国環研, 久米学, 山下洋, 京大フィールド研セ, 笠井亮秀

    令和3年度日本水産学会春季大会　2022年3月26日

  14. 由良川に遡上するスズキの河川利用と成長

    高井万葉, 黒木真理, 白井厚太朗, 眞名野将大, 目戸綾乃, 児嶋大地, 院情報, 寺島佑樹, 寺島環境, コンサル, 渡邊俊, 近, 和田敏裕, 村上弘章, 久米学, 市川光太郎, 澤田英樹, 三田村啓理, 山下洋, 京大フィールド研セ

    令和3年度日本水産学会春季大会　2022年3月26日

  15. スズキの再生産における河川生物生産の貢献 –硫黄安定同位体比分析による推定

    目戸綾乃, 眞名野将大, 渡邊俊, 鈴木啓太, 村上弘章, 寺島佑樹, 久米学, 市川光太郎, 和田敏裕, 児嶋大地, 大手信人, 三田村啓理

    第11回 同位体環境学シンポジウム　2021年12月17日

  16. 丹後海・由良川におけるスズキの通し回遊

    渡邊俊, 近大農, 眞名野将大, 目戸綾乃, 寺島佑樹, 京大フィールド研セ, 村上弘章, 学際融合研セ, 久米学, 三田村啓理, 市川光太郎, 鈴木啓太, 京大フィールド研セ, 蒋薇(京大院農, Edouard Lavergne, 河上哲生, 川上達也, 和田敏裕, 山下洋, 京大フィールド研セ

    令和3年度日本水産学会春季大会　2021年3月27日

  17. キジハタの環境 DNA に対する体サイズおよび活動量の影響

    曽根高 幹大, 益田 玲爾, 徐 寿明, 学振, D, 竹下 大輝, 大, 村上 弘章, 上村 真太郎, 源 利文

    環境DNA学会第3回大会 第36回個体群生態学会 合同大会　2020年11月14日

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共同研究・競争的資金等の研究課題 17

  1. 環境DNAを用いた海産魚の遺伝的多様性評価技術の確立

    村上弘章, 中臺亮介, 相馬(徐)寿明

    2024年4月 ～ 2026年4月

  2. 日本における博士人材の育成環境をシリアスゲームで考える

    打田篤彦, 伊藤真, 村上弘章

    2024年1月 ～ 2026年2月

  3. 震災後に建設された護岸の種類が魚類の遺伝的多様性に与える影響

    村上弘章,中臺亮介,相馬寿明,益田玲爾,横山勝英

    2024年10月 ～ 2025年9月

  4. 生物資源量の把握と 適正利用に向けた知の導出（研究開発課題-7）

    村上弘章, 片山知史

    2025年4月 ～

  5. 気仙沼市 西舞根川のフレーム護岸がニホンウナギ Anguilla japonicaの 有効な生息場であるかの検証

    村上弘章, 小林寛太, 益田玲爾, 横山勝英

    2024年7月 ～ 2025年3月

  6. 浜名湖のノコギリガザミの捕食生物に関する研究

    片山知史・村上弘章・鈴木晶子

    2024年7月 ～ 2025年3月

  7. 高解像度環境DNA分析による琵琶湖産魚類の種内・種間多様性の駆動プロセスの解明

    中臺亮介, 相馬寿明, 村上弘章

    2024年4月 ～ 2025年3月

  8. 研究成果展開事業 共創の場形成支援プログラム 令和5年度次世代を担う人材育成支援

    村上 弘章, 乙木 百合香, Oscar Tiku, 内田 正紀, 田村 綾海, 甲田 紫乃

    2023年11月 ～ 2025年3月

  9. 環境DNAを用いた只見町の奥地における魚類多様性評価

    村上 弘章, 深野 直孝, 春本 宜範, 片山 知史

    2023年6月 ～ 2025年3月

  10. 生物多様性ビッグデータの持続的創出に資する環境 DNA 分析手法の高度化

    中臺 亮介, 村上 弘章, 徐 寿明

    2023年 ～ 2025年

  11. 塩性湿地の創出を基軸とした災害に強い森里海まちづくり

    横山勝英, 益田玲爾, 村上弘章 他

    2022年10月 ～ 2024年10月

  12. 環境DNAメタバーコーディング解析で読み解く只見町の魚類多様性

    村上 弘章, 深野 直孝, 春本 宜範, 城倉 昴, 片山 知史

    2023年6月 ～ 2024年3月

  13. 美食地政学に基づく グリーンジョブマーケットの醸成共創拠点

    松八重一代, 三橋正枝, 片山知史, 藤井豊展, 村上弘章 他

    2023年4月 ～

  14. ICTインフラを用いた効果的な種苗放流による資源の安定化

    和田敏裕, 三田村啓理, 久米学, 村上弘章, 山下洋 他

    2023年4月 ～

  15. 環境DNAによる海産魚類の分布推定技術の確立と季節変化のモニタリング

    村上 弘章

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Early-Career Scientists

    研究機関：Kyoto University

    2021年4月1日 ～ 2023年3月31日

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    舞鶴湾に約400 m間隔に配置された網羅的な100定点における表層、中層、底層で取得した環境DNA (eDNA)サンプルを用いて、マアジのミトコンドリアDNAの100 bp程度 (短鎖領域)を対象としたeDNA濃度の定量を行い、市場からの大量の本種のeDNAが検出され、実際に生息する魚の分布推定に大きな障害になることが示された。 そこで、より長い750 bp程度の領域 (長鎖領域)を対象とした本種のeDNA濃度を Jo et al. (2017)に従い、定量した。その結果、短鎖領域を対象とした解析よりも、顕著に検出地点が減り、また全体的にeDNA濃度も薄い傾向が示された。すなわち、短鎖領域を対象としたものよりも、eDNAの検出・非検出、あるいはeDNA濃度の濃淡がより鮮明になり、従来の対象領域と全く異なる検出のされ方を示した。 さらに、上記の全サンプルを用いて、同種の核DNAを対象とした解析もJo et al. (2019)に従い、行った。その結果、短鎖領域、長鎖領域を対象とした場合よりも、顕著に高濃度のeDNAが湾全体から検出された。このことから、海域において、魚の在不在を推定する場合は、より検出率の高い核DNAを対象とした解析が推奨されるかもしれない。同様の解析をカタクチイワシに関しても行っており、魚種により検出される濃度と分布様式が異なる事が示された。このように、希少種の在不在の推定や分布推定といった、それぞれの研究の目的に応じて、対象とするDNA領域を変える、または組み合わせる事の重要性が示された。 一方で、全サンプルを対象としたeDNA定量メタバーコーディング解析も行った。その結果、湾内から多魚種の海水魚のみならず、淡水魚も検出され、湾レベルでの水平方向・鉛直方向両方における高解像度のeDNAビッグデータが集積された。

  16. ネイチャーポジティブ成長実現社会拠点

    近藤倫生, 片山知史, 村上弘章 他

    2023年3月 ～

  17. 環境DNAを用いた海産魚類の資源量および多様性の推定技術の確立

    村上弘章

    2016年4月 ～ 2017年2月

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社会貢献活動 7

  1. 環境DNAを用いた高知県吉野川と早明浦ダムの魚類相調査

    2020年8月5日 ～ 2020年8月6日

  2. RE:CONNECTウィークス

    2022年2月20日 ～

  3. 舞鶴市の小学生向けの京都大学舞鶴水産実験所の施設見学と地Qクイズイベント

    2021年10月22日 ～

  4. 舞鶴市 おさかな観察会とRE:CONNECT地Qクイズの出題

    2021年10月17日 ～

  5. The relationship between echo intensity of a sonar and environmental DNA of jack mackerel and anchovy in Maizuru Bay

    2021年2月17日 ～

  6. 嶺北高校生による吉野川水系の魚種調査共有会

    2020年11月16日 ～

  7. 舞鶴市の小学生の京都大学舞鶴水産実験所施設見学と釣り体験

    2020年9月27日 ～

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