研究者詳細

顔写真

タナベ　アキフミ
田邉　晶史
Akifumi Tanabe
所属
大学院生命科学研究科　生態発生適応科学専攻　生態ダイナミクス講座（統合生態分野）
職名
助教
学位

  • 博士（生命科学）（東北大学）

  • 修士（生命科学）（東北大学）

e-Rad 研究者番号
40549044

研究分野 1

  • ライフサイエンス / 多様性生物学、分類学 /

論文 43

  1. Evaluation of community science monitoring with environmental <scp>DNA</scp> for marine fish species: “Fish survey project using environmental <scp>DNA</scp> ” 査読有り

    Yukari Suzuki‐Ohno, Akifumi S. Tanabe, Akihide Kasai, Reiji Masuda, Satoquo Seino, Akihiro Dazai, Shota Suzuki, Takuzo Abe, Michio Kondoh

    Environmental DNA　2023年4月18日

    出版者・発行元： Wiley

    DOI： 10.1002/edn3.425 　

    ISSN：2637-4943

    eISSN：2637-4943

  2. Specialized mycorrhizal association between a partially mycoheterotrophic orchid Oreorchis indica and a Tomentella taxon

    Kenji Suetsugu, Takashi F. Haraguchi, Akifumi S. Tanabe, Ichiro Tayasu

    Mycorrhiza　31　(2)　243-250　2021年3月

    DOI： 10.1007/s00572-020-00999-z 　

    ISSN：0940-6360

    eISSN：1432-1890

  3. Specialized mycorrhizal association between a partially mycoheterotrophic orchid Oreorchis indica and a Tomentella taxon

    Kenji Suetsugu, Takashi F. Haraguchi, Akifumi S. Tanabe, Ichiro Tayasu

    MYCORRHIZA　31　(2)　243-250　2021年3月

    DOI： 10.1007/s00572-020-00999-z 　

    ISSN：0940-6360

    eISSN：1432-1890

  4. Mycorrhizal communities of two closely related species, Pyrola subaphylla and P. japonica, with contrasting degrees of mycoheterotrophy in a sympatric habitat

    Kenji Suetsugu, Shunsuke Matsuoka, Kohtaroh Shutoh, Hidehito Okada, Shintaro Taketomi, Kaede Onimaru, Akifumi S. Tanabe, Hiroki Yamanaka

    Mycorrhiza　31　(2)　219-229　2021年3月

    出版者・発行元： Springer Science and Business Media LLC

    DOI： 10.1007/s00572-020-01002-5 　

    ISSN：0940-6360

    eISSN：1432-1890

  5. Aboveground herbivores drive stronger plant species-specific feedback than belowground fungi to regulate tree community assembly

    Kohmei Kadowaki, Satoshi Yamamoto, Hirotoshi Sato, Akifumi S. Tanabe, Hirokazu Toju

    Oecologia　2021年2月18日

    出版者・発行元： Springer Science and Business Media LLC

    DOI： 10.1007/s00442-021-04868-0 　

    ISSN：0029-8549

    eISSN：1432-1939

  6. Isotopic and molecular data support mixotrophy in Ophioglossum at the sporophytic stage 査読有り

    Kenji Suetsugu, Shintaro Taketomi, Akifumi S. Tanabe, Takashi F. Haraguchi, Ichiro Tayasu, Hirokazu Toju

    New Phytologist　2020年3月11日

    DOI： 10.1111/nph.16534 　

  7. Rapid detection of macroalgal seed bank on cobbles: application of DNA metabarcoding using next-generation sequencing 査読有り

    Journal of Applied Phycology　2019年8月

    DOI： 10.1007/s10811-018-1730-9 　

    ISSN：1573-5176 0921-8971

  8. Primer Design, Evaluation of Primer Universality, and Estimation of Identification Power of Amplicon Sequences In Silico 査読有り

    Marine Metagenomics　2019年

    DOI： 10.1007/978-981-13-8134-8_3 　

  9. Mycorrhizal fungi mediate the direction and strength of plant-soil feedbacks differently between arbuscular mycorrhizal and ectomycorrhizal communities. 査読有り

    Kadowaki K, Yamamoto S, Sato H, Tanabe AS, Hidaka A, Toju H

    Communications biology　1　196　2018年12月

    DOI： 10.1038/s42003-018-0201-9 　

    ISSN：2399-3642

  10. Structural diversity across arbuscular mycorrhizal, ectomycorrhizal, and endophytic plant-fungus networks. 査読有り

    Toju H, Sato H, Yamamoto S, Tanabe AS

    BMC plant biology　18　(1)　292　2018年11月

    DOI： 10.1186/s12870-018-1500-5 　

    ISSN：1471-2229

  11. Improving the standards for gut microbiome analysis of fecal samples: insights from the field biology of Japanese macaques on Yakushima Island 査読有り

    Hayakawa, Takashi, Sawada, Akiko, Tanabe, Akifumi S., Fukuda, Shinji, Kishida, Takushi, Kurihara, Yosuke, Matsushima, Kei, Liu, Jie, Akomo-Okoue, Etienne-Francois, Gravena, Waleska, Kashima, Makoto, Suzuki, Mariko, Kadowaki, Kohmei, Suzumura, Takafumi, Inoue, Eiji, Sugiura, Hideki, Hanya, Goro, Agata, Kiyokazu

    PRIMATES　59　(5)　423-436　2018年9月

    DOI： 10.1007/s10329-018-0671-x 　

    ISSN：0032-8332

    eISSN：1610-7365

  12. Composition and Diversity of Soil Fungi in Dipterocarpaceae-Dominated Seasonal Tropical Forests in Thailand. 査読有り

    Amma S, Toju H, Wachrinrat C, Sato H, Tanabe AS, Artchawakom T, Kanzaki M

    Microbes and environments　33　(2)　135-143　2018年7月

    出版者・発行元：

    DOI： 10.1264/jsme2.ME17168 　

    ISSN：1342-6311

    eISSN：1347-4405

  13. Network hubs in root-associated fungal metacommunities 査読有り

    Hirokazu Toju, Akifumi S. Tanabe, Hirotoshi Sato

    Microbiome　6　(1)　116　2018年6月23日

    出版者・発行元： BioMed Central Ltd.

    DOI： 10.1186/s40168-018-0497-1 　

    ISSN：2049-2618

  14. The fauna of freshwater calanoid copepods in Japan in the early decades of the 21st Century: Implications for the assessment and conservation of biodiversity 査読有り

    Wataru Makino, Akifumi S. Tanabe, Jotaro Urabe

    Limnology and Oceanography　63　(2)　758-772　2018年3月1日

    出版者・発行元： Wiley Blackwell

    DOI： 10.1002/lno.10667 　

    ISSN：1939-5590

  15. Phylogeny and biogeography of the genus Stevia (Asteraceae: Eupatorieae): an example of diversification in the Asteraceae in the new world 査読有り

    Akiko Soejima, Akifumi S. Tanabe, Izumi Takayama, Takayuki Kawahara, Kuniaki Watanabe, Miyuki Nakazawa, Misako Mishima, Tetsukazu Yahara

    JOURNAL OF PLANT RESEARCH　130　(6)　953-972　2017年11月

    DOI： 10.1007/s10265-017-0955-z 　

    ISSN：0918-9440

    eISSN：1618-0860

  16. Eukaryotic diversity in late Pleistocene marine sediments around a shallow methane hydrate deposit in the Japan Sea 査読有り

    M. Kouduka, A. S. Tanabe, S. Yamamoto, K. Yanagawa, Y. Nakamura, F. Akiba, H. Tomaru, H. Toju, Y. Suzuki

    GEOBIOLOGY　15　(5)　715-727　2017年9月

    DOI： 10.1111/gbi.12233 　

    ISSN：1472-4677

    eISSN：1472-4669

  17. Host shifts enhance diversification of ectomycorrhizal fungi: diversification rate analysis of the ectomycorrhizal fungal genera Strobilomyces and Afroboletus with an 80-gene phylogeny 査読有り

    Hirotoshi Sato, Akifumi S. Tanabe, Hirokazu Toju

    NEW PHYTOLOGIST　214　(1)　443-454　2017年4月

    DOI： 10.1111/nph.14368 　

    ISSN：0028-646X

    eISSN：1469-8137

  18. Erratum to: A new resource of single nucleotide polymorphisms in the Japanese eel Anguilla japonica derived from restriction site-associated DNA (Ichthyol Res, 10.1007/s10228-016-0518-7) 査読有り

    Masashi Sekino, Reiichiro Nakamichi, Yuki Iwasaki, Akifumi S. Tanabe, Atushi Fujiwara, Motoshige Yasuike, Manabu Shiraishi, Kenji Saitoh

    Ichthyological Research　63　(4)　505　2016年11月1日

    出版者・発行元： Springer-Verlag Tokyo

    DOI： 10.1007/s10228-016-0542-7 　

    ISSN：1341-8998

  19. A new resource of single nucleotide polymorphisms in the Japanese eel Anguilla japonica derived from restriction site-associated DNA 査読有り

    Masashi Sekino, Reiichiro Nakamichi, Yuki Iwasaki, Akifumi S. Tanabe, Atushi Fujiwara, Motoshige Yasuike, Manabu Shiraishi, Kenji Saitoh

    ICHTHYOLOGICAL RESEARCH　63　(4)　496-504　2016年11月

    DOI： 10.1007/s10228-016-0518-7 　

    ISSN：1341-8998

    eISSN：1616-3915

  20. Ericaceous plant-fungus network in a harsh alpine-subalpine environment 査読有り

    Hirokazu Toju, A. S. Tanabe, H. S. Ishii

    Molecular Ecology　25　(13)　3242-3257　2016年7月1日

    出版者・発行元： Blackwell Publishing Ltd

    DOI： 10.1111/mec.13680 　

    ISSN：1365-294X 0962-1083

  21. Structure of phyllosphere fungal communities in a tropical dipterocarp plantation: A massively parallel next-generation sequencing analysis 査読有り

    Ayako Izuno, Akifumi S. Tanabe, Hirokazu Toju, Michimasa Yamasaki, Sapto Indrioko, Yuji Isagi

    MYCOSCIENCE　57　(3)　171-180　2016年5月

    DOI： 10.1016/j.myc.2015.12.005 　

    ISSN：1340-3540

    eISSN：1618-2545

  22. Deep microbial life in high-quality granitic groundwater from geochemically and geographically distinct underground boreholes 査読有り

    Kohei Ino, Uta Konno, Mariko Kouduka, Akinari Hirota, Yoko S. Togo, Akari Fukuda, Daisuke Komatsu, Urumu Tsunogai, Akihumi S. Tanabe, Satoshi Yamamoto, Teruki Iwatsuki, Takashi Mizuno, Kazumasa Ito, Yohey Suzuki

    ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY REPORTS　8　(2)　285-294　2016年4月

    DOI： 10.1111/1758-2229.12379 　

    ISSN：1758-2229

  23. Two New Computational Methods for Universal DNA Barcoding: A Benchmark Using Barcode Sequences of Bacteria, Archaea, Animals, Fungi, and Land Plants (vol 8, e76910, 2013) 査読有り

    Akifumi S. Tanabe, Hirokazu Toju

    PLOS ONE　11　(3)　e0152242　2016年3月

    DOI： 10.1371/journal.pone.0152242 　

    ISSN：1932-6203

  24. Network modules and hubs in plant-root fungal biomes 査読有り

    Hirokazu Toju, Satoshi Yamamoto, Akifumi S. Tanabe, Takashi Hayakawa, Hiroshi S. Ishii

    JOURNAL OF THE ROYAL SOCIETY INTERFACE　13　(116)　2016年3月

    DOI： 10.1098/rsif.2015.1097 　

    ISSN：1742-5689

    eISSN：1742-5662

  25. Comparative study of the validity of three regions of the 18S-rRNA gene for massively parallel sequencing-based monitoring of the planktonic eukaryote community 査読有り

    Akifumi S. Tanabe, Satoshi Nagai, Kohsuke Hida, Motoshige Yasuike, Atushi Fujiwara, Yoji Nakamura, Yoshihito Takano, Seiji Katakura

    MOLECULAR ECOLOGY RESOURCES　16　(2)　402-414　2016年3月

    DOI： 10.1111/1755-0998.12459 　

    ISSN：1755-098X

    eISSN：1755-0998

  26. Contrasting Diversity and Host Association of Ectomycorrhizal Basidiomycetes versus Root-Associated Ascomycetes in a Dipterocarp Rainforest 査読有り

    Hirotoshi Sato, Akifumi S. Tanabe, Hirokazu Toju

    PLOS ONE　10　(4)　e0125550　2015年4月

    DOI： 10.1371/journal.pone.0125550 　

    ISSN：1932-6203

  27. Diet disparity among sympatric herbivorous cichlids in the same ecomorphs in Lake Tanganyika: amplicon pyrosequences on algal farms and stomach contents 査読有り

    Hiroki Hata, Akifumi S. Tanabe, Satoshi Yamamoto, Hirokazu Toju, Masanori Kohda, Michio Hori

    BMC BIOLOGY　12　(1)　90　2014年11月

    DOI： 10.1186/s12915-014-0090-4 　

    ISSN：1741-7007

  28. Spatial Segregation and Aggregation of Ectomycorrhizal and Root-Endophytic Fungi in the Seedlings of Two Quercus Species 査読有り

    Satoshi Yamamoto, Hirotoshi Sato, Akifumi S. Tanabe, Amane Hidaka, Kohmei Kadowaki, Hirokazu Toju

    PLOS ONE　9　(5)　e96363　2014年5月

    DOI： 10.1371/journal.pone.0096363 　

    ISSN：1932-6203

  29. Detection of the horizontal spatial structure of soil fungal communities in a natural forest 査読有り

    Kohmei Kadowaki, Hirotoshi Sato, Satoshi Yamamoto, Akifumi S. Tanabe, Amane Hidaka, Hirokazu Toju

    POPULATION ECOLOGY　56　(2)　301-310　2014年4月

    DOI： 10.1007/s10144-013-0424-z 　

    ISSN：1438-3896

    eISSN：1438-390X

  30. Palpitomonas bilix represents a basal cryptist lineage: insight into the character evolution in Cryptista 査読有り

    Akinori Yabuki, Ryoma Kamikawa, Sohta A. Ishikawa, Martin Kolisko, Eunsoo Kim, Akifumi S. Tanabe, Keitaro Kume, Ken-ichiro Ishida, Yuji Inagki

    SCIENTIFIC REPORTS　4　4641　2014年4月

    DOI： 10.1038/srep04641 　

    ISSN：2045-2322

  31. Diet disparity among sympatric herbivorous cichlids in the same ecomorphs in Lake Tanganyika: Amplicon pyrosequences on algal farms and stomach contents 査読有り

    Hiroki Hata, Akifumi S. Tanabe, Satoshi Yamamoto, Hirokazu Toju, Masanori Kohda, Michio Hori

    BMC Medicine　12　(1)　2014年

    出版者・発行元： BioMed Central Ltd.

    DOI： 10.1186/s12915-014-0090-4 　

    ISSN：1741-7015

  32. Diversity and Spatial Structure of Belowground Plant-Fungal Symbiosis in a Mixed Subtropical Forest of Ectomycorrhizal and Arbuscular Mycorrhizal Plants 査読有り

    Hirokazu Toju, Hirotoshi Sato, Akifumi S. Tanabe

    PLOS ONE　9　(1)　e86566　2014年1月

    DOI： 10.1371/journal.pone.0086566 　

    ISSN：1932-6203

  33. Two New Computational Methods for Universal DNA Barcoding: A Benchmark Using Barcode Sequences of Bacteria, Archaea, Animals, Fungi, and Land Plants 査読有り

    Akifumi S. Tanabe, Hirokazu Toju

    PLOS ONE　8　(10)　e76910　2013年10月

    DOI： 10.1371/journal.pone.0076910 　

    ISSN：1932-6203

  34. Sharing of Diverse Mycorrhizal and Root-Endophytic Fungi among Plant Species in an Oak-Dominated Cool-Temperate Forest 査読有り

    Hirokazu Toju, Satoshi Yamamoto, Hirotoshi Sato, Akifumi S. Tanabe

    PLOS ONE　8　(10)　e78248　2013年10月

    DOI： 10.1371/journal.pone.0078248 　

    ISSN：1932-6203

  35. How are plant and fungal communities linked to each other in belowground ecosystems? A massively parallel pyrosequencing analysis of the association specificity of root-associated fungi and their host plants 査読有り

    Hirokazu Toju, Hirotoshi Sato, Satoshi Yamamoto, Kohmei Kadowaki, Akifumi S. Tanabe, Shigenobu Yazawa, Osamu Nishimura, Kiyokazu Agata

    ECOLOGY AND EVOLUTION　3　(9)　3112-3124　2013年9月

    DOI： 10.1002/ece3.706 　

    ISSN：2045-7758

  36. Diversification of endosymbiosis: replacements, co-speciation and promiscuity of bacteriocyte symbionts in weevils 査読有り

    Hirokazu Toju, Akifumi S. Tanabe, Yutaka Notsu, Teiji Sota, Takema Fukatsu

    ISME JOURNAL　7　(7)　1378-1390　2013年7月

    DOI： 10.1038/ismej.2013.27 　

    ISSN：1751-7362

  37. Community composition of root-associated fungi in a Quercus-dominated temperate forest: "codominance" of mycorrhizal and root-endophytic fungi 査読有り

    Hirokazu Toju, Satoshi Yamamoto, Hirotoshi Sato, Akifumi S. Tanabe, Gregory S. Gilbert, Kohmei Kadowaki

    ECOLOGY AND EVOLUTION　3　(5)　1281-1293　2013年5月

    DOI： 10.1002/ece3.546 　

    ISSN：2045-7758

  38. High-Coverage ITS Primers for the DNA-Based Identification of Ascomycetes and Basidiomycetes in Environmental Samples 査読有り

    Hirokazu Toju, Akifumi S. Tanabe, Satoshi Yamamoto, Hirotoshi Sato

    PLOS ONE　7　(7)　e40863　2012年7月

    DOI： 10.1371/journal.pone.0040863 　

    ISSN：1932-6203

  39. An asynchronous parallel genetic algorithm for the maximum likelihood phylogenetic tree search 査読有り

    Miwako Tsuji, Mitsuhisa Sato, Akifumi S. Tanabe, Yuji Inagaki, Tetsuo Hashimoto

    2012 IEEE Congress on Evolutionary Computation, CEC 2012　2012年

    DOI： 10.1109/CEC.2012.6256560 　

  40. Entangling Ancient Allotetraploidization in Asian Mitella: An Integrated Approach for Multilocus Combinations 査読有り

    Yudai Okuyama, Akifumi S. Tanabe, Makoto Kato

    MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION　29　(1)　429-439　2012年1月

    DOI： 10.1093/molbev/msr236 　

    ISSN：0737-4038

  41. Kakusan4 and Aminosan: two programs for comparing nonpartitioned, proportional and separate models for combined molecular phylogenetic analyses of multilocus sequence data 査読有り

    Akifumi S. Tanabe

    MOLECULAR ECOLOGY RESOURCES　11　(5)　914-921　2011年9月

    DOI： 10.1111/j.1755-0998.2011.03021.x 　

    ISSN：1755-098X

  42. Extreme population genetic differentiation and secondary contact in the freshwater copepod Acanthodiaptomus pacificus in the Japanese Archipelago 査読有り

    Wataru Makino, Akifumi S. Tanabe

    MOLECULAR ECOLOGY　18　(17)　3699-3713　2009年9月

    DOI： 10.1111/j.1365-294X.2009.04307.x 　

    ISSN：0962-1083

    eISSN：1365-294X

  43. Kakusan: A computer program to automate the selection of a nucleotide substitution model and the configuration of a mixed model on multilocus data 査読有り

    Akifumi S. Tanabe

    Molecular Ecology Notes　7　(6)　962-964　2007年11月

    DOI： 10.1111/j.1471-8286.2007.01807.x 　

    ISSN：1471-8278 1471-8286

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MISC 32

  1. Phylogeny and biogeography of the genus Stevia (Asteraceae: Eupatorieae): an example of diversification in the Asteraceae in the new world (vol 130, pg 953, 2017)

    Akiko Soejima, Akifumi S. Tanabe, Izumi Takayama, Takayuki Kawahara, Kuniaki Watanabe, Miyuki Nakazawa, Misako Mishima, Tetsukazu Yahara

    JOURNAL OF PLANT RESEARCH　130　(6)　973-973　2017年11月

    DOI： 10.1007/s10265-017-0965-x 　

    ISSN： 0918-9440

    eISSN： 1618-0860

  2. 海洋微生物解析による沿岸漁業被害の予測・抑制技術の開発 第2編 微生物相に基づく漁業被害の発生予測・抑制技術の開発 第1章 微生物相のモニタリング解析と赤潮等発生予測手法の開発 5 微生物相塩基配列の収集及び赤潮等の発生予測手法の開発

    藤原篤志, 安池元重, 中村洋路, 長井敏, 田邉晶史, 本郷悠貴, 小林敬典, 石野良純, 久原哲, 大嶋雄治, 島崎洋平, 田代康介, 山上健

    農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果　(568)　75‐81　2017年3月31日

  3. 海洋微生物解析による沿岸漁業被害の予測・抑制技術の開発 第1編 メタゲノム解析による微生物相の把握及び環境評価技術の開発 第2章 漁場環境評価技術の開発 4 赤潮原因種等プランクトンのメタゲノム解析技術の開発

    長井敏, 田邉晶史, 本郷悠貴, 藤原篤志, 中村洋路, 安池元重, 及川寛

    農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果　(568)　42‐48　2017年3月31日

  4. 海洋微生物解析による沿岸漁業被害の予測・抑制技術の開発 第2編 微生物相に基づく漁業被害の発生予測・抑制技術の開発 第1章 微生物相のモニタリング解析と赤潮等発生予測手法の開発 4 網羅的DNA抽出法の開発及び微生物相メタゲノム配列データの収集

    石野良純, 久原哲, 大嶋雄治, 島崎洋平, 田代康介, 山上健, 藤原篤志, 安池元重, 中村洋路, 長井敏, 田邉晶史, 本郷悠貴, 小林敬典

    農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果　(568)　72‐75　2017年3月31日

  5. 「プランクトンのパラドックス」再考:八代海夏季プランクトン相の変遷から

    田辺晶史, 長井敏, 安池元重, 中村洋路, 藤原篤志, 加藤雅也, 多治見誠亮, 吉村直晃, 西広海, 小林敬典, 五條堀孝

    日本生態学会大会講演要旨(Web)　64th　ROMBUNNO.B02‐01 (WEB ONLY)　2017年

  6. A new resource of single nucleotide polymorphisms in the Japanese eel Anguilla japonica derived from restriction site-associated DNA (vol 43, pg 496, 2016)

    Masashi Sekino, Reiichiro Nakamichi, Yuki Iwasaki, Akifumi S. Tanabe, Atushi Fujiwara, Motoshige Yasuike, Manabu Shiraishi, Kenji Saitoh

    ICHTHYOLOGICAL RESEARCH　63　(4)　505-505　2016年11月

    DOI： 10.1007/s10228-016-0542-7 　

    ISSN： 1341-8998

    eISSN： 1616-3915

  7. 大規模遺伝子配列の分子系統解析から明らかになる外生菌根菌オニイグチ属の種多様化の起源

    佐藤博俊, 田辺晶史, 東樹宏和

    日本菌学会大会講演要旨集　59th　29　2015年4月27日

  8. 大量塩基配列を用いたタイ熱帯季節林における土壌菌類相と多様性の解析

    安間更紗, 東樹宏和, 佐藤博俊, 田辺晶史, WACHRINRAT Chongrak, ARTCHAWACOM Taksin, 神崎護

    日本菌学会大会講演要旨集　59th　74　2015年4月27日

  9. RAD‐Seq法のニホンウナギ集団多型解析への応用

    関野正志, 斉藤憲治, 田辺晶史, 藤原篤志, 安池元重, 白石学

    日本水産学会大会講演要旨集　2015　96　2015年3月27日

  10. メタバーコーディング解析による海底礫表面からの海藻種網羅検出の試み

    高野義人, 村澤博基, 漆崎慎吾, 安池元重, 田辺晶史, 藤田大介, 長井敏, 桑原久実

    藻類　63　(1)　65　2015年3月10日

    ISSN： 0038-1578

  11. 外生菌根菌オニイグチ属の進化とその種多様化の起源について~大規模遺伝子配列を用いた分子系統学的研究~

    佐藤博俊, 田辺晶史, 東樹宏和

    日本植物分類学会大会研究発表要旨集　14th　42　2015年3月5日

  12. メタゲノミクスによるプランクトンモニタリングの実践(植物プランクトンを中心に) (日本プランクトン学会2014年度春季シンポジウム 遺伝子解析とプランクトン研究)

    長井 敏, 飛田 晃介, 漆崎 慎吾, 田邉 晶史, 安池 元重, 藤原 篤志, 高野 義人, 本郷 悠貴, 中村 洋路, 阿部 和雄, 亀田 卓彦

    日本プランクトン学会報 = Bulletin of the Plankton Society of Japan　62　(1)　65-72　2015年2月

    出版者・発行元： 日本プランクトン学会

    ISSN： 0387-8961

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    各県の水産試験場等が1970年代前半から，環境モニタリングを実施しており，動植物プランクトンのデータは蓄積されてきたが，優占種の情報がほとんどであり，レア種や微細な植物プランクトンの情報はほとんどない。2008年から本年にかけて相次いで商品化された次世代シーケンサーの登場により，生命科学とバイオ産業に大きな変革が起きている。次世代型と呼ばれるシーケンサーは，従来型シーケンサーの数百倍～数万倍の性能を発揮する。シーケンス革命の到来により，メタゲノムから&quot;ペタゲノム&quot;という言葉が使われる時代になり，従来の形態情報を重視していたモニタリングのスタイルに加え，大量に得られるゲノム情報をフル活用した革新的なスタイルも導入していく必要がある。近年，ユニバーサルプライマーによるPCR増幅とRoche 454 GS FLX Titanium systemを用いたメタゲノム解析を実施している報告例が海外を中心に増加してきた。その内容は，1) Roche 454における塩基決定の性質上，ホモポリマーでミスコールが頻発することが知られており，PCR増幅時に生じるキメラ配列など，こういうエラー除去をいかに効率良くかつ正確にできるかといった例，2) メタバーコーディングマーカーとして，18S-rRNA遺伝子が主に使用されているが，8個あるハイパーバリアブルリージョンと呼ばれる領域のうち，どの領域が，より正しい系統を反映するか，あるいは変異性の比較，3) 生物群の同定手法は大きく分けて3つの手法が開発されているが，どの手法がメタゲノム解析に有効かを検証した例，4) 他の遺伝子領域でのユニバーサルプライマーとして利用した場合のメタゲノム解析の例，5) メタゲノム解析による海域間の生物多様性比較などの研究報告がなされてきた。本研究では，まずは，Roche 454を用いたメタゲノム解析の手法開発，また18S-rRNAのどの領域を使用することが好ましいかを解説し，その後，開発した手法を用いたメタゲノム解析実践例については，広島湾と石垣島でのモニタリングの結果を中心に紹介したい。

  13. メタバーコーディングのフレームワークとアルゴリズム (日本プランクトン学会2014年度春季シンポジウム 遺伝子解析とプランクトン研究)

    田辺 晶史

    日本プランクトン学会報 = Bulletin of the Plankton Society of Japan　62　(1)　54-58　2015年2月

    出版者・発行元： 日本プランクトン学会

    ISSN： 0387-8961

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    サンガー法に基づくDNAシーケンサの実用化以降，分子系統学の進展と塩基配列データベースの充実にともなって，塩基配列既知の生物であれば，塩基配列を利用して同定できるようになってきた。Hebertはこのような同定方法を縞模様のバーコードによる商品の特定になぞらえてDNAバーコーディングと呼んだ(Hebert et al. 2004)。同時にHebertらは，動物においてはミトコンドリアゲノムのCOI遺伝子をDNAバーコーディングの標準領域とすることも提唱し，おおよそ受け入れられている(Hebert et al. 2004)。植物では標準領域を1つに絞るコンセンサスが得られていないが，主に葉緑体ゲノムのrbcL・matK・trnH-psbA遺伝子間領域を必要に応じて補完的に組み合わせる方法が採用されることが多い(Lahaye et al. 2008，CBOL Plant Working Group 2009，Kress et al. 2009)。この他，真菌では核ゲノムのITS領域を(Schoch et al. 2012)，原生生物では18S rRNA領域を標準とすることが提唱されている(Pawlowski et al. 2012)。細菌・古細菌では，DNAバーコーディングの提唱前から16S rRNA領域が記載や分類の標準領域として使用されていたため，この領域がそのまま使われている。DNAバーコーディングを使用すると，形態情報の乏しい種や劣化した標本，体組織のごく一部でも同定することが可能なため，環境調査のみならず犯罪捜査や輸出入品検査などさまざまな用途に用いられている。

  14. 八代海の夏期プランクトン相の変動とその要因

    田辺晶史, 長井敏, 安池元重, 中村洋路, 藤原篤志, 乙竹充, 安東秀徳, 西広海, 小林敬典, 五條堀孝

    日本生態学会大会講演要旨(Web)　62nd　PA2-107 (WEB ONLY)　2015年

  15. ハラタケ亜門のシングルコピー遺伝子を対象とした新規プライマーの開発~次世代シーケンサーを用いた分子系統推定を想定して~

    佐藤博俊, 田辺晶史, 東樹宏和

    日本菌学会大会講演要旨集　58th　35　2014年5月31日

  16. 生態学と惑星科学の邂逅(かいこう)は何をもたらすか : 趣旨説明(<特集2>白亜紀末の大量絶滅事変に残る謎)

    田辺 晶史

    日本生態学会誌　64　(1)　37-38　2014年3月30日

    出版者・発行元： 日本生態学会

    ISSN： 0021-5007

  17. 現代生態学が取り組むべき「崩壊と回復の科学」に向けて(<特集2>白亜紀末の大量絶滅事変に残る謎)

    田辺 晶史, 千葉 聡

    日本生態学会誌　64　(1)　79-80　2014年3月30日

    出版者・発行元： 日本生態学会

    ISSN： 0021-5007

  18. メタゲノミクスによるプランクトンモニタリングの実践(植物プランクトンを中心に)

    長井敏, 飛田晃介, 田邉晶史, 安池元重, 藤原篤志, 高野義人, 中村洋路, 及川寛, 山本圭吾

    日本海洋学会大会講演要旨集　2014　239　2014年3月10日

  19. タンガニイカ湖で共存する藻食シクリッドの生息場所と餌資源にみられるニッチ分化

    畑啓生, 田辺晶史, 山本哲史, 東樹宏和, 柴田淳也, 大森浩二, 幸田正典, 堀道雄

    日本生態学会大会講演要旨(Web)　61st　PA3-050 (WEB ONLY)　2014年

  20. Foliar fungi diversity in the tropical rainforest uncovered by metagenomic analysis

    Izuno A, Tanabe AS, Toju H, Yamasaki M, Indrioko S, Kanzaki M, Isagi Y

    The 11th INTECOL Congress, "Ecology: Into the next 100 years"　2013年8月

  21. 野外におけるコナラ実生の生育状態と真菌群集の関係

    日高 周, 山本 哲史, 田邉 晶史, 佐藤 博俊, 東樹 宏和

    根の研究 = Root research　22　(1)　29-29　2013年3月20日

    ISSN： 0919-2182

  22. 根に居住する菌類どうしの相互作用はホスト植物間の菌群集の分化を促すか?

    山本哲史, 佐藤博俊, 田邊晶史, 日高周, 門脇浩明, 東樹宏和

    日本生態学会大会講演要旨集　60th　256　2013年3月5日

  23. メタゲノム解析による熱帯多雨林の葉圏菌類多様性の解明

    伊津野彩子, 山崎理正, 田辺晶史, 東樹宏和, INDRIOKO Sapto, 井鷺裕司

    日本生態学会大会講演要旨集　60th　186　2013年3月5日

  24. タンガニイカ湖のなわばり性藻食シクリッド類の多種共存:メタゲノミクス解析を用いたシクリッド類の藻食性における特殊化と種間の多様化の解明

    畑啓生, 田辺晶史, 山本哲史, 大久保智司, 東樹宏和, 宮下英明, 幸田正典, 堀道雄

    日本生態学会大会講演要旨集　60th　84　2013年3月5日

  25. あらゆる生物に適用可能なDNA塩基配列同定システム:「網羅的メタゲノミックバーコーディング」へ向けて

    田辺晶史, 東樹宏和

    日本菌学会大会講演要旨集　56th　24　2012年5月17日

  26. 次世代シーケンサを用いたアジア熱帯林における内生菌類の群集構造の比較

    阪口瀬理奈, 松岡俊将, 伊藤公一, 広瀬大, 矢澤重信, 西村理, 田邉晶史, 東樹宏和, 大園享司

    日本菌学会大会講演要旨集　56th　68　2012年5月17日

  27. Claident:DNA塩基配列のホスト生物同定システム

    田辺晶史, 東樹宏和

    日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web)　14th　2012年

  28. 所属不明原生生物Palpitomonas bilixの分子系統解析

    矢吹彬憲, 神川龍馬, Martin Kolisko, 田辺晶史, Andrew J. Roger, 橋本哲男, 石田健一郎, 稲垣祐司

    第35回日本藻類学会　2011年3月

  29. 菌根共生の動態を次世代シーケンシングで解き明かす

    東樹 宏和, 佐藤 博俊, 山本 哲史, 田辺 晶史, 日高 周, 門脇 浩明

    日本森林学会大会発表データベース　123　(0)　K28-K28　2011年

    出版者・発行元： THE JAPANESE FORESTRY SOCIETY

    DOI： 10.11519/jfsc.123.0.K28.0 　

  30. DNA塩基配列情報に基づく系統推定法と爬虫両生類学での利用 (特集 爬虫両生類学におけるDNAを用いた研究手法)

    田辺 晶史, 本多 正尚

    爬虫両棲類学会報　2010　(2)　144-156　2010年9月

    出版者・発行元： 日本爬虫両棲類学会

    ISSN： 1345-5826

  31. A simulation study for assessing phylogenetic inference attracted by inclusion of sequences with compositional bias and extraordinary substitution rate.

    Ishikawa S, Inagaki Y, Tanabe AS, Ryoma Kamikawa, Hashimoto T

    18th conference of International Society for Evolutionary Protistology　2010年6月

  32. 沖縄のサンゴ礁にある海底洞窟堆積物の堆積相と堆積速度

    北村 晃寿, 加瀬 友喜, 大橋 秀一, 平本 真弓, 坂口 佳孝, 田辺 晶史, 間藤 基之

    第四紀研究　42　(2)　99-104　2003年4月1日

    出版者・発行元： Japan Association for Quaternary Research

    DOI： 10.4116/jaqua.42.99 　

    ISSN： 0418-2642

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    生きている化石の宝庫として海底洞窟は1960年代より世界的に知られていたが,そこの堆積物に関する研究は行われていなかった.サンゴ礁における古環境解析のための新たなる地質記録としての有効性を検討するため,我々は沖縄県伊江島の海底洞窟(通称&quot;大洞窟&quot;)から堆積物のコア試料(長さ43cm)を採取した.堆積物はシルトからなり,葉理や生痕などの堆積構造は見られない.堆積物粒子は石灰質岩片を主とし,コッコリス,底生有孔虫や浮遊性有孔虫などを含む.貝化石の産状と14C年代測定の結果,コア試料は1,500年間以上の記録を有していることが分かった.また,平均堆積速度は2～4cm/100年と算出された.以上のことから,海底洞窟堆積物はサンゴ礁の後期完新世の環境・気候変動を解明できる記録媒体として有効であるといえる.

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共同研究・競争的資金等の研究課題 3

  1. 環境DNAの網羅的解読に基づく河川棲魚類の比較系統地理学的研究

    田邉 晶史

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

    研究機関：Tohoku University

    2020年4月1日 ～ 2023年3月31日

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    2021年度は、選定した調査対象河川を夏季に訪問して環境DNA試料を得る予定だったが、COVID-19の大流行のため遠距離の出張を見送らざるを得ず、環境DNA試料を得られなかった。 2022年度の環境DNA採集調査・分析に備えて、プラスチック製消耗品の流通状況を調査したところ、環境DNA採集に用いるMerck-Millipore社のSterivex-HV、および抽出後の環境DNA溶液保管に用いるEppendorf社のDNA LoBindチューブ等が国内在庫なしになることが頻繁にあったため、早めの取り寄せを行い、入手した。 また、想定外の研究の遅れにより、研究の残り期間が更に減少したため、環境DNA採集調査を行う調査対象河川は優先度の高いものと低いものの2種類に分け、優先度の高い方を2022年度に、優先度の低い方は2023年度以降に行う計画に変更した。 研究期間中に、より効率的な環境DNAメタバーコーディングライブラリ調製プロトコルが公表された(https://doi.org/10.1101/2022.02.15.480497)ため、このプロトコルの使用を想定して、環境DNA採集後のDNA分析プロトコルの修正を行った。さらに、このプロトコルでシーケンスした環境DNAメタバーコーディングライブラリは、データ処理方法も修正を加える必要があったため、対応するために開発済みのデータ分析パイプラインを更新した。

  2. 環境DNA解読によるニホンウナギ生息場所の重要性評価手法の開発

    田邉 晶史

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Young Scientists (B)

    研究機関：Kobe University

    2016年4月1日 ～ 2018年3月31日

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    ニホンウナギは河川の上流域から海洋の沿岸域のどこにでも見られることから、ニホンウナギの成長過程においてどのような場所が重要なのかはいまだ判然としていない。これは、ニホンウナギの保護に向けて生息場所の環境改善を目指す際に問題となる。そこで、ニホンウナギの環境DNAを検出することで、河川の中流域、下流域(感潮域)、海洋沿岸部の生息場所としての重要性を評価する手法を開発した。その結果、テスト河川では河川の中流域がニホンウナギにとって最も重要な生息場所と推定された。この結果は、ニホンウナギの資源回復には河川中流域の環境改善、および中流域への遡上しやすさの回復の必要性を示唆している。

  3. 次世代型分子系統解析の標準手法の開発：急速な適応放散史の可視化に向けて

    奥山 雄大, 田辺 晶史

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research

    2012年4月1日 ～ 2014年3月31日

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    本研究は、急速に種分化を遂げているため従来法では系統解析が困難な種群で、系統推定を可能とする標準手法を確立することを目標とし、RAD法の応用による巨大データ取得の手法と、RNA-seq法の応用による種分化関連遺伝子の探索の両方を試みた。RAD法の応用については、当初利用を試みた次世代シーケンサーGS Juniorでは出力データ量が不足することが明らかになった。そこでよりデータ出力量の大きいシーケンサーHiseq2000を用いる手法に切り替え、現在は解析結果待ちである。また、RNA-seqにより花の発現遺伝子を網羅的に読むことで、種分化に関係する少数の遺伝子を絞り込むことにも成功した。