研究者詳細

顔写真

フクザワ　カオリ
福澤　薫
Kaori Fukuzawa
所属
大学院工学研究科　バイオ工学専攻　生体機能化学講座（タンパク質工学分野）
職名
特任教授（研究）
学位

  • 修士（理学）（立教大学）

  • 博士（工学）（東京大学）

経歴 7

  • 2022年4月 ～ 継続中
    大阪大学　大学院薬学研究科　教授

  • 2020年4月 ～ 継続中
    東北大学　大学院工学研究科　特任教授

  • 2016年10月 ～ 2022年3月
    星薬科大学　薬学部 薬品物理化学研究室　准教授

  • 2018年4月 ～ 2019年3月
    神戸大学　学術研究推進機構学術・産業イノベーション創造本部　客員教授

  • 2014年4月 ～ 2018年3月
    神戸大学　連携創造本部　客員准教授

  • 2014年7月 ～ 2016年9月
    日本大学　松戸歯学部　助教

  • 2000年4月1日 ～ 2014年6月30日
    みずほ情報総研株式会社　サイエンスソリューション部　コンサルタント、チーフコンサルタントを経てマネジャー

︎全件表示 ︎最初の5件までを表示

学歴 3

  • 立教大学　理学研究科　化学専攻

    1997年4月1日 ～ 2000年3月31日

  • 立教大学　理学研究科　化学専攻

    1995年4月1日 ～ 1997年3月31日

  • 立教大学　理学部　化学科

    1991年4月1日 ～ 1995年3月31日

委員歴 11

  • 一般社団法人 HPCIコンソーシアム　理事

    2024年6月 ～ 継続中

  • 大阪大学教育研究評議会　評議員

    2024年4月 ～ 継続中

  • CBIジャーナル　編集委員長

    2024年4月 ～ 継続中

  • 文部科学省 HPCI計画推進委員会　委員

    2023年4月 ～ 継続中

  • 日本薬学会構造活性相関部会　幹事

    2019年4月 ～ 継続中

  • CBI学会FMO研究会　主査

    2016年8月 ～ 継続中

  • FMO創薬コンソーシアム　代表

    2014年11月 ～ 継続中

  • CBI学会　評議員

    2014年 ～ 継続中

  • 分子科学会　編集委員

    2014年11月 ～ 2022年8月

  • FMO研究会　幹事

    2012年4月 ～ 2016年7月

  • 日本コンピュータ化学会　理事

    2022年4月 ～

︎全件表示 ︎最初の5件までを表示

所属学協会 6

  • 日本DDS学会

  • 日本コンピュータ化学会

  • 日本薬学会

  • 分子科学会

  • 日本化学会

  • CBI学会

︎全件表示 ︎最初の5件までを表示

研究キーワード 7

  • BioStation

  • ABINIT-MP

  • FMO創薬

  • フラグメント分子軌道法（FMO法）

  • 量子化学

  • 計算構造生物学

  • 計算生命科学

研究分野 5

  • ナノテク・材料 / 基礎物理化学 /

  • ライフサイエンス / 構造生物化学 /

  • ナノテク・材料 / 生体化学 /

  • ナノテク・材料 / 生物分子化学 /

  • 情報通信 / 計算科学 /

受賞 5

  1. 第11回 HPCI利用研究課題優秀成果賞

    2024年10月

  2. 大谷賞

    2019年5月　星薬科大学

  3. 第５回 「京を中核とする」HPCIシステム利用研究課題 優秀成果賞

    2018年11月

  4. 第4回 「京を中核とする」HPCIシステム利用研究課題 優秀成果賞

    2017年11月

  5. 第８回 資生堂女性研究者サイエンスグラント

    2017年6月

論文 188

  1. The Effectiveness of Local Fine-Tuned LLMs: Assessment of the Japanese National Examination for Pharmacists 査読有り

    Hiroto Asano, Daisuke Takaya, Asuka Hatabu, Minako Ohishi, Kaori Fukuzawa, Kenji Ikeda, Yu-Shi Tian

    2025年4月15日

    DOI： 10.21203/rs.3.rs-6444534/v1 　

  2. The seventh blind test of crystal structure prediction: structure generation methods 査読有り

    Lily M. Hunnisett, Jonas Nyman, Nicholas Francia, Nathan S. Abraham, Claire S. Adjiman, Srinivasulu Aitipamula, Tamador Alkhidir, Mubarak Almehairbi, Andrea Anelli, Dylan M. Anstine, John E. Anthony, Joseph E. Arnold, Faezeh Bahrami, Michael A. Bellucci, Rajni M. Bhardwaj, Imanuel Bier, Joanna A. Bis, A. Daniel Boese, David H. Bowskill, James Bramley, Jan Gerit Brandenburg, Doris E. Braun, Patrick W. V. Butler, Joseph Cadden, Stephen Carino, Eric J. Chan, Chao Chang, Bingqing Cheng, Sarah M. Clarke, Simon J. Coles, Richard I. Cooper, Ricky Couch, Ramon Cuadrado, Tom Darden, Graeme M. Day, Hanno Dietrich, Yiming Ding, Antonio DiPasquale, Bhausaheb Dhokale, Bouke P. van Eijck, Mark R. J. Elsegood, Dzmitry Firaha, Wenbo Fu, Kaori Fukuzawa, Joseph Glover, Hitoshi Goto, Chandler Greenwell, Rui Guo, Jürgen Harter, Julian Helfferich, Detlef W. M. Hofmann, Johannes Hoja, John Hone, Richard Hong, Geoffrey Hutchison, Yasuhiro Ikabata, Olexandr Isayev, Ommair Ishaque, Varsha Jain, Yingdi Jin, Aling Jing, Erin R. Johnson, Ian Jones, K. V. Jovan Jose, Elena A. Kabova, Adam Keates, Paul F. Kelly, Dmitry Khakimov, Stefanos Konstantinopoulos, Liudmila N. Kuleshova, He Li, Xiaolu Lin, Alexander List, Congcong Liu, Yifei Michelle Liu, Zenghui Liu, Zhi-Pan Liu, Joseph W. Lubach, Noa Marom, Alexander A. Maryewski, Hiroyuki Matsui, Alessandra Mattei, R. Alex Mayo, John W. Melkumov, Sharmarke Mohamed, Zahrasadat Momenzadeh Abardeh, Hari S. Muddana, Naofumi Nakayama, Kamal Singh Nayal, Marcus A. Neumann, Rahul Nikhar, Shigeaki Obata, Dana O'Connor, Artem R. Oganov, Koji Okuwaki, Alberto Otero-de-la-Roza, Constantinos C. Pantelides, Sean Parkin, Chris J. Pickard, Luca Pilia, Tatyana Pivina, Rafał Podeszwa, Alastair J. A. Price, Louise S. Price, Sarah L. Price, Michael R. Probert, Angeles Pulido, Gunjan Rajendra Ramteke, Atta Ur Rehman, Susan M. Reutzel-Edens, Jutta Rogal, Marta J. Ross, Adrian F. Rumson, Ghazala Sadiq, Zeinab M. Saeed, Alireza Salimi, Matteo Salvalaglio, Leticia Sanders de Almada, Kiran Sasikumar, Sivakumar Sekharan, Cheng Shang, Kenneth Shankland, Kotaro Shinohara, Baimei Shi, Xuekun Shi, A. Geoffrey Skillman, Hongxing Song, Nina Strasser, Jacco van de Streek, Isaac J. Sugden, Guangxu Sun, Krzysztof Szalewicz, Benjamin I. Tan, Lu Tan, Frank Tarczynski, Christopher R. Taylor, Alexandre Tkatchenko, Rithwik Tom, Mark E. Tuckerman, Yohei Utsumi, Leslie Vogt-Maranto, Jake Weatherston, Luke J. Wilkinson, Robert D. Willacy, Lukasz Wojtas, Grahame R. Woollam, Zhuocen Yang, Etsuo Yonemochi, Xin Yue, Qun Zeng, Yizu Zhang, Tian Zhou, Yunfei Zhou, Roman Zubatyuk, Jason C. Cole

    Acta Crystallographica Section B Structural Science, Crystal Engineering and Materials　80　(6)　2024年12月1日

    出版者・発行元： International Union of Crystallography (IUCr)

    DOI： 10.1107/s2052520624007492 　

    eISSN：2052-5206

    詳細を見る 詳細を閉じる

    A seventh blind test of crystal structure prediction was organized by the Cambridge Crystallographic Data Centre featuring seven target systems of varying complexity: a silicon and iodine-containing molecule, a copper coordination complex, a near-rigid molecule, a cocrystal, a polymorphic small agrochemical, a highly flexible polymorphic drug candidate, and a polymorphic morpholine salt. In this first of two parts focusing on structure generation methods, many crystal structure prediction (CSP) methods performed well for the small but flexible agrochemical compound, successfully reproducing the experimentally observed crystal structures, while few groups were successful for the systems of higher complexity. A powder X-ray diffraction (PXRD) assisted exercise demonstrated the use of CSP in successfully determining a crystal structure from a low-quality PXRD pattern. The use of CSP in the prediction of likely cocrystal stoichiometry was also explored, demonstrating multiple possible approaches. Crystallographic disorder emerged as an important theme throughout the test as both a challenge for analysis and a major achievement where two groups blindly predicted the existence of disorder for the first time. Additionally, large-scale comparisons of the sets of predicted crystal structures also showed that some methods yield sets that largely contain the same crystal structures.

  3. Quantum chemical calculation dataset for representative protein folds by the fragment molecular orbital method 査読有り

    Daisuke Takaya, Shu Ohno, Toma Miyagishi, Sota Tanaka, Koji Okuwaki, Chiduru Watanabe, Koichiro Kato, Yu-Shi Tian, Kaori Fukuzawa

    Scientific Data　2024年10月23日

    DOI： 10.1038/s41597-024-03999-2 　

  4. Effects of Glass Bead Size on Dissolution Profiles in Flow-through Dissolution Systems (USP 4) 査読有り

    Hiroyuki Yoshida, Keita Teruya, Yasuhiro Abe, Takayuki Furuishi, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi, Ken-ichi Izutsu

    AAPS PharmSciTech　25　(8)　2024年10月22日

    出版者・発行元： Springer Science and Business Media LLC

    DOI： 10.1208/s12249-024-02972-x 　

    eISSN：1530-9932

  5. New Catalytic Residues and Catalytic Mechanism of the RNase T1 Family 査読有り

    Katsuki Takebe, Mamoru Suzuki, Yumiko Hara, Takuya Katsutani, Naomi Motoyoshi, Tadashi Itagaki, Shuhei Miyakawa, Kuniaki Okamoto, Kaori Fukuzawa, Hiroko Kobayashi

    ACS Bio & Med Chem Au　2024年9月20日

    出版者・発行元： American Chemical Society (ACS)

    DOI： 10.1021/acsbiomedchemau.4c00046 　

    ISSN：2694-2437

    eISSN：2694-2437

  6. Docosahexaenoic acid enhances the treatment efficacy for castration-resistant prostate cancer by inhibiting autophagy through Atg4B inhibition. 国際誌 査読有り

    Yudai Kudo, Kana Nakamura, Honoka Tsuzuki, Kotaro Hirota, Mina Kawai, Daisuke Takaya, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma, Yuta Yoshino, Mitsuhiro Nakamura, Masaki Shiota, Naohiro Fujimoto, Akira Ikari, Satoshi Endo

    Archives of biochemistry and biophysics　760　110135-110135　2024年8月23日

    DOI： 10.1016/j.abb.2024.110135 　

    詳細を見る 詳細を閉じる

    Autophagy induction in cancer is involved in cancer progression and the acquisition of resistance to anticancer agents. Therefore, autophagy is considered a potential therapeutic target in cancer therapy. In this study, we found that long-chain fatty acids (LCFAs) have inhibitory effects on Atg4B, which is essential for autophagosome formation, through screening based on the pharmacophore of 21f, a recently developed Atg4B inhibitor. Among these fatty acids, docosahexaenoic acid (DHA), a polyunsaturated fatty acid, exhibited the most potent Atg4B inhibitory activity. DHA inhibited autophagy induced by androgen receptor signaling inhibitors (ARSI) in LNCaP and 22Rv1 prostate cancer cells and significantly increased apoptotic cell death. Furthermore, we investigated the effect of DHA on resistance to ARSI by establishing darolutamide-resistant prostate cancer 22Rv1 (22Rv1/Dar) cells, which had developed resistance to darolutamide, a novel ARSI. At baseline, 22Rv1/Dar cells showed a higher autophagy level than parental 22Rv1 cells. DHA significantly suppressed Dar-induced autophagy and sensitized 22Rv1/Dar cells by inducing apoptotic cell death through mitochondrial dysfunction. These results suggest that DHA supplementation may improve prostate cancer therapy with ARSI.

  7. Geometry Optimization using the Frozen Domain and Partial Dimer Approach with the Fragment Molecular Orbital Method: Implementation, Benchmark, and Application for Ligand-Binding Site of Proteins

    Koji Okuwaki, Naoki Watanabe, Koichiro Kato, Chiduru Watanabe, Naofumi Nakayama, Akifumi Kato, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Teruki Honma, Kaori Fukuzawa

    2024年7月24日

    出版者・発行元： American Chemical Society (ACS)

    DOI： 10.26434/chemrxiv-2024-t9m7z 　

    詳細を見る 詳細を閉じる

    The frozen domain (FD) approximation with fragment molecular orbital (FMO) method is efficient for partial geometry optimization of large systems. We implemented the FD formulation (FD and frozen domain dimer [FDD] methods) already proposed by Fedorov, D. G. et al. (J. Phys. Chem. Lett. 2011, 2 (4), 282–288.); proposed a variation of it, namely frozen domain and partial dimer (FDPD) method; and applied it to several protein-ligand complexes. The computational time for geometry optimization at the FDPD/HF/6-31G* level for the active site (six fragments) of the largest β2-adrenergic G protein-coupled receptor (440 residues) was almost half that of the conventional partial geometry optimization method. In the human estrogen receptor, the crystal structure was refined by FDPD geometry optimization of estradiol, surrounding hydrogen-bonded residues and a water molecule. The rather polarized ligand binding site of influenza virus neuraminidase was also optimized by FDPD optimization, which relaxed steric repulsion around the ligand in the crystal structure and optimized hydrogen bonding. For Serine-Threonine Kinase Pim1 and six inhibitors, the structures of the ligand binding site, Lys67, Glu121, Arg122, and benzofuranone ring and indole/azaindole ring of the ligand, were optimized at FDPD/HF/6-31G* and the ligand binding energy was estimated at the FMO-MP2/6-31G* level. As a result, the correlation coefficient between pIC50 and ligand binding energy was considerably improved as compared to results from both molecular mechanics- and quantum mechanics/molecular mechanics-optimized geometries. Thus, this approach is promising as a high-precision structure refinement method for structure-based drug discovery.

  8. A machine learning model for predicting quantum chemistry based protein-drug molecule interactions 査読有り

    Ryosuke KITA, Chiduru WATANABE, Masateru OHTA, Naoki TANIMURA, Koji OKUWAKI, Mitsunori IKEGUCHI, Kaori FUKUZAWA, Teruki HONMA, Tsuyohiko FUJIGAYA, Koichiro KATO

    The 38th Annual Conference of the Japanese Society for Artificial Intelligence　38　2024年5月

    DOI： 10.11517/pjsai.JSAI2024.0_4Q3IS2d05 　

  9. Characterization and drug solubilization of arginine-based ionic liquids – Impact of counterions and stoichiometry 査読有り

    Siran Wang, Qihui Xu, Takayuki Furuishi, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi

    International Journal of Pharmaceutics　124228-124228　2024年5月

    出版者・発行元： Elsevier BV

    DOI： 10.1016/j.ijpharm.2024.124228 　

    ISSN：0378-5173

  10. Crystal Polymorph Search in the NPT Ensemble via a Deposition/Sublimation Alchemical Path 査読有り

    Aaron J. Nessler, Okimasa Okada, Yuya Kinoshita, Koki Nishimura, Hiroomi Nagata, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi, Michael J. Schnieders

    Crystal Growth & Design　2024年4月17日

    DOI： 10.1021/acs.cgd.3c01358 　

  11. The Development and Characterization of Novel Ionic Liquids Based on Mono- and Dicarboxylates with Meglumine for Drug Solubilizers and Skin Permeation Enhancers 査読有り

    Takayuki Furuishi, Sara Taguchi, Siran Wang, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi

    Pharmaceutics　16　(3)　322-322　2024年2月26日

    出版者・発行元： MDPI AG

    DOI： 10.3390/pharmaceutics16030322 　

    eISSN：1999-4923

    詳細を見る 詳細を閉じる

    In this study, we synthesized a family of novel ionic liquids (ILs) with meglumine (MGM) as cations and tartaric acid (TA), azelaic acid (AA), geranic acid (GA), and capric acid (CPA) as anions, using pharmaceutical additives via simple acid–base neutralization reactions. The successful synthesis was validated by attenuated total reflection–Fourier transform infrared (ATR-FTIR) and powder X-ray diffraction (PXRD). Thermal analysis using differential scanning calorimetry confirmed the glass transition temperature of MGM-ILs to be within the range of −43.4 °C–−13.8 °C. We investigated the solubilization of 15 drugs with varying pKa and partition coefficient (log P) values using these ILs and performed a comparative analysis. Furthermore, we present MGM-IL as a new skin permeation enhancer for the drug model flurbiprofen (FRP). We confirmed that AA/MGM-IL improves the skin permeation of FRP through hairless mouse skin. Moreover, AA/MGM-IL enhanced drug skin permeability by affecting keratin rather than stratum corneum lipids, as confirmed by ATR-FTIR. To conclude, MGM-ILs exhibited potential as drug solubilizer and skin permeation enhancers of drugs.

  12. FMOe: Preprocessing and visualizing package of the fragment molecular orbital method for Molecular Operating Environment and its applications in covalent ligand and metalloprotein analyses 査読有り

    Hirotomo Moriwaki, Yusuke Kawashima, Chiduru Watanabe, Kikuko Kamisaka, Yoshio Okiyama, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma

    2024年2月8日

    出版者・発行元： American Chemical Society (ACS)

    DOI： 10.26434/chemrxiv-2024-2xk5n 　

    詳細を見る 詳細を閉じる

    The fragment molecular orbital (FMO) method is an efficient quantum chemical calculation technique for large biomolecules, dividing each into smaller fragments and providing inter-fragment interaction energies (IFIEs) that support our understanding of molecular recognition. The ab initio fragment MO method program (ABINIT-MP), an FMO processing software, can automatically divide typical proteins and nucleic acids. In contrast, small molecules such as ligands and hetero systems must be manually divided. Thus, we developed a graphical user interface to easily handle such manual fragmentation as a library for Molecular Operating Environment (MOE) that preprocesses and visualizes FMO calculations. We demonstrated fragmentation with IFIE analyses for the two following cases: 1) covalent cysteine–ligand bonding inside the SARS-CoV-2 main protease (Mpro) and nirmatrelvir (Paxlovid) complex, and 2) the metal coordination inside a zinc-bound cyclic peptide. IFIE analysis successfully identified the key amino acid residues for the molecular recognition of nirmatrelrvir with Mpro and the details of their interactions (e.g., hydrogen bonds and CH/π interactions) via ligand fragmentation of functional group units. In metalloproteins, we found an efficient and accurate scheme for the fragmentation of Zn2+ ions with four histidines coordinated to the ion. FMOe simplifies manual fragmentation, allowing users to experiment with various fragmentation patterns and perform in-depth IFIE analysis with high accuracy. In the future, our findings will provide valuable insight into complicated cases, such as ligand fragmentation in modality drug discovery, especially for medium-sized molecules and metalloprotein fragmentation around metals.

  13. Analysis of Moisture Stability in Amorphous Solid DispersionsUsing Molecular Dynamics and FMO Methods

    Honoka MATSUMOTO, Koji OKUWAKI, Kenjirou HIGASHI, Takayuki FURUISHI, Kaori FUKUZAWA, Etsuo YONEMOCHI

    Journal of Computer Chemistry, Japan　23　(4)　115-125　2024年

    出版者・発行元： Society of Computer Chemistry Japan

    DOI： 10.2477/jccj.2024-0031 　

    ISSN：1347-1767

    eISSN：1347-3824

  14. Probing RNA–Small Molecule Interactions Using Biophysical and Computational Approaches 査読有り

    Amiu Shino, Maina Otsu, Koji Imai, Kaori Fukuzawa, Ella Czarina Morishita

    ACS Chemical Biology　2023年11月17日

    DOI： 10.1021/acschembio.3c00287 　

  15. Pateamine A mediates RNA sequence-selective translation repression by anchoring eIF4A and DDX3 to GNG motifs

    Shintaro Iwasaki, Hironori Saito, Yuma Handa, Mingming Chen, Tilman Schneider-Poetsch, Yuichi Shichino, Mari Takahashi, Daniel Romo, Minoru Yoshida, Alois Furstner, Takuhiro Ito, Kaori Fukuzawa

    2023年9月21日

    DOI： 10.1101/2023.09.21.558742 　

  16. Crystal structure prediction with force field, DFT-D3 and FMO techniques

    S. Obata, Y. Utsumi, Y. Ikabata, K. Okuwaki, K. Fukuzawa, N. Nakayama, E. Yonemochi, H. Goto

    Acta Crystallographica Section A Foundations and Advances　79　(a2)　C890-C890　2023年8月22日

    出版者・発行元： International Union of Crystallography (IUCr)

    DOI： 10.1107/s2053273323087314 　

    ISSN：2053-2733

  17. Prediction of Binding Pose and Affinity of SARS-CoV-2 Main Protease and Repositioned Drugs by Combining Docking, Molecular Dynamics, and Fragment Molecular Orbital Calculations 査読有り

    Yuma Handa, Koji Okuwaki, Yusuke Kawashima, Ryo Hatada, Yuji Mochizuki, Yuto Komeiji, Shigenori Tanaka, Takayuki Furuishi, Etsuo Yonemochi, Teruki Honma, Kaori Fukuzawa

    2023年7月25日

    出版者・発行元： American Chemical Society (ACS)

    DOI： 10.26434/chemrxiv-2023-hrsvj 　

    詳細を見る 詳細を閉じる

    COVID-19 remains a global pandemic, necessitating the urgent development of more effective therapeutics. By combining molecular docking, molecular dynamics (MD), and fragment molecular orbital (FMO) calculations, the binding structure and properties with Mpro were predicted for Nelfinavir (NLF), which was identified as a candidate compound through drug repositioning targeting the Main Protease (Mpro) produced by the causative virus, SARS-CoV-2. For the four docking poses selected by scoring using FMO energy, 100 structures each from the MD trajectory were sampled, and FMO calculations were performed and ranked based on binding energy. Besides the interaction between NLF and each Mpro residue, the desolvation effect of the pocket affected the ranking order. Furthermore, we identified several residues important in ligand recognition, including Glu47, Asp48, Glu166, Asp187, and Gln189, all of which interacted strongly with NLF. Asn142 was mentioned as a residue with hydrogen bonds or CH/π interaction with NLF; however, it was considered a transient interacting residue because of its unstable structure. Moreover, the tert-butyl group of NLF had no interaction with Mpro. Identifying weak interactions provides candidates for substituting ligand functional groups and important suggestions for drug discovery using drug repositioning. Our approach provides a new guideline for structure-based drug design starting from a candidate compound whose complex crystal structure has not been obtained.

  18. Application of Model Core Potentials to Zn- and Mg-containing Metalloproteins in the Fragment Molecular Orbital Method 査読有り

    Koichiro Kato*, Ami Yamamoto, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa

    Chem-Bio Informatics Journal　23　14-25　2023年7月20日

    出版者・発行元： Chem-Bio Informatics Society

    DOI： 10.1273/cbij.23.14 　

    ISSN：1347-6297

    eISSN：1347-0442

  19. Structural and Computational Analyses of the Unique Interactions of Opicapone in the Binding Pocket of Catechol O-Methyltransferase: A Crystallographic Study and Fragment Molecular Orbital Analyses 査読有り

    Katsuki Takebe, Mamoru Suzuki, Takao Kuwada-Kusunose, Satoko Shirai, Kaori Fukuzawa, Tomoko Takamiya, Narikazu Uzawa, Hiroshi Iijima

    Journal of Chemical Information and Modeling　2023年7月12日

    出版者・発行元： American Chemical Society (ACS)

    DOI： 10.1021/acs.jcim.3c00331 　

    ISSN：1549-9596

    eISSN：1549-960X

  20. Characterization of Co-amorphous Carvedilol–Maleic Acid System Prepared by Solvent Evaporation 査読有り

    Takayuki Furuishi, Nanami Sato-Hata, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi

    Pharmaceutical Development and Technology　1-13　2023年3月22日

    出版者・発行元： Informa UK Limited

    DOI： 10.1080/10837450.2023.2194406 　

    ISSN：1083-7450

    eISSN：1097-9867

  21. Functional molecular evolution of a GTP sensing kinase: PI5P4Kβ. 国際誌 査読有り

    Koh Takeuchi, Miki Senda, Yoshiki Ikeda, Koji Okuwaki, Kaori Fukuzawa, So Nakagawa, Mika Sasaki, Atsuo T Sasaki, Toshiya Senda

    The FEBS journal　2023年3月1日

    DOI： 10.1111/febs.16763 　

    詳細を見る 詳細を閉じる

    Over 4 billion years of evolution, multiple mutations, including nucleotide substitutions, gene and genome duplications, and recombination, have established de novo genes that translate into proteins with novel properties essential for high-order cellular functions. However, molecular processes through which a protein evolutionarily acquires a novel function are mostly speculative. Recently, we have provided evidence for a potential evolutionary mechanism underlying how, in mammalian cells, phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase β (PI5P4Kβ) evolved into a GTP sensor from ATP-utilizing kinase. Mechanistically, PI5P4Kβ has acquired the guanine efficient association (GEA) motif by mutating its nucleotide base recognition sequence, enabling the evolutionary transition from an ATP-dependent kinase to a distinct GTP/ATP dual kinase with its KM for GTP falling into physiological GTP concentrations-the genesis of GTP sensing activity. Importantly, the GTP sensing activity of PI5P4Kβ is critical for the manifestation of cellular metabolism and tumorigenic activity in the multicellular organism. The combination of structural, biochemical, and biophysical analyses used in our study provides a novel framework for analyzing how a protein can evolutionarily acquire a novel activity, which potentially introduces a critical function to the cell.

  22. Structure and Mechanism Analysis of Proteins by Fragment Molecular Orbital Calculations 招待有り 査読有り

    Kaori FUKUZAWA, Chiduru WATANABE, Koichiro KATO

    Nihon Kessho Gakkaishi　65　(1)　17-25　2023年2月28日

    出版者・発行元： The Crystallographic Society of Japan

    DOI： 10.5940/jcrsj.65.17 　

    ISSN：0369-4585

    eISSN：1884-5576

  23. Promoting Activity of Terpenes on Skin Permeation of Famotidine 査読有り

    Qihui Xu, Yifan Wu, Hiroki Saito, Yuki Ofuchi, Haruna Setoyama, Takayuki Furuishi, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi, Yasuko Obata

    Chemical and Pharmaceutical Bulletin　71　(2)　111-119　2023年2月1日

    出版者・発行元： Pharmaceutical Society of Japan

    DOI： 10.1248/cpb.c22-00568 　

    ISSN：0009-2363

    eISSN：1347-5223

  24. Physicochemical Properties and Transdermal Absorption of a Flurbiprofen and Lidocaine Complex in the Non-Crystalline Form 査読有り

    Qihui Xu, Takayuki Furuishi, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi

    Pharmaceutics　15　(2)　318　2023年1月

    DOI： 10.3390/pharmaceutics15020318 　

    eISSN：1999-4923

  25. Quantum Chemical Interaction Analysis between SARS-CoV-2 Main Protease and Ensitrelvir (Xocova) Compared with Its Initial Screening Hit 査読有り

    Chiduru Watanabe, Shigenori Tanaka, Yoshio Okiyama, Hitomi Yuki, Tatsuya Ohyama, Kikuko Kamisaka, Daisuke Takaya, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma

    2022年12月2日

    出版者・発行元： American Chemical Society (ACS)

    DOI： 10.26434/chemrxiv-2022-drwc0 　

    詳細を見る 詳細を閉じる

    A non-covalent oral drug targeting severe acute respiratory syndrome-coronavirus-2 (SARS-CoV-2) main protease (Mpro), ensitrelvir (brand name Xocova), has been developed by Unoh et al. (J. Med. Chem. 2022, 65, 9, 6499–6512) using structure-based drug design (SBDD). To elucidate the factors responsible for the enhanced inhibitory activities from in silico screening hit compound to ensitrelvir, we analyzed interaction energies between the inhibitor and each residue of Mpro using fragment molecular orbital (FMO) calculations. This analysis reveals that functional group conversion for P1’ and P1 parts in the two inhibitors increases the strength of existing interactions with Mpro and also provides novel interactions for ensitrelvir. Moreover, the associated slight changes in the conformation of Mpro induce further interactions for ensitrelvir in other parts, including hydrogen bonds, a halogen bond, and π-orbital interactions. Thus, we shed light on the promising strategies of SBDD for leading ensitrelvir to get higher inhibitory activity against Mpro by elucidating microscopic interactions through FMO-based analysis. These detailed mechanism findings, including water cross-linkings, will give a powerful tool for further improvement in SBDD.

  26. Molecular action of larvicidal flavonoids on ecdysteroidogenic glutathione S-transferase Noppera-bo in Aedes aegypti 査読有り

    Kazue Inaba, Kana Ebihara, Miki Senda, Ryunosuke Yoshino, Chisako Sakuma, Kotaro Koiwai, Daisuke Takaya, Chiduru Watanabe, Akira Watanabe, Yusuke Kawashima, Kaori Fukuzawa, Riyo Imamura, Hirotatsu Kojima, Takayoshi Okabe, Nozomi Uemura, Shinji Kasai, Hirotaka Kanuka, Takashi Nishimura, Kodai Watanabe, Hideshi Inoue, Yuuta Fujikawa, Teruki Honma, Takatsugu Hirokawa, Toshiya Senda, Ryusuke Niwa

    BMC Biology　20　(1)　2022年12月

    出版者・発行元： Springer Science and Business Media LLC

    DOI： 10.1186/s12915-022-01233-2 　

    eISSN：1741-7007

    詳細を見る 詳細を閉じる

    <title>Abstract</title><sec> <title>Background</title> Mosquito control is a crucial global issue for protecting the human community from mosquito-borne diseases. There is an urgent need for the development of selective and safe reagents for mosquito control. Flavonoids, a group of chemical substances with variable phenolic structures, such as daidzein, have been suggested as potential mosquito larvicides with less risk to the environment. However, the mode of mosquito larvicidal action of flavonoids has not been elucidated. </sec><sec> <title>Results</title> Here, we report that several flavonoids, including daidzein, inhibit the activity of glutathione <italic>S</italic>-transferase Noppera-bo (Nobo), an enzyme used for the biosynthesis of the insect steroid hormone ecdysone, in the yellow fever mosquito <italic>Aedes aegypti</italic>. The crystal structure of the Nobo protein of <italic>Ae. aegypti</italic> (AeNobo) complexed with the flavonoids and its molecular dynamics simulation revealed that Glu113 forms a hydrogen bond with the flavonoid inhibitors. Consistent with this observation, substitution of Glu113 with Ala drastically reduced the inhibitory activity of the flavonoids against AeNobo. Among the identified flavonoid-type inhibitors, desmethylglycitein (4′,6,7-trihydroxyisoflavone) exhibited the highest inhibitory activity in vitro. Moreover, the inhibitory activities of the flavonoids correlated with the larvicidal activity, as desmethylglycitein suppressed <italic>Ae. aegypti</italic> larval development more efficiently than daidzein. </sec><sec> <title>Conclusion</title> Our study demonstrates the mode of action of flavonoids on the <italic>Ae. aegypti</italic> Nobo protein at the atomic, enzymatic, and organismal levels. </sec>

  27. Fragment molecular orbital calculations containing Mg&lt;sup&gt;2+&lt;/sup&gt; ions: PPlase domain of Cyclophilin G 査読有り

    Masayasu Fujii, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka

    Chem-Bio Informatics Journal　22　55-62　2022年9月16日

    出版者・発行元： Chem-Bio Informatics Society

    DOI： 10.1273/cbij.22.55 　

    ISSN：1347-6297

    eISSN：1347-0442

  28. Evaluating the correlation of binding affinities between isothermal titration calorimetry and fragment molecular orbital method of estrogen receptor beta with diarylpropionitrile (DPN) or DPN derivatives. 国際誌 査読有り

    Chiaki Handa, Yuki Yamazaki, Shigeru Yonekubo, Noritaka Furuya, Takaki Momose, Tomonaga Ozawa, Takayuki Furuishi, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi

    The Journal of steroid biochemistry and molecular biology　222　106152-106152　2022年9月

    DOI： 10.1016/j.jsbmb.2022.106152 　

    詳細を見る 詳細を閉じる

    Estrogen receptors (ERs) are ligand-activated transcription factors, with two subtypes ERα and ERβ. The endogenous ligand of ERs is the common 17β-estradiol, and the ligand-binding pocket of ERα and ERβ is very similar. Nevertheless, some ERβ-selective agonist ligands have been reported. DPN (diarylpropionitrile) is a widely used ERβ-selective agonist; however, the structure of the ERβ-DPN complex has not been solved. Therefore, the bound-state conformation of DPN and its enantioselectivity remain unresolved. In this report, we present the structures of the complexes of ERβ with DPN or its derivatives that include a chlorine atom by the X-ray crystallography. Additionally, we measured the binding affinity between ERβ and DPN or derivatives by isothermal titration calorimetry (ITC) and estimated the binding affinity by fragment molecular orbital (FMO) calculations. We also examined the correlation between the ITC data and results from the FMO calculations. FMO calculations showed that S-DPN interacts strongly with three amino acids (Glu305, Phe356, and His475) of ERβ, and ITC measurements confirmed that the chlorine atom of the DPN derivatives enhances binding affinity. The enthalpy change by ITC correlated strongly with the interaction energy (total IFIEs; inter-fragment interaction energies) calculated by FMO (R = 0.870). We propose that FMO calculations are a valuable approach for enhancing enthalpy contributions in drug design, and its scope of applications includes halogen atoms such as chlorine. This study is the first quantitative comparison of thermodynamic parameters obtained from ITC measurements and FMO calculations, providing new insights for future precise drug design.

  29. Study of Orally Disintegrating Tablets Using Erythritol as an Excipient Produced by Moisture-Activated Dry Granulation (MADG) 査読有り

    Mizuki Yamada, Agata Ishikawa, Shun Muramatsu, Takayuki Furuishi, Yoshinori Onuki, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi

    Pharmaceuticals　15　(8)　1004-1004　2022年8月15日

    出版者・発行元： MDPI AG

    DOI： 10.3390/ph15081004 　

    eISSN：1424-8247

    詳細を見る 詳細を閉じる

    Moisture-activated dry granulation (MADG) is an eco-friendly granulation method that uses a small amount of water and insoluble excipients to absorb moisture. MADG is expected to improve productivity and reduce costs. Erythritol, an excipient used for preparing orally disintegrating tablets (ODTs), has poor tabletability and is difficult to form into tablets by conventional methods, such as high-shear granulation (HSG) and direct compression. In this study, we optimized the manufacturing conditions for ODTs to improve the tabletability of erythritol using MADG. The disintegration time of tablets made using the MADG method was approximately one-tenth that of those made using the HSG method, and the hardness was approximately 1.4 times higher. Moreover, MADG could delay disintegration and improve tabletability. We further attempted to optimize the manufacturing conditions using MADG, particularly in terms of the amount of water used. The disintegration time increased as the amount of added water increased. Moreover, water absorption tests revealed that capillary wetting decreased as the amount of water added increased, but the initial wetting did not change. These results suggested that the disintegration time was prolonged because of the increase in granule density and decrease in capillary wetting with the increase in the amount of added water. The hardness of the tablets increased because of the easy deformation of the granules after the addition of up to 3% water; however, when more than 3% water was added, the hardness decreased because of the aggregation of the granules with the excess water. Finally, two-dimensional maps of the effect of the amount of added water and water activity indicated that tablets with a hardness of ≥80 N and a disintegration time of ≤15 s could be produced by adjusting the amount of added water to within the range of 2.2–3.3% and water activity to 0.3–0.53. These results indicate that MADG can improve the tabletability of erythritol and be used for the granulation of ODTs. Tablets with appropriate hardness and disintegration properties can be produced by adjusting the water content to approximately 2.7% and the water activity to approximately 0.4 when producing ODTs with MADG.

  30. Protein–ligand binding affinity prediction of cyclin‐dependent kinase‐2 inhibitors by dynamically averaged fragment molecular orbital‐based interaction energy 査読有り

    Kenichiro Takaba, Chiduru Watanabe, Atsushi Tokuhisa, Yoshinobu Akinaga, Biao Ma, Ryo Kanada, Mitsugu Araki, Yasushi Okuno, Yusuke Kawashima, Hirotomo Moriwaki, Norihito Kawashita, Teruki Honma, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka

    Journal of Computational Chemistry　43　(20)　1362-1371　2022年7月30日

    出版者・発行元： Wiley

    DOI： 10.1002/jcc.26940 　

    ISSN：0192-8651

    eISSN：1096-987X

  31. The GTP responsiveness of PI5P4Kβ evolved from a compromised trade-off between activity and specificity. 国際誌 査読有り

    Koh Takeuchi, Yoshiki Ikeda, Miki Senda, Ayaka Harada, Koji Okuwaki, Kaori Fukuzawa, So Nakagawa, Hong Yang Yu, Lisa Nagase, Misaki Imai, Mika Sasaki, Yu-Hua Lo, Doshun Ito, Natsuki Osaka, Yuki Fujii, Atsuo T Sasaki, Toshiya Senda

    Structure (London, England : 1993)　30　(6)　886-899　2022年6月2日

    DOI： 10.1016/j.str.2022.04.004 　

    詳細を見る 詳細を閉じる

    Unlike most kinases, phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase β (PI5P4Kβ) utilizes GTP as a physiological phosphate donor and regulates cell growth under stress (i.e., GTP-dependent stress resilience). However, the genesis and evolution of its GTP responsiveness remain unknown. Here, we reveal that PI5P4Kβ has acquired GTP preference by generating a short dual-nucleotide-recognizing motif called the guanine efficient association (GEA) motif. Comparison of nucleobase recognition with 660 kinases and 128 G proteins has uncovered that most kinases and PI5P4Kβ use their main-chain atoms for adenine recognition, while the side-chain atoms are required for guanine recognition. Mutational analysis of the GEA motif revealed that the acquisition of GTP reactivity is accompanied by an extended activity toward inosine triphosphate (ITP) and xanthosine triphosphate (XTP). Along with the evolutionary analysis data that point to strong negative selection of the GEA motif, these results suggest that the GTP responsiveness of PI5P4Kβ has evolved from a compromised trade-off between activity and specificity, underpinning the development of the GTP-dependent stress resilience.

  32. FMO calculations for zinc metalloprotease: Fragmentation of amino-acid residues coordinated to zinc ion 査読有り

    Imai, K., Takimoto, D., Saito, R., Watanabe, C., Fukuzawa, K., Kurita, N.

    Chem-Bio Informatics Journal　22　21-25　2022年6月

    DOI： 10.1273/cbij.22.21 　

    ISSN：1347-0442 1347-6297

  33. Computational approach to elucidate the formation and stabilization mechanism of amorphous formulation using molecular dynamics simulation and fragment molecular orbital calculation. 国際誌 査読有り

    Xiaohan Ma, Kenjirou Higashi, Kaori Fukuzawa, Keisuke Ueda, Kazunori Kadota, Yuichi Tozuka, Etsuo Yonemochi, Kunikazu Moribe

    International journal of pharmaceutics　615　121477-121477　2022年3月5日

    DOI： 10.1016/j.ijpharm.2022.121477 　

    詳細を見る 詳細を閉じる

    α-Glycosyl rutin (Rutin-G) consists of a flavonol skeleton and sugar groups and is a promising additive for amorphous formulations. In our previous study, experimental approaches suggested an interaction between the model drug carbamazepine (CBZ) and flavonol skeleton of Rutin-G that stabilizes amorphous formulations. In the present study, the formation and stabilization mechanisms of CBZ/Rutin-G amorphous formulation were investigated using a computational approach. The CBZ/Rutin-G amorphous formulation was obtained via molecular dynamics (MD) simulation, which mimicked the melt-quenching method. Root mean square deviation analysis revealed that the translational motion of CBZ during the cooling process was suppressed by adding Rutin-G. Monitoring the atomic distance during the cooling process revealed that hydrogen bonds via carboxamide oxygen of CBZ with hydroxyl hydrogen of Rutin-G were preferentially formed with flavonol skeletons than sugar groups. The simulated amorphous formulation was then calculated using fragment molecular orbital (FMO) method. The quantitative evaluation of multiple interactions revealed that the hydrogen bond energy was higher in CBZ-sugar groups than in CBZ-flavonol skeleton, while the π-type of interaction energy was higher in CBZ-flavonol skeleton than in CBZ-sugar groups. The computational approach combining MD simulation and FMO calculation provides information on various interactions that are difficult to detect using experimental approaches, which helps understand the formation and stabilization mechanism of amorphous formulations.

  34. Fragment molecular orbital calculations for biomolecules 招待有り 査読有り

    Fukuzawa, K., Tanaka, S.

    Current Opinion in Structural Biology　72　127-134　2022年2月

    出版者・発行元： Elsevier {BV}

    DOI： 10.1016/j.sbi.2021.08.010 　

    ISSN：1879-033X 0959-440X

  35. Sulfated Hyaluronan Binds to Heparanase and Blocks Its Enzymatic and Cellular Actions in Carcinoma Cells 査読有り

    Shi, J., Kanoya, R., Tani, Y., Ishikawa, S., Maeda, R., Suzuki, S., Kawanami, F., Miyagawa, N., Takahashi, K., Oku, T., Yamamoto, A., Fukuzawa, K., Nakajima, M., Irimura, T., Higashi, N.

    International Journal of Molecular Sciences　23　(9)　2022年

    DOI： 10.3390/ijms23095055 　

    ISSN：1422-0067 1661-6596

  36. Collective residue interactions in trimer complexes of SARS-CoV-2 spike proteins analyzed by fragment molecular orbital method 査読有り

    Koji Okuwaki, Kazuki Akisawa, Ryo Hatada, Yuji Mochizuki, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Shigenori Tanaka

    Applied Physics Express　15　(1)　017001-017001　2022年1月1日

    出版者・発行元： IOP Publishing

    DOI： 10.35848/1882-0786/ac4300 　

    ISSN：1882-0778

    eISSN：1882-0786

    詳細を見る 詳細を閉じる

    <title>Abstract</title> In large biomolecular systems such as protein complexes, there are huge numbers of combinations of inter-residue interactions whose comprehensive analyses are often beyond the intuitive processing by researchers. Here we propose a computational method to allow for a systematic analysis of these interactions based on the fragment molecular orbital calculations, in which the inter-fragment interaction energies are comprehensively processed by the singular value decomposition. For a trimer complex of SARS-CoV-2 spike protein, three-body interactions among residues belonging to three chains are analyzed to elicit a small number of essential interaction modes or networks crucial for the structural stability of the complex.

  37. Altered Media Flow and Tablet Position as Factors of How Air Bubbles Affect Dissolution of Disintegrating and Non-disintegrating Tablets Using a USP 4 Flow-Through Cell Apparatus 査読有り

    Hiroyuki Yoshida, Keita Teruya, Yasuhiro Abe, Takayuki Furuishi, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi, Ken-ichi Izutsu

    AAPS PHARMSCITECH　22　(7)　2021年8月

    DOI： 10.1208/s12249-021-02117-4 　

    ISSN：1530-9932

  38. Dynamic Cooperativity of Ligand–Residue Interactions Evaluated with the Fragment Molecular Orbital Method 査読有り

    Shigenori Tanaka, Shusuke Tokutomi, Ryo Hatada, Koji Okuwaki, Kazuki Akisawa, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Yoshio Okiyama, Yuji Mochizuki

    The Journal of Physical Chemistry B　125　(24)　6501-6512　2021年6月24日

    出版者・発行元： American Chemical Society ({ACS})

    DOI： 10.1021/acs.jpcb.1c03043 　

    ISSN：1520-6106

    eISSN：1520-5207

  39. Special feature of COVID-19 in FMODB: Fragment molecular orbital calculations and interaction energy analysis of SARS-CoV-2 related proteins 査読有り

    Kaori Fukuzawa, Koichiro Kato, Chiduru Watanabe, Yusuke Kawashima, Yuma Handa, Ami Yamamoto, Kazuki Watanabe, Tatsuya Ohyama, Kikuko Kamisaka, Daisuke Takaya, Teruki Honma

    2021年6月18日

    出版者・発行元： Cambridge University Press (CUP)

    DOI： 10.33774/chemrxiv-2021-njqc8 　

  40. Computational ab initio interaction analyses between neutralizing antibody and SARS-CoV-2 variant spike proteins using the fragment molecular orbital method 査読有り

    Kazuki Watanabe, Chiduru Watanabe, Teruki Honma, Yu-Shi Tian, Yusuke Kawashima, Norihito Kawashita, Kaori Fukuzawa, Tatsuya Takagi

    Bulletin of the Chemical Society of Japan　2021年5月15日

    出版者・発行元： The Chemical Society of Japan

    DOI： 10.1246/bcsj.20210104 　

    ISSN：0009-2673

    eISSN：1348-0634

  41. Manufacturability and Properties of Granules and Tablets Using the Eco-Friendly Granulation Method Green Fluidized Bed Granulation Compared to Direct Compression 査読有り

    Agata Ishikawa, Hiroshi Takasaki, Atsushi Sakurai, Takuma Katayama, Koichi Wada, Takayuki Furuishi, Kaori Fukuzawa, Yasuko Obata, Etsuo Yonemochi

    Chemical and Pharmaceutical Bulletin　69　(5)　447-455　2021年5月1日

    出版者・発行元： Pharmaceutical Society of Japan

    DOI： 10.1248/cpb.c20-00970 　

    ISSN：0009-2363

    eISSN：1347-5223

  42. Stabilization mechanism of amorphous carbamazepine by transglycosylated rutin, a non-polymeric amorphous additive with a high glass transition temperature. 国際誌 査読有り

    Chisa Aoki, Xiaohan Ma, Kenjirou Higashi, Yuya Ishizuka, Keisuke Ueda, Kazunori Kadota, Kaori Fukuzawa, Yuichi Tozuka, Kohsaku Kawakami, Etsuo Yonemochi, Kunikazu Moribe

    International journal of pharmaceutics　600　120491-120491　2021年5月1日

    DOI： 10.1016/j.ijpharm.2021.120491 　

    詳細を見る 詳細を閉じる

    α-Glycosyl rutin (Rutin-G), composed of a flavonol skeleton and sugar groups, is a promising non-polymeric additive for stabilizing amorphous drug formulations. In this study, the mechanism of the stabilization of the amorphous state of carbamazepine (CBZ) by Rutin-G was investigated. In comparison with hypromellose (HPMC), which is commonly used as a crystallization inhibitor for amorphous drugs, Rutin-G significantly stabilized amorphous CBZ. Moreover, the dissolution rate and the resultant supersaturation level of CBZ were significantly improved in the CBZ/Rutin-G spray-dried samples (SPDs) owing to the rapid dissolution property of Rutin-G. Differential scanning calorimetry measurement demonstrated a high glass transition temperature (Tg) of 186.4°C corresponding to Rutin-G. The CBZ/Rutin-G SPDs with CBZ weight ratios up to 80% showed single glass transitions, indicating the homogeneity of CBZ and Rutin-G. A solid-state NMR experiment using 13C- and 15N-labeled CBZ demonstrated the interaction between the flavonol skeleton of Rutin-G and the amide group of CBZ. A 1H-13C two-dimensional heteronuclear correlation NMR experiment and quantum mechanical calculations confirmed the presence of a possible hydrogen bond between the amino proton in CBZ and the carbonyl oxygen in the flavonol skeleton of Rutin-G. This specific hydrogen bond could contribute to the strong interaction between CBZ and Rutin-G, resulting in the high stability of amorphous CBZ in the CBZ/Rutin-G SPD. Hence, Rutin-G, a non-polymeric amorphous additive with high Tg, high miscibility with drugs, and rapid and pH-independent dissolution properties could be useful in the preparation of amorphous formulations.

  43. Intermolecular Interaction Analyses on SARS-CoV-2 Spike Protein Receptor Binding Domain and Human Angiotensin-Converting Enzyme 2 Receptor-Blocking Antibody/Peptide Using Fragment Molecular Orbital Calculation 査読有り

    Kazuki Watanabe, Chiduru Watanabe, Teruki Honma, Yu-Shi Tian, Yusuke Kawashima, Norihito Kawashita, Tatsuya Takagi, Kaori Fukuzawa

    The Journal of Physical Chemistry Letters　12　(16)　4059-4066　2021年4月29日

    DOI： 10.1021/acs.jpclett.1c00663 　

    ISSN：1948-7185

  44. Crystal Structures of Antiarrhythmic Drug Disopyramide and Its Salt with Phthalic Acid 査読有り

    Majid Ismail Tamboli, Yushi Okamoto, Yohei Utsumi, Takayuki Furuishi, Siran Wang, Daiki Umeda, Okky Dwichandra Putra, Kaori Fukuzawa, Hidehiro Uekusa, Etsuo Yonemochi

    Crystals　11　(4)　379-379　2021年4月6日

    DOI： 10.3390/cryst11040379 　

    ISSN：2073-4352

  45. Molecular recognition of SARS-CoV-2 spike glycoprotein: quantum chemical hot spot and epitope analyses dagger 査読有り

    Chiduru Watanabe, Yoshio Okiyama, Shigenori Tanaka, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma

    CHEMICAL SCIENCE　12　(13)　2021年4月

    DOI： 10.1039/d0sc06528e 　

    ISSN：2041-6520

    eISSN：2041-6539

  46. Crystal Structure of Novel Terephthalate Salt of Antiarrhythmic Drug Disopyramide 査読有り

    Majid Ismail Tamboli, Yohei Utusmi, Takayuki Furuishi, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi

    Crystals　11　(4)　2021年3月31日

    DOI： 10.3390/cryst11040368 　

    ISSN：2073-4352

    eISSN：2073-4352

  47. FMODB: The World’s First Database of Quantum Mechanical Calculations for Biomacromolecules Based on the Fragment Molecular Orbital Method 国際誌 査読有り

    Daisuke Takaya, Chiduru Watanabe, Shunpei Nagase, Kikuko Kamisaka, Yoshio Okiyama, Hirotomo Moriwaki, Hitomi Yuki, Tomohiro Sato, Noriyuki Kurita, Yoichiro Yagi, Tatsuya Takagi, Norihito Kawashita, Kenichiro Takaba, Tomonaga Ozawa, Midori Takimoto-Kamimura, Shigenori Tanaka, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma

    Journal of Chemical Information and Modeling　61　(2)　777-794　2021年2月22日

    出版者・発行元： American Chemical Society (ACS)

    DOI： 10.1021/acs.jcim.0c01062 　

    ISSN：1549-9596

    eISSN：1549-960X

    詳細を見る 詳細を閉じる

    We developed the world's first web-based public database for the storage, management, and sharing of fragment molecular orbital (FMO) calculation data sets describing the complex interactions between biomacromolecules, named FMO Database (https://drugdesign.riken.jp/FMODB/). Each entry in the database contains relevant background information on how the data was compiled as well as the total energy of each molecular system and interfragment interaction energy (IFIE) and pair interaction energy decomposition analysis (PIEDA) values. Currently, the database contains more than 13 600 FMO calculation data sets, and a comprehensive search function implemented at the front-end. The procedure for selecting target proteins, preprocessing the experimental structures, construction of the database, and details of the database front-end were described. Then, we demonstrated a use of the FMODB by comparing IFIE value distributions of hydrogen bond, ion-pair, and XH/π interactions obtained by FMO method to those by molecular mechanics approach. From the comparison, the statistical analysis of the data provided standard reference values for the three types of interactions that will be useful for determining whether each interaction in a given system is relatively strong or weak compared to the interactions contained within the data in the FMODB. In the final part, we demonstrate the use of the database to examine the contribution of halogen atoms to the binding affinity between human cathepsin L and its inhibitors. We found that the electrostatic term derived by PIEDA greatly correlated with the binding affinities of the halogen containing cathepsin L inhibitors, indicating the importance of QM calculation for quantitative analysis of halogen interactions. Thus, the FMO calculation data in FMODB will be useful for conducting statistical analyses to drug discovery, for conducting molecular recognition studies in structural biology, and for other studies involving quantum mechanics-based interactions.

  48. Statistical interaction analyses between SARS-CoV-2 main protease and inhibitor N3 by combining molecular dynamics simulation and fragment molecular orbital calculation 査読有り

    Ryo Hatada, Koji Okuwaki, Kazuki Akisawa, Yuji Mochizuki, Yuma Handa, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Yoshio Okiyama, Shigenori Tanaka

    Applied Physics Express　14　(2)　027003-027003　2021年2月1日

    出版者・発行元： {IOP} Publishing

    DOI： 10.35848/1882-0786/abdac6 　

    ISSN：1882-0778

    eISSN：1882-0786

  49. Acceleration of Environmental Electrostatic Potential Using Cholesky Decomposition with Adaptive Metric (CDAM) for Fragment Molecular Orbital (FMO) Method 査読有り

    Yoshio Okiyama, Tatsuya Nakano, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Katsunori Segawa, Yuji Mochizuki

    Bulletin of the Chemical Society of Japan　94　(1)　91-96　2021年1月15日

    DOI： 10.1246/bcsj.20200227 　

    ISSN：0009-2673

    eISSN：1348-0634

  50. FMO Drug Design Consortium

    Fukuzawa, K., Tanaka, S., Yagi, Y., Kurita, N., Kawashita, N., Takaba, K., Honma, T.

    Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method: Enhanced Performance and Applicability　2021年

    出版者・発行元： Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method: Enhanced Performance and Applicability

    DOI： 10.1007/978-981-15-9235-5_8 　

  51. Improving the Accuracy of Crystal Structure Prediction Using FMO Crystal Energy: An Example of Target XXIII 査読有り

    Yohei UTSUMI, Daiki UMEDA, Koji OKUWAKI, Shigeaki OBATA, Naofumi NAKAYAMA, Hitoshi GOTO, Takayuki FURUISHI, Kaori FUKUZAWA, Etsuo YONEMOCHI

    Journal of Computer Chemistry, Japan　20　(3)　92-93　2021年

    出版者・発行元： Society of Computer Chemistry Japan

    DOI： 10.2477/jccj.2021-0041 　

    ISSN：1347-1767

    eISSN：1347-3824

  52. 化合物のAmes予測におけるGraph Convolutional Networkの特徴評価 査読有り

    半田 千彰, 小沢 知永, 福澤 薫, 米持 悦生

    Journal of Computer Chemistry, Japan　20　(1)　1-9　2021年

    出版者・発行元： 日本コンピュータ化学会

    DOI： 10.2477/jccj.2020-0015 　

    ISSN：1347-1767

    詳細を見る 詳細を閉じる

    <p>医薬品候補物質の潜在的な発がん性早期警戒システムであるAmes試験のin silico予測は，創薬研究において重要な予測項目の一つである．in silico予測の一手法である機械学習による予測では，Applicability Domain (AD)という機械学習モデルが本来の性能を発揮できるデータ領域を定義する研究がある．創薬研究においては，学習データと構造類似性が低い医薬品候補化合物の予測を行う場合があり，そのような化合物はAD領域外になる可能性が高く予測精度が低下する傾向がある．本研究では，Ames試験の機械予測モデルを作成し，テストデータとしてAD領域内/外となる確率が高い化合物群をそれぞれ用意して，複数の機械学習手法の予測性能を評価した．人工知能技術の発展により，創薬分野でも注目を集めているGraph Convolutional Network (GCN)と既存の機械学習手法の予測性能を比較した結果，AD領域外となる可能性が高い化合物群の予測性能において，GCNは既存手法より優れていた．</p>

  53. Modeling of Solid and Surface

    Koichiro Kato, Aya Hashimoto, Eiichi Tamiya, Kaori Fukuzawa, Yuichiro Ishikawa, Yuji Mochizuki

    Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method　407-424　2021年

    出版者・発行元： Springer Singapore

    DOI： 10.1007/978-981-15-9235-5_21 　

  54. The ABINIT-MP Program

    Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Kota Sakakura, Yoshio Okiyama, Hiromasa Watanabe, Koichiro Kato, Yoshinobu Akinaga, Shinya Sato, Jun-inchi Yamamoto, Katsumi Yamashita, Tadashi Murase, Takeshi Ishikawa, Yuto Komeiji, Yuji Kato, Naoki Watanabe, Takashi Tsukamoto, Hirotoshi Mori, Koji Okuwaki, Shigenori Tanaka, Akifumi Kato, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa

    Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method　53-67　2021年

    出版者・発行元： Springer Singapore

    DOI： 10.1007/978-981-15-9235-5_4 　

  55. How to Perform FMO Calculation in Drug Discovery

    Kaori Fukuzawa, Chiduru Watanabe, Yoshio Okiyama, Tatsuya Nakano

    Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method　93-125　2021年

    出版者・発行元： Springer Singapore

    DOI： 10.1007/978-981-15-9235-5_7 　

  56. Interaction analyses of SARS-CoV-2 spike protein based on fragment molecular orbital calculations 査読有り

    Kazuki Akisawa, Ryo Hatada, Koji Okuwaki, Yuji Mochizuki, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Shigenori Tanaka

    RSC Advances　11　(6)　3272-3279　2021年

    DOI： 10.1039/D0RA09555A 　

    eISSN：2046-2069

  57. Identification of correlated inter-residue interactions in protein complex based on the fragment molecular orbital method 査読有り

    Shigenori Tanaka, Chiduru Watanabe, Teruki Honma, Kaori Fukuzawa, Kazue Ohishi, Tadashi Maruyama

    Journal of Molecular Graphics and Modelling　100　107650-107650　2020年11月

    DOI： 10.1016/j.jmgm.2020.107650 　

    ISSN：1093-3263

    eISSN：1873-4243

  58. Intermolecular interaction among Remdesivir, RNA and RNA-dependent RNA polymerase of SARS-CoV-2 analyzed by fragment molecular orbital calculation 査読有り

    Kato, K., Honma, T., Fukuzawa, K.

    Journal of Molecular Graphics and Modelling　100　107695-107695　2020年11月

    出版者・発行元： Elsevier {BV}

    DOI： 10.1016/j.jmgm.2020.107695 　

    ISSN：1873-4243 1093-3263

  59. Machine learning prediction of inter-fragment interaction energies between ligand and amino-acid residues on the fragment molecular orbital calculations for Janus kinase - inhibitor complex 査読有り

    Shusuke Tokutomi, Kohei Shimamura, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka

    CHEMICAL PHYSICS LETTERS　757　2020年10月

    DOI： 10.1016/j.cplett.2020.137883 　

    ISSN：0009-2614

    eISSN：1873-4448

  60. Self-Degradable Lipid-Like Materials Based on "Hydrolysis accelerated by the intra-Particle Enrichment of Reactant (HyPER)" for Messenger RNA Delivery 査読有り

    Hiroki Tanaka, Tatsunari Takahashi, Manami Konishi, Nae Takata, Masaki Gomi, Daiki Shirane, Ryo Miyama, Shinya Hagiwara, Yuki Yamasaki, Yu Sakurai, Keisuke Ueda, Kenjirou Higashi, Kunikazu Moribe, Eiji Shinsho, Ruka Nishida, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi, Koji Okuwaki, Yuji Mochizuki, Yuta Nakai, Kota Tange, Hiroki Yoshioka, Shinya Tamagawa, Hidetaka Akita

    ADVANCED FUNCTIONAL MATERIALS　30　(34)　2020年8月

    DOI： 10.1002/adfm.201910575 　

    ISSN：1616-301X

    eISSN：1616-3028

  61. High-Precision Atomic Charge Prediction for Protein Systems Using Fragment Molecular Orbital Calculation and Machine Learning 査読有り

    Koichiro Kato, Tomohide Masuda, Chiduru Watanabe, Naoki Miyagawa, Hideo Mizouchi, Shumpei Nagase, Kikuko Kamisaka, Kanji Oshima, Satoshi Ono, Hiroshi Ueda, Atsushi Tokuhisa, Ryo Kanada, Masateru Ohta, Mitsunori Ikeguchi, Yasushi Okuno, Kaori Fukuzawa, Teruki Honma

    Journal of Chemical Information and Modeling　60　(7)　3361-3368　2020年7月27日

    出版者・発行元： American Chemical Society (ACS)

    DOI： 10.1021/acs.jcim.0c00273 　

    ISSN：1549-9596

    eISSN：1549-960X

  62. Fragment Molecular Orbital Based Interaction Analyses on COVID-19 Main Protease − Inhibitor N3 Complex (PDB ID: 6LU7) 国際誌 査読有り

    Ryo Hatada, Koji Okuwaki, Yuji Mochizuki, Yuma Handa, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Yoshio Okiyama, Shigenori Tanaka

    Journal of Chemical Information and Modeling　60　(7)　3593-3602　2020年7月27日

    出版者・発行元： American Chemical Society ({ACS})

    DOI： 10.1021/acs.jcim.0c00283 　

    詳細を見る 詳細を閉じる

    The worldwide spread of COVID-19 (new coronavirus found in 2019) is an emergent issue to be tackled. In fact, a great amount of works in various fields have been made in a rather short period. Here, we report a fragment molecular orbital (FMO) based interaction analysis on a complex between the SARS-CoV-2 main protease (Mpro) and its peptide-like inhibitor N3 (PDB ID: 6LU7). The target inhibitor molecule was segmented into five fragments in order to capture site specific interactions with amino acid residues of the protease. The interaction energies were decomposed into several contributions, and then the characteristics of hydrogen bonding and dispersion stabilization were made clear. Furthermore, the hydration effect was incorporated by the Poisson-Boltzmann (PB) scheme. From the present FMO study, His41, His163, His164, and Glu166 were found to be the most important amino acid residues of Mpro in interacting with the inhibitor, mainly due to hydrogen bonding. A guideline for optimizations of the inhibitor molecule was suggested as well based on the FMO analysis.

  63. Activity-specificity trade-off gives PI5P4Kβ a nucleotide preference to function as a GTP-sensing kinase

    Koh Takeuchi, Yoshiki Ikeda, Miki Senda, Ayaka Harada, Koji Okuwaki, Kaori Fukuzawa, So Nakagawa, Hongyang Yu, Lisa Nagase, Misaki Imai, Mika Sasaki, YuHua Lo, Atsuo T. Sasaki, Toshiya Senda

    2020年6月10日

    DOI： 10.1101/2020.06.09.137430 　

  64. Fragmentation at sp2 carbon atoms in fragment molecular orbital method 査読有り

    Yoshinobu Akinaga, Koichiro Kato, Tatsuya Nakano, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki

    Journal of Computational Chemistry　41　(15)　1416-1420　2020年6月5日

    出版者・発行元： Wiley

    DOI： 10.1002/jcc.26190 　

    ISSN：0192-8651

    eISSN：1096-987X

  65. An integrated approach to unravel a crucial structural property required for the function of the insect steroidogenic Halloween protein Noppera-bo 査読有り

    Kotaro Koiwai, Kazue Inaba, Kana Morohashi, Sora Enya, Reina Arai, Hirotatsu Kojima, Takayoshi Okabe, Yuuta Fujikawa, Hideshi Inoue, Ryunosuke Yoshino, Takatsugu Hirokawa, Koichiro Kato, Kaori Fukuzawa, Yuko Shimada-Niwa, Akira Nakamura, Fumiaki Yumoto, Toshiya Senda, Ryusuke Niwa

    JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY　295　(20)　7154-7167　2020年5月

    DOI： 10.1074/jbc.RA119.011463 　

    ISSN：0021-9258

    eISSN：1083-351X

  66. Crystal Structural Analysis of DL-Mandelate Salt of Carvedilol and Its Correlation with Physicochemical Properties 査読有り

    Nanami Hata, Takayuki Furuishi, Majid I. Tamboli, Momiji Ishizaki, Daiki Umeda, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi

    Crystals　2020年1月20日

    DOI： 10.3390/cryst10010053 　

  67. Development Status of ABINIT-MP in 2020

    Yuji MOCHIZUKI, Kota SAKAKURA, Hiromasa WATANABE, Koji OKUWAKI, Koichiro KATO, Naoki WATANABE, Yoshio OKIYAMA, Kaori FUKUZAWA, Tatsuya NAKANO

    Journal of Computer Chemistry, Japan　19　(4)　142-145　2020年

    出版者・発行元： Society of Computer Chemistry Japan

    DOI： 10.2477/jccj.2021-0015 　

    ISSN：1347-1767

    eISSN：1347-3824

  68. Interaction Analyses between Calcite/Apatite and Peptides by Fragment Molecular Orbital Method 査読有り

    Ryo HATADA, Kouichiro KATO, Koji OKUWAKI, Kaori FUKUZAWA, Yuji MOCHIZUKI

    Journal of Computer Chemistry, Japan　19　(1)　1-7　2020年

    出版者・発行元： Society of Computer Chemistry Japan

    DOI： 10.2477/jccj.2019-0030 　

    ISSN：1347-1767

    eISSN：1347-3824

  69. Folding simulation of small proteins by dissipative particle dynamics (DPD) with non-empirical interaction parameters based on fragment molecular orbital calculations 査読有り

    Koji Okuwaki, Hideo Doi, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki

    Applied Physics Express　13　(1)　017002-017002　2020年1月1日

    出版者・発行元： {IOP} Publishing

    DOI： 10.7567/1882-0786/ab5e0a 　

  70. Interaction between calcite and adsorptive peptide analyzed by fragment molecular orbital method 査読有り

    Koichiro Kato, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki

    Japanese Journal of Applied Physics　58　(12)　120906-120906　2019年12月1日

    DOI： 10.7567/1347-4065/ab5335 　

    ISSN：0021-4922

    eISSN：1347-4065

  71. 実験と計算によるイルソグラジン—マレイン酸の結晶構造の予測 査読有り

    坂田 千夏, 岡本 有史, 梅田 大貴, 古石 誉之, 福澤 薫, 米持 悦生

    J. Comput. Chem. Jpn　18　156-158　2019年11月

  72. Effect of sulfobutyl ether-β-cyclodextrin and propylene glycol alginate on the solubility of clozapine 査読有り

    Takayuki Furuishi, Kohei Sekino, Mihoko Gunji, Kaori Fukuzawa, Hiromasa Nagase, Tomohiro Endo, Haruhisa Ueda, Etsuo Yonemochi

    Pharmaceutical Development and Technology　24　(4)　479-486　2019年4月

    DOI： 10.1080/10837450.2018.1514521 　

    ISSN：1083-7450

    eISSN：1097-9867

  73. Development of an automated fragment molecular orbital (FMO) calculation protocol toward construction of quantum mechanical calculation database for large biomolecules 査読有り

    Chiduru Watanabe, Hirofumi Watanabe, Yoshio Okiyama, Daisuke Takaya, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka, Teruki Honma

    Chem-Bio Informatics Journal　19　(0)　5-18　2019年3月

    出版者・発行元： Chem-Bio Informatics Society

    DOI： 10.1273/cbij.19.5 　

    ISSN：1347-0442

  74. The Translation Inhibitor Rocaglamide Targets a Bimolecular Cavity between eIF4A and Polypurine RNA. 国際誌 査読有り

    Shintaro Iwasaki, Wakana Iwasaki, Mari Takahashi, Ayako Sakamoto, Chiduru Watanabe, Yuichi Shichino, Stephen N Floor, Koichi Fujiwara, Mari Mito, Kosuke Dodo, Mikiko Sodeoka, Hiroaki Imataka, Teruki Honma, Kaori Fukuzawa, Takuhiro Ito, Nicholas T Ingolia

    Molecular cell　73　(4)　738-748　2019年2月21日

    DOI： 10.1016/j.molcel.2018.11.026 　

    ISSN：1097-2765

  75. Destabilization of DNA through interstrand crosslinking by UO22+ 査読有り

    Rossberg, A., Abe, T., Okuwaki, K., Barkleit, A., Fukuzawa, K., Nakano, T., Mochizuki, Y., Tsushima, S.

    Chemical Communications　55　(14)　2015-2018　2019年2月18日

    DOI： 10.1039/c8cc09329f 　

    ISSN：1359-7345

  76. Fragment Molecular Orbital Calculations with Implicit Solvent Based on the Poisson–Boltzmann Equation: II. Protein and Its Ligand-Binding System Studies 査読有り

    Yoshio Okiyama, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka

    The Journal of Physical Chemistry B　123　(5)　957-973　2019年2月7日

    DOI： 10.1021/acs.jpcb.8b09326 　

    ISSN：1520-6106

  77. Development of an Analysis Toolkit, AnalysisFMO, to Visualize Interaction Energies Generated by Fragment Molecular Orbital Calculations 査読有り

    Takaki Tokiwa, Shogo Nakano, Yuta Yamamoto, Takeshi Ishikawa, Sohei Ito, Vladimir Sladek, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Hiroaki Tokiwa, Fuminori Misaizu, Yasuteru Shigeta

    Journal of Chemical Information and Modeling　59　(1)　25-30　2019年1月28日

    DOI： 10.1021/acs.jcim.8b00649 　

    ISSN：1549-9596

    eISSN：1549-960X

  78. X線小角散乱と散逸粒子動力学法を用いた脂質膜およびベシクル形成メカニズムの解明 査読有り

    新庄永治, 奥脇弘次, 土居英男, 望月祐志, 古石誉之, 福澤薫, 米持悦生

    J. Comp. Chem. Jpn.　17　(4)　172-179　2019年1月

  79. A Radical Correction for Inter Fragment Interaction Energy (IFIE) between Fragments Sharing Bond Detached Atom (BDA) 査読有り

    Tatsuya Nakano, Yuji Mochidzuki, Kaori Fukuzawa, Yoshio Okiyama, Chiduru Watanabe

    Journal of Computer Aided Chemistry　20　(0)　1-6　2019年

    DOI： 10.2751/jcac.20.1 　

    ISSN：1345-8647

  80. Development of an automated fragment molecular orbital (FMO) calculation protocol toward construction of quantum mechanical calculation database for large biomolecules 査読有り

    Chiduru Watanabe, Hirofumi Watanabe, Yoshio Okiyama, Daisuke Takaya, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka, Teruki Honma

    CHEM-BIO INFORMATICS JOURNAL　19　5-18　2019年

    DOI： 10.1273/cbij.19.5 　

    ISSN：1347-6297

    eISSN：1347-0442

  81. Interaction between a Single-Stranded DNA and a Binding Protein Viewed by the Fragment Molecular Orbital Method 査読有り

    Yuto Komeiji, Yoshio Okiyama, Yuji Mochizuki, Kaori Fukuzawa

    Bulletin of the Chemical Society of Japan　91　(11)　1596-1605　2018年11月

    DOI： 10.1246/bcsj.20180150 　

    ISSN：0009-2673

  82. Application of singular value decomposition to the inter-fragment interaction energy analysis for ligand screening 査読有り

    Keiya Maruyama, Yinglei Sheng, Hirofumi Watanabe, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka

    Computational and Theoretical Chemistry　1132　23-34　2018年5月15日

    DOI： 10.1016/j.comptc.2018.04.001 　

    ISSN：2210-271X

  83. Fragment Molecular Orbital Calculations with Implicit Solvent Based on the Poisson–Boltzmann Equation: Implementation and DNA Study 査読有り

    Yoshio Okiyama, Tatsuya Nakano, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Shigenori Tanaka

    The Journal of Physical Chemistry B　122　(16)　4457-4471　2018年4月26日

    DOI： 10.1021/acs.jpcb.8b01172 　

    ISSN：1520-6106

  84. Development and Application of FMO Calculation − DPD Simulation Conbination Scheme 査読有り

    Okuwaki Koji, Doi Hideo, Mochizuki Yuji, Ozawa Taku, Yasuoka Kenji, Fukuzawa Kaori

    Journal of Computer Chemistry, Japan　17　(3)　144　2018年

    DOI： 10.2477/jccj.2018-0020 　

  85. FMO計算-粗視化シミュレーション連携手法の開発と応用 査読有り

    奥脇弘次, 土居英男, 望月祐志, 小沢拓, 泰岡顕治, 福澤薫

    J. Comp. Chem. Jpn.　17　144-146　2018年

  86. Formation Mechanism of Lipid Membrane and Vesicle Using Small Angle X-ray Scattering and Dissipative Particle Dynamics (DPD) Method 査読有り

    Eiji Shinsho, Koji Okuwaki, Hideo Doi, Yuji Mochizuki, Takayuki Furuishi, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi

    JOURNAL OF COMPUTER CHEMISTRY-JAPAN　17　(4)　172-179　2018年

    DOI： 10.2477/jccj.2018-0012 　

    ISSN：1347-1767

    eISSN：1347-3824

  87. Towards good correlation between fragment molecular orbital interaction energies and experimental IC50 for ligand binding: A case study of p38 MAP kinase 査読有り

    Yinglei Sheng, Hirofumi Watanabe, Keiya Maruyama, Chiduru Watanabe, Yoshio Okiyama, Teruki Honma, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka

    COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL　16　421-434　2018年

    DOI： 10.1016/j.csbj.2018.10.003 　

    ISSN：2001-0370

  88. Analysis of ligand binding specificity of estrogen receptor by the fragment molecular orbital method 査読有り

    Yuya Seki, Tsukasa Kato, Takayuki Furuishi, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yone

    JOURNAL OF COMPUTER CHEMISTRY-JAPAN　17　(3)　160-162　2018年

    DOI： 10.2477/jccj.2018-0028 　

    ISSN：1347-1767

    eISSN：1347-3824

  89. Accuracy of Dimer-ES Approximation on Fragment Molecular Orbital (FMO) Method 査読有り

    Nakano Tatsuya, Fukuzawa Kaori, Okiyama Yoshio, Watanabe Chiduru, Komeiji Yuto, Mochizuki Yuji

    CHEM-BIO INFORMATICS JOURNAL　18　119-122　2018年

    DOI： 10.1273/cbij.18.119 　

    ISSN：1347-6297

    eISSN：1347-0442

  90. Theoretical Analysis of Activity Cliffs among Benzofuranone-Class Pim1 Inhibitors Using the Fragment Molecular Orbital Method with Molecular Mechanics Poisson-Boltzmann Surface Area (FMO plus MM-PBSA) Approach 査読有り

    Chiduru Watanabe, Hirofumi Watanabe, Kaori Fukuzawa, Lorien J. Parker, Yoshio Okiyama, Hitomi Yuki, Shigeyuki Yokoyama, Hirofumi Nakano, Shigenori Tanaka, Teruki Honma

    JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING　57　(12)　2996-3010　2017年12月

    DOI： 10.1021/acs.jcim.7b00110 　

    ISSN：1549-9596

    eISSN：1549-960X

  91. Epalrestat tetrahydrofuran monosolvate: crystal structure and phase transition 査読有り

    Daiki Umeda, Okky Dwichandra Putra, Mihoko Gunji, Kaori Fukuzawa, Etsuo Yonemochi

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION E-CRYSTALLOGRAPHIC COMMUNICATIONS　73　941-+　2017年7月

    DOI： 10.1107/S2056989017007976 　

    ISSN：2056-9890

  92. Solubility improvement of epalrestat by layered structure formation via cocrystallization 査読有り

    Okky Dwichandra Putra, Daiki Umeda, Yuda Prasetya Nugraha, Takayuki Furuishi, Hiromasa Nagase, Kaori Fukuzawa, Hidehiro Uekusa, Etsuo Yonemochi

    CRYSTENGCOMM　19　(19)　2614-2622　2017年5月

    DOI： 10.1039/c7ce00284j 　

    ISSN：1466-8033

  93. Fragment molecular orbital (FMO) calculations on DNA by a scaled third-order Moller-Plesset perturbation (MP2.5) scheme 査読有り

    Haruka Yamada, Yuji Mochizuki, Kaori Fukuzawa, Yoshio Okiyama, Yuto Komeiji

    COMPUTATIONAL AND THEORETICAL CHEMISTRY　1101　46-54　2017年2月

    DOI： 10.1016/j.comptc.2016.12.008 　

    ISSN：2210-271X

    eISSN：1872-7999

  94. Explicit solvation of a single-stranded DNA, a binding protein, and their complex: A suitable protocol for fragment molecular orbital calculation 査読有り

    Komeiji, Y., Okiyama, Y., Mochizuki, Y., Fukuzawa, K.

    Chem-Bio Informatics Journal　17　(0)　72-84　2017年

    出版者・発行元： Chem-Bio Informatics Society

    DOI： 10.1273/cbij.17.72 　

    ISSN：1347-0442

  95. Current Status of ABINIT-MP as a FMO Program and Related Works with Machine Learning 査読有り

    Yuji MOCHIZUKI, Kota SAKAKURA, Yoshinobu AKINAGA, Kouichiro KATO, Hiromasa WATANABE, Yoshio OKIYAMA, Tatsuya NAKANO, Yuto KOMEIJI, Akira OKUSAWA, Kaori FUKUZAWA, Shigenori TANAKA

    Journal of Computer Chemistry, Japan　16　(5)　119-122　2017年

    出版者・発行元： Society of Computer Chemistry Japan

    DOI： 10.2477/jccj.2017-0051 　

    ISSN：1347-1767

  96. FMOプログラムABINIT-MPの開発状況と機械学習との連携 査読有り

    望月祐志, 坂倉耕太, 秋永宜伸, 加藤幸一郎, 渡邊啓正, 沖山佳生, 中野達也, 古明地勇人, 奥沢明, 福澤薫, 田中成典

    J. Comp. Chem. Jpn.　16　119-122　2017年

  97. A new solvate of epalerstat, a drug for diabetic neuropathy 査読有り

    Okky Dwichandra Putra, Daiki Umeda, Kaori Fukuzawa, Mihoko Gunji, Etsuo Yonemochi

    Acta Crystallographica Section E: Crystallographic Communications　73　1264-1267　2017年

    DOI： 10.1107/S2056989017010751 　

    ISSN：2056-9890

    eISSN：2056-9890

  98. Explicit solvation of a single-stranded DNA, a binding protein, and their complex: a suitable protocol for fragment molecular orbital calculation 査読有り

    Komeiji Yuto, Okiyama Yoshio, Mochizuki Yuji, Fukuzawa Kaori

    CHEM-BIO INFORMATICS JOURNAL　17　72-84　2017年

    DOI： 10.1273/cbij.17.72 　

    ISSN：1347-6297

  99. A Preliminary Study of Correction for Inter Fragment Interaction Energy (IFIE) between Fragments Sharing Bond Detached Atom (BDA) 査読有り

    Tatsuya Nakano, Yuji Mochidzuki, Kaori Fukuzawa, Yoshio Okiyama, Chiduru Watanabe

    Journal of Computer Aided Chemistry　18　(0)　143-148　2017年

    DOI： 10.2751/jcac.18.143 　

    ISSN：1345-8647

  100. Hydration of ligands of influenza virus neuraminidase studied by the fragment molecular orbital method 査読有り

    Kana Tokuda, Chiduru Watanabe, Yoshio Okiyama, Yuji Mochizuki, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji

    JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING　69　144-153　2016年9月

    DOI： 10.1016/j.jmgm.2016.08.004 　

    ISSN：1093-3263

    eISSN：1873-4243

  101. ペプトイド類のフラグメント分子軌道計算 査読有り

    川田修太郎, 坂口正貴, 米倉伊吹, 奥脇弘次, 望月祐志, 福澤薫

    J. Comp. Chem. Jpn.　15　(3)　51-52　2016年

    出版者・発行元： 日本コンピュータ化学会

    DOI： 10.2477/jccj.2016-0032 　

    詳細を見る 詳細を閉じる

    <p>Peptoids are a class of peptide mimetics whose side chains contain nitrogen atoms rather than α-carbon atoms. This structural feature restricts the intrinsic capacity to form hydrogen bond networks of α-helix, therefore peptoid oligomers are attracting attention due to the ability to design chemical properties such as self-assembling by selecting proper side chains. This paper shows some illustrative peptoid calculations, based on the fragment molecular orbital (FMO) method.</p>

  102. 赤色蛍光タンパク質 DsRed の色素部周辺における水分子ならびに隣接アミノ酸残基の構造の励起エネルギーへの影響評価 査読有り

    坂口 正貴, 望月 祐志, 渡邉 千鶴, 福澤 薫

    日本コンピュータ化学会誌　14　(5)　155-163　2015年12月3日

    出版者・発行元： 日本コンピュータ化学会

    DOI： 10.2477/jccj.2015-0033 　

    ISSN：1347-3824

  103. Novel type of virtual ligand screening on the basis of quantum-chemical calculations for protein-ligand complexes and extended clustering techniques 査読有り

    Ryo Kurauchi, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka

    COMPUTATIONAL AND THEORETICAL CHEMISTRY　1061　12-22　2015年6月

    DOI： 10.1016/j.comptc.2015.02.016 　

    ISSN：2210-271X

    eISSN：1872-7999

  104. Modeling of hydroxyapatite-peptide interaction based on fragment molecular orbital method 査読有り

    Koichiro Kato, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki

    CHEMICAL PHYSICS LETTERS　629　58-64　2015年6月

    DOI： 10.1016/j.cplett.2015.03.057 　

    ISSN：0009-2614

    eISSN：1873-4448

  105. Explicit solvation modulates intra- and inter-molecular interactions within DNA: Electronic aspects revealed by the ab initio fragment molecular orbital (FMO) method 査読有り

    Kaori Fukuzawa, Ikuo Kurisaki, Chiduru Watanabe, Yoshio Okiyama, Yuji Mochizuki, Shigenori Tanaka, Yuto Komeiji

    Computational and Theoretical Chemistry　1054　29-37　2015年2月

    DOI： 10.1016/j.comptc.2014.11.020 　

    ISSN：2210-271X

  106. 相互作用エネルギー成分分割解析機能PIEDAの実装とタンパク質-リガンド間の相互作用解析 査読有り

    塚本 貴志, 加藤 幸一郎, 加藤 昭史, 中野 達也, 望月 祐志, 福澤 薫

    日本コンピュータ化学会誌　14　(1)　1-9　2015年

    出版者・発行元： 日本コンピュータ化学会

    DOI： 10.2477/jccj.2014-0039 　

    ISSN：1347-1767

    eISSN：1347-3824

  107. フラグメント分子軌道法を用いたspin-component-scaled MP2法に基づくタンパク－リガンド相互作用クラスター解析

    甘利 真司, 望月 祐志, 加藤 昭史, 福澤 薫, 渡邉 千鶴, 沖山 佳生, 田中 成典, 中野 達也

    CBI学会誌　2　(4)　17-25　2014年11月30日

    出版者・発行元： CBI学会

    ISSN：2189-7069

  108. インシリコ創薬におけるFMO法と周辺基盤技術の進歩 招待有り

    福澤薫

    SAR News No.27　2014年10月

  109. Interaction energy analysis on specific binding of influenza virus hemagglutinin to avian and human sialosaccharide receptors: Importance of mutation-induced structural change 査読有り

    Satoshi Anzaki, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Shigenori Tanaka

    JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING　53　48-58　2014年9月

    DOI： 10.1016/j.jmgm.2014.07.004 　

    ISSN：1093-3263

    eISSN：1873-4243

  110. Charge Clamps of Lysines and Hydrogen Bonds Play Key Roles in the Mechanism to Fix Helix 12 in the Agonist and Antagonist Positions of Estrogen Receptor alpha: Intramolecular Interactions Studied by the Ab Initio Fragment Molecular Orbital Method 査読有り

    Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka, Sachiko Aida-Hyugaji

    JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　118　(19)　4993-5008　2014年5月

    DOI： 10.1021/jp411627y 　

    ISSN：1520-6106

  111. Accuracy of the fragment molecular orbital (FMO) calculations for DNA: Total energy, molecular orbital, and inter-fragment interaction energy 査読有り

    Kaori Fukuzawa, Chiduru Watanabe, Ikuo Kurisaki, Naoki Taguchi, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka, Yuto Komeiji

    COMPUTATIONAL AND THEORETICAL CHEMISTRY　1034　7-16　2014年4月

    DOI： 10.1016/j.comptc.2014.02.002 　

    ISSN：2210-271X

    eISSN：1872-7999

  112. Electron-correlated fragment-molecular-orbital calculations for biomolecular and nano systems 査読有り

    Shigenori Tanaka, Yuji Mochizuki, Yuto Komeiji, Yoshio Okiyama, Kaori Fukuzawa

    PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS　16　(22)　10310-10344　2014年

    DOI： 10.1039/c4cp00316k 　

    ISSN：1463-9076

    eISSN：1463-9084

  113. Modeling of peptide–silica interaction based on four-body corrected fragment molecular orbital (FMO4) calculations 査読有り

    Yoshio Okiyama, Takayuki Tsukamoto, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka, Yuji Mochizuki

    Chemical Physics Letters　566　25-31　2013年4月

    DOI： 10.1016/j.cplett.2013.02.020 　

    ISSN：0009-2614

  114. Three- and four-body corrected fragment molecular orbital calculations with a novel subdividing fragmentation method applicable to structure-based drug design 査読有り

    Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Yoshio Okiyama, Takayuki Tsukamoto, Akifumi Kato, Shigenori Tanaka, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano

    JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING　41　31-42　2013年4月

    DOI： 10.1016/j.jmgm.2013.01.006 　

    ISSN：1093-3263

  115. Device, system, method and program for producing fragment model 査読有り

    Mochizuki Yuji, Tsukamoto Takayuki, Fukuzawa Kaori

    2013年3月

    出版者・発行元： Google Patents

    詳細を見る 詳細を閉じる

    US Patent App. 14/442,321

  116. ABINIT-MP/BioStation によるFMO 法の創薬への適用 招待有り 査読有り

    福澤薫, 渡邉千鶴

    CICSJ Bulletin　31　(4)　89-89　2013年

    出版者・発行元： 公益社団法人 日本化学会・情報化学部会

    DOI： 10.11546/cicsj.31.89 　

    ISSN：0913-3747

  117. フラグメント分子軌道法によるインフルエンザウイルス表面タンパク質の大規模量子化学計算 招待有り

    福澤薫, 望月祐志, 中野達也, 田中成典

    CBI学会誌　2013年

  118. Structure-based drug designを指向した新規フラグメント分割法に基づく4体補正フラグメント分子軌道(FMO4)計算 招待有り

    渡邉千鶴, 福澤薫, 沖山佳生, 望月祐志, 塚本貴志, 加藤昭史, 田中成典, 中野達也

    CBI学会誌　1　(1)　2013年

    ISSN：2189-7069

  119. Interaction energy calculation system, method and program 査読有り

    Nakano Tatsuya, Mochizuki Yuji, Fukuzawa Kaori

    2012年8月

    出版者・発行元： Google Patents

    詳細を見る 詳細を閉じる

    US Patent App. 14/356,744

  120. Partial geometry optimization with FMO-MP2 gradient: Application to TrpCage 査読有り

    Takayuki Tsukamoto, Yuji Mochizuki, Naoki Watanabe, Kaori Fukuzawa, Tatsuya Nakano

    CHEMICAL PHYSICS LETTERS　535　157-162　2012年5月

    DOI： 10.1016/j.cplett.2012.03.046 　

    ISSN：0009-2614

    eISSN：1873-4448

  121. New fragmentation of fragment molecular orbital method applicable to fragment based drug design 査読有り

    Watanabe Chiduru, Fukuzawa Kaori, Okiyama Yoshio, Tsukamoto Takayuki, Kato Akifumi, Tanaka Shigenori, Nakano Tatsuya, Mochizuki Yuji

    2012年

  122. Continuous multipole methodによるfragment molecular orbital法の高速化

    中野達也, 山下勝美, 瀬川勝智, 沖山佳生, 渡邊千鶴, 福澤薫, 田中成典, 望月祐志

    44-50　2012年

    DOI： 10.2751/jcac.13.44 　

  123. Development of the four-body corrected fragment molecular orbital (FMO4) method 査読有り

    Tatsuya Nakano, Yuji Mochizuki, Katsumi Yamashita, Chiduru Watanabe, Kaori Fukuzawa, Katsunori Segawa, Yoshio Okiyama, Takayuki Tsukamoto, Shigenori Tanaka

    Chemical Physics Letters　523　128-133　2012年1月

    DOI： 10.1016/j.cplett.2011.12.004 　

    ISSN：0009-2614

  124. Antigen-antibody interactions of influenza virus hemagglutinin revealed by the fragment molecular orbital calculation 査読有り

    Akio Yoshioka, Kazutomo Takematsu, Ikuo Kurisaki, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Eri Nobusawa, Katsuhisa Nakajima, Shigenori Tanaka

    THEORETICAL CHEMISTRY ACCOUNTS　130　(4-6)　1197-1202　2011年12月

    DOI： 10.1007/s00214-011-1048-z 　

    ISSN：1432-881X

  125. Higher-order correlated calculations based on fragment molecular orbital scheme 査読有り

    Yuji Mochizuki, Katsumi Yamashita, Tatsuya Nakano, Yoshio Okiyama, Kaori Fukuzawa, Naoki Taguchi, Shigenori Tanaka

    THEORETICAL CHEMISTRY ACCOUNTS　130　(2-3)　515-530　2011年10月

    DOI： 10.1007/s00214-011-1036-3 　

    ISSN：1432-881X

    eISSN：1432-2234

  126. Prediction of probable mutations in influenza virus hemagglutinin protein based on large-scale ab initio fragment molecular orbital calculations 査読有り

    Akio Yoshioka, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Katsumi Yamashita, Tatsuya Nakano, Yoshio Okiyama, Eri Nobusawa, Katsuhisa Nakajima, Shigenori Tanaka

    JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING　30　110-119　2011年9月

    DOI： 10.1016/j.jmgm.2011.06.011 　

    ISSN：1093-3263

  127. Counterpoise-corrected interaction energy analysis based on the fragment molecular orbital scheme 査読有り

    Yoshio Okiyama, Kaori Fukuzawa, Haruka Yamada, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka

    Chemical Physics Letters　509　(1-3)　67-71　2011年6月

    DOI： 10.1016/j.cplett.2011.04.070 　

    ISSN：0009-2614

  128. Sialic Acid Recognition of the Pandemic Influenza 2009 H1N1 Virus: Binding Mechanism Between Human Receptor and Influenza Hemagglutinin 査読有り

    Kaori Fukuzawa, Katsumi Omagari, Katsuhisa Nakajima, Eri Nobusawa, Shigenori Tanaka

    PROTEIN AND PEPTIDE LETTERS　18　(5)　530-539　2011年5月

    DOI： 10.2174/092986611794927893 　

    ISSN：0929-8665

  129. Fragment molecular orbital (FMO) study on stabilization mechanism of neuro-oncological ventral antigen (NOVA)-RNA complex system 査読有り

    Ikuo Kurisaki, Kaori Fukuzawa, Tatsuya Nakano, Yuji Mochizuki, Hirofumi Watanabe, Shigenori Tanaka

    JOURNAL OF MOLECULAR STRUCTURE-THEOCHEM　962　(1-3)　45-55　2010年12月

    DOI： 10.1016/j.theochem.2010.09.013 　

    ISSN：0166-1280

  130. Large-scale FMO-MP3 calculations on the surface proteins of influenza virus, hemagglutinin (HA) and neuraminidase (NA) 査読有り

    Yuji Mochizuki, Katsumi Yamashita, Kaori Fukuzawa, Kazutomo Takematsu, Hirofumi Watanabe, Naoki Taguchi, Yoshio Okiyama, Misako Tsuboi, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka

    Chemical Physics Letters　493　(4-6)　346-352　2010年6月

    DOI： 10.1016/j.cplett.2010.05.034 　

    ISSN：0009-2614

  131. Theoretical Analysis of the Molecular Mechanism of Stabilization of Nova-RNA Complex System: Fragment Molecular Orbital Method Based Quantum Chemical Calculation For the Effect of the Complex Formation on the Electronic State of Biomacromolecular System 査読有り

    Ikuo Kurisaki, Kaori Fukuzawa, Tatsuya Nakano, Yuji Mochizuki, Hirofumi Watanabe, Shigenori Tanaka

    BIOPHYSICAL JOURNAL　98　(3)　74A-74A　2010年1月

    DOI： 10.1016/j.bpj.2009.12.419 　

    ISSN：0006-3495

  132. Accuracy of fragmentation in ab initio calculations of hydrated sodium cation 査読有り

    Takatoshi Fujita, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka

    CHEMICAL PHYSICS LETTERS　478　(4-6)　295-300　2009年8月

    DOI： 10.1016/j.cplett.2009.07.060 　

    ISSN：0009-2614

    eISSN：1873-4448

  133. Fragment Molecular Orbital (FMO) and FMO-MO Calculations of DNA: Accuracy Validation of Energy and Interfragment Interaction Energy 査読有り

    Toshio Watanabe, Yuichi Inadomi, Hiroaki Umeda, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka, Tatsuya Nakano, Umpei Nagashima

    JOURNAL OF COMPUTATIONAL AND THEORETICAL NANOSCIENCE　6　(6)　1328-1337　2009年6月

    DOI： 10.1166/jctn.2009.1182 　

    ISSN：1546-1955

    eISSN：1546-1963

  134. Possibility of Mutation Prediction of Influenza Hemagglutinin by Combination of Hemadsorption Experiment and Quantum Chemical Calculation for Antibody Binding 査読有り

    Kazutomo Takematsu, Kaori Fukuzawa, Katsumi Omagari, Setsuko Nakajima, Katsuhisa Nakajima, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Hirofumi Watanabe, Shigenori Tanaka

    JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　113　(15)　4991-4994　2009年4月

    DOI： 10.1021/jp810997c 　

    ISSN：1520-6106

  135. Developments of FMO methodology and graphical user interface in ABINIT-MP 査読有り

    Nakano Tatsuya, Mochizuki Yuji, Kato Akifumi, Fukuzawa Kaori, Ishikawa Takeshi, Amari Shinji, Kurisaki Ikuo, Tanaka Shigenori

    37-62　2009年

    出版者・発行元： CRC Press: Boca Raton, FL

    DOI： 10.1201/9781420078497-6 　

  136. Analysis of Mutation Mechanisms of Influenza Virus Based on the Fragment Molecular Orbital Method 査読有り

    Tanaka Shigenori, Mochizuki Yuji, Fukuzawa Kaori, Yamashita Katsumi, Nakano Tatsuya

    Annual Report of the Earth Simulator Center April　2010　2009年

  137. 7 Application of the FMO Method to Specific Molecular Recognition of Biomacromolecules 査読有り

    Fukuzawa Kaori, Mochizuki Yuji, Nakano Tatsuya, Tanaka Shigenori

    The Fragment Molecular Orbital Method: Practical Applications to Large Molecular Systems　133-169　2009年

    出版者・発行元： CRC Press

    DOI： 10.1201/9781420078497-10 　

  138. 3P-063 Possibility of Mutation Prediction of Influenza Hemagglutinin by Combination of Hemadsorption Experiment and Quantum Chemical Calculation for Antibody Binding (Protein: Function, 2SP6 Towards Supercomputiong for Electronic Structures of Biological 査読有り

    Takematsu Kazutomo, Fukuzawa Kaori, Omagari Katsumi, Nakajima Katsuhisa, Nakajima Setsuko, Mochizuki Yuji, Nakano Tatsuya, Watanabe Hirofumi, Tanaka Shigenori

    Seibutsu Butsuri　49　(supplement)　S161　2009年

    出版者・発行元： The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  139. 2SP6-07 Possibility of Mutation Prediction of Influenza Hemagglutinin by Combination of Hemadsorption Experiment and Quantum Chemical Calculation for Antibody Binding (2SP6 Towards Supercomputing for Electronic Structures of Biological Macromolecules, The 査読有り

    Takematsu Kazutomo, Fukuzawa Kaori, Omagari Katsumi, Nakajima Katsuhisa, Nakajima Setsuko, Mochizuki Yuji, Nakano Tatsuya, Watanabe Hirofumi, Tanaka Shigenori

    Seibutsu Butsuri　49　(supplement)　S15　2009年

    出版者・発行元： The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

  140. Discovery of boron-conjugated 4-anilinoquinazoline as a prolonged inhibitor of EGFR tyrosine kinase 査読有り

    Hyun Seung Ban, Taikou Usui, Wataru Nabeyama, Hidetoshi Morita, Kaori Fukuzawa, Hiroyuki Nakamura

    ORGANIC & BIOMOLECULAR CHEMISTRY　7　(21)　4415-4427　2009年

    DOI： 10.1039/b909504g 　

    ISSN：1477-0520

  141. Fragment Molecular Orbital Calculations on Red Fluorescent Proteins (DsRed and mFruits) 査読有り

    Naoki Taguchi, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shinji Amari, Kaori Fukuzawa, Takeshi Ishikawa, Minoru Sakurai, Shigenori Tanaka

    JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　113　(4)　1153-1161　2009年1月

    DOI： 10.1021/jp808151c 　

    ISSN：1520-6106

    eISSN：1520-5207

  142. Application of the fragment molecular orbital method for determination of atomic charges on polypeptides. II. Towards an improvement of force fields used for classical molecular dynamics simulations 査読有り

    Yoshio Okiyama, Hirofumi Watanabe, Kaori Fukuzawa, Tatsuya Nakano, Yuji Mochizuki, Takeshi Ishikawa, Kuniyoshi Ebina, Shigenori Tanaka

    Chemical Physics Letters　467　(4-6)　417-423　2009年1月

    DOI： 10.1016/j.cplett.2008.11.044 　

    ISSN：0009-2614

  143. Ab initio fragment molecular orbital study of molecular interactions in liganded retinoid X receptor: Specification of residues associated with ligand inducible information transmission 査読有り

    Mika Ito, Kaori Fukuzawa, Takeshi Ishikawa, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka

    JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　112　(38)　12081-12094　2008年9月

    DOI： 10.1021/jp803369x 　

    ISSN：1520-6106

  144. COMP 246-Simulation study of RNA-binding protein by fragment molecular orbital (FMO) method 査読有り

    Ikuo Kurisaki, Kaori Fukuzawa, Tatsuya Nakano, Yuji Mochizuki, Stuart M. Rothstein, Hirofumi Watanabe, Shigenori Tanaka

    ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY　236　2008年8月

    ISSN：0065-7727

  145. Theoretical analysis of binding specificity of influenza viral hemagglutinin to avian and human receptors based on the fragment molecular orbital method 査読有り

    Tatsunori Iwata, Kaori Fukuzawa, Katsuhisa Nakajima, Sachiko Aida-Hyugaji, Yuji Mochizuki, Hirofumi Watanabe, Shigenori Tanaka

    COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY　32　(3)　198-211　2008年6月

    DOI： 10.1016/j.compbiolchem.2008.03.006 　

    ISSN：1476-9271

  146. Water-mediated interactions in the CRP-cAMP-DNA complex: Does water mediate sequence-specific binding at the DNA primary-kink site? 査読有り

    Bryan M. B. VanSchouwen, Heather L. Gordon, Stuart M. Rothstein, Yuto Komeiji, Kaori Fukuzawa, Shigenori Tanaka

    COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY　32　(3)　149-158　2008年6月

    DOI： 10.1016/j.compbiolchem.2008.01.001 　

    ISSN：1476-9271

    eISSN：1476-928X

  147. Large scale FMO-MP2 calculations on a massively parallel-vector computer 査読有り

    Yuji Mochizuki, Katsumi Yamashita, Tadashi Murase, Tatsuya Nakano, Kaori Fukuzawa, Kazutomo Takematsu, Hirofumi Watanabe, Shigenori Tanaka

    CHEMICAL PHYSICS LETTERS　457　(4-6)　396-403　2008年5月

    DOI： 10.1016/j.cplett.2008.03.090 　

    ISSN：0009-2614

  148. Ab initio fragment molecular orbital study of molecular interactions between liganded retinoid X receptor and its coactivator; Part II: Influence of mutations in transcriptional activation function 2 activating domain core on the molecular interactions 査読有り

    Mika Ito, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka

    JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A　112　(10)　1986-1998　2008年3月

    DOI： 10.1021/jp075430r 　

    ISSN：1089-5639

  149. Receptor-specific scoring functions derived from quantum chemical models improve affinity estimates for in-silico drug discovery 査読有り

    Bernhard Fischer, Kaori Fukuzawa, Wolfgang Wenzel

    PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS　70　(4)　1264-1273　2008年3月

    DOI： 10.1002/prot.21607 　

    ISSN：0887-3585

  150. Visualization analysis of inter-fragment interaction energies of CRP-cAMP-DNA complex based on the fragment molecular orbital method 査読有り

    Ikuo Kurisaki, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Janine Imada, Arleta Chmielewski, Stuart M. Rothstein, Hirofumi Watanabe, Shigenori Tanaka

    BIOPHYSICAL CHEMISTRY　130　(1-2)　1-9　2007年10月

    DOI： 10.1016/j.bpc.2007.06.011 　

    ISSN：0301-4622

  151. Intra- and intermolecular interactions between Cyclic-AMP receptor protein and DNA: Ab initio fragment molecular orbital study (vol 27, pg 948, 2006) 査読有り

    Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Yujj Mochizuki, Akifumi Kato, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka

    JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY　28　(13)　2237-2239　2007年10月

    DOI： 10.1002/jcc.20803 　

    ISSN：0192-8651

  152. DNA and estrogen receptor interaction revealed by fragment molecular orbital calculations 査読有り

    Toshio Watanabe, Yuichi Inadomi, Kaori Fukuzawa, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka, Lennart Nilsson, Umpei Nagashima

    JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　111　(32)　9621-9627　2007年8月

    DOI： 10.1021/jp071710v 　

    ISSN：1520-6106

  153. Ab initio fragment molecular orbital study of molecular interactions between liganded retinoid x receptor and its coactivator: Roles of helix 12 in the coactivator binding mechanism 査読有り

    Mika Ito, Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka

    JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　111　(13)　3525-3533　2007年4月

    DOI： 10.1021/jp070054w 　

    ISSN：1520-6106

  154. Erratum: Intra- and intermodular interactions between cyclic-AMP receptor protein and DNA: Ab initio fragment molecular orbital study (Journal of Computational Chemistry (2006) 27 (948)) 査読有り

    Fukuzawa, K., Komeiji, Y., Mochizuki, Y., Kato, A., Nakano, T., Tanaka, S.

    Journal of Computational Chemistry　28　(13)　2007年

    DOI： 10.1002/jcc.20803 　

  155. 2P058 Theoretical study on the sequence specific recognition mechanism of Pumilio RNA-binding domain by Fragment Molecular Orbital (FMO) method (Proteins-structure and structure-function relationship, Poster Presentations) 査読有り

    Kurisaki Ikuo, Fukuzawa Kaori, Nakano Tatsuya, Mochizuki Yuji, Watanabe Hirofumi, Tanaka Shigenori

    Seibutsu Butsuri　47　(supplement)　S127　2007年

    出版者・発行元： The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

    DOI： 10.2142/biophys.47.S127_3 　

  156. Comparison of epitope structures of H3HAs through protein modeling of influenza a virus hemagglutinin: Mechanism for selection of antigenic variants in the presence of a monoclonal antibody 査読有り

    Setsuko Nakajima, Katsuhisa Nakajima, Eri Nobusawa, Jin Zhao, Shigenori Tanaka, Kaori Fukuzawa

    MICROBIOLOGY AND IMMUNOLOGY　51　(12)　1179-1187　2007年

    DOI： 10.1111/j.1348-0421.2007.tb04013.x 　

    ISSN：0385-5600

  157. Application of the fragment molecular orbital method for determination of atomic charges on polypeptides 査読有り

    Yoshio Okiyama, Hirofumi Watanabe, Kaori Fukuzawa, Tatsuya Nakano, Yuji Mochizuki, Takeshi Ishikawa, Shigenori Tanaka, Kuniyoshi Ebina

    Chemical Physics Letters　449　(4-6)　329-335　2007年

    DOI： 10.1016/j.cplett.2007.10.066 　

    ISSN：0009-2614

  158. エストロゲン受容体のアミノ酸変異によるエストラジオール結合エネルギーの変化 査読有り

    前田 紘輔, Schug Alexander, 渡邉 博文, 福澤 薫, 望月 祐志, 中野 達也, 田中 成典

    日本コンピュータ化学会誌　6　(1)　33-46　2007年

    出版者・発行元： Society of Computer Chemistry, Japan

    DOI： 10.2477/jccj.6.33 　

    ISSN：1347-1767

    詳細を見る 詳細を閉じる

    エストロゲン受容体とエストラジオールとの結合に関する分子メカニズムを解明することを目的とし、エストロゲン受容体にコンピュータ上でアミノ酸変異を導入して、エストラジオールとの結合能をフラグメント分子軌道法を用いて評価した。アミノ酸変異の導入方法の妥当性を検討するために、実験で用いられたのと同じアミノ酸変異を導入して、結合エネルギーを評価し、実験データと比較した。その結果、6種類のアミノ酸変異のうち、3つは定性的に一致し、残り3つは不一致となった。それらの結果の原因を検討した。

  159. フラグメント分子軌道法による生体高分子の応用計算 招待有り

    福澤薫, 中野達也, 加藤昭史, 望月祐志, 田中成典

    J. Comput. Chem. Jpn.　6　(3)　185-198　2007年

    出版者・発行元： Society of Computer Chemistry, Japan

    DOI： 10.2477/jccj.6.185 　

    ISSN：1347-1767

    詳細を見る 詳細を閉じる

    フラグメント分子軌道(FMO)法プログラムABINIT-MPを用いた生体高分子の応用計算の現状をGUIシステムBioSation Viewerの機能とともに紹介する。具体例として、核内受容体とリガンドの相互作用、DNAと転写因子タンパク質との結合などについて、主に転写に関わる分子認識機構を詳細に解析した。フラグメント間相互作用エネルギー、電荷分布、及び軌道相互作用の解析などを通じて、生体高分子の分子認識における各アミノ酸残基の役割や相互作用の様式を明らかにした。またこれらの分子認識には、静電的な相互作用ばかりでなく、分散力に基づくvan der Waals相互作用が重要であることを明らかにし、電子相関を適切に取り入れた量子化学計算が必要となることが具体例を通じて示された。その他にも、光励起特性の解析などの先駆的な研究も進めている。

  160. フラグメント分子軌道法に基づいた生体巨大分子の電子状態計算の現状と今後の展望 招待有り

    中野達也, 望月祐志, 甘利 真司, 小林 将人, 福澤薫, 田中成典

    J. Comput. Chem. Jpn　6　(3)　173-184　2007年

    出版者・発行元： 日本コンピュータ化学会

    DOI： 10.2477/jccj.6.173 　

    ISSN：1347-1767

    詳細を見る 詳細を閉じる

    1999年に北浦らにより提唱されたフラグメント分子軌道(FMO)法は、分子系をフラグメントに分割し、フラグメントのモノマー、ダイマー・・・の計算から系全体を計算する方法であり、タンパク質やDNAのような巨大分子系全体を量子論的に扱う計算方法として、近年注目を集めている。本稿では、FMO法の概要と、多層FMO(MLFMO)法に基づいたタンパク質の励起状態計算、及びFMO法に基づいたconfiguration analysis for fragment interaction (CAFI)やvisualized cluster analysis of protein-ligand interaction (VISCANA)といった解析方法について報告し、FMO法の今後について展望する。

  161. フラグメント分子軌道法プログラムABINIT-MPによる受容体－リガンド相互作用解析 招待有り

    福澤薫, 中野達也

    CBI学会ソリューションガイドモノグラフ「構造に基づく薬の設計法（SBDD）の進歩」＋ソリューションガイド　2007年

  162. Molecular interactions between estrogen receptor and its ligand studied by the ab initio fragment molecular orbital method (vol 110, pg 24276, 2006) 査読有り

    Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Shigenori Tanaka, Kazuo Kitaura, Tatsuya Nakano

    JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　110　(47)　24276-24276　2006年11月

    DOI： 10.1021/jp065705n 　

    ISSN：1520-6106

  163. Advanced scientific computational methods and their applications to nuclear technologies - (6) Simulation methods in discretized systems, (2) 査読有り

    Seiichi Koshizuka, Kiyoshi Matsubara, Kaori Fukuzawa

    JOURNAL OF THE ATOMIC ENERGY SOCIETY OF JAPAN　48　(9)　684-689　2006年9月

    DOI： 10.3327/jaesj.48.684 　

    ISSN：0004-7120

  164. Molecular interactions between estrogen receptor and its ligand studied by the ab initio fragment molecular orbital method 査読有り

    Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Shigenori Tanaka, Kazuo Kitaura, Tatsuya Nakano

    JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　110　(32)　16102-16110　2006年8月

    DOI： 10.1021/jp060770i 　

    ISSN：1520-6106

  165. Fragment molecular orbital calculations on large scale systems containing heavy metal atom 査読有り

    Takeshi Ishikawa, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shinji Amari, Hirotoshi Mori, Hiroaki Honda, Takatoshi Fujita, Hiroaki Tokiwa, Shigenori Tanaka, Yuto Komeiji, Kaori Fukuzawa, Kiyoshi Tanaka, Eisaku Miyoshi

    CHEMICAL PHYSICS LETTERS　427　(1-3)　159-165　2006年8月

    DOI： 10.1016/j.cplett.2006.06.103 　

    ISSN：0009-2614

  166. Intra- and intermolecular interactions between cyclic-AMP receptor protein and DNA: Ab initio fragment molecular orbital study 査読有り

    K Fukuzawa, Y Komeiji, Y Mochizuki, A Kato, T Nakano, S Tanaka

    JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY　27　(8)　948-960　2006年6月

    DOI： 10.1002/jcc.20399 　

    ISSN：0192-8651

  167. Drug discovery using grid technology 査読有り

    Hitoshi Goto, Sigeaki Obata, Toshiyuki Kamakura, Naofumi Nakayama, Mitsuhisa Sato, Yoshihiro Nakajima, Umpei Nagashima, Toshio Watanabe, Yuichi Inadomi, Masakatsu Ito, Takeshi Nishikawa, Tatsuya Nakano, Lennart Nilsson, Shigenori Tanaka, Kaori Fukuzawa, Yuichiro Inagaki, Michiaki Hamada, Hiroshi Chuman

    Modern Methods for Theoretical Physical Chemistry of Biopolymers　227-248　2006年

    DOI： 10.1016/B978-044452220-7/50076-9 　

  168. Developments and applications of ABINIT-MP software based on the fragment molecular orbital method 査読有り

    Tatsuya Nakano, Yuji Mochizuki, Kaori Fukuzawa, Shinji Amari, Shigenori Tanaka

    Modern Methods for Theoretical Physical Chemistry of Biopolymers　39-52　2006年

    出版者・発行元： Elsevier

    DOI： 10.1016/B978-044452220-7/50066-6 　

  169. VISCANA: Visualized cluster analysis of protein-ligand interaction based on the ab initio fragment molecular orbital method for virtual ligand screening 査読有り

    S Amari, M Aizawa, JW Zhang, K Fukuzawa, Y Mochizuki, Y Iwasawa, K Nakata, H Chuman, T Nakano

    JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING　46　(1)　221-230　2006年1月

    DOI： 10.1021/ci050262q 　

    ISSN：1549-9596

  170. 量子化学計算（FMO法） 招待有り

    中野達也, 望月祐志, 甘利真司, 福澤薫

    東京大学情報基盤センター・スーパーコンピューティングニュース　2006年

  171. 分子軌道法 招待有り

    松原聖, 福澤薫

    原子力学会誌　2006年

  172. BioStation Viewer：生体高分子の相互作用の解析と可視化 招待有り

    加藤昭史, 福澤薫, 望月祐志, 甘利真司, 中野達也

    可視化情報学会誌　26　(101)　124-129_1　2006年

    出版者・発行元： The Visualization Society of Japan

    DOI： 10.3154/jvs.26.124 　

    ISSN：0916-4731

  173. 1A configuration analysis for fragment interaction 査読有り

    Y Mochizuki, K Fukuzawa, A Kato, S Tanaka, K Kitaura, T Nakano

    CHEMICAL PHYSICS LETTERS　410　(4-6)　247-253　2005年7月

    DOI： 10.1016/j.cplett.2005.05.079 　

    ISSN：0009-2614

  174. Numerical methodology of sodium-water reaction with multiphase flow analysis 査読有り

    T Takata, A Yamaguchi, K Fukuzawa, K Matsubara

    NUCLEAR SCIENCE AND ENGINEERING　150　(2)　221-236　2005年6月

    DOI： 10.13182/NSE05-A2511 　

    ISSN：0029-5639

  175. Fragment Molecular Orbital Study on Molecular Interaction between Estrogen Receptor and Their Ligands

    福澤 薫, 望月 祐志, 田中 成典, 甘利 真志, 北浦 和夫, 中野 達也

    Proceedings of 7th Congress of the World Association of Theoretically Oriented Chemists (WATOC) (Cape Town, South Africa)　ES-P23,　2005年

  176. Ab initio quantum mechanical study of the binding energies of human estrogen receptor alpha with its ligands: An application of fragment molecular orbital method 査読有り

    K Fukuzawa, K Kitaura, M Uebayasi, K Nakata, T Kaminuma, T Nakano

    JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY　26　(1)　1-10　2005年1月

    DOI： 10.1002/jcc.20130 　

    ISSN：0192-8651

  177. 量子化学計算でみるエストロゲン受容体と化学物質の相互作用 招待有り

    福澤薫

    バイオニクス　2　(7)　65-67　2005年

    出版者・発行元： オーム社

    ISSN：1349-9343

  178. Ab initio potential energy surfaces of the ion-molecule reaction: C2H2+O+ 査読有り

    K Fukuzawa, T Matsushita, K Morokuma

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　121　(7)　3117-3129　2004年8月

    DOI： 10.1063/1.1769360 　

    ISSN：0021-9606

  179. 非経験的フラグメント分子軌道法によるエストロゲン受容体とリガンドとの結合性予測 招待有り

    長嶋雲兵, 福澤薫, 中野達也

    ファインケミカル　33　(4)　44-52　2004年

    出版者・発行元： シーエムシー出版

    ISSN：0913-6150

  180. Fragment molecular orbital study of the binding energy of ligands to the estrogen receptor 招待有り 査読有り

    K Fukuzawa, K Kitaura, K Nakata, T Kaminuma, T Nakano

    PURE AND APPLIED CHEMISTRY　75　(11-12)　2405-2410　2003年11月

    DOI： 10.1351/pac200375112405 　

    ISSN：0033-4545

  181. Fragment molecular orbital method: application to molecular dynamics simulation, 'ab initio FMO-MD' 査読有り

    Y Komeiji, T Nakano, K Fukuzawa, Y Ueno, Y Inadomi, T Nemoto, M Uebaysai, DG Fedorov, K Kitaura

    CHEMICAL PHYSICS LETTERS　372　(3-4)　342-347　2003年4月

    DOI： 10.1016/S0009-2614(03)00430-5 　

    ISSN：0009-2614

  182. DNA鎖の第一原理計算の現状と将来 招待有り

    田中成典, 福澤薫, 中野達也, 栗田典之

    表面科学　2003年

    DOI： 10.1380/jsssj.24.664 　

  183. Fragment molecular orbital method: use of approximate electrostatic potential 査読有り

    T Nakano, T Kaminuma, T Sato, K Fukuzawa, Y Akiyama, M Uebayasi, K Kitaura

    CHEMICAL PHYSICS LETTERS　351　(5-6)　475-480　2002年1月

    DOI： 10.1016/S0009-2614(01)01416-6 　

    ISSN：0009-2614

  184. An ab initio and experimental study of vibrational effects in low energy O++C2H2 charge-transfer collisions 査読有り

    K Fukuzawa, T Matsushita, K Morokuma, DJ Levandier, YH Chiu, RA Dressler, E Murad, A Midey, S Williams, AA Viggiano

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　115　(7)　3184-3194　2001年8月

    DOI： 10.1063/1.1385793 　

    ISSN：0021-9606

  185. Ion-molecule reactions producing HC3NH+ in interstellar space: Forbiddenness of the reaction between cyclic C3H3+ and the N atom 査読有り

    N Takagi, K Fukuzawa, Y Osamura, HF Schaefer

    ASTROPHYSICAL JOURNAL　525　(2)　791-798　1999年11月

    ISSN：0004-637X

  186. A molecular orbital study of the HC3NH+ + e(-) dissociative recombination and its role in the production of cyanoacetylene isomers in interstellar clouds 査読有り

    Y Osamura, K Fukuzawa, R Terzieva, E Herbst

    ASTROPHYSICAL JOURNAL　519　(2)　697-704　1999年7月

    ISSN：0004-637X

  187. Are neutral-neutral reactions effective for the carbon-chain growth of cyanopolyynes and polyacetylenes in interstellar space? 査読有り

    K Fukuzawa, Y Osamura, HF Schaefer

    ASTROPHYSICAL JOURNAL　505　(1)　278-285　1998年9月

    DOI： 10.1086/306168 　

    ISSN：0004-637X

    eISSN：1538-4357

  188. Molecular orbital study of neutral-neutral reactions concerning HC3N formation in interstellar space 査読有り

    K Fukuzawa, Y Osamura

    ASTROPHYSICAL JOURNAL　489　(1)　113-121　1997年11月

    DOI： 10.1086/304782 　

    ISSN：0004-637X

︎全件表示 ︎最初の5件までを表示

MISC 66

  1. 実験手法と分子シミュレーションを用いたβ-シクロデキストリンとイブプロフェン鏡像異性体間の相互作用解析

    古石誉之, 古石誉之, 伊野希, 奥脇弘次, 池上眞由美, 遠藤朋宏, 米持悦生, 米持悦生, 福澤薫

    シクロデキストリンシンポジウム講演要旨集　40th　2024年

  2. 立体構造と量子化学計算に基づくCOMT-リガンド分子間相互作用新規リガンド骨格を目指して

    福澤薫, 福澤薫, 白井智子, 武部克希, 高谷大輔, 飯島洋, 飯島洋

    日本薬学会年会要旨集(Web)　144th　2024年

    ISSN： 0918-9823

  3. フラグメント分子軌道計算によるキサンチン酸化還元酵素と阻害剤相互作用解析

    TIAN Yu-Shi, MARTIN, MARTIN, NASUTION Mochammad Arfin Fardiansyah, 高谷大輔, 水口賢司, 水口賢司, 福澤薫

    日本薬学会年会要旨集(Web)　144th　2024年

    ISSN： 0918-9823

  4. 実験及び計算手法を併用したEudragit Eによる薬物可溶化機構の解明

    齊藤智輝, 植田圭祐, 東顕二郎, 奥脇弘次, 奥脇弘次, 古石誉之, 福澤薫, 米持悦生, 森部久仁一

    日本薬剤学会年会講演要旨集(CD-ROM)　39th　2024年

  5. トルブタミドとメグルミンからなるイオン液体含有口腔内崩壊フィルム製剤の設計

    古石誉之, 土井優月, 井上元基, 福澤薫, 米持悦生

    日本薬剤学会年会講演要旨集(CD-ROM)　39th　2024年

  6. フラグメント分子軌道法を活用したm-Glu5新規阻害剤の検討

    小田島大貴, 宮川柊兵, 半田佑磨, 古石誉之, 米持悦生, 佐藤朋広, 幸瞳, 本間光貴, 高谷大輔, 上村みどり, 上村みどり, 福澤薫, 福澤薫

    日本薬学会年会要旨集(Web)　144th　2024年

    ISSN： 0918-9823

  7. eIF4A阻害剤のRNA配列特異性に対する分子動力学計算と量子化学計算を用いた解析

    半田佑磨, 半田佑磨, 斉藤大寛, 斉藤大寛, 奥脇弘次, 古石誉之, 米持悦生, 加藤幸一郎, 渡邉千鶴, 本間光貴, 伊藤拓宏, 岩崎信太郎, 岩崎信太郎, 福澤薫, 福澤薫

    日本薬学会年会要旨集(Web)　144th　2024年

    ISSN： 0918-9823

  8. トコフェルソラン固体分散体中の薬物の分子状態および分子間相互作用評価への計算化学の適用

    米持悦生, 小林千夏, 奥脇弘次, 古石誉之, 東顕二郎, 山下雄史, 福澤薫

    日本薬学会年会要旨集(Web)　144th　2024年

    ISSN： 0918-9823

  9. 分子シミュレーションによる核酸添加ssPalmナノ粒子の構造および相互作用解析

    小浪なおこ, 佐々木香純, 奥脇弘次, 奥脇弘次, 奥脇弘次, 田中浩揮, 秋田英万, 古石誉之, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生

    日本薬学会年会要旨集(Web)　144th　2024年

    ISSN： 0918-9823

  10. クエン酸とアルギニンからなるイオン液体の薬物可溶化能評価

    田中菜緒, 岡部華奈, 古石誉之, 山下雄史, 福澤薫, 米持悦生

    日本薬学会年会要旨集(Web)　144th　2024年

    ISSN： 0918-9823

  11. FamotidineとSaccharinによる新規複合体の結晶構造解析

    市川高弘, LI Ye, 古石誉之, 山下雄史, 福澤薫, 米持悦生

    日本薬学会年会要旨集(Web)　144th　2024年

    ISSN： 0918-9823

  12. 実験手法と分子シミュレーションによるイオン性脂質ナノ粒子の特性評価

    小倉由未佳, 奥脇弘次, 古石誉之, 山下雄史, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生

    日本薬学会年会要旨集(Web)　144th　2024年

    ISSN： 0918-9823

  13. 計算科学手法を用いたPI5P4KβのGTP特異性の解析

    宮川柊兵, 奥脇弘次, 奥脇弘次, 奥脇弘次, 古石誉之, 米持悦生, 千田美紀, 千田俊哉, 竹内恒, 福澤薫, 福澤薫

    日本薬学会年会要旨集(Web)　144th　2024年

    ISSN： 0918-9823

  14. 分子動力学計算とフラグメント分子軌道法を用いたβ-シクロデキストリンとノルエフェドリン光学異性体の複合体構造の解析

    古石誉之, 奈良友里衣, 遠藤朋宏, 奥脇弘次, 福澤薫, 米持悦生

    日本薬学会年会要旨集(Web)　144th　2024年

    ISSN： 0918-9823

  15. FMO計算を用いたIL-10受容体複合体間の相互作用解析に基づく分子設計

    上村憲汰, 半田佑磨, 半田佑磨, 宮岸澄真, 古石誉之, 米持悦生, 遠藤真弓, 上村みどり, TIAN Yushi, 高谷大輔, 福澤薫, 福澤薫

    日本薬学会年会要旨集(Web)　144th　2024年

    ISSN： 0918-9823

  16. NMRおよび動的FMO計算を用いたBzDANPとバルジRNAとの複合体の構造および相互作用解析【JST機械翻訳】

    OHNO Shu, FUJIWARA Aina, KAWAI Gota, NAKATANI Kazuhiko, HANDA Yuma, HANDA Yuma, TIAN Yu-Shi, TAKAYA Daisuke, FUKUZAWA Kaori

    CBI学会大会(CD-ROM)　2023　2023年

  17. MDおよびFMO計算を用いたIL-10受容体複合体の相互作用解析【JST機械翻訳】

    MIYAGISHI Toma, KAMIMURA Kenta, HANDA Yuma, HANDA Yuma, TAKIMOTO-KAMIMURA Midori, TAKIMOTO-KAMIMURA Midori, ENDO Mayumi, OKUWAKI Koji, MORI Yoshiharu, TANAKA Shigenori, TIAN Yu-Shi, TAKAYA Daisuke, FUKUZAWA Kaori

    CBI学会大会(CD-ROM)　2023　2023年

  18. リガンド-RNA相互作用を予測するためのニューラルネットワークポテンシャルの適用性【JST機械翻訳】

    ASANO Hiroto, MATSUMOTO Hiromu, OHNO Shu, HANDA Yuma, HANDA Yuma, HATABU Asuka, TAKAYA Daisuke, IKEDA Kenji, TIAN Yu-Shi, FUKUZAWA Kaori, KATO Koichiro

    CBI学会大会(CD-ROM)　2023　2023年

  19. フラグメント分子軌道法を用いたインターロイキン-10とインターロイキン-10受容体間の計算相互作用解析【JST機械翻訳】

    KAMIMURA Kenta, HANDA Yuma, HANDA Yuma, FURUISHI Takayuki, YONEMOTI Etuto, TIAN Yu-shi, TAKAYA Daisuke, FUKUZAWA Kaori, FUKUZAWA Kaori, MIYAGISHI Toma, TAKIMOTO-KAMIMURA Midori, ENDO Mayumi

    CBI学会大会(CD-ROM)　2023　2023年

  20. フラグメント分子軌道法を活用した代謝型グルタミン酸受容体5阻害剤の分子設計

    小田島大貴, 宮川柊兵, 半田佑磨, 古石誉之, 米持悦生, 佐藤朋広, 幸瞳, 本間光貴, 高谷大輔, 上村みどり, 上村みどり, 福澤薫, 福澤薫

    構造活性相関シンポジウム講演要旨集(CD-ROM)　51st　2023年

  21. 分子動力学法を用いたトコフェルソラン固体分散体中の薬物の分散状態および分子間相互作用の評価

    小林千夏, 奥脇弘次, 古石誉之, 東顕二郎, 山下雄史, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生

    日本薬学会関東支部大会講演要旨集(CD-ROM)　67th　2023年

  22. ファモチジンの新規複合体作製と計算科学を用いた安定性の評価

    市川高弘, LI Ye, 古石誉之, 福澤薫, 福澤薫, 山下雄史, 米持悦生

    日本薬学会関東支部大会講演要旨集(CD-ROM)　67th　2023年

  23. クエン酸とアルギニンによるイオン液体の作製と薬物可溶化能評価

    田中菜緒, 岡部華奈, 古石誉之, 山下雄史, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生

    日本薬学会関東支部大会講演要旨集(CD-ROM)　67th　2023年

  24. 分子動力学計算を用いたEudragit Eによる薬物可溶化機構の解明

    齊藤智輝, 植田圭祐, 東顕二郎, 奥脇弘次, 古石誉之, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生, 森部久仁一

    日本薬学会関東支部大会講演要旨集(CD-ROM)　67th　2023年

  25. 計算科学的手法を用いたssPalmナノ粒子の構造および相互作用評価

    小浪なおこ, 氏家かれん, 佐々木香純, 奥脇弘次, 田中浩揮, 秋田英万, 古石誉之, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生

    日本薬学会年会要旨集(Web)　143rd　2023年

    ISSN： 0918-9823

  26. 固体分散体製剤の吸湿挙動評価へのin silicoシミュレーションの適用

    米持悦生, 松本穂香, 奥脇弘次, 古石誉之, 福澤薫, 福澤薫

    日本薬学会年会要旨集(Web)　143rd　2023年

    ISSN： 0918-9823

  27. 実験手法と分子シミュレーションによる脂質ナノ粒子-核酸複合体の特性評価

    佐々木香純, 奥脇弘次, 古石誉之, 東顕二郎, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生

    日本薬学会年会要旨集(Web)　143rd　2023年

    ISSN： 0918-9823

  28. 処方設計への応用に向けた計算科学を用いたイオン性脂質ナノ粒子の構造予測

    小倉由未佳, 奥脇弘次, 古石誉之, 山下雄史, 米持悦生, 福澤薫

    製剤と粒子設計シンポジウム講演要旨集　40th　2023年

  29. 分子動力学計算とフラグメント分子軌道法を用いたβ-シクロデキストリンとノルエフェドリン光学異性体の包接挙動の解明

    奈良友里衣, 古石誉之, 奥脇弘次, 遠藤朋宏, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生

    シクロデキストリンシンポジウム講演要旨集　39th　2023年

  30. イオン化脂質のプロトン化による脂質ナノ粒子の構造変化に関する研究

    小倉由未佳, 奥脇弘次, 古石誉之, 福澤薫, 米持悦生

    日本DDS学会学術集会プログラム予稿集　39th　2023年

  31. トルブタミドとメグルミンからなるイオン液体含有口腔内崩壊フィルム製剤の開発

    古石誉之, 古石誉之, 土井優月, 福澤薫, 米持悦生

    日本DDS学会学術集会プログラム予稿集　39th　2023年

  32. 実験手法および分子シミュレーションを用いたイオン性脂質ナノ粒子の構造評価

    小倉由未佳, 奥脇弘次, 古石誉之, 福澤薫, 米持悦生

    日本薬剤学会年会講演要旨集(CD-ROM)　38th　2023年

  33. クエン酸/アルギニンからなるイオン液体の特性と薬物可溶化能

    古石誉之, 岡部華奈, 田中菜緒, 福澤薫, 米持悦生

    日本薬剤学会年会講演要旨集(CD-ROM)　38th　2023年

  34. アルギニンとアスパラギンによる分子複合体の製剤用結合剤としての機能発現機構と処方最適化条件

    加藤里佳, 佐藤瑠莉, 村松駿, 古石誉之, 福澤薫, 米持悦生

    日本薬剤学会年会講演要旨集(CD-ROM)　38th　2023年

  35. インシリコスクリーニング(LBDD)のための最近のフィンガープリントの性能検討

    高谷大輔, 田雨時, 福澤薫

    構造活性相関シンポジウム講演要旨集(CD-ROM)　50th　2022年

  36. 実験手法と分子シミュレーションを用いた脂質ナノ粒子-核酸複合体の構造解析に基づく処方設計

    佐々木香純, 奥脇弘次, 古石誉之, 米持悦生, 福澤薫, 東顕二郎

    製剤と粒子設計シンポジウム講演要旨集　39th　2022年

  37. Ready-to-Use型mRNA内封脂質ナノ粒子製剤の物性評価

    山川拓真, 田中浩揮, 萩原伸哉, 櫻井遊, 佐々木香純, 米持悦生, 福澤薫, 中井悠太, 丹下耕太, 秋田英万, 秋田英万

    遺伝子・デリバリー研究会シンポジウム要旨集　21st (CD-ROM)　2022年

  38. Ready-to-Use型LNP製剤の開発

    田中浩揮, 萩原伸哉, 山川拓真, 櫻井遊, 米持悦生, 福澤薫, 中井悠太, 丹下耕太, 秋田英万, 秋田英万

    日本核酸医薬学会年会講演要旨集(CD-ROM)　7th　2022年

  39. mRNA内封脂質ナノ粒子Ready-to-Use製剤の物性評価

    山川拓真, 田中浩揮, 萩原伸哉, 櫻井遊, 佐々木香純, 米持悦生, 福澤薫, 中井悠太, 丹下耕太, 秋田英万, 秋田英万

    日本核酸医薬学会年会講演要旨集(CD-ROM)　7th　2022年

  40. RNA含有ナノ粒子の構造変化機構の検討

    米持悦生, 古石誉之, 福澤薫

    KEK Progress Report (Web)　(2022-5)　2022年

    ISSN： 1344-6320

  41. FMO計算を用いたIL10-IL10受容体複合体間の相互作用解析

    上村憲汰, 半田佑磨, 古石誉之, 米持悦生, 上村みどり, 遠藤真弓, 田雨時, 高谷大輔, 福澤薫, 福澤薫

    日本薬学会関東支部大会講演要旨集　66th (CD-ROM)　2022年

  42. セラミドの立体配置が角層細胞間脂質の構造変化に及ぼす影響

    荒井梨絵, 古石誉之, 福澤薫, 米持悦生, 小幡誉子, 石田賢哉

    日本薬学会関東支部大会講演要旨集　66th (CD-ROM)　2022年

  43. リポプレックス生成過程における脂質二重膜に及ぼすCholesterolの影響

    田中渓, 佐々木香純, 古石誉之, 福澤薫, 福澤薫, 米持悦生

    日本薬学会関東支部大会講演要旨集　66th (CD-ROM)　2022年

  44. FMODBデータ収集:高分解能X線結晶構造データに対する量子化学計算

    渡邉千鶴, 渡邉千鶴, 神坂紀久子, 今井恭平, 滝本大地, 斎藤涼祐, 栗田典之, 岡山友樹, 宮嶋起徳, 吉本耀, 原田一真, 川下理日人, 藤井真靖, 森義治, 田中成典, 本間光貴, 福澤薫

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集　22nd (Web)　2022年

  45. FMO法を用いたSARS-CoV-2メインプロテアーゼ-阻害薬S-217622結合メカニズムの解明

    渡邉千鶴, 田中成典, 沖山佳生, 大山達也, 神坂紀久子, 幸瞳, 高谷大輔, 福澤薫, 本間光貴

    構造活性相関シンポジウム講演要旨集　50th (CD-ROM)　2022年

  46. FMO計算によるSARS-CoV-2変異株RBD-中和抗体間の相互作用解析

    渡邉一樹, 渡邉一樹, 渡邉千鶴, 渡邉千鶴, 本間光貴, 田雨時, 川嶋裕介, 川下理日人, 星野忠次, 西田紀貴, 福澤薫, 福澤薫, 高木達也

    日本薬学会関東支部大会講演要旨集　65th　2021年

  47. フラグメント分子軌道法を用いた中和抗体とSARS-CoV-2変異体スパイク蛋白質間の計算ab initio相互作用解析

    Watanabe Kazuki, Watanabe Chiduru, Watanabe Chiduru, Honma Teruki, Tian Yu-Shi, Kawashima Yusuke, Kawashita Norihito, Fukuzawa Kaori, Fukuzawa Kaori, Takagi Tatsuya

    Bulletin of the Chemical Society of Japan (Web)　94　(6)　2021年

    ISSN： 1348-0634

  48. 製剤と粒子設計 計算化学が拓く新しい製剤設計戦略-LNP製剤・固体分散体製剤への応用-

    米持悦生, 福澤薫

    Pharm Tech Japan　37　(8)　2021年

    ISSN： 0910-4739

  49. Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method: Enhanced Performance and Applicability

    Mochizuki, Y., Tanaka, S., Fukuzawa, K.

    Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method: Enhanced Performance and Applicability　2021年

    出版者・発行元： Recent Advances of the Fragment Molecular Orbital Method: Enhanced Performance and Applicability

    DOI： 10.1007/978-981-15-9235-5 　

  50. COMT/阻害剤複合体の結晶構造解析及び,量子化学計算による相互作用解析

    武部克希, 福澤薫, 鈴木守, 桑田(楠瀬)隆生, 鵜澤成一, 飯島洋

    構造活性相関シンポジウム講演要旨集(CD-ROM)　48th　2020年

  51. 正電荷リポプレックスの膜安定性に与えるコレステロール誘導体の影響

    米持悦生, 古石誉之, 福澤薫

    KEK Progress Report (Web)　(2020-6)　2020年

    ISSN： 1344-6320

  52. Taking Water into Account with the Fragment Molecular Orbital Method. 国際誌

    Yoshio Okiyama, Kaori Fukuzawa, Yuto Komeiji, Shigenori Tanaka

    Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)　2114　105-122　2020年

    DOI： 10.1007/978-1-0716-0282-9_7 　

    詳細を見る 詳細を閉じる

    This chapter describes the current status of development of the fragment molecular orbital (FMO) method for analyzing the electronic state and intermolecular interactions of biomolecular systems in solvent. The orbital energies and the inter-fragment interaction energies (IFIEs) for a specific molecular structure can be obtained directly by performing FMO calculations by exposing water molecules and counterions around biomolecular systems. Then, it is necessary to pay attention to the thickness of the water shell surrounding the biomolecules. The single-point calculation for snapshots from MD trajectory does not incorporate the effects of temperature and configurational fluctuation, but the SCIFIE (statistically corrected IFIE) method is proposed as a many-body correlated method that partially compensates for this deficiency. Furthermore, implicit continuous dielectric models have been developed as effective approaches to incorporating the screening effect of the solvent in thermal equilibrium, and we illustrate their usefulness for theoretical evaluation of IFIEs and ligand-binding free energy on the basis of the FMO-PBSA (Poisson-Boltzmann surface area) method and other computational methods.

  53. ABINIT-MP Openシリーズの最新の開発状況について 招待有り 査読有り

    望月 祐志, 秋永 宜伸, 坂倉 耕太, 渡邊 啓正, 加藤 幸一郎, 渡辺 尚貴, 奥脇 弘次, 中野 達也, 福澤 薫

    J. Comp. Chem. Jpn.　18　(3)　129-131　2019年

    出版者・発行元： Society of Computer Chemistry Japan

    DOI： 10.2477/jccj.2019-0016 　

    ISSN： 1347-1767

    eISSN： 1347-3824

  54. 側鎖分割したペプチドに対するdimer-es近似のHF及びMP2電子相関エネルギーに与える影響に関する検討

    中野達也, 福澤薫, 福澤薫, 沖山佳生, 渡邉千鶴, 古明地勇人, 望月祐志, 望月祐志

    Chem-Bio Informatics Journal (Web)　18　2018年

    ISSN： 1347-0442

  55. 脂質・遺伝子ナノ複合体の溶液中における生成機構

    米持悦生, 古石誉之, 福澤薫

    KEK Progress Report (Web)　(2018-7)　2018年

    ISSN： 1344-6320

  56. 創薬シリーズ(8)創薬研究の新潮流(13)量子論に基づくタンパク質-化学物質相互作用解析 : FMO創薬の実現に向けて

    福澤 薫

    日本薬理学雑誌 = Folia pharmacologica Japonica : くすりとからだ : ファーマコロジカ　149　(5)　240-246　2017年5月

    出版者・発行元： 日本薬理学会

    ISSN： 0015-5691

  57. FMO創薬を加速する大規模データ解析

    田中成典, 福澤薫, 本間光貴

    CICSJ Bull.　35　(No. 3)　205-209　2017年

  58. フラグメント分子軌道法の生物間相互作用解析 : ウイルスの受容体への結合特異性解析への応用

    丸山 正, 嶋根 康弘, 岩沢 美佐子, 秦田 勇二, 吉田 尊雄, 高木 善弘, 大石 和恵, 田中 成典, 渡邉 博文, 徐 逢祺, 望月 祐志, 福澤 薫, 古明地 勇人

    Annual report of the earth simulator　251-257　2016年4月

    出版者・発行元： Center for Earth Information Science and Technology, Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology

    ISSN： 2189-6917

  59. 相互作用エネルギー成分分割解析機能PIEDAの実装とタンパク質-リガンド間の相互作用解析

    塚本貴志, 加藤幸一郎, 加藤昭史, 中野達也, 中野達也, 望月祐志, 望月祐志, 福澤薫, 福澤薫, 福澤薫

    Journal of Computer Chemistry, Japan (Web)　14　(1)　2015年

    ISSN： 1347-3824

  60. Analysis of Global Ecosystem Ecology by Fragment Molecular Orbital (FMO) Method: Analyses of the Interactions between Virus Hamagglutinins and Their Receptors 招待有り

    T. Maruyama, Y. Shimane, K. Ohishi, M. Iwasawa, Y. Hatada, Y. Takaki, T. Yoshida, 田中 成典, S. Anzaki, Y. Komeiji, Y. Mochizuki, K. Fukuzawa

    Annual Report of the Earth Simulator Center　April 2014 – March 2015　131-135　2015年

    出版者・発行元： Center for Earth Information Science and Technology, Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology

    ISSN： 2189-6917

  61. 医薬品候補化合物とタンパク質の相互作用解析 招待有り

    福澤薫

    JST 産学官連携ジャーナル　2014年5月15日

  62. Large-Scale Electronic-State Calculations of Protein-Ligand Systems for Drug Design with Fragment Molecular Orbital Method

    田中 成典, Y. Mochizuki, K. Yamashita, Y. Okiyama, K. Fukuzawa, T. Nakano

    Annual Report of the Earth Simulator Center, April 2011 – March 2012　185-190　2012年

    出版者・発行元： Earth Simulator Center, Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology

    ISSN： 1348-5822

  63. Large-Scale Electronic-State Calculations of Influenza Viral Proteins with Fragment Molecular Orbital Method and Applications to Mutation Prediction

    田中 成典, A. Yoshioka, Y. Mochizuki, K. Fukuzawa, K. Yamashita, T. Nakano

    Annual Report of the Earth Simulator Center, April 2010 – March 2011　187-191　2011年

  64. DNA and Estrogen Receptor Interaction Revealed by the Fragment Molecular Orbital Method

    WATANABE Toshio, WATANABE Toshio, INADOMI Yuichi, FUKUZAWA Kaori, TANAKA Shigenori, NAKANO Tatsuya, NILSSON Lennart, NAGASHIMA Umpei

    生物物理　46　(Supplement 2)　S108　2006年10月1日

    ISSN： 0582-4052

  65. 「バイオ・イメージング」特集の企画にあたって

    阿部 行伸, 福澤 薫

    可視化情報学会誌 = Journal of the Visualization Society of Japan　26　(101)　123-123　2006年4月1日

    ISSN： 0916-4731

  66. FMO-MD: a new ab initio molecular dynamics simulation method applicable to proteins

    Y Komeiji, T Nakano, K Fukuzawa, Y Ueno, T Nemoto, DG Fedorov, M Uebayasi, K Kitaura

    BIOPHYSICAL JOURNAL　84　(2)　465A-465A　2003年2月

    ISSN： 0006-3495

︎全件表示 ︎最初の5件までを表示

書籍等出版物 5

  1. In silico創薬におけるスクリーニングの高速化・効率化技術

    福澤 薫

    技術情報協会　2018年1月

  2. The Fragment Molecular Orbital Method: Practical Applications to Large Molecular Systems

    Kaori Fukuzawa, Yuji Mochizuki, Tatsuya Nakano, Shigenori Tanaka

    Taylor & Francis/ CRC Press　2009年5月18日

  3. プログラムで実践する生体分子量子化学計算

    佐藤文俊, 中野達也, 望月祐志, 福澤薫, 甘利真司

    森北出版　2008年10月10日

  4. Modern Methods for Theoretical Physical Chemistry of Biopolymers

    T. Nakano, Y. Mochizuki, K. Fukuzawa, S. Amari, S. Tanaka

    Elsevier Science　2006年9月27日

  5. フラグメント分子軌道法入門‐ABINIT-MPによるタンパク質の非経験的量子化学計算‐

    中野達也, 谷森奏一郎, 加藤昭史, 小池上繁, 雨宮克樹, 福澤薫

    アドバンスソフト株式会社　2004年7月10日

講演・口頭発表等 31

  1. HPCIを活用したFMO創薬プラットフォームの構築 招待有り

    福澤 薫

    日本薬学会第139年会 FMOデータベース公開記念シンポジウム　2019年3月21日

  2. フラグメント分子軌道法に基づく創薬基盤の構築 招待有り

    福澤 薫

    第46回構造活性相関シンポジウム　2018年12月6日

  3. 第5回「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題 成果報告会

    福澤 薫

    2018年11月2日

  4. HPCIを活用したFMO創薬技術の開発 招待有り

    福澤 薫

    サイエンティフィック・システム研究会科学技術計算分科会　2018年10月25日

  5. フラグメント分子軌道法に基づく創薬プラットフォームの構築 招待有り

    福澤 薫

    兵庫県立大学 第１１回医工連携セミナー　2018年7月17日

  6. In silico Drug Discovery Based on the Fragment Molecular Orbital method 招待有り

    福澤 薫

    Symposium on Streamlining Drug Discovery　2018年6月5日

  7. HPCIを活用したFMO創薬プラットフォームの構築

    福澤 薫

    第４回「京」を中核とするHPCIシステム利用研究課題 成果報告会　2017年11月2日

  8. FMO創薬コンソーシアムにおける活動

    福澤 薫

    FMODD・KBDD合同公開シンポジウム　2017年10月4日

  9. Towards realizing FMO based drug design

    福澤 薫

    構造科学と計算科学の融合ワークショップ　2017年3月28日

  10. フラグメント分子軌道法による生体高分子およびナノバイオ系の量子化学計算 招待有り

    福澤 薫

    日本表面科学会 関東支部セミナー　2016年11月26日

  11. FMO創薬の実現に向けた取り組み 招待有り

    福澤 薫

    CBI学会2016年次大会　2016年10月26日

  12. 創薬分子設計におけるFMO法の役割

    福澤薫

    第10回分子科学討論会　2016年9月14日

  13. FMO創薬コンソーシアムFMO創薬コンソーシアムにおけるタンパク質－リガンド相互作用の高精度解析と創薬への応用 招待有り

    福澤薫

    バイオグリッド研究会2016　2016年5月28日

  14. Application of fragment molecular orbital method for structure-based drug design 国際会議

    Kaori Fukuzawa, Chiduru Watanabe, Yoshio Okiyama, Hirofumi Watanabe, Teruki Honma, Yuji Mochizuki, Satoshi Anzaki, Shigenori Tanaka

    Pacifichem 2015　2015年12月

  15. フラグメント分子軌道法の創薬への応用～FMO創薬の実現に向けて～ 招待有り

    福澤薫

    第43回 構造活性相関シンポジウム SAR2015　2015年9月29日

  16. Fragment Molecular Orbital Study Concerning Influenza Viral Surface Proteins 招待有り

    第8回CBI学会FMO研究会　2015年5月13日

  17. ペプチド結合における新規フラグメント分割方法の検証および精度評価

    坂口正貴, 福澤薫, 渡邉千鶴, 望月祐志

    日本化学会 第95春季年会 (2015)　2015年3月29日

  18. アパタイト結晶に対するフラグメント分子軌道法の試み＃２

    加藤幸一郎, 福澤薫, 望月祐志

    2015年春季学術講演会　2015年3月13日

  19. フラグメント分子軌道法でナノ－バイオ界面を見る 招待有り

    望月祐志, 福澤薫

    2015年春季学術講演会　2015年3月12日

  20. フラグメント分子軌道法プログラムABINIT-MPの創薬への適用 招待有り

    福澤薫

    第6回ProteinDF, ABINIT-MPユーザ会「生体分子量子化学研究会～state of the arts 生体分子シミュレーションの今～」　2015年3月4日

  21. フラグメント分子軌道法のインシリコ創薬への応用

    福澤薫, 渡邉千鶴, 沖山佳生, 渡邉博文, 本間光貴, 望月祐志, 田中成典

    日本化学会 第95春季年会 (2015)　2015年3月

  22. FMO法の実際と創薬への応用可能性 招待有り

    福澤薫

    第３回先進科学技術活用力養成講座 ＦＭＯ計算法の創薬への活用　2015年2月10日

  23. フラグメント分子軌道法と応用事例～創薬、ウイルス感染症、そしてナノバイオ分子設計 招待有り

    福澤薫

    NTT物性科学基礎研究所BBL-Seminar　2015年1月9日

  24. 構造ベース創薬におけるFMO計算法の活用 招待有り

    福澤薫

    第５回神戸大学研究拠点サロン「構造ベース創薬の現状と新しい取り組み」　2014年11月17日

  25. Benchmark for new fragmentation breaking peptide bonds 国際会議

    CBI学会2014年大会　2014年10月

  26. FMO-based analysis on DsRed chromophore

    2014年10月

  27. Prediction of activity cliff among Pim1 inhibitors using FMO and MM-PBSA calculations 国際会議

    2014年10月

  28. Theoretical calculations on proteins with fragment molecular orbital method 国際会議

    2014年10月

  29. フラグメント分子軌道法(FMO法)を用いた、酵素NylBの誘導適合過程における残基間相互作用エネルギー変化の統計的解析

    安東寛之, 馬場剛史, 重田育照, 渡邉千鶴, 沖山佳生, 福澤 薫, 望月祐志, 中野雅由

    分子科学討論会　2014年9月

  30. フラグメント分子軌道法の概要と超分解能解析への展開 招待有り

    福澤薫

    「FMO法を用いた超分解能結晶構造解析の実現に向けて」セミナー　2014年8月28日

  31. ナノバイオ複合系の分子シミュレーション―FMO 計算によるタンパク質と固体表面の相互作用モデリング― 招待有り

    福澤薫

    FOCUS事例集　2014年

︎全件表示 ︎最初の5件までを表示

産業財産権 4

  1. フラグメントモデル作成装置、フラグメントモデル作成システム、フラグメントモデル作成方法、及び、フラグメントモデル作成プログラム

    望月祐志, 塚本貴志, 福澤薫

    5357320

    産業財産権の種類: 特許権

  2. フラグメントモデルを作成するための装置、システム、方法、及びプログラム

    望月祐志, 塚本貴志, 福澤薫

    産業財産権の種類: 特許権

  3. 相互作用エネルギー算出システム、方法、及びプログラム

    中野達也, 望月祐志, 福澤薫

    産業財産権の種類: 特許権

  4. 相互作用エネルギー算出システム、相互作用エネルギー算出方法及び相互作用エネルギー算出プログラム

    中野達也, 望月祐志, 福澤薫

    5067682

    産業財産権の種類: 特許権

共同研究・競争的資金等の研究課題 6

  1. 中分子創薬を指向した薬物非晶質ナノ懸濁液の不安定化メカニズム解明

    東 顕二郎, 森部 久仁一, 植田 圭祐, 米持 悦生, 福澤 薫

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    研究機関：Chiba University

    2024年4月1日 ～ 2028年3月31日

  2. 糖鎖分子屈曲と競合分子に着目したヘパラナーゼ阻害分子の創出と炎症性皮膚疾患の抑制

    東 伸昭, 小宮根 真弓, 福澤 薫, 眞鍋 史乃

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

    研究機関：Hoshi University

    2022年4月1日 ～ 2025年3月31日

    詳細を見る 詳細を閉じる

    本研究課題では、論文で報告したヘパラナーゼ酵素活性を抑制する糖鎖の情報をもとに、[1]特異性と高親和性の二要素を分子内に最適化した糖鎖由来阻害分子を創出する、[2]ヘパラナーゼの競合分子であるヘパラナーゼ2の発現や阻害効果を増強する方法を見出す、さらに[3]ではヘパラナーゼの機能抑制によって基底膜と表皮構造の正常化、皮膚炎の抑制が可能であるか見出す、の３点を目的としており、これらの成果を統合することで、ヘパラナーゼを標的とする創薬に取り組む。 課題1では、阻害分子に細胞特異性を付与する一つの方法として細胞特異的な抗体の機能に着目する。すなわち、ヘパラナーゼ阻害効果を有する硫酸化糖鎖を抗体に結合させた分子の創生を試みた。抗体を蛍光タンパク質で標識する方法を応用し、異なる官能基を有する２価性の介在分子を介する結合によって、ヘパラナーゼ抑制性糖鎖とがん特異的抗体の結合が示唆される実験結果を得た。一方で、両者の結合効率の決定には至らず、また未反応物質を取り除く方法についても今後の検討課題として残された。課題2ではヘパラナーゼ2の遺伝子クローニングならびにそのFc融合タンパク質としての発現を行った。産生量が高くないものの、1 microg/ml程度の濃度で、精製されたヘパラナーゼ2融合タンパク質を調製することが可能となった。課題3では、阻害物質の評価に用いることの可能なアトピー性皮膚炎動物モデルの作出に取り組んだ。低分子ハプテンとして知られるDNFBで経皮的に処置することにより、表皮の肥厚、真皮マスト細胞の増加、発赤を特徴とする皮膚炎症を確認することができた。

  3. 構造インフォマティクスとFMO計算を融合したインシリコスクリーニング支援研究 競争的資金

    本間光貴

    2017年4月 ～ 2022年3月

  4. 女性ホルモン受容体に対する植物エストロゲンの特異的作用の解明と評価手法の開発 競争的資金

    福澤 薫

    2017年4月 ～ 2018年3月

  5. 量子化学計算に基づく生体高分子の超分解能構造解析技術の開発と創薬への応用 競争的資金

    福澤 薫

    2015年4月 ～ 2018年3月

  6. フラグメント分子軌道法による核内受容体のサブタイプ特異的薬剤のデザイン 競争的資金

    2015年6月1日 ～ 2016年5月31日

︎全件表示 ︎最初の5件までを表示

担当経験のある科目(授業) 10

  1. 計算生命科学の基礎　神戸大学

  2. 機能分子薬学特論Ⅰ　星薬科大学

  3. 総合薬学演習II　星薬科大学

  4. 総合薬学演習I　星薬科大学

  5. 化学実験　日本大学松戸歯学部

  6. 化学２　日本大学松戸歯学部

  7. 化学１　日本大学松戸歯学部

  8. 薬学英語　星薬科大学

  9. 臨床分析の基礎と応用　星薬科大学

  10. 物理化学I　星薬科大学

︎全件表示 ︎最初の5件までを表示