研究者詳細

顔写真

ナガタ　ユウジ
永田　裕二
Yuji Nagata
所属
大学院生命科学研究科　分子化学生物学専攻　分子ネットワーク講座（微生物遺伝進化分野）
職名
教授
学位

  • 博士（農学） （東京大学）

所属学協会 6

  • 日本ゲノム微生物学会

  • 環境バイオテクノロジー学会

  • 日本微生物生態学会

  • American Society for Microbiology

  • 日本生物工学会

  • 日本農芸化学会

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研究キーワード 4

  • ゲノム

  • タンパク質工学

  • 微生物分解

  • 環境汚染物質

研究分野 1

  • ライフサイエンス / 応用生物化学 /

受賞 4

  1. Siemens Innovation Prize 2014 in Czech Republic

    2015年2月　Siemens　Biotechnologies using dehalogenases

  2. 東北大学大学院生命科学研究科内研究奨励賞

    2004年10月　東北大学大学院生命科学研究科　環境汚染物質分解に関わる脱ハロゲン酵素遺伝子の自然生態系からの直接的取得と解析

  3. インテリジェント・コスモス奨励賞

    2003年5月15日　インテリジェント・コスモス学術振興財団　細菌由来の有機塩素系環境汚染物質分解酵素の蛋白質工学的及び分子生態学的研究

  4. 農芸化学奨励賞

    2000年4月　日本農芸化学会　環境を汚染する有機塩素系農薬gamma-HCHの微生物代謝系の解明

論文 162

  1. Haloalkane dehalogenases other than LinB can contribute to the γ-hexachlorocyclohexane utilization. 国際誌

    Nannan Chen, Kouhei Kishida, Leonardo Stari, Ryota Moriuchi, Yoshiyuki Ohtsubo, Jiri Damborsky, Yuji Nagata

    Bioscience, biotechnology, and biochemistry　89　(6)　898-909　2025年5月21日

    DOI： 10.1093/bbb/zbaf022 　

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    Haloalkane dehalogenases (HLDs) convert halogenated compounds to corresponding alcohols by a simple hydrolytic mechanism. Although many bacterial strains possess HLDs or HLD homologues, LinB is the only HLD known to be involved in the utilization of γ-hexachlorocyclohexane (γ-HCH), a man-made chlorinated pesticide. In this study, to gain insight into the functional evolution of HLDs toward γ-HCH utilization, the linB gene in γ-HCH-degrading Sphingobium japonicum strain UT26 was replaced by 7 other HLD or HLD homologous genes, including 3 putative ancestral enzymes. Interestingly, strains carrying genes for DmmA from a marine metagenome or Rluc_anc, an ancestor of Renilla-luciferin 2-monooxygenase and LinB, produced 2,5-dichlorophenol and 2,5-dichlorohydroquinone from γ-HCH, which are indicators of LinB activity, and grew in minimal medium supplied with γ-HCH as a sole carbon source. These results indicated that other HLDs, in addition to LinB, can play roles in the γ-HCH utilization.

  2. Type I partition-related proteins enhance conjugative transfer through transcriptional activation andoriTregion binding

    Kouhei Kishida, Koji Kudo, Ren Kumagai, Wenhao Deng, Leonardo Stari, Natsumi Ogawa-Kishida, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Masataka Tsuda

    2025年1月22日

    出版者・発行元： Cold Spring Harbor Laboratory

    DOI： 10.1101/2025.01.22.634284 　

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    ABSTRACT Plasmid partitioning and bacterial conjugation are critical processes ensuring plasmid maintenance and dissemination, respectively, within bacterial populations. Although traditionally regarded as distinct phenomena, these two processes are increasingly recognized as interconnected. While partitioning ensures plasmid inheritance during cell division, its potential influence on conjugative transfer remains poorly understood. A major impediment to understanding their interplay is that partition systems are often essential for plasmid stability, making it difficult to distinguish their direct effects on conjugation. In this study, we addressed this challenge using a mini-conjugative plasmid derived from thePseudomonas putidaNAH7 plasmid. This engineered plasmid, containing all conjugation-related genes, was cloned into anE. coli-compatible vector. Additionally, thepargenes from NAH7 were expressed from a separate plasmid to investigate their roles in conjugative transfer. Our results revealed that thepargene cluster plays a significant role in enhancing the conjugative transfer of the mini-conjugative plasmid. Specifically, ParB, a centromere-binding protein, functions as a transcriptional activator of conjugation-related genes with bindingparSNAHsite. In contrast, ParR, a KorA homolog, was not found to enhance transcription directly but binds extensively to theoriTregion. This binding probably facilitates the recruitment or stabilization of the relaxosome, thereby enhancing conjugation efficiency. Together, these findings unveil a previously unappreciated role for partition proteins in stimulating bacterial conjugation, providing new insights into how plasmids coordinate vertical and horizontal dissemination, highlighting that these processes can occur simultaneously within bacterial communities. IMPORTANCE Plasmid partition systems are classified into three types. While some systems have been reported to influence conjugative transfer, this study uncovers a novel mechanism utilized by a Type I system to enhance DNA transfer. Strikingly, repeat sequences perfectly matching theparSNAHsite—bound by ParB to activate downstream conjugative transfer genes—were identified on both plasmids and chromosomes across diverse proteobacterial taxa. Furthermore, many of these repeat sequences were localized near genes involved in conjugative transfer and partitioning, suggesting the presence of a conserved regulatory mechanism mediated by these repeats. This study provides important insights into how plasmid partition systems coordinate both vertical and horizontal dissemination. Such knowledge is essential for understanding and mitigating the spread of antibiotic resistance and other plasmid-encoded traits, and it offers a foundation for developing strategies to manage plasmid-associated genetic exchange.

  3. Evolution of the Tn4371 ICE family: traR-mediated coordination of cargo gene upregulation and horizontal transfer. 国際誌

    Satoshi Matsumoto, Kouhei Kishida, Shouta Nonoyama, Keiichiro Sakai, Masataka Tsuda, Yuji Nagata, Yoshiyuki Ohtsubo

    Microbiology spectrum　e0060724　2024年9月12日

    DOI： 10.1128/spectrum.00607-24 　

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    ICEKKS102Tn4677 carries a bph operon for the mineralization of polychlorinated biphenyls (PCBs)/biphenyl and belongs to the Tn4371 ICE (integrative and conjugative element) family. In this study, we investigated the role of the traR gene in ICE transfer. The traR gene encodes a LysR-type transcriptional regulator, which is conserved in sequence, positioning, and directional orientation among Tn4371 family ICEs. The traR belongs to the bph operon, and its overexpression on solid medium resulted in modest upregulation of traG (threefold), marked upregulation of xis (80-fold), enhanced ICE excision and, most notably, ICE transfer frequency. We propose the evolutional roles of traR, which upon insertion to its current position, might have connected the cargo gene activation and ICE transfer. This property of ICE, i.e., undergoing transfer under environmental conditions that lead to cargo gene activation, would instantly confer fitness advantages to bacteria newly acquiring this ICE, thereby resulting in efficient dissemination of the Tn4371 family ICEs.IMPORTANCEOnly ICEKKS102Tn4677 is proven to transfer among the widely disseminating Tn4371 family integrative and conjugative elements (ICEs) from β and γ-proteobacteria. We showed that the traR gene in ICEKKS102Tn4677, which is conserved in the ICE family with fixed location and direction, is co-transcribed with the cargo gene and activates ICE transfer. We propose that capturing of traR by an ancestral ICE to the current position established the Tn4371 family of ICEs. Our findings provide insights into the evolutionary processes that led to the widespread distribution of the Tn4371 family of ICEs across bacterial species.

  4. Transgenic Arabidopsis thaliana plants expressing bacterial γ-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase LinA

    Wenhao Deng, Yoshinobu Takada, Yoshihiko Nanasato, Kouhei Kishida, Leonardo Stari, Yoshiyuki Ohtsubo, Yutaka Tabei, Masao Watanabe, Yuji Nagata

    BMC Biotechnology　24　(1)　2024年6月19日

    出版者・発行元： Springer Science and Business Media LLC

    DOI： 10.1186/s12896-024-00867-0 　

    eISSN：1472-6750

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    Abstract Background γ-Hexachlorocyclohexane (γ-HCH), an organochlorine insecticide of anthropogenic origin, is a persistent organic pollutant (POP) that causes environmental pollution concerns worldwide. Although many γ-HCH-degrading bacterial strains are available, inoculating them directly into γ-HCH-contaminated soil is ineffective because of the low survival rate of the exogenous bacteria. Another strategy for the bioremediation of γ-HCH involves the use of transgenic plants expressing bacterial enzyme for γ-HCH degradation through phytoremediation. Results We generated transgenic Arabidopsis thaliana expressing γ-HCH dehydrochlroninase LinA from bacterium Sphingobium japonicum strain UT26. Among the transgenic Arabidopsis T2 lines, we obtained one line (A5) that expressed and accumulated LinA well. The A5-derived T3 plants showed higher tolerance to γ-HCH than the non-transformant control plants, indicating that γ-HCH is toxic for Arabidopsis thaliana and that this effect is relieved by LinA expression. The crude extract of the A5 plants showed γ-HCH degradation activity, and metabolites of γ-HCH produced by the LinA reaction were detected in the assay solution, indicating that the A5 plants accumulated the active LinA protein. In some A5 lines, the whole plant absorbed and degraded more than 99% of γ-HCH (10 ppm) in the liquid medium within 36 h. Conclusion The transgenic Arabidopsis expressing active LinA absorbed and degraded γ-HCH in the liquid medium, indicating the high potential of LinA-expressing transgenic plants for the phytoremediation of environmental γ-HCH. This study marks a crucial step toward the practical use of transgenic plants for the phytoremediation of POPs.

  5. Increase of secondary metabolites in sweet basil (Ocimum basilicum L.) leaves by exposure to N2O5 with plasma technology

    Rie Tateishi, Natsumi Ogawa-Kishida, Nobuharu Fujii, Yuji Nagata, Yoshiyuki Ohtsubo, Shota Sasaki, Keisuke Takashima, Toshiro Kaneko, Atsushi Higashitani

    Scientific Reports　14　(1)　2024年6月4日

    出版者・発行元： Springer Science and Business Media LLC

    DOI： 10.1038/s41598-024-63508-8 　

    eISSN：2045-2322

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    Abstract Exposure to N2O5 generated by plasma technology activates immunity in Arabidopsis through tryptophan metabolites. However, little is known about the effects of N2O5 exposure on other plant species. Sweet basil synthesizes many valuable secondary metabolites in its leaves. Therefore, metabolomic analyses were performed at three different exposure levels [9.7 (Ex1), 19.4 (Ex2) and 29.1 (Ex3) μmol] to assess the effects of N2O5 on basil leaves. As a result, cinnamaldehyde and phenolic acids increased with increasing doses. Certain flavonoids, columbianetin, and caryophyllene oxide increased with lower Ex1 exposure, cineole and methyl eugenol increased with moderate Ex2 exposure and l-glutathione GSH also increased with higher Ex3 exposure. Furthermore, gene expression analysis by quantitative RT-PCR showed that certain genes involved in the syntheses of secondary metabolites and jasmonic acid were significantly up-regulated early after N2O5 exposure. These results suggest that N2O5 exposure increases several valuable secondary metabolites in sweet basil leaves via plant defense responses in a controllable system.

  6. Clamping-mediated incorporation of single-stranded DNA with concomitant DNA synthesis by Taq polymerase involves nick-translation. 国際誌 査読有り

    Yoshiyuki Ohtsubo, Syoutaro Kawahara, Yuji Nagata

    Scientific reports　14　(1)　2030-2030　2024年1月23日

    DOI： 10.1038/s41598-024-52095-3 　

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    The development and characterization of a new enzyme reaction contribute to advancements in modern biotechnology. Here, we report a novel CIS (clamping-mediated incorporation of single-stranded DNA with concomitant DNA synthesis) reaction catalyzed by Taq polymerase. In the reaction, a single-stranded DNA (ssDNA) with 3' Cs is attached with a preformed 3' G-tail of double-stranded DNA (dsDNA); DNA syntheses starting from both 3' ends result in the incorporation of ssDNA. A 3' G-tail length of 3 nucleotides adequately supports this reaction, indicating that Taq polymerase can clump short Watson-Crick base pairs as short as three pairs and use them to initiate DNA polymerization. The reverse transcriptase from Molony murine leukemia virus catalyzes strand displacement synthesis and produces flapped-end DNA, whereas the reaction by Taq polymerase involves the nick translation. These new reaction properties may be beneficial for the development of new molecular tools applicable in various fields. Apart from its CIS reaction activity, we also report that Taq polymerase has the undesirable characteristic of removing 5' fluorescent labels from dsDNA. This characteristic may have compromised various experiments involving the preparation of fluorescently-labeled dsDNA by PCR for a long time.

  7. Three distinct metabolic phases of PCB/biphenyl degrader Acidovorax sp. KKS102 in nutrient broth. 国際誌 査読有り

    Keiichiro Sakai, Kouhei Kishida, Satoshi Matsumoto, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, Yoshiyuki Ohtsubo

    Bioscience, biotechnology, and biochemistry　2024年1月8日

    DOI： 10.1093/bbb/zbad178 　

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    Acidovorax sp. KKS102 is a beta-proteobacterium capable of degrading polychlorinated biphenyls (PCBs). In this study we examined its growth in liquid nutrient broth supplemented with different carbon sources. KKS102 had at least three distinct metabolic phases designated as metabolic phases 1 to 3, with phase 2 having two sub-phases. For example, succinate, fumarate, and glutamate, known to repress the PCB/biphenyl catabolic operon in KKS102, were utilized in phase 1, while acetate, arabinose, and glycerol in phase 2, and glucose and mannose in phase 3. We also showed that the BphQ response regulator mediating catabolite control in KKS102, whose expression level increased moderately through the growth, plays important roles in carbon metabolism in phases 2 and 3. Our study elucidates the hierarchical growth of KKS102 in nutrient-rich media. This insight is crucial for studies exploiting microbial biodegradation capabilities and advancing studies for catabolite regulation mechanisms.

  8. Degradation of DDT by γ-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase LinA. 国際誌 査読有り

    Kafayat Olaide Yusuf Habibullah, Ren Ito, Leonardo Stari, Kouhei Kishida, Yoshiyuki Ohtsubo, Eiji Masai, Masao Fukuda, Keisuke Miyauchi, Yuji Nagata

    Bioscience, biotechnology, and biochemistry　88　(1)　123-130　2023年12月19日

    DOI： 10.1093/bbb/zbad141 　

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    1,1,1-Trichloro-2,2-bis(4-chlorophenyl)-ethane (DDT) is the first synthetic insecticide and one of the most widely used pesticides. The use of DDT has been banned, but it remains one of the most notorious environmental pollutants around the world. In this study, we found that γ-hexachlorocyclohexane (γ-HCH) dehydrochlorinase LinA from a γ-HCH-degrading bacterium, Sphingobium japonicum UT26, converts DDT to 1,1-dichloro-2,2-bis(4-chlorophenyl)-ethylene (DDE). Because of the weak DDT degradation activity of LinA, we could not detect such activity in UT26 cells expressing LinA constitutively. However, the linA-deletion mutant of UT26 harboring a plasmid for the expression of LinA, in which LinA was expressed at a higher level than UT26, showed the DDT degradation activity. This outcome highlights the potential for constructing DDT-degrading sphingomonad cells through elevated LinA expression.

  9. Draft genome sequence of Cupriavidus sp. strain TKC, isolated from a γ-hexachlorocyclohexane-degrading community. 国際誌 査読有り

    Hiromi Kato, Yoshiyuki Ohtsubo, Shoko Hirano, Sachiko Masuda, Arisa Shibata, Ken Shirasu, Yuji Nagata

    Microbiology resource announcements　12　(12)　e0056723　2023年12月14日

    DOI： 10.1128/MRA.00567-23 　

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    Cupriavidus sp. strain TKC was isolated from a microbial community enriched with γ-hexachlorocyclohexane (γ-HCH). This strain did not show γ-HCH-degrading activity but was one of the major members of the community. Here, we present the draft genome sequence of the strain TKC with a size of 7 Mb.

  10. たったひとつの遺伝子の発現でかすみを食べる細菌に 招待有り 査読有り

    永田裕二

    生物工学会誌　101　(10)　554-554　2023年10月

    DOI： 10.34565/seibutsukogaku.101.10_554 　

  11. 土壌微生物による化学合成農薬分解のフロンティア 招待有り 査読有り

    永田裕二, 加藤広海, 大坪嘉行

    農薬学会誌　48　(2)　125-131　2023年8月

    DOI： 10.1584/jpestics.W23-22 　

  12. Host range of strand-biased circularizing integrative elements: a new class of mobile DNA elements nesting in Gammaproteobacteria 査読有り

    Desmila Idola, Hiroshi Mori, Yuji Nagata, Lisa Nonaka, Hirokazu Yano

    Mobile DNA　14　(7)　2023年5月

    DOI： 10.1186/s13100-023-00295-5 　

  13. Reconstruction of a Soil Microbial Network Induced by Stress Temperature 査読有り

    Dailin Yang, Hiromi Kato, Kazutaka Kawatsu, Yutaka Osada, Toyohiro Azuma, Yuji Nagata, Michio Kondoh

    Microbiology Spectrum　10　(5)　2022年10月26日

    出版者・発行元： American Society for Microbiology

    DOI： 10.1128/spectrum.02748-22 　

    eISSN：2165-0497

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    By combining amplicon-based diversity survey with recently developed nonlinear analytical tools, we successfully determined the interaction networks of more than 150 natural soil microbial genera under less or more temperature stress and explored the applicability of the stress gradient hypothesis to soil microbiota, shedding new light on the well-known hypothesis.

  14. 従属栄養細菌の極貧栄養環境での CO 2 依存的な増殖現象 招待有り 査読有り

    永田裕二, 加藤広海, 大坪嘉行

    環境バイオテクノロジー学会誌　22　(1)　9-13　2022年6月

    DOI： 10.50963/jenvbio.22.1_9 　

  15. Algorisms used for in silico finishing of bacterial genomes based on short-read assemblage implemented in GenoFinisher, AceFileViewer, and ShortReadManager 国際誌 招待有り 査読有り

    Yoshiyuki Ohtsubo, Yuu Hirose, Yuji Nagata

    Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry　86　(6)　693-703　2022年4月14日

    出版者・発行元： Oxford University Press (OUP)

    DOI： 10.1093/bbb/zbac032 　

    eISSN：1347-6947

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    ABSTRACT In these days, for bacterial genome sequence determination, ultralong reads with homopolymeric troubles are used in combinations with short reads, resulting in genomic sequences with possible incorrect uniformity of repeat sequences. We have been determining complete bacterial genomic sequences based on NGS short reads and Newbler assemblage by utilizing functions implemented in 3 software GenoFinisher, AceFileViewer, and ShortReadManager without conducting additional experiments for gap closing, proving the concept that NGS short reads enclose enough information to determine complete genome sequences. Although some manual in silico tasks are to be conducted, they will ultimately be solved in a single pipeline. In this review, we describe the tools and implemented ideas that have enabled complete sequence determination solely based on short reads, which would be useful for establishing the basis for the future development of a short-read-based assembler that enables complete and accurate genome sequence determination at a lower cost.

  16. Genome evolution related to γ-hexachlorocyclohexane metabolic function in the soil microbial population 国際誌 査読有り

    Hiromi Kato, Lijun Su, Ayami Tanaka, Honami Katsu, Yoshiyuki Ohtsubo, Shigeto Otsuka, Keishi Senoo, Yuji Nagata

    Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry　2022年3月17日

    出版者・発行元： Oxford University Press (OUP)

    DOI： 10.1093/bbb/zbac042 　

    eISSN：1347-6947

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    ABSTRACT γ-Hexachlorocyclohexane (γ-HCH)-degrading strain, Sphingobium sp. TA15, was newly isolated from an experimental field soil from which the archetypal γ-HCH-degrading strain, S. japonicum UT26, was isolated previously. Comparison of the complete genome sequences of these 2 strains revealed that TA15 shares the same basic genome backbone with UT26, but also has the variable regions that are presumed to have changed either from UT26 or from a putative common ancestor. Organization and localization of lin genes of TA15 were different from those of UT26. It was inferred that transposition of IS6100 had played a crucial role in these genome rearrangements. The accumulation of toxic dead-end products in TA15 was lower than in UT26, suggesting that TA15 utilizes γ-HCH more effectively than UT26. These results suggested that genome evolution related to the γ-HCH metabolic function in the soil microbial population is ongoing.

  17. Microbial communities developing within bulk sediments under fish carcasses on a tidal flat 査読有り

    Yasutake Kawamoto, Hiromi Kato, Yuji Nagata, Jotaro Urabe

    PLOS ONE　16　(2)　e0247220-e0247220　2021年2月25日

    出版者・発行元： Public Library of Science (PLoS)

    DOI： 10.1371/journal.pone.0247220 　

    eISSN：1932-6203

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    Animal carcasses are often brought into tidal flats where they are at the boundary between terrestrial and marine ecosystems. Since these carcasses act as microhabitats with large amounts of energy and nutrients, they likely develop unique bacterial assemblages in the ambient sediment, which in turn may stimulate colonization of other organisms such as protozoans. However, little is known about the microbial assemblages colonized in sediment around animal carcasses in the tidal zone. Herein we examined the bacterial and ciliophoran assemblages developed in association with fish carcasses by incubating the carcasses in the Higashiyachi tidal flat (Sendai, Japan). We collected sediment samples at 2, 9, and 42 days of incubation and analyzed the bacterial and ciliophoran assemblages by 16S and 18S rRNA gene amplicon sequencing. We observed significant differences in the composition and relative abundance of bacterial and ciliophoran operational taxonomic units (OTUs) between the sediments with and without the carcasses. Our analyses suggest that these unique assemblages were created through the direct effects of the carcass and indirect effects through interactions between bacteria and ciliophorans. These results also suggest that animal carcasses developed a temporally unique microbial food web in the sediments close to the carcasses, although it disappeared for several weeks.

  18. A transcriptional regulator, IscR, of Burkholderia multivorans acts as both repressor and activator for transcription of iron-sulfur cluster-biosynthetic isc operon. 国際誌 査読有り

    Shouta Nonoyama, Kouhei Kishida, Keiichiro Sakai, Yuji Nagata, Yoshiyuki Ohtsubo, Masataka Tsuda

    Research in microbiology　171　(8)　319-330　2020年12月

    DOI： 10.1016/j.resmic.2020.06.005 　

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    Bacterial iron-sulfur (Fe-S) clusters are essential cofactors for many metabolic pathways, and Fe-S cluster-containing proteins (Fe-S proteins) regulate the expression of various important genes. However, biosynthesis of such clusters has remained unknown in genus Burkholderia. Here, we clarified that Burkholderia multivorans ATCC 17616 relies on the ISC system for the biosynthesis of Fe-S clusters, and that the biosynthetic genes are organized as an isc operon, whose first gene encodes IscR, a transcriptional regulatory Fe-S protein. Transcription of the isc operon was repressed and activated under iron-rich and -limiting conditions, respectively, and Fur, an iron-responsive global transcriptional regulator, was indicated to indirectly regulate the expression of isc operon. Further analysis using a ΔiscR mutant in combination with a constitutive expression system of IscR and its derivatives indicated transcriptional repression and activation of isc operon by holo- and apo-forms of IscR, respectively, through their binding to the sequences within an isc promoter-containing (Pisc) fragment. Biochemical analysis using the Pisc fragment suggested that the apo-IscR binding sequence differs from the holo-IscR binding sequence. The results obtained in this study revealed a unique regulatory system for the expression of the ATCC 17616 isc operon that has not been observed in other genera.

  19. Transcriptome Analysis of Zygotic Induction During Conjugative Transfer of Plasmid RP4 査読有り

    Masatoshi Miyakoshi, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Masataka Tsuda

    Frontiers in Microbiology　11　2020年6月18日

    出版者・発行元： Frontiers Media SA

    DOI： 10.3389/fmicb.2020.01125 　

    eISSN：1664-302X

  20. Expression of an alcohol dehydrogenase gene in a heterotrophic bacterium induces carbon dioxide-dependent high-yield growth under oligotrophic conditions. 国際誌 査読有り

    Shinnosuke Inaba, Hironori Sakai, Hiromi Kato, Takayuki Horiuchi, Hirokazu Yano, Yoshiyuki Ohtsubo, Masataka Tsuda, Yuji Nagata

    Microbiology (Reading, England)　166　(6)　531-545　2020年4月20日

    DOI： 10.1099/mic.0.000908 　

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    Sphingobium japonicum strain UT26, whose γ-hexachlorocyclohexane-degrading ability has been studied in detail, is a typical aerobic and heterotrophic bacterium that needs organic carbon sources for its growth, and cannot grow on a minimal salt agar medium prepared without adding any organic carbon sources. Here, we isolated a mutant of UT26 with the ability to grow to visible state on such an oligotrophic medium from a transposon-induced mutant library. This high-yield growth under oligotrophic conditions (HYGO) phenotype was CO2-dependent and accompanied with CO2 incorporation. In the HYGO mutant, a transposon was inserted just upstream of the putative Zn-dependent alcohol dehydrogenase (ADH) gene (adhX) so that the adhX gene was constitutively expressed, probably by the transposon-derived promoter. The adhX-deletion mutant (UT26DAX) harbouring a plasmid carrying the adhX gene under the control of a constitutive promoter exhibited the HYGO phenotype. Moreover, the HYGO mutants spontaneously emerged among the UT26-derived hypermutator strain cells, and adhX was highly expressed in these HYGO mutants, while no HYGO mutant appeared among UT26DAX-derived hypermutator strain cells, indicating the necessity of adhX for the HYGO phenotype. His-tagged AdhX that was expressed in Escherichia coli and purified to homogeneity showed ADH activity towards methanol and other alcohols. Mutagenesis analysis of the adhX gene indicated a correlation between the ADH activity and the HYGO phenotype. These results demonstrated that the constitutive expression of an adhX-encoding protein with ADH activity in UT26 leads to the CO2-dependent HYGO phenotype. Identical or nearly identical adhX orthologues were found in other sphingomonad strains, and most of them were located on plasmids, suggesting that the adhX-mediated HYGO phenotype may be an important adaptation strategy to oligotrophic environments among sphingomonads.

  21. Special Issue: Microbial Degradation of Xenobiotics 招待有り 査読有り

    Yuji Nagata

    Microorganisms　8　(4)　487-487　2020年3月30日

    出版者・発行元： MDPI AG

    DOI： 10.3390/microorganisms8040487 　

    eISSN：2076-2607

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    Xenobiotics are released into the environment by human activities, and they often cause problems such as environmental pollution, since most such compounds cannot be readily degraded, and have harmful effects on human beings and the natural ecosystem [...]

  22. 従属栄養細菌のCO2依存的な極貧栄養環境適応 招待有り 査読有り

    永田裕二

    バイオサイエンスとインダストリー　78　498-500　2020年

  23. Structural and catalytic effects of surface loop-helix transplantation within haloalkane dehalogenase family. 国際誌 査読有り

    Martin Marek, Radka Chaloupkova, Tatyana Prudnikova, Yukari Sato, Pavlina Rezacova, Yuji Nagata, Ivana Kuta Smatanova, Jiri Damborsky

    Computational and structural biotechnology journal　18　1352-1362　2020年

    DOI： 10.1016/j.csbj.2020.05.019 　

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    Engineering enzyme catalytic properties is important for basic research as well as for biotechnological applications. We have previously shown that the reshaping of enzyme access tunnels via the deletion of a short surface loop element may yield a haloalkane dehalogenase variant with markedly modified substrate specificity and enantioselectivity. Here, we conversely probed the effects of surface loop-helix transplantation from one enzyme to another within the enzyme family of haloalkane dehalogenases. Precisely, we transplanted a nine-residue long extension of L9 loop and α4 helix from DbjA into the corresponding site of DbeA. Biophysical characterization showed that this fragment transplantation did not affect the overall protein fold or oligomeric state, but lowered protein stability (ΔTm = -5 to 6 °C). Interestingly, the crystal structure of DbeA mutant revealed the unique structural features of enzyme access tunnels, which are known determinants of catalytic properties for this enzyme family. Biochemical data confirmed that insertion increased activity of DbeA with various halogenated substrates and altered its enantioselectivity with several linear β-bromoalkanes. Our findings support a protein engineering strategy employing surface loop-helix transplantation for construction of novel protein catalysts with modified catalytic properties.

  24. Conjugative Transfer of IncP-9 Catabolic Plasmids Requires a Previously Uncharacterized Gene, mpfK, Whose Homologs Are Conserved in Various MPFT-Type Plasmids. 国際誌 査読有り

    Kishida K, Nonoyama S, Lukas T, Kawahara S, Kudo K, Nagata Y, Ohtsubo Y, Tsuda M

    Applied and environmental microbiology　85　(24)　2019年12月

    DOI： 10.1128/AEM.01850-19 　

    ISSN：0099-2240

  25. Lessons from the genomes of lindane-degrading sphingomonads. 国際誌 招待有り 査読有り

    Nagata Y, Kato H, Ohtsubo Y, Tsuda M

    Environmental microbiology reports　11　(5)　630-644　2019年10月

    DOI： 10.1111/1758-2229.12762 　

  26. Suppression of substrate inhibition in phenanthrene-degrading Mycobacterium by co-cultivation with a non-degrading Burkholderia strain. 国際誌 査読有り

    Ogawa N, Kato H, Kishida K, Ichihashi E, Ishige T, Yoshikawa H, Nagata Y, Ohtsubo Y, Tsuda M

    Microbiology　165　(5)　625-637　2019年6月

    DOI： 10.1099/mic.0.000801 　

  27. Properties and efficient scrap-and-build repairing of mechanically sheared 3' DNA ends. 国際誌 査読有り

    Ohtsubo Y, Sakai K, Nagata Y, Tsuda M

    Communications biology　2　409-409　2019年

    DOI： 10.1038/s42003-019-0660-7 　

  28. Optimization of single strand DNA incorporation reaction by Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase 国際誌 査読有り

    津田 雅孝

    DNA Research　25　(5)　477-487　2018年10月

    DOI： 10.1093/dnares/dsy018 　

  29. Establishment of plasmid vector and allelic exchange mutagenesis systems in a mycobacterial strain that is able to degrade polycyclic aromatic hydrocarbon. 国際誌 査読有り

    Kishida K, Ogawa N, Ichihashi E, Kato H, Nagata Y, Ohtsubo Y, Tsuda M

    Bioscience, biotechnology, and biochemistry　82　(7)　1169-1171　2018年7月

    DOI： 10.1080/09168451.2018.1445522 　

    ISSN：0916-8451

  30. The Small Protein HemP Is a Transcriptional Activator for the Hemin Uptake Operon in Burkholderia multivorans ATCC 17616 査読有り

    Takuya Sato, Shouta Nonoyama, Akane Kimura, Yuji Nagata, Yoshiyuki Ohtsubo, Masataka Tsuda

    APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY　83　(16)　e00479-17　2017年8月

    DOI： 10.1128/AEM.00479-17 　

    ISSN：0099-2240

    eISSN：1098-5336

  31. Compounds that enhance the tailing activity of Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase 査読有り

    Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Masataka Tsuda

    SCIENTIFIC REPORTS　7　6520　2017年7月

    DOI： 10.1038/s41598-017-04765-8 　

    ISSN：2045-2322

  32. Efficient N-tailing of blunt DNA ends by Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase 査読有り

    Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Masataka Tsuda

    SCIENTIFIC REPORTS　7　41769　2017年2月

    DOI： 10.1038/srep41769 　

    ISSN：2045-2322

  33. Host Range of the Conjugative Transfer System of IncP-9 Naphthalene-Catabolic Plasmid NAH7 and Characterization of Its oriT Region and Relaxase 査読有り

    Kouhei Kishida, Kei Inoue, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Masataka Tsuda

    APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY　83　(1)　e02359-16　2017年1月

    DOI： 10.1128/AEM.02359-16 　

    ISSN：0099-2240

    eISSN：1098-5336

  34. Complete genome sequence of Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 122, a nitrogen-fixing soybean symbiont 査読有り

    Masayuki Sugawara, Takahiro Tsukui, Takakazu Kaneko, Yoshiyuki Ohtsubo, Shusei Sato, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, Hisayuki Mitsui, Kiwamu Minamisawa

    Genome Announcements　5　(9)　e01743-16　2017年

    出版者・発行元： American Society for Microbiology

    DOI： 10.1128/genomeA.01743-16 　

    ISSN：2169-8287

  35. Comparison of the complete genome sequences of four -hexachlorocyclohexane-degrading bacterial strains: insights into the evolution of bacteria able to degrade a recalcitrant man-made pesticide 査読有り

    Tabata M, Ohhata S, Nikawadori Y, Kishida K, Sato T, Kawasumi T, Kato H, Ohtsubo Y, Tsuda M, Nagata Y

    DNA Research　23　(6)　581-599　2016年12月

    DOI： 10.1093/dnares/dsw041 　

    ISSN：1340-2838

    eISSN：1756-1663

  36. Biodegradation of -hexachlorocyclohexane by transgenic hairy root cultures of Cucurbita moschata that accumulate recombinant bacterial LinA 査読有り

    Nanasato, Y, Namiki, S, Ohsima, M, Moriuchi R, Konagaya, K, Seike, N, Otani, T, Nagata, Y, Tsuda, M, Tabei, Y

    Plant Cell Reports　35　(9)　1963-1974　2016年9月

    DOI： 10.1007/s00299-016-2011-1 　

    ISSN：0721-7714

    eISSN：1432-203X

  37. Complete genome sequence of Burkholderia caribensis Bcrs1W (NBRC110739), a strain co-residing with phenanthrene degrader Mycobacterium sp EPa45 査読有り

    Yoshiyuki Ohtsubo, Shouta Nonoyama, Natsumi Ogawa, Hiromi Kato, Yuji Nagata, Masataka Tsuda

    JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY　228　67-68　2016年6月

    DOI： 10.1016/j.jbiotec.2016.04.042 　

    ISSN：0168-1656

    eISSN：1873-4863

  38. Complete genome sequence of Methylobacterium sp. strain AMS5, an isolate from a soybean stem 査読有り

    Tomoyuki Minami, Yoshiyuki Ohtsubo, Mizue Anda, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, Hisayuki Mitsui, Masayuki Sugawara, Kiwamu Minamisawa

    Genome Announcements　4　(2)　e00144-16　2016年

    出版者・発行元： American Society for Microbiology

    DOI： 10.1128/genomeA.00144-16 　

    ISSN：2169-8287

  39. Complete genome sequence of a -hexachlorocyclohexane-degrading bacterium Sphingobium sp. strain MI1205 査読有り

    Tabata M, Ohhata S, Nikawadori Y, Sato T, Kishida K, Ohtsubo Y, Tsuda M, Nagata Y

    Genome Announcements　4　(2)　e00246-16　2016年

    出版者・発行元：

    DOI： 10.1128/genomeA.00246-16 　

    ISSN：2169-8287

  40. Complete genome sequence of a -hexachlorocyclohexane degrader, Sphingobium sp. strain TKS, which was isolated from a -hexachlorocyclohexane-degrading microbial community 査読有り

    Tabata M, Ohhata S, Kawasumi T, Nikawadori Y, Kishida K, Sato T, Ohtsubo Y, Tsuda M, Nagata Y

    Genome Announcements　4　(2)　e00247-16　2016年

    出版者・発行元：

    DOI： 10.1128/genomeA.00247-16 　

    ISSN：2169-8287

  41. Complete genome sequence of Sphingopyxis macrogoltabida strain 203N (NBRC 111659), a polyethylene glycol degrader 査読有り

    Yoshiyuki Ohtsubo, Shouta Nonoyama, Yuji Nagata, Mitsuru Numata, Keiko Tsuchikane, Akira Hosoyama, Atsushi Yamazoe, Masataka Tsuda, Nobuyuki Fujita, Fusako Kawai

    Genome Announcements　4　(3)　e00529-16　2016年

    出版者・発行元： American Society for Microbiology

    DOI： 10.1128/genomeA.00529-16 　

    ISSN：2169-8287

  42. Complete genome sequence of Sphingopyxis terrae strain 203-1 (NBRC 111660), a polyethylene glycol degrader 査読有り

    Yoshiyuki Ohtsubo, Shouta Nonoyama, Yuji Nagata, Mitsuru Numata, Keiko Tsuchikane, Akira Hosoyama, Atsushi Yamazoe, Masataka Tsuda, Nobuyuki Fujita, Fusako Kawai

    Genome Announcements　4　(3)　e00530-16　2016年

    出版者・発行元： American Society for Microbiology

    DOI： 10.1128/genomeA.00530-16 　

    ISSN：2169-8287

  43. Time-series metagenomic analysis reveals robustness of soil microbiome against chemical disturbance 査読有り

    Hiromi Kato, Hiroshi Mori, Fumito Maruyama, Atsushi Toyoda, Kenshiro Oshima, Ryo Endo, Genki Fuchu, Masatoshi Miyakoshi, Ayumi Dozono, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Masahira Hattori, Asao Fujiyama, Ken Kurokawa, Masataka Tsuda

    DNA RESEARCH　22　(6)　413-424　2015年12月

    DOI： 10.1093/dnares/dsv023 　

    ISSN：1340-2838

    eISSN：1756-1663

  44. Bacterial clade with the ribosomal RNA operon on a small plasmid rather than the chromosome 査読有り

    Mizue Anda, Yoshiyuki Ohtsubo, Takashi Okubo, Masayuki Sugawara, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, Kiwamu Minamisawa, Hisayuki Mitsui

    PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA　112　(46)　14343-14347　2015年11月

    DOI： 10.1073/pnas.1514326112 　

    ISSN：0027-8424

  45. Isolation of oxygenase genes for indigo-forming activity from an artificially polluted soil metagenome by functional screening using Pseudomonas putida strains as hosts 査読有り

    Hirofumi Nagayama, Tomonori Sugawara, Ryo Endo, Akira Ono, Hiromi Kato, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Masataka Tsuda

    APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY　99　(10)　4453-4470　2015年5月

    DOI： 10.1007/s00253-014-6322-2 　

    ISSN：0175-7598

    eISSN：1432-0614

  46. Complete genome sequence of a phenanthrene degrader, Mycobacterium sp. strain EPa45 (NBRC 110737), isolated from a phenanthrene-degrading consortium 査読有り

    Hiromi Kato, Natsumi Ogawa, Yoshiyuki Ohtsubo, Kenshiro Oshima, Atsushi Toyoda, Hiroshi Mori, Yuji Nagata, Ken Kurokawa, Masahira Hattori, Asao Fujiyama, Masataka Tsuda

    Genome Announcements　3　(4)　e00782-15　2015年

    出版者・発行元： American Society for Microbiology

    DOI： 10.1128/genomeA.00782-15 　

    ISSN：2169-8287

  47. Complete genome sequence of polyvinyl alcoholdegrading strain Sphingopyxis sp. 113P3 (NBRC 111507) 査読有り

    Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Mitsuru Numata, Kieko Tsuchikane, Akira Hosoyama, Atsushi Yamazoe, Masataka Tsuda, Nobuyuki Fujita, Fusako Kawai

    Genome Announcements　3　(5)　e01169-15　2015年

    出版者・発行元： American Society for Microbiology

    DOI： 10.1128/genomeA.01169-15 　

    ISSN：2169-8287

  48. Complete genome sequence of a phenanthrene degrader, Burkholderia sp. HB-1 (NBRC 110738) 査読有り

    Yoshiyuki Ohtsubo, Azusa Moriya, Hiromi Kato, Natsumi Ogawa, Yuji Nagata, Masataka Tsuda

    Genome Announcements　3　(6)　e01283　2015年

    出版者・発行元： American Society for Microbiology

    DOI： 10.1128/genomeA.01283-15 　

    ISSN：2169-8287

  49. Complete genome sequence of a polypropylene glycol and polyethylene glycol-degrading strain Sphingopyxis macrogoltabida EY-1 査読有り

    Ohtsubo Y, Nagata, Y, Numata M, Tsuchikane K, Hosoyama A, Yamazoe A, Tsuda M, Fujita N, Kawai F

    Genome Announcements　3　(6)　e01399-15　2015年

    出版者・発行元：

    DOI： 10.1128/genomeA.01399-15 　

    ISSN：2169-8287

  50. Complete genome sequence of a polypropylene glycol-degrading strain, Microbacterium sp. No. 7 査読有り

    Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Mitsuru Numata, Kieko Tsuchikane, Akira Hosoyama, Atsushi Yamazoe, Masataka Tsuda, Nobuyuki Fujita, Fusako Kawai

    Genome Announcements　3　(6)　2015年

    出版者・発行元： American Society for Microbiology

    DOI： 10.1128/genomeA.01400-15 　

    ISSN：2169-8287

  51. Complete genome sequence of Sphingopyxis macrogoltabida type strain NBRC 15033, originally isolated as a polyethylene glycol degrader 査読有り

    Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Mitsuru Numata, Kieko Tsuchikane, Akira Hosoyama, Atsushi Yamazoe, Masataka Tsuda, Nobuyuki Fujita, Fusako Kawai

    Genome Announcements　3　(6)　e01401-15　2015年

    出版者・発行元： American Society for Microbiology

    DOI： 10.1128/genomeA.01401-15 　

    ISSN：2169-8287

  52. Stepwise enhancement of catalytic performance of haloalkane dehalogenase LinB towards β-hexachlorocyclohexane 査読有り

    Moriuchi R, Tanaka H, Nikawadori Y, Ishitsuka M, Ito M, Ohtsubo Y, Tsuda M, Damborsky J, Prokop Z, Nagata Y

    AMB Express　4　72　2014年9月

    DOI： 10.1186/s13568-014-0072-5 　

    ISSN：2191-0855

  53. Structural and functional analysis of a novel haloalkane dehalogenase with two halide-binding sites 査読有り

    Radka Chaloupkova, Tatyana Prudnikova, Pavlina Rezacova, Zbynek Prokop, Tana Koudelakova, Lukas Daniel, Jan Brezovsky, Wakako Ikeda-Ohtsubo, Yukari Sato, Michal Kuty, Yuji Nagata, Ivana Kuta Smatanova, Jiri Damborsky

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION D-BIOLOGICAL CRYSTALLOGRAPHY　70　1884-1897　2014年7月

    DOI： 10.1107/S1399004714009018 　

    ISSN：1399-0047

  54. Identification of Burkholderia multivorans ATCC 17616 genetic determinants for fitness in soil by using signature-tagged mutagenesis 査読有り

    Yuji Nagata, Junko Senbongi, Yoko Ishibashi, Rie Sudo, Masatoshi Miyakoshi, Yoshiyuki Ohtsubo, Masataka Tsuda

    MICROBIOLOGY-SGM　160　883-891　2014年5月

    DOI： 10.1099/mic.0.077057-0 　

    ISSN：1350-0872

    eISSN：1465-2080

  55. Design and Experimental Application of a Novel Non-Degenerate Universal Primer Set that Amplifies Prokaryotic 16S rRNA Genes with a Low Possibility to Amplify Eukaryotic rRNA Genes 査読有り

    Hiroshi Mori, Fumito Maruyama, Hiromi Kato, Atsushi Toyoda, Ayumi Dozono, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Asao Fujiyama, Masataka Tsuda, Ken Kurokawa

    DNA RESEARCH　21　(2)　217-227　2014年4月

    DOI： 10.1093/dnares/dst052 　

    ISSN：1340-2838

    eISSN：1756-1663

  56. Complete genome sequence of Pseudomonas aeruginosa MTB-1, isolated from a microbial community enriched by the technical formulation of hexachlorocyclohexane 査読有り

    Yoshiyuki Ohtsubo, Takuya Sato, Kouhei Kishida, Michro Tabata, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashi, Masataka Tsuda, Yuji Nagata

    Genome Announcements　2　(1)　e01130-13　2014年

    出版者・発行元： American Society for Microbiology

    DOI： 10.1128/genomeA.e01130-13 　

    ISSN：2169-8287

  57. Complete genome sequence of the thermophilic polychlorinated biphenyl degrader Geobacillus sp. strain JF8 (NBRC 109937) 査読有り

    Masaki Shintani, Yoshiyuki Ohtsubo, Kohei Fukuda, Akira Hosoyama, Shoko Ohji, Atsushi Yamazoe, Nobuyuki Fujita, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, Takashi Hatta, Kazuhide Kimbara

    Genome Announcements　2　(1)　e01213-13　2014年

    出版者・発行元： American Society for Microbiology

    DOI： 10.1128/genomeA.e01213-13 　

    ISSN：2169-8287

  58. Complete genome sequence of Pseudomonas sp. strain TKP, isolated from a γ-hexachlorocyclohexane-degrading mixed culture 査読有り

    Yoshiyuki Ohtsubo, Kouhei Kishida, Takuya Sato, Michiro Tabata, Toru Kawasumi, Yoshitoshi Ogura, Tetsuya Hayashim, Masataka Tsuda, Yuji Nagata

    Genome Announcements　2　(1)　e01241-13　2014年

    出版者・発行元： American Society for Microbiology

    DOI： 10.1128/genomeA.e01241-13 　

    ISSN：2169-8287

  59. Inhibitory effect of Pseudomonas putida nitrogen-related phosphotransferase system on conjugative transfer of IncP-9 plasmid from Escherichia coli 査読有り

    Kei Inoue, Ryo Miyazaki, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Masataka Tsuda

    FEMS Microbiology Letters　345　(2)　102-109　2013年8月

    DOI： 10.1111/1574-6968.12188 　

    ISSN：0378-1097 1574-6968

  60. The effect of a unique halide-stabilizing residue on the catalytic properties of haloalkane dehalogenase DatA from Agrobacteriumtumefaciens C58 査読有り

    Khomaini Hasan, Artur Gora, Jan Brezovsky, Radka Chaloupkova, Hana Moskalikova, Andrea Fortova, Yuji Nagata, Jiri Damborsky, Zbynek Prokop

    FEBS JOURNAL　280　(13)　3149-3159　2013年7月

    DOI： 10.1111/febs.12238 　

    ISSN：1742-464X

  61. Crystal Structure and Site-Directed Mutagenesis Analyses of Haloalkane Dehalogenase LinB from Sphingobium sp Strain MI1205 査読有り

    Masahiko Okai, Jun Ohtsuka, Lica Fabiana Imai, Tomoko Mase, Ryota Moriuchi, Masataka Tsuda, Koji Nagata, Yuji Nagata, Masaru Tanokura

    JOURNAL OF BACTERIOLOGY　195　(11)　2642-2651　2013年6月

    DOI： 10.1128/JB.02020-12 　

    ISSN：0021-9193

    eISSN：1098-5530

  62. Cointegrate-resolution of toluene-catabolic transposon Tn4651: Determination of crossover site and the segment required for full resolution activity 査読有り

    Hirokazu Yano, Hiroyuki Genka, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Eva M. Top, Masataka Tsuda

    PLASMID　69　(1)　24-35　2013年1月

    DOI： 10.1016/j.plasmid.2012.07.004 　

    ISSN：0147-619X

  63. Complete genome sequence of the γ-hexachlorocyclohexane-degrading bactrium Sphingomonas sp. stain MM-1 査読有り

    Tabata, M, Y. Ohtsubo, S. Ohhata, M. Tsuda, and, Y. Nagata

    Genome Announcements　1　(3)　e00247-13　2013年

    出版者・発行元：

    DOI： 10.1128/genomeA.00247-13 　

    ISSN：2169-8287

  64. Complete genome sequence of Ralstonia pickettii DTP0602, a 2,4,6-trichlorophenol degrader 査読有り

    Yoshiyuki Ohtsubo, Nobuyuki Fujita, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, Tomohiro Iwasaki, Takashi Hatta

    Genome Announcements　1　(6)　e00903-13　2013年

    出版者・発行元： American Society for Microbiology

    DOI： 10.1128/genomeA.00903-13 　

    ISSN：2169-8287

  65. Complete Genome Sequence of Acidovorax sp Strain KKS102, a Polychlorinated-Biphenyl Degrader 査読有り

    Yoshiyuki Ohtsubo, Fumito Maruyama, Hisayuki Mitsui, Yuji Nagata, Masataka Tsuda

    JOURNAL OF BACTERIOLOGY　194　(24)　6970-6971　2012年12月

    DOI： 10.1128/JB.01848-12 　

    ISSN：0021-9193

  66. ParI, an orphan ParA family protein from Pseudomonas putida KT2440-specific genomic island, interferes with the partition system of IncP-7 plasmids 査読有り

    Masatoshi Miyakoshi, Masaki Shintani, Kei Inoue, Tsuguno Terabayashi, Fumiya Sai, Moriya Ohkuma, Hideaki Nojiri, Yuji Nagata, Masataka Tsuda

    ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY　14　(11)　2946-2959　2012年11月

    DOI： 10.1111/j.1462-2920.2012.02861.x 　

    ISSN：1462-2912

    eISSN：1462-2920

  67. Cloning of γ-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase gene with its flanking regions from soil by activity-based screening techniques 査読有り

    Ito, M, A. Ono, Y. Ohtsubo, M. Tsuda, Y. Nagata

    European J. Soil Biology　52　16-19　2012年9月

    DOI： 10.1016/j.ejsobi.2012.05.001 　

    ISSN：1164-5563

  68. Conjugal Transfer of Polychlorinated Biphenyl/Biphenyl Degradation Genes in Acidovorax sp Strain KKS102, Which Are Located on an Integrative and Conjugative Element 査読有り

    Yoshiyuki Ohtsubo, Yoko Ishibashi, Hideaki Naganawa, Satoshi Hirokawa, Satomi Atobe, Yuji Nagata, Masataka Tsuda

    JOURNAL OF BACTERIOLOGY　194　(16)　4237-4248　2012年8月

    DOI： 10.1128/JB.00352-12 　

    ISSN：0021-9193

  69. Crystallization and preliminary X-ray analysis of the haloalkane dehalogenase DatA from Agrobacterium tumefaciens C58 査読有り

    Tomoko Mase, Hideya Yabuki, Masahiko Okai, Jun Ohtsuka, Fabiana Lica Imai, Yuji Nagata, Masaru Tanokura

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS　68　652-654　2012年6月

    DOI： 10.1107/S1744309112013942 　

    ISSN：1744-3091

    eISSN：2053-230X

  70. Suppression of pleiotropic phenotypes of a Burkholderia multivorans fur mutant by oxyR mutation 査読有り

    Akane Kimura, Satoshi Yuhara, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Masataka Tsuda

    MICROBIOLOGY-SGM　158　1284-1293　2012年5月

    DOI： 10.1099/mic.0.057372-0 　

    ISSN：1350-0872

  71. Pivotal role of anthranilate dioxygenase genes in the adaptation of Burkholderia multivorans ATCC 17616 in soil 査読有り

    Eri Nishiyama, Yoshiyuki Ohtsubo, Yasuhiro Yamamoto, Yuji Nagata, Masataka Tsuda

    FEMS MICROBIOLOGY LETTERS　330　(1)　46-55　2012年5月

    DOI： 10.1111/j.1574-6968.2012.02532.x 　

    ISSN：0378-1097

  72. Genomic organization and genomic structural rearrangements of Sphingobium japonicum UT26, an archetypal gamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium 査読有り

    Yuji Nagata, Shunsuke Natsui, Ryo Endo, Yoshiyuki Ohtsubo, Natsuko Ichikawa, Akiho Ankai, Akio Oguchi, Shigehiro Fukui, Nobuyuki Fujita, Masataka Tsuda

    ENZYME AND MICROBIAL TECHNOLOGY　49　(6-7)　499-508　2011年12月

    DOI： 10.1016/j.enzmictec.2011.10.005 　

    ISSN：0141-0229

  73. Stereoselectivity and conformational stability of haloalkane dehalogenase DbjA from Bradyrhizobium japonicum USDA110: the effect of pH and temperature 査読有り

    Radka Chaloupkova, Zbynek Prokop, Yukari Sato, Yuji Nagata, Jiri Damborsky

    FEBS JOURNAL　278　(15)　2728-2738　2011年8月

    DOI： 10.1111/j.1742-4658.2011.08203.x 　

    ISSN：1742-464X

  74. The lin genes for γ-hexachlorocyclohexane degradation in Sphingomonas sp. MM-1 proved to be dispersed across multiple plasmids 査読有り

    Tabata, M, R. Endo, M. Ito, Y. Ohtsubo, A. Kumar, M. Tsuda, Y. Nagata

    Biosci. Biotechnol. Biochem.　75　(3)　466-472　2011年3月

    DOI： 10.1271/bbb.100652 　

    ISSN：0916-8451

    eISSN：1347-6947

  75. Biochemical Characteristics of the Novel Haloalkane Dehalogenase DatA, Isolated from the Plant Pathogen Agrobacterium tumefaciens C58 査読有り

    Khomaini Hasan, Andrea Fortova, Tana Koudelakova, Radka Chaloupkova, Mayuko Ishitsuka, Yuji Nagata, Jiri Damborsky, Zbynek Prokop

    APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY　77　(5)　1881-1884　2011年3月

    DOI： 10.1128/AEM.02109-10 　

    ISSN：0099-2240

  76. Development of a Crystallization Protocol for the DbeA1 Variant of Novel Haloalkane Dehalogenase from Bradyrhizobium elkani USDA94 査読有り

    T. Prudnikova, R. Chaloupkova, Y. Sato, Y. Nagata, O. Degtjarik, M. Kuty, P. Rezacova, J. Damborsky, I. Kuta Smatanova

    CRYSTAL GROWTH & DESIGN　11　(2)　516-519　2011年2月

    DOI： 10.1021/cg1013363 　

    ISSN：1528-7483

  77. Conjugative transfer of naphthalene-catabolic plasmid NAH7 regulated by nitrogen-related phosphotransferase system of recipient cells 査読有り

    K. Inoue, R. Miyazaki, M. Miyakoshi, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, M Tsuda

    Journal of Biotechnology　150　(S1)　269　2010年11月

  78. PCB / biphenyl degradation operon repressed by different compounds in Acidovorax sp. KKS102 and Burkholderia multivorans ATCC 17616 査読有り

    Y. Ohtsubo, S. Suzuki, K. Onuma, H. Goto, Y. Nagata, M Tsuda

    Journal of Biotechnology　150　(S1)　240-241　2010年11月

  79. Complete genome sequence of the representative γ-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium Sphingobium japonicum UT26 査読有り

    Nagata, Y, Y. Ohtsubo, R. Endo, N. Ichikawa, A. Ankai, A. Oguchi, S. Fukui, N. Fujita, M. Tsuda

    J. Bacteriology　192　(21)　5852-5853　2010年11月

    DOI： 10.1128/JB.00961-10 　

    ISSN：0021-9193

  80. Crystal structure of γ-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase LinA from Sphingobium japonicum UT26 査読有り

    Okai, M, K. Kubota, M. Fukuda, Y. Nagata, K. Nagata, M. Tanokura

    J. Mol. Biol.　403　(2)　260-269　2010年10月

    DOI： 10.1016/j.jmb.2010.08.043 　

    ISSN：0022-2836

  81. Identification of Burkholderia multivorans ATCC 17616 genes induced in soil environment by in vivo expression technology 査読有り

    Eri Nishiyama, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Masataka Tsuda

    ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY　12　(9)　2539-2558　2010年9月

    DOI： 10.1111/j.1462-2920.2010.02227.x 　

    ISSN：1462-2912

  82. Complete Nucleotide Sequence of TOL Plasmid pDK1 Provides Evidence for Evolutionary History of IncP-7 Catabolic Plasmids 査読有り

    Hirokazu Yano, Masatoshi Miyakoshi, Kenshiro Ohshima, Michiro Tabata, Yuji Nagata, Masahira Hattori, Masataka Tsuda

    JOURNAL OF BACTERIOLOGY　192　(17)　4337-4347　2010年9月

    DOI： 10.1128/JB.00359-10 　

    ISSN：0021-9193

    eISSN：1098-5530

  83. Analysis of extracellular alginate lyase and its gene from a marine bacterial strain, Pseudoalteromonas atlantica AR06 査読有り

    Ryoji Matsushima, Hiroko Danno, Motoharu Uchida, Kenji Ishihara, Toshiyuki Suzuki, Masaki Kaneniwa, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Masataka Tsuda

    APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY　86　(2)　567-576　2010年3月

    DOI： 10.1007/s00253-009-2278-z 　

    ISSN：0175-7598

  84. Enantioselectivity of Haloalkane Dehalogenases and its Modulation by Surface Loop Engineering 査読有り

    Zbynek Prokop, Yukari Sato, Jan Brezovsky, Tomas Mozga, Radka Chaloupkova, Tana Koudelakova, Petr Jerabek, Veronika Stepankova, Ryo Natsume, Jan G. E. van Leeuwen, Dick B. Janssen, Jan Florian, Yuji Nagata, Toshiya Senda, Jiri Damborsky

    ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION　49　(35)　6111-6115　2010年

    DOI： 10.1002/anie.201001753 　

    ISSN：1433-7851

  85. Redesigning dehalogenase access tunnels as a strategy for degrading an anthropogenic substrate 査読有り

    Martina Pavlova, Martin Klvana, Zbynek Prokop, Radka Chaloupkova, Pavel Banas, Michal Otyepka, Rebecca C. Wade, Masataka Tsuda, Yuji Nagata, Jiri Damborsky

    NATURE CHEMICAL BIOLOGY　5　(10)　727-733　2009年10月

    DOI： 10.1038/nchembio.205 　

    ISSN：1552-4450

  86. Crystallization and preliminary X-ray analysis of γ-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinasae LinA from Sphingobium japonicum UT26 査読有り

    Okai, M, K. Kubota, M. Fukuda, Y. Nagata, K. Nagata, M. Tanokura

    Acta Crystallographica Section F　65　822-824　2009年8月

    DOI： 10.1107/S1744309109026645 　

    ISSN：1744-3091

    eISSN：2053-230X

  87. Crystallization and preliminary X-ray analysis of a novel haloalkane dehalogenase DbeA from Bradyrhizobium elkani USDA94 査読有り

    Tatyana Prudnikova, Tomas Mozga, Pavlina Rezacova, Radka Chaloupkova, Yukari Sato, Yuji Nagata, Jiri Brynda, Michal Kuty, Jiri Damborsky, Ivana Kuta Smatanova

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS　65　353-356　2009年4月

    DOI： 10.1107/S1744309109007039 　

    ISSN：1744-3091

  88. Construction of signature-tagged mutant library in Mesorhizobium loti as a powerful tool for functional genomics. 国際誌 査読有り

    Yoshikazu Shimoda, Hisayuki Mitsui, Hiroko Kamimatsuse, Kiwamu Minamisawa, Eri Nishiyama, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, Sayaka Shinpo, Akiko Watanabe, Mitsuyo Kohara, Manabu Yamada, Yasukazu Nakamura, Satoshi Tabata, Shusei Sato

    DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes　15　(5)　297-308　2008年10月

    DOI： 10.1093/dnares/dsn017 　

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    Rhizobia are nitrogen-fixing soil bacteria that establish endosymbiosis with some leguminous plants. The completion of several rhizobial genome sequences provides opportunities for genome-wide functional studies of the physiological roles of many rhizobial genes. In order to carry out genome-wide phenotypic screenings, we have constructed a large mutant library of the nitrogen-fixing symbiotic bacterium, Mesorhizobium loti, by transposon mutagenesis. Transposon insertion mutants were generated using the signature-tagged mutagenesis (STM) technique and a total of 29,330 independent mutants were obtained. Along with the collection of transposon mutants, we have determined the transposon insertion sites for 7892 clones, and confirmed insertions in 3680 non-redundant M. loti genes (50.5% of the total number of M. loti genes). Transposon insertions were randomly distributed throughout the M. loti genome without any bias toward G+C contents of insertion target sites and transposon plasmids used for the mutagenesis. We also show the utility of STM mutants by examining the specificity of signature tags and test screenings for growth- and nodulation-deficient mutants. This defined mutant library allows for genome-wide forward- and reverse-genetic functional studies of M. loti and will serve as an invaluable resource for researchers to further our understanding of rhizobial biology.

  89. Characterization of the traD operon of naphthalene-catabolic plasmid NAH7: a host-range modifier in conjugative transfer 査読有り

    Ryo Miyazaki, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Masataka Tsuda

    JOURNAL OF BACTERIOLOGY　190　(19)　6281-6289　2008年10月

    DOI： 10.1128/JB.00709-08 　

    ISSN：0021-9193

  90. GenomeMatcher: A graphical user interface for DNA sequence comparison 査読有り

    Yoshiyuki Ohtsubo, Wakako Ikeda-Ohtsubo, Yuji Nagata, Masataka Tsuda

    BMC BIOINFORMATICS　9　376　2008年9月

    DOI： 10.1186/1471-2105-9-376 　

    ISSN：1471-2105

  91. Pleiotropic roles of iron-responsive transcriptional regulator Fur in Burkholderia multivorans 査読有り

    Satoshi Yuhara, Harunobu Komatsu, Hiroyuki Goto, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Masataka Tsuda

    MICROBIOLOGY-SGM　154　1763-1774　2008年6月

    DOI： 10.1099/mic.0.2007/015537-0 　

    ISSN：1350-0872

  92. Insertion sequence-based cassette PCR: cultivation-independent isolation of γ-hexachlorocyclohexane-degrading genes from soil DNA 査読有り

    Fuchu, G, Y. Ohtsubo, M. Ito, R. Miyazaki, A. Ono, Y. Nagata, M. Tsuda

    Appl. Microbiol. Biotechnol.　79　(4)　627-632　2008年6月

    DOI： 10.1007/s00253-008-1463-9 　

    ISSN：0175-7598

  93. Degradation of β-hexachlorocyclohexane by haloalkane dehalogenase LinB from γ-hexachlorocyclohexane-utilizing bacterium Sphingobium sp. MI1205 査読有り

    Ito, M, Z. Prokop, M. Klvana, Y. Otsubo, M. Tsuda, J. Damborsky, Y. Nagata

    Arch Microbiol　188　(4)　313-325　2007年10月

    DOI： 10.1007/s00203-007-0251-8 　

    ISSN：0302-8933

  94. Complete sequence determination combined with analysis of transposition/site-specific recombination events to explain genetic organization of IncP-7 TOL plasmid pWW53 and related mobile genetic elements 査読有り

    Hirokazu Yano, Christine E. Garruto, Masahiro Sota, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Gerben J. Zylstra, Peter A. Williams, Masataka Tsuda

    JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY　369　(1)　11-26　2007年5月

    DOI： 10.1016/j.jmb.2007.02.098 　

    ISSN：0022-2836

  95. Identification and characterization of genes encoding a putative ABC-type transporter essential for utilization of gamma-hexachlorocyclohexane in Sphingobium japonicum UT26 査読有り

    Ryo Endo, Yoshiyuki Ohtsubo, Masataka Tsuda, Yuji Nagata

    JOURNAL OF BACTERIOLOGY　189　(10)　3712-3720　2007年5月

    DOI： 10.1128/JB.01883-06 　

    ISSN：0021-9193

    eISSN：1098-5530

  96. Crystallization and preliminary crystallographic analysis of a haloalkane dehalogenase, DbjA, from Bradyrhizobium japonicum USDA110

    Yukari Sato, Ryo Natsume, Masataka Tsuda, Jiri Damborsky, Yuji Nagata, Toshiya Senda

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS　63　294-296　2007年4月

    DOI： 10.1107/S1744309107008652 　

    ISSN：1744-3091

  97. Weak activity of haloalkane dehalogenase LinB with 1,2,3-trichloropropane revealed by X-ray crystallography and microcalorimetry 査読有り

    Marta Monincova, Zbynek Prokop, Jitka Vevodova, Yuji Nagata, Jiri Damborsky

    APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY　73　(6)　2005-2008　2007年3月

    DOI： 10.1128/AEM.02416-06 　

    ISSN：0099-2240

  98. Genetic organization of IncP-7 TOL plasmid pWW53 and the movement of its residing transposons

    H. Yano, C. Garruto, M. Sota, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, P. A. Williams, G. J. Zylsra, M. Tsuda

    Plasmid　57　(2)　231-231　2007年2月

  99. Exogenous isolation of a plasmid involved in the degradation of γ-hexachlorocyclohexane from its contaminated soil

    R. Miyazaki, Y. Sato, M. Ito, Y. Ohtsubo, Y. Nagata, M. Tsuda

    Plasmid　57　(2)　233-233　2007年2月

  100. The identification of catalytic pentad in the haloalkane dehalogenase DhmA from Mycobacterium avium N85: Reaction mechanism and molecular evolution 査読有り

    Martina Pavlova, Martin Klvana, Andrea Jesenska, Zbynek Prokop, Hana Konecna, Takashi Sato, Masataka Tsuda, Yujj Nagata, Jiri Damborsky

    JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY　157　(2)　384-392　2007年2月

    DOI： 10.1016/j.jsb.2006.09.004 　

    ISSN：1047-8477

  101. Isolation and characterization of naphthalene-catabolic genes and plasmids from oil-contaminated soil by using two cultivation-independent approaches 査読有り

    Akira Ono, Ryo Miyazaki, Masahiro Sota, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Masataka Tsuda

    APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY　74　(2)　501-510　2007年2月

    DOI： 10.1007/s00253-006-0671-4 　

    ISSN：0175-7598

  102. Complete nucleotide sequence of an exogenously isolated plasmid, pLB1, involved in gamma-hexachlorocyclohexane degradation 査読有り

    Ryo Miyazaki, Yukari Sato, Michihiro Ito, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Masataka Tsuda

    APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY　72　(11)　6923-6933　2006年11月

    DOI： 10.1128/AEM.01531-06 　

    ISSN：0099-2240

  103. Identification of a response regulator gene for catabolite control from a PCB-degrading beta-proteobacteria, Acidovorax sp KKS102 査読有り

    Y Ohtsubo, H Goto, Y Nagata, T Kudo, M Tsuda

    MOLECULAR MICROBIOLOGY　60　(6)　1563-1575　2006年6月

    DOI： 10.1111/j.1365-2958.2006.05197.x 　

    ISSN：0950-382X

  104. Growth inhibition by metabolites of γ-hexachlorocyclohexane in Sphingobium japonicum UT26 査読有り

    Endo, R, Y. Ohtsubo, M. Tsuda, Y. Nagata

    Biosci. Biotechnol. Biochem.　70　(4)　1029-1032　2006年4月

    DOI： 10.1271/bbb.70.1029 　

    ISSN：0916-8451

    eISSN：1347-6947

  105. Expression of glycosylated haloalkane dehalogenase LinB in Pichia pastoris 査読有り

    T Nakamura, M Zamocky, Z Zdrahal, R Chaloupkova, M Monincova, Z Prokop, Y Nagata, J Damborsky

    PROTEIN EXPRESSION AND PURIFICATION　46　(1)　85-91　2006年3月

    DOI： 10.1016/j.pep.2005.08.022 　

    ISSN：1046-5928

    eISSN：1096-0279

  106. Distribution of γ-hexachlorocyclohexane-degrading genes on three replicons in Sphingobium japonicum UT26 査読有り

    Nagata, Y, M. Kamakura, R. Endo, R. Miyazaki, Y. Ohtsubo, M. Tsuda

    FEMS Microbiol. Lett.　256　(1)　112-118　2006年3月

    DOI： 10.1111/j.1574-6968.2005.00096.x 　

    ISSN：0378-1097

  107. Functional analysis of unique class II insertion sequence IS1071 査読有り

    M Sota, H Yano, Y Nagata, Y Ohtsubo, H Genka, H Anbutsu, H Kawasaki, M Tsuda

    APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY　72　(1)　291-297　2006年1月

    DOI： 10.1128/AEM.72.1.291-297.2006 　

    ISSN：0099-2240

  108. Cloning, biochemical properties, and distribution of mycobacterial haloalkane dehalogenases 査読有り

    A Jesenska, M Pavlova, M Strouhal, R Chaloupkova, Tesinska, I, M Monincova, Z Prokop, M Bartos, Pavlik, I, Rychlik, I, P Mobius, Y Nagata, J Damborsky

    APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY　71　(11)　6736-6745　2005年11月

    DOI： 10.1128/AEM.71.11.6736-6745.2005 　

    ISSN：0099-2240

  109. [Metabolic pathway, genes, and enzymes for the degradation of chlorinated pesticide, gamma-hexachlorocyclohexane]. 査読有り

    Nagata Y, Tsuda M

    Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme　50　(12)　1511-1518　2005年10月

    ISSN：0039-9450

  110. Two rhizobial strains, Mesorhizobium loti MAFF303099 and Bradyrhizobium japonicum, USDA110, encode haloalkane dehalogenases with novel structures and substrate specificities 査読有り

    Y Sato, M Monincova, R Chaloupkova, Z Prokop, Y Ohtsubo, K Minamisawa, M Tsuda, J Damborsky, Y Nagata

    APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY　71　(8)　4372-4379　2005年8月

    DOI： 10.1128/AEM.71.8.4372-4379.2005 　

    ISSN：0099-2240

  111. Organization and localization of the dnaA and dnaK gene regions on the multichromosomal genome of Burkholderia multivorans ATCC 17616 査読有り

    Y Nagata, M Matsuda, H Komatsu, Y Imura, H Sawada, Y Ohtsubo, M Tsuda

    JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING　99　(6)　603-610　2005年6月

    DOI： 10.1263/jbb.99.603 　

    ISSN：1389-1723

  112. Degradation of β-Hexachlorocyclohexane by Haloalkane Dehalogenase LinB from Sphingomonas paucimobilis UT26 査読有り

    Nagata, Y, Z. Prokop, Y. Sato, P. Jerabek, A. Kumar, Y. Ohtsubo, M. Tsuda, J. Damborsky

    Appl. Environ. Microbiol.　71　(4)　2183-2185　2005年4月

    DOI： 10.1128/AEM.71.4.2183-2185.2005 　

    ISSN：0099-2240

  113. High-temperature-induced transposition of insertion elements in Burkholderia multivorans ATCC 17616 査読有り

    Y Ohtsubo, H Genka, H Komatsu, Y Nagata, M Tsuda

    APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY　71　(4)　1822-1828　2005年4月

    DOI： 10.1128/AEM.71.4.1822-1828.2005 　

    ISSN：0099-2240

  114. Quantitative analysis of substrate specificity of haloalkane dehalogenase LinB from Sphingomonas paucimobilis UT26 査読有り

    J Kmunicek, K Hynkova, T Jedlicka, Y Nagata, A Negri, F Gago, RC Wade, J Damborsky

    BIOCHEMISTRY　44　(9)　3390-3401　2005年3月

    DOI： 10.1021/bi047912o 　

    ISSN：0006-2960

  115. Identification and characterization of genes involved in the downstream degradation pathway of γ-hexachlorocyclohexane in Sphingomonas paucimobilis UT26 査読有り

    Endo, R, M. Kamakura, K. Miyauchi, M. Fukuda, Y. Ohtsubo, M. Tsuda, Y. Nagata

    Journal of Bacteriology　187　(3)　847-853　2005年2月

    DOI： 10.1128/JB.187.3.847-853.2005 　

    ISSN：0021-9193

  116. Identification of insertion sequence from a γ-hexachlorocyclohexane degrading bacterium, Sphingomonas paucimobilis UT26 査読有り

    Miyauchi, K, M. Fukuda, M. Tsuda, M. Takagi, Y. Nagata

    Biosci. Biotechnol. Biochem.　69　(1)　216-219　2005年1月

    DOI： 10.1271/bbb.69.216 　

    ISSN：0916-8451

    eISSN：1347-6947

  117. Genes and enzymes for gamma-hexachlorocyclohexanedegradation in Sphingomonas paucimobilis UT26 査読有り

    Y. Nagata, K. Miyauchi, M. Tsuda

    International Biodeterioration & Biodegradation　53　(4)　246-246　2004年6月

  118. Crystral structure of haloalkane dehalogenase LinB from Sphingomonas paucimobilis UT26 at 0.95Å resolution: dynamics of catalytic residues 査読有り

    Oakley, A. J, M. Klvana, M. Otyepka, Y. Nagata, M. C. Wilce, J. Damborsky

    Biochemsitry　43　(4)　870-878　2004年2月

    DOI： 10.1021/bi034748g 　

    ISSN：0006-2960

  119. Modification of activity and specificity of haloalkane dehalogenase from Sphingomonas paucimobilis UT26 by engineering of its entrance tunnel 査読有り

    R Chaloupkova, J Sykorova, Z Prokop, A Jesenska, M Monincovaa, M Pavlova, M Tsuda, Y Nagata, J Damborsky

    JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY　278　(52)　52622-52628　2003年12月

    DOI： 10.1074/jbc.M306762200 　

    ISSN：0021-9258

  120. Catalytic mechanism of the haloalkane dehalogenase LinB from Sphingomonas paucimobilis UT26 査読有り

    Z Prokop, M Monincova, R Chaloupkova, M Klvana, Y Nagata, DB Janssen, J Damborsky

    JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY　278　(46)　45094-45100　2003年11月

    DOI： 10.1074/jbc.M307056200 　

    ISSN：0021-9258

  121. Haloalkane dehalogenase LinB from Sphingomonas paucimobilis UT26: X-ray crystallographic studies of dehalogenation of brominated substrates 査読有り

    VA Streltsov, Z Prokop, J Damborsky, Y Nagata, A Oakley, MCJ Wilce

    BIOCHEMISTRY　42　(34)　10104-10112　2003年9月

    DOI： 10.1021/bi027280a 　

    ISSN：0006-2960

  122. Distribution and organization of auxotrophic genes on the multichromosomal genome of Burkholderia multivorans ATCC 17616 査読有り

    H Komatsu, Y Imura, A Ohori, Y Nagata, M Tsuda

    JOURNAL OF BACTERIOLOGY　185　(11)　3333-3343　2003年6月

    DOI： 10.1128/JB.185.11.3333.3343.2003 　

    ISSN：0021-9193

  123. Reconstruction of mycobacterial dehalogenase Rv2579 by cumulative mutagenesis of haloalkane dehalogenase LinB 査読有り

    Y Nagata, Z Prokop, S Marvanova, J Sykorova, M Monincova, M Tsuda, J Damborsky

    APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY　69　(4)　2349-2355　2003年4月

    DOI： 10.1128/AEM.69.4.2349-2355.2003 　

    ISSN：0099-2240

  124. Novel approach to the improvement of biphenyl and polychlorinated biphenyl degradation activity: Promoter implantation by homologous recombination 査読有り

    Y Ohtsubo, M Shimura, M Delawary, K Kimbara, M Takagi, T Kudo, A Ohta, Y Nagata

    APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY　69　(1)　146-153　2003年1月

    DOI： 10.1128/AEM.69.1.146-153.2003 　

    ISSN：0099-2240

  125. Halide-stabilizing residues of haloalkane dehalogenases studied by quantum mechanic calculations and site-directed mutagenesis 査読有り

    M Bohac, Y Nagata, Z Prokop, M Prokop, M Monincova, M Tsuda, J Koca, J Damborsky

    BIOCHEMISTRY　41　(48)　14272-14280　2002年12月

    DOI： 10.1021/bi026427v 　

    ISSN：0006-2960

  126. Site-specific recombination system encoded by toluene catabolic transposon Tn4651 査読有り

    H Genka, Y Nagata, M Tsuda

    JOURNAL OF BACTERIOLOGY　184　(17)　4757-4766　2002年9月

    DOI： 10.1128/JB.184.17.4757-4766.2002 　

    ISSN：0021-9193

  127. Exploring the structure and activity of haloalkane dehalogenase from Sphingomonas paucimobilis UT26: Evidence for product- and water-mediated inhibition 査読有り

    AJ Oakley, Z Prokop, M Bohac, J Kmunicek, T Jedlicka, M Monincova, Kuta-Smatanova, I, Y Nagata, J Damborsky, MCJ Wilce

    BIOCHEMISTRY　41　(15)　4847-4855　2002年4月

    DOI： 10.1021/bi015734i 　

    ISSN：0006-2960

  128. Cloning and characterization of linR, involved in regulation of the downstream pathway for gamma-hexachlorocyclohexane degradation in Sphingomonas paucimobilis UT26 査読有り

    K Miyauchi, HS Lee, M Fukuda, M Takagi, Y Nagata

    APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY　68　(4)　1803-1807　2002年4月

    DOI： 10.1128/AEM.68.4.1803-1807.2002 　

    ISSN：0099-2240

  129. Employment of the human estrogen receptor beta ligand-binding domain and co-activator SRC1 nuclear receptor-binding domain for the construction of a yeast two-hybrid detection system for endocrine disrupters 査読有り

    HS Lee, K Miyauchi, Y Nagata, R Fukuda, S Sasagawa, H Endoh, S Kato, H Horiuchi, M Takagi, A Ohta

    JOURNAL OF BIOCHEMISTRY　131　(3)　399-405　2002年3月

    ISSN：0021-924X

  130. Identification of protein fold and catalytic residues of γhexachlorocyclohexane dehydrochlorinase LinA 査読有り

    Yuji Nagata, Katsuki Mori, Masamichi Takagi, Alexey G. Murzin, Jií Damborsk

    Proteins: Structure, Function and Genetics　45　(4)　471-477　2001年12月1日

    DOI： 10.1002/prot.10007 　

    ISSN：0887-3585

  131. BphS, a key transcriptional regulator of bph genes involved in polychlorinated biphenyl/biphenyl degradation in Pseudomonas sp KKS102 査読有り

    Y Ohtsubo, M Delawary, K Kimbara, M Takagi, A Ohta, Y Nagata

    JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY　276　(39)　36146-36154　2001年9月

    DOI： 10.1074/jbc.M100302200 　

    ISSN：0021-9258

  132. Biochemical characterization of broad-specificity enzymes using multivariate experimental design and a colorimetric microplate assay: Characterization of the haloalkane dehalogenase mutants 査読有り

    Soa Marvanová, Yuji Nagata, Michaela Wimmerová, Jana Sýkorová, Kamila Hynková, Jirí Damborský

    Journal of Microbiological Methods　44　(2)　149-157　2001年3月1日

    DOI： 10.1016/S0167-7012(00)00250-5 　

    ISSN：0167-7012

  133. Reaction mechanism and stereochemistry of gamma-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase LinA 査読有り

    L Trantirek, K Hynkova, Y Nagata, A Murzin, A Ansorgova, Sklenar, V, J Damborsky

    JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY　276　(11)　7734-7740　2001年3月

    ISSN：0021-9258

  134. Structure-specificity relationships for haloalkane dehalogenases 査読有り

    Jiří Damborský, Emiel Rorije, Andrea Jesenská, Yuji Nagata, Gilles Klopman, Willie J. G. M. Peijnenburg

    Environmental Toxicology and Chemistry　20　(12)　2681-2689　2001年

    DOI： 10.1002/etc.5620201205 　

    ISSN：0730-7268

  135. Isolation and characterization of acetoacetyl-CoA thiolase gene essential for n-decane assimilation in yeast Yarrowia lipolytica 査読有り

    Setsu Yamagami, Toshiya Iida, Yuji Nagata, Akinori Ohta, Masamichi Takagi

    Biochemical and Biophysical Research Communications　282　(3)　832-838　2001年

    出版者・発行元： Academic Press Inc.

    DOI： 10.1006/bbrc.2001.4653 　

    ISSN：0006-291X

  136. Crystal structure of the haloalkane dehalogenase from Sphingomonas paucimobilis UT26 査読有り

    J. Marek, J. Vevodova, I. K. Smatanova, Y. Nagata, L. A. Svensson, J. Newman, M. Takagi, J. Damborsky

    Biochemistry　39　(46)　14082-14086　2000年11月21日

    DOI： 10.1021/bi001539c 　

    ISSN：0006-2960

  137. Determination of haloalkane dehalogenase activity by capillary zone electrophoresis 査読有り

    Zdeněk Glatz, Mária V. Marini, Michaela Wimmerová, Jiří Damborský, Yuji Nagata

    Journal of Chromatography A　895　(1-2)　219-225　2000年10月20日

    DOI： 10.1016/S0021-9673(00)00635-X 　

    ISSN：0021-9673

  138. Expression of the bph genes involved in biphenyl/PCB degradation in Pseudomonas sp. KKS102 induced by the biphenyl degradation intermediate, 2-hydroxy-6-oxo-6-phenylhexa-2,4-dienoic acid 査読有り

    Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Kazuhide Kimbara, Masamichi Takagi, Akinori Ohta

    Gene　256　(1-2)　223-228　2000年10月3日

    DOI： 10.1016/S0378-1119(00)00349-8 　

    ISSN：0378-1119

  139. Cloning and sequencing of a novel meta-cleavage dioxygenase gene whose product is involved in degradation of gamma-hexachlorocyclohexane in Sphingomonas paucimobilis 査読有り

    K Miyauchi, Y Adachi, Y Nagata, M Takagi

    JOURNAL OF BACTERIOLOGY　181　(21)　6712-6719　1999年11月

    ISSN：0021-9193

  140. PcpA, which is involved in the degradation of pentachlorophenol in Sphingomonas chlorophenolica ATCC39723, is a novel type of ring-cleavage dioxygenase 査読有り

    Y Ohtsubo, K Miyauchi, K Kanda, T Hatta, H Kiyohara, T Senda, Y Nagata, Y Mitsui, M Takagi

    FEBS LETTERS　459　(3)　395-398　1999年10月

    DOI： 10.1016/S0014-5793(99)01305-8 　

    ISSN：0014-5793

  141. Two different types of dehalogenases, LinA and LinB, involved in gamma-hexachlorocyclohexane degradation in Sphingomonas paucimobilis UT26 are localized in the periplasmic space without molecular processing 査読有り

    Y Nagata, A Futamura, K Miyauchi, M Takagi

    JOURNAL OF BACTERIOLOGY　181　(17)　5409-5413　1999年9月

    ISSN：0021-9193

  142. Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of haloalkane dehalogenase linB from Sphingomonas paucimobilis UT26 査読有り

    Ivana Smatanová, Yuji Nagata, L. Anders Svensson, Masamichi Takagi, Jaromír Marek

    Acta Crystallographica Section D: Biological Crystallography　55　(6)　1231-1233　1999年6月

    DOI： 10.1107/S090744499900459X 　

    ISSN：0907-4449

  143. Identification of the catalytic triad in the haloalkane dehalogenase from Sphingomonas paucimobilis UT26 査読有り

    Kamila Hynková, Yuji Nagata, Masamichi Takagi, Jiří Damborský

    FEBS Letters　446　(1)　177-181　1999年3月5日

    DOI： 10.1016/S0014-5793(99)00199-4 　

    ISSN：0014-5793

  144. Construction and characterization of histidine-tagged haloalkane dehalogenase (LinB) of a new substrate class from a γ-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium, Sphingomonas paucimobilis UT26 査読有り

    Yuji Nagata, Kamila Hynková, Jiří Damborský, Masamichi Takagi

    Protein Expression and Purification　17　(2)　299-304　1999年

    出版者・発行元： Academic Press Inc.

    DOI： 10.1006/prep.1999.1143 　

    ISSN：1046-5928

  145. Mechanism-based structure-biodegradability relationships for hydrolytic dehalogenation of chloro-and bromo-alkenes 査読有り

    Damborsky, J, A. Berglund, M. Kuty, A. Ansorgova, Y. Nagata, M. Sjotrom

    Quantitative Structure-Activity Relationships　17　450-458　1998年9月

    DOI： 10.1002/(SICI)1521-3838(199810)17:05<450::AID-QSAR450>3.3.CO;2-V 　

  146. Cloning and sequencing of a 2,5-dichlorohydroguinone reductive dehalogenase gene whose product is involved in degradation of γ-hexachlorocyclohexane by Sphingomonas paucimobilis 査読有り

    Miyauchi, K, S.-K. Suh, Y. Nagata, M. Takagi

    Journal of Bacteriology　180　(6)　1354-1359　1998年3月

    ISSN：0021-9193

  147. Purification and characterization of a haloalkane dehalogenase of a new substrate class from a γ-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium, Sphingomonas paucimobilis UT26 査読有り

    Nagata, Y, K. Miyauchi, J. Damborsky, K. Manova, A. Ansorgova, M. Takagi

    Applied and Environmental Microbiology　63　(9)　3707-3710　1997年9月

    ISSN：0099-2240

  148. Isolation and characterization of Tn5-induced mutants of Sphingomonas paucimobilis defective in 2,5-dichlorohydoquinone degradation 査読有り

    Y Nagata, K Miyauchi, SK Suh, A Futamura, M Takagi

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY　60　(4)　689-691　1996年4月

    DOI： 10.1271/bbb.60.689 　

    ISSN：0916-8451

    eISSN：1347-6947

  149. Genes and enzymes for gamma-hexachlorocyclohexane degradation in Sphingomonas paucimobilis UT26 査読有り

    Y Nagata, M Fukuda, K Miyauchi, M Takagi

    MOLECULAR BIOLOGY OF PSEUDOMONADS　58-70　1996年

  150. Pseudomonas fluorescens KKL101, a benzoic acid degrader in a mixed culture that degrades biphenyl and polychlorinated biphenyls 査読有り

    Y Kikuchi, Y Nagata, Y Ohtsubo, T Koana, M Takagi

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY　59　(12)　2303-2304　1995年12月

    DOI： 10.1271/bbb.59.2303 　

    ISSN：0916-8451

    eISSN：1347-6947

  151. Identification of the bphA and bphB Genes of Pseudomonas sp. Strain KKS102 Involved in degradation of biphenyl and polychlorinated biphenyls 査読有り

    Masao Fukuda, Yuji Yasukochi, Yutaka Kikuchi, Yuji Nagata, Kazuhide Kimbara, Hiroyuki Horiuchi, Masamichi Takagi, Keiji Yano

    Biochemical and Biophysical Research Communications　202　(2)　850-856　1994年7月29日

    DOI： 10.1006/bbrc.1994.2008 　

    ISSN：1090-2104 0006-291X

  152. NUCLEOTIDE-SEQUENCE AND FUNCTIONAL-ANALYSIS OF THE META-CLEAVAGE PATHWAY INVOLVED IN BIPHENYL AND POLYCHLORINATED BIPHENYL DEGRADATION IN PSEUDOMONAS SP STRAIN KKS102 査読有り

    Y KIKUCHI, Y YASUKOCHI, Y NAGATA, M FUKUDA, M TAKAGI

    JOURNAL OF BACTERIOLOGY　176　(14)　4269-4276　1994年7月

    ISSN：0021-9193

  153. Cloning and sequencing of a 2, 5-dichloro-2, 5-cyclohexadiene-1, 4-diol dehydrogenase gene involved in the degradation of γ-hexachlorocyclohexane in Pseudomonas paucimobilis 査読有り

    Nagata, Y, R. Ohtomo, K. Miyauchi, M. Fukuda, K. Yano, M. Takagi

    Journal of Bacteriology　176　(11)　3117-3125　1994年6月

    ISSN：0021-9193

  154. IDENTIFICATION OF THE BPHA4 GENE ENCODING FERREDOXIN REDUCTASE INVOLVED IN BIPHENYL AND POLYCHLORINATED BIPHENYL DEGRADATION IN PSEUDOMONAS SP STRAIN KKS102 査読有り

    Y KIKUCHI, Y NAGATA, M HINATA, K KIMBARA, M FUKUDA, K YANO, M TAKAGI

    JOURNAL OF BACTERIOLOGY　176　(6)　1689-1694　1994年3月

    ISSN：0021-9193

  155. Cloning and sequencing of a dehalogenase gene encoding an enzyme with hydrolase activity involved in the degradation of γ-hexachlorocyclohexane in Pseudomonas paucimobilis 査読有り

    Nagata, Y, T. Nariya, R. Ohtomo, M. Fukuda, K. Yano, M. Takagi

    Journal of Bacteriology　175　(20)　6403-6410　1993年10月

    ISSN：0021-9193

  156. Purification and characterization of γ-hexachlorocyclohexane(γ-HCH) dehydrochlorinase(Lin A) from Pseudomonas paucimobilis 査読有り

    Nagata, Y, T. Hatta, R. Imai, K. Kimbara, M. Fukuda, K. Yano, M. Takagi

    Biosci. Biotech. Biochem.　57　(9)　1582-1583　1993年9月

    DOI： 10.1271/bbb.57.1582 　

    ISSN：0916-8451

    eISSN：1347-6947

  157. Isolation and characterization of Tn5-induced mutants of Pseudomonas paucimobilis UT26 defective in γ-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase (Lin A) 査読有り

    Nagata, Y, R. Imai, A. Sakai, M. Fukuda, K. Yano, M. Takagi

    Biosci. Biotech. Biochem.　57　(5)　703-709　1993年5月

    DOI： 10.1271/bbb.57.703 　

    ISSN：0916-8451

    eISSN：1347-6947

  158. Stereochemical analysis of γ-HCH degradation by Pseudomonas paucimobilis UT26 査読有り

    Nagasawa, S, R. Kikuchi, Y. Nagata, M. Takagi, M. Matsuo

    Chemosphere　26　(6)　1187-1201　1993年3月

    DOI： 10.1016/0045-6535(93)90205-J 　

    ISSN：0045-6535

  159. Aerobic mineralization of γ-HCH by Pseudomonas paucimobilis UT26 査読有り

    Nagasawa, S, R. Kikuchi, Y. Nagata, M. Takagi, M. Matsuo

    Chemosphere　26　(9)　1719-1728　1993年

    DOI： 10.1016/0045-6535(93)90115-L 　

    ISSN：0045-6535

  160. ISOLATION AND CHARACTERIZATION OF A DEHYDROCHLORINASE GENE FOR THE DEGRADATION OF GAMMA-HEXACHLOROCYCLOHEXANE IN PSEUDOMONAS-PAUCIMOBILIS 査読有り

    R IMAI, Y NAGATA, M FUKUDA, K YANO, M TAKAGI

    PSEUDOMONAS : MOLECULAR BIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY　292-300　1992年

  161. Molecular cloning of a Pseudomonas paucimobilis gene encoding a 17-kilodalton polypeptide that eliminates HCl molecules from γ-hexachlorocyclohexane 査読有り

    Imai, R, Y. Nagata, M. Fukuda, M. Takagi, K. Yano

    Journal of Bacteriology　173　(21)　6811-6819　1991年11月

    ISSN：0021-9193

  162. Dehydrochlorination of γ-Hexachlorocyclohexane (γ-BHC) by γ-BHC-Asssiilating Pseudomonas paucimobilis 査読有り

    Imai, R, Y. Nagata, K. Senoo, H. Wada, M. Fukuda, M. Takagi, K. Yano

    Agricultural and Biological Chemistry　53　(7)　2015-2017　1989年7月

    DOI： 10.1271/bbb1961.53.2015 　

    ISSN：0002-1369

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MISC 173

  1. 土壌微生物群集の動的スペクトラル分解

    長田穣, STARI Leonardo, 加藤広海, 永田裕二, 大坪嘉行, 近藤倫生

    日本生態学会大会講演要旨(Web)　71st　2024年

  2. 接合伝達における細胞膜リン脂質の役割

    熊谷連, 大坪嘉行, 永田裕二, 岸田康平

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2024　2024年

    ISSN： 2186-7976

  3. 細菌由来の有機塩素系殺虫剤γ-HCH分解酵素を発現する形質転換シロイヌナズナの作製と評価

    DENG Wenhao, 高田美信, 岸田康平, 大坪嘉行, 渡辺正夫, 永田裕二

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2024　2024年

    ISSN： 2186-7976

  4. IV型分泌装置の構成因子TrbBはTraRによるICEKKS102Tn4677の切り出し活性化に関与する

    松本哲, 岸田康平, 永田裕二, 大坪嘉行

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2024　2024年

    ISSN： 2186-7976

  5. 移動性細菌Paenibacillus sp.NK-L2株が有機塩素系殺虫剤分解細菌株を運ぶヒッチハイク現象

    松添華子, 岸田なつみ, 加藤広海, 岸田康平, 大坪嘉行, 永田裕二

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2024　2024年

    ISSN： 2186-7976

  6. 従属栄養細菌の超低栄養環境での増殖を引き起こすAdhXの基質の検討

    伊藤蓮, STARI Leonardo, 岸田康平, 大坪嘉行, 永田裕二

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2024　2024年

    ISSN： 2186-7976

  7. Cupriavidus属細菌株のコロニー周辺部が大きく広がる突然変異株の取得と解析

    平野翔子, XIONG Zhiyu, 加藤広海, 岸田康平, 大坪嘉行, 永田裕二

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2024　2024年

    ISSN： 2186-7976

  8. 様々な細菌集団および単離細菌株に対する有機塩素系殺虫剤分解酵素遺伝子のキャプチャリング実験

    岡俊璃, 岸田康平, 大坪嘉行, 永田裕二

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2024　2024年

    ISSN： 2186-7976

  9. Sphingobium-Cupriavidus属細菌株による有機塩素系殺虫剤分解細菌コミュニティ形成

    XIONG Zhiyu, 平野翔子, 岸田なつみ, 加藤広海, 岸田康平, 大坪嘉行, 永田裕二

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2024　2024年

    ISSN： 2186-7976

  10. 有機塩素系殺虫剤分解細菌コミュニティの再構築

    手塚隆博, 岸田なつみ, 加藤広海, 岸田康平, 大坪嘉行, 永田裕二

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2024　2024年

    ISSN： 2186-7976

  11. Cupriavidus sp.TKC株におけるThin Colony Expansion表現型の機構解明

    平野翔子, XIONG Zhiyu, 加藤広海, 岸田康平, 大坪嘉行, 永田裕二

    日本微生物生態学会大会(Web)　37th　2024年

  12. 非移動性の環境汚染物質分解細菌株が移動性細菌株により運ばれるヒッチハイク現象

    松添華子, 岸田なつみ, 加藤広海, 岸田康平, 大坪嘉行, 永田裕二

    環境バイオテクノロジー学会大会プログラム講演要旨集　2024　2024年

  13. γ-HCH分解性Sphingobium属株と非分解性Cupriavidus属株のコミュニティ形成

    ZHIYU Xiong, 平野翔子, 岸田なつみ, 加藤広海, 岸田康平, 大坪嘉行, 永田裕二

    環境バイオテクノロジー学会大会プログラム講演要旨集　2024　2024年

  14. 起源未解明の有機塩素系殺虫剤分解酵素遺伝子を乗せたICEの発見

    岡俊璃, 岸田康平, 大坪嘉行, 永田裕二

    環境バイオテクノロジー学会大会プログラム講演要旨集　2024　2024年

  15. 環境汚染物質分解細菌に対するヘルパー効果の強化:新規な細胞間接着ツールの開発

    岸田なつみ, 岸田康平, 大坪嘉行, 永田裕二

    環境バイオテクノロジー学会大会プログラム講演要旨集　2024　2024年

  16. 単離細菌株を用いた有機塩素系殺虫剤分解細菌コミュニティの構成原理の解明

    手塚隆博, 加藤広海, 岸田康平, 大坪嘉行, 岸田なつみ, 永田裕二

    環境バイオテクノロジー学会大会プログラム講演要旨集　2024　2024年

  17. Cupriavidus sp.TKC株のThin Colony Expansion表現型に関与する推定Histidine Kinase遺伝子の同定

    平野翔子, ZHIYU Xiong, 加藤広海, 岸田康平, 大坪嘉行, 永田裕二

    環境バイオテクノロジー学会大会プログラム講演要旨集　2024　2024年

  18. 接合伝達を阻害するペプチド創薬のデザインとスクリーニング

    岸田康平, 熊谷連, 大坪嘉行, 永田裕二

    環境バイオテクノロジー学会大会プログラム講演要旨集　2023 (CD-ROM)　2023年

  19. 原核生物における新しい可動遺伝因子グループSE(strand-biased circularizing integrative element)の発見

    矢野大和, 矢野大和, IDOLA Desmila, 森宙史, 永田裕二, 野中里佐

    日本遺伝学会大会プログラム・予稿集　95th (CD-ROM)　2023年

  20. 温度変化による土壌微生物ネットワークの再構築を誘導する

    YANG Dailin, AZUMA Toyohiro, KATO Hiromi, NAGATA Yuji, KONDOH Michio

    日本生態学会大会講演要旨(Web)　69th　2022年

  21. 温度増加による土壌Microbiotaの再配線コミュニティネットワーク【JST・京大機械翻訳】

    YANG Dailin, AZUMA Toyohiro, KATO Hiromi, NAGATA Yuji, KONDOH Michio

    日本生態学会大会講演要旨(Web)　68th　2021年

  22. 土壌細菌Burkholderia multivoransにおける転写制御因子IscRの解析

    野々山翔太, 岸田康平, 酒井啓一郎, 永田裕二, 津田雅孝, 大坪嘉行

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2021　2021年

    ISSN： 2186-7976

  23. Burkholderia multivoransの鉄硫黄クラスター生合成遺伝子群における転写活性化機構の解析

    野々山翔太, 岸田康平, 永田裕二, 大坪嘉行, 津田雅孝

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2020　2020年

    ISSN： 2186-7976

  24. ISのように動く非接合型インテグレーティブ・エレメントの発見

    DESMILA Idola, 森宙史, 永田裕二, 野中里佐, 矢野大和

    日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web)　22nd　2020年

  25. 微⽣物はなぜ群れを作るのか？平板培地実験進化系を⽤いたBQHの検証

    仁平賢, 山本 達也, 平野 彰大, 野村 暢彦, 永田 裕二, 矢野 大和

    日本微生物生態学会 第33回大会 プログラム集　2019年9月10日

  26. 土壌細菌叢の液体培養系における遷移の動態解析

    東豊浩, 加藤広海, 長田穣, 永田裕二, 近藤倫生

    日本微生物生態学会大会(Web)　33rd　2019年

  27. 生態学は生物群集デザインに活用できるか?

    近藤倫生, 東豊浩, 加藤広海, 川津一隆, 長田穣, 永田裕二

    日本生物工学会大会講演要旨集　71st　2019年

  28. Mycobacterium sp.EPa45株におけるフェナントレン分解遺伝子群の転写解析

    市橋永吉, 小川なつみ, 加藤広海, 岸田康平, 野々山翔太, 永田裕二, 大坪嘉行, 津田雅孝

    日本ゲノム微生物学会年会要旨集　13th　2019年

  29. プラスミドベクターpBBR1MCSの宿主域に関する研究

    岸田康平, 永田裕二, 大坪嘉行, 津田雅孝

    日本ゲノム微生物学会年会要旨集　13th　2019年

  30. Burkholderia属細菌における鉄硫黄クラスター生合成系の転写制御機構の解析

    野々山翔太, 岸田康平, 永田裕二, 大坪嘉行, 津田雅孝

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2019　2019年

    ISSN： 2186-7976

  31. PCB/ビフェニル分解資化遺伝子群を有すICEKKS1024677の水平伝播宿主域の解析

    川原昌太郎, 岸田康平, 永田裕二, 大坪嘉行, 津田雅孝

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2019　2019年

    ISSN： 2186-7976

  32. プラスミドベクターpBBR1MCSの広宿主域性に関する研究

    岸田康平, 永田裕二, 大坪嘉行, 津田雅孝

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2019　2019年

    ISSN： 2186-7976

  33. ナフタレン分解プラスミドNAH7のPartition systemが関与する接合伝達頻度上昇

    久土晃二, 岸田康平, 永田裕二, 大坪嘉行, 津田雅孝

    日本ゲノム微生物学会年会要旨集　13th　2019年

  34. フェナントレン分解Mycobacterium株の遺伝子破壊系構築とビフェニル分解への転写応答

    市橋永吉, 小川なつみ, 岸田康平, 加藤広海, 永田裕二, 大坪嘉行, 津田雅孝

    日本ゲノム微生物学会年会要旨集　12th　2018年

  35. IncP-9群プラスミドNAH7の新規な接合伝達必須遺伝子の機能解明

    岸田康平, LUCAS Tim, 野々山翔太, 永田裕二, 大坪嘉行, 津田雅孝

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2018　2018年

    ISSN： 2186-7976

  36. ナフタレン分解遺伝子有すプラスミドNAH7の新規接合伝達必須遺伝子の同定

    岸田康平, 野々山翔太, 永田裕二, 大坪嘉行, 津田雅孝

    日本農芸化学会東北支部大会プログラム・講演要旨集　153rd　2018年

  37. PCB/ビフェニル分解菌Acidovorax sp. KKS102株が有するICEの水平伝播域規定因子の同定

    川原昌太郎, 岸田康平, 永田裕二, 大坪嘉行, 津田雅孝

    日本ゲノム微生物学会年会要旨集　12th　2018年

  38. ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達に必須な遺伝子セットの同定

    岸田康平, LUCAS Tim, 野々山翔太, 永田裕二, 大坪嘉行, 津田雅孝

    日本ゲノム微生物学会年会要旨集　12th　2018年

  39. 難分解性芳香族化合物分解コンソーシアム由来の分解細菌Mycobacteirum sp.EPa45株における生育阻害機構

    小川なつみ, 加藤広海, 岸田康平, 市橋永吉, 永田裕二, 大坪嘉行, 津田雅孝

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2018　2018年

    ISSN： 2186-7976

  40. 汚染物質分解コンソーシアムにおけるキープレイヤーとオーディエンス

    加藤広海, 小川なつみ, 津田雅孝, 永田裕二

    環境バイオテクノロジー学会誌　1　(1)　15-20　2018年

  41. 接合伝達の鍵酵素relaxaseの金属イオンコファクターの違いによるnick導入塩基配列特異性の変化

    岸田康平, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

    日本ゲノム微生物学会年会要旨集　11th　2017年

  42. IncP-9群プラスミドの接合伝達に関わる全遺伝子の同定

    岸田康平, LUKAS Tim, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2017　2017年

    ISSN： 2186-7976

  43. Burkholderia multivoransの鉄硫黄クラスター生合成遺伝子群に対する転写因子Fur及びIscRの作用機序

    野々山翔太, 佐藤拓哉, 岸田康平, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

    日本ゲノム微生物学会年会要旨集　11th　2017年

  44. IncP-9群プラスミドNAH7の新規接合伝達必須遺伝子の機能解析

    岸田康平, LUCAS Tim, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

    日本微生物生態学会大会(Web)　2017　2017年

  45. 土壌細菌Burkholderia multivoransにおける鉄硫黄クラスター生合成系の転写制御機構の解析

    野々山翔太, 佐藤拓哉, 岸田康平, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2017　2017年

    ISSN： 2186-7976

  46. 土壤における細菌叢の形成・定着過程の長期モニタリング

    加藤広海, 渡来直生, 森宙史, 永田裕二, 黒川顕, 津田雅孝

    環境バイオテクノロジー学会大会プログラム講演要旨集　2016　45　2016年6月13日

  47. 土壌微生物のノトバイオロジー

    加藤広海, 森宙史, 永山浩史, 大坪嘉行, 永田裕二, 黒川顕, 津田雅孝

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2016　4SY07‐3 (WEB ONLY)　2016年3月5日

    ISSN： 2186-7976

  48. ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達関連機能未知遺伝子群traDEFの解析

    岸田康平, 井上慧, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

    日本ゲノム微生物学会年会要旨集　10th　2016年

  49. Burkholderia multivoransにおける鉄硫黄クラスター合成遺伝子群の転写制御に対するFur及びIscRの作用機作

    野々山翔太, 佐藤拓哉, 岸田康平, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

    日本ゲノム微生物学会年会要旨集　10th　2016年

  50. ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達関連遺伝子traDEFの解析

    岸田康平, 井上慧, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2016　2016年

    ISSN： 2186-7976

  51. Burkholderia multivoransにおける鉄硫黄クラスター合成系遺伝子群の転写制御機構の解析

    野々山翔太, 佐藤拓哉, 岸田康平, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2016　2016年

    ISSN： 2186-7976

  52. ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達関連遺伝子の解析

    岸田康平, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

    環境バイオテクノロジー学会大会プログラム講演要旨集　2016　2016年

  53. ハロアルカンデハロゲナーゼの細胞内酵素機能進化系の構築

    小山旺, 森内良太, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2016　2016年

    ISSN： 2186-7976

  54. 汚染土壌細菌叢の新規環境への定着及び再汚染のメタゲノム解析

    加藤広海, 森宙史, 渡来直生, 永山浩史, 大坪嘉行, 永田裕二, 豊田敦, 黒川顕, 津田雅孝

    日本ゲノム微生物学会年会要旨集　10th　91　2016年

  55. 微生物群集動態の原理解明に向けた再現モデルの構築

    渡来直生, 森宙史, 加藤広海, 大坪嘉行, 小椋義俊, 永田裕二, 豊田敦, 藤山秋佐夫, 林哲也, 津田雅孝, 黒川顕

    日本ゲノム微生物学会年会要旨集　10th　90　2016年

  56. 再構築された土壌微生物群集の超長期培養

    加藤広海, 渡来直生, 森宙史, 大坪嘉行, 永田裕二, 黒川顕, 黒川顕, 津田雅孝

    日本微生物生態学会大会(Web)　31st　55 (WEB ONLY)　2016年

  57. Bacterial Glade with the ribosomal RNA operon on a small plasmid rather than the chromosome

    Mizue Anda, Yoshiyuki Ohtsubo, Takashi Okubo, Masayuki Sugawara, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, Kiwamu Minamisawa, Hisayuki Mitsui

    GENES & GENETIC SYSTEMS　90　(6)　376-376　2015年12月

    ISSN： 1341-7568

    eISSN： 1880-5779

  58. Properties and biotechnological applications of natural and engineered haloalkane dehalogenases

    Yuji Nagata, Yoshiyuki Ohtsubo, Masataka Tsuda

    APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY　99　(23)　9865-9881　2015年12月

    DOI： 10.1007/s00253-015-6954-x 　

    ISSN： 0175-7598

    eISSN： 1432-0614

  59. ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達宿主域に関する研究

    岸田康平, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2015　2015年

    ISSN： 2186-7976

  60. 移植された土壌微生物の定着過程と,その安定性について

    加藤広海, 森宙史, 丸山史人, 永山浩史, 大坪嘉行, 永田裕二, 黒川顕, 津田雅孝

    日本ゲノム微生物学会年会要旨集　9th　2015年

  61. Biodegradation of Organochlorine Pesticides

    Nagata Y, Tabata M, Ohtsubo, Y, Tsuda M

    Manual of Environmental Microbiology, 4th Edition　5.1.2-1　2015年

    出版者・発行元： ASM Press, Washington, DC

    DOI： 10.1128/9781555818821.ch5.1.2 　

  62. ナフタレン分解プラスミドNAH7のoriTの同定と宿主域の解析

    岸田康平, 井上慧, 宮崎亮, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

    日本ゲノム微生物学会年会要旨集　8th　2014年

  63. IncP-9群NAH7のoriTの同定と接合伝達宿主域に関する研究

    岸田康平, 井上慧, 宮崎亮, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2014　2014年

    ISSN： 2186-7976

  64. 土壌微生物の移植メタゲノム

    加藤広海, 森宙史, 丸山史人, 豊田敦, 永山浩史, 大坪嘉行, 永田裕二, 藤山秋佐夫, 黒川顕, 津田雅孝

    日本ゲノム微生物学会年会要旨集　8th　2014年

  65. O29-07 フェナントレン分解細菌と共存する非分解優占種細菌の機能解明(口頭発表)

    小川 なつみ, 加藤 広海, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝

    日本微生物生態学会講演要旨集　2014　113-113　2014年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  66. O11-03 土壌における微生物コミュニティの形成過程について(口頭発表)

    加藤 広海, 森 宙史, 丸山 史人, 永山 浩史, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 黒川 顕, 津田 雅孝

    日本微生物生態学会講演要旨集　2014　78-78　2014年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  67. P15-5 土壌細菌での鉄応答制御因子Furを介した転写調節機構の解明(ポスター発表)

    佐藤 拓哉, 湯原 悟志, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝

    日本微生物生態学会講演要旨集　2014　156-156　2014年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  68. O33-02 rRNA遺伝子オペロンが9.4kbレプリコンにのみ存在する細菌ゲノムの発見(口頭発表)

    按田 瑞恵, 大坪 嘉行, 大久保 卓, 菅原 雅之, 三井 久幸, 永田 裕二, 津田 雅孝, 南澤 究

    日本微生物生態学会講演要旨集　2014　120-120　2014年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  69. O33-03 完全ゲノム配列比較に基づいた人為起源有機塩素系殺虫剤γ-HCH分解細菌の出現と進化の考察(口頭発表)

    永田 裕二, 田端 理朗, 大畑 智史, 荷川取 佑記, 大坪 嘉行, 津田 雅孝

    日本微生物生態学会講演要旨集　2014　120-120　2014年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  70. P22-15 芳香族化合物複合汚染土壌から培養非依存的手法で取得したインディゴ生成活性に関与するコスミドクローンの解析(ポスター発表)

    永山 浩史, 菅原 智詞, 遠藤 諒, 加藤 広海, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝

    日本微生物生態学会講演要旨集　2014　217-217　2014年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  71. P19-16 クラスター化した代謝酵素遺伝子群の導入による有機塩素系殺虫剤gamma-hexachlorocyclohexane資化能を有する新規細菌株の分子育種(ポスター発表)

    荷川取 佑記, 宮崎 亮, 古屋 佑磨, 大畑 智史, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝

    日本微生物生態学会講演要旨集　2014　194-194　2014年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  72. Appearance and evolution of γ-hexachlorocyclohexane-degrading bacteria

    Nagata Y, Tabata M, Ohhata S, Tsuda M

    Biodegradative Bacteria　19-41　2014年1月1日

    出版者・発行元： Springer Verlag, Tokyo

    DOI： 10.1007/978-4-431-54520-0_2 　

  73. Strategies to reveal genomic function in natural soil systems

    Yoshiyuki Ohtsubo, Eri Nishiyama, Yoko Ishibashi, Yuji Nagata, Masataka Tsuda

    Biodegradative Bacteria: How Bacteria Degrade, Survive, Adapt, and Evolve　279-291　2014年1月1日

    出版者・発行元： Springer Japan

    DOI： 10.1007/978-4-431-54520-0_14 　

  74. IncP-9群プラスミドNAH7の接合伝達開始配列の解析

    岸田康平, 井上慧, 宮崎亮, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

    日本ゲノム微生物学会年会要旨集　7th　2013年

  75. IncP-9群NAH7接合伝達系のoriTを中心とした解析

    岸田康平, 井上慧, 宮崎亮, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2013　2013年

    ISSN： 2186-7976

  76. IncP-9群プラスミドNAH7のoriTの同定及び接合伝達関連遺伝子traFの解析

    岸田康平, 井上慧, 宮崎亮, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

    環境バイオテクノロジー学会大会プログラム講演要旨集　2013　2013年

  77. 撹乱に対する土壌微生物のレジリエンス

    加藤広海, 森宙史, 丸山史人, 豊田敦, 堂園亜由美, 大坪嘉行, 永田裕二, 藤山秋佐夫, 黒川顕, 津田雅孝

    日本ゲノム微生物学会年会要旨集　7th　2013年

  78. 累積置換変異導入によるハロアルカンデハロゲナーゼLinBのbeta-HCH分解活性の機能進化に関する研究

    永田裕二, 森内良太, 田中裕興, 大坪嘉行, 津田雅孝

    環境バイオテクノロジー学会大会プログラム講演要旨集　2013　2013年

  79. OE-005 土壌微生物の他土壌への移植メタゲノミクス(微生物群集構造,口頭発表)

    加藤 広海, 森 宙史, 丸山 史人, 豊田 敦, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 藤山 秋佐夫, 黒川 顕, 津田 雅孝

    日本微生物生態学会講演要旨集　29th　(29)　85-85　2013年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  80. 機能相補による芳香族化合物複合汚染土壌からの新規分解酵素遺伝子の検索

    永山浩史, 菅原智詞, 遠藤諒, 加藤広海, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

    Journal of Environmental Biotechnology　13　(1)　51-56　2013年

  81. 芳香族化合物汚染土壌における経時的メタゲノムによって明らかになった土壌微生物の適応反応

    加藤広海, 森宙史, 豊田敦, 大坪嘉行, 丸山史人, 堂園亜由美, 永田裕二, 藤山秋佐夫, 黒川顕, 津田雅孝

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2012　2012年

    ISSN： 2186-7976

  82. 細菌由来のβ-ヘキサクロロシクロヘキサン(β-HCH)分解酵素遺伝子linB_MIを導入したカボチャ毛状根のβ-HCH分解能の解析

    七里吉彦, 並木小百合, 森内良太, 清家伸康, 大谷卓, 永田裕二, 津田雅孝, 田部井豊

    日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集　30th　2012年

  83. Sphingobium sp.MI1205株由来のハロアルカンデハロゲナーゼLinB_MIにおけるbeta-HCH分解活性に重要なアミノ酸残基の同定

    森内良太, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2012　2012年

    ISSN： 2186-7976

  84. ハロアルカンデハロゲナーセLinBのbeta-HCH分解活性に関する機能進化

    田中裕興, 森内良太, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

    日本生化学会大会(Web)　85th　2012年

  85. Sphingobium sp.MI1205由来ハロアルカンデハロゲナーゼLinBの結晶構造解析

    岡井公彦, 大塚淳, IMAI Fabiana Lica, 間瀬朋子, 森内良太, 永田裕二, 永田宏次, 田之倉優

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2012　2012年

    ISSN： 2186-7976

  86. 2Hp08 有機塩素系殺虫剤gamma-HCH分解細菌のゲノムと可動性遺伝因子に関する研究(環境浄化,修復,保全技術,一般講演)

    永田 裕二, 田端 理朗, 大畑 智史, 大坪 嘉行, 津田 雅孝

    日本生物工学会大会講演要旨集　64　75-75　2012年

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  87. 4Ca08 細菌ゲノムに存在する多様なハロアルカンデハロゲナーゼ遺伝子の機能解析(酵素学,酵素工学/タンパク質工学,一般講演)

    田中 裕興, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝

    日本生物工学会大会講演要旨集　64　193-193　2012年

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  88. 4Da02 有機塩素系殺虫剤gamma-HCH分解細菌が突然変異により炭素源非添加無機寒天培地上で生育可能となる機構の解析(遺伝子工学/発酵生理学,発酵工学,一般講演)

    平野 丈, 宇井 博紀, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝

    日本生物工学会大会講演要旨集　64　202-202　2012年

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  89. Sphingobium sp.MI1205株由来のハロアルカンデハロゲナーゼLinB_MIのbeta-HCH分解活性に重要なアミノ酸残基の同定

    森内良太, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

    日本農芸化学会大会講演要旨集　2011　2011年

  90. Sphingobium sp. MI1205株由来のハロアルカンデハロゲナーゼLinB_MI特異的なbeta-HCH分解活性に重要なアミノ酸残基の同定

    森内良太, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

    環境バイオテクノロジー学会大会プログラム講演要旨集　44th　2011年

  91. ハロアルカン脱ハロゲン酵素DbjAの鏡像異性体選択性機構の解明

    佐藤優花里, 夏目亮, Zbynek Prokop, Jan Brezovsky, Radka Chaloupkova, Jiri Damborsky, 永田裕二, 千田俊哉

    日本結晶学会誌　53　(2)　124-129　2011年

    出版者・発行元： The Crystallographic Society of Japan

    DOI： 10.5940/jcrsj.53.124 　

    ISSN： 0369-4585

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    Enzymes are widely used for the synthesis of pharmaceuticals, agrochemicals, and food additives because they can catalyze high enantioselective transformations. In order to construct selective enzymes by protein engineering, it is important to understand the molecular basis of enzyme-substrate interactions that contribute to enantioselectivity. The haloalkane dehalogenase DbjA showed high enantioselectivity for two racemic mixtures: α-bromoesters and β-bromoalkanes. Thermodynamic analysis, protein crystallography, and computer simulations indicated that DbjA carries two bases for the enantiodiscrimination of each racemic mixture. This study helps us understand the molecular basis of the enantioselectivity and opens up new possibilities for constructing enantiospecific biocatalysts through protein engineering.

  92. Organization and dynamism of gamma-hexachlorocyclohexane-degrading bacterium Sphingobium japonicum UT26 genome

    Yuji Nagata, Shunsuke Natsui, Yoshiyuki Ohtsubo, Natsuko Ichikawa, Akiho Ankai, Akio Oguchi

    JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY　150　S46-S46　2010年11月

    DOI： 10.1016/j.jbiotec.2010.08.127 　

    ISSN： 0168-1656

  93. Complete Nucleotide Sequence of TOL Plasmid pDK1 Provides Evidence for Evolutionary History of IncP-7 Catabolic Plasmids (vol 192, pg 4337, 2010)

    Hirokazu Yano, Masatoshi Miyakoshi, Kenshiro Ohshima, Michiro Tabata, Yuji Nagata, Masahira Hattori, Masataka Tsuda

    JOURNAL OF BACTERIOLOGY　192　(20)　5558-5558　2010年10月

    DOI： 10.1128/JB.00971-10 　

    ISSN： 0021-9193

  94. ゲノム解析ソフトウェアGenomeMatcher

    大坪嘉行, 大坪和香子, 永田裕二, 津田雅孝

    化学と生物　48　(5)　313-319　2010年5月

    出版者・発行元： Japan Society for Bioscience, Biotechnology, and Agrochemistry

    DOI： 10.1271/kagakutoseibutsu.48.313 　

    ISSN： 0453-073X

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    ゲノム情報のような多量の情報を効率良く取り扱うには，個々の研究者が情報処理技術を有していることが望ましい．しかし，多くのいわゆるウエットな研究者は，プログラミングやコマンドラインツールの取り扱いを苦手としており，グラフィカルなユーザーインターフェースを備えたソフトウエアが必要である．ここでは，ゲノム解析関連だけでなく情報処理に有用な機能を備えたソフトウエア，GenomeMatcherを紹介する．

  95. 環境汚染物質分解細菌のメタゲノミクス

    永田裕二, 津田雅孝

    難培養微生物研究の最新技術II〜ゲノム解析を中心とした最前線と将来展望〜　2010年4月

    出版者・発行元： シーエムシー出版

  96. 脱ハロゲン酵素

    永田裕二, 津田雅孝

    酵素利用技術大系　939-948　2010年4月

    出版者・発行元： (株)エヌ・ティー・エス

  97. 0605 ゲノム解析に有用なGUIツール : GenomeMatcher(OS44:ゲノム微生物の最前線)

    大坪 嘉行, 大坪 和香子, 永田 裕二, 津田 雅孝

    バイオエンジニアリング講演会講演論文集　2009　(22)　90-90　2010年1月8日

    出版者・発行元： 一般社団法人日本機械学会

  98. 1C-12 芳香族化合物汚染により誘導される土壌メタゲノムの変動様式とそのメカニズム(B.土壌生態系,口頭発表)

    加藤 広海, 森 宙史, 豊田 敦, 大坪 嘉行, 丸山 史人, 府中 玄樹, 遠藤 諒, 堂園 亜由美, 宮腰 昌利, 永田 裕二, 藤山 秋佐夫, 黒川 顕, 津田 雅孝

    日本微生物生態学会講演要旨集　(26)　81-81　2010年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  99. 1B-3 Gamma-HCH分解細菌Sphingobium japonicum UT26株由来の極貧炭素源条件下で生育する変異株の解析(G.生理/代謝/増殖,口頭発表)

    宇井 博紀, 佐々木 拓, 田端 理朗, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝

    日本微生物生態学会講演要旨集　(26)　69-69　2010年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  100. 環境バイオテクノロジー学会シンポジウム「生態機能と環境保全」

    永田裕二

    微生物生態学会誌　25　(2)　77-78　2010年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

    DOI： 10.20709/jsmeja.25.2_77 　

  101. 芳香族化合物による土壌撹乱における微生物遺伝子プールの変動

    加藤広海, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

    環境バイオテクノロジー学会誌　10　(2)　63-70　2010年

    出版者・発行元： 環境バイオテクノロジー学会

    ISSN： 1347-1856

  102. 特集「土壌環境での細菌の生き様を探る」によせて

    永田裕二

    日本生物工学会誌　87　(9)　418-418　2009年9月

    出版者・発行元： 日本生物工学会

    ISSN： 0919-3758

  103. 分子遺伝学的手法による細菌の土壌環境適応戦略の解明

    大坪嘉行, 西山依里, 永田裕二, 津田雅孝

    日本生物工学会誌　87　(9)　434-436　2009年9月

    出版者・発行元： 日本生物工学会

    ISSN： 0919-3758

  104. カイメン共在細菌メタゲノム中の環境汚染物質分解酵素遺伝子相同配列の解析

    永田裕二, 津田雅孝

    マリンメタゲノムの有効利用　166-178　2009年7月

    出版者・発行元： シーエムシー出版

  105. 芳香族化合物による土壌の汚染化に対する土壌細菌集団の応答

    遠藤諒, 府中玄樹, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

    日本農芸化学会大会講演要旨集　2009　2009年

  106. 1A-11 芳香族化合物による土壌撹乱に対する微生物反応のメタゲノム的解析(口頭発表)

    加藤 広海, 府中 玄樹, 遠藤 諒, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 森 宙史, 丸山 史人, 豊田 敦, 黒川 顕, 藤山 秋佐夫, 津田 雅孝

    日本微生物生態学会講演要旨集　25th　(25)　6-6　2009年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  107. 環境細菌ゲノムの構造と可塑性 -難分解性化合物分解の総合職と専門職の場合-

    大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

    化学と生物　47　(1)　35-42　2009年1月

    出版者・発行元： Japan Society for Bioscience, Biotechnology, and Agrochemistry

    DOI： 10.1271/kagakutoseibutsu.47.35 　

    ISSN： 0453-073X

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    この2～3年の間に，たいへん多くの環境細菌株の全ゲノム配列が解読された．これら細菌群は，モデル細菌や病原細菌には認められない多種多様な生物機能を発揮しており，同一属環境細菌の複数株のゲノム構造を比較することで，各株が示す固有の生物現象の理解が容易になるとともに，属レベルでゲノムの構成原理が明らかになりつつある．環境細菌は各種難分解性化合物分解能に優れている一般的特徴を有するが，ここでは，分解能に関して万能選手とスペシャリストである2つの環境細菌のゲノムを紹介する．

  108. 土壌環境での細菌の生き様を探る（2008年度日本生物工学会大会報告）

    永田裕二

    日本生物工学会誌　86　(11)　549　2008年11月

  109. 難培養性細菌も研究対象とするメタゲノム解析

    永田裕二, 津田雅孝

    バイオフィルムの基礎と制御　103-111　2008年2月

    出版者・発行元： 株式会社エヌ・ティー・エス

  110. 多重染色体性のBurkholderia multivoransのゲノム構造と土壌でのゲノム情報発現

    津田雅孝, 西山依里, 宮腰昌利, 湯原悟志, 永田裕二, 大坪嘉行

    土と微生物　62　(2)　93-97　2008年2月

    出版者・発行元： 日本土壌微生物学会

    DOI： 10.18946/jssm.62.2_93 　

    ISSN： 0912-2184

    詳細を見る 詳細を閉じる

    多様な環境に常在する土壌性のβ-プロテオバクテリアで極めて多様な有機化合物を炭素・エネルギー源にできるB. multivoransの全ゲノム構造を解明し,3.4Mbと2.5Mb, 0.9Mbの環状染色体の複製・分配装置を提示するとともに,プラスミド型の複製・分配装置を持つ後2者の染色体のうち,2.5Mb染色体は土壌生態系で主要炭素源となる様々な芳香族化合物の分解酵素遺伝子群を数多くもつことを見出した。また,本菌の土壌で特異的に発現する遺伝子群とこの環境での生存・増殖に必要な候補遺伝子群の網羅的取得を,各々IVETとSTMの遺伝学的手法で実施し,土壌で特異的に発現する候補遺伝子群の2.5Mb染色体支配の相対的割合が高いことを示した。最後に,土壌で用いてこのような遺伝子群を遺伝学的に同定・解析する際の長所と短所を提示した。

  111. 多重染色体性のBurkholderia multivoransのゲノム構造と土壌でのゲノム情報発現

    津田雅孝, 西山依里, 宮越昌利, 永田裕二, 大坪嘉行

    日本土壌微生物学会講演要旨集　2008　2008年

  112. 土壌環境での細菌の生き様を探る(第60回大会シンポジウム報告)

    永田 裕二

    生物工学会誌 : seibutsu-kogaku kaishi　86　(11)　549-549　2008年

    出版者・発行元： 日本生物工学会

    ISSN： 0919-3758

  113. 1S5p06 分子遺伝学的手法による細菌の土壌環境適応戦略の解明(土壌環境での細菌の生き様を探る,シンポジウム)

    大坪 嘉行, 西山 依里, 宮腰 昌利, 永田 裕二, 津田 雅孝

    日本生物工学会大会講演要旨集　20　55-55　2008年

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  114. 土壌生態系での環境細菌ゲノム情報発現

    津田雅孝, 西山依里, 宮腰昌利, 永田裕二, 大坪嘉行

    極限環境微生物学会誌　6　59-62　2007年12月

    DOI： 10.3118/jjse.6.59 　

  115. メタゲノム研究と環境バイオテクノロジー

    永田裕二

    日本生物工学会誌　85　(12)　535-536　2007年12月

    出版者・発行元： 日本生物工学会

    ISSN： 0919-3758

  116. 機能発現に基づく環境汚染物質分解酵素遺伝子の生態系からの直接的取得と解析

    津田雅孝, 小野玲, 宮崎亮, 府中玄樹, 永田裕二

    J. Environ. Biotechnol.　7　(2)　75-78　2007年12月

    出版者・発行元： 環境バイオテクノロジー学会

    ISSN： 1347-1856

  117. 土壌環境細菌の比較ゲノム

    津田雅孝, 永田裕二, 大坪嘉行

    比較ゲノム学から読み解く生命システム〜基本概念から最新ゲノム情報まで（細胞工学 別冊）　166-172　2007年10月

  118. Aerobic degradation of lindane (γ-hexachlorocyclohexane) in bacteria and its biochemical and molecular basis

    Nagata, Y, R. Endo, M. Ito, Y. Ohtsubo, M. Tsuda

    Appl. Microbiol. and Biotechnol.　76　(4)　741-752　2007年9月

    DOI： 10.1007/s00253-007-1066-x 　

    ISSN： 0175-7598

  119. 自然環境で実際に機能する微生物遺伝子の遺伝学的手法による検索と解析

    津田雅孝, 西山依里, 永田裕二, 大坪嘉行

    化学と生物　45　(8)　557-563　2007年8月

    出版者・発行元： Japan Society for Bioscience, Biotechnology, and Agrochemistry

    DOI： 10.1271/kagakutoseibutsu1962.45.557 　

    ISSN： 0453-073X

  120. 学会見聞記２００７年日本農芸化学会大会

    小林厚志, 永田裕二, 大崎雄介, 白川仁, 仲川清隆, 日出間志寿

    バイオサイエンスとインダストリー　65　(7)　360-363　2007年7月1日

    出版者・発行元： （財）バイオインダストリー協会

    ISSN： 0914-8981

  121. 2007年度日本農芸化学会見聞記「環境科学」

    永田裕二

    バイオサイエンスとインダストリー　65　35-35　2007年7月

  122. 環境DNA

    永田裕二

    日本生化学会誌　2007年6月

  123. PB-96 Signature-tagged mutagenesis法によるBurkholderia multivorans ATCC17616株の土壌環境必須遺伝子の同定(追加,ポスターセッションB,ポスター発表)

    宮腰 昌利, 須藤 理絵, 西山 依里, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝

    日本微生物生態学会講演要旨集　(23)　162-162　2007年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  124. S1-5 培養非依存的手法による土壌環境からの環境汚染物質分解酵素遺伝子の取得(シンポジウムI:微生物生態学における環境ゲノミクス,第23回大会シンポジウム)

    永田 裕二, 小野 玲, 宮崎 亮, 府中 玄樹, 大坪 嘉行, 津田 雅孝

    日本微生物生態学会講演要旨集　(23)　175-175　2007年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  125. PB-98 カイメン共在細菌メタゲノム由来のメタ開裂酵素遺伝子の取得と解析(追加,ポスターセッションB,ポスター発表)

    渡邊 洋平, 小野 玲, 横内 裕子, 竹山 春子, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝

    日本微生物生態学会講演要旨集　(23)　163-163　2007年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  126. PA-31 有機塩素系殺虫剤gamma-HCHによる土壌の試験的汚染化に関する研究(農耕地生態系,ポスターセッションA,ポスター発表)

    府中 玄樹, 小野 玲, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝

    日本微生物生態学会講演要旨集　(23)　92-92　2007年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  127. 3H09-3 カイメン共在細菌メタゲノム中のハロアルカン脱ハロゲン酵素遺伝子相同配列の解析(環境浄化・修復・保全技術,一般講演)

    荒井 保亮, 伊藤 通浩, 横内 裕子, 竹山 春子, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝

    日本生物工学会大会講演要旨集　19　184-184　2007年

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  128. 3H09-2 インドの高濃度HCH汚染根圏土壌から取得されたγ-HCH分解資化細菌Sphingomonas sp. MM-1株のγ-HCH分解関与遺伝子群に関する研究(環境浄化・修復・保全技術,一般講演)

    田端 理朗, 遠藤 諒, 伊藤 道浩, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝

    日本生物工学会大会講演要旨集　19　184-184　2007年

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  129. 2S1PM3 機能発現に基づく環境汚染物質分解酵素遺伝子の生態系からの直接的取得と解析(メタゲノム研究と環境バイオテクノロジー,シンポジウム)

    津田 雅孝, 小野 玲, 宮崎 亮, 府中 玄樹, 永田 裕二

    日本生物工学会大会講演要旨集　19　10-10　2007年

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  130. 2007年度日本農芸化学会大会（学会見聞記）

    小林厚志, 永田裕二, 大崎雄介, 白川仁, 仲川清隆, 日出間志寿

    バイオサイエンスとインダストリー　65　34-38　2007年

  131. ハロアルカンデハロゲナーゼの構造と機能 (特集総説 環境バイオ分野での有用生物機能の分子基盤とその応用)

    永田 裕二, 津田 雅孝

    環境バイオテクノロジー学会誌　6　(2)　87-92　2006年12月

    出版者・発行元： 環境バイオテクノロジー学会

    ISSN： 1347-1856

  132. 環境汚染物質を分解する酵素遺伝子の土壌からの直接的取得と解析

    小野玲, 宮崎亮, 永田裕二, 津田雅孝

    バイオインダストリー　23　(11)　44-49　2006年11月1日

    出版者・発行元： シーエムシー出版

    ISSN： 0910-6545

  133. ハロアルカンデハロゲナーゼの構造と機能

    永田裕二, 津田雅孝

    J. Environ. Biotechnol.　6　87-92　2006年11月1日

  134. メタゲノムは宝の山か？

    永田裕二

    生物工学会誌 : seibutsu-kogaku kaishi　84　(2)　73-73　2006年2月

    出版者・発行元： 日本生物工学会

    ISSN： 0919-3758

  135. PB-17 β-HCH脱塩素酵素の数アミノ酸残基の違いが反応特性に及ぼす影響(バイオレメディエーション,ポスターセッションB,(1)ポスター発表会,研究発表会)

    伊藤 通浩, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝

    日本微生物生態学会講演要旨集　(22)　135-135　2006年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  136. 有機塩素系殺虫剤分解細菌の出現-代謝系の構築と酵素の機能-

    永田裕二, 津田雅孝

    蛋白質核酸酵素　50　(12)　1511-1518　2005年10月

    出版者・発行元： 共立出版

    ISSN： 0039-9450

  137. B-09 有機塩素系農薬γ-HCHの新規資化細菌による高度難分解性物質β-HCHの分解代謝(バイオレメディエーション,口頭発表)

    伊藤 通浩, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝

    日本微生物生態学会講演要旨集　(21)　229-229　2005年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  138. 2B13-4 Sphingomonas paucimobilis UT26のgamma-HCH資化に関与するABCトランスポーター遺伝子の単離と解析(環境浄化・修復・保全技術,一般講演)

    遠藤 諒, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝

    日本生物工学会大会講演要旨集　17　86-86　2005年

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  139. メタゲノム的発想に基づいた新規環境汚染物質分解酵素遺伝子へのアプローチ

    永田裕二, 津田雅孝

    化学と生物　43　(1)　33-42　2005年1月

    出版者・発行元： Japan Society for Bioscience, Biotechnology, and Agrochemistry

    DOI： 10.1271/kagakutoseibutsu1962.43.33 　

    ISSN： 0453-073X

  140. Strategies for bioremediation of polychlorinated biphenyls

    Y Ohtsubo, T Kudo, M Tsuda, Y Nagata

    APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY　65　(3)　250-258　2004年8月

    DOI： 10.1007/s00253-004-1654-y 　

    ISSN： 0175-7598

  141. 環境細菌ゲノムと環境DNA

    津田雅孝, 小松春伸, 大坪嘉行, 永田裕二

    J. Environ. Biotechnol.　3　(2)　69-78　2004年6月

  142. B-10 可動性遺伝因子を利用して土壌環境から取得したナフタレン分解酵素遺伝子の解析(遺伝子伝播,口頭発表)

    宮崎 亮, 小野 玲, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝

    日本微生物生態学会講演要旨集　(20)　172-172　2004年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  143. C-39 γ-Hexachlorocyclohexane(γ-HCH)分解菌におけるγ-HCH分解中間代謝産物による生育阻害効果(バイオレメディエーション,口頭発表)

    遠藤 諒, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝

    日本微生物生態学会講演要旨集　(20)　241-241　2004年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  144. S1-2 環境浄化能を司る遺伝子を担う細菌可動遺伝因子のダイナミズム(シンポジウム1 遺伝情報の再編成・水平伝播と環境適応・進化)

    津田 雅孝, 永田 裕二, 大坪 嘉行, 曽田 匡洋

    日本微生物生態学会講演要旨集　(20)　244-244　2004年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  145. C-38 汚染土壌からのγ-HCH分解酵素遺伝子の取得と解析(バイオレメディエーション,口頭発表)

    伊藤 通浩, 小野 玲, 宮崎 亮, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝

    日本微生物生態学会講演要旨集　(20)　240-240　2004年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  146. 2E15-3 ダイズ根粒菌Bradyrhizobium japonicum USDA110株由来ハロアルカン脱ハロゲン酵素DbjAの構造と基質特異性に関する解析(環境浄化・修復・保全技術,一般講演)

    佐藤 優花里, 池田 和香子, 大坪 嘉之, 永田 裕二, DAMBORSKY JIRI, 南澤 究, 津田 雅孝

    日本生物工学会大会講演要旨集　16　171-171　2004年

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  147. 27-B-12 土壌環境遺伝子資源からの新規脱塩素酵素遺伝子の取得と解析(バイオレメディエーション,一般講演)

    伊藤 通浩, 小野 玲, 源河 浩之, 大坪 嘉行, 永田 裕二, 津田 雅孝

    日本微生物生態学会講演要旨集　(19)　47-47　2003年

    出版者・発行元： 日本微生物生態学会

  148. 2J11-2 Sphingomonas paucimobilis UT26 の gamma-HCH 分解に関与する maleylacetate reductase 遺伝子の単離と解析

    遠藤 諒, 永田 裕二, 津田 雅孝

    日本生物工学会大会講演要旨集　15　202-202　2003年

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  149. 2J10-2 植物共生細菌由来ハロアルカン脱ハロゲン酵素の解析

    佐藤 優花里, 池田 和香子, 永田 裕二, 南澤 究, 津田 雅孝

    日本生物工学会大会講演要旨集　15　201-201　2003年

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  150. 有機塩素系農薬による汚染浄化のための環境バイオテクノロジー

    永田裕二

    J. Environ. Biotechnol.　2　(1)　25-38　2002年6月

    出版者・発行元： 環境バイオテクノロジー学会

    ISSN： 1347-1856

  151. スフィンゴモナス属細菌の残留性農薬分解系と汚染土壌浄化への応用

    永田裕二, 宮内啓介, 今井亮三, 津田雅孝

    日本農芸化学会大会講演要旨集　2002　362　2002年3月5日

  152. 918 土壌環境遺伝子資源からの新規芳香族化合物分解酵素遺伝子の取得と解析(環境浄化・修復・保全技術,一般講演)

    小野 玲, 源河 浩之, 石井 秀学, 永田 裕二, 津田 雅孝

    日本生物工学会大会講演要旨集　14　169-169　2002年

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  153. 814 根粒菌Bradyrhizobium japonicum由来のハロアルカン脱ハロゲン酵素の解析(環境浄化・修復・保全技術,一般講演)

    佐藤 優花里, 永田 裕二, 南澤 究, 津田 雅孝

    日本生物工学会大会講演要旨集　14　146-146　2002年

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  154. 遺伝子操作土壌細菌を利用したPCB分解技術の開発

    大坪嘉行, 永田裕二

    エコインダストリー　6　(10)　44-53　2001年10月

    出版者・発行元： シ-エムシ-

    ISSN： 1342-3037

  155. 残留性農薬の分解系酵素遺伝子群とその動態

    永田裕二

    遺伝情報のダイナミズムとその分子機構 IGEシリーズ　29　3-16　2001年6月

  156. 可能性を秘めた細菌におけるペリプラズム酵素系 - 新しく見出された Sec 非依存的新規分泌経路 -

    永田裕二

    化学と生物　38　214-216　2000年4月

  157. 環境を汚染する有機塩素系農薬γ-HCHの微生物代謝系の解明

    永田 裕二

    日本農芸化学会誌　74　434-437　2000年3月5日

    出版者・発行元： 日本農芸化学会

    ISSN： 0002-1407

  158. 環境を汚染する有機塩素系農薬γ-hexachlorocyclohexaneの微生物代謝系の解明

    永田裕二

    日本農芸化学会誌　74　(11)　1247-1257　2000年

    出版者・発行元： Japan Society for Bioscience Biotechnology and Agrochemistry

    DOI： 10.1271/nogeikagaku1924.74.1247 　

    ISSN： 0002-1407

  159. Complete analysis of genes and enzymes for γ-hexachlorocyclohexane degradation in Sphingomonas paucimobilis UT26

    Nagata, Y, K. Miyauchi, M. Takagi

    Journal of Industrial Microbiology & Biotechnology　23　(4-5)　380-390　1999年

    出版者・発行元： Nature Publishing Group

    DOI： 10.1038/sj.jim.2900736 　

    ISSN： 1367-5435

  160. PCBを分解する微生物 −環境汚染物質処理技術への応用をめざして−

    永田裕二, 金原和秀, 高木正道

    現代化学　(323)　46-52　1998年2月

    出版者・発行元： 東京化学同人

    ISSN： 0386-961X

  161. 地球環境中の有機化合物の代謝・循環に関与する微生物から得た有用遺伝子の解析と利用

    高木 正道, 永田 裕二, 堀内 裕之

    バイオサイエンスとインダストリー = Bioscience & industry　55　(12)　11-16　1997年12月1日

    出版者・発行元： バイオインダストリ-協会

    ISSN： 0914-8981

  162. 地球環境中の有機化合物の代謝・循環に関与する微生物から得た有用遺伝子の解析と利用

    高木正道, 永田裕二, 堀内裕之

    バイオサイエンスとインダストリー　55　839-844　1997年6月

  163. Sphingomonas paucimobilis UT26の2,5‐dichlorohydroquinone分解に関与する遺伝子産物の機能解析

    宮内啓介, 永田裕二, 高木正道

    日本生物工学会大会講演要旨集　1996　119-119　1996年

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  164. γ‐HCH分解菌Sphingomonas paucimobilis UT26における2‐chlorohydroquinone以降の分解代謝経路についての解析

    永田裕二, 宮内啓介, 高木正道

    日本生物工学会大会講演要旨集　1996　119-119　1996年

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  165. Sphingomonas paucimobilisの殺虫剤γ‐HCH分解関与遺伝子群の解析とその獲得過程の考察

    永田裕二, 宮内啓介, 高木正道

    日本微生物生態学会講演要旨集　11th　97　1995年11月

  166. Sphingomonas paucimobilisのγ-HCH分解代謝系酵素群の細胞内局在性の解析 : 微生物

    二村 晶子, 永田 裕二, 宮内 啓介, 高木 正道

    日本農藝化學會誌　69　61-61　1995年7月5日

    出版者・発行元： 社団法人日本農芸化学会

    ISSN： 0002-1407

  167. Sphingomonas paucimobilisのγ‐HCH分解に関与するdehalogenase(LinB)の精製とその性質

    永田裕二, 宮内啓介, 高木正道

    日本生物工学会大会講演要旨集　1995　223-223　1995年

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  168. Sphingomonas paucimobilisの2,5‐dichlorohydroquinone分解に関与する遺伝子の単離と解析

    宮内啓介, 永田裕二, 高木正道

    日本生物工学会大会講演要旨集　1995　222-222　1995年

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  169. Sphingomonas (旧名 Pseudomonas) paucimobilis の殺虫剤 γ-hexachlorocyclohexane (HCH, BHC, lindane) 分解代謝系

    永田裕二

    Pseudomonas 研究会会誌　(3)　18-22　1994年6月

  170. Pseudomonas paucimobilisのγ‐BHC分解に関与するdehydrogenase遺伝子の単離と構造解析

    永田裕二, 宮内啓介, 大友量, 高木正道

    日本農芸化学会誌　68　(3)　468　1994年3月

    ISSN： 0002-1407

  171. 583 Pseudomonas sp. KKS102のビフェニル・PCB分解遺伝子群(bph遺伝子群)の転写制御因子の解析

    菊池 裕, 永田 裕二, 小穴 孝夫, 高木 正道

    日本生物工学会大会講演要旨集　6　202-202　1994年

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  172. トランスポゾンTn5によるSphingomonas paucimobilisの2,5‐dichlorohydroquinone分解能に欠陥を持つ変異株の取得と解析

    永田裕二, 宮内啓介, 二村晶子, 高木正道

    日本生物工学会大会講演要旨集　1994　201-201　1994年

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  173. 140. Pseudomonas paucimobilisのγ-BHC分解関与遺伝子群の単離と構造解析

    永田 裕二, 大友 量, 成家 知樹, 福田 雅夫, 矢野 圭司, 高木 正道

    日本生物工学会大会講演要旨集　4　23-23　1992年

    出版者・発行元： 日本生物工学会

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書籍等出版物 13

  1. DNA Traffic in the Environment

    永田裕二, 加藤広海, 大坪嘉行, 津田雅孝

    Springer　2019年2月

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    Mobile genetic elements involved in the evolution of bacteria that degrade recalcitrant xenobiotic compounds

  2. 酵素利用技術体系

    永田裕二, 津田雅孝

    エヌ・ティー・エス　2010年4月16日

  3. 難培養性微生物研究の最新技術II

    永田裕二, 津田雅孝

    シーエムシー出版　2010年4月9日

  4. マリンメタゲノムの有効利用

    永田裕二, 津田雅孝

    シーエムシー出版　2009年7月24日

  5. バイオフィルムの基礎と制御

    永田裕二, 津田雅孝

    株式会社エヌ・ティー・エス　2008年2月4日

  6. 農芸化学の事典

    鈴木昭憲, 荒井綜一編集

    朝倉書店　2003年10月

  7. 人に役立つ微生物のはなし（くらしの中の化学と生物８）

    永田裕二, 遠藤銀朗

    学会出版センター　2002年12月

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    微生物による環境修復・環境浄化

  8. バイオテクノロジーの流れ-過去から未来へ-

    斉藤日向, 太田隆久, 高木正道

    1996年6月

  9. バイオレメディエーションの実際技術

    永田裕二, 高木正道

    シーエムシー, 東京　1996年6月

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    微生物による農薬分解技術

  10. Molecular Biology of Pseudomonads

    Nagata, Y, M. Fukuda, K. Miyauchi, M. Takagi

    American Society for Microbiology, Washington, DC　1996年6月

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    Genes and Enzymes for γ-Hexachlorocyclohexane Degradation in Sphingomonas paucimobilis UT26

  11. 新遺伝子操作の基礎技術

    太田美智男

    1996年3月

  12. 地球を守る小さな生き物たち

    永田裕二

    技報堂出版　1995年6月

    詳細を見る 詳細を閉じる

    農薬(BHC)を分解する細菌

  13. Pseudomonas；molecular biology and biotechnology

    Imai, R, Y. Nagata, M. Fukuda, K. Yano, M. Takagi

    American Society for Microbiology, Washington, DC　1992年6月

    詳細を見る 詳細を閉じる

    Isolation and characterization of a dehydrochlorinase gene for the degradation of γ-hexachlorocyclohexane in Pseudomonas paucimobilis

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講演・口頭発表等 11

  1. 従属栄養細菌の極貧栄養環境での CO 2依存的な増殖現象 招待有り

    永田裕二

    日本農芸化学会2021年度大会シンポジウム「細菌の低栄養環境に対する増殖を伴う適応機構」　2021年3月21日

  2. 細菌の進化機構の理解と環境浄化への応用 招待有り

    永田裕二

    社会にインパクトある研究F-1「生命の奇跡のプロセスに学ぶイノベーション」キックオフシンポジウム　2019年12月22日

  3. 環境浄化で活躍する微生物 招待有り

    永田裕二

    Visionary 農芸化学100シンポジウム・「微生物と私たちの健康・暮らし・環境 〜世界に誇る日本の微生物研究〜」　2018年12月15日

  4. HCH脱塩素反応を触媒するハロアルカンデハロゲナーゼの多様性とバイオレメディエーションへの応用 招待有り

    永田 裕二

    第36回農薬環境科学研究会　2018年11月8日

  5. 人為起源環境汚染物質分解微生物から進化に迫る 招待有り

    永田 裕二

    東北大学大学院生命科学研究科改組記念講演会　2018年7月4日

  6. 高度難分解性環境汚染物質分解細菌から微生物進化を探る 招待有り

    永田 裕二

    日本農芸化学会大会シンポジウム「微生物の多様性ーIFO寄付講座10年の歩み」　2018年3月18日

  7. Evolution of Bacteria Degrading Highly Recalcitrant Environmental Pollutants 招待有り

    永田 裕二

    Special seminar at University of Hyderabad　2018年2月20日

  8. 環境汚染物質を食べる細菌から微生物進化を探る〜細菌の進化機構の解明と微生物機能開発への応用〜 招待有り

    永田 裕二

    日本農芸化学会東北支部シンポジウム「多様な広がりで魅せる微生物研究」　2017年6月24日

  9. 人為起源物質分解細菌の進化と微生物機能開発 招待有り

    永田 裕二

    東北大学大学院生命科学研究科「微生物進化機能開発」寄附講座開設記念シンポジウム　2016年11月24日

  10. Haloalkane dehalogenases in bacteria 国際会議 招待有り

    永田 裕二

    Pacifichem 2015「Enzymes Essential to Biosphere Health: Bioremediation and Biogeochemical Cycling」　2015年12月19日

  11. 環境を汚染する難分解性農薬分解遺伝子群の水平伝播 招待有り

    永田 裕二

    日本微生物生態学会第30回大会シンポジウム「環境での遺伝子リスクの醸成：薬剤耐性と病原性の遺伝子伝播」　2015年10月20日

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産業財産権 1

  1. ハロアルカンデハロゲナーゼを使用するイペリットの解毒方法

    プロコプ, ズビーネク, ダンボルスキー, ジリー、オプルスティル, フランティシェク、イェセンスカー, アンドレア、ナガタ, ユウジ

    特許第4793947号

    産業財産権の種類: 特許権

共同研究・競争的資金等の研究課題 38

  1. Polychlorinated biphenylsの微生物分解に関する研究 競争的資金

    1991年6月 ～ 継続中

  2. γ-Hexachlorocyclohexaneの微生物分解に関する研究 競争的資金

    1991年6月 ～ 継続中

  3. 土壌微生物機能発揮の鍵となる群集・メタゲノム構造の特定

    近藤 倫生, 川津 一隆, 永田 裕二, 大坪 嘉行, 加藤 広海

    2021年9月10日 ～ 2026年3月31日

  4. 細菌の遺伝子獲得能を利用した未開拓遺伝子資源の効率的利用法の開発

    永田 裕二, 大坪 嘉行, 岸田 康平

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

    研究機関：Tohoku University

    2024年6月 ～ 2026年3月

  5. 細菌の劣悪環境での生残・増殖機構に基づいた有用細菌の高度利用戦略

    永田 裕二, 大坪 嘉行

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    研究機関：Tohoku University

    2022年4月1日 ～ 2025年3月31日

    詳細を見る 詳細を閉じる

    有用機能を持つ細菌を実環境などで利用する際、しばしば純粋分離菌の実験室環境での評価から期待される成果が得られず問題となる。その主因は、当該環境が細菌の生残・ 増殖に適さない劣悪な環境であることによる。本研究では、典型的な環境細菌をモデルとして、我々が見出した（1）有機炭素源非添加の極貧栄養条件下での増殖現象（HYGO表現型）と、（2）高度難分解性の有機塩素系殺虫剤HCHによる汚染環境での集団としての適応現象に着目し、細菌の「劣悪環境での生残・増殖」の鍵となる基本原理・機構を明らかにし、（3）その知見から有用細菌の機能を劣悪な環境でも最大限に利用するのための理論的基盤を構築する。 本年度は、各項目について以下の成果を得た。（1）これまでに取得したデータを元に、HYGO表現型株は、低栄養環境下においてグリオキシル酸回路でCO2の放出を抑えつつ、補充反応でCO2を固定し、環境中に低濃度で存在する微量のアルコール類を炭素源・エネルギー源として利用している可能性が高いと結論した。また、HYGO表現型に必須なアルコールデヒドロゲナーゼAdhXは、様々な基質から還元力を得るだけでなく、基礎代謝系の活性強化やシグナル物質の代謝など、多面的な機能を持つ可能性が示唆された。（2）HCH分解細菌コミュニティ形成に中心的な役割を果たす非分解細菌のCupriavidus属TKC株のプレート上でコロニーを薄く広げる変異株を取得し、リシーケンスにより２つの遺伝子の変異を同定した。また、TKC株は当該コミュニティ由来でないHCH分解細菌UT26株とも巨大コロニーを形成することを明らかにした。（3）プレート上でPaenibacillus属NK-L2株によりHCH分解細菌株が運ばれるヒッチハイク現象にプレートの寒天濃度と水分含量が重要であることを明らかにした。また、NK-L2株の全ゲノム配列を決定した。

  6. 細菌の劣悪環境での生残・増殖機構に基づいた有用細菌の高度利用戦略

    永田 裕二, 大坪 嘉行

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    研究機関：Tohoku University

    2022年4月1日 ～ 2025年3月31日

  7. 細菌の細胞外遺伝情報記憶システムの実体に迫る

    永田 裕二, 大坪 嘉行

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

    研究種目：Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)

    研究機関：Tohoku University

    2022年6月30日 ～ 2024年3月31日

  8. 細菌の環境での生き様の理解による有用細菌の実環境利用への展開

    永田 裕二, 大坪 嘉行, 加藤 広海, 津田 雅孝

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    研究機関：Tohoku University

    2019年4月1日 ～ 2022年3月31日

    詳細を見る 詳細を閉じる

    有用細菌の実環境利用における問題の主因は、細菌の環境での生き様が十分に理解されていないことによる。本研究では、環境汚染物質である有機塩素系殺虫剤HCH分解細菌株をモデルとして、（1）極貧栄養条件下での適応・増殖戦略と、（2）当該物質分解コミュニティに共在するが分解能を持たない他細菌株との関係性に着目し、環境細菌の実環境での生き様の理解を深める。さらに、（3）分解細菌の効果を最大限に発揮するための具体的接種方法を提示し、実環境での有用細菌株の効率的利用のための理論的基盤を構築する。 本年度は、各項目について以下の成果を得た。（1）HCH分解細菌UT26株においてアルコールデヒドロゲナーゼをコードするadhX遺伝子が高発現すると有機炭素源非添加の無機固体培地上でもコロニー形成するhigh-yield growth under oligotrophic conditions (HYGO) 表現型（論文発表に伴い呼称を変更）を示す現象について解析を進め、(i) qTn-Seq法に用いる約10,000クローンからなるHYGO株のTn変異株ライブラリーを完成させ、qTn-SeqやRNA-Seq等の網羅的解析のための培養条件を検討した。また、機構解明に繋がるいくつかの興味深い現象を見出した。（２）HCH分解細菌コミュニティに関する研究では、非分解細菌の存在がコミュニティ全体のfitnessの上昇に作用する機構に関する知見を得た。また、プレート上で非分解細菌が分解細菌の膜成分を認識し、接近する可能性が示唆された。（３）得られる知見の応用への展開では、土壌マイクロコズムを用いて、HCH分解細菌株の土壌生残性と分解活性に与える因子に関する実験を進め、土壌の状態によって効果にバラツキがあることが明らかになった。

  9. 汚染土壌由来の有害化合物分解コンソーシアム：分解菌に対する共存非分解菌の役割

    津田 雅孝, 永田 裕二, 大坪 嘉行, 加藤 広海

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    研究機関：Tohoku University

    2017年4月1日 ～ 2020年3月31日

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    特定細菌群は代表的有害化学物質であるフェナントレンの分解能を有するにもかかわらず、本化合物により大幅な生育阻害を受けること、そして、この阻害は分解能のない様々な異種細菌株の共存により大幅に解消されることを本研究開始前に見出していた。本研究では、上記の生育阻害と共存異種細菌株による阻害緩和の両現象に関して、遺伝学やゲノム科学の観点を含む多角的で詳細な解析により、両現象を各々支配する機構と新規性を備えた異種微生物間相互作用を提示した。

  10. 複合微生物系と極貧環境下での生育能から環境細菌の実環境での生き様に迫る

    永田 裕二, 津田 雅孝, 大坪 嘉行, 加藤 広海

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research

    研究機関：Tohoku University

    2016年4月1日 ～ 2018年3月31日

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    難分解性有機塩素系殺虫剤分解細菌とその分離源となった細菌コミュニティをモデルとし、複合微生物系と極貧環境下での生育能に着目した研究を実施し、非分解細菌の分解コミュニティにおける重要性を示す結果、ならびにある種のアルコールデヒドロゲナーゼ遺伝子を高発現させることでCO2の固定を伴い有機炭素源非添加の無機固体培地上で生育可能となる現象が環境細菌が広く有する普遍性の高いものであることを示す結果を得た。さらに、これら現象の機構解明に繋がる多くの知見を得、環境細菌の実環境での環境浄化への応用のための理論的基盤を構築した。

  11. 細菌の超低栄養好気的条件下での生育に機能する基礎代謝経路の全貌解明

    永田 裕二, 津田 雅孝, 大坪 嘉行

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research

    研究機関：Tohoku University

    2014年4月1日 ～ 2016年3月31日

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    典型的な好気性従属栄養環境細菌Sphingobium japonicum UT26株で見出された「adhX遺伝子が高発現すると大気中のCO2を取り込みながら有機炭素源非添加無機固体培地で生育可能となる現象」を解析し、adhXがアルコールデヒドロゲナーゼ活性を有するタンパク質をコードし、当該活性と本表現型とに相関関係があることを示すと共に、adhX依存的な本表現型が環境常在細菌が有する普遍性の高い低栄養環境適応戦略機構のひとつである可能性を提示した。

  12. 芳香族系汚染物質添加環境での微生物集団応答様式の包括的研究

    津田 雅孝, 黒川 顕, 永田 裕二, 大坪 嘉行

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    研究機関：Tohoku University

    2013年4月1日 ～ 2016年3月31日

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    環境に放出された有害化学物質の分解・浄化に当該環境棲息細菌集団が大きな役割を果たすが、本環境でどのような細菌株やその集団が分解の主たる役割を如何に果たすかの解明をめざした。フェナントレン分解細菌集団の解析で、集団中の細菌株の当該物質分解は共存する他の非分解細菌株が有する2つの機構で増強された。また、環境息細菌集団を同一滅菌環境に移植した際に、独立試料間で類似性が極めて高い菌叢遷移様式を示したことから、自然環境での細菌集団による有害物質分解様式を明示できる方法論が確立した。

  13. スフィンゴモナス細菌群の新規物質代謝能力獲得を司る機構の解明とその応用

    永田 裕二, 津田 雅孝, 大坪 嘉行, 田之倉 優, 岡井 公彦

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    研究機関：Tohoku University

    2013年4月1日 ～ 2016年3月31日

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    スフィンゴモナス細菌群が有する特殊能力である難分解性環境汚染物質gamma-hexachlorocyclohexane分解資化能の獲得機構に着目した研究を実施し、(i) 鍵となる分解酵素が変異の蓄積で活性を段階的に変化させること、(ii) スフィンゴモナス特有のプラスミドや特定の挿入配列が新規遺伝子の獲得に重要な役割を担っていること、(iii) スフィンゴモナス細菌群が難分解性物質代謝に適した遺伝的背景を有していること、などを明示し、将来的な応用にも繋がる細菌の新規能力獲得に関する重要な知見を得た。

  14. 環境細菌の極貧有機炭素源環境下での生育を司る機構の解明

    永田 裕二, 津田 雅孝, 大坪 嘉行

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research

    研究機関：Tohoku University

    2012年4月1日 ～ 2014年3月31日

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    典型的な好気性従属栄養環境細菌Sphingobium japonicum UT26株でadhX遺伝子が高発現すると大気中のCO2を取り込みながら炭素源非添加無機培地で生育可能となる現象を見出した。さらに、adhX高発現株のトランスポゾン変異株ライブラリーの解析により、ピルビン酸/リン酸ジカイネース、アセチルCoAシンテターゼ、イソクエン酸リアーゼをコードすると推定される遺伝子が本表現型に必須であることを明らかにし、UT26株の全ゲノム配列情報も利用して、PPCによるCO2固定を伴うグリオキシル酸回路が超低栄養条件下での同化過程として機能している可能性が高いという重要な知見を得た。

  15. 細菌環境汚染物質分解能の水平伝播を規定する因子の研究

    津田 雅孝, 永田 裕二

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research

    研究機関：Tohoku University

    2011年 ～ 2012年

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    細菌プラスミドの種属を越えうる接合伝達能は宿主細菌に迅速な環境適応・進化をもたらすが、接合伝達宿主域の規定要因は不明である。本研究では、環境汚染物質分解能を支配する2種の自己伝達性プラスミドが同種内細菌でも限られた受容菌株にのみ接合伝達能を発揮する現象に着目し、接合伝達過程での接合対形成不全や受容菌支配で接合に直接関係しないとされてきた多面的代謝制御系が、接合伝達を可能にする受容菌宿主域を規定することを示した。

  16. 環境汚染物質添加土壌での微生物集団応答様式の研究

    津田 雅孝, 黒川 顕, 永田 裕二, 大坪 嘉行

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    研究機関：Tohoku University

    2010年 ～ 2012年

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    汚染土壌での汚染物質微生物分解の実体と本生態系での微生物の適応様式の解明をめざし、環境汚染物質を人為的に添加した閉鎖系土壌をモデル系として、(a)土壌のメタゲノムの生物情報学解析と、(b)実際に分解能を示す各種分解酵素遺伝子群の取得・解析を経時的かつ同時平行的に実施した。この結果、汚染化に伴う棲息細菌集団と各種分解酵素遺伝子群等の変動様式を明らかにし、汚染物質分解に関与したと示唆された遺伝子群とその由来細菌属を提示した。

  17. 人為起源物質分解能をモデルとした環境中での細菌の機能進化を司る分子基盤の解明

    永田 裕二, 津田 雅孝, 大坪 嘉行, 千田 俊哉, 田之倉 優

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    研究機関：Tohoku University

    2010年 ～ 2012年

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    細菌の環境中での機能進化に関する知見を得ることを目的として、完全な人工合成化合物である有機塩素系殺虫剤γ-HCHを完全分解資化する細菌と、有機塩素系化合物分解の鍵酵素である脱ハロゲン酵素に関する詳細な解析を実施した。その結果、(1)いくつかの脱ハロゲン酵素の構造-機能相関を明らかにし、酵素の機能進化過程に関する知見を得た。また、(2)ゲノム構造の観点から、環境細菌が新規能力を獲得する過程に関する知見を得ると共に、その過程における特定の可動性遺伝因子の重要性を提示した。さらに、(3)得られた知見を利用して、細菌の環境中での機能進化を実験的に検証する系を構築した。

  18. 多彩な能力を有するスフィンゴモナス細菌群のゲノムの可塑性とその構成原理の解明

    永田 裕二, 津田 雅孝, 大坪 嘉行

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research

    研究機関：Tohoku University

    2010年 ～ 2011年

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    スフィンゴモナス細菌群の代表株として、全ゲノム情報が判明し、分子遺伝学的手法が確立している有機塩素系殺虫剤.-HCH完全分解資化細菌Sphingobium japonicum UT26株、および本菌株に特異的な性質である.-HCH分解に関与するlin遺伝子群を主な実験材料として用い、UT26株のゲノム動態に挿入配列IS6100が重要な役割を果たしていることを明らかにした。さらに、UT26株以外の.-HCH分解能を有するスフィンゴモナス細菌3株(MM-1株、MI1205株、TKS株)のドラフトゲノム解析を実施し、これらの株がそれぞれ独立にlin遺伝子群を獲得して.-HCH分解菌となったことを示唆する知見を得ると共に、スフィンゴモナス細菌特有のプラスミドの構造を明らかにした。また、その他環境細菌を材料とした関連研究も実施した。

  19. 培養非依存的手法を用いた自然生態系からの新規プラスミドの取得とその多様性の解明

    津田 雅孝, 永田 裕二

    2008年 ～ 2009年

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    細菌由来の多種多様な生物機能を支配するプラスミドは、水平伝播能を備えることから、宿主細胞の広範で迅速な環境適応能獲得と進化に極めて大きく貢献する。しかし、未だ培養困難な細菌群が大多数を占める実際の自然生態系に存在するプラスミドに関する系統立てた包括的解析は皆無である。本研究では、宿主細胞の培養を割愛した手法を駆使して、自然生態系から様々な機能を担うプラスミドを網羅的に取得・解析し、また、当該生態系での取得プラスミドの挙動を解析することで、細菌におけるプラスミドの生物学的重要性を包括的に提示することを目的としている。当該年度には、昨年度に宿主細胞の培養を割愛した手法で取得した200kbの多環芳香族化合物分解プラスミドの更なる解析を行い、取得したプラスミドは大腸菌でも複製・維持可能なIncP-9不和合性群伝達性プラスミドであることを明示した。一方、環境汚染物質である複数石油主要成分芳香族系化合物で人工的に汚染化した土壌から経時的に調製したメタゲノムDNA試料の塩基配列を、第2世代シーケンサーを用いて大規模解読した。この結果、汚染物質が効率よく分解されていた時期由来のメタゲノム内には分解酵素遺伝子を担うことが知られていたプラスミド群の複製・分裂装置の遺伝子群と相同性を示す塩基配列の数が、分解酵素遺伝子の数とともに、上昇していた。従って、プラスミド支配の分解酵素遺伝子が汚染物質分解に対して重要な役割を果たしていたことが強く示唆された。

  20. 挿入配列の土壌環境での動態の解明と新規遺伝子獲得への応用

    永田 裕二, 津田 雅孝, 大坪 嘉行

    2007年 ～ 2008年

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    環境細菌は、変動しやすい様々な環境に適応し生存するために、複雑な遺伝子発現調節機構に加えて、水平伝播による遺伝子の外部からの獲得やゲノム構造の再編成など、よりダイナミックな遺伝子構造の変化を伴う環境適応機構を有していると考えられる。本研究では、難分解性環境汚染物質分解酵素遺伝子の周辺領域に高頻度で検出される可動性のISに注目することにより、(1) これらISの自然環境での分布と動態の把握、(2) 自然環境での機能的遺伝子カセット創出のメカニズムの解明、(3) ISを利用した新規遺伝子取得方法の確立を達成目標とする。前年度までに、有機塩素系農薬gamma-HCH汚染土壌から直接抽出したDNAを鋳型とし、PCRで増幅した2コピーのIS6100で挟まれた領域に高頻度でgamma-HCH分解に関与するlin遺伝子群が存在することを明らかにし、その成果を国際学術誌に発表した。さらに、(i) IS6100は、gamma-HCH汚染土壌由来DNAからはPCRで検出されるが、各種非汚染土壌からは検出されないこと、(ii) PCRでIS6100が検出されない非汚染土壌をgamma-HCHで人工的に汚染させた場合に、IS6100が検出されるようになること、(iii) 同非汚染土壌を各種芳香族化合物で人工的に汚染させた場合には、IS6100が検出されるようにはならないこと、を確認し、土壌環境微生物中で、gamma-HCH汚染特異的にIS6100の増幅が認められることを明らかにした。また、(i) 汚染化土壌中で、2コピーのIS6100で挟まれた領域の塩基配列が汚染化後の日数によって変化し、IS6100が汚染化により動的挙動を示していること、(ii) 汚染化土壌には既知のlin遺伝子群を有さない微弱なgamma-HCH分解菌が出現しているらしいこと、が明らかとなった。

  21. 細菌が持つ環境汚染物質分解酵素遺伝子の水平伝播

    津田 雅孝, 永田 裕二, 大坪 嘉行

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    研究機関：Tohoku University

    2006年 ～ 2008年

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    各種汚染物質の分解者である環境細菌は、新規環境汚染物質化合物に対する分解能を極めて短時間で獲得するが、このような汚染環境への適応・進化に、分解酵素遺伝子群を担うプラスミドやゲノミックアイランドなどの可動性遺伝因子の種を超えた水平伝播が関与する。本研究では、これら可動性遺伝因子の水平伝播の分子機構、水平伝播能を制御する生物的要因、そして水平伝播可能な受容菌株宿主域規定要因を明らかにした。

  22. 未開拓遺伝子資源を利用した細菌の有機塩素系環境汚染物質浄化能力の総合的開発

    永田 裕二, 津田 雅孝, 大坪 嘉行, 千田 俊哉, 田之 倉優, 竹山 春子

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    研究機関：Tohoku University

    2006年 ～ 2008年

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    環境汚染が深刻な代表的な有機塩素系殺虫剤に焦点をあて、(i) 難培養性微生物の遺伝情報も含む未開拓な遺伝子資源から新規の分解酵素遺伝子の取得、(ii) 有機塩素系環境汚染物質分解の鍵酵素である脱ハロゲン酵素の機能改良、(iii) 直接の分解酵素以外で分解活性の発現に必須な細胞因子の同定、(iv) 有効な有機塩素系化合物の生分解システムの構築、を実施し、環境細菌が有する高度難分解性有機塩素系化合物の分解能力に関する重要な基礎的知見を得ると共に、実際の環境浄化へ結びつけるための基盤を整備した。

  23. 農薬分解細菌をモデルとした環境常在細菌ゲノムの遺伝的動態と構成原理に関する研究

    永田 裕二, 津田 雅孝

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

    研究機関：Tohoku University

    2004年 ～ 2005年

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    環境変動に対する細菌のゲノム再編成を伴う適応進化機構は生物学上の大きな興味のひとつである。本研究では、環境常在細菌の迅速な新規能力獲得機構を明らかにするために、高度に難分解性の人工化合物である有機塩素系農薬gamma-hexachlorocyclohexane(HCH)を分解資化するグラム陰性細菌Sphingobium japonicum(Sphingomonas pucimobilisより改名)UT26株のゲノムの構成原理、およびゲノム動態の機構の解明を目指した。 本研究において、バルスフィールドゲル電気泳動法およびサザン解析などを用いて(1)UT26株のゲノムが、3.6Mbと660kbのrRNA遺伝子が存在する2種の染色体(Chr.I, Chr.IIと命名)と、185kbのプラスミド(pCHQ1と命名)、および約30kbと5kbのプラスミドから構成されること、(2)HCH分解代謝に必要な遺伝子群linA, linB, linCはChr.Iに、linREDオペロンはpCHQ1に、linFはChr.IIにそれぞれ存在すること、を明らかにした。さらに、(3)linREDオペロンを担うpCHQ1が少なくとも近縁種に接合伝達可能であることを明らかにした。一方、(4)UT26株はゲノムの再編成に関与している可能性もある内在性の転移因子ISsp1を保持していた。また、(5)UT26株がHCHを分解代謝する過程で生じるdead-end産物の2,5-dichlorophenolが細胞毒性を示すことを明らかにすると共に、(6)UT26株がHCHを単一炭素源として生育するのに必須なABCトランスポーター遺伝子を同定した。すなわち、UT26株のHCH分解資化能獲得を論じる際には、これら直接の分解酵素以外の遺伝子についても考慮しなければならないことを明らかにした。

  24. セパシア菌ゲノムの構造と多様化・進化に関する研究

    津田 雅孝, 永田 裕二, 澤田 宏之

    2004年 ～ 2004年

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    ヒトや動植物への病原性、植物病原菌駆除能、環境汚染物質も含む多様な有機化合物資化能をもつセパシア菌ATCC17616株では、ゲノムが3.4Mb,2.5Mb,0.9Mbの3種環状染色体から構成され、生育環境変動により各染色体が大規模な再編成を示す結果、新規形質を容易に獲得する。各染色体の構成原理と構造的動態、そして多様化と染色体進化を司る分子機構の実験的提示をめざし、以下の成果を得た。 1.本株ゲノムのrandom shotgunシーケンシングを約10万リード、冗長度8倍で実施し、53のメージャーコンティグを得た。この中に、基本的生命活動に必須な多くの遺伝子とともに、動植物に対する病原因子の遺伝子、炭素源となりうる各種芳香族化合物分解遺伝子等を見出した。 2.2.5Mbと0.9Mb染色体の複製・分配関連遺伝子領域は、いずれもプラスミド型のrepA-parB-parAという遺伝子構造を持っていた。repA上流とparA下流には、それぞれ各染色体の複製起点並びに分配にシスに働くと想定される特徴的な繰り返し配列が存在していた。 3.高鉄濃度で活性型になる鉄レギュロンの統括的制御因子Furの突然変異体では、活性酸素種への感受性増大の他、最低16種の多様な化合物の分解資化能の消失、活性窒素である亜硝酸イオンへの嫌気条件での感受性の増大を見出した。一方、高鉄濃度で転写量が増大する2種の炭素源分解遺伝子を見出した。また、上記のコンティグのin silico解析から、Furが結合する塩基配列がゲノム上に最低29コピー存在することが示唆された。 4.近隣細菌株由来でカタボライト抑制を受けるビフェニル分解遺伝子プロモーターを用いることで、本ATCC17616株にはガラクトースやブドウ糖によるカタボライト抑制が存在し、本抑制には2成分シグナル伝達系が関与することが示唆された。

  25. 全ゲノム塩基配列情報に基づく根粒菌の共生機構の解明

    南澤 究, 横山 正, 田島 茂行, 佐伯 和彦, 永田 裕二, 大和田 琢二

    2003年 ～ 2003年

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    本調査の目的は、根粒菌とマメ科植物の共生機構および生態を根粒菌ポストゲノム解析により明らかにする総合的な戦略を練り、食糧生産および環境保全に資する共生科学を創成することにある。8月12-13日に仙台において、ワークショップ「根粒菌のポストゲノム研究の展開」を開催し、数回の打合せ行い、以下のような項目について調査を行った。 1)モデルマメ科植物分子遺伝解析に対応したミヤコグサ根粒菌の戦略の検討:根粒菌の遺伝子が宿主植物側の共生受容系や防御応答系とどのような相互作用を通じて共生成立に至るのかという点を、モデルマメ科植物ミヤコグサの分子遺伝解析タイアップしながら進行させる必要がある。既に共同研究として論文発表した網羅的な遺伝子発現解析・破壊株の共生特性の解析以外に、CalcofluorやTn-phoA変異などの根粒菌の細胞膜構造、分泌タンパク、多糖生産の変異株が、相互作用機構解明に適したアプローチ方法であると結論された。 2)ダイズ根粒菌のアレイ解析・ライブラリー構築利用の基本戦略の策定:ミヤコグサ根粒菌と同様に整列化コスミッドライブラリーが、品種特異的共生因子の同定に有効であると判断された。また、ミヤコグサ根粒菌で使用したマクロアレイ系のダイズ根粒菌への適用は、クローンの選択・RNA抽出方法などの改善が必要であると考えられた。 3)食糧生産および環境保全への応用:根粒菌ゲノム情報から難分解物質分解系遺伝子、脱窒遺伝子群は、根粒菌接種に環境保全への付加価値をつけ、また機能性遺伝子導入根粒菌による共生環境修復への発展性が期待された。また、グリシンベタインによる浸透圧(塩)耐性、乾燥耐性は、応用研究に有効であると考えられた。野外利用はセルフクローニング系が有望であった。 4)クローン管理およびデータベース構築:データベース構築・公開は大阪大学で、クローン管理は東北大学と東京農工大学で共同で行うこととした。

  26. セパシア菌のゲノム構造とその再編成・多様化・進化に関する研究

    津田 雅孝, 澤田 宏之, 永田 裕二

    2003年 ～ 2003年

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    ヒトや動植物への病原性、植物病原菌駆除能、環境汚染物質も含む多様な有機化合物資化能をもつセパシア菌ATCC17616株では、ゲノムが3.4Mb,2.5Mb,0.9Mbの3種環状染色体から構成され、生育環境変動により各染色体が大規模な再編成を示す結果、新規形質を容易に獲得する。各染色体の構成原理と構造的動態、そして再編成と染色体進化を司る分子機構の実験的提示をめざし、以下の成果を得た。 1.本株ゲノムrandom shotgunシーケンシングの2万リード弱で得られた配列情報に関して、解析を実施しているとともに、類縁菌株には存在しないユニークな遺伝子の検出を行っている。 2.昨年度取得済みの3.4Mb染色体分配関連遺伝子領域に加え、さらに、2.5Mbと0.9Mb染色体の分配関連遺伝子領域を取得した。新規に取得した2領域はいずれもプラスミド型の遺伝子構造を持っていたが、ビブリオ属やブルセラ属細菌の副(第2)染色体との系統学的類縁関係は低かった。 3.高鉄濃度で活性型となる鉄レギュロンの統括的制御因子Furは、チトクロームcオキシダーゼ遺伝子(cox)クラスターとともに、酸素ストレス耐性賦与に関わるMn含有スーパーオキシドジスムターゼをコードする遺伝子sodBの発現を転写レベルで促進することが判明した。また、活性のあるFurタンパク質の精製に成功し、cox並びにsodB遺伝子プロモーター領域への結合を検討している。 4.本菌株ゲノム上に存在する各種可動遺伝因子の転移頻度を定量的に評価する実験系を構築した。本系を用い、様々な環境ストレス存在下での各種挿入配列(IS)の転移頻度度を検討した結果、高温ストレスがこれら、ISの転移頻度を上昇させることを見いだした。

  27. セパシア菌ゲノムを構成する3種染色体の構造とその可塑性に関する研究

    津田 雅孝, 澤田 宏之, 永田 裕二

    2002年 ～ 2002年

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    ヒトや動植物への病原性、植物病原菌駆除能、環境汚染物質も含む多様な有機化合物資化能をもつセパシア菌ATCC17616株では、ゲノムが3.4Mb,2.5Mb,0.9Mbの3種環状染色体から構成され、生育環境変動により各染色体が大規模な再編成を示す結果、新規形質を容易に獲得する。各染色体の構成原理と構造的動態、そして再編成と染色体進化を司る分子機構の実験的提示をめざし、以下の成果を得た。 1.Tn5誘導体挿入突然変異の更なる解析から、窒素代謝レギュロンの統括的転写制御因子遺伝子rpoNとntrCの3.4Mb染色体支配を見出した。また、本染色体にはヒスチジン合成に必要な全his遺伝子クラスターが、そして、2.5Mb染色体のleuCDB近傍にはtrpFBAクラスターが存在していた。これら遺伝子のゲノムでのコピー数は1であった。 2.多くの細菌種とは異なり、3.4Mb染色体上のrpmH-dnaA間には染色体複製開始起点は存在しなかった。両遺伝子と隣接性がなかった3.4Mb染色体分配関連遺伝子領域は通常細菌染色体の当該領域と高い構造的相同性を示すgidA-gidB-parA-parBの構造を有し、parA-parB破壊株の富栄養条件での生育には顕著な欠損はなかった。一方、2.5Mb染色体のparAはプラスミド型の遺伝子構造を持っていた。 3.0.9Mb染色体には、高鉄濃度で転写促進されるチトクロームcオキシダーゼ遺伝子クラスターとともに、ISやIS関連転移酵素遺伝子が50%を占める12kbの領域が存在することが判明した。 4.塩基配列決定と可動遺伝因子捕捉系で同定した10種ISはゲノムで8コピー以下であり、これらISの転移がゲノム再編成に深く関与する可能性は高くなかった。また、ISBmu2とISBmu4はIS5グループ、IS408とISBmu6はIS21グループに属することが判明した。

  28. 環境遺伝子資源からの新規環境汚染物質分解酵素遺伝子の取得と解析

    永田 裕二, 津田 雅孝

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

    研究機関：Tohoku University

    2001年 ～ 2002年

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    これまでに多くの環境汚染物質分解資化菌が単離され,その代謝に直接関与する酵素遺伝子群の解析が行われてきている。しかし,従来の方法では,まず,ある物質に対する分解資化菌の単離・培養というプロセスを経るために,それがバイアスとなって,獲得される分解菌・酵素遺伝子はどれも類似なものばかりであった。そこで,本申請研究では,集積培養やプレート上でのコロニーの形成などの培養プロセスを経ずに直接土壌環境中から単離したDNAを遺伝子資源として用いて,新規の環境汚染物質分解酵素遺伝子を取得し,それを解析・応用することを目的とした。まず,土壌から直接DNAを抽出し,制限酵素での切断が可能なまでに精製する方法を確立した。さらに,広宿主域コスミドベクターを用いて,土壌から直接抽出・精製したDNAより「土壌ライブラリー」を構築した。これをナフタレン分解資化に関与する遺伝子群の一部に欠損を持つ株に導入したところ,ナフタレン資化能が相補されたクローンが獲得された。遺伝子解析の結果,ナフタレン分解資化に問接的に関与する新規遺伝子が取得されたと考えられた。一方,(1)加水分解的脱ハロゲン活性,(2)BHC脱塩化水素活性,を有する遺伝子が導入されると,それぞれ,ハロアルカン,BHCで生育が可能となる宿主を構築,あるいは取得した。これらの宿主の有効性は,既得遺伝子(linB, linA)を広宿主域ベクターで導入することにより確認した。これらの株への「土壌ライブラリー」の導入を引き続き進めている。以上,環境遺伝子資源からの新規遺伝子獲得のための基盤の構築は達成できたと考えている。また,既得環境汚染物質分解酵素遺伝子群および遺伝子産物の詳細な解析,ゲノム情報を利用した新規遺伝子の取得と解析も本研究の一環として進めた。

  29. スフィンゴモナス属細菌を用いる環境浄化システム構築基盤

    村田 幸作, 河合 富佐子, 福田 雅夫, 永田 裕二, 五十嵐 泰夫, 室岡 義勝

    2001年 ～ 2001年

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    スフィンゴモナス属細菌は、グラム陰性であるにも関わらず、外膜にリポ多糖(LPS)を持たず、代わりに動物細胞の細胞膜に特有のスフィンゴ糖脂質を含む特徴的な細菌である。そのため、細胞表層は通常の細菌よりも疎水的雰囲気が強く、ダイオキシンなど水不溶性の環境有害物質の強力な分解菌として注目されている。また、この細菌群の細胞表層は巨大な襞分子によって覆われており、環境条件や栄養条件に依存してその襞分子を再編成し、巨大な孔(体腔)を形成する。この体腔は、巨大分子の取り込み口として機能する。このような特徴的な構造と強力な人工物質代謝能を利用することにより、強力な環境浄化・再生能を持っ細菌の育種が考えられる。そこで、スフィンゴモナス属細菌のかかる性質を、構造と機能、並びに自然界での生存形態の観点から詳細に解析し、その環境浄化・再生への適用の可能性を調査・研究した。その結果、本菌群が現在検討されている様々な細菌群よりも並外れた能力を有し、更に機能の向上を図ることによって、実用的な環境浄化・再生細菌の育種が可能であるという見通しを得た。更に、研究班員を動員して、平成13年11月21日、京都において本菌群の構造と機能に関するシンポジウム(産官学合わせて60余名の参加)を開催し、環境有害物質(天然高分子、人工高分子、環境ホルモン、農薬など)の分解能、分解機構、並びに分解に関わる酵素とその遺伝子について詳細な討議を行った。自然環境下でのスフィンゴモナス属細菌の形態形成制御とエコーシステムに関しても討議した。また、スフィンゴモナス属細菌の全ゲノム構造を決定するビッグサイエンスも開始しており、今後、この研究成果を特定研究にまで発展させる基礎と重要性が認識された。これを機に、我が国のスフィンゴモナス属細菌研究者を網羅した環境微生物研究会を正式に発足した。

  30. セパシア菌のゲノム構造とその可塑性に関する研究

    津田 雅孝, 澤田 宏之, 永田 裕二

    2001年 ～ 2001年

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    ヒトや動植物への病原性、植物病原菌駆除能、環境汚染物質も含む多様な有機化合物資化能をもつセパシア菌ATCC17616株では、ゲノムが3.4Mb,2.5Mb、0.9Mbの3種環状染色体から構成され、生育環境変動により各染色体が大規模な再編成を示す結果、新規形質を容易に獲得する。各染色体の構成原理と構造的動態、そして再編成と染色体進化を司る分子機構の実験的提示をめざし、以下の成果を得た。 1.約40のTn5誘導体挿入栄養要求性突然変異の多くは3.4Mb染色体に分布し、本染色体上のargH, hisCBHAFIE, trpEGDCの詳細構造を示した。また、2.5Mb染色体でのargGとleuADB, lysRAの存在が判明した。鉄レギュロンの統括的転写制御因子遺伝子furは遺伝子破壊が可能で、高鉄濃度でFurは病原因子シデロフォアの産生を負に、細胞に酸素ストレス耐性を賦与する酵素群の発現を正に制御していた。また、これら遺伝子はゲノムでのコピー数が1で、想定機能を有していた。 2.3.4Mb染色体上のrpmH-dnaA-dnaN-gyrBのrpmH-dnaAでのDnaA boxの存在、2.5Mb染色体上でのgrpE-dnaK-dnaJの存在、そして、これら7遺伝子とgroEL, rpoD, recAのゲノムでのコピー数が1であることを示した。また、2種の異なるparAファミリー遺伝子を担うコスミドを取得した。 3.可動遺伝因子捕捉系で取得した5種のISはゲノムで3〜9コピー存在した。1.3kbの新規IS(ISBmu1)はISRso3と80%以上の相同性を示した。 4.0.9Mb染色体へのTn5誘導体挿入は約100の候補株内にはなかった。そこで別法で、本染色体断片を有する複数のコスミドを取得した。本染色体を欠失・除去、他細菌種に接合伝達させる誘導体株作製の最終段階に至った。

  31. セパシア菌ゲノムの分子遺伝学的研究

    津田 雅孝, 永田 裕二

    2000年 ～ 2000年

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    ヒトや植物への病原性や植物病原菌駆除能、難分解性環境汚染物質も含む多種多様な有機化合物資化能をもつβ-プロテオバクテリアのセパシア菌(Burkholderia cepacia)ATCC17616株では、ゲノムが3.4Mb,2.5Mb,0.9Mbの3種の環状染色体から構成され、生育環境変動により各染色体が大規模で多様な再編成化現象を示す結果、新規形質を容易に獲得する。本菌株染色体の構造と再編成の解明、そして再編成と染色体進化を司る分子機構の実験的提示を本研究ではめざし、以下の成果を得た。 1.PacI,PmeI,SwaI,I-CeuIとPFGE法を用い、3種の染色体の物理地図を決定し、3種の染色体地図上でのrrnオペロンの位置を決めた。 2.PCR法を用いて、dnaA,gyrB,rpoD,dnaK,recA等の基本的生命維持・活動に関与する15種の遺伝子を単離した。dnaAとgyrBは3.4Mb染色体、dnaKは2.5Mb染色体、rpoDは両染色体に存在していた。 3.染色体地図上での挿入部位同定と挿入部位近傍領域の単離が容易なTn5誘導体の染色体挿入ライブラリー約5,000株から、37株の各種栄養要求性突然変異株と40株の鉄獲得・代謝異常突然変異株を取得した。his及びasp突然変異や鉄獲得系突然変異はいずれも3.4Mb染色体に、lys突然変異は2.5Mb染色体に存在したが、met及びtrp遺伝子群は両染色体に支配されていた。 4.既知の5種の挿入配列(IS)をPCR法で取得したが、ゲノムあたりのコピー数はいずれも3〜9と少なかった。一方、遺伝学的捕捉系を用い、可動遺伝因子を多数取得したが、この中には既知のISとともに新規のISが複数見出された。

  32. BHC分解菌由来新規脱塩化水素酵素の反応機構及び細胞内局在化機構の解明

    永田 裕二

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

    1999年 ～ 2000年

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    γ-hexachlorocyclohexane(HCH)分解菌UT26由来のγ-hexachlorocyclohexane(HCH)dehydrochlorinase(LinA)は,補因子なしにγ-HCHから直接脱塩化水素を行うが,一次配列上の相同性を示す酵素が存在せず,その反応機構・起源については全く不明である。 LinAの反応機構の解明を目的とし,LinAの立体構造予測及び活性中心のアミノ酸残基の同定を行った。コンピューターを用いた立体構造予測により,LinAは,既に立体構造が解かれているscytalone dehydratase,steroid Δ-isomerase,nuclear transport factor 2,naphthalene 1,2-dioxygenaseのβ-subunitと立体構造上の相同性を示すことが予想された。これらの蛋白質は異なる酵素活性を有するが,立体構造上の相同性を示すことが知られている。部位指定変異導入とランダム変異導入により20種類以上のLinAの変異酵素を作製し,これらを大腸菌中で高発現し,野生型酵素と活性を比較した。その結果,活性を失った変異酵素は予想立体構造上の活性中心あるいはその近傍に変異が入っているのに対して,活性を残している変異酵素は酵素の表層部分に変異が入っているという傾向が見られたことから,予想立体構造の妥当性が確認された。また,LinAの活性にはAsp25とHis73のペアによるプロトンの引き抜きが必須であることが明らかになった。この,Asp-Hisのペアによるプロトンの引き抜きはscytalone dehydrataseの活性にも必須であり,LinAが脱水酵素から脱塩化水素酵素に進化したものである可能性が強く示唆された 更に,LinAの代謝産物の立体化学的解析を行った。LinAによって生じるγ-PCCHのプロトンNMRスペクトルは,アルカリ条件下での化学的な1,2-biaxial HCl pairの脱塩化水素反応によって生じるγ-PCCHのそれと同一であった。しかし,CDスペクトル解析を行ったところ,LinAによって生じるγ-PCCHは,一方の鏡像異性体しか含んでいないことが明らかになった。さらに,化学合成したγ-PCCHのラセミ体をLinAと反応させたところ,1,2,4-TCBに加えて,1,2,3-TCBが生じた。これは,LinAの作用によって生じるtetrachlorodieneの種類の違いによるものと考えられた。以上の結果から,LinAは立体構造依存的に1,2-biaxial HCl pairの脱塩化水素反応を触媒すると結論した。LinAによる基質の立体構造認識は,LinAの立体構造モデルからも説明可能である。 以上,LinAの反応機構に関する重要な知見を得ることに成功した。

  33. 細菌由来の脱ハロゲン酵素の反応機構に基づいた分解基質特異性予測

    太田 明徳, 高木 正道, 永田 裕二, 高木 正道, DAMBORSKY Ji, KOCA Jarosla, 太田 明徳

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (B).

    研究機関：The University of Tokyo

    1998年 ～ 1999年

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    γ-HCH分解菌Sphingomonas paucimobilisUT26由来のLinB(1,4-TCDN hydrolase)は,加水分解的脱ハロゲン反応を触媒するhaloalkane dehalogenaseの一員であるが,基質特異性が既知のものと異なり,その反応機構に興味が持たれた。LinBは他のhaloalkane dehalogenaseと同様にα/β-hydrolase familyに属することから,nucleophile-histidine-acidから成るcatalytic triadが活性に必須であると考えられる。そこで,コンピューターを用いたホモロジーモデリングからcatalytic triadを構成するアミノ酸残基予想し,これらを置換した変異酵素を作製した。大腸菌で変異酵素を大量発現し,精製後にそれらの活性を検討した結果,LinBにおいてはD108,H272,E132がcatalytic triadであることが確認された。また,反応機構および基質特異性決定因子について更に詳細な解析を行うためにC末端に6xHisを導入した酵素を作製し,本酵素がNi-NTAによりone-step精製が可能であり,wild type酵素と同様の活性特性を持つことを確認した。 更に大腸菌中で大量発現したLinBの結集化,及びX線による構造解析の決定に成功した。その結果,LinBは,既知のハロアルカンデハロゲナーゼと比較して,特徴的な活性中心ポケット及び酵素の表層からそこへ至る通路の構造をしていることが明らかになった。 以上,ハロアルカンデハロゲナーゼLinBの詳細な反応機構の解明・基質特異性の改変への基礎を築いた。

  34. BHC分解菌とモデルとした難分解性物質分解系の細胞内の場に関する研究

    永田 裕二

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

    研究機関：The University of Tokyo

    1997年 ～ 1998年

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    グラム陰性細菌であるSphingomonas paucimobilis UT26のBHC分解に関与する酵素群の局在性を検討するために,UT26の細胞内成分を浸透圧ショック法でペリプラズム,細胞質,膜の3つの画分に分画し,それぞれの画分のBHC分解関与酵素群の酵素活性を測定し,その分布を調べた。分画の正当性は,局在性がわかっているマーカー酵素の活性測定と,各画分の構成タンパクの電気泳動パターンを比較することによって行った。その結果,LinA,LinB, LinC,LinD,LinEの各活性のほとんどがペリプラズム画分に存在することが明らかになり,分解反応の初期過程はぺリプラズム空間で行われていることが示された。特に,産物の精製・解析が進んでいるLinA,LinBについては,精製した酵素から作製した抗体を用いた解析も行った。すなわち,ウエスタンブロット法により,活性だけでなく,タンパク質自体がぺリプラズムに局在していることを明らかにすると共に,免疫電顕法により,LinA,LinBがペリプラズムに局在することを確認した。また,ぺリプラズム画分に存在するLinA,LinBのN末配列を決定したところ,いわゆるシグナル配列のスプライシングは受けておらず,既知のぺリプラズム局在化機構とは異なる機構で局在化していることが確認された。 以上,本研究において,xenobiotics の分解に関わる酵素群が新規の機構でベリプラズム空間に局在しているという新しい概念を提出することに成功した。新規の局在化機構を明らかにするまでには至らず,今後の課題として残ったが,linA欠失変異株にlinAを再導入する系を確立することに成功し,その準備を整えることはできたと考えている。

  35. 遺伝子組換えを利用した制御因子の改変による高効率PCB分解バイオリアクターの構築

    高木 正道, 志村 稔, 金原 和秀, 永田 裕二

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    研究機関：The University of Tokyo

    1997年 ～ 1998年

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    PCB/biphenyl分解菌 Pseudomonas sp.KKS102のbphオペロンの制御系を解析し,本オペロンの転写レベルでの発現がビフェニルの添加により誘導されること,近傍に存在する転写因子と相同性のある遺伝子が本オペロンの制御には関与していないこと,直接の誘導物質はビフェニルではなくメタ開裂物質であること等を明らかにし,制御に関与するシスエレメントの同定にまで至った。 しかし,本オペロンの制御系は予想以上に複雑であり,基礎学問的には興味深い知見がいくつか得られたものの,転写因子の同定および,その改変による高効率分解菌あるいはそれを利用した高効率PCB分解バイオリアクターの構築にまでは至らなかった。 今後,KKS102のbphオペロンの制御系について更に解析を進めていくことは必要であるが,現在までに得られた知見だけを利用しても,制御系の改変による高効率PCB分解の育種は可能であると考えられる。すなわち,シスエレメントの改変である。相同組換えを利用した制御に関与する領域の組換え,破壊などは現実的に可能である。KKS102のbphオペロンでその効果を確認し,他の分解菌に応用していくことが期待される。 以上,残念ながら実際に有効な高効率分解菌を遺伝子組換えにより育種し,その効果を検討する段階には至らなかったが,本研究を通じてKKS102のbphオペロンが既知の芳香族代謝オペロンの制御系とは異なる複雑な発現制御を受けていることが明らかになると共に,制御系の改変による高効率PCB分解菌創製の可能性を示すことが出来たと考えている。

  36. 殺虫剤BHC分解に関与する脱塩素酵素群のグラム陰性細菌細胞内局在性に関する研究

    永田 裕二

    1996年 ～ 1996年

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    グラム陰性細菌であるS.paucimobilis UT26のBHC分解に関与する酵素の局在性を検討する第一段階として,まず,同じグラム陰性細菌である大腸菌の細胞内成分の分画法に準じてUT26の細胞内成分をペリプラズム,細胞質,膜の3つの画分に分画し,それぞれの画分のBHC分解関与酵素(LinA,LinB,LinC,LinD,LinE)活性を測定し,その分布を調べた。分画の正当性は,局在性がわかっているphosphatase,glyceroaldehyde 3-phosphate dehydrogenase,pyruvate dehydrogenase等のマーカー酵素の活性を測定するなどして行った。その結果,LinA,LinB,LinDの3種の脱塩素酵素活性の多くは,ペリプラズム画分に,LinC活性は膜画分に,LinE活性は細胞質画分に見出された。さらに,精製したLinA,LinBを用いて,それぞれの抗体を作製し,LinA,LinBのタンパク自体の分布についても検討を加えた結果,両蛋白質の多くはペリプラズム画分に見出された。当初の予定であった免疫電顕法による解析には至らなかったが,LinA,LinBの多くがペリプラズムに局在していることをほぼ示すことが出来た。一方,クローン化したlinA,linB遺伝子を大腸菌に導入し,発現させた際のLinA,LinBの局在性についても検討を加えた結果,大腸菌でもUT26と同様の分布,すなわちペリプラズムへの局在化を示すことが示唆された。 以上,今回の申請研究において,既知のシグナル配列を持たない脱塩素酵素LinA,LinBがペリプラズムに局在化するという現象をほぼ抑えることができた。

  37. 殺虫剤BHC分解に関与するPseudomonas属細菌の新規脱塩素酵素系の解析

    永田 裕二

    1995年 ～ 1995年

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    BHCを好気的に分解資化するという大変ユニークな性質を持つPseudomonas paucimobilis UT26が有する脱塩素酵素反応を触媒する酵素の性質についての解析を行った。まず,BHCから直接脱塩化水素を行うdehydrochlorinase (LinA)と次の段階の加水分解的脱塩素反応を行うhydrolytic dehalogenase (LinB)の相互作用を検討するために,量酵素をコードする遺伝子をタンデムに結合し,tac プロモーターを利用して両遺伝子を大腸菌中で同時に高発現させた。粗酵素抽出液に両酵素の活性が検出されたために,この抽出液から両タンパク質の精製を試みた。硫安分画を行ったところ,両酵素活性性は異なる画分に検出された。すなわち,当初予想された両酵素が複合体を形成し,一連の脱塩素反応を行っている可能性は低いと思われた。そこで,以下は,その酵素学的特徴について解析が不十分である,LinB酵素に的を絞って解析を行った。すなわち,クローン化した遺伝子を用いてLinB蛋白を大腸菌内で大量に生産し、これを硫安分画,疎水クロマト,陰イオン交換クロマト,ゲルろ過の各ステップを経て,SDS-PAGE上で単一のバンドとなるまで精製した。その酵素学的解析を行ったところ,約30-kDの単量体であること,至適pHが8.2であることなどの特徴は,既に酵素学的解析が行われているLinBと推定アミノ酸配列において有意な相同性を示すhaloalkane dehalogenase, DhlAと類似の特徴を示したが,基質特異性においては顕著な違いが観察された。すなわち,DhlAが鎖長の短いhaloalkaneを良い基質とするのに対して,LinBは比較的鎖長の長居haloalkaneを良い基質とした。推定アミノ酸配列の違いと,基質特異性の違いの対応関係はコンピューター解析によって推定されるものとよく一致し,本申請研究において,今後,dehalogenaseの構造・機能相関を明らかにしていくための十分な下地を確立することができた。

  38. 遺伝子工学による長鎖ジカルボン酸生産酵母の改良と新生産菌の開発

    太田 明徳, 松井 徹, 古橋 敬三, 永田 裕二

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Developmental Scientific Research (B)

    研究機関：The University of Tokyo

    1994年 ～ 1995年

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    本研究計画は、長鎖シカルボン酸発酵菌の育種に対して初めて遺伝子工学的方法によってアプローチするものである。以下のような項目について研究を行った。(1)従来法では困難なCandida属酵母の育種について、申請者らのCandida maltosaの遺伝子操作における経験を生かして、新たなジカルボン酸生産菌の育種を試みる。(2)多様なチロクロームP-450について選択的な遺伝子発現系を作成し、生産効率と生産物の純度の上昇を図る。(3)生成するジカルボン酸や中間生産物の酸化に働くアシルCoAオキシダーゼの遺伝子を破壊して、長鎖カルボン酸の分解能を失わせた生産菌株を作成し、生産効率の改善を試みる。 平成6年度はCandida属酵母のn-アルカン酸化系遺伝子の分離と構造の分析し、GAL遺伝子プロモーターを用いたn-アルカン酸化系遺伝子の高発現系を作成した。さらにCandida属酵母のチトクロームP-450の基質特異性と反応産物の分析などを行った。平成7年度はCandida maltosaのパーオキシソームの脂肪酸酸化系の中心的酵素であるアシルCoAオキダーゼをコードする遺伝子POX2とPOX4の二つの主要遺伝子を破壊した。ジャパンエナジ-グループの試験によってn-エトラデカンからのジカルボン酸の生産を確認した。ジカルボン酸生産酵母にチトクロームP-450改変遺伝子を導入して、この酸化酵素遺伝子の高発現菌を作成するため、チトクロームP-450遺伝子を安定に導入するためのベクターを作成した。さらにチトクロームP-450レダクターゼをコードする遺伝子を解析し、本研究の目的をほぼ達成した。

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その他 2

  1. POPsやその候補化合物を分解する微生物酵素・遺伝子の探索と解析

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    環境修復に有効な組換え植物の作製のために、POPs等の有機塩素系化合物を分解する微生物酵素遺伝子を取得する。

  2. 難分解性化合物分解酵素を支配する新規遺伝子の未利用土壌遺伝資源からの取得と解析

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    土壌環境から培養過程を経ずに難分解性物質分解酵素遺伝子を取得する方法を確立し、実際に有害化学物質の除去に有効な酵素遺伝子の取得を試みた。