Details of the Researcher

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Yukako Oma
Section
Graduate School of Agricultural Science
Job title
Assistant Professor
Degree

Research History 1

  • 2025/10 - Present
    Tohoku University　Graduate School of Agricultural Science　Assistant Professor

Research Areas 3

  • Life sciences / Applied molecular and cellular biology /

  • Life sciences / Applied biochemistry /

  • Life sciences / Molecular biology /

Papers 27

  1. Lipids Contribute to Heterochromatin Condensation Revealed by Quantitative Raman–Brillouin Microscopy International-journal

    Masato Machida, Shinji Kajimoto, Ren Shibuya, Mayu Isono, Mai Watabe, Yukako Oma, Kayo Hibino, Kentaro Fujii, Masaki Okumura, Masahiko Harata, Atsushi Shibata, Takakazu Nakabayashi

    JACS Au　6　(5)　2798-2809　2026/04/24

    Publisher: American Chemical Society (ACS)

    DOI： 10.1021/jacsau.6c00082 　

    ISSN： 2691-3704

    eISSN： 2691-3704

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    Chromatin is a dynamic, higher-order structure that compacts genomic DNA within the nucleus and regulates genome organization and accessibility. Chromatin is broadly classified into transcriptionally inert heterochromatin and active euchromatin based on their condensation states; however, the molecular basis underlying this condensation difference remains unresolved. In this study, we show that phosphatidylcholine-type lipid molecules are associated with heterochromatin in living cells and contribute to its physical condensation. Using label-free Raman-Brillouin microscopy, we simultaneously mapped molecular concentrations and high-frequency viscoelastic properties in a living cell at subcellular resolution. Raman imaging revealed that lipid molecules are selectively enriched in heterochromatin, and their local concentrations are correlated with the mechanical response of heterochromatin. These lipids were absent from mitotic chromosomes and reappeared in DNA-rich regions during the early G1 phase, indicating that lipid incorporation is a regulated step in the formation of heterochromatin. These results expand the molecular view of chromatin and demonstrate how simultaneous Raman-Brillouin imaging can link chemical constituents with the mechanical properties of a cell.

  2. Application of the auxin-inducible degron 2 (AID2) system to analyze stage-specific roles of the histone variant H2A.Z during development of C. elegans. International-journal

    Natsumi Horii, Saho Kitagawa, Yukako Oma, Nami Haruta, Asako Sugimoto, Masato Kanemaki, Masahiko Harata

    Bioscience, biotechnology, and biochemistry　90　(3)　378-383　2025/12/31

    DOI： 10.1093/bbb/zbaf200 　

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    Multiple roles of the evolutionarily conserved histone variant H2A.Z in development have been proposed. However, conventional H2A.Z knockouts cause embryonic lethality. Here, we developed a transient depletion system for H2A.Z in Caenorhabditis elegans using an auxin-inducible degron and demonstrated its contribution to germline differentiation at early developmental stages. This system can be applied to investigate temporal protein functions during development.

  3. Common and distinct roles of the isoforms of histone variant H2A.Z in transcriptional regulation

    Daisuke Takahashi, Noboru Ogihara, Ma-Sayuki Kusakabe, Saho Kitagawa, Yukako Oma, Masahiko Harata

    Biopolymers and Cell　35　(3)　197　2019

    Publisher: National Academy of Sciences of Ukraine

    DOI： 10.7124/bc.0009CE 　

    ISSN： 1993-6842 0233-7657

  4. Distinct roles of ATM and ATR in the regulation of ARP8 phosphorylation to prevent chromosome translocations International-journal Peer-reviewed

    Sun Jiying, Shi Lin, Kinomura Aiko, Fukuto Atsuhiko, Horikoshi Yasunori, Oma Yukako, Harata Masahiko, Ikura Masae, Ikura Tsuyoshi, Kanaar Roland, Tashiro Satoshi

    ELIFE　7　2018/05/08

    DOI： 10.7554/eLife.32222 　

    ISSN： 2050-084X

  5. Actin Family Proteins in the Human IN080 Chromatin Remodeling Complex Exhibit Functional Roles in the Induction of Heme Oxygenase-1 with Hemin International-journal Peer-reviewed

    Yuichiro Takahashi, Hirokazu Murakami, Yusuke Akiyama, Yasutake Katoh, Yukako Oma, Hitoshi Nishijima, Kei-ichi Shibahara, Kazuhiko Igarashi, Masahiko Harata

    FRONTIERS IN GENETICS　8　17-17　2017/02

    DOI： 10.3389/fgene.2017.00017 　

    ISSN： 1664-8021

  6. Quantitative regulation of histone variant H2A.Z during cell cycle by ubiquitin proteasome system and SUMO-targeted ubiquitin ligases International-journal Peer-reviewed

    Daisuke Takahashi, Yuki Orihara, Saho Kitagawa, Masayuki Kusakabe, Takahiro Shintani, Yukako Oma, Masahiko Harata

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY　81　(8)　1557-1560　2017

    DOI： 10.1080/09168451.2017.1326087 　

    ISSN： 0916-8451

    eISSN： 1347-6947

  7. Involvement of the perinuclear anchorage of DNA double-strand break in damage-induced sister chromatid cohesion Peer-reviewed

    Yukako Oma, Yuki Orihara, Tatsunori Konishi, Chihiro Horigome, Susan M. Gasser, Masahiko Harata

    GENES & GENETIC SYSTEMS　90　(6)　402-402　2015/12

    ISSN： 1341-7568

    eISSN： 1880-5779

  8. DNA Binding Properties of the Actin-Related Protein Arp8 and Its Role in DNA Repair International-journal Peer-reviewed

    Akihisa Osakabe, Yuichiro Takahashi, Hirokazu Murakami, Kenji Otawa, Hiroaki Tachiwana, Yukako Oma, Hitoshi Nishijima, Kei-ich Shibahara, Hitoshi Kurumizaka, Masahiko Harata

    PLOS ONE　9　(10)　e108354　2014/10

    DOI： 10.1371/journal.pone.0108354 　

    ISSN： 1932-6203

  9. SWR1 and INO80 Chromatin Remodelers Contribute to DNA Double-Strand Break Perinuclear Anchorage Site Choice International-journal Peer-reviewed

    Chihiro Horigome, Yukako Oma, Tatsunori Konishi, Roger Schmid, Isabella Marcomini, Michael H. Hauer, Vincent Dion, Masahiko Harata, Susan M. Gasser

    MOLECULAR CELL　55　(4)　626-639　2014/08

    DOI： 10.1016/j.molcel.2014.06.027 　

    ISSN： 1097-2765

    eISSN： 1097-4164

  10. Roles of actin-related proteins in chromatin function and nuclear organization Peer-reviewed

    Oma Y, Yamazaki S, Hozak P, Harata M

    Molecular Biology of the Cell　24　2013

  11. Actin-related proteins localized in the nucleus From discovery to novel roles in nuclear organization International-journal Peer-reviewed

    Yukako Oma, Masahiko Harata

    NUCLEUS-AUSTIN　2　(1)　38-46　2011/01

    DOI： 10.4161/nucl.2.1.14510 　

    ISSN： 1949-1034

  12. ATM Modulates the Loading of Recombination Proteins onto a Chromosomal Translocation Breakpoint Hotspot International-journal Peer-reviewed

    Jiying Sun, Yukako Oma, Masahiko Harata, Kazuteru Kono, Hiroki Shima, Aiko Kinomura, Tsuyoshi Ikura, Hidekazu Suzuki, Shuki Mizutani, Roland Kanaar, Satoshi Tashiro

    PLOS ONE　5　(10)　e13554-218　2010/10

    DOI： 10.1371/journal.pone.0013554 　

    ISSN： 1932-6203

  13. Actin-Related Protein Arp6 Influences H2A.Z-Dependent and -Independent Gene Expression and Links Ribosomal Protein Genes to Nuclear Pores International-journal Peer-reviewed

    Takahito Yoshida, Kenji Shimada, Yukako Oma, Veronique Kalck, Kazumi Akimura, Angela Taddei, Hitoshi Iwahashi, Kazuto Kugou, Kunihiro Ohta, Susan M. Gasser, Masahiko Harata

    PLOS GENETICS　6　(4)　e1000910　2010/04

    DOI： 10.1371/journal.pgen.1000910 　

    ISSN： 1553-7404

  14. The human actin-related protein hArp5: Nucleo-cytoplasmic shuttling and involvement in DNA repair International-journal Peer-reviewed

    Kumiko Kitayama, Mariko Kamo, Yukako Oma, Ryo Matsuda, Takafumi Uchida, Tsuyoshi Ikura, Satoshi Tashiro, Takashi Ohyama, Barbara Winsor, Masahiko Harata

    EXPERIMENTAL CELL RESEARCH　315　(2)　206-217　2009/01

    DOI： 10.1016/j.yexcr.2008.10.028 　

    ISSN： 0014-4827

  15. Ino80 chromatin remodeling complex promotes recovery of stalled replication forks International-journal Peer-reviewed

    Kenji Shimada, Yukako Oma, Thomas Schleker, Kazuto Kugou, Kunihiro Ohta, Masahiko Harata, Susan M. Gasser

    CURRENT BIOLOGY　18　(8)　566-575　2008/04

    DOI： 10.1016/j.cub.2008.03.049 　

    ISSN： 0960-9822

  16. [Nuclear structure: its molecular basis and dynamics]. Peer-reviewed

    Harata M, Kitayama K, Oma Y

    Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme　51　(6 Suppl)　591-599　2006/05

    ISSN： 0039-9450

  17. Vertebrate Arp6, a novel nuclear actin-related protein, interacts with heterochromatin protein 1 International-journal Peer-reviewed

    Eri Ohfuchi, Megumi Kato, Mitsuho Sasaki, Kenji Sugimoto, Yukako Oma, Masahiko Harata

    EUROPEAN JOURNAL OF CELL BIOLOGY　85　(5)　411-421　2006/05

    DOI： 10.1016/j.ejcb.2005.12.006 　

    ISSN： 0171-9335

  18. Nuclear actin-related proteins involved in the organization of euchromatin and heterochromatin Peer-reviewed

    Masahiko Harata, Eri Ohfuchi, Yukako Oma

    DNA Structure, Chromatin and Gene Expression, 2006　181-191　2006

  19. Sequence and comparative genomic analysis of actin-related proteins

    J Muller, Y Oma, L Vallar, E Friederich, O Poch, B Winsor

    MOLECULAR BIOLOGY OF THE CELL　16　(12)　5736-5748　2005/12

    DOI： 10.1091/mbc.E05-06-0508 　

    ISSN： 1059-1524

    eISSN： 1939-4586

  20. Sequence and comparative genomic analysis of actin-related proteins International-journal Peer-reviewed

    J Muller, Y Oma, L Vallar, E Friederich, O Poch, B Winsor

    MOLECULAR BIOLOGY OF THE CELL　16　(12)　5736-5748　2005/12

    DOI： 10.1091/mbc.E05-06-0508 　

    ISSN： 1059-1524

    eISSN： 1939-4586

  21. The nuclear actin-related protein Act3p/Arp4p is involved in the dynamics of chromalin-modulating complexes International-journal Peer-reviewed

    R Sunada, Gorzer, I, Y Oma, T Yoshida, N Suka, U Wintersberger, M Harata

    YEAST　22　(10)　753-768　2005/07

    DOI： 10.1002/yea.1239 　

    ISSN： 0749-503X

  22. Functions of the actin-related protein Arp4 of Sacchaomyces cerevisiae in the nucleus: its ATP and histone binding ability Peer-reviewed

    OMasahiko Harata, Yukako Oma, Rie Sunada

    CELL STRUCTURE AND FUNCTION　29　71-71　2004/05

    ISSN： 0386-7196

    eISSN： 1347-3700

  23. The brain-specific actin-related protein ArpN alpha interacts with the transcriptional co-repressor CtBP International-journal Peer-reviewed

    Y Oma, K Nishimori, M Harata

    BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS　301　(2)　521-528　2003/02

    DOI： 10.1016/S0006-291X(02)03073-5 　

    ISSN： 0006-291X

  24. Brain-specific expression of the nuclear actin-related protein ArpN alpha and its involvement in mammalian SWI/SNF chromatin remodeling complex International-journal Peer-reviewed

    Y Kuroda, Y Oma, K Nishimori, T Ohta, M Harata

    BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS　299　(2)　328-334　2002/11

    DOI： 10.1016/S0006-291X(02)02637-2 　

    ISSN： 0006-291X

  25. Correlation between chromatin association and transcriptional regulation for the Act3p/Arp4 nuclear actin-related protein of Saccharomyces cerevisiae International-journal Peer-reviewed

    M Harata, Y Zhang, DJ Stillman, D Matsui, Y Oma, K Nishimori, R Mochizuki

    NUCLEIC ACIDS RESEARCH　30　(8)　1743-1750　2002/04

    DOI： 10.1093/nar/30.8.1743 　

    ISSN： 0305-1048

    eISSN： 1362-4962

  26. Multiple actin-related proteins of Saccharomyces cerevisiae are present in the nucleus

    Masahiko Harata, Yukako Oma, Teruko Tabuchi, Yan Zhang, David J. Stillman, Shigeki Mizuno

    Journal of Biochemistry　128　(4)　665-671　2000

    DOI： 10.1093/oxfordjournals.jbchem.a022799 　

    ISSN： 0021-924X

  27. The nuclear actin-related protein of Saccharomyces cerevisiae, Act3p/Arp4, interacts with core histones

    Masahiko Harata, Yukako Oma, Shigeki Mizuno, Yi Wei Jiang, David J. Stillman, Ulrike Wintersberger

    Molecular Biology of the Cell　10　(8)　2595-2605　1999

    Publisher: American Society for Cell Biology

    DOI： 10.1091/mbc.10.8.2595 　

    ISSN： 1059-1524

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Misc. 16

  1. 発生初期でのヒストンバリアントH2A.Z可逆的ノックダウンによる生殖腺および形態形成への影響解析

    堀井菜摘, 北川紗帆, 尾間由佳子, 春田奈美, 鐘巻将人, 原田昌彦

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)　48th　2025

  2. 線虫C.elegansにおけるH2A.Z欠損体の表現型解析:放射光X線イメージングによる可視化

    尾間由佳子, 尾間由佳子, 堀井菜摘, 原田昌彦, 原田昌彦, 原田昌彦, 高山裕貴, 高山裕貴, 高山裕貴

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)　48th　2025

  3. Fluorocarbon solvents affect the iron uptake and growth of E.coli

    細木亮輔, 井澤克秋, 山重貴久, 川田晃士, 日高將文, 尾間由佳子, 菊池正二郎, 瀬戸山寛之, 廣沢一郎, 原田昌彦

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2024　2024

    ISSN： 2186-7976

  4. 鉄に着目した,フッ素系不活性溶媒添加による微生物増殖促進メカニズムの解析

    井澤克秋, 細木亮輔, 山重貴久, 川田晃士, 日高將文, 尾間由佳子, 菊池正二郎, 小川雄一, 瀬戸山寛之, 廣沢一郎, 原田昌彦

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)　47th　2024

  5. フッ素系不活性溶媒添加による微生物・細胞増殖促進メカニズム解析

    井澤克秋, 細木亮輔, 山重貴久, 川田晃士, 日高將文, 尾間由佳子, 菊池正二郎, 小川雄一, 瀬戸山寛之, 廣沢一郎, 原田昌彦

    日本農芸化学会東北支部大会プログラム・講演要旨集　158th (CD-ROM)　2023

  6. Relocation of DNA breaks to nuclear pores is involved in damage-induced sister chromatid cohesion

    堀籠智洋, 折原行希, 高橋大輔, 小西辰紀, 尾間由佳子, 島田健士, GASSER Susan M., 原田昌彦

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2021　2021

    ISSN： 2186-7976

  7. DNA損傷誘導性姉妹染色分体間接着には損傷部位と核膜孔との結合が必要である

    岡田大和, 折原行希, 高橋大輔, 小西辰紀, 尾間由佳子, 島田健士, GASSER Susan M., 原田昌彦, 堀籠智洋

    日本農芸化学会東北支部大会プログラム・講演要旨集　156th (CD-ROM)　2021

  8. DNA damage-dependent sister chromatid cohesion requires association with nuclear pores

    岡田大和, 折原行希, 高橋大輔, 小西辰紀, 尾間由佳子, 原田昌彦, 堀籠智洋

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)　44th　2021

  9. 姉妹染色分体間接着はDNA損傷部位-核膜孔複合体間相互作用により促進される

    尾間由佳子, 折原行希, 高橋大輔, 高橋大輔, 小西辰紀, 原田昌彦

    日本生化学会大会(Web)　93rd　[P-448]　2020

    Publisher: (公社)日本生化学会

  10. Interaction of damaged DNA with nuclear pore complex facilitates sister chromatid cohesion

    尾間由佳子, 尾間由佳子, 折原行希, 高橋大輔, 高橋大輔, 小西辰紀, 原田昌彦

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2020　2020

    ISSN： 2186-7976

  11. ヒストンバリアントH2A.Zのゲノム導入部位決定機構解析

    高橋大輔, 北川紗帆, 小田有沙, 仮屋園遼, 尾間由佳子, 太田邦史, 原田昌彦

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)　43rd　2020

  12. ヒストンバリアントH2A.Zのクロマチン導入部位決定機構解析

    高橋大輔, 北川紗帆, 小田有沙, 仮屋園遼, 尾間由佳子, 太田邦史, 原田昌彦

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)　42nd　2019

  13. 細胞骨格、核膜と核機能の連係 アクチン関連タンパク質Arp6の核膜との機能的相互作用およびクロマチン核内配置への関与(Interactions of nuclear functions with nuclear envelopes and cytoskeltons Functional association of the actin-related protein Arp6 with the nuclear envelope and contribution to spatial arrangement of chromatin)

    吉田 貴人, 島田 健士, 尾間 由佳子, 秋村 和美, 岩橋 均, 久郷 和人, 太田 邦史, Gasser Susan, 原田 昌彦

    日本細胞生物学会大会講演要旨集　61回　114-114　2009/05

    Publisher: (一社)日本細胞生物学会

  14. Evolutionarily conserved function of the nuclear actin-related protein Arp5 in the INO80 chromatin remodeling complex

    Y. Oma, K. Kitayama, M. Harata

    FEBS JOURNAL　274　76-76　2007/07

    ISSN： 1742-464X

  15. A nuclear actin-related protein of Saccharomyces cerevisiae, Act3p/Arp4, is involved in transcriptional regulation.

    Y Oma, R Mochizuki, U Wintersberger, M Harata

    YEAST　18　S77-S77　2001/08

    ISSN： 0749-503X

  16. Actin-Related Proteins in the Nucleus and Their Involvement in the Function of Chromatin

    Masahiko HARATA, Yukako OMA, Ryo MOCHIZUKI, Shigeki MIZUNO, Laboratory of Molecular Biology Department of Molecular and Cell Biology Division of Life Science Graduate School of Agricultural Science Tohoku University, Laboratory of Molecular Biology Department of Molecular and Cell Biology Division of Life Science Graduate School of Agricultural Science Tohoku University, Laboratory of Molecular Biology Department of Molecular and Cell Biology Division of Life Science Graduate School of Agricultural Science Tohoku University, Laboratory of Molecular Biology Department of Molecular and Cell Biology Division of Life Science Graduate School of Agricultural Science Tohoku University

    Tohoku journal of agricultural research　51　(1)　29-38　2000/09/30

    ISSN： 0040-8719

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Presentations 25

  1. Phenotypic Analysis of a Histone Variant-Deficient C. elegans Mutant by Synchrotron X-ray Imaging

    Yukako Oma, Natsumi Horii, Masahiko Harata, Yuki Takayama

    Proceedings of the 82nd Annual Meeting of The Japanese Society of Microscopy　2026/05/26

  2. 線虫C. elegansにおけるH2A.Z欠損体の表現型解析：放射光X線イメージングによる可視化

    尾間 由佳子1,2、堀井 菜摘1、原田 昌彦1,2,3、高山 裕貴3,1,2 (1. 東北大・院農、2. 東北大・ A-Sync、3. 東北大・ SRIS)

    第48回 日本分子生物学会年会　2025/12/04

  3. Development of X-ray contrast labels for three-dimensional X-ray imaging of intracellular actin networks

    Yuta Kasai, Yukako Oma, Masahiko Harata, Yuki Takayama

    The 82nd Annual Meeting of the Japanese Society of Microscopy　2026/05/25

  4. Development of X-ray fluorescence microscope toward non-destructive nanoscale investigation of phase-separated structures in cell nucleus

    Yosuke Tomioka, Yukako Oma, Masahiko Harata, Yuki Takayama

    The 63rd Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan　2025/09/25

  5. Towards the utilization of the new Japanese synchrotron NanoTerasu at Tohoku University for food and agricultural products

    Masahiko Harata, Yuki Takayama, Atsushi Muramatsu, Masafumi Hidaka, Yukako Oma

    PALSA 2025, Advancing Sustainable Agriculture and Food Research　2025/08/22

  6. Visualization of Spatially Hierarchical Structures in Food and Cells via Coherent X-ray Diffraction Imaging

    Yuki Takayama, Masafumi Hidaka, Yukako Oma, Atsushi Muramatsu, Masahiko Harata

    PALSA 2025, Advancing Sustainable Agriculture and Food Research　2025/08/20

  7. Synchrotron Radiation-Based Characterization of Food and Agricultural Materials by A-Sync in Tohoku University

    Masafumi Hidaka, Yuki Takayama, Yukako Oma, Atsushi Muramatsu, Masahiko Harata

    PALSA 2025, Advancing Sustainable Agriculture and Food Research　2025/08/20

  8. Cryogenic X-ray Ptychographic Imaging of Cltured Cells toward Visualization of Hierarchical Structures of Chromatin

    Yuta Kinami, Kurumi Nishimagi, Kosei Harada, Masayoshi Nakasako, Yukako Oma, Masahiko Harata, Yuki Takayama

    21st IUPAB and 62nd BSJ joint congress 2024　2024/06/26

  9. DNA損傷損傷部位-核膜孔複合体間相互作用の損傷誘導的コヒージョンへの関与

    尾間 由佳子, 折原 行希, 高橋 大輔, 小西 辰紀, 原田 昌彦

    酵母遺伝学フォーラム第52回研究報告会　2019/09/05

  10. Involvement of cohesin SUMOylation and nuclear pore complex to DNA damage-induced sister chromatid cohesion

    尾間 由佳子, 折原 行希, 高橋 大輔, 小西 辰紀, 原田 昌彦

    第19回日本蛋白質科学会年会 第71回日本細胞生物学会大会 合同年次大会　2019/06/24

  11. Common and distinct roles of the isoforms of histone variant H2A.Z in transcriptional regulation International-presentation

    ○Daisuke Takahashi, Noboru Ogihara, Masayuki Kusakabe, Saho Kitagawa, Yukako Oma, Masahiko Harata

    26th Wilhelm Bernhard Workshop on the cell nucleus　2019/05/23

  12. ヒストンバリアントH2A.Z のクロマチン導入部位決定機構解析

    高橋大輔, 北川紗帆, 小田有沙, 仮屋園遼, 尾間由佳子, 太田邦史, 原田昌彦

    第36回 染色体ワークショップ / 第17回 核ダイナミクス研究会　2019/01/24

  13. Contribution of actin family proteins to nuclear organization

    Shota Yamazaki, Eri Ohfuchi, Yukako Oma, Kei Miyamoto, Masahiko Harata

    2018 4D Nucleome-ASCB Satellite meeting　2018/12/07

  14. Functional analysis of histone variant H2A.Z possessing a cancer associated mutation using H2A.Z-KO cells

    高橋 大輔, 日下部 将之, 折原 行希, 尾間 由佳子, 原田 昌彦

    第41回日本分子生物学会年会　2018/11/29

  15. DNA double-strand break relocation to nuclear pore complex contributes to DNA damage-induced sister chromatid cohesion International-presentation

    〇Yukako Oma, Yuki Orihara, Daisuke Takahashi, Tatsunori Konishi, Masahiko Harata

    The 11th 3R & 3C Symposium　2018/11/15

  16. DNA double-strand break relocation to nuclear pore complex contributes to DNA damage-induced sister chromatid cohesion International-presentation

    〇Yukako Oma, Yuki Orihara, Daisuke Takahashi, Tatsunori Konishi, Masahiko Harata

    The 11th 3R+3C Symposium, Kanazawa, Japan　2018/11/12

  17. がん細胞で検出されるヒストンバリアントH2A.Z変異体の解析

    成宮 巧, 日下部 将之, 折原 行希, 尾間 由佳子, 原田 昌彦?

    日本農芸化学会東北支部第153回大会　2018/09/23

  18. DNA損傷修復における細胞核構造の役割：出芽酵母をモデル系とした解析

    尾間由佳子, 折原行希, 高橋大輔, 小西辰紀, 原田昌彦

    農芸化学会 東北・北海道合同支部大会（東北支部第153回大会）　2018/09/22

  19. DNA損傷誘導的コヒージョンにおけるコヒーシンSUMO化と核膜孔複合体の関与

    尾間由佳子, 折原行希, 高橋大輔, 小西辰紀, 原田昌彦

    酵母遺伝学フォーラム第51回研究報告会　2018/09/10

  20. Involvement of histone variant H2A.Z in chromosomal segregation: analysis by genetic complementation system with H2A.Z knockout cells International-presentation

    Takahashi D, Kusakabe M, Narimiya T, Kitagawa S, Oma Y, Harata M

    22nd International Chromosome Conference　2018/09/05

  21. Contribution of nuclear pore complex to DNA damage-induced sister chromatid cohesion through promoting SUMOylation of cohesin

    Yukako Oma, Yuki Orihara, Daisuke Takahashi, Tatsunori Konishi, Masahiko Harata

    第70回日本細胞生物学会第51回日本発生生物学会合同大会/The Joint Annual Meeting of 51st JSDB and 70th JSCB　2018/06/07

  22. Contribution of nuclear pore complex to DNA damage-induced sister chromatid cohesion through promoting SUMOylation of cohesin

    〇Yukako Oma, Yuki Orihara, Daisuke Takahashi, Tatsunori Konishi, Masahiko Harata

    The Joint Annual Meeting of 51st JSDB and 70th JSCB　2018/06/06

  23. 細胞周期におけるヒストンバリアントH2A.Zの量的制御と染色体分配への関与

    高橋 大輔, 日下部 将之, 北川 紗帆, 尾間 由佳子, 原田 昌彦

    生命科学系学会合同年次大会　2017/12/06

  24. DNA損傷依存的な姉妹染色分体間接着へのSUMO化の関与

    折原行希, 尾間由佳子, 小西辰紀, 堀籠智洋, Susan Gasser, 原田昌彦

    第39回日本分子生物学会年会　2017/11/30

  25. DNA損傷誘導的な姉妹染色分体接着における核膜孔複合体の関与

    尾間由佳子, 折原行希, 小西辰紀, 堀籠智洋, Susan Gasse, 原田昌彦

    酵母遺伝学フォーラム第50回研究報告会　2017/09/11

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Research Projects 2

  1. DNA損傷修復における細胞核構造とクロマチンの相互作用：その機構解明と人為操作 Competitive

    尾間 由佳子

    Offer Organization: 日本学術振興会

    System: 特別研究員奨励費

    Category: 特別研究員奨励費

    Institution: 東北大学

    2018/04 - 2021/03

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    DNA二重鎖切断（DSB）は最も重篤なDNA損傷であり、ゲノム再編成や染色体転座を引き起こし、がんの原因となる。ショウジョウバエや哺乳類の細胞ではヘテロクロマチン領域に生じたDSBが核構造に係留され、相同組換え(HR)を促進することが報告されている。我々はこれまで、出芽酵母においてDSBが核膜近傍へ移行し、核膜孔複合体(NPC)へ係留されることを報告した。この移行に必要なクロマチン構造変換複合体は高等真核生物においても高く保存されていることから、真核生物におけるDSBの核構造への係留のメカニズムとその意義について出芽酵母をモデル系として解析を行った。 これまでに出芽酵母においてDNA損傷により姉妹染色分体間接着が誘導されること、これには接着因子コヒーシンがSUMO化修飾を受けることが必要であることが報告されていた。コヒーシンSUMO化酵素は間接的にNPCと相互作用することから、NPCに係留されたDSB領域のコヒーシンのSUMO化を促進する可能性を考え、その検証を行った。その結果、DSBのNPC移行欠損株ではコヒーシン蓄積量に変化はない一方、姉妹染色分体間接着の誘導低下とコヒーシンのSUMO化の低下が認められた。さらに、コヒーシンSUMO化酵素をDSB近傍へ人為的に結合したところ、姉妹染色分体間接着誘導が回復し、これは非SUMO化コヒーシンの過剰発現により喪失した。また、DSB領域に局在するSUMO化酵素を含む複合体とNPCとの相互作用を阻害した場合も、姉妹染色分体間接着の誘導低下が認められた。これらの結果から、DSBのNPCへの係留により、SUMO化酵素によるコヒーシンのSUMO化修飾が促進され、損傷誘導的コヒージョンの確立と正確なHRを進行させることが示唆された。本研究により、細胞核構造と損傷クロマチンの相互作用の意義の１つとして、細胞核構造がタンパク質の化学修飾の足場となりそれを制御することで、損傷修復の進行に寄与するというメカニズムの1つを提唱することができた。

  2. 核に局在するアクチン関連タンパク質ARP4が形成する複合体の機能とその調節機構

    尾間 由佳子

    Offer Organization: 日本学術振興会

    System: 科学研究費助成事業

    Category: 特別研究員奨励費

    Institution: 東北大学

    2000 - 2002

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    アクチン関連タンパク質(Arp)はクロマチン構造変換に関わるATP依存的クロマチンリモデリング酵素(ADCR)複合体やヒストンアセチル化酵素(HAT)複合体に最も広く存在する構成因子の1つである。ヒトおよびマウスの細胞核に局在するArp4サブファミリーの2つのアイソフォームArpNα,βのうち、ArpNβは哺乳類SWI/SNFクロマチンリモデリング複合体、P-BAF ADCR複合体、Tip60 HAT複合体、p400 SWI/SNF様複合体、c-Mycコアクチベーター複合体の構成因子であることが報告されている。一方、ArpNαはArpNβと94%の相同性を示すが、ArpNβと異なり脳で特異的に発現が検出されている。ArpNαを含んだタンパク質複合体についてはこれまで報告がなかったが、我々は免疫沈降法によりArpNαもArpNβと同様、哺乳類SWI/SNF複合体の構成因子であることを明らかにした。ArpNαはN末端40-82アミノ酸領域でのみArpNβとの相同性が低いことから、この領域がArpNαに特異的な機能に寄与していると予想し、two-hybrid screeningによりこの領域と相互作用するタンパク質として転写コリプレッサーCtBP1を同定した。哺乳類SWI/SNF複合体はglucocorticoid receptor(GR)による転写活性化に必要であるが、細胞内で発現させたArpNαはCtBP1依存的にGRの転写活性化能を抑制した。一方、このような転写活性化能の抑制はArpNβを発現させた場合には観察されなかった。このことから、脳特異的なArpNαを含むSWI/SNF複合体がArpNβを含む複合体とは異なった遺伝子の発現制御を行うことで、神経細胞の分化や機能に関与している可能性が示唆された。