研究者詳細

顔写真

サトウ　ユウスケ
佐藤　雄介
Yusuke Sato
所属
大学院理学研究科　化学専攻　無機・分析化学講座（分析化学研究室）
職名
准教授
学位

  • 博士（理学） （東北大学）

委員歴 2

  • 日本分析化学会東北支部　日本分析化学会東北支部幹事

    2010年4月 ～ 継続中

  • 日本分析化学会東北支部　日本分析化学会東北支部若手代表

    2016年4月 ～ 2022年3月

所属学協会 3

  • 日本膜学会

    2025年4月 ～ 継続中

  • 日本化学会

  • 日本分析化学会

研究キーワード 2

  • 生体機能関連化学

  • 分析化学

研究分野 1

  • ナノテク・材料 / 分析化学 /

受賞 8

  1. Outstanding Reviewer Award in Analytical Sciences 2025

    2026年3月　Analytical Sciences

  2. 第18回 中谷賞奨励賞

    2026年2月　公益財団法人 中谷財団　分子プローブによる革新的ナノベシクル計測技術の創製

  3. 令和6年度東北分析化学賞

    2024年12月　日本分析化学会東北支部

  4. 科学技術分野の文部科学大臣表彰若手科学者賞

    2021年4月

  5. 平成29年度進歩賞

    2018年3月　日本化学会　核酸構造特異的な蛍光プローブの創製と分析化学的応用

  6. 日本分析化学会2014年度奨励賞

    2014年9月18日　日本分析化学会

  7. 第２８回井上研究奨励賞

    2012年2月3日　井上科学振興財団

  8. 2009年度日本分析化学会東北支部奨励賞

    2009年12月　日本分析化学会東北支部

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論文 72

  1. Electrochemical Sensing of Charge-Neutral Antisense Oligonucleotides Using Hairpin Probes: A Case Study with Viltolarsen

    Yusuke Kanno, Kosuke Ino, Kon Son, Toshinori Fujie, Yusuke Sato, Shuzo Masui, Takasi Nisisako

    ACS Electrochemistry　2025年12月29日

    出版者・発行元： American Chemical Society (ACS)

    DOI： 10.1021/acselectrochem.5c00384 　

    ISSN：2997-0571

    eISSN：2997-0571

  2. Uptake of small extracellular vesicles by recipient cells is facilitated by paracrine adhesion signaling

    Koichiro M. Hirosawa, Yusuke Sato, Rinshi S. Kasai, Eriko Yamaguchi, Naoko Komura, Hiromune Ando, Ayuko Hoshino, Yasunari Yokota, Kenichi G. N. Suzuki

    Nature Communications　16　(1)　2025年3月12日

    出版者・発行元： Springer Science and Business Media LLC

    DOI： 10.1038/s41467-025-57617-9 　

    eISSN：2041-1723

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    Abstract Small extracellular vesicles (sEVs) play crucial roles in intercellular communication. However, the internalization of individual sEVs by recipient cells has not been directly observed. Here, we examined these mechanisms using state-of-the-art imaging techniques. Single-molecule imaging shows that tumor-derived sEVs can be classified into several subtypes. Simultaneous single-sEV particle tracking and observation of super-resolution movies of membrane invaginations in living cells reveal that all sEV subtypes are internalized via clathrin-independent endocytosis mediated by galectin-3 and lysosome-associated membrane protein-2C, while some subtypes that recruited raft markers are internalized through caveolae. Integrin β1 and talin-1 accumulate in recipient cell plasma membranes beneath all sEV subtypes. Paracrine, but not autocrine, sEV binding triggers Ca2+ mobilization induced by the activation of Src family kinases and phospholipase Cγ. Subsequent Ca2+-induced activation of calcineurin–dynamin promotes sEV internalization, leading to the recycling pathway. Thus, we clarified the detailed mechanisms of sEV internalization driven by paracrine adhesion signaling.

  3. Viral Membrane-Targeting Amphipathic Helical Peptide-Based Fluorogenic Probes for the Analysis of Infectious Titers of Enveloped Viruses

    Yusuke Sato, Yusaku Hatanaka, Yoshitaka Sato, Kota Matsumoto, Shion Osana, Ryoichi Nagatomi, Seiichi Nishizawa

    Analytical Chemistry　2025年1月22日

    出版者・発行元： American Chemical Society (ACS)

    DOI： 10.1021/acs.analchem.4c04852 　

    ISSN：0003-2700

    eISSN：1520-6882

  4. Design of triplex-forming peptide nucleic acid-based fluorescent probes for forced intercalation sensing of double-stranded RNA structures

    Yusuke Sato, Takaya Sato, En Ting Tabitha Lee, Toshiki Chiba, Takaaki Tanabe, Yukina Yoshino, Seiichi Nishizawa

    Analytical Sciences　41　(5)　531-539　2025年1月17日

    出版者・発行元： Springer Science and Business Media LLC

    DOI： 10.1007/s44211-024-00713-5 　

    ISSN：0910-6340

    eISSN：1348-2246

  5. Design of deep-red emissive forced intercalation-induced light-up peptide as an indicator for the HIV-1 TAR RNA-ligand assay: integration of benzo[c,d]indole-quinoline (BIQ) cyanine dye into Tat peptide

    Akunna Francess Ujuagu, Yusuke Sato, En Ting Tabitha Lee, Seiichi Nishizawa

    Analytical Sciences　40　(11)　2089-2095　2024年8月5日

    出版者・発行元： Springer Science and Business Media LLC

    DOI： 10.1007/s44211-024-00642-3 　

    ISSN：0910-6340

    eISSN：1348-2246

  6. Fine-tuning of highly bright benzo[c,d]indole-oxazolopyridine cyanine dye for nucleolar RNA imaging in living cells

    Nao Togashi, Masaaki Nagaoka, Kei Higuchi, Yukina Yoshino, Yawen Wu, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa

    Talanta Open　9　100308-100308　2024年8月

    出版者・発行元： Elsevier BV

    DOI： 10.1016/j.talo.2024.100308 　

    ISSN：2666-8319

  7. Immobilization of Liposomes into Porous Anodized Aluminum Oxide for On-Demand Release by Ultrasonic Irradiation: Implications for Drug Delivery

    Masahiro Okada, Yusuke Sato, Toshihiko Ogura, Tetsuji Itoh, Seiichi Nishizawa

    ACS Applied Nano Materials　7　(14)　17074-17080　2024年7月17日

    出版者・発行元： American Chemical Society (ACS)

    DOI： 10.1021/acsanm.4c03267 　

    ISSN：2574-0970

    eISSN：2574-0970

  8. Design of synthetic peptide-based fluorescence probes for turn-on detection of hyaluronan

    Xinyu Fan, Yusuke Sato, Yudai Shiraki, Seiichi Nishizawa

    Analytical Sciences　40　(4)　609-614　2024年1月12日

    出版者・発行元： Springer Science and Business Media LLC

    DOI： 10.1007/s44211-023-00491-6 　

    ISSN：0910-6340

    eISSN：1348-2246

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    Abstract Herein, we designed and examined a series of fluorescent peptide-based probes for turn-on detection of hyaluronan (HA), a member of the glycosaminoglycan family. We utilized two kinds of synthetic HA-binding peptides as the binding unit for HA, and each peptide was coupled with three kinds of environment-sensitive fluorophores as the signaling unit. From the examination of the peptides, fluorophores, and the position and number of fluorophore modification, we found that X7 peptide (RYPISRPRKR) labelled with an aggregation-induced emission (AIE) fluorogen, tetraphenylethene (TPE), at the N-terminal (named TPE-X7) did function as a light-up probe for HA. The response of TPE-X7 was highly selective to higher molecular weight HA in comparison with lower ones, having the possible potential for the analysis of HA size. TPE-X7 was also applicable to the quantification of HA in synovial fluids. Graphical abstract

  9. Albumin Hydrogel–Coated Mesoporous Silica Nanoparticle as a Carrier of Cationic Porphyrin and Ratiometric Fluorescence pH Sensor

    Hidetoshi Shinoda, Raiha Higano, Takashi Oizumi, Asako J. Nakamura, Toshio Kamijo, Mio Takahashi, Masaaki Nagaoka, Yusuke Sato, Akira Yamaguchi

    ACS Applied Bio Materials　7　(2)　1204-1213　2024年1月11日

    出版者・発行元： American Chemical Society (ACS)

    DOI： 10.1021/acsabm.3c01103 　

    ISSN：2576-6422

    eISSN：2576-6422

  10. Forced intercalation-induced light-up peptides as fluorogenic indicators for the HIV-1 TAR RNA-ligand assay

    En Ting Tabitha Lee, Yusuke Sato, Akunna F. Ujuagu, Seiichi Nishizawa

    The Analyst　149　(16)　4179-4186　2024年

    出版者・発行元： Royal Society of Chemistry (RSC)

    DOI： 10.1039/d4an00530a 　

    ISSN：0003-2654

    eISSN：1364-5528

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    New fluorogenic indicators for HIV-1 TAR RNA have been developed for fluorescence indicator displacement (FID) assay based on forced intercalation of thiazole orange unit integrated into the middle of transactivator of transcription (Tat) peptide.

  11. Evaluation of respiratory and secretory activities of multicellular spheroids via electrochemiluminescence imaging

    Kaoru Hiramoto, Keika Komatsu, Ryota Shikuwa, An Konno, Yusuke Sato, Ayumi Hirano-Iwata, Kosuke Ino, Hitoshi Shiku

    Electrochimica Acta　458　142507-142507　2023年8月

    出版者・発行元： Elsevier BV

    DOI： 10.1016/j.electacta.2023.142507 　

    ISSN：0013-4686

  12. Synthetic DNA binders for fluorescence sensing of thymine glycol-containing DNA duplexes and inhibition of endonuclease activity 査読有り

    Yusuke Sato, Yoshihide Takaku, Toshiaki Nakano, Ken Akamatsu, Dai Inamura, Seiichi Nishizawa

    Chemical communication　in press　2023年5月

    DOI： 10.1039/D3CC01501G 　

  13. Cationic Oligopeptides with Amino Groups as Synthetic Nucleolar Localization Signals for the Rational Design of Nucleolus-Staining Probes

    Michiyuki Suzuki, Yusuke Sato, Nao Togashi, Seiichi Nishizawa

    ACS Omega　8　(10)　9592-9596　2023年2月28日

    出版者・発行元： American Chemical Society (ACS)

    DOI： 10.1021/acsomega.3c00116 　

    ISSN：2470-1343

    eISSN：2470-1343

  14. Inhibition of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein–RNA interaction by guanosine oligomeric RNA

    Ryoya Sekine, Satsuki Tsuno, Hayato Irokawa, Kazuhiro Sumitomo, Tianxue Han, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa, Kouki Takeda, Shusuke Kuge

    The Journal of Biochemistry　173　(6)　447-457　2023年2月7日

    出版者・発行元： Oxford University Press (OUP)

    DOI： 10.1093/jb/mvad008 　

    ISSN：0021-924X

    eISSN：1756-2651

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    Abstract The interaction of the β-coronavirus severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) nucleocapsid (N) protein with genomic RNA is initiated by specific RNA regions and subsequently induces the formation of a continuous polymer with characteristic structural units for viral formation. We hypothesized that oligomeric RNAs, whose sequences are absent in the 29.9-kb genome sequence of SARS-CoV-2, might affect RNA–N protein interactions. We identified two such hexameric RNAs, In-1 (CCGGCG) and G6 (GGGGGG), and investigated their effects on the small filamentous/droplet-like structures (< a few μm) of N protein–genomic RNA formed by liquid–liquid phase separation. The small N protein structures were sequence-specifically enhanced by In-1, whereas G6 caused them to coalesce into large droplets. Moreover, we found that a guanosine 12-mer (G12, GGGGGGGGGGGG) expelled preexisting genomic RNA from the small N protein structures. The presence of G12 with the genomic RNA suppressed the formation of the small N protein structures, and alternatively apparently altered phase separation to induce the formation of large droplets with unclear phase boundaries. We showed that the N-terminal RNA-binding domain is required for the stability of the small N protein structures. Our results suggest that G12 may be a strong inhibitor of the RNA–N protein interaction.

  15. Self-Assembly and Disassembly of Membrane Curvature-Sensing Peptide-Based Deep-Red Fluorescent Probe for Highly Sensitive Sensing of Exosomes

    Kaito Ohira, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa

    ACS Sensors　8　(2)　522-526　2023年1月25日

    出版者・発行元： American Chemical Society (ACS)

    DOI： 10.1021/acssensors.2c02498 　

    ISSN：2379-3694

    eISSN：2379-3694

  16. Classical thiazole orange and its regioisomer as fluorogenic probes for nucleolar RNA imaging in living cells

    Mengmeng He, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa

    The Analyst　148　(3)　636-642　2023年

    出版者・発行元： Royal Society of Chemistry (RSC)

    DOI： 10.1039/d2an01804g 　

    ISSN：0003-2654

    eISSN：1364-5528

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    Thiazole orange (TO) performs as a promising fluorogenic dye for nucleolar RNA imaging in living cells. More interestingly, 2TO, a regioisomer of TO, performs much better and has superior selectivity for RNA in both solution and living cells.

  17. Kinetic analysis of highly effective triplex formation between a small molecule–peptide nucleic acid conjugate probe and the influenza A virus RNA promoter region at neutral pH

    Chioma Uche Okeke, Hiromasa Miura, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa

    Organic & Biomolecular Chemistry　21　(16)　3402-3410　2023年

    出版者・発行元： Royal Society of Chemistry (RSC)

    DOI： 10.1039/d3ob00262d 　

    ISSN：1477-0520

    eISSN：1477-0539

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    The binding of PNA–small molecule conjugate probes to IAV RNA was examined by means of a stopped-flow technique. It is highly likely that conjugation is the key factor to realize the effective triplex formation of PNA with natural nucleobases at neutral pH.

  18. Multiplex microRNA detection

    Yusuke Sato

    Analytical Sciences　38　(9)　1123-1124　2022年8月29日

    出版者・発行元： Springer Science and Business Media LLC

    DOI： 10.1007/s44211-022-00152-0 　

    ISSN：0910-6340

    eISSN：1348-2246

  19. Bright and Light-Up Sensing of Benzo[c,d]indole-oxazolopyridine Cyanine Dye for RNA and Its Application to Highly Sensitive Imaging of Nucleolar RNA in Living Cells

    Kei Higuchi, Yusuke Sato, Nao Togashi, Michiyuki Suzuki, Yukina Yoshino, Seiichi Nishizawa

    ACS Omega　7　(27)　23744-23748　2022年6月29日

    出版者・発行元： American Chemical Society (ACS)

    DOI： 10.1021/acsomega.2c02408 　

    ISSN：2470-1343

    eISSN：2470-1343

  20. Fluorescence Sensing of the Panhandle Structure of the Influenza A Virus RNA Promoter by Thiazole Orange Base Surrogate-Carrying Peptide Nucleic Acid Conjugated with Small Molecule. 国際誌 査読有り

    Yusuke Sato, Hiromasa Miura, Takaaki Tanabe, Chioma Uche Okeke, Akiko Kikuchi, Seiichi Nishizawa

    Analytical chemistry　94　(22)　7814-7822　2022年6月7日

    DOI： 10.1021/acs.analchem.1c05488 　

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    We have developed a new class of triplex-forming peptide nucleic acid (PNA)-based fluorogenic probes for sensing of the panhandle structure of the influenza A virus (IAV) RNA promoter region. Here, a small molecule (DPQ) capable of selectively binding to the internal loop structure was conjugated with triplex-forming forced intercalation of the thiazole orange (tFIT) probe with natural PNA nucleobases. The resulting conjugate, tFIT-DPQ, showed a significant light-up response (83-fold) upon strong (Kd = 107 nM) and structure-selective binding to the IAV RNA promoter region under physiological conditions (pH 7.0, 100 mM NaCl). We demonstrated the conjugation of these two units through the suitable spacer was key to show useful binding and fluorogenic signaling functions. tFIT-DPQ facilitated the sensitive and selective detection of IAV RNA based on its binding to the promoter region. Furthermore, we found that tFIT-DPQ could work as a sensitive indicator for screening of test compounds targeting the IAV RNA promoter region in the fluorescence indicator displacement assay.

  21. Triplex-Forming Peptide Nucleic Acid Probes Having Cyanine Base Surrogates for Fluorogenic Sensing of Double-Stranded RNA

    Seiichi NISHIZAWA, Takaya SATO, En Ting Tabitha LEE, Naonari SAKAMOTO, Toshiki CHIBA, Takaaki TANABE, Yukina YOSHINO, Yuki TAKAHASHI, Yusuke SATO

    BUNSEKI KAGAKU　71　(3)　133-144　2022年3月5日

    出版者・発行元： Japan Society for Analytical Chemistry

    DOI： 10.2116/bunsekikagaku.71.133 　

    ISSN：0525-1931

  22. Molecular Design of Fluorogenic Probes for Targeting rRNA: Indicator in FID Assay and Dye for Imaging of Nucleolar RNA in Living Cells

    Seiichi NISHIZAWA, En Ting Tabitha LEE, Yukina YOSHINO, Sayaka YAJIMA, Masafumi ROKUGAWA, Yusuke SATO

    BUNSEKI KAGAKU　70　(12)　703-714　2021年12月5日

    出版者・発行元： Japan Society for Analytical Chemistry

    DOI： 10.2116/bunsekikagaku.70.703 　

    ISSN：0525-1931

  23. Spectroscopic, thermodynamic and kinetic analysis of selective triplex formation by peptide nucleic acid with double‐stranded <scp>RNA</scp> over its <scp>DNA</scp> counterpart

    Takaya Sato, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa

    Biopolymers　113　(1)　2021年9月3日

    出版者・発行元： Wiley

    DOI： 10.1002/bip.23474 　

    ISSN：0006-3525

    eISSN：1097-0282

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    Abstract Unlike conventional triplex‐forming oligonucleotide (TFO), triplex‐forming peptide nucleic acid (PNA) can tightly bind with double‐stranded RNA (dsRNA) than double‐stranded DNA (dsDNA). Here, we performed spectroscopic, thermodynamic and kinetic experiments for triplex formation by PNA to examine different binding behaviors between PNA − dsRNA and PNA − dsDNA triplexes. We found 9‐mer PNA (cytosine content of 66%) formed the thermally stable triplex with dsRNA compared to dsDNA over a wide range of pH (5.5‐8.0), salt concentration (50‐500 mM NaCl). Both the calorimetric binding constant and the association rate constant for dsRNA were larger than those for dsDNA, indicating the favorable association process for the PNA − dsRNA triplex formation. Comparison with the DNA/RNA heteroduplexes revealed that the DNA strand was detrimental to the triplex stability for PNA, a contrasting result for conventional TFO. The keys underlying the difference in the triplex formation of PNA with different duplexes appear to be the conformational adoptability and the geometric compatibility of PNA to fit the deep, narrow major groove of dsRNA and the helical rigidity difference of the duplexes. Our results emphasize the importance of both the sugar puckering of the duplex and the appropriate conformational flexibility of PNA for the triplex formation.

  24. Fluorogenic Indicator for Targeting HIV-1 TAR RNA: Evaluation for Binging and Signaling Functions of Monomethine Cyanine Dye Thiazole Orange and Its Application to FID Assay

    Yoshiko ITO, Yusuke SATO, Norio TERAMAE, Seiichi NISHIZAWA

    BUNSEKI KAGAKU　70　(3)　149-157　2021年3月5日

    出版者・発行元： Japan Society for Analytical Chemistry

    DOI： 10.2116/bunsekikagaku.70.149 　

    ISSN：0525-1931

  25. Deep-red fluorogenic cyanine dyes carrying an amino group-terminated side chain for improved RNA detection and nucleolar RNA imaging

    Yusuke Sato, Yugo Igarashi, Michiyuki Suzuki, Kei Higuchi, Seiichi Nishizawa

    RSC Advances　11　(56)　35436-35439　2021年

    出版者・発行元： Royal Society of Chemistry (RSC)

    DOI： 10.1039/d1ra05872j 　

    eISSN：2046-2069

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    The introduction of an amino-group-terminated side chain into deep-red emissive benzo[c,d]indole–quinoline monomethine cyanine dye has led to the improved detection of RNAs as well as the imaging of nucleolar RNAs in cells.

  26. Chloro-Substituted Naphthyridine Derivative and Its Conjugate with Thiazole Orange for Highly Selective Fluorescence Sensing of an Orphan Cytosine in the AP Site-Containing Duplexes

    Chun-xia Wang, Yusuke Sato, Takashi Sugimoto, Norio Teramae, Seiichi Nishizawa

    Applied Sciences　10　(12)　4133-4133　2020年6月16日

    出版者・発行元： MDPI AG

    DOI： 10.3390/app10124133 　

    eISSN：2076-3417

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    Fluorescent probes with the binding selectivity to specific structures in DNAs or RNAs have gained much attention as useful tools for the study of nucleic acid functions. Here, chloro-substituted 2-amino-5,7-dimethyl-1,8-naphthyridine (ClNaph) was developed as a strong and highly selective binder for target orphan cytosine opposite an abasic (AP) site in the DNA duplexes. ClNaph was then conjugated with thiazole orange (TO) via an alkyl spacer (ClNaph–TO) to design a light-up probe for the detection of cytosine-related mutations in target DNA. In addition, we found the useful binding and fluorescence signaling of the ClNaph–TO conjugate to target C in AP site-containing DNA/RNA hybrid duplexes with a view toward sequence analysis of microRNAs.

  27. Design of Fluorescent Peptide Nucleic Acid Probes Carrying Cyanine Dyes for Targeting Double-Stranded RNAs for Analytical Applications

    Yusuke Sato

    Bulletin of the Chemical Society of Japan　93　(3)　406-413　2020年3月15日

    出版者・発行元： The Chemical Society of Japan

    DOI： 10.1246/bcsj.20190361 　

    ISSN：0009-2673

    eISSN：1348-0634

  28. Conjugating pyrene onto PNA-based fluorescent probes for improved detection selectivity toward double-stranded siRNA

    Yusuke Sato, Yuki Takahashi, Takaaki Tanabe, Seiichi Nishizawa

    Organic & Biomolecular Chemistry　18　(21)　4009-4013　2020年

    出版者・発行元： Royal Society of Chemistry (RSC)

    DOI： 10.1039/d0ob00794c 　

    ISSN：1477-0520

    eISSN：1477-0539

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    <p>PNA-based fluorescent probes conjugated with the pyrene unit exhibited the improved detection selectivity for double-stranded siRNA.</p>

  29. Amphipathic helical peptide-based fluorogenic probes for a marker-free analysis of exosomes based on membrane-curvature sensing

    Yusuke Sato, Kazuki Kuwahara, Kenta Mogami, Kenta Takahashi, Seiichi Nishizawa

    RSC Advances　10　(63)　38323-38327　2020年

    出版者・発行元： Royal Society of Chemistry (RSC)

    DOI： 10.1039/d0ra07763a 　

    eISSN：2046-2069

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    <p>Fluorogenic probes based on membrane curvature sensing-amphipathic helical peptides have been developed for a marker-free exosome analysis.</p>

  30. Small molecule–PNA oligomer conjugates for rRNA A-site at neutral pH for FID assays

    En Ting Tabitha Lee, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa

    Chemical Communications　56　(95)　14976-14979　2020年

    出版者・発行元： Royal Society of Chemistry (RSC)

    DOI： 10.1039/d0cc06084d 　

    ISSN：1359-7345

    eISSN：1364-548X

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    <p>A conjugation strategy was used to synthesize light-up probes for the bacterial rRNA A-site with strong binding affinity and selectivity.</p>

  31. Deep-Red Light-up Signaling of Benzo[c,d]indole–Quinoline Monomethine Cyanine for Imaging of Nucleolar RNA in Living Cells and for Sequence-Selective RNA Analysis

    Yukina Yoshino, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa

    Analytical Chemistry　91　(22)　14254-14260　2019年10月9日

    出版者・発行元： American Chemical Society (ACS)

    DOI： 10.1021/acs.analchem.9b01997 　

    ISSN：0003-2700

    eISSN：1520-6882

  32. Strong binding and off-on signaling functions of deep-red fluorescent TO-PRO-3 for influenza A virus RNA promoter region 査読有り

    Y. Sato, Y. Aiba, S. Yajima, T. Tanabe, K. Higuchi, S. Nishizawa

    ChemBioChem　20　2752-2756　2019年10月

  33. Programmable RNA Detection with a Fluorescent RNA Aptamer Using Optimized Three-way Junction Formation 査読有り

    Y. Furuhata, M. Kobayashi, R. Maruyama, Y. Sato, K. Makino, T. Michiue, H. Yui, S. Nishizawa, K. Yoshimoto

    RNA　25　(5)　590-599　2019年2月

    出版者・発行元：

    DOI： 10.1261/rna.069062.118 　

    ISSN：1355-8382

    eISSN：1469-9001

  34. Enhanced binding affinity of siRNA overhang-binding fluorescent probes by conjugation with cationic oligopeptides for the improved analysis of siRNA delivery process 査読有り

    Y. Sato, M. Kaneko, T. Sato, S. Nakata, Y. Takahashi, S. Nishizawa

    ChemBioChem　20　408-414　2019年2月

  35. Trimethine cyanine dyes as deep-red fluorescent indicators with high selectivity to the internal loop of the bacterial A-site RNA 査読有り

    Y. Sato, S. Yajima, A. Taguchi, K. Baba, M. Nakagomi, Y. Aiba, S. Nishizawa

    Chem. Commun.　55　3183-3186　2019年1月

  36. Design of a fluorogenic PNA probe capable of simultaneous recognition of 3’-overhang and double-stranded sequences of small interfering RNAs 査読有り

    T. Tanabe, T. Sato, Y. Sato, S. Nishizawa

    RSC Advances　8　42095-42099　2018年12月

  37. RNA結合性蛍光プローブの設計・合成と小分子RNA解析 査読有り

    佐藤雄介, 佐藤貴哉, 西澤精一

    分析化学　67　531-540　2018年9月

  38. Fluorescent trimethylated naphthyridine derivative with an aminoalkyl side chain as the tightest non-aminoglycoside ligand for the bacterial A-site RNA 査読有り

    Y. Sato, M. Rokugawa, S. Ito, S. Yajima, H. Sugawara, N. Teramae, S. Nishizawa

    Chem. Eur. J.　24　13862-13870　2018年9月

  39. Effect of Cavity Size of Mesoporous Silica on Short DNA Duplex Stability 査読有り

    Tsubasa Masuda, Yuuta Shibuya, Shota Arai, Sayaka Kobayashi, Sotaro Suzuki, Jun Kijima, Tetsuji Itoh, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa, Akira Yamaguchi

    Langmuir　34　(19)　5545-5550　2018年5月15日

    出版者・発行元： American Chemical Society

    DOI： 10.1021/acs.langmuir.8b00437 　

    ISSN：1520-5827 0743-7463

  40. Highly sensitive programmable RNA detection using fluorescent RNA aptamer 査読有り

    Furuhata Yuichi, Kobayahshi Mizuki, Maruyama Ryo, Sato Yusuke, Makino Kurumi, Michiue Tatsuo, Yui Hiroharu, Nishizawa Seiichi, Yoshimoto Keitaro

    ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY　255　2018年3月18日

    ISSN：0065-7727

  41. Improved boronate affinity electrophoresis by optimization of the running buffer for a single-step separation of piRNA from mouse testis total RNA 査読有り

    Yusuke Sato, Daijiro Iwasawa, Kuo Ping Hui, Rena Nakagomi, Seiichi Nishizawa

    Analytical Sciences　34　(5)　627-630　2018年

    出版者・発行元： Japan Society for Analytical Chemistry

    DOI： 10.2116/analsci.17N024 　

    ISSN：1348-2246 0910-6340

  42. Red-emissive triplex-forming PNA probes carrying cyanine base surrogates for fluorescence sensing of double-stranded RNA 査読有り

    Toshiki Chiba, Takaya Sato, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa

    ORGANIC & BIOMOLECULAR CHEMISTRY　15　(37)　7765-7769　2017年10月

    DOI： 10.1039/c7ob02077e 　

    ISSN：1477-0520

    eISSN：1477-0539

  43. Optimization of the Alkyl Linker of TO Base Surrogate in Triplex-Forming PNA for Enhanced Binding to Double-Stranded RNA 査読有り

    Takaya Sato, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa

    CHEMISTRY-A EUROPEAN JOURNAL　23　(17)　4079-4088　2017年3月

    DOI： 10.1002/chem.201604676 　

    ISSN：0947-6539

    eISSN：1521-3765

  44. Triplex-Forming Peptide Nucleic Acid Probe Having Thiazole Orange as a Base Surrogate for Fluorescence Sensing of Double-stranded RNA 査読有り

    Takaya Sato, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa

    JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY　138　(30)　9397-9400　2016年8月

    DOI： 10.1021/jacs.6b05554 　

    ISSN：0002-7863

  45. Pteridine derivatives modified with a guanidine for binding and sensing an orphan guanine in RNA duplexes 査読有り

    Yusuke Sato, Takahiro Asami, Yu Toriyabe, Takaya Sato, Norio Teramae, Seiichi Nishizawa

    Chemistry Letters　45　(8)　982-984　2016年

    出版者・発行元： Chemical Society of Japan

    DOI： 10.1246/cl.160425 　

    ISSN：1348-0715 0366-7022

  46. Lysine linkage in abasic site-binding ligand-thiazole orange conjugates for improved binding affinity to orphan nucleobases in DNA/RNA hybrids 査読有り

    Yusuke Sato, Hiroki Saito, Daisuke Aoki, Norio Teramae, Seiichi Nishizawa

    CHEMICAL COMMUNICATIONS　52　(100)　14446-14449　2016年

    DOI： 10.1039/c6cc07236d 　

    ISSN：1359-7345

    eISSN：1364-548X

  47. Fluorescence Imaging of siRNA Delivery by Peptide Nucleic Acid-based Probe 査読有り

    Takaya Sato, Yusuke Sato, Kenta Iwai, Shusuke Kuge, Norio Teramae, Seiichi Nishizawa

    ANALYTICAL SCIENCES　31　(4)　315-320　2015年4月

    DOI： 10.2116/analsci.31.315 　

    ISSN：0910-6340

    eISSN：1348-2246

  48. A label-free and sensitive fluorescent method for the detection of uracil-DNA glycosylase activity 査読有り

    Jing Tao, Panshu Song, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae, Aijun Tong, Yu Xiang

    CHEMICAL COMMUNICATIONS　51　(5)　929-932　2015年

    DOI： 10.1039/c4cc06170e 　

    ISSN：1359-7345

    eISSN：1364-548X

  49. Synthetic fluorescent probes capable of selective recognition of 3 '-overhanging nucleotides for siRNA delivery imaging 査読有り

    Takaya Sato, Yusuke Sato, Kenta Iwai, Shusuke Kuge, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae

    CHEMICAL COMMUNICATIONS　51　(8)　1421-1424　2015年

    DOI： 10.1039/c4cc08800j 　

    ISSN：1359-7345

    eISSN：1364-548X

  50. Trinucleotide duplex formation inside a confined nanospace under supercooled conditions 査読有り

    Hiroyuki Arafune, Akira Yamaguchi, Manato Namekawa, Yusuke Sato, Tetsuji Itoh, Ryoko Yoshida, Norio Teramae

    NATURE COMMUNICATIONS　5　2014年10月

    DOI： 10.1038/ncomms6151 　

    ISSN：2041-1723

  51. Abasic site-binding ligands conjugated with cyanine dyes for "off-on" fluorescence sensing of orphan nucleobases in DNA duplexes and DNA-RNA hybrids 査読有り

    Yusuke Sato, Megumi Kudo, Yu Toriyabe, Shota Kuchitsu, Chun-Xia Wang, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae

    CHEMICAL COMMUNICATIONS　50　(5)　515-517　2014年

    DOI： 10.1039/c3cc47717g 　

    ISSN：1359-7345

    eISSN：1364-548X

  52. The effect of LNA nucleobases as enhancers for the binding of amiloride to an abasic site in DNA/DNA and DNA/RNA duplexes 査読有り

    Yusuke Sato, Tetsushi Sato, Takaya Sato, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae

    ORGANIC & BIOMOLECULAR CHEMISTRY　12　(37)　7250-7256　2014年

    DOI： 10.1039/c4ob00977k 　

    ISSN：1477-0520

    eISSN：1477-0539

  53. Rational Design for Cooperative Recognition of Specific Nucleobases Using β-Cyclodextrin-Modified DNAs and Fluorescent Ligands on DNA and RNA Scaffolds 査読有り

    Akika Futamura, Asuka Uemura, Takeshi Imoto, Yusuke Kitamura, Hirotaka Matsuura, Chun-Xia Wang, Toshiki Ichihashi, Yusuke Sato, Norio Teramae, Seiichi Nishizawa, Toshihiro Ihara

    Chemistry-An European Journal　19　(32)　10526-10535　2013年8月

    DOI： 10.1002/chem.201300985 　

    ISSN：0947-6539

    eISSN：1521-3765

  54. Competitive Binding of Abasic Site-Binding Ligands and Masking Ligands to DNA Duplexes for the Analysis of Single-Base Mutation 査読有り

    Yusuke Sato, Tomoe Kageyama, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae

    ANALYTICAL SCIENCES　29　(1)　15-19　2013年1月

    DOI： 10.2116/analsci.29.15 　

    ISSN：0910-6340

  55. 2,4-Diamino-6,7-dimethylpteridine as a fluorescent ligand for binding and sensing an orphan cytosine in RNA duplexes 査読有り

    Yusuke Sato, Yu Toriyabe, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae

    CHEMICAL COMMUNICATIONS　49　(85)　9983-9985　2013年

    DOI： 10.1039/c3cc46085a 　

    ISSN：1359-7345

  56. Competitive Assay for Theophylline Based on an Abasic Site-Containing DNA Duplex Aptamer and a Fluorescent Ligand 査読有り

    Yusuke Sato, Yushuang Zhang, Seiichi Nishizawa, Takehiro Seino, Kodai Nakamura, Minjie Li, Norio Teramae

    CHEMISTRY-A EUROPEAN JOURNAL　18　(40)　12719-12724　2012年10月

    DOI： 10.1002/chem.201201298 　

    ISSN：0947-6539

  57. Ratiometric Fluorescent Signaling of Small Molecule, Environmentally Sensitive Dye Conjugates for Detecting Single-Base Mutations in DNA 査読有り

    Chun-xia Wang, Yusuke Sato, Megumi Kudo, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae

    CHEMISTRY-A EUROPEAN JOURNAL　18　(31)　9481-9484　2012年7月

    DOI： 10.1002/chem.201200219 　

    ISSN：0947-6539

  58. Base Pairing at the Abasic Site in DNA Duplexes and Its Application in Adenosine Aptasensors 査読有り

    Yuanfeng Pang, Zhiai Xu, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae

    CHEMBIOCHEM　13　(3)　436-442　2012年2月

    DOI： 10.1002/cbic.201100666 　

    ISSN：1439-4227

  59. Highly selective binding of naphthyridine with a trifluoromethyl group to cytosine opposite an abasic site in DNA duplexes 査読有り

    Yusuke Sato, Yushuang Zhang, Takehiro Seino, Takashi Sugimoto, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae

    ORGANIC & BIOMOLECULAR CHEMISTRY　10　(20)　4003-4006　2012年

    DOI： 10.1039/c2ob25513h 　

    ISSN：1477-0520

  60. Strong and Selective Binding of Amiloride to an Abasic Site in RNA Duplexes: Thermodynamic Characterization and MicroRNA Detection 査読有り

    Yusuke Sato, Toshiki Ichihashi, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae

    ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION　51　(26)　6369-6372　2012年

    DOI： 10.1002/anie.201201790 　

    ISSN：1433-7851

  61. Label-Free Molecular Beacon System Based on DNAs Containing Abasic Sites and Fluorescent Ligands That Bind Abasic Sites 査読有り

    Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae

    CHEMISTRY-A EUROPEAN JOURNAL　17　(41)　11650-11656　2011年10月

    DOI： 10.1002/chem.201100384 　

    ISSN：0947-6539

  62. Fluorescent aptasensors based on conformational adaptability of abasic site-containing aptamers in combination with abasic site-binding ligands 査読有り

    Zhiai Xu, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae

    BIOSENSORS & BIOELECTRONICS　26　(12)　4733-4738　2011年8月

    DOI： 10.1016/j.bios.2011.05.051 　

    ISSN：0956-5663

  63. Fluorescent trimethyl-substituted naphthyridine as a ligand for C-C mismatch detection in CCG trinucleotide repeats 査読有り

    Yusuke Sato, Atsuko Honjo, Daisuke Ishikawa, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae

    CHEMICAL COMMUNICATIONS　47　(20)　5885-5887　2011年

    DOI： 10.1039/c1cc11370d 　

    ISSN：1359-7345

  64. Enhancement in fluorescence response by a quencher for amiloride upon binding to thymine opposite an abasic site in a DNA duplex 査読有り

    Yusuke Sato, Jing Tian, Toshiki Ichihashi, Yuka Chinda, Zhiai Xu, Yuanfeng Pang, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae

    ANALYTICA CHIMICA ACTA　675　(1)　49-52　2010年8月

    DOI： 10.1016/j.aca.2010.06.042 　

    ISSN：0003-2670

  65. Effect of the bases flanking an abasic site on the recognition of nucleobase by amiloride 査読有り

    Arivazhagan Rajendran, Chunxia Zhao, Burki Rajendar, Viruthachalam Thiagarajan, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae

    BIOCHIMICA ET BIOPHYSICA ACTA-GENERAL SUBJECTS　1800　(6)　599-610　2010年6月

    DOI： 10.1016/j.bbagen.2010.03.007 　

    ISSN：0304-4165

  66. Effect of substituents of alloxazine derivatives on the selectivity and affinity for adenine in AP-site-containing DNA duplexes 査読有り

    Burki Rajendar, Arivazhagan Rajendran, Zhiqiang Ye, Eriko Kanai, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa, Marek Sikorski, Norio Teramae

    ORGANIC & BIOMOLECULAR CHEMISTRY　8　(21)　4949-4959　2010年

    DOI： 10.1039/c0ob00057d 　

    ISSN：1477-0520

  67. Abasic site-based DNA aptamers for analytical applications 招待有り 査読有り

    Seiichi Nishizawa, Yusuke Sato, Zhiai Xu, Kotaro Morita, Minjie Li, Norio Teramae

    SUPRAMOLECULAR CHEMISTRY　22　(7-8)　467-476　2010年

    DOI： 10.1080/10610278.2010.484865 　

    ISSN：1061-0278

  68. Signal-Off and Signal-On Design for a Label-Free Aptasensor Based on Target-Induced Self-Assembly and Abasic-Site-Binding Ligands 査読有り

    Zhiai Xu, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae

    CHEMISTRY-A EUROPEAN JOURNAL　15　(40)　10375-10378　2009年

    DOI： 10.1002/chem.200901226 　

    ISSN：0947-6539

  69. Label-free aptamer-based sensor using abasic site-containing DNA and a nucleobase-specific fluorescent ligand 査読有り

    Zhiai Xu, Kotaro Morita, Yusuke Sato, Qing Dai, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae

    CHEMICAL COMMUNICATIONS　(42)　6445-6447　2009年

    DOI： 10.1039/b908345f 　

    ISSN：1359-7345

  70. Improvement of base selectivity and binding affinity by controlling hydrogen bonding motifs between nucleobases and isoxanthopterin: Application to the detection of T/C mutation 査読有り

    Burki Rajendar, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae

    BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY LETTERS　17　(13)　3682-3685　2007年7月

    DOI： 10.1016/j.bmcl.2007.04.033 　

    ISSN：0960-894X

  71. Enhancement of the binding ability of a ligand for nucleobase recognition by introducing a methyl group 査読有り

    Q Dai, CY Xu, Y Sato, K Yoshimoto, S Nishizawa, N Teramae

    ANALYTICAL SCIENCES　22　(2)　201-203　2006年2月

    ISSN：0910-6340

  72. Electrochemical SNPs detection using an abasic site-containing DNA on a gold electrode 査読有り

    Kotaro Morita, N. B. Sankaran, Weimin Huang, Takehiro Seino, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae

    CHEMICAL COMMUNICATIONS　(22)　2376-2378　2006年

    DOI： 10.1039/b517391d 　

    ISSN：1359-7345

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MISC 18

  1. Triplex-Forming Peptide Nucleic Acid Probe Having Thiazole Orange as a Base Surrogate for Fluorescence Sensing of Double-stranded RNA (vol 138, pg 9397, 2016)

    Takaya Sato, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa

    JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY　139　(9)　3567-3567　2017年3月

    DOI： 10.1021/jacs.7b01636 　

    ISSN： 0002-7863

  2. RNA二重鎖を読み解く新技術－三重鎖核酸形成を利用する蛍光プローブ

    佐藤貴哉, 佐藤雄介, 西澤精一

    月刊「化学」　72　(4)　47-52　2017年

    出版者・発行元： 化学同人

    ISSN： 0451-1964

  3. RNA解析・イメージングのための蛍光性核酸プローブの分子設計

    佐藤貴哉, 佐藤雄介, 西澤精一

    ぶんせき　2017　(10)　459-463　2017年

    出版者・発行元： 日本分析化学会

    ISSN： 0386-2178

  4. Recent Progress in Abasic Site-binding Small Molecules for Detecting Single-base Mutations in DNA

    Seiichi Nishizawa, Yusuke Sato, Norio Teramae

    Analytical Sciences　30　(1)　137-142　2014年1月10日

    DOI： 10.2116/analsci.30.137 　

    ISSN： 0910-6340

    eISSN： 1348-2246

  5. シクロデキストリン修飾DNA複合体の協同的塩基認識デザイン

    二村朱香, 伊本剛, 北村裕介, 佐藤雄介, 西澤精一, 井原敏博

    シクロデキストリンシンポジウム講演要旨集　30th　184-185　2013年8月27日

  6. 核酸分析を指向した協同的塩基認識プログラム

    二村朱香, 伊本剛, 北村裕介, 西澤精一, 佐藤雄介, 寺前紀夫, 井原敏博

    分析化学討論会講演要旨集　72nd　6　2012年5月5日

  7. 核酸を足場とした特異的塩基認識機構のプログラミング

    二村朱香, 伊本剛, 北村裕介, 城昭典, 西澤精一, 佐藤雄介, 寺前紀夫, 井原敏博

    日本化学会講演予稿集　92nd　(3)　1047　2012年3月9日

    ISSN： 0285-7626

  8. Influence of substituent modifications on the binding of 2-amino-1,8-naphthyridines to cytosine opposite an AP site in DNA duplexes: thermodynamic characterization

    Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa, Keitaro Yoshimoto, Takehiro Seino, Toshiki Ichihashi, Kotaro Morita, Norio Teramae

    NUCLEIC ACIDS RESEARCH　37　(5)　1411-1422　2009年4月

    DOI： 10.1093/nar/gkn1079 　

    ISSN： 0305-1048

    eISSN： 1362-4962

  9. Small-Molecule Binding at an Abasic Site of DNA: Strong Binding of Lumiflavin for Improved Recognition of Thymine-Related Single Nucleotide Polymorphisms

    N. B. Sankaran, Yusuke Sato, Fuyuki Sato, Burki Rajendar, Kotaro Morita, Takehiro Seino, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae

    JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　113　(5)　1522-1529　2009年2月

    DOI： 10.1021/jp808576t 　

    ISSN： 1520-6106

  10. 2-Aminopurine-Modified Abasic-Site-Containing Duplex DNA for Highly Selective Detection of Theophylline

    Minjie Li, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa, Takehiro Seino, Kodai Nakamura, Norio Teramae

    JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY　131　(7)　2448-+　2009年2月

    DOI： 10.1021/ja8095625 　

    ISSN： 0002-7863

  11. Effect of methyl substitution in a ligand on the selectivity and binding affinity for a nucleobase: A case study with isoxanthopterin and its derivatives

    Burki Rajendar, Arivazhagan Rajendran, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae

    BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY　17　(1)　351-359　2009年1月

    DOI： 10.1016/j.bmc.2008.10.062 　

    ISSN： 0968-0896

  12. Fluorescence and electrochemical detection of pyrimidine/purine transversion by a ferrocenyl aminonaphthyridine derivative

    Kotaro Morita, Yusuke Sato, Takehiro Seino, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae

    ORGANIC & BIOMOLECULAR CHEMISTRY　6　(2)　266-268　2008年

    DOI： 10.1039/b716682f 　

    ISSN： 1477-0520

  13. Development of label-free molecular beacons based on abasic sitebinding fluorescence molecules

    Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae

    Nucleic Acids Symp. Ser.　52　(46)　121-122　2008年

    DOI： 10.1093/nass/nrn062 　

  14. Competitive binding of small ligands to nucleobases in AP site-containing DNA duplexes

    Tomoe Kageyama, Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae

    Nucleic Acids Symp. Ser.　52　(46)　119-120　2008年

    DOI： 10.1093/nass/nrn061 　

  15. Effect of an alkyl amino group on the binding of 1,8-naphthyridines to AP site-containing DNA duplexes

    Toshiki Ichihashi, Yusuke Sato, Takehiro Seino, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae

    Nucleic Acids Symp. Ser.　52　(46)　117-118　2008年

    DOI： 10.1093/nass/nrn060 　

  16. Electrochamical and fluorescence detection of cytosine-related SNPs using ferrocenyl naphthyridine derivative

    Kotaro Morita, Yusuke Sato, Takehiro Seino, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae

    Nucleic Acids Symp. Ser.　51　295-296　2007年

  17. Strong binding of naphthyridine derivatives to cytosine in an AP site-containing DNA duplex and their application to fluorescence detection of single nucleotide polymorphisms

    Yusuke Sato, Takehiro Seino, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae

    Nucleic Acids Symp. Ser.　51　313-314　2007年

  18. Thermodynamic characterization of the binding of naphthyridines to AP site-containing DNA duplexes

    Yusuke Sato, Takehiro Seino, Seiichi Nishizawa, Norio Teramae

    Nucleic Acids Symp. Ser.　50　219-220　2006年

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講演・口頭発表等 22

  1. Design of fluorescent peptide probes for exosome detection

    佐藤 雄介

    第10回日本RNAi研究会・第5回日本細胞外小胞学会　2018年8月30日

  2. RNA・エクソソームの構造的特徴に着目した分子プローブの設計と応用 招待有り

    佐藤 雄介

    第36回九州分析化学若手の会夏季セミナー　2018年7月27日

  3. 両親媒性αヘリックスをベースとしたエクソソーム解析プローブの開発 招待有り

    佐藤 雄介

    第35回無機・分析化学コロキウム　2018年6月2日

  4. Design of Fluorescent Probes Capable of Binding to the Specific Sites in Nucleic Acids and Their Analytical Application 招待有り

    佐藤 雄介

    日本化学会第98春季年会　2018年3月22日

  5. RNA 構造を識別する分子プローブの設計と応用

    佐藤雄介

    第21回次世代医工学研究会　2017年9月14日

  6. Design of siRNA overhanging structure-selective fluorescent probes 国際会議

    Yusuke Sato, Seiichi Nishizawa

    RSC Tokyo International Conference 2017　2017年9月7日

  7. RNA・エキソソームを認識する分析プローブの開発

    佐藤雄介

    平成29年度日本分析化学会東北支部若手交流会　2017年7月14日

  8. RNA構造を識別する蛍光性ペプチド核酸プローブの開発

    佐藤雄介

    第77回分析化学討論会　2017年5月27日

  9. Synthetic fluorescent probes capable of selective binding to 3’-overhanging structures in double stranded RNAs for RNA interference study

    Yusuke Sato

    第54回日本生物物理学会年会　2016年11月25日

  10. 細胞内siRNA解析を目指したペプチド核酸プローブの開発：カチオン性オリゴペプチド導入による機能改良

    佐藤雄介, 佐藤貴哉, 金子充雅, 西澤精一

    日本分析化学会年会第65年会　2016年9月14日

  11. Design of siRNA-binding fluorescent probes for siRNA delivery analysis 国際会議

    Yusuke Sato, Takaya Sato, Mitsumasa Kaneko, Seiichi Nishizawa

    RNA2016　2016年6月28日

  12. RNA構造を識別する蛍光性分子の開発

    佐藤雄介

    第33回無機・分析化学コロキウム　2016年6月3日

  13. siRNAデリバリー過程解析を指向した蛍光性プローブの開発

    佐藤雄介, 佐藤貴哉, 金子充雅, 西澤精一

    第16回遺伝子デリバリー研究会シンポジウム　2016年5月16日

  14. 核酸特定部位に結合する蛍光性分子の開発とその分析化学的応用

    日本分析化学会第63年会　2014年9月17日

  15. 蛍光性プテリジン誘導体によるRNA一塩基識別

    第74回分析化学討論会　2014年5月24日

  16. 細胞内RNA解析を指向した蛍光性プローブの開発

    生物物理学会 東北支部会2013　2013年12月13日

  17. 細胞内siRNA解析を指向した蛍光性プローブの開発

    日本分析化学会第62年会　2013年9月10日

  18. Label-free DNA aptasensors based on abasic site-binding fluoescence molecules 国際会議

    Y. Sato, Z. Xu, S. Nishizawa, N. Teramae

    平成21年度日本分光学会年次講演会　2009年11月16日

  19. Affinity labeling based on abasic site-binding fluorescent molecules 国際会議

    Y. Sato, S. Nishizawa, N. Teramae

    The 6th International Foroum on CHemistry of Functional Organic Chemicals Period　2009年11月15日

  20. 疎水場感受性蛍光色素を有するナフチリジン誘導体を用いた(CNG)nトリヌクレオチドリピート高感度蛍光検出

    佐藤雄介, 本城温子, 石川大佑, 西沢精一, 寺前紀夫

    分析化学会第58年会　2009年9月24日

  21. ジアミノピラジン誘導体/脱塩基部位含有RNA二十差相互作用解析と小分子RNA検出

    佐藤雄介, 市橋俊希, 西沢精一, 寺前紀夫

    第24回生体機能関連化学シンポジウム　2009年9月13日

  22. DNA二重鎖/リガンド相互作用を用いたアフィニティラベル化法の開発

    佐藤雄介, 西沢精一, 寺前紀夫

    平成21年度東日本分析若手交流会　2009年7月3日

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産業財産権 3

  1. RNAが脂質膜に内包された製剤の品質管理技術の開発

    佐藤雄介, 西澤精一, 永富良一

    産業財産権の種類: 特許権

  2. ウイルスRNAの複製と転写を阻害する複合体

    佐藤雄介, 西澤精一, 田邊貴昭, 三浦弘真, オケケ シオマ ウシュ, 川口敦史

    産業財産権の種類: 特許権

  3. RNA検出用蛍光色素及びその使用方法

    西澤精一, 佐藤雄介, 芳野幸奈, 富樫奈央, 樋口啓

    産業財産権の種類: 特許権

共同研究・競争的資金等の研究課題 20

  1. エンベロープウイルス粒子に結合する分子プローブの創製とウイルス機能解析技術への応用

    佐藤 雄介

    2024年 ～ 2030年

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    本研究では、エンベロープウイルスの普遍的な構造、すなわち「エンベロープ内にゲノムが内包されている」構造を特異的に認識する分子プローブを設計・合成し、これらプローブを用いたウイルス粒子解析技術を創出することを目指します。ウイルス構成分子を解析する既存技術とは質的に異なり、ウイルス粒子構造を標的とする新たな分析技術を構築し、ウイルス機能解析・不均一性解明・可視化・創薬に展開しうる基盤技術を開拓します。

  2. レーザーフィラメンテーションによるDNA損傷生成と細胞照射効果の機構解明

    赤松 憲, 中野 敏彰, 遠藤 友随, 佐藤 雄介

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    研究機関：National Institutes for Quantum Science and Technology

    2024年4月1日 ～ 2028年3月31日

  3. 分子プローブによる膜小胞産生細菌スクリーニング技術の創製

    佐藤 雄介

    2025年4月 ～ 2028年3月

  4. 精密迅速ウイルス感染力評価を指向した蛍光偏光応答性プローブの創製

    佐藤雄介

    2024年4月 ～ 2026年3月

  5. RNA標的創薬探索を指向した近赤外蛍光off-on型インジケーターの創出

    佐藤 雄介

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    研究機関：Tohoku University

    2022年4月1日 ～ 2025年3月31日

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    本研究の目的はRNAを標的とした創薬候補分子探索（スクリーニング）に資する新規な蛍光性インジケーターを開発することにある。RNA標的創薬スクリーニングにおいて、標的RNAに対する優れた結合能と結合に伴う蛍光応答を示すインジケーターに基づくFluorescence indicator displacement (FID)法は検出感度、コストにおいて優秀性があるとともに、ハイスループットなアッセイが可能である利点がある一方で、既存のインジケーターでは蛍光特性に大きな課題があるのが現状である。本研究では、これら既存インジケーターの課題を克服した、近赤外領域で明瞭なoff-on型応答を示す蛍光インジケーターの設計指針を確立し、その基礎と有用性を実証することを試みる。 本年度は昨年度得られた結果を踏まえて、ヒト免疫不全ウイルスHIVのTAR RNAに結合するTatペプチドを基盤として、Thiazole orange (TO)を導入する位置やペプチド連結に用いるリンカー長を変化させた一連のプローブの基礎性能を評価した。その結果、これらがTAR RNA結合能および蛍光応答能に極めて大きな影響を及ぼすことが分かり、優れたインジケーター開発におけるプローブ設計指針を得ることが出来た。最適化したプローブを用いて、TAR RNAに対するFID法を構築し、評価したところ、既存のFRETプローブや汎用されている小分子プローブとは異なり、TAR RNA結合に競合しうる候補分子を選択的に検出しうる可能性が示唆された。また、近赤外領域でforced intercalationによるlight-up応答能を示す色素としてbenzo[c,d]indoleが有用であることを見出した。

  6. RNA標的創薬探索を指向した近赤外蛍光off-on型インジケーターの創出

    佐藤 雄介

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    研究機関：Tohoku University

    2022年4月 ～ 2025年3月

  7. 表面化学構造に基づくエクソソームのサブクラス分離

    久保 拓也, 佐藤 雄介

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Challenging Research (Pioneering)

    研究機関：Kyoto University

    2020年7月30日 ～ 2023年3月31日

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    本研究では，エクソソームの糖鎖機能解明を目指し，レクチン固定化SPMの作製および評価と，作製したSPMを用いたエクソソームのレクチンアフィニテークロマトグラフィー (LAC) を行った。エクソソームの化学特性を規定する条件の一つである糖鎖構造に着目し，膜表面の糖鎖構造を利用した新規分離手法の開発に着手した。Poly(ethylene-co-glycidylmethacrylate) (PEGM) を基材とするSPM (PEGM-SPM) 表面に対して，sambucus sieboldiana agglutinin (SSA) またはconcanavalin A (ConA) を導入したカラムを作製し，HPLC (High Performance Liquid Chromatography) を用いて，各カラムにおけるエクソソームの分離選択性を評価した。PEGM-SPMをテフロン素材の中空カラムに充填し，SSAまたは ConA溶液 (2 mg/mL) を封入した後，40 °Cで24 hインキュベートすることでレクチン固定化カラムを作製した。さらに，エクソソームの疎水性相互作用による非特異吸着を抑制するため，親水性ポリマーであるpolyvinylpyrrolidone で，SPMの疎水性表面をブロッキングした。作製したカラムを汎用のHPLCシステムに導入し，エクソソームに対するLAC測定を行った。その結果，エクソソームの一部がそれぞれのカラムに選択的に保持され，移動相へのhapten糖の添加によって，保持されたエクソソームを回収することが出来た。さらに回収したエクソソームについてLC-MS/MSによるプロテオーム解析を行ったところ，それぞれのカラムから溶出したエクソソームの構成タンパク質群が，大きく異なることが明らかとなった。これらの結果から，膜表面糖鎖種に基づくエクソソームのサブクラス分離に成功したことが示唆された。

  8. 蛍光プローブの結合反応に基づくエクソソーム性質解析 競争的資金

    佐藤 雄介

    2019年10月 ～ 2023年3月

  9. エクソソームの構造的特徴を捉える蛍光プローブの創出とマーカーフリー解析への応用 競争的資金

    佐藤 雄介

    2019年4月 ～ 2021年3月

  10. 小分子RNA二重鎖イメージングを可能にする超高親和性近赤外蛍光プローブの開発 競争的資金

    佐藤 雄介

    2017年4月 ～ 2020年3月

  11. ペプチド鎖を活用する超高親和性RNA結合リガンドの創成と応用

    西澤 精一, 佐藤 雄介

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    研究機関：Tohoku University

    2016年4月1日 ～ 2019年3月31日

    詳細を見る 詳細を閉じる

    ノンコーディングRNAの高感度検出と生細胞内可視化のためのケミカルプローブとして、siRNAの細胞内デリバリー過程を可視化しうる高親和性蛍光プローブを提案した（ChemBioChem 2019）。また、二重鎖RNAの塩基配列を検出しうる三重鎖形成ペプチド核酸プローブを提案した（J. Am. Chem. Soc. 2016; Chem. Eur. J. 2017 etc）。さらに、rRNAのA-site に対する蛍光プローブを開発、阻害剤スクリーニング（FID法）における蛍光インジケーターとしての活用を提案した（Chem. Eur. J. 2018; Chem. Commun. 2019）。

  12. siRNA創薬の細胞内デリバリーイメージングを指向したRNA結合性蛍光プローブの開発

    佐藤雄介

    2017年4月 ～ 2018年3月

  13. 高曲率膜を識別するペプチドプローブの開発とエキソソーム解析への応用 競争的資金

    佐藤 雄介

    2016年4月 ～ 2018年3月

  14. 細胞内RNA二重鎖構造を標的とした蛍光可視化プローブの開発

    佐藤雄介

    2015年4月 ～ 2016年3月

  15. ノンコーディングＲＮＡを標的とする蛍光検出リガンドの創製と応用

    西澤 精一, 佐藤 雄介

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    研究機関：Tohoku University

    2012年4月1日 ～ 2015年3月31日

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    本研究では、ノンコーディングRNA研究に寄与しうる新しい分析手法として、ヒト免疫不全ウイルス（HIV）のtrans-activation responsive region RNA及びC型肝炎ウイルスRNAのinternal ribosome entry site（IRES）と結合しうる蛍光性リガンドを見出し、これに基づく転写阻害物質のスクリーニング法を提案した。 さらに、microRNA検出のためのlight-up型の蛍光性リガンドを開発するとともに、細胞内RNA可視化のためのバイオプローブとして、small interfering RNAを標的とする蛍光プローブを開発することに成功した。

  16. 極微量小分子ＲＮＡを網羅的に解析する次世代型核酸アレイチップの開発

    寺前 紀夫, 山口 央, 西澤 精一, 佐藤 雄介, 徐 志愛

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (S)

    研究機関：Tohoku University

    2010年4月1日 ～ 2015年3月31日

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    小分子RNA解析を指向したリガンド開発に関しては、RNAまたはDNA/RNA二重鎖中の脱塩基部位（AP site）対面塩基（全4種類）を識別しうるリガンド構造の同定およびlight-up蛍光応答型コンジュゲートの開発に成功した。一方で、小分子RNA解析場となるナノ細孔内の特異的な特性を明らかにし、細孔内への物質移動および動態を解析しうる光導波路法を開発した。さらに、ナノ細孔内過冷却環境下でのAP site含有核酸/リガンド相互作用を用いることで、数10amol程度の標的核酸検出および一塩基識別しうる可能性を見出した。

  17. siRNA を標的とする蛍光性リガンドの創成と細胞内解析への応用 競争的資金

    佐藤 雄介

    2012年4月 ～ 2014年3月

  18. 細胞膜透過性を有するsiRNA検出用蛍光プローブの開発

    2013年4月 ～

  19. 蛍光性核酸結合リガンド群を用いたマルチカラー蛍光アッセイ法の開発 競争的資金

    佐藤 雄介

    2010年4月 ～ 2012年3月

  20. RNA非翻訳領域を標的とする核酸検出リガンドの創製と機能性RNA研究への応用

    寺前 紀夫, 西澤 精一, 徐 志愛, 佐藤 雄介

    2010年 ～ 2010年

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    タンパク質に翻訳されずに機能するRNAは,ノンコーディングRNA (ncRNA)と呼ばれる。ここ10年程の間に,ncRNAが関与する生物現象の発見が相次ぎ,生物学の知見が新しいものに塗替えられつつある。なかでもリボスイッチは,低分子化合物との特異的結合によって遺伝子発現調節を行うユニークなncRNAで,抗生物質の新たな標的として,あるいは遺伝子発現を制御しうる技術開発に繋がる研究対象として,特に注目されているncRNAファミリーの1つである。 本研究では,新たな研究領域への新たな分析ツールの提供を目指し,『ノンコーディングRNA,特にリボスイッチを標的とする蛍光性の小分子(リガンド)を開発し,これらの化合物に基づくRNA解析法並びに薬剤ハイスループットスクリーニング法を開発する』ことを目的とする。また,リボスイッチの他,『ヒト免疫不全ウイルス(HIV)のTrans-activation responsive region (TAR RNA)や16SリボソームRNAAサイト』といった遺伝子発現調節に関わるRNAの非翻訳領域を標的とする蛍光性リガンド開発も併せて試みる。 本年度(平成22年4月～5月)は,ピラジン誘導体(蛍光極大波長:～400nm)が抗生物質とほぼ同等の結合親和力でTAR RNAと結合しうることを見出すとともに(K_d=770nM),蛍光性ナフチリジン誘導体(蛍光極大波長:～400nm)がアミノグリコシド類に匹敵する結合力でAサイトに結合することを見出した(K_d=530nM)。 現在,より詳細な相互作用解析を進めており,それらの知見に基づいて結合機能及び蛍光応答特性の改良をさらに行うことで,ncRNAの新しい分析ツールになることが期待できる。

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担当経験のある科目(授業) 4

  1. 化学A

  2. Frontiers in Science II

  3. 学問論演習

  4. 先端無機化学特論III