研究者詳細

顔写真

ヨシドメ　タカシ
吉留　崇
Takashi Yoshidome
所属
大学院工学研究科　応用物理学専攻　応用物性物理学講座（数理物理学分野）
職名
准教授
学位

  • 博士（理学）（九州大学）

  • 修士（理学）（九州大学）

委員歴 6

  • 日本生物物理学会 2025年分野別専門委員

    2025年1月 ～ 2025年12月

  • 日本生物物理学会 2022年分野別専門委員

    2022年1月 ～ 2022年12月

  • 2021年度日本生物物理学会年会 実行委員

    2019年11月 ～ 2021年11月

  • 日本生物物理学会　2020年分野別専門委員

    2020年1月 ～ 2020年12月

  • 日本生物物理学会 東北支部会委員　会計

    2018年5月 ～ 2020年4月

  • 日本生物物理学会　2017年分野別専門委員

    2017年1月 ～ 2017年12月

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所属学協会 6

  • 日本薬学会

  • 日本放射光学会

  • 日本物理学会

  • 日本生物物理学会

  • Biophysical Society

  • 日本蛋白質科学会

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研究キーワード 8

  • 自由エネルギーランドスケープ

  • ガラス転移

  • 電子顕微鏡

  • コヒーレントＸ線回折イメージング

  • マニフォールドラーニング

  • 溶媒和・水和

  • 液体論

  • タンパク質

研究分野 2

  • ライフサイエンス / 生物物理学 /

  • 自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理 /

受賞 8

  1. 令和6年度 東北大学応用物理学コース卒業研修発表賞（指導した学生が受賞）

    2025年2月　深層学習を用いたタンパク質-小分子界面の水和分布予測

  2. CBI学会2024年大会 ポスター賞

    2024年10月　CBI学会　Deep-Learning model for Predicting the Replacement of Water Molecule upon Ligand Binding

  3. 令和5年度 東北大学応用物理学コース卒業研修発表賞（指導した学生が受賞）

    2024年2月　機械学習を用いたタンパク質構造変化データの解析

  4. 第9回Biophysics and Physicobiology Editors' Choice Award

    2022年9月　日本生物物理学会

  5. HPCI利用研究課題 第8回成果報告会 HPCI利用研究課題優秀成果賞

    2021年10月　低温電子顕微鏡実験と分子シミュレーションの統合による4次元イメージング法の確立

  6. 日本生物物理学会北海道支部－東北支部合同例会 学生優秀発表賞（指導した学生が受賞）

    2021年3月　深層学習の視点に基づいたタンパク質水和分布法の高度化

  7. SAR Presentation Award (Poster presentation)

    2019年12月　第47回構造活性相関シンポジウム　溶液理論を用いたタンパク質-リガンド複合体における水和の大規模解析

  8. 第六回日本生物物理学会若手奨励賞

    2010年9月　日本生物物理学会　Crucial importance of translational entropy of water in rotation mechanism of F1-ATPase

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論文 46

  1. Interface-Packing Analysis of F1-ATPase using Integral Equation Theory and Manifold Learning 査読有り

    Takashi Yoshidome, Shota Arai

    Physica A: Statistical Mechanics and its Applications　655　130201(1)-130201(12)　2024年10月

    出版者・発行元： Elsevier BV

    DOI： 10.1016/j.physa.2024.130201 　

    ISSN：0378-4371

  2. Extraction of molecular information from experimental data on liquids using manifold learning 査読有り

    Shota Arai, Gota Kikugawa, Takashi Yoshidome

    Journal of Molecular Liquids　414　126251(1)-126251(8)　2024年10月

    出版者・発行元： Elsevier BV

    DOI： 10.1016/j.molliq.2024.126251 　

    ISSN：0167-7322

  3. Four‐dimensional imaging for cryo‐electron microscopy experiments using molecular simulations and manifold learning 査読有り

    Takashi Yoshidome

    Journal of Computational Chemistry　45　(11)　738-751　2023年12月19日

    出版者・発行元： Wiley

    DOI： 10.1002/jcc.27290 　

    ISSN：0192-8651

    eISSN：1096-987X

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    Abstract Elucidating protein conformational changes is essential because conformational changes are closely related to the functions of proteins. Cryo‐electron microscopy (cryo‐EM) experiment can be used to reconstruct protein conformational changes via a method that involves using the experimental data (two‐dimensional protein images). In this study, a reconstruction method, referred to as the “four‐dimensional imaging,” was proposed. In our four‐dimensional imaging technique, the protein conformational change was obtained using the two‐dimensional protein images (the three‐dimensional electron density maps used in previously proposed techniques were not used). The protein conformation for each two‐dimensional protein image was obtained using our original protocol with molecular dynamics simulations. Using a manifold‐learning technique and two‐dimensional protein images, the protein conformations were arranged according to the conformational change of the protein. By arranging the protein conformations according to the arrangement of the protein images, four‐dimensional imaging is constructed. A simulation for a cryo‐EM experiment demonstrated the validity of our four‐dimensional imaging technique.

  4. Mechanism of a high free-energy transduction efficiency of Bacillus PS3 F1-ATPase from the perspective of solvent entropy 査読有り

    Takashi Yoshidome

    Journal of Molecular Liquids　123346(1)-123346(9)　2023年10月

    出版者・発行元： Elsevier BV

    DOI： 10.1016/j.molliq.2023.123346 　

    ISSN：0167-7322

  5. Elucidating Conformational Dynamics and Thermostability of Designed Aromatic Clusters by Using Protein Cages 査読有り

    Yuki Hishikawa, Hiroki Noya, Satoru Nagatoishi, Takashi Yoshidome, Basudev Maity, Kouhei Tsumoto, Satoshi Abe, Takafumi Ueno

    Chemistry – A European Journal　29　(34)　e202300488　2023年5月2日

    出版者・発行元： Wiley

    DOI： 10.1002/chem.202300488 　

    ISSN：0947-6539

    eISSN：1521-3765

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    Abstract Multiple aromatic residues assemble to form higher ordered structures known as “aromatic clusters” in proteins and play essential roles in biological systems. However, the stabilization mechanism and dynamic behavior of aromatic clusters remain unclear. This study describes designed aromatic interactions confined within a protein cage to reveal how aromatic clusters affect protein stability. The crystal structures and calorimetric measurements indicate that the formation of inter‐subunit phenylalanine clusters enhance the interhelix interactions and increase the melting temperature. Theoretical calculations suggest that this is caused by the transformation of the T‐shaped geometry into π‐π stacking at high temperatures, and the hydration entropic gain. Thus, the isolated nanoenvironment in a protein cage allows reconstruction and detailed analysis of multiple clustering residues for elucidating the mechanisms of various biomolecular interactions in nature which can be applied to design of bionanomaterials.

  6. gr Predictor: A Deep Learning Model for Predicting the Hydration Structures around Proteins 査読有り

    Kosuke Kawama, Yusaku Fukushima, Mitsunori Ikeguchi, Masateru Ohta, Takashi Yoshidome

    Journal of Chemical Information and Modeling　62　4460-4473　2022年9月6日

    出版者・発行元： American Chemical Society (ACS)

    DOI： 10.1021/acs.jcim.2c00987 　

    ISSN：1549-9596

    eISSN：1549-960X

  7. Simple-Fluid Model for Accurate Reproduction of Hydration Entropy 査読有り

    Takashi Yoshidome

    Journal of the Physical Society of Japan　91　(9)　094802-1-094802-6　2022年8月31日

    出版者・発行元： Physical Society of Japan

    DOI： 10.7566/jpsj.91.094802 　

    ISSN：0031-9015

    eISSN：1347-4073

  8. AlphaFold-predicted Protein Structure vs Experimentally Obtained Protein Structure: An Emphasis on The Side Chains 査読有り

    Daiki Shiono, Takashi Yoshidome

    Journal of the Physical Society of Japan　91　(6)　064804-1-064804-4　2022年6月

  9. A Measure for the Identification of Preferred Particle Orientations in Cryo-Electron Microscopy Data: A Simulation Study 査読有り

    R. Kojima, T. Yoshidome

    Biophysics and Physicobiology　18　96-107　2021年3月

  10. F1-ATPase Rotation and Its Inhibition from the Viewpoint of Solvent Entropy 査読有り

    T. Yoshidome

    Chem. Phys. Lett.　757　137886-1-137886-6　2020年8月

  11. Comprehensive 3D-RISM Analysis of the Hydration of Small Molecule Binding Sites in Ligand-Free Protein Structures 査読有り

    Takashi Yoshidome, Mitsunori Ikeguchi, Masateru Ohta

    J. Comp. Chem.　41　2406-2419　2020年8月

  12. Effects of a Low-Pass Filter on the Classification of Protein Electron-Density Maps in terms of Structural Polymorphism using Manifold Learning: A Simulation Study for Cryo-Electron Microscopy Experiments 査読有り

    Naoto Takano, Takashi Yoshidome

    Journal of the Physical Society of Japan　88　094801-1-094801-11　2019年8月

  13. An Automatic Classification of Molecular Dynamics Simulation Data into States, and Its Application to the Construction of a Markov State Model 査読有り

    Reika Ito, Takashi Yoshidome

    Journal of the Physical Society of Japan　87　114802-1-114802-8　2018年11月

  14. Growth of cuprous oxide particles in liquid-phase synthesis investigated by X-ray laser diffraction 査読有り

    Tomotaka Oroguchi, Takashi Yoshidome, Takashi Yamamoto, Masayoshi Nakasako

    Nano Letters　18　5192-5197　2018年8月

  15. An accurate computational method for an order parameter with a Markov state model constructed using a manifold-learning technique 査読有り

    Reika Ito, Takashi Yoshidome

    Chemical Physics Letters　691　22-27　2018年1月1日

    出版者・発行元： Elsevier B.V.

    DOI： 10.1016/j.cplett.2017.10.057 　

    ISSN：0009-2614

  16. Computational Methods for Configurational Entropy Using Internal and Cartesian Coordinates 査読有り

    Simon Hikiri, Takashi Yoshidome, Mitsunori Ikeguchi

    JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION　12　(12)　5990-6000　2016年12月

    DOI： 10.1021/acs.jctc.6b00563 　

    ISSN：1549-9618

    eISSN：1549-9626

  17. Classification of projection images of proteins with structural polymorphism by manifold: A simulation study for x-ray free-electron laser diffraction imaging 査読有り

    Takashi Yoshidome, Tomotaka Oroguchi, Masayoshi Nakasako, Mitsunori Ikeguchi

    PHYSICAL REVIEW E　92　(3)　032710-1-032710-13　2015年9月

    DOI： 10.1103/PhysRevE.92.032710 　

    ISSN：1539-3755

    eISSN：1550-2376

  18. An accurate and efficient computation method of the hydration free energy of a large, complex molecule 査読有り

    Takashi Yoshidome, Toru Ekimoto, Nobuyuki Matubayasi, Yuichi Harano, Masahiro Kinoshita, Mitsunori Ikeguchi

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　142　(17)　175101-1-175101-11　2015年5月

    DOI： 10.1063/1.4919636 　

    ISSN：0021-9606

    eISSN：1089-7690

  19. A theoretical framework for calculations of the structural relaxation time on the basis of the free energy landscape theory 査読有り

    Toru Ekimoto, Akira Yoshimori, Takashi Odagaki, Takashi Yoshidome

    CHEMICAL PHYSICS LETTERS　577　58-61　2013年7月

    DOI： 10.1016/j.cplett.2013.05.051 　

    ISSN：0009-2614

    eISSN：1873-4448

  20. Molecular Dynamics Simulations of Yeast F-1-ATPase before and after 16 degrees Rotation of the gamma Subunit 査読有り

    Yuko Ito, Takashi Yoshidome, Nobuyuki Matubayasi, Masahiro Kinoshita, Mitsunori Ikeguchi

    JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　117　(12)　3298-3307　2013年3月

    DOI： 10.1021/jp312499u 　

    ISSN：1520-6106

  21. Characterization of Experimentally Determined Native-Structure Models of a Protein Using Energetic and Entropic Components of Free-Energy Function 査読有り

    Hirokazu Mishima, Satoshi Yasuda, Takashi Yoshidome, Hiraku Oshima, Yuichi Harano, Mitsunori Ikeguchi, Masahiro Kinoshita

    JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B　116　(27)　7776-7786　2012年7月

    DOI： 10.1021/jp301541z 　

    ISSN：1520-6106

  22. Structural characteristics of yeast F-1-ATPase before and after 16-degree rotation of the gamma subunit: Theoretical analysis focused on the water-entropy effect 査読有り

    Takashi Yoshidome, Yuko Ito, Nobuyuki Matubayasi, Mitunori Ikeguchi, Masahiro Kinoshita

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　137　(3)　035102-1-035102-8　2012年7月

    DOI： 10.1063/1.4734298 　

    ISSN：0021-9606

  23. Physical origin of hydrophobicity studied in terms of cold denaturation of proteins: comparison between water and simple fluids 査読有り

    Takashi Yoshidome, Masahiro Kinoshita

    PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS　14　(42)　14554-14566　2012年

    DOI： 10.1039/c2cp41738c 　

    ISSN：1463-9076

  24. Free-energy function for discriminating the native fold of a protein from misfolded decoys 査読有り

    Satoshi Yasuda, Takashi Yoshidome, Yuichi Harano, Roland Roth, Hiraku Oshima, Koji Oda, Yuji Sugita, Mitsunori Ikeguchi, Masahiro Kinoshita

    PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS　79　(7)　2161-2171　2011年7月

    DOI： 10.1002/prot.23036 　

    ISSN：0887-3585

    eISSN：1097-0134

  25. Rotation Mechanism of F-1-ATPase: Crucial Importance of the Water Entropy Effect 査読有り

    Takashi Yoshidome, Yuko Ito, Mitsunori Ikeguchi, Masahiro Kinoshita

    JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY　133　(11)　4030-4039　2011年3月

    DOI： 10.1021/ja109594y 　

    ISSN：0002-7863

  26. Effects of heme on the thermal stability of four cytochromes c: Theoretical analyses 査読有り

    Koji Oda, Ryota Kodama, Takashi Yoshidome, Masaru Yamanaka, Yoshihiko Sambongi, Masahiro Kinoshita

    Journal of Chemical Physics　134　025101-1-025101-9　2011年1月11日

  27. Crucial importance of the water-entropy effect in predicting hot spots in protein-protein complexes 査読有り

    Hiraku Oshima, Satoshi Yasuda, Takashi Yoshidome, Mitsunori Ikeguchi, Masahiro Kinoshita

    PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS　13　(36)　16236-16246　2011年

    DOI： 10.1039/c1cp21597c 　

    ISSN：1463-9076

    eISSN：1463-9084

  28. Entropic potential field formed for a linear-motor protein near a filament: Statistical-mechanical analyses using simple models 査読有り

    Ken-ichi Amano, Takashi Yoshidome, Mitsuhiro Iwaki, Makoto Suzuki, Masahiro Kinoshita

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　133　(4)　045103-1-045103-11　2010年7月

    DOI： 10.1063/1.3462279 　

    ISSN：0021-9606

  29. Effects of side-chain packing on the formation of secondary structures in protein folding 査読有り

    Satoshi Yasuda, Takashi Yoshidome, Hiraku Oshima, Ryota Kodama, Yuichi Harano, Masahiro Kinoshita

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　132　(6)　065105-1-065105-10　2010年2月

    DOI： 10.1063/1.3319509 　

    ISSN：0021-9606

  30. 1P073 蛋白質立体構造予測に向けた自由エネルギー関数の開発(蛋白質-物性(安定性,折れたたみなど),第48回日本生物物理学会年会)

    Yasuda Satoshi, Yoshidome Takashi, Harano Yuichi, Roth Roland, Sugita Yuji, Ikeguchi Mitsunori, Kinoshita Masahiro

    生物物理　50　(2)　S32　2010年

    出版者・発行元： 一般社団法人 日本生物物理学会

    DOI： 10.2142/biophys.50.S32_1 　

  31. A theoretical analysis on characteristics of protein structures induced by cold denaturation 査読有り

    Hiraku Oshima, Takashi Yoshidome, Ken-ichi Amano, Masahiro Kinoshita

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　131　(20)　205102-1-205102-11　2009年11月

    DOI： 10.1063/1.3265985 　

    ISSN：0021-9606

  32. Pressure effect on helix-coil transition of an alanine-based peptide: Theoretical analysis 査読有り

    Takashi Yoshidome, Masahiro Kinoshita

    CHEMICAL PHYSICS LETTERS　477　(1-3)　211-215　2009年7月

    DOI： 10.1016/j.cplett.2009.06.071 　

    ISSN：0009-2614

  33. Theoretical analysis on thermal stability of a protein focused on the water entropy 査読有り

    Ken-ichi Amano, Takashi Yoshidome, Yuichi Harano, Koji Oda, Masahiro Kinoshita

    CHEMICAL PHYSICS LETTERS　474　(1-3)　190-194　2009年5月

    DOI： 10.1016/j.cplett.2009.04.025 　

    ISSN：0009-2614

  34. Molecular origin of the negative heat capacity of hydrophilic hydration 査読有り

    Masahiro Kinoshita, Takashi Yoshidome

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　130　(14)　144705-1-144705-11　2009年4月

    DOI： 10.1063/1.3112610 　

    ISSN：0021-9606

  35. Hydrophobicity at low temperatures and cold denaturation of a protein 査読有り

    Takashi Yoshidome, Masahiro Kinoshita

    PHYSICAL REVIEW E　79　(3)　030905-1-030905-4　2009年3月

    DOI： 10.1103/PhysRevE.79.030905 　

    ISSN：1539-3755

    eISSN：1550-2376

  36. 1P-045 蛋白質の低温変性構造に関する理論解析(蛋白質-物性(安定性,折れたたみなど),第47回日本生物物理学会年会)

    Oshima Hiraku, Yoshidome Takashi, Amano Ken-ichi, Kinoshita Masahiro

    生物物理　49　S70　2009年

    出版者・発行元： 一般社団法人 日本生物物理学会

    DOI： 10.2142/biophys.49.S70_2 　

  37. Pressure effects on structures formed by entropically driven self-assembly: Illustration for denaturation of proteins 査読有り

    Takashi Yoshidome, Yuichi Harano, Masahiro Kinoshita

    PHYSICAL REVIEW E　79　(1)　011912-1-011912-10　2009年1月

    DOI： 10.1103/PhysRevE.79.011912 　

    ISSN：1539-3755

  38. Free-energy function based on an all-atom model for proteins 査読有り

    Takashi Yoshidome, Koji Oda, Yuichi Harano, Roland Roth, Yuji Sugita, Mitsunori Ikeguchi, Masahiro Kinoshita

    Proteins: Structure, Function and Bioinformatics　77　(4)　950-961　2009年

    DOI： 10.1002/prot.22520 　

    ISSN：0887-3585 1097-0134

  39. Molecular mechanism of pressure denaturation of proteins 査読有り

    Yuichi Harano, Takashi Yoshidome, Masahiro Kinoshita

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　129　(14)　145103-1-145103-9　2008年10月

    DOI： 10.1063/1.2991176 　

    ISSN：0021-9606

  40. Free-energy landscape for a tagged particle in a dense hard-sphere fluid 査読有り

    Takashi Yoshidome, Takashi Odagaki, Akira Yoshimori

    PHYSICAL REVIEW E　77　(6)　061503-1-061503-6　2008年6月

    DOI： 10.1103/PhysRevE.77.061503 　

    ISSN：1539-3755

    eISSN：1550-2376

  41. Thermodynamics of apoplastocyanin folding: Comparison between experimental and theoretical results 査読有り

    Takashi Yoshidome, Masahiro Kinoshita, Shun Hirota, Naoki Baden, Masahide Terazima

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　128　(22)　225104-1-225104-9　2008年6月

    DOI： 10.1063/1.2929836 　

    ISSN：0021-9606

  42. Free energy landscape and cooperatively rearranging region in a hard sphere glass 査読有り

    Takashi Yoshidome, Akira Yoshimori, Takashi Odagaki

    PHYSICAL REVIEW E　76　(2)　021506-1-021506-7　2007年8月

    DOI： 10.1103/PhysRevE.76.021506 　

    ISSN：1539-3755

    eISSN：1550-2376

  43. Free energy landscape approach to glass transition 査読有り

    T. Odagaki, T. Yoshidome, A. Koyama, A. Yoshimori

    JOURNAL OF NON-CRYSTALLINE SOLIDS　352　(42-49)　4843-4846　2006年11月

    DOI： 10.1016/j.jnoncrysol.2006.02.146 　

    ISSN：0022-3093

  44. Construction of the free energy landscape by the density functional approarch 査読有り

    Takashi Yoshidome, Akira Yoshimori, Takashi Odagaki

    JOURNAL OF THE PHYSICAL SOCIETY OF JAPAN　75　(5)　054005-1-054005-4　2006年5月

    DOI： 10.1143/JPSJ.75.054005 　

    ISSN：0031-9015

  45. Free energy landscape and CRR of glass-forming substance 査読有り

    Takashi Yoshidome, Akira Yoshimori, Takashi Odagaki

    FLOW DYNAMICS　832　188-+　2006年

    DOI： 10.1063/1.2204488 　

    ISSN：0094-243X

  46. Specific heat anomaly at the glass transition 査読有り

    T Odagaki, T Yoshidome, T Tao, A Yoshimori

    JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS　117　(22)　10151-10155　2002年12月

    DOI： 10.1063/1.1519237 　

    ISSN：0021-9606

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MISC 60

  1. タンパク質水和分布を高速に予測する深層学習モデル「gr Predictor」 招待有り 査読有り

    吉留崇

    日本シミュレーション学会誌「シミュレーション」　43　154-158　2024年9月

  2. Reconstruction of Three-Dimensional Structures of a Protein with Software ENMA and EMC Algorithm: A Simulation for XFEL-CXDI Experiment

    Takashi Yoshidome, Yuki Sekiguchi, Tomotaka Oroguchi, Masayoshi Nakasako, Mitsunori Ikeguchi

    BIOPHYSICAL JOURNAL　112　(3)　288A-288A　2017年2月

    ISSN： 0006-3495

    eISSN： 1542-0086

  3. An Accurate and Efficient, Computational Method for the Hydration Free Energy of Large and Complex Molecules

    Takashi Yoshidome, Toru Ekimoto, Nobuyuki Matubayasi, Yuichi Harano, Masahiro Kinoshita, Mitsunori Ikeguchi

    BIOPHYSICAL JOURNAL　110　(3)　328A-329A　2016年2月

    ISSN： 0006-3495

    eISSN： 1542-0086

  4. 7aAM-5 マニフォールドに基づく新規画像分類法を用いた画像解析(7aAM 生物物理一般,領域12(ソフトマター物理・化学物理・生物物理))

    吉留 崇, 苙口 友隆, 中迫 雅由, 池口 満徳

    日本物理学会講演概要集　69　(2)　188-188　2014年8月22日

    出版者・発行元： 一般社団法人日本物理学会

    ISSN： 1342-8349

  5. 30aPS-101 コヒーレントX線イメージングによる粒子のダイナミックスの解析に向けた投影イメージの新規分類プロトコルの提案(30aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理・化学物理・生物物理))

    吉留 崇, 苙口 友隆, 中迫 雅由, 池口 満徳

    日本物理学会講演概要集　69　(1)　423-423　2014年3月5日

    出版者・発行元： 一般社団法人日本物理学会

    ISSN： 1342-8349

  6. Classification Protocol of Projection Images by Manifold: Toward Analysis of Dynamics of Particles with Coherent X-Ray Diffraction Imaging

    Takashi Yoshidome, Tomotaka Oroguchi, Masayoshi Nakasako, Mitsunori Ikeguchi

    BIOPHYSICAL JOURNAL　106　(2)　384A-384A　2014年1月

    ISSN： 0006-3495

    eISSN： 1542-0086

  7. A novel computation method of hydration free energy: A hybrid of the method of energy representation and the morphometric approach

    T. Yoshidome, T. Ekimoto, N. Matubayasi, R. Roth, Y. Harano, M. Kinoshita, M. Ikeguchi

    7th Mini-Symposium on Liquids　2013年7月

  8. コヒーレントX線回折イメージング構造解析理論の開発と展望

    中迫雅由, 苙口友隆, 高山裕貴, 小林周, 児玉渉, 坂本啓太, 吉留崇, 池口満徳

    放射光　26　11-25　2013年1月30日

  9. Molecular Dynamics Simulations of Yeast F-1-ATPase Before and after 16-Degree Rotation of the Gamma Subunit

    Yuko Ito, Takashi Yoshidome, Nobuyuki Matubayasi, Masahiro Kinoshita, Mitsunori Ikeguchi

    BIOPHYSICAL JOURNAL　104　(2)　332A-332A　2013年1月

    ISSN： 0006-3495

    eISSN： 1542-0086

  10. 排除容積効果の観点から見たタンパク質研究の展望

    吉留崇

    生物物理　52　100-101　2012年3月30日

  11. 白質複合体におけるホットスポットの理論的予測

    尾嶋拓, 安田賢司, 吉留崇, 池口満徳, 木下正弘

    新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」第4回領域全体会議，岩沼屋，仙台，2012.3.7-9　2012年

  12. サブユニットの16度回転前後におけるイーストF1-ATPase の構造特性：水のエントロピー効果に焦点をあてた理論解析

    吉留崇, 伊藤祐子, 松林伸幸, 池口満徳, 木下正弘

    新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」第4回領域全体会議，岩沼屋，仙台，2012.3.7-9　2012年

  13. F1-ATPaseの回転のメカニズムにおける水のエントロピーの重要性

    吉留崇

    生物物理　51　(5)　230-231　2011年9月25日

    出版者・発行元： The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

    DOI： 10.2142/biophys.51.230 　

    ISSN： 0582-4052

  14. モーター蛋白質F1-ATPaseの回転における水の役割：水のエントロピーの重要性

    吉留崇

    アンサンブル　13　(2)　50-56　2011年4月

    出版者・発行元： 分子シミュレーション研究会

    DOI： 10.11436/mssj.13.50 　

    ISSN： 1884-6750

  15. 26pPSB-43 単純流体および水における蛋白質低温変性のメカニズム(26pPSB 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

    吉留 崇, 木下 正弘

    日本物理学会講演概要集　66　(1)　404-404　2011年3月3日

    出版者・発行元： 一般社団法人日本物理学会

    ISSN： 1342-8349

  16. On the Physical Mechanism of Rotation of F1-ATPase:Crucial Importance of the Water Entropy Effect

    T. Yoshidome, Y. Ito, M. Ikeguchi, M. Kinoshita

    8th Liquid Matter Conference，Universität Wien, Austria，2011.9.9　2011年

  17. A Theoretical Analysis on Water-Entropy Change in Yeast F1-ATPase during 16 Degrees Rotation of Gamma Subunit

    吉留崇, 池口満徳, 木下正弘

    第49回日本生物物理学会年会，兵庫県立大学，2011.9.16　2011年

  18. Theoretical Analysis for Hot Spots in Protein-Protein Complexes: Critical Importance of Water Entropy

    H. Oshima, S. Yasuda, T. Yoshidome, M. Ikeguchi, M. Kinoshita

    8th Liquid Matter Conference，Universität Wien, Austria，2011.9.9　2011年

  19. 実験で得られた蛋白質天然構造モデルのキャラクタリゼーション

    三嶋浩和, 安田哲司, 吉留崇, 池口満徳, 木下正弘

    第34 回溶液化学シンポジウム，名古屋大学ES総合館ESホール，2011.11.15-17　2011年

  20. Importance of water entropy in rotation mechanism of F1-ATPase

    Takashi Yoshidome

    Biophysics　7　113-122　2011年

    DOI： 10.2142/biophysics.7.113 　

    ISSN： 1349-2942

  21. 26aTD-1 自由エネルギーランドスケープ描像に基づいた剛体球系の緩和時間(26aTD 領域11,領域12合同 ガラス合同セッション,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理))

    浴本 亨, 吉森 明, 吉留 崇, 小田垣 孝

    日本物理学会講演概要集　65　(2)　293-293　2010年8月18日

    出版者・発行元： 一般社団法人日本物理学会

    ISSN： 1342-8349

  22. 24pTG-8 F_1ATPaseの回転のメカニズムにおける水のエントロピーの重要性(24pTG 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

    吉留 崇, 伊藤 祐子, 池口 満徳, 木下 正弘

    日本物理学会講演概要集　65　(2)　327-327　2010年8月18日

    出版者・発行元： 一般社団法人日本物理学会

    ISSN： 1342-8349

  23. 26aPS-17 荷電剛体球系の固液相転移(26aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

    吉留 崇, 吉森 明

    日本物理学会講演概要集　65　(2)　343-343　2010年8月18日

    出版者・発行元： 一般社団法人日本物理学会

    ISSN： 1342-8349

  24. Entropic potential field formed for a linear-motor protein near a filament: Statistical-mechanical analyses using simple models.

    木下 正弘, Yoshidome Takashi, Iwaki Mitsuhiro, Suzuki Makoto, Kinoshita Masahiro

    The Journal of chemical physics　133　(4)　045103(1-11)　2010年7月28日

    出版者・発行元： American Institute of Physics

    ISSN： 1089-7690

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    We report a new progress in elucidating the mechanism of the unidirectional movement of a linear-motor protein (e.g., myosin) along a filament (e.g., F-actin). The basic concept emphasized here is that a potential field is entropically formed for the protein on the filament immersed in solvent due to the effect of the translational displacement of solvent molecules. The entropic potential field is strongly dependent on geometric features of the protein and the filament, their overall shapes as well as details of the polyatomic structures. The features and the corresponding field are judiciously adjusted by the binding of adenosine triphosphate (ATP) to the protein, hydrolysis of ATP into adenosine diphosphate (ADP)+Pi, and release of Pi and ADP. As the first step, we propose the following physical picture: The potential field formed along the filament for the protein without the binding of ATP or ADP+Pi to it is largely different from that for the protein with the binding, and the directed movement is realized by repeated switches from one of the fields to the other. To illustrate the picture, we analyze the spatial distribution of the entropic potential between a large solute and a large body using the three-dimensional integral equation theory. The solute is modeled as a large hard sphere. Two model filaments are considered as the body: model 1 is a set of one-dimensionally connected large hard spheres and model 2 is a double helical structure formed by two sets of connected large hard spheres. The solute and the filament are immersed in small hard spheres forming the solvent. The major findings are as follows. The solute is strongly confined within a narrow space in contact with the filament. Within the space there are locations with sharply deep local potential minima along the filament, and the distance between two adjacent locations is equal to the diameter of the large spheres constituting the filament. The potential minima form a ringlike domain in model 1 while they form a pointlike one in model 2. We then examine the effects of geometric features of the solute on the amplitudes and asymmetry of the entropic potential field acting on the solute along the filament. A large aspherical solute with a cleft near the solute-filament interface, which mimics the myosin motor domain, is considered in the examination. Thus, the two fields in our physical picture described above are qualitatively reproduced. The factors to be taken into account in further studies are also discussed.

  25. General Framework of Pressure Effects on Structures Formed by Entropically Driven Self-Assembly

    Takashi Yoshidome

    ENTROPY　12　(6)　1632-1652　2010年6月

    DOI： 10.3390/e12061632 　

    ISSN： 1099-4300

  26. アポプラストシアニン折りたたみの熱力学：理論と実験との定量的比較

    吉留崇

    生物物理　50　(2)　90-91　2010年3月30日

    出版者・発行元： The Biophysical Society of Japan General Incorporated Association

    DOI： 10.2142/biophys.50.090 　

    ISSN： 0582-4052

  27. 22pEC-9 F_1-ATPaseの回転のメカニズムに関するの考察 : 水のエントロピーの重要性(22pEC 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

    吉留 崇, 伊藤 祐子, 池口 満徳, 木下 正弘

    日本物理学会講演概要集　65　(1)　390-390　2010年3月1日

    出版者・発行元： 一般社団法人日本物理学会

    ISSN： 1342-8349

  28. 23aPS-117 蛋白質低温変性の統計熱力学理論(23aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

    尾嶋 拓, 吉留 崇, 天野 健一, 木下 正弘

    日本物理学会講演概要集　65　(1)　406-406　2010年3月1日

    出版者・発行元： 一般社団法人日本物理学会

    ISSN： 1342-8349

  29. Physical Picture of Cold Denaturation of Proteins

    T. Yoshidome, H. Oshima, K. Amano, M. Kinoshita

    International Symposium on Non-Equilibrium Soft Matter 2010, Naraken Sinkoukaido, Japan, 2010.8.18　2010年

  30. Development of a free-energy function toward predicting the native structure of a protein

    S. Yasuda, T. Yoshidome, Y. Harano, R. Roth, Y. Sugita, M. Ikeguchi, M. Kinoshita

    The 2nd GCOE International Symposium (Zero-Carbon Energy Kyoto2010), Obaku Plaza, Kyoto University, Uji, Japan,2010.8.19-20　2010年

  31. フィラメント上におけるリニヤーモーター蛋白質の一方向移動：単純化モデル解析および考察

    木下正弘, 天野健一, 吉留崇

    次世代スパコンプロジェクト・ナノ分野グランドチャレンジ研究開発第4回公開シンポジウム，岡崎コンファレンスセンター，2010.3.4　2010年

  32. 蛋白質低温変性の統計熱力学理論

    尾嶋拓, 吉留崇, 天野健一, 木下正弘

    日本物理学会第65回年次大会，岡山大学，2010.3.22　2010年

  33. F1-ATPaseの回転のメカニズムに関する一考察

    吉留崇, 伊藤祐子, 池口満徳, 木下正弘

    水のエントロピーの重要性，日本物理学会第65回年次大会，岡山大学，2010.3.22　2010年

  34. 30aPS-129 低温における疎水性と蛋白質の低温変性(30aPS 領域12ポスターセッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

    吉留 崇, 木下 正弘

    日本物理学会講演概要集　64　(1)　394-394　2009年3月3日

    出版者・発行元： 一般社団法人日本物理学会

    ISSN： 1342-8349

  35. Thermal stability of proteins and water-entropy effect

    R Kodama, T Yoshidome, K Amano, Y Harano, M Kinoshita

    The 1st GCOE International Symposium, Kyoto University, 2009.8.20　2009年

  36. A Theoretical Analysis on the Entropic Potential Field Formed for a Linear-Motor Protein near a Filament

    K Amano, T Yoshidome, M Kinoshita

    The 1st GCOE International Symposium, Kyoto University, 2009.8.20　2009年

  37. 蛋白質熱安定性における水のエントロピー効果の重要性

    小玉諒太, 吉留崇, 天野健一, 原野雄一, 木下正弘

    第47回日本生物物理学会年会，徳島文理大学，2009.10.30　2009年

  38. フィラメント近傍で形成されるリニアーモータータンパク質のエントロピックポテンシャル場：単純化モデル計算Ⅰ

    天野健一, 吉留崇, 木下正弘

    第47回日本生物物理学会年会，徳島文理大学，2009.10.30　2009年

  39. 蛋白質の低温変性構造に関する理論解析

    尾嶋拓, 吉留崇, 天野健一, 木下正弘

    第47回日本生物物理学会年会，徳島文理大学，2009.10.30　2009年

  40. アラニンベースペプチドのヘリックス－コイル転移に及ぼす圧力効果：統計力学理論解析

    吉留崇, 木下正弘

    日本物理学会2009年秋季大会，熊本大学，2009.9.25-28　2009年

  41. 低温における疎水性と蛋白質の低温変性

    吉留崇, 木下正弘

    日本物理学会第64回年次大会，立教学院，2009.3.27-30　2009年

  42. 全原子モデルに基づいた蛋白質用の自由エネルギー関数

    木下正弘, 吉留崇, 安田賢司, 原野雄一, Roland Roth, 杉田有冶, 池口満徳

    次世代ナノ統合シミュレーションソフトウェアの研究開発第3回公開シンポジウム，岡崎コンファレンスセンター，2009.3.4-5　2009年

  43. 21pWB-13 エントロピー駆動の自己組織化過程に及ぼす圧力効果(21pWB 溶液・液体,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

    吉留 崇, 原野 雄一, 木下 正弘

    日本物理学会講演概要集　63　(2)　316-316　2008年8月25日

    出版者・発行元： 一般社団法人日本物理学会

    ISSN： 1342-8349

  44. 23pYD-12 タンパク質低温変性の分子機構(生物物理,領域12,ソフトマター物理,科学物理,生物物理)

    吉留 崇, 天野 健一, 木下 正弘

    日本物理学会講演概要集　63　(1)　359-359　2008年2月29日

    出版者・発行元： 一般社団法人日本物理学会

    ISSN： 1342-8349

  45. Novel Scoring Function for Discriminating the Native Fold of a Protein from Misfolded Decoys

    Y Harano, T Yoshidome, R Roth, Y Sugita, M Ikeguchi, M Kinoshita

    1st International Conference of the Grand Challenge to Next-Generation Integrated Nanoscience, Tokyo, Japan, 2008. 6.3-7　2008年

  46. Morphometric Approach to Pressure Denaturation of Proteins

    T Yoshidome, Y Harano, M Kinoshita

    International Symposium on Non-Equilibrium Soft Matter, Kyoto University, Japan, 2008. 6.2-5　2008年

  47. エントロピー駆動の自己組織化過程に及ぼす圧力効果

    吉留崇, 原野雄一, 木下正弘

    日本物理学会2008年秋季大会，岩手大学，2008.9.20　2008年

  48. 天然構造を特徴づける蛋白質内水素結合パラメータ

    小田晃司, 原野雄一, 吉留崇, 杉田有治, 池口満徳, 木下正弘

    第46回日本生物物理学会年会，福岡国際会議場，2008.12.3-5　2008年

  49. 水のエントロピーに注目したタンパク質の熱安定性解析

    天野健一, 吉留崇, 原野雄一, 木下正弘

    第46回日本生物物理学会年会，福岡国際会議場，2008.12.3-5　2008年

  50. タンパク質の立体構造予測に向けた新規スコア関数

    原野雄一, 吉留崇, Roland Roth, 杉田有治, 池口満徳, 木下正弘

    第46回日本生物物理学会年会，福岡国際会議場，2008.12.3-5　2008年

  51. タンパク質低温変性の分子機構

    吉留崇, 天野健一, 木下正弘

    日本物理学会第63回年次大会，近畿大学，2008.3.22-26　2008年

  52. 20aTC-10 自由エネルギーランドスケープにおける鞍点の高さの分布(領域12,領域11合同 過冷却液体・ガラス,領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)

    吉留 崇, 吉森 明, 小田垣 孝

    日本物理学会講演概要集　62　(1)　349-349　2007年2月28日

    出版者・発行元： 一般社団法人日本物理学会

    ISSN： 1342-8349

  53. 20aTC-9 自由エネルギーランドスケープを用いたガラス形成物質の緩和過程(領域12,領域11合同 過冷却液体・ガラス,領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)

    浴本 亨, 吉森 明, 小田垣 孝, 吉留 崇

    日本物理学会講演概要集　62　(1)　349-349　2007年2月28日

    出版者・発行元： 一般社団法人日本物理学会

    ISSN： 1342-8349

  54. タンパク質圧力変性の分子機構

    原野雄一, 吉留崇, 木下正弘

    第45回生物物理学会年会，パシフィコ横浜，2007.12.21-23　2007年

  55. 25aRC-4 剛体球ガラスにおける協調再配置領域の密度依存性(25aRC 過冷却液体・ガラス,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

    吉留 崇, 吉森 明, 小田垣 孝

    日本物理学会講演概要集　61　(2)　270-270　2006年8月18日

    出版者・発行元： 一般社団法人日本物理学会

    ISSN： 1342-8349

  56. 20aXG-6 自由エネルギーランドスケープとstring motion(溶液・液体,過冷却液体・ガラス,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

    吉留 崇, 吉森 明, 小田垣 孝

    日本物理学会講演概要集　60　(2)　228-228　2005年8月19日

    出版者・発行元： 一般社団法人日本物理学会

    ISSN： 1342-8349

  57. 24pYW-5 ガラス形成物質の自由エネルギーランドスケープ(過冷却液体及び英語セッション,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

    吉留 崇, 吉森 明, 小田垣 孝

    日本物理学会講演概要集　60　(1)　350-350　2005年3月4日

    出版者・発行元： 一般社団法人日本物理学会

    ISSN： 1342-8349

  58. 12pTH-5 自由エネルギーランドスケープからの協調再配置領域 (CRR)、同時再配置領域 (SRR) の同定(過冷却液体・理論, 領域 12)

    吉留 崇, 吉森 明, 小田垣 孝

    日本物理学会講演概要集　59　(2)　294-294　2004年8月25日

    出版者・発行元： 一般社団法人日本物理学会

    ISSN： 1342-8349

  59. 28aWE-4 自由エネルギーランドスケープとCRR : 密度汎関数理論によるアプローチ(化学物理理論)(領域12)

    吉留 崇, 吉森 明, 小田垣 孝

    日本物理学会講演概要集　59　(1)　359-359　2004年3月3日

    出版者・発行元： 一般社団法人日本物理学会

    ISSN： 1342-8349

  60. 22aZA-13 ガラス転移における密度汎関数理論

    吉留 崇, 吉森 明, 小田垣 孝

    日本物理学会講演概要集　58　(2)　310-310　2003年8月15日

    出版者・発行元： 一般社団法人日本物理学会

    ISSN： 1342-8349

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書籍等出版物 1

  1. 現代の物性物理学

    小田垣 孝, 吉留 崇, 大久保 毅

    吉岡書店　2021年9月

講演・口頭発表等 128

  1. Deep-Learning Model for Protein Hydration

    Takashi Yoshidome, Kosuke Kawama, Yusaku Fukushima, Mitsunori Ikeguchi, Masateru Ohta

    Pacifichem 2025　2025年12月16日

  2. Deep-learning Model for Fast Computation of Grid Inhomogeneous Solvation Theory

    福島 悠朔, 吉留 崇

    CBI学会2025年大会　2025年10月28日

  3. 深層学習モデルgr Predictorを用いたタンパク質2量体界面の水和分布予測

    伊藤 祐希, 吉留 崇

    【学習物理学】R7 領域会議　2025年9月25日

  4. 水を顕に考慮したタンパク質モンテカルロシミュレーション技術の研究

    吉留崇

    【学習物理学】R7 領域会議　2025年9月25日

  5. 深層学習モデルgr Predictorを用いたタンパク質2量体界面の水和分布予測

    伊藤 祐希, 吉留 崇

    第63回日本生物物理学会年会　2025年9月24日

  6. Development of the Deep-learning Model for Protein Hydration

    吉留崇

    第5回 学術変革領域「学習物理」物性関係討論会　2025年7月31日

  7. マニフォールド学習を用いた理論・実験データ解析 招待有り

    吉留崇

    第29回高分子計算機科学研究会講座　2025年7月15日

  8. Manifold-Learning Approach for Analytical Calculation of Gas Diffusion Coefficients in Porous Structures

    Shota Arai, Yuki Takayama, Takashi Yoshidome

    StatPhys29　2025年7月

  9. マニフォールド学習を用いた物性研究：特徴量抽出と予測

    吉留 崇, 荒井 翔太, 高山 裕貴

    【CREST革新的計測解析】交流会　2025年4月13日

  10. Machine-Learning Approach to the Extraction of Microscopic Information from Experimental Data

    Shota Arai, Yuki Takayama, Gota Kikugawa, Takashi Yoshidome

    American Physical Society Global Physics Summit March Meeting　2025年3月18日

  11. Machine-learning Approach for Extracting Microscopic Information from Experimental Data on Liquid Substances and Porous Structures

    Shota Arai, Yuki Takayama, Gota Kikugawa, Takashi Yoshidome

    IIS Symposium "Soft and Liquid Matter Physics: Past, Present and Future"　2025年3月10日

  12. リガンド結合に伴う水分子置換を予測する深層学習モデルの開発 招待有り

    吉留崇

    第14回CBI若手の会講演会　2025年2月28日

  13. 分子動力学法を用いたタンパク質熱変性における遷移状態解析

    門脇 颯汰, 吉留 崇

    2024年度日本生物物理学会東北ー北海道合同支部会　2025年2月21日

  14. 水和自由エネルギー分布を高速に計算する深層学習モデルの開発

    吉留崇

    第4回学術変革領域「学習物理」物性関係討論会　2025年1月14日

  15. リガンド結合に伴う水分子置換を予測する深層学習モデルの開発

    伊藤 祐希, 大田 雅照, 池口 満徳, 吉留 崇

    第52回構造活性相関シンポジウム　2024年12月13日

  16. マニフォールド学習による多孔質構造のガス拡散の解析と予測

    荒井 翔太, 高山 裕貴, 吉留 崇

    第38回分子シミュレーション討論会　2024年12月2日

  17. Deep-Learning Model for Predicting the Replacement of Water Molecule upon Ligand Binding

    伊藤 祐希, 大田 雅照, 池口 満徳, 吉留 崇

    CBI学会2024年大会　2024年10月29日

  18. 創薬におけるリード最適化への応用に向けたタンパク質水和熱力学量分布の包括的解析

    吉留 崇

    第11回「富岳」を中核とするHPCIシステム利用研究課題 成果報告会　2024年10月25日

  19. 深層学習に基づく高速水和自由エネルギー計算法の提案

    吉留崇

    R6年度学術変革A「学習物理学」領域会議　2024年9月27日

  20. Deep-Learning Model For Fast And Accurate Computation Of Hydration Structures Around Proteins 招待有り

    Takashi Yoshidome, Kosuke Kawama, Yusaku Fukushima, Mitsunori Ikeguchi, Masateru Ohta

    Biomolecular Horizons 2024　2024年9月26日

  21. Manifold-Learning Approach to Material Data: Application to Experimental Data of Liquid Substances and Porous Structural Data

    Shota Arai, Gota Kikugawa, Yuki Takayama, Takashi Yoshidome

    12th Liquid Matter Conference　2024年9月24日

  22. 深層学習に基づくリガンド結合に伴う水分子置換の予測

    伊藤 祐希, 大田 雅照, 池口 満徳, 吉留 崇

    日本物理学会 第79回年次大会　2024年9月18日

  23. 深層学習を用いたタンパク質水和自由エネルギー計算の高速化

    伊藤 太一, 吉留 崇

    日本物理学会 第79回年次大会　2024年9月18日

  24. 分子動力学法を用いたタンパク質アンフォールドにおける遷移状態解析

    門脇 颯汰, 吉留 崇

    日本物理学会 第79回年次大会　2024年9月18日

  25. マニフォールドラーニングによる多孔質構造と物理的特性の関係の構築

    荒井 翔太, 高山 裕貴, 吉留 崇

    日本物理学会 第79回年次大会　2024年9月17日

  26. 低温電子顕微鏡4次元イメージング法の構築 招待有り

    吉留崇

    第14回SPring-8データ科学研究会　2024年9月9日

  27. マニフォールドラーニングを用いたタンパク質構造変化データの解析

    加藤 智世, 吉留 崇

    2024年度電気関係学会東北支部連合大会　2024年8月30日

  28. 深層学習を用いた水和自由エネルギー計算の高速化

    吉留崇

    第3回 学術変革領域「学習物理」物性関係討論会　2024年8月1日

  29. Manifold-Learning Approach for Extracting Molecular Information and Predicting of Physical Properties

    Shota Arai, Gota Kikugawa, Yuki Takayama, Takashi Yoshidome

    17th Mini-Symposium on Liquids (MSL2024)　2024年7月6日

  30. Deep Learning-Based Water Molecule Displacement Prediction Method for Improving the Accuracy of Drug Discovery Docking Software

    Yuki Ito, Masateru Ohta, Mitsunori Ikeguchi, Takashi Yoshidome

    IUPAB2024　2024年6月28日

  31. Molecular Dynamics Study of the Unfolding Processes of Proteins with Highly Similar Native Structure

    Souta Kadowaki, Takashi Yoshidome

    IUPAB2024　2024年6月27日

  32. Fast Computational Method for the Hydration Free Energy

    Taichi Ito, Takashi Yoshidome

    IUPAB2024　2024年6月26日

  33. Hybrid of Manifold Learning and Molecular Simulation to Reconstruct the Protein Conformational Change using Cryo-Electron Microscopy Experiment

    Takashi Yoshidome

    IUPAB2024　2024年6月26日

  34. マニフォールド学習を用いた物性研究〜予測に向けて〜

    荒井 翔太, 高山 裕貴, 吉留 崇

    【CREST革新的計測解析】交流会　2024年5月18日

  35. Four-Dimensional Imaging Technique To Reconstruct Protein Conformational Change Using Cryo-Electron Microscopy Experiment

    Takashi Yoshidome

    The 68th Biophysical Society Annual Meeting　2024年2月13日

  36. タンパク質水和分布を予測する深層学習モデル

    吉留崇

    第2回 学術変革領域「学習物理」物性関係討論会　2024年1月5日

  37. マニフォールドラーニングを用いた構造と物理的特性の関係の構築

    荒井 翔太, 高山 裕貴, 吉留 崇

    「ソフトマテリアル理論研究の最前線」研究会　2023年12月16日

  38. タンパク質水和自由エネルギー分布を予測する深層学習モデルの開発

    吉留崇

    「ソフトマテリアル理論研究の最前線」研究会　2023年12月16日

  39. 分子シミュレーションと低温電子顕微鏡実験を用いた4次元イメージング法の構築

    吉留 崇

    第37回分子シミュレーション討論会　2023年12月5日

  40. マニフォールドラーニングを用いた多孔質体中のガス拡散の解析

    荒井 翔太, 高山 裕貴, 吉留 崇

    第37回分子シミュレーション討論会　2023年12月4日

  41. タンパク質-リガンド結合様式予測の精度向上法の提案：複数の結合予測法のハイブリッドアプローチ

    木村 啓太, 吉留 崇

    第37回分子シミュレーション討論会　2023年12月4日

  42. 深層学習を用いたGISTマップの高速計算：リガンド結合に伴う水の自由エネルギー変化の計算への応用

    福島 悠朔, 伊藤 祐希, 吉留 崇

    第61回日本生物物理学会年会　2023年11月14日

  43. タンパク質水和の理論 招待有り

    吉留崇

    分子モーター討論会　2023年9月28日

  44. タンパク質水和の深層学習モデル

    吉留崇

    学術変革領域研究(A)「学習物理学の創成」R5年度領域会議　2023年9月27日

  45. 低温電子顕微鏡4次元イメージング法の提案

    吉留崇

    日本物理学会第78回年次大会　2023年9月16日

  46. A Four-Dimensional Imaging Technique for Cryo-Electron Microscopy Experiment

    Takashi Yoshidome

    34th IUPAP Conference on Computational Physics　2023年8月7日

  47. 深層学習を用いたグリッドベースの水和熱力学量計算の高速化

    福島 悠朔, 吉留 崇

    第23回日本蛋白質科学会年会　2023年7月6日

  48. タンパク質-タンパク質界面における水和分布の深層学習を用いた高速予測

    伊藤 祐希, 吉留 崇

    2022年度 生物物理学会 北海道支部－東北支部合同例会　2023年3月4日

  49. 水を顕に考慮したタンパク質-リガンド結合様式の高速予測の研究：深層学習によるアプローチ

    木村 啓太, 吉留 崇

    2022年度 生物物理学会 北海道支部－東北支部合同例会　2023年3月4日

  50. A deep-Learning Model for the Prediction of Protein Domains

    Renta Sato, Toru Ekimoto, Takashi Yoshidome

    The 67th Biophysical Society Annual Meeting　2023年2月18日

  51. A Deep-Learning Model for the Computation of Grid-Based Solvation Free Energy

    Yusaku Fukushima, Takashi Yoshidome

    The 67th Biophysical Society Annual Meeting　2023年2月18日

  52. 深層学習を用いたタンパク質ドメインの予測研究

    佐藤 連太, 浴本 亨, 吉留 崇

    第36回分子シミュレーション討論会　2022年12月7日

  53. 水和自由エネルギーを高速に計算する深層学習モデルの開発

    福島 悠朔, 吉留 崇

    第36回分子シミュレーション討論会　2022年12月7日

  54. 深層学習によるグリッドベースの水和自由エネルギー計算

    福島 悠朔, 吉留 崇

    第60回日本生物物理学会年会　2022年9月30日

  55. 深層学習を用いたタンパク質ドメインの予測研究

    佐藤 連太, 浴本 亨, 吉留 崇

    第60回日本生物物理学会年会　2022年9月30日

  56. gr Predictor：深層学習を活用したタンパク質水和分布の高速計算法

    河間 光祐, 福島 悠朔, 池口 満徳, 大田 雅照, 吉留 崇(発表者)

    第60回日本生物物理学会年会　2022年9月28日

  57. Physical Chemistry of Protein Hydration 招待有り

    Takashi Yoshidome

    2022年度日本化学会化学系学協会東北大会　2022年9月18日

  58. 溶媒エントロピーの観点から見た好熱菌F1-ATPaseのパッキング

    吉留 崇

    日本物理学会 第77回年次大会　2022年3月15日

  59. 深層学習によるGISTの高速生成法の研究

    福島 悠朔, 吉留 崇

    日本物理学会 第77回年次大会　2022年3月15日

  60. 深層学習を用いたタンパク質オーダーパラメータの時系列データの予測研究

    佐藤 連太, 吉留 崇

    日本物理学会 第77回年次大会　2022年3月15日

  61. タンパク質水和分布を予測する深層学習モデルの精度向上

    大橋暖, 吉留崇

    2021年度 生物物理学会 北海道支部－東北支部合同例会　2022年3月9日

  62. AlphaFold2で予測したタンパク質立体構造の側鎖の観点からの解析

    塩野大輝, 吉留崇

    2021年度 生物物理学会 北海道支部－東北支部合同例会　2022年3月9日

  63. Development of a Deep-Learning Model for Predicting the Hydration Structures around Proteins

    Kosuke Kawama, Yusaku Fukushima, Takashi Yoshidome, Mitsunori Ikeguchi, Masateru Ohta

    65th Biophysical Society Annual Meeting　2022年2月20日

  64. タンパク質水和の理論研究 招待有り

    吉留崇

    京都工芸繊維大学 松ヶ崎サイエンスフォーラム　2022年2月12日

  65. 深層学習に基づくタンパク質水和分布予測法の開発

    吉留崇

    東北大学 応用物理学セミナー　2021年12月10日

  66. A Fast Calculation Method for the Grid Inhomogeneous Solvation Theory via Deep Learning

    福島悠朔, 吉留崇

    第59回日本生物物理学会年会　2021年11月26日

  67. A hybrid approach of deep learning and solvation theory for predicting the hydration structures around proteins

    河間 光祐, 福島 悠朔, 吉留 崇, 池口 満徳, 大田 雅照

    第59回日本生物物理学会年会　2021年11月26日

  68. Application of a deep-learning model for the prediction of the time course of an order parameter of a protein

    佐藤 連太, 吉留 崇

    第59回日本生物物理学会年会　2021年11月25日

  69. 低温電子顕微鏡実験と分子シミュレーションの統合による4次元イメージング法の確立 招待有り

    吉留崇

    HPCI利用研究課題 第8回成果報告会　2021年10月29日

  70. 深層学習と溶液理論のハイブリッドアプローチによるタンパク質水和分布予測

    河間 光祐, 福島 悠朔, 吉留 崇, 池口 満徳, 大田 雅照

    日本物理学会2021年秋季大会　2021年9月20日

  71. 深層学習を活用したタンパク質水和分布計算法の開発

    河間 光祐, 福島 悠朔, 吉留 崇, 池口 満徳, 大田 雅照

    14th Mini-Symposium on Liquids (MSL2021)　2021年6月26日

  72. 深層学習の視点に基づいたタンパク質水和分布法の高度化

    福島 悠朔, 河間 光祐, 吉留 崇

    14th Mini-Symposium on Liquids (MSL2021)　2021年6月26日

  73. 溶液理論で得たタンパク質水和の包括的解析 招待有り

    吉留 崇

    構造活性フォーラム2021　2021年6月4日

  74. 3D-RISM理論を用いたリガンド結合サイトにおける水和の包括的解析

    吉留 崇, 池口 満徳, 大田 雅照

    日本物理学会 第76回年次大会　2021年3月14日

  75. 深層学習を用いたタンパク質水和分布の予測

    河間 光祐, 福島 悠朔, 吉留 崇, 池口 満徳, 大田 雅照

    生物物理学会 2020年度北海道支部－東北支部合同例会　2021年3月8日

  76. 深層学習の視点に基づいたタンパク質水和分布法の高度化

    福島 悠朔, 河間 光祐, 吉留 崇

    生物物理学会 2020年度北海道支部－東北支部合同例会　2021年3月8日

  77. 深層学習を用いたタンパク質構造変化の予測

    佐藤 連太, 吉留 崇

    生物物理学会 2020年度北海道支部－東北支部合同例会　2021年3月8日

  78. Comprehensive 3D-RISM Analysis of the Hydration of Small Molecule Binding Sites in Ligand-Free Protein Structures

    Takashi Yoshidome, Mitsunori Ikeguchi, Masateru Ohta

    The Biophysical Society 65st Annual Meeting　2021年2月23日

  79. ディープラーニングを用いたタンパク質水和分布予測法の研究 招待有り

    吉留崇

    新潟大学コロキウム　2021年1月28日

  80. ディープラーニングを用いたタンパク質水和分布予測法の研究

    河間 光祐, 吉留 崇, 池口 満徳, 大田 雅照

    第48回構造活性相関シンポジウム　2020年12月10日

  81. 溶媒エントロピーの観点から見たF1-ATPaseの回転とその阻害

    吉留 崇

    第１０回分子モーター討論会　2020年11月3日

  82. マニフォールドラーニングを用いた低温電子顕微鏡実験データ解析法の研究 招待有り

    吉留 崇

    クライオ電子顕微鏡画像からの高度情報処理研究会　2020年10月23日

  83. リガンド結合サイトにおける水和の包括的解析：3D-RISM理論アプローチ

    吉留 崇, 池口 満徳, 大田 雅照

    第58回日本生物物理学会年会　2020年9月16日

  84. 低温電子顕微鏡画像を記述する連続関数の計算法：マニフォールドラーニングによる研究

    小島 瞭太, 吉留 崇

    第58回日本生物物理学会年会　2020年9月16日

  85. ディープラーニングを用いたタンパク質水和分布予測法の研究

    河間 光祐, 吉留 崇, 池口 満徳, 大田 雅照

    第58回日本生物物理学会年会　2020年9月16日

  86. 低温電子顕微鏡画像を記述する連続関数の計算法：マニフォールドラーニングによる研究

    小島 瞭太, 吉留 崇

    日本物理学会2020年秋季大会　2020年9月11日

  87. 水の混み合い効果に基づく生体分子自己組織化現象の理論 招待有り

    吉留 崇

    日本物理学会2020年秋季大会 シンポジウム「粒子間近距離斥力の活用形」　2020年9月9日

  88. 溶液理論を用いたタンパク質-リガンド複合体における水和の大規模解析

    吉留 崇, 大田 雅照, 池口 満徳

    第47回構造活性相関シンポジウム　2019年12月12日

  89. 低温電子顕微鏡実験を想定したシミュレーション : マニフォールド解析

    小島 瞭太, 吉留 崇

    日本生物物理学会東北支部会　2019年11月8日

  90. タンパク質-リガンド複合体における水和の大規模データ解析：溶液理論によるアプローチ

    吉留 崇, 大田 雅照, 池口 満徳

    第19回日本蛋白質科学会年会　2019年6月22日

  91. 溶液理論と AI によるタンパク質リガンド結合予測法の開発に向けた研究

    吉留 崇, 大田 雅照, 池口 満徳

    「水和とATPエネルギー」研究会　2019年3月11日

  92. A SIMULATION STUDY FOR A CLASSIFICATION OF CRYO-ELECTRON MICROSCOPY DATA IN TERMS OF THE STRUCTURAL POLYMORPHISM OF A PROTEIN 国際会議

    Naoto Takano, Takashi Yoshidome

    Biophysical Society (BPS) 63rd Annual Meeting　2019年3月4日

  93. ノイズの強い二次元投影像の分類

    高野直人, 吉留崇

    日本生物物理学会東北支部会　2018年11月9日

  94. A simulation study for solvation effect on a classification of cryo-electron microscopy data in terms of the structural polymorphism of a protein 国際会議 招待有り

    吉留 崇

    The 12th Mini-Symposium on Liquids　2018年6月30日

  95. シルエットスコアとマニフォールドラーニングを用いたタンパク質状態数の決定:物理量を定量的に計算できるマルコフ状態モデルの構築への応用

    伊藤, 吉留崇

    第18回日本蛋白質科学会年会　2018年6月27日

  96. 単粒子解析実験データの構造多形に関する分類：マニフォールドラーニングアプローチ 招待有り

    吉留 崇

    新潟大学セミナー　2018年6月25日

  97. クライオ電子顕微鏡データ分類のシミュレーションによる研究: マニフォールドラーニングアプローチ

    高野 直人, 吉留 崇

    日本物理学会第73回年次大会　2018年3月19日

  98. 酸化銅微粒子成長プロセスの研究：X線自由電子レーザーとマニフォールドラーニングを用いたアプローチ

    吉留 崇, 関口 優希, 山本 隆寛, 苙口 友隆, 中迫 雅由

    日本物理学会第73回年次大会　2018年3月19日

  99. マニフォールドラーニングを用いたコヒーレントX線回折イメージング実験データ分類の研究 招待有り

    吉留崇, 関口優希, 山本隆寛, 苙口友隆, 中迫雅由, 池口満徳

    第７回計算統計物理学研究会　2017年9月25日

  100. マニフォールドによる分類を用いたマルコフ状態モデルの構築

    伊藤, 吉留崇

    第７回計算統計物理学研究会　2017年9月25日

  101. ローパスフィルターを加えた2次元投影像の分類：マニフォールドによるアプローチ

    高野直人, 苙口友隆, 中迫雅由, 吉留崇

    第７回計算統計物理学研究会　2017年9月25日

  102. タンパク質マルコフ状態モデル構築におけるマニフォールドラーニングの必要性

    伊藤, 吉留崇

    第17回日本蛋白質科学会年会　2017年6月21日

  103. マニフォールドラーニングを用いた二次元投影像の分類における試料氷包埋効果のシミュレーションによる研究

    高野直人, 苙口友隆, 中迫雅由, 吉留崇

    第17回日本蛋白質科学会年会　2017年6月21日

  104. タンパク質構造エントロピー計算法の研究 招待有り

    ソフトマターを中心とした材料科学の基礎と応用　2017年3月21日

  105. マニフォールドラーニングを用いた銅キューブコヒーレントX線イメージング実験データの分類

    吉留崇, 関口優希, 山本隆寛, 苙口友隆, 中迫雅由, 池口満徳

    日本物理学会第72回年次大会　2017年3月19日

  106. ディフュージョンマップ法を用いたタンパク質2次元回折パターンの構造多形の観点からの分類

    吉留崇, 関口優希, 苙口友隆, 中迫雅由, 池口満徳

    日本物理学会第71回年次大会　2016年3月19日

  107. manifold理論を使ったタンパク質分子動力学シミュレーションデータの分類：マルコフ状態モデルの構築に向けて

    伊藤, 吉留崇

    日本物理学会第71回年次大会　2016年3月19日

  108. An accurate and efficient, computational method for the hydration free energy of large and complex molecules 国際会議

    Takashi Yoshidome, Toru Ekimoto, Nobuyuki Matubayasi, Yuichi Harano, Masahiro Kinoshita, Mitsunori Ikeguchi

    Biophysical Society 60th Annual Meeting　2016年2月27日

  109. コヒーレントX線回折イメージングデータ分類の研究

    鳩山サイエンスフォーラム in 北千住　2015年12月19日

  110. ディフュージョンマップ法を用いたコヒーレントX線イメージングデータの構造多形の観点からの分類

    吉留崇, 苙口友隆, 中迫雅由, 池口満徳

    日本生物物理学会2015年度東北支部例会　2015年12月18日

  111. ディフュージョンマップ法を用いた位相回復像の分類

    吉留崇, 苙口友隆, 中迫雅由, 池口満徳

    日本物理学会2015年秋季大会　2015年9月16日

  112. 内部座標系による構造エントロピー変化の計算と解析

    肥喜里志門, 吉留崇, 池口満徳

    第53回日本生物物理学会年会　2015年9月13日

  113. An accurate and efficient method to compute the hydration energy for large and complex molecules

    吉留崇, 浴本亨, 松林伸幸, 原野雄一, 木下正弘, 池口満徳

    第53回日本生物物理学会年会　2015年9月13日

  114. Classification of phase-retrieved projection electron density maps of a protein using the diffusion-map method

    吉留崇, 苙口友隆, 中迫雅由, 池口満徳

    第53回日本生物物理学会年会　2015年9月13日

  115. 分子シミュレーションを用いた構造エントロピー計算法の比較

    肥喜里志門, 吉留崇, 池口満徳

    九大物性理論研究室・統計物理学研究室合同セミナー　2015年6月27日

  116. 内部座標系を用いた構造エントロピー計算

    肥喜里志門, 吉留崇, 池口満徳

    第15回蛋白質科学会年会　2015年6月24日

  117. 分子動力学シミュレーションによるエントロピー計算法

    肥喜里志門, 吉留崇, 池口満徳

    第18回理論化学討論会　2015年5月21日

  118. Diffusion map によるXFEL-CXDI位相回復像の分類

    吉留崇, 苙口友隆, 中迫雅由, 池口満徳

    SACLAにおける低温Ｘ線回折イメージング実験の展開と標準化」グループ会合　2015年3月20日

  119. マニフォールドを用いたデータ解析法

    吉留崇, 苙口友隆, 中迫雅由, 池口満徳

    第28回 分子シミュレーション討論会　2014年11月12日

  120. Calculation methods for configurational entropy from molecular dynamics simulations

    肥喜里志門, 吉留崇, 池口満徳

    第52回日本生物物理学会年会　2014年9月25日

  121. マニフォールドの概念に基づく新規画像分類法を用いた投影イメージの解析

    吉留崇, 苙口友隆, 中迫雅由, 池口満徳

    第52回日本生物物理学会年会　2014年9月25日

  122. エネルギー表示法と形態熱力学アプローチの統合による新規水和自由エネルギー計算法

    吉留崇, 浴本亨, 松林伸幸, Roland Roth, 原野雄一, 木下正弘, 池口満徳

    日本物理学会第69回秋季大会　2014年9月7日

  123. マニフォールドに基づく新規画像分類法を用いた画像解析

    吉留崇, 苙口友隆, 中迫雅由, 池口満徳

    日本物理学会第69回秋季大会　2014年9月7日

  124. コヒーレントX線イメージング実験データの新規分類法

    吉留崇, 苙口友隆, 中迫雅由, 池口満徳

    第14回日本蛋白質科学会年会　2014年6月25日

  125. 分子動力学シミュレーションによる構造エントロピー計算法の検討

    肥喜里志門, 吉留崇, 池口満徳

    第14回日本蛋白質科学会年会　2014年6月25日

  126. コヒーレントX線イメージングによる粒子のダイナミックスの解析に向けた投影イメージの新規分類プロトコルの提案

    吉留崇, 苙口友隆, 中迫雅由, 池口満徳

    日本物理学会第69回年次大会　2014年3月27日

  127. マニフォールドによる像解析の現状

    吉留崇

    コヒーレントＸ線回折イメージングにおけるデータ収集と構造解析　2014年3月19日

  128. Classification protocol of projection images by manifold: Toward analysis of dynamics of particles with coherent x-ray diffraction imaging 国際会議

    Takashi Yoshidome, Tomotaka Oroguchi, Masayoshi Nakasako, Mitsunori Ikeguchi

    Biophysical Society 58th Annual Meeting　2014年2月15日

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共同研究・競争的資金等の研究課題 14

  1. 量子スピンセンサを利用した海中における革新的磁気センシング技術の開発

    大兼 幹彦

    2025年1月 ～ 2029年3月

  2. 次世代放射光X線ナノCT計測の確立と展開

    高山 裕貴

    2022年10月 ～ 2028年3月

  3. 「深層学習に基づく水和理論」を用いたタンパク質シミュレーションの高速化

    吉留崇

    2025年4月 ～ 2027年3月

  4. 「高速・高精度な水和理論」を用いたリガンド結合予測の精度向上

    吉留 崇

    2024年4月 ～ 2027年3月

  5. タンパク質水和の「深層学習モデル」の展開：水和熱力学量の高速計算

    吉留 崇

    2023年4月 ～ 2025年3月

  6. 生体分子ダイナミクスの高解像度解析を実現する「4次元イメージング法」の確立

    吉留 崇

    2022年10月 ～ 2024年3月

  7. 「水和」創薬理論の創生

    吉留 崇

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

    研究機関：Tohoku University

    2021年4月 ～ 2024年3月

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    既存のリガンド結合予測法では無視されていた「水和」を顕に考慮することで、リガンド結合予測精度を向上させることを目指し、以下の研究を行った。（１）本研究課題の武器である「水和分布を予測する深層学習モデル」について、論文をほぼ完成させた。また、これに伴い、深層学習モデルをGitHubで公開することにし、その準備を整えた。（２）「水和分布を予測する深層学習モデル」の精度が悪い箇所を特定し、その箇所の精度を改善するように学習データを増やすことにより、深層学習モデルの精度を向上させることに成功した。（３）「水和分布を予測する深層学習モデル」を発展させ、水和熱力学量を高速で計算する深層学習モデルの研究に取り組んだ。水和自由エネルギーに関し、R2スコアが0.8程度の精度予測することに成功した。（４）単純流体モデルを用いて、分子性流体用積分方程式理論で得られる水和エントロピーを定量的に再現することに成功した（論文投稿中）。（５）単純流体の積分方程式理論と3D-RISM理論を用いて、 エネルギー表示法で得られた水和自由エネルギーの値（T. Yoshidome, T. Ekimoto, N. Matubayasi, Y. Harano, M. Kinoshita, and M. Ikeguchi, J. Chem. Phys., 142, 175101 (2015).）を定量的に再現する手法を開発した。（６）深層学習を用いてタンパク質立体構造を予測するAlphaFoldに関し、側鎖の精度を議論した。約500残基のタンパク質に対し、約20%の側鎖の2面角が大きくずれていることが分かった。

  8. アミノ酸置換に基づく生体発動分子の運動制御理論の構築

    吉留 崇

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

    研究機関：Tohoku University

    2021年4月 ～ 2023年3月

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    溶液理論に基づいてアミノ酸置換に基づく生体発動分子の運動制御理論を構築する事を目指し、以下の研究を行った。（１）最近出版されたBacillus PS3 F1-ATPaseのクライオ電子顕微鏡構造（M. Sobti, H. Ueno, H. Noji, and A.G. Stewart, Nat. Commun., 12, 4690 (2021).）を溶媒のエントロピーの観点から解析し、これまでに提案したF1-ATPaseの回転のメカニズム（T. Yoshidome, Y. Ito, M. Ikeguchi, and M. Kinoshita, J. Am. Chem. Soc. 133, 4030 (2011).）とコンシステントな結果を得た。すなわち、提案したメカニズムの妥当性を示すことに成功した。（２）（１）の研究を行うに当たり、単純流体を用いて、分子性流体用積分方程式理論で得られた水和エントロピーを定量的に再現する手法を開発した（論文投稿中）、（３）実験研究者の依頼により、Bacillus PS3 F1-ATPaseの野生型とbetaサブユニットのヒンジ領域に変異を加えたもので分子動力学シミュレーションを実行し、betaサブユニットの開閉運動の変化を解析した、（４）本新学術領域の複数の研究者から提案頂いた、F1-ATPaseの結晶構造の包括的解析について、その準備を整えた、（５）粗視化分子動力学シミュレーションで得られたQ値の時間発展を予測する深層学習モデルを開発した、（６）ランジュバン方程式に基づいてF1-ATPaseの運動を解析するプログラムを実装し、分子動力学法とこのプログラムをハイブリッドする準備を行った。

  9. 革新的4次元イメージング法：生体分子構造変化の高解像度解析への挑戦

    吉留崇

    2020年7月 ～ 2021年3月

  10. 溶液理論計算と人工知能の融合によるタンパク質リガンド結合予測法の開発 競争的資金

    池口 満徳

    2018年6月 ～ 2021年3月

  11. 低温電子顕微鏡を用いた革新的4次元イメージング法の確立 競争的資金

    吉留 崇

    2018年11月 ～ 2020年3月

  12. F1-ATPase の回転機構に関わる基本相互作用の解明：非平衡統計力学の応用 競争的資金

    佐々木 一夫

    2017年4月 ～ 2020年3月

  13. マニフォールド理論と単粒子解析実験データを用いた革新的4次元イメージング法の構築 競争的資金

    吉留 崇

    2016年4月 ～ 2018年3月

  14. イオン液体の統計力学

    吉森 明, 小田 垣孝, 墨 智成, 吉留 崇

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

    研究機関：Kyushu University

    2006年 ～ 2008年

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    イオン液体における融点の問題を密度汎関数法を使って研究した。ただし、ここでいう密度汎関数理論は古典液体の理論で、電子状態理論とは違う。まず、点電荷を持った剛体球系の融点を計算し、現実のイオン液体の低融点を説明した。次に、より複雑な系の融点を計算する理論を開発し、極小が2つあるポテンシャルの系で、広い範囲の相図を計算した。また、ガラス転移における配置エントロピーと比熱の関係を明らかにした。

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担当経験のある科目(授業) 10

  1. 統計物理学　東北大学

  2. 統計力学B　東北大学

  3. 統計力学A　東北大学

  4. 応用物理学研修　東北大学

  5. 統計力学演習　東北大学

  6. 基礎物理学　東北文化学園大学

  7. プログラミング演習A　東北大学

  8. 物理学特論III　新潟大学

  9. 学外見学　東北大学

  10. 基礎ゼミ　東北大学

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その他 2

  1. 九州大学理学部の高校生向けパンフレットに「先輩たちからのメッセージ」を寄稿

  2. 九州大学理学部のパンフレットに研究内容の紹介を寄稿