東北大学研究者紹介

研究者詳細

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オオバヤシ　タケシ

大林　武

Takeshi Obayashi

所属

大学院情報科学研究科　システム情報科学専攻　生体システム情報学講座（情報生物学分野）

職名

教授

学位

博士（理学）（東京工業大学）
修士（理学）（東京工業大学）

researchmap

https://researchmap.jp/takeshi.obayashi

J-GLOBAL ID

201001082457174409

e-Rad 研究者番号

50397048

Researcher ID

E-9663-2011

プロフィール

生命システムの進化に興味を持ち、大規模データをマイニングするアプローチで研究をしています。

経歴 9

2024年4月～継続中

変動海洋エコシステム高等研究所　沿岸生態系サービス研究ユニット　ユニットリーダー
2022年10月～継続中

東北大学　大学院情報科学研究科　教授
2012年4月～ 2022年9月

東北大学　大学院情報科学研究科　准教授
2009年12月～ 2012年3月

東北大学大学院情報科学研究科　助教
2009年10月～ 2009年11月

東北大学大学院情報科学研究科　研究支援者
2006年4月～ 2009年9月

東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター　学術研究支援員
2005年4月～ 2006年3月

千葉大学大学院薬学研究院　科学技術振興事業団研究員
2004年10月～ 2005年3月

東京工業大学大学院生命理工学研究科　産学官連携研究員
2004年4月～ 2004年9月

東京工業大学大学院生命理工学研究科　研究支援者

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学歴 2

東京工業大学　生命理工学研究科

1997年4月～ 2004年3月
東京工業大学　生命理工学部

1994年4月～ 1997年3月

委員歴 15

日本バイオインフォマティクス学会　会計幹事

2015年4月～継続中
日本バイオインフォマティクス学会　理事

2024年4月～ 2026年3月
日本植物生理学会　編集実行委員

2023年～ 2026年
情報処理学会　バイオ情報学研究会幹事

2023年4月～ 2025年3月
日本バイオインフォマティクス学会　理事

2018年4月～ 2022年3月
情報処理学会　バイオ情報学研究会運営委員

2017年4月～ 2021年3月
日本植物生理学会　編集委員

2011年1月～ 2019年12月
日本植物生理学会　広報幹事

2017年4月～ 2019年3月
日本植物学会　編集委員

2014年～ 2019年
日本バイオインフォマティクス学会　理事

2013年4月～ 2017年3月
日本植物生理学会　広報委員

2012年1月～ 2016年3月
日本バイオインフォマティクス学会　評議員

2013年4月～ 2015年3月
日本バイオインフォマティクス学会　バイオインフォマティクス技術者認定試験実行委員

2012年～ 2014年
日本バイオインフォマティクス学会　評議員

2010年4月～ 2012年3月
日本バイオインフォマティクス学会　バイオインフォマティクス技術者認定試験試験問題作成協力者

2009年～ 2011年

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所属学協会 7

日本植物生理学会
International Society for Computational Biology
日本バイオインフォマティクス学会
日本生態学会

2019年～継続中
生命情報科学若手の会
情報処理学会
人工知能学会

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研究キーワード 10

海洋生物学
集団遺伝学
計算言語学
バイオインフォマティクス
生命情報科学
トランスクリプトーム
進化生態学
データベース
遺伝子共発現
遺伝子ネットワーク

研究分野 4

ライフサイエンス / 生態学、環境学 /
人文・社会 / 言語学 / 計算言語学
ライフサイエンス / 植物分子、生理科学 /
ライフサイエンス / ゲノム生物学 /

受賞 14

平成29年度研究奨励賞

2017年11月　石田實記念財団　大規模遺伝子発現データに基づく網羅的遺伝子機能予測法に関する研究
2014年度船井学術賞

2015年4月　船井情報科学振興財団　遺伝子発現量データに基づく遺伝子機能予測手法の開発と大規模実装
平成27年度科学技術分野の文部科学大臣表彰若手科学者賞

2015年4月　文部科学省　遺伝子発現量データに基づく遺伝子機能の網羅的予測法の研究
2014年度日本植物生理学会奨励賞

2014年3月　日本植物生理学会　遺伝子共発現法に基づく遺伝子機能推定プラットフォームの開発
Oxford Journals - Japanese Society for Bioinformatics Prize, 2013

2013年10月　日本バイオインフォマティクス学会　遺伝子共発現法を用いた遺伝子機能予測プラットフォームの開発
第6回日本植物学会賞特別賞（技術）

2009年9月　日本植物学会　シロイヌナズナ遺伝子発現に関する汎用性の高いデータベースの構築
総長教育賞

2021年3月　東北大学
全学教育貢献賞

2021年2月　東北大学
PCP Top Cited Paper Award 2020

2020年3月　日本植物生理学会　ATTED-II in 2016: A Plant Coexpression Database Towards Lineage-Specific Coexpression. Plant Cell Physiol. 57: e5
第54回バイオ情報学研究発表会優秀プレゼンテーション賞

2018年6月　情報処理学会バイオ情報学研究会　種固有の遺伝子共発現ネットワーク導出のためのトランスクリプトームスペースの形式化
DBCLSオープン・サイエンス・アワードデータベース部門審査員特別賞, 2013

2013年10月　ライフサイエンス統合データベースセンター　ATTED-II / COXPRESdb
J. Plant Res. Most cited paper award 2013

2013年9月　日本植物学会　Coexpression landscape in ATTED-II: usage of gene list and gene network for various types of pathways. (2010) J. Plant Res. 123: 311–319
第19回加齢研集談会発表コンテスト最優秀賞

2011年7月　東北大学加齢医学研究所研究員会
Award for winning debate team on the 4th AYRCOB

2010年12月　Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology (AYRCOB)

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論文 54

COXPRESdb v8: an animal gene coexpression database navigating from a global view to detailed investigations

Takeshi Obayashi, Shun Kodate, Himiko Hibara, Yuki Kagaya, Kengo Kinoshita

Nucleic Acids Research　51　(D1)　D80-D87　2022年11月9日
出版者・発行元： Oxford University Press (OUP)
DOI： 10.1093/nar/gkac983 　

ISSN：0305-1048

eISSN：1362-4962

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Abstract Gene coexpression is synchronization of gene expression across many cellular and environmental conditions and is widely used to infer the biological function of genes. Gene coexpression information is complex, comprising a complete graph of all genes in the genome, and requires appropriate visualization and analysis tools. Since its initial release in 2007, the animal gene expression database COXPRESdb (https://coxpresdb.jp) has been continuously improved by adding new gene coexpression data and analysis tools. Here, we report COXPRESdb version 8, which has been enhanced with new features for an overview, summary, and individual examination of coexpression relationships: CoexMap to display coexpression on a genome scale, pathway enrichment analysis to summarize the function of coexpressed genes, and CoexPub to bridges coexpression and existing knowledge. COXPRESdb also facilitates downstream analyses such as interspecies comparisons by integrating RNAseq and microarray coexpression data in a union-type gene coexpression. COXPRESdb strongly support users with the new coexpression data and enhanced functionality.
ATTED-II v11: A Plant Gene Coexpression Database Using a Sample Balancing Technique by Subagging of Principal Components.

Takeshi Obayashi, Himiko Hibara, Yuki Kagaya, Yuichi Aoki, Kengo Kinoshita

Plant & cell physiology　63　(6)　869-881　2022年6月15日

DOI： 10.1093/pcp/pcac041 　

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ATTED-II (https://atted.jp) is a gene coexpression database for nine plant species based on publicly available RNAseq and microarray data. One of the challenges in constructing condition-independent coexpression data based on publicly available gene expression data is managing the inherent sampling bias. Here, we report ATTED-II version 11, wherein we adopted a coexpression calculation methodology to balance the samples using principal component analysis and ensemble calculation. This approach has two advantages. First, omitting principal components with low contribution rates reduces the main contributors of noise. Second, balancing large differences in contribution rates enables considering various sample conditions entirely. In addition, based on RNAseq- and microarray-based coexpression data, we provide species-representative, integrated coexpression information to enhance the efficiency of interspecies comparison of the coexpression data. These coexpression data are provided as a standardized z-score to facilitate integrated analysis with different data sources. We believe that with these improvements, ATTED-II is more valuable and powerful for supporting interspecies comparative studies and integrated analyses using heterogeneous data.
COXPRESdb v7: a gene coexpression database for 11 animal species supported by 23 coexpression platforms for technical evaluation and evolutionary inference. 査読有り

Obayashi T, Kagaya Y, Aoki Y, Tadaka S, Kinoshita K

Nucleic acids research　2018年11月

DOI： 10.1093/nar/gky1155 　

ISSN：0305-1048
ATTED-II in 2018: A Plant Coexpression Database Based on Investigation of the Statistical Property of the Mutual Rank Index. 査読有り

Obayashi T, Aoki Y, Tadaka S, Kagaya Y, Kinoshita K

Plant & cell physiology　59　(1)　e3　2018年1月

DOI： 10.1093/pcp/pcx191 　

ISSN：0032-0781
ALCOdb: Gene Coexpression Database for Microalgae 査読有り

Yuichi Aoki, Yasunobu Okamura, Hiroyuki Ohta, Kengo Kinoshita, Takeshi Obayashi

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY　57　(1)　e3-e3　2016年1月

DOI： 10.1093/pcp/pcv190 　

ISSN：0032-0781

eISSN：1471-9053
ATTED-II in 2016: A Plant Coexpression Database Towards Lineage-Specific Coexpression 査読有り

Yuichi Aoki, Yasunobu Okamura, Shu Tadaka, Kengo Kinoshita, Takeshi Obayashi

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY　57　(1)　e5-e5　2016年1月

DOI： 10.1093/pcp/pcv165 　

ISSN：0032-0781

eISSN：1471-9053
COXPRESdb in 2015: coexpression database for animal species by DNA-microarray and RNAseq-based expression data with multiple quality assessment systems 査読有り

Yasunobu Okamura, Yuichi Aoki, Takeshi Obayashi, Shu Tadaka, Satoshi Ito, Takafumi Narise, Kengo Kinoshita

NUCLEIC ACIDS RESEARCH　43　(D1)　D82-D86　2015年1月

DOI： 10.1093/nar/gku1163 　

ISSN：0305-1048

eISSN：1362-4962
ATTED-II in 2014: Evaluation of Gene Coexpression in Agriculturally Important Plants 査読有り

Takeshi Obayashi, Yasunobu Okamura, Satoshi Ito, Shu Tadaka, Yuichi Aoki, Matsuyuki Shirota, Kengo Kinoshita

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY　55　(1)　e6-e6　2014年1月

DOI： 10.1093/pcp/pct178 　

ISSN：0032-0781

eISSN：1471-9053
COXPRESdb: a database of comparative gene coexpression networks of eleven species for mammals 査読有り

Takeshi Obayashi, Yasunobu Okamura, Satoshi Ito, Shu Tadaka, Ikuko N. Motoike, Kengo Kinoshita

NUCLEIC ACIDS RESEARCH　41　(D1)　D1014-D1020　2013年1月

DOI： 10.1093/nar/gks1014 　

ISSN：0305-1048
ATTED-II Updates: Condition-Specific Gene Coexpression to Extend Coexpression Analyses and Applications to a Broad Range of Flowering Plants 査読有り

Takeshi Obayashi, Kozo Nishida, Kota Kasahara, Kengo Kinoshita

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY　52　(2)　213-219　2011年2月

DOI： 10.1093/pcp/pcq203 　

ISSN：0032-0781
COXPRESdb: a database to compare gene coexpression in seven model animals 査読有り

Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita

NUCLEIC ACIDS RESEARCH　39　(Database issue)　D1016-D1022　2011年1月

DOI： 10.1093/nar/gkq1147 　

ISSN：0305-1048
Coexpression landscape in ATTED-II: usage of gene list and gene network for various types of pathways 査読有り

Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita

JOURNAL OF PLANT RESEARCH　123　(3)　311-319　2010年5月

DOI： 10.1007/s10265-010-0333-6 　

ISSN：0918-9440

eISSN：1618-0860
Co-expression tools for plant biology: opportunities for hypothesis generation and caveats 査読有り

Bjoern Usadel, Takeshi Obayashi, Marek Mutwil, Federico M. Giorgi, George W. Bassel, Mimi Tanimoto, Amanda Chow, Dirk Steinhauser, Staffan Persson, Nicholas J. Provart

PLANT CELL AND ENVIRONMENT　32　(12)　1633-1651　2009年12月

DOI： 10.1111/j.1365-3040.2009.02040.x 　

ISSN：0140-7791
Multi-dimensional correlations for gene coexpression and application to the large-scale data of Arabidopsis 査読有り

Kengo Kinoshita, Takeshi Obayashi

BIOINFORMATICS　25　(20)　2677-2684　2009年10月

DOI： 10.1093/bioinformatics/btp442 　

ISSN：1367-4803
Rank of Correlation Coefficient as a Comparable Measure for Biological Significance of Gene Coexpression 査読有り

Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita

DNA RESEARCH　16　(5)　249-260　2009年10月

DOI： 10.1093/dnares/dsp016 　

ISSN：1340-2838
ATTED-II provides coexpressed gene networks for Arabidopsis 査読有り

Takeshi Obayashi, Shinpei Hayashi, Motoshi Saeki, Hiroyuki Ohta, Kengo Kinoshita

NUCLEIC ACIDS RESEARCH　37　(Database issue)　D987-D991　2009年1月

DOI： 10.1093/nar/gkn807 　

ISSN：0305-1048
COXPRESdb: a database of coexpressed gene networks in mammals 査読有り

Takeshi Obayashi, Shinpei Hayashi, Masayuki Shibaoka, Motoshi Saeki, Hiroyuki Ohta, Kengo Kinoshita

NUCLEIC ACIDS RESEARCH　36　(Database issue)　D77-D82　2008年1月

DOI： 10.1093/nar/gkm840 　

ISSN：0305-1048
ATTED-II: a database of co-expressed genes and cis elements for identifying co-regulated gene groups in Arabidopsis 査読有り

Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita, Kenta Nakai, Masayuki Shibaoka, Shinpei Hayashi, Motoshi Saeki, Daisuke Shibata, Kazuki Saito, Hiroyuki Ohta

NUCLEIC ACIDS RESEARCH　35　(Database issue)　D863-D869　2007年1月

DOI： 10.1093/nar/gkl783 　

ISSN：0305-1048
Distinctive features of plant organs characterized by global analysis of gene expression in Arabidopsis. 国際誌査読有り

Takeshi Obayashi, Takashi Okegawa, Yuko Sasaki-Sekimoto, Hiroshi Shimada, Tatsuru Masuda, Erika Asamizu, Yasukazu Nakamura, Daisuke Shibata, Satoshi Tabata, Ken-ichiro Takamiya, Hiroyuki Ohta

DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes　11　(1)　11-25　2004年2月29日

DOI： 10.1093/dnares/11.1.11 　

ISSN：1340-2838

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The distinctive features of plant organs are primarily determined by organ-specific gene expression. We analyzed the expression specificity of 8809 genes in 7 organs of Arabidopsis using a cDNA macroarray system. Using relative expression (RE) values between organs, many known and unknown genes specifically expressed in each organ were identified. We also analyzed the organ specificity of various gene groups using the GRE (group relative expression) value, the average of the REs of all genes in a group. Consequently, we found that many gene groups even ribosomal protein genes, have strong organ-specific expression. Clustering of the expression profiles revealed that the 8809 genes were classified into 9 major categories. Although 3451 genes were clustered into the largest category, which showed constitutive gene expression, 266 and 1005 genes were found to be root- and silique-specific genes, respectively. By this clustering, particular gene groups which showed multi-organ-specific expression profiles, such as bud-flower-specific, stem-silique-specific or bud-flower-root-specific profiles, could be effectively identified. From these results, major features of plant organs could be characterized by their distinct profiles of global gene expression. These data of organ-specific gene expression are available at our web site: Arabidopsis thaliana Tissue-Specific Expression Database, ATTED (http://www.atted.bio.titech.ac.jp/).
Evolutionary approaches for narrowing down the candidate genes from the unannotated gene list 査読有り

Kanako Bessho-Uehara, Takeshi Obayashi

Plant And Cell Physiology　2025年1月11日
出版者・発行元： Oxford University Press (OUP)
DOI： 10.1093/pcp/pcaf003 　

ISSN：0032-0781

eISSN：1471-9053
Lipid Pathway Databases with a Focus on Algae. 国際誌

Naoki Sato, Takeshi Obayashi

Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)　2295　455-468　2021年

DOI： 10.1007/978-1-0716-1362-7_26 　

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Pathways of lipid biosynthesis are highly complex and have been established in model organisms such as Arabidopsis thaliana and Chlamydomonas reinhardtii, whereas in other organisms, we need bioinformatic tools to map individual enzymes onto reference pathways. In this chapter, we explain representative tools that are useful in identifying algal orthologs of lipid biosynthetic enzymes and finding new enzymes that are possibly involved in the pathway of interest. All descriptions in this chapter refer to in silico (i.e., computer-based) methods rather than laboratory experiments.
Lipid remodeling regulator 1 (LRL1) is differently involved in the phosphorus-depletion response from PSR1 in Chlamydomonas reinhardtii. 国際誌査読有り

Nur A Hidayati, Yui Yamada-Oshima, Masako Iwai, Takashi Yamano, Masataka Kajikawa, Nozomu Sakurai, Kunihiro Suda, Kanami Sesoko, Koichi Hori, Takeshi Obayashi, Mie Shimojima, Hideya Fukuzawa, Hiroyuki Ohta

The Plant journal : for cell and molecular biology　100　(3)　610-626　2019年11月

DOI： 10.1111/tpj.14473 　

ISSN：0960-7412

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The elucidation of lipid metabolism in microalgae has attracted broad interest, as their storage lipid, triacylglycerol (TAG), can be readily converted into biofuel via transesterification. TAG accumulates in the form of oil droplets, especially when cells undergo nutrient deprivation, such as for nitrogen (N), phosphorus (P), or sulfur (S). TAG biosynthesis under N-deprivation has been comprehensively studied in the model microalga Chlamydomonas reinhardtii, during which TAG accumulates dramatically. However, the resulting rapid breakdown of chlorophyll restricts overall oil yield productivity and causes cessation of cell growth. In contrast, P-deprivation results in oil accumulation without disrupting chloroplast integrity. We used a reverse genetics approach based on co-expression analysis to identify a transcription factor (TF) that is upregulated under P-depleted conditions. Transcriptomic analysis revealed that the mutants showed repression of genes typically associated with lipid remodeling under P-depleted conditions, such as sulfoquinovosyl diacylglycerol 2 (SQD2), diacylglycerol acyltransferase (DGTT1), and major lipid droplet protein (MLDP). As accumulation of sulfoquinovosyl diacylglycerol and TAG were suppressed in P-depleted mutants, we designated the protein as lipid remodeling regulator 1 (LRL1). LRL1 mutants showed slower growth under P-depletion. Moreover, cell size in the mutant was significantly reduced, and TAG and starch accumulation per cell were decreased. Transcriptomic analysis also suggested the repression of several genes typically upregulated in adaptation to P-depletion that are associated with the cell cycle and P and lipid metabolism. Thus, our analysis of LRL1 provides insights into P-allocation and lipid remodeling under P-depleted conditions in C. reinhardtii. OPEN RESEARCH BADGES: This article has earned an Open Data Badge for making publicly available the digitally-shareable data necessary to reproduce the reported results. The sequencing data were made publicly available under the BioProject Accession number PRJDB6733 and an accession number LC488724 at the DNA Data Bank of Japan (DDBJ). The data is available at https://trace.ddbj.nig.ac.jp/BPSearch/bioproject?acc=PRJDB6733; http://getentry.ddbj.nig.ac.jp/getentry/na/LC488724. The metabolome data were made publicly available and can be accessed at http://metabolonote.kazusa.or.jp/SE195:/; http://webs2.kazusa.or.jp/data/nur/.
ATTED-II in 2018: A Plant Coexpression Database Based on Investigation of the Statistical Property of the Mutual Rank Index. 査読有り

Obayashi T, Aoki Y, Tadaka S, Kagaya Y, Kinoshita K

Plant & cell physiology　59　(2)　440　2018年2月

DOI： 10.1093/pcp/pcx209 　

ISSN：0032-0781
Arabinogalactan Proteins Accumulate in the Cell Walls of Searching Hyphae of the Stem Parasitic Plants, Cuscuta campestris and Cuscuta japonica 査読有り

Akitaka Hozumi, Subhankar Bera, Daiki Fujiwara, Takeshi Obayashi, Ryusuke Yokoyama, Kazuhiko Nishitani, Koh Aoki

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY　58　(11)　1868-1877　2017年11月

DOI： 10.1093/pcp/pcx121 　

ISSN：0032-0781

eISSN：1471-9053
Root-Knot and Cyst Nematodes Activate Procambium-Associated Genes in Arabidopsis Roots 査読有り

Yasuka L. Yamaguchi, Reira Suzuki, Javier Cabrera, Satoru Nakagami, Tomomi Sagara, Chika Ejima, Ryosuke Sano, Yuichi Aoki, Rocio Olmo, Tetsuya Kurata, Takeshi Obayashi, Taku Demura, Takashi Ishida, Carolina Escobar, Shinichiro Sawa

FRONTIERS IN PLANT SCIENCE　8　1195　2017年7月

DOI： 10.3389/fpls.2017.01195 　

ISSN：1664-462X
Co-expressed Pathways DataBase for Tomato: a database to predict pathways relevant to a query gene 査読有り

Takafumi Narise, Nozomu Sakurai, Takeshi Obayashi, Hiroyuki Ohta, Daisuke Shibata

BMC GENOMICS　18　(1)　437　2017年6月

DOI： 10.1186/s12864-017-3786-3 　

ISSN：1471-2164
Editorial: Plant and Cell Physiology's 2017 Database Issue 査読有り

Hajime Ohyanagi, Takeshi Obayashi, Kentaro Yano

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY　58　(1)　1-3　2017年1月

DOI： 10.1093/pcp/pcw227 　

ISSN：0032-0781

eISSN：1471-9053
Plant Aurora kinases interact with and phosphorylate transcription factors 査読有り

Mai Takagi, Takuya Sakamoto, Ritsuko Suzuki, Keiichirou Nemoto, Takeshi Obayashi, Takeshi Hirakawa, Tomoko M. Matsunaga, Daisuke Kurihara, Yuko Nariai, Takeshi Urano, Tatsuya Sawasaki, Sachihiro Matsunaga

JOURNAL OF PLANT RESEARCH　129　(6)　1165-1178　2016年11月

DOI： 10.1007/s10265-016-0860-x 　

ISSN：0918-9440

eISSN：1618-0860
Editorial: Plant and Cell Physiology's 2016 Online Database Issue

Hajime Ohyanagi, Takeshi Obayashi, Kentaro Yano

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY　57　(1)　1-3　2016年1月

DOI： 10.1093/pcp/pcv205 　

ISSN：0032-0781

eISSN：1471-9053
Comparison of Gene Coexpression Profiles and Construction of Conserved Gene Networks to Find Functional Modules 査読有り

Yasunobu Okamura, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita

PLOS ONE　10　(7)　e0132039-e0132039　2015年7月

DOI： 10.1371/journal.pone.0132039 　

ISSN：1932-6203
Editorial: Plant and Cell Physiology's 2015 Database Issue

Hajime Ohyanagi, Takeshi Obayashi, Kentaro Yano

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY　56　(1)　4-6　2015年1月

DOI： 10.1093/pcp/pcu206 　

ISSN：0032-0781

eISSN：1471-9053
Molecular and Cellular Features of Murine Craniofacial and Trunk Neural Crest Cells as Stem Cell-Like Cells 査読有り

Kunie Hagiwara, Takeshi Obayashi, Nobuyuki Sakayori, Emiko Yamanishi, Ryuhei Hayashi, Noriko Osumi, Toru Nakazawa, Kohji Nishida

PLOS ONE　9　(1)　e84072-e84072　2014年1月

DOI： 10.1371/journal.pone.0084072 　

ISSN：1932-6203
Plant and Cell Physiology 2014 Online Database Issue

Takeshi Obayashi, Kentaro Yano

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY　55　(1)　1-2　2014年1月

DOI： 10.1093/pcp/pct193 　

ISSN：0032-0781

eISSN：1471-9053
Basic Helix-Loop-Helix Transcription Factors JASMONATE-ASSOCIATED MYC2-LIKE1 (JAM1), JAM2, and JAM3 Are Negative Regulators of Jasmonate Responses in Arabidopsis 査読有り

Yuko Sasaki-Sekimoto, Yusuke Jikumaru, Takeshi Obayashi, Hikaru Saito, Shinji Masuda, Yuji Kamiya, Hiroyuki Ohta, Ken Shirasu

PLANT PHYSIOLOGY　163　(1)　291-304　2013年9月

DOI： 10.1104/pp.113.220129 　

ISSN：0032-0889
Dmrta1 regulates proneural gene expression downstream of Pax6 in the mammalian telencephalon 査読有り

Takako Kikkawa, Takeshi Obayashi, Masanori Takahashi, Urara Fukuzaki-Dohi, Keiko Numayama-Tsuruta, Noriko Osumi

GENES TO CELLS　18　(8)　636-649　2013年8月

DOI： 10.1111/gtc.12061 　

ISSN：1356-9597
The 2013 Plant and Cell Physiology Database Issue

Takeshi Obayashi, Kentaro Yano

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY　54　(2)　169-170　2013年2月

DOI： 10.1093/pcp/pct011 　

ISSN：0032-0781
Role of the G-box element in regulation of chlorophyll biosynthesis in arabidopsis roots 査読有り

Koichi Kobayashi, Takeshi Obayashi, Tatsuru Masuda

Plant Signaling and Behavior　7　(8)　922-926　2012年8月

DOI： 10.4161/psb.20760 　

ISSN：1559-2316 1559-2324
Regulation of Root Greening by Light and Auxin/Cytokinin Signaling in Arabidopsis 査読有り

Koichi Kobayashi, Shinsuke Baba, Takeshi Obayashi, Mayuko Sato, Kiminori Toyooka, Mika Keranen, Eva-Mari Aro, Hidehiro Fukaki, Hiroyuki Ohta, Keiko Sugimoto, Tatsuru Masuda

PLANT CELL　24　(3)　1081-1095　2012年3月

DOI： 10.1105/tpc.111.092254 　

ISSN：1040-4651
Corticotropin-releasing hormone receptor 1 gene variants in irritable bowel syndrome. 国際誌査読有り

Naoko Sato, Naoki Suzuki, Ayaka Sasaki, Emiko Aizawa, Takeshi Obayashi, Motoyori Kanazawa, Tomoko Mizuno, Michiko Kano, Masashi Aoki, Shin Fukudo

PloS one　7　(9)　e42450-e42450　2012年

DOI： 10.1371/journal.pone.0042450 　

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BACKGROUND: Corticotropin-releasing hormone (CRH) acts mainly via the CRH receptor 1 (CRH-R1) and plays a crucial role in the stress-induced pathophysiology of irritable bowel syndrome (IBS). Several studies have demonstrated that variants of the CRH-R1 gene carry a potential risk for depression, but evidence for an association between CRH-R1 genotypes and IBS is lacking. We tested the hypothesis that genetic polymorphisms and haplotypes of CRH-R1 moderate the IBS phenotype and negative emotion in IBS patients. METHODS: A total of 103 patients with IBS and 142 healthy controls participated in the study. Three single-nucleotide polymorphisms of the CRH-R1 gene (rs7209436, rs242924, and rs110402) were genotyped. Subjects' emotional states were evaluated using the Perceived-Stress Scale, the State-Trait Anxiety Inventory, and the Self-rating Depression Scale. RESULTS: The TT genotype of rs7209436 (P = 0.01) and rs242924 (P = 0.02) was significantly more common in patients with IBS than in controls. Total sample analysis showed significant association between bowel pattern (normal, diarrhea, constipation, or mixed symptoms) and the T allele of rs7209436 (P = 0.008), T allele of rs242924 (P = 0.019), A allele of rs110402 (P = 0.047), and TAT haplocopies (P = 0.048). Negative emotion was not associated with the examined CRH-R1 SNPs. CONCLUSION: These findings suggest that genetic polymorphisms and the CRH-R1 haplotypes moderate IBS and related bowel patterns. There was no clear association between CRH-R1 genotypes and negative emotion accompanying IBS. Further studies on the CRH system are therefore warranted.
Normalization using ploidy and genomic DNA copy number allows absolute quantification of transcripts, proteins and metabolites in cells 査読有り

Hiroshi Shimada, Takeshi Obayashi, Naoki Takahashi, Minami Matsui, Atsushi Sakamoto

PLANT METHODS　6　29-29　2010年12月

DOI： 10.1186/1746-4811-6-29 　

ISSN：1746-4811
Three novel subunits of Arabidopsis chloroplastic NAD(P)H dehydrogenase identified by bioinformatic and reverse genetic approaches 査読有り

Atsushi Takabayashi, Noriko Ishikawa, Takeshi Obayashi, Satoshi Ishida, Junichi Obokata, Tsuyoshi Endo, Fumihiko Sato

PLANT JOURNAL　57　(2)　207-219　2009年1月

DOI： 10.1111/j.1365-313X.2008.03680.x 　

ISSN：0960-7412

eISSN：1365-313X
A novel strategy to search conserved transcription factor binding sites among coexpressing genes in human. 査読有り

Hatanaka, Y., Nagasaki, M., Yamaguchi, R., Obayashi, T., Numata, K., Fujita, A., Shimamura, T., Tamada, Y., Imoto, S., Kinoshita, K., Nakai, K., Miyano, S.

Genome informatics. International Conference on Genome Informatics　20　212-221　2008年

DOI： 10.1142/9781848163003_0018 　
WoLF PSORT: protein localization predictor 査読有り

Paul Horton, Keun-Joon Park, Takeshi Obayashi, Naoya Fujita, Hajime Harada, C. J. Adams-Collier, Kenta Nakai

NUCLEIC ACIDS RESEARCH　35　(Web Server issue)　W585-W587　2007年7月

DOI： 10.1093/nar/gkm259 　

ISSN：0305-1048
Omics-based identification of Arabidopsis Myb transcription factors regulating aliphatic glucosinolate biosynthesis 査読有り

Masami Yokota Hirai, Kenjiro Sugiyama, Yuji Sawada, Takayuki Tohge, Takeshi Obayashi, Akane Suzuki, Ryoichi Araki, Nozomu Sakurai, Hideyuki Suzuki, Koh Aoki, Hideki Goda, Osamu Ishizaki Nishizawa, Daisuke Shibata, Kazuki Saito

PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA　104　(15)　6478-6483　2007年4月

DOI： 10.1073/pnas.0611629104 　

ISSN：0027-8424
Application of large-scale mRNA expression data sets for comprehensive analysis of plant hormone signaling. 招待有り

Ohta H, Obayashi T

Quantum Bio-Informatics　381-388　2007年

DOI： 10.1142/9789812793171_0029 　
In silico assessment of gene function involved in cysteine biosynthesis in Arabidopsis: expression analysis of multiple isoforms of serine acetyltransferase

M Noji, CG Kawashima, T Obayashi, K Saito

AMINO ACIDS　30　(2)　163-171　2006年3月

DOI： 10.1007/s00726-005-0253-2 　

ISSN：0939-4451
Protein subcellular localization prediction with WOLF PSORT 査読有り

P Horton, KJ Park, T Obayashi, K Nakai

Proceedings of the 4th Asia-Pacific Bioinformatics Conference　3　39-48　2006年

DOI： 10.1142/9781860947292_0007 　
Coordinated activation of metabolic pathways for antioxidants and defence compounds by jasmonates and their roles in stress tolerance in Arabidopsis 査読有り

Y Sasaki-Sekimoto, N Taki, T Obayashi, M Aono, F Matsumoto, N Sakurai, H Suzuki, MY Hirai, M Noji, K Saito, T Masuda, K Takamiya, D Shibata, H Ohta

PLANT JOURNAL　44　(4)　653-668　2005年11月

DOI： 10.1111/j.1365-313X.2005.02560.x 　

ISSN：0960-7412
12-oxo-phytodienoic acid triggers expression of a distinct set of genes and plays a role in wound-induced gene expression in Arabidopsis 査読有り

N Taki, Y Sasaki-Sekimoto, T Obayashi, A Kikuta, K Kobayashi, T Ainai, K Yagi, N Sakurai, H Suzuki, T Masuda, K Takamiya, D Shibata, Y Kobayashi, H Ohta

PLANT PHYSIOLOGY　139　(3)　1268-1283　2005年11月

DOI： 10.1104/pp.105.067058 　

ISSN：0032-0889
Gene expression profiling of the tetrapyrrole metabolic pathway in Arabidopsis with a mini-array system 査読有り

F Matsumoto, T Obayashi, Y Sasaki-Sekimoto, H Ohta, K Takamiya, T Masuda

PLANT PHYSIOLOGY　135　(4)　2379-2391　2004年8月

DOI： 10.1104/pp.104.042408 　

ISSN：0032-0889
44. ジャスモン酸生合成中間体12-オキソ-フィトジエン酸によるジャスモン酸非依存の遺伝子群発現制御

多木希, 関本結子, 大林武, 菊田章弘, 相内孝幸, 小林雄一, 櫻井望, 鈴木秀幸, 高宮建一郎, 柴田大輔, 太田啓之

植物化学調節学会研究発表記録集　39　65　2004年
出版者・発行元：一般社団法人植物化学調節学会
DOI： 10.18978/jscrpanb.39.0_65 　

ISSN：0919-1887

eISSN：2189-6313
Monitoring of 12-oxo-phytodienoic acid (OPDA)-induced expression changes in arabidopsis by cDNA macroarray

Y Sasaki-Sekimoto, T Obayashi, M Matsuumi, Y Kobayashi, E Asamizu, D Shibata, Y Nakamura, T Masuda, H Shimada, K Takamiya, S Tabata, H Ohta

ADVANCED RESEARCH ON PLANT LIPIDS　335-338　2003年
Photosynthetic regulatory gene cluster in an aerobic photosynthetic bacterium, Roseobacter denitrificans 査読有り

K Nishimura, H Shimada, T Shinmen, T Obayashi, T Masuda, H Ohta, K Takamiya

JOURNAL OF GENERAL AND APPLIED MICROBIOLOGY　45　(3)　129-134　1999年6月

DOI： 10.2323/jgam.45.129 　

ISSN：0022-1260

eISSN：1349-8037
Properties of ORF5-disrupted and -overexpressed Rhodobacter sphaeroides mutants

T Obayashi, H Shimada, K Nishimura, T Masuda, H Ohta, K Takamiya

PHOTOSYNTHESIS: MECHANISMS AND EFFECTS, VOLS I-V　2893-2896　1998年

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MISC 34

共発現情報から見る遺伝子機能ネットワーク

大林武, 木下賢吾

化学と生物　49　(1)　48-56　2011年
出版者・発行元： Japan Society for Bioscience, Biotechnology, and Agrochemistry
DOI： 10.1271/kagakutoseibutsu.49.48 　

ISSN： 0453-073X

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配列解析技術の進展により，多くの生物種において生命の設計図であるゲノム配列が明らかにされ，生命を形づくる基本部品である遺伝子が網羅的に同定されてきている．しかし，塩基配列や遺伝子の有無だけではその生命を理解するには不十分であり，すべての遺伝子の機能とそれら遺伝子間の機能的関連を明らかにする必要がある．遺伝子の関係性には，転写因子と被制御遺伝子のような緩い繋がりもあれば，超分子複合体のサブユニットのようにいかなるときにもパートナーとして働く強い繋がりもある．機能パートナーの特定は，遺伝子機能を理解する上で必須であり，様々な実験が用いられるが，すべての可能な機能的関係をすべての遺伝子ペアに関して実験で検証することはきわめて困難である．そこで，計算による可能性の絞り込みの必要性が出てくる．ここでは，「様々な異なる状態で発現が連動する遺伝子群(共発現遺伝子群)は機能関連遺伝子群である」という発想に基づき，機能関連遺伝子の絞り込みの試みについて述べる．
33Pを用いた遺伝子発現の網羅的解析

大林武, 関本結子, 太田啓之

Isotope News　589　16-18　2003年5月

ISSN： 0285-5518
生物多様性と文化へと繋がるバイオインフォマティクス査読有り

松前ひろみ, 神保宇嗣, 仲里猛留, 畠山剛臣, 大林武

JSBi Bioinformatics Review　3　(2)　88-114　2022年

DOI： 10.11234/jsbibr.2022.primer3 　
遺伝子共発現ネットワークにおけるタンパク質細胞内局在の影響

青木裕一, 青木裕一, 大林武, 木下賢吾, 木下賢吾

日本生化学会大会(Web)　90th　2017年
藻類比較ゲノムデータベースAlgaenomeの構築

梅津純平, 森宙史, 堀孝一, 大林武, 太田啓之, 黒川顕

日本ゲノム微生物学会年会要旨集　10th　88　2016年
遺伝子発現量データを利用した表現型の違いに影響を及ぼす遺伝子セットの検出方法の開発

土多隆雄, 大林武, 木下賢吾

研究報告バイオ情報学（BIO）　2013　(7)　1-2　2013年3月14日

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マイクロアレイ解析では遺伝子単独の発現量変化に対して統計学的仮説検定を行うことで、表現型の違いに影響を及ぼす遺伝子を検出することが多い．しかし、実際には遺伝子は複数で相互に関わりあいながら機能することから、遺伝子単独ではなく複数の遺伝子による発現パターン変化にも着目する必要があるといえる．そこで、本研究では複数の遺伝子による発現パターン変化を検出する手法を新たに開発し、肺がんに関する遺伝子発現量データを用いて先行研究で提案されている手法との比較解析を行った．その結果、先行研究で提案されている手法では検出されない発現パターン変化を示す遺伝子ペアを検出することができた．
Identification of functional modules in protein networks by near-clique detection

Shu Tadaka, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita

研究報告バイオ情報学（BIO）　2013　(4)　1-2　2013年3月14日

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In analysis of protein-protein interaction (PPI) networks, detection of functional module is one of the most important problems for understanding of cellular function of uncharacterized proteins. Identification of functional modules has been mainly done by searching densely connected subgraph, and some methods have been proposed to identify modules by using different criteria of densely connected subgraph. Here, we propose a new method NCMine to detect functional modules by extracting near-clique subgraphs aiming to get better identification of functional modules. We tested NCMine and other methods by using human PPI network from HPRD. When NCMine is applied to the network, it extracts about 2000 modules and 55% of them have at least one enriched GO term that is shared among members of a module. On the other hand, the percentage of GO-enriched modules extracted by other methods was lower than that of NCMine. This indicates that NCMine is superior to other methods in identification of biologically meaningful modules.In analysis of protein-protein interaction (PPI) networks, detection of functional module is one of the most important problems for understanding of cellular function of uncharacterized proteins. Identification of functional modules has been mainly done by searching densely connected subgraph, and some methods have been proposed to identify modules by using different criteria of densely connected subgraph. Here, we propose a new method NCMine to detect functional modules by extracting near-clique subgraphs aiming to get better identification of functional modules. We tested NCMine and other methods by using human PPI network from HPRD. When NCMine is applied to the network, it extracts about 2000 modules and 55% of them have at least one enriched GO term that is shared among members of a module. On the other hand, the percentage of GO-enriched modules extracted by other methods was lower than that of NCMine. This indicates that NCMine is superior to other methods in identification of biologically meaningful modules.
Gene module detection from the conservation of gene coexpression patterns among species

Yasunobu Okamura, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita

研究報告バイオ情報学（BIO）　2013　(5)　1-2　2013年3月14日

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Gene module is one of the most effective information to understand gene functions. Since it is difficult to detect reliable module information with high coverage of genes, many wet researchers have worked hard to detect gene modules. One of widely used methods is based on gene coexpression. Gene coexpression is useful to find related genes from the query gene, but gene coexpression data tend to be noisy. To overcome the noise problem of the gene coexpression, we propose a new method to detect gene module based on conservation of gene coexpression among different species. As a result, we could detect 100 gene modules without any prior knowledge, and some of them were well-characterized modules. For example, the largest module we detected was the ribosomal protein module, which is known to form a large protein complex. We report the results of detected module based on the gene coexpression conservations.Gene module is one of the most effective information to understand gene functions. Since it is difficult to detect reliable module information with high coverage of genes, many wet researchers have worked hard to detect gene modules. One of widely used methods is based on gene coexpression. Gene coexpression is useful to find related genes from the query gene, but gene coexpression data tend to be noisy. To overcome the noise problem of the gene coexpression, we propose a new method to detect gene module based on conservation of gene coexpression among different species. As a result, we could detect 100 gene modules without any prior knowledge, and some of them were well-characterized modules. For example, the largest module we detected was the ribosomal protein module, which is known to form a large protein complex. We report the results of detected module based on the gene coexpression conservations.
公共の遺伝子発現データの二次利用

大林武, 木下賢吾

Surgery Frontier　19　(2)　89-95　2012年6月
生物種間の遺伝子発現パターンの比較解析

岡村容伸, 大林武, 木下賢吾

研究報告バイオ情報学（BIO）　2012　(2)　1-2　2012年3月21日
出版者・発行元：一般社団法人情報処理学会
ISSN： 0919-6072

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ＤＮＡマイクロアレイによる遺伝子発現データが蓄積してきたことにより，遺伝子の発現パターンの類似性に基づいて，共発現遺伝子群を考えることができるようになってきた．本研究では生物のコアとなる機能や逆にそれぞれの種を特徴づけている機能を見いだすことを目的として，生物種間の遺伝子発現パターンの比較を行った．その結果，細胞維持に欠かせない機能が保存し，神経や知覚に関わる機能が変化しやすいことを見いだした．Currently gene expression data by DNA microarray are increasing. We can construct coexpression gene families from similarity of gene expression patterns. To find core functions for living organisms and divergent function of each spices, we compared similarity of gene expression patterns. Here we found that ribosomal protein or other house keeping genes are well conserved between human and mouse and that genes involved in nervous system and signal transductions are divergent.
トランスポートソーム-生体膜輸送機構の全体像に迫る基礎,臨床,創薬応用研究の最新成果第4章残されたトランスポーターへのアプローチ 4 COXPRESdb: 共発現データに基づいた機能関連遺伝子の探索

大林武, 木下賢吾

遺伝子医学MOOK　(19)　2011年

ISSN： 1349-2527
Coexpression landscape in ATTED-II: usage of gene list and gene network for various types of pathways.

Obayashi, Takeshi Kinoshita, Kengo

J Plant Res　123　(3)　311-319　2010年5月

DOI： 10.1007/s10265-010-0333-6 　
Construction of CaMKII-interacting protein network obtained from affinity purified proteins in silico and its experimental verification

Takafumi Yamada, Akihiro Iwamatsu, Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita, Shunji Ohsako

NEUROSCIENCE RESEARCH　68　E345-E345　2010年

DOI： 10.1016/j.neures.2010.07.1527 　

ISSN： 0168-0102
Co-expression tools for plant biology: opportunities for hypothesis generation and caveats

Bjoern Usadel, Takeshi Obayashi, Marek Mutwil, Federico M. Giorgi, George W. Bassel, Mimi Tanimoto, Amanda Chow, Dirk Steinhauser, Staffan Persson, Nicholas J. Provart

PLANT CELL AND ENVIRONMENT　32　(12)　1633-1651　2009年12月

DOI： 10.1111/j.1365-3040.2009.02040.x 　

ISSN： 0140-7791
COXPRESdb: A DATABASE OF COEXPRESSED GENE NETWORKS FOR HUMAN, MOUSE AND RAT

Takeshi Obayashi, Kengo Kinoshita

JOURNAL OF PHYSIOLOGICAL SCIENCES　59　444-444　2009年

ISSN： 1880-6546
共発現データベースCOXPRESの構築と利用法

大林武, 木下賢吾

Transportsome　4　16-20　2007年5月
グルコシノレート生合成遺伝子群を制御する転写因子のオーム科学的アプローチによる同定

平井優美, 杉山健二郎, 澤田有司, 峠隆之, 鈴木あかね, 大林武, 荒木良一, 櫻井望, 鈴木秀幸, 青木考, 西澤治, 柴田大輔, 斉藤和季

日本植物生理学会年会およびシンポジウム講演要旨集　2007　(0)　201-201　2007年
出版者・発行元：日本植物生理学会

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我々は硫黄栄養欠乏条件下でシロイヌナズナのトランスクリプトームとメタボロームの経時的変化を調べ、一括学習自己組織化マッピングにより共発現・共蓄積する遺伝子群・代謝物群を明らかにした。既知のグルコシノレート（GSL）生合成酵素遺伝子群が硫黄栄養欠乏条件下で共発現していることがわかり、これらと共発現している機能未知遺伝子は同様にGSL生合成に関与すると推察した。この考えに基づき、GSL生合成遺伝子群を正に制御する転写因子の候補遺伝子を見出した。AtGenExpressプロジェクトで取得された1388アレイデータを用いた共発現解析により、この遺伝子はメチオニン由来GSL（MET-GSL）生合成に関与する酵素遺伝子群とのみ共発現していることがわかり、これらの遺伝子群を特異的に制御すると推定された。当該遺伝子ノックアウト変異株、および過剰発現T87培養細胞のトランスクリプトームとGSL蓄積パターンを解析した結果、実際にこの転写因子はMET-GSLの生合成を正に制御し、トリプトファン由来GSLの生合成には関与しないことが示された。本発表ではMET-GSL生合成の制御メカニズムについても考察する。
遺伝子発現解析が可能な植物の代謝パスウェイデータベース・ツールKaPPA-View2

櫻井望, 山崎清, 尾形善之, 青木考, 岡崎孝映, 大林武, 鈴木秀幸, 斉藤和季, 柴田大輔

日本植物生理学会年会およびシンポジウム講演要旨集　48　(0)　S68-S68　2007年

ISSN： 0032-0781
ジャスモン酸による抗酸化物質代謝経路の協調的活性化がシロイヌナズナの酸化ストレス耐性を引き起こす

関本(佐々木, 結子, 多木希, 大林武, 青野光子, 松本史紀, 櫻井望, 鈴木秀幸, 平井優美, 野路征昭, 斎藤和季, 増田建, 高宮建一郎, 柴田大輔, 太田啓之

日本植物生理学会年会およびシンポジウム講演要旨集　47　(0)　S233-S233　2006年

ISSN： 0032-0781
トランスクリプトミクスとメタボロミクスの統合による包括的遺伝子機能予測

平井優美, 金谷重彦, 澤田有司, 峠隆之, 草野都, 福島敦史, 秋山顕冶, 櫻井哲也, 嶋田幸久, 郷田秀樹, 大林武, 矢野美弦, 杉山健二郎, 櫻井望, 鈴木秀幸, 柴田大輔, 斉藤和季

日本植物生理学会年会およびシンポジウム講演要旨集　47　(0)　S50-S50　2006年

ISSN： 0032-0781
シロイヌナズナのフラボノイド代謝関連遺伝子の共発現解析と代謝プロファイルによる網羅的機能推定

峠隆之, 榊原圭子, 柴田雅久, 大林武, 斉藤和季

日本植物生理学会年会およびシンポジウム講演要旨集　47　(0)　S109-S109　2006年

ISSN： 0032-0781
発現情報から遺伝子機能を推定する

山崎真巳, 大林武

Plant Organelles　4　10-16　2006年
ジャスモン酸生合成中間体12-オキソ-フィトジエン酸によるジャスモン酸非依存の遺伝子群発現制御

多木希, 関本佐々木結子, 大林武, 菊田章弘, 相内孝幸, 小林雄一, 櫻井望, 鈴木秀幸, 高宮建一郎, 柴田大輔, 太田啓之

植物の生長調節 = Regulation of plant growth & development　39　65-65　2005年5月28日
出版者・発行元：植物化学調節学会
ISSN： 1346-5406

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Jasmonic acid (JA) and methyl jasmonate (MeJA) are cyclopentanone derivatives that originate from linolenic acid via an octadecanoid pathway. JA and MeJA (jasmonates) regulate diverse physiological processes such as wound responses, disease responses. Recent reports suggest that a cyclopentenone precursor of jasmonates, 12-oxo-phytodienoic acid (OPDA) itself induces gene expression like as JA. However, little is known about physiological significance of the OPDA-dependent gene expression. We used DNA microarray covering about 22000 genes of Arabidopsis thaliana and globally compared JA-, MeJA-, and OPDA-responsive genes and attempted to figure out OPDA-mediated physiological responses in gene expression level. Although OPDA-responsive genes were generally identical with JA- and MeJA-responsive genes, OPDA also induced expression of distinct set of genes from jasmonates. The genes which specifically responded to OPDA mainly consisted of regulation factors such as DNA binding proteins (ZAT10, DREB2A etc.) and protein kinases, and showed early and transient induction by the OPDA treatment. Many of those genes in this set were also induced by wounding. Moreover, the analysis for wounding using aos and opr3 mutants suggested that OPDA plays a role as a signaling substance, and regulates a set of genes related to wounding response via JA-independent pathway.
cis element analysis using DNA array data in Arabidopsis

T Obayashi, K Nakai, Y Sasaki-Sekimoto, N Taki, A Kikuta, N Sakurai, H Suzuki, K Takamiya, D Shibata, H Ohta

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY　46　S138-S138　2005年

ISSN： 0032-0781
Comprehensive analysis of jasmonate-responsive gene expression in Lotus japonicus

S Miyachi, S Matsukura, Y Sasaki-Sekimoto, T Obayashi, T Aoki, H Kouchi, N Sakurai, H Suzuki, K Takamiya, D Shibata, H Ohta

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY　46　S218-S218　2005年

ISSN： 0032-0781
A novel protein that interacts with SPB of Rhodobacter sphaeroides: cloning, expression and function

K Ishida, Y Machiya, H Shimada, T Obayashi, T Masuda, H Ohta, K Takamiya

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY　45　S130-S130　2004年

ISSN： 0032-0781
cDNAマクロアレイにより同定されたジャスモン酸類応答性代謝遺伝子群とそれらの経路で合成される代謝産物の解析

関本(佐々木, 結子, 多木希, 大林武, 櫻井望, 鈴木秀幸, 青野光子, 野路征昭, 斉藤和季, 高宮建一郎, 柴田大輔, 太田啓之

日本植物生理学会年会およびシンポジウム講演要旨集　45　(0)　S78-S78　2004年

ISSN： 0032-0781
DNAアレイ（DNAチップ）法を用いた遺伝子発現解析

関本結子, 大林武, 太田啓之

化学装置　45　(4)　32-35　2003年4月
出版者・発行元：工業調査会
ISSN： 0368-4849
Monitoring of 12-oxo-phytodienoic acid -responsive genes in Arabidopsis by cDNA macroarray

N Taki, Y Sasaki-Sekimoto, T Obayashi, T Ainai, Y Kobayashi, E Asamizu, Y Nakamura, T Masuda, H Shimada, K Takamiya, D Shibata, S Tabata

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY　44　S112-S112　2003年

ISSN： 0032-0781
cDNA macroarray analysis of light and cytokinin responses in Arabidopsis

T Obayashi, T Okegawa, Y Sasaki-Sekimoto, H Shimada, T Masuda, D Shibata, S Tabata, K Takamiya, H Ohta

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY　44　S113-S113　2003年

ISSN： 0032-0781
Analysis for methyl jasmonate-specific expression changes in Arabidopsis by cDNA macroarray

Y Sasaki-Sekimoto, N Taki, T Obayashi, T Ainai, Y Kobayashi, E Asamizu, Y Nakamura, T Kuromori, T Hirayama, K Shinozaki, T Masuda, H Shimada, K Takamiya, D Shibata, S Tabata, H Ohta

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY　44　S112-S112　2003年

ISSN： 0032-0781
Property and processing of the data of cDNA macroarray

T Obayashi, Y Sasaki, M Horikoshi, H Shimada, T Masuda, D Shibata, S Tabata, K Takemiya, H Ohta

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY　43　S207-S207　2002年

ISSN： 0032-0781
ANALYSIS OF THE PHOTOSYNTHETIC REGULATORY GENE CLUSTER IN RHOSEOBACTER DENITRIFICANS, AN AEROBIC PHOTOSYNTHETIC BACTERIUM

NISHIMURA Kohji, OBAYASHI Takeshi, MANRI Naoki, MASUDA Tatsuru, SHIMADA Hiroshi, OHTA Hiroyuki, TAKAMIYA Ken-ichiro

Plant and cell physiology　39　S31-S31　1998年5月

ISSN： 0032-0781
GENETIC ANALYSIS OF orf5 IN PHOTOSYNTHETIC REGULATORY CLUSTER OF Rhodobacter sphaeroides

OBAYASHI Takeshi, NISHIMURA Kohji, AWAI Koichiro, SHIMADA Hiroshi, MASUDA Tatsuru, OHTA Hiroyuki, TAKAMIYA Ken-ichiro

Plant and cell physiology　39　S31-S31　1998年5月

ISSN： 0032-0781

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書籍等出版物 6

バイオインフォマティクス入門

秋山泰, 中井, 謙太, 冨田, 勝, 向井, 有理, 長崎, 英樹, 中村, 保一, 池田, 修己, 向井, 友花, 越中谷賢治, 飯田, 泰広, 濱田, 康太, 榊原, 康文, 舟橋啓, 鎌田真由美, 小森隆, 佐藤, 健吾, 浜田, 道昭, 内山, 郁夫, 阿部, 貴志, 野口, 英樹, 白井, 剛, 土方, 敦司, 諏訪, 牧子, 有田, 正規, 後藤, 修, 大林, 武, 竹本, 和弘, 櫻井望

慶應義塾大学出版会　2015年8月22日

ISBN: 9784766422511
実験医学2011年9月増刊号「バイオデータベースとソフトウェアアップデート」

有田正則編

羊土社　2011年9月

ISBN: 9784758102902
ゲノムが拓く生態学―遺伝子の網羅的解析で迫る植物の生きざま

永野惇, 森長真一, 種生物学会

文一総合出版　2011年7月

ISBN: 9784829910870

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http://www.amazon.co.jp/dp/4829910879
実験医学MOOK「トランスポートソーム-生体膜輸送機構の全体像に迫る―基礎、臨床、創薬応用研究の最新成果」

金井好克編

メディカルドゥ　2011年3月

ISBN: 4944157495

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http://www.amazon.co.jp/dp/4944157495
Protein function prediction for omics era

Edited by, Daisuke Kihara, Purdue Univ, USA

Springer Verlag　2010年5月

ISBN: 9400708807
「生体膜トランスポートソームの分子構築と生理機能」

金井好克編

2007 Spring 「共発現データベースCOXPRESの構築と利用法」（大林武，木下賢吾）　2010年

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講演・口頭発表等 22

PlanDyO: Long-term Meta-Epigenomic Monitoring Platform to Elucidate Marine Plankton Dynamics in Onagawa Bay, Sanriku Coast.

Obayashi T.

the 2nd International Scientific Symposium of CSK-2　2024年11月14日
Long-Term Meta-Epigenomic Monitoring Platform to Elucidate Marine Plankton Dynamics in Onagawa Bay, Sanriku Coast

Takeshi Obayashi, Toyonobu Fujii, Akane Kitamura, Gaku Kumano, Minoru Ikeda

The 32nd International Plant and Animal Genome Conference (PAG32)　2025年1月13日
Establishing an Epigenomics Research Platform for Marine Plankton in Onagawa Bay:Advancing Ecological Understanding

Obayashi T., Fujii T., Kitamura A., Kumano G., Ikeda M.

1st Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference　2024年10月24日
ATTED-II Version 12.0: Plant Gene Coexpression Database with Enhanced SpeciesComparison for Supporting Flowering Plants

Obayashi T.

1st Asia & Pacific Bioinformatics Joint Conference　2024年10月24日
女川湾のプランクトン動態解明に向けたゲノム解析基盤の整備

大林武, 藤井豊展, 北村茜, 池田実

トーゴーの日シンポジウム2024　2024年10月5日
植物の遺伝子共発現データベースATTED-II version 12.0

大林武

トーゴーの日シンポジウム2024　2024年10月5日
植物の共発現データベースATTED-IIにおける種間比較機能強化の取り組み

大林武

DICP研究交流会　2024年10月4日
Visualizing human impact on plant transmission from linguistic data

Nishikawa Y., Obayashi T., Matsumae H.

Cultural Evolution Society Conference 2024
生命科学分野における電界撹拌技術を用いたin situ hybridization法の迅速化の検討招待有り

内田克哉, 大林武

第14回迅速免疫染色研究会　2024年9月7日
Meta-Epigenomic Insights into Marine Plankton Dynamics in Onagawa Bay 招待有り

Obayashi T.

10th Annual Data Science in Engineering and Life Sciences Symposium　2024年8月6日
変わりゆく海：海洋ビッグデータ解析の挑戦

大林武

Public lecture in Open Campus 2024　2024年7月31日
Establishing an Epigenomics Research Platform for Marine Plankton: From Individual Species Analyses to Ecological Modeling.

Obayashi T.

1st AIMEC colloquium　2024年7月8日
非モデル植物のための遺伝子ネットワーク情報活用基盤

大林武

2024年度統合化推進プログラムサイトビジット　2024年7月4日
Establishing an Epigenomics Research Platform for Marine Plankton Through Long-Term Monitoring in Onagawa Bay

Obayashi T.

AIMEC Asamushi Workshop　2024年6月17日
Onagawa Bay: A Model for Advanced Coastal Ecosystem Research Through Genomics and Data Integratio 招待有り

Obayashi T., Ikeda M., Fujii T., Hamabata T.

Japan Geoscience Union Meeting 2024　2024年5月27日
Enhancing ATTED-II Database for Diverse Plant Species Research

Obayashi T.

The 65th Annual Meeting of the Japanese Society of Plant Physiologists　2024年3月17日
植物の伝播における人間の影響を言語データから可視化する

西川有理, 松前ひろみ, 大林武

第71回日本生態学会大会　2024年3月13日
Coastal Ecosystem Services Research Unit 招待有り

Obayashi T.

WPI-AIMEC Kick-off Symposium　2024年3月8日
植物の伝播における人間の影響を言語データから可視化する

西川有理, 松前ひろみ, 大林武

東海大学マイクロ・ナノ啓発会　2024年2月29日
How to measure the similarity of gene expression patterns to identify gene function 国際会議

QBIC2011 Bio-Informatics Workshop　2011年3月11日
ATTED-II 国際会議

19th International Conference on Arabidopsis Research　2011年3月11日
Application of large-scale mRNA expression data sets for comprehensive analysis of plant hormone signaling 国際会議

Ohta H

QBIC2007 Bio-Informatics Workshop　2007年3月17日

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共同研究・競争的資金等の研究課題 13

組織横断型遺伝子共発現法を用いた細胞間コミュニケーション解析競争的資金

制度名：Grant-in-Aid for Scientific Research

2015年4月～継続中
遺伝子共発現に基づく生命システム進化学競争的資金

制度名：Grant-in-Aid for Scientific Research

2012年4月～継続中
微細藻類の遺伝子共発現データベースALCOdbの構築・運用競争的資金

制度名：JST Basic Research Programs (Core Research for Evolutional Science and Technology :CREST)

2011年10月～継続中
動物の遺伝子共発現データベースCOXPRESdbの構築・運用競争的資金

制度名：Grant-in-Aid for Scientific Research

2007年4月～継続中
植物の遺伝子共発現データベースATTED-II の構築・運用競争的資金

制度名：Grant-in-Aid for Scientific Research

2005年4月～継続中
植物生殖の鍵分子ネットワーク

東山哲也, 土松隆志, 岩田洋佳, 河内孝之, 那須田周平, 工藤洋, 植田美那子, 大林武, 榊原恵子, 佐藤良勝

提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research Fund for the Promotion of Joint International Research (International Leading Research )

研究種目：Fund for the Promotion of Joint International Research (International Leading Research )

研究機関：The University of Tokyo

2022年12月20日～ 2029年3月31日
人間活動に伴う植物の短期的適応進化の学際統合的理解

大林武

2021年～ 2023年

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異質倍数体はゲノム配列の種内バリエーションを単一個体に取り込み、遺伝子の新しい組み合わせを探索することで、新規の環境へ適応するという短期進化の重要な戦略である。異質倍数体を通じた短期進化の鍵は、遺伝子ネットワークの再編であり、本研究ではこれを遺伝子共発現ネットワークを用いてネットワーク再編と進化圧の関係を解き明かす。まず、遺伝子共発現ネットワークの種内バリエーションを理解するため、親ゲノムにおける遺伝子ネットワークの特徴づけを行った。シロイヌナズナの標準種を基準として、亜種における遺伝子発現を解析したところ、基本的に標準種における環境応答と類似していることがわかった。すなわち、非標準種の遺伝子発現は、標準種とは環境応答の強度が異なる一方で、環境応答の方向性は大方同じであることを示唆している。一方、非標準種との進化的距離の影響については不明であり、引き続き検討が必要である。これと並行して、異質倍数体ゲノムの再編を可視化する方法を検討した。異質倍数体ゲノムには、複数の亜種に由来する遺伝子セットが混在しており、新しい共発現関係が構築されていると推定される。そのためホメオログ関係を念頭にオーソロググループを共発現ネットワーク上で可視化すれば、共発現関係の再編成を直感的に理解できる。個別の事例について検討したところ、この可視化により遺伝子重複後の新機能獲得を明確に検出できることがわかった。網羅的な検討を行うために、任意の共発現モジュールについて、ホメオログ関係を描画するツールの開発に着手した。
リファレンストランスクリプトーム構築に基づく遺伝子共発現ネットワーク解析の高度化

大林武

提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

研究機関：Tohoku University

2019年4月1日～ 2022年3月31日

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遺伝子共発現解析は発現プロファイルが似ている遺伝子群を特定することで、遺伝子の機能推定を行う手法である。公共のリポジトリに蓄積している大量の遺伝子発現データは多様な環境を反映しているが、サンプルの偏りをどのように扱うかが問題となる。本研究では、主成分分析を用いて遺伝子発現データを再構成し、アンサンブル計算と組み合わせることで、高精度の共発現情報を抽出できることを見出した。
セルロースを繋ぎ換える新規酵素の発見に基づく細胞壁モデルの再考と新規機能解明

西谷和彦, 大林武

提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

2017年4月1日～ 2020年3月31日

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植物細胞壁中でセルロース微繊維のネットワーク構築メカニズムは今尚未解明である。その解明を目指して、植物界のXTHファミリー内のセルロースエンド型転移酵素の分布をゲノムより解析し、車軸藻類にも存在することを見出した。次に、葉肉細胞のプロトプラスト上での細胞壁再生系を確立し、この方法で、キシログルカン欠損変異体でもセルロース微繊維のネットワークが形成されることを明らかにした。以上の結果から、キシログルカンはセルロースネットワークの初期構築には必須ではなく、セルロースエンドトランスルギーシラーゼが媒介するセルロースネットワークが陸上植物においても役割を果たしている可能性が示唆された。
神経幹細胞の増殖とニューロン分化を協調させる新規分子機構

勝山裕, 五十嵐和彦, 大林武, 寺島俊雄

提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

2014年4月1日～ 2017年3月31日

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Sbno1の機能を明らかにするために、本研究ではSbno1タンパク質の異なる部位を認識する抗体を作成した。これら抗体はウェスタンブロットで、それぞれ異なったバンドパターンを検出した。つまり、Sbno1はタンパク質が合成されたのちに、特異的な切断制御を受け、断片化していることを示唆している。Sbno1Sbno1結合因子には、それぞれ細胞増殖（細胞周期制御因子）、アポトーシス（脱ユビキチン化酵素）、細胞分化（転写因子）に関与する複数の因子が同定された。これらの研究結果からSbno1は多様な分子機構に与することで、これら分子機構を統合する役割をもつのではないかと考えられた。
情報処理空間としての細胞壁高次構造の構築と動態制御

西谷和彦, 大林武, 工藤光子, 横山隆亮, 黒羽剛

提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

研究機関：Tohoku University

2012年6月28日～ 2017年3月31日

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情報処理システムとしての植物細胞壁の機能は，その高次構造と密接に関連している。植物細胞壁はセルロース微繊維がキシログルカンと呼ばれる多糖類により架橋された構造モデルが古くより提唱されてきたが，この構造モデルでは説明できない事象が報告されていた。本研究の最も重要な成果は，セルロース分子同士を繋ぎ換える酵素CETを発見したことである。この新規酵素の働きを基にして，情報処理システムとしての新しい細胞壁動態モデルを提唱した。
植物細胞壁の情報処理システム

西谷和彦, 出村拓, 澤進一郎, 大林武, 工藤光子, 佐藤忍, 上田貴志, 橋本隆, 馳澤盛一郎, 五十嵐圭日子, 山口信次郎, 円谷陽一, 相田光宏, 横山隆亮, 黒羽剛, 岡田清孝, 鮫島正浩, 西村幹夫, 長谷部光泰, 福田裕穂

提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

研究機関：Tohoku University

2012年6月28日～ 2017年3月31日

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植物固有の細胞装置である細胞壁には，外界からの情報を感知して，それを処理して，反応する仕組みがある。このしくみは，植物の生活環全般に関わる重要な機能であるが，分子メカニズムの全体像は未解明である。この仕組みの解明には，植物細胞壁に関する異分野の研究者間の共同研究が必須であるので，総括班を組織し，共同研究の推進体制を造ると同時に，研究支援センターを整備して，研究手法の融合を図り成果に繋げた。更に総括班は，成果の内外への発信と広報活動を担った。
シロイヌナズナの遺伝子共発現データベースATTED-IIIの構築

大林武

提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

研究種目：Grant-in-Aid for Young Scientists (B)

研究機関：Tohoku University

2009年～ 2010年

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シロイヌナズナの共発現データベースATTED-II は、未知の機能グループを推察する手段として広く利用されてきた。しかしこの遺伝子共発現情報は遺伝子間の機能的関係の存在を支持するものの、それが具体的にどのような関係なのかについての情報をもたらさない。本研究では、共発現データの具体的な関係を明らかにするために、条件特異的共発現データを作成し、これらの共発現データの値と構造を調べるために2つのタイプのビューアと共にATTED-II 上で公開した。

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担当経験のある科目(授業) 6

応用データ科学　東北大学大学院情報科学研究科
生命システム情報学　東北大学工学部
Basic Computer Science　東北大学工学部
生命情報システム科学　東北大学大学院情報科学研究科
計算機学　東北大学工学部
システム生理学　東北大学工学部

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社会貢献活動 1

東北大学・飛翔型「科学者の卵養成講座」

2014年4月～ 2018年3月

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研究発展コースI

その他 4

微細藻類の遺伝子共発現データベースALCOdb
COXPRESdb; gene coexpression database for animals
ATTED-II; gene coexpression database for plants
植物栄養細胞をモデルとした藻類脂質生産系の戦略的構築

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多くの藻類は、植物のような貯蔵器官を持たず、光合成を行う細胞で貯蔵脂質の合成・蓄積を行います。そのため栄養飢餓などの限られた条件で脂質の高生産が起こります。研究代表者らは最近、植物でも葉のような栄養細胞では、種子と異なり、必須元素であるリンの飢餓時に顕著な脂質蓄積が起こることを見出しました。本研究では、このような植物葉と藻類の脂質蓄積の共通性を基に、藻類脂質の高生産系を戦略的に構築することを目的とします。そのため、有用藻類のゲノムや栄養飢餓応答遺伝子の情報などを網羅した基盤情報の集積とデータベース化を行い、それらを駆使してＤＨＡなど種々の有用脂肪酸類の高生産系を創製し、バイオ燃料や有用物質を藻類で高効率に生産するための基盤技術の創出を目指します。