研究者詳細

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タマル　ユタカ
田丸　浩
Yutaka Tamaru
所属
グリーン未来創造機構　グリーンクロステック研究センター
職名
教授
学位

  • 博士（学術） （三重大学）

経歴 8

  • 2024年10月 ～ 継続中
    東北大学　大学院工学研究科 バイオ工学専攻　教授

  • 2024年6月 ～ 継続中
    東北大学　グリーンクロステック研究センター　教授

  • 2024年4月 ～ 継続中
    東北大学　大学院工学研究科 応用化学専攻　教授

  • 2013年7月 ～ 2024年3月
    三重大学　大学院生物資源学研究科　教授

  • 2002年11月 ～ 2013年6月
    三重大学生物資源学部 助教授/准教授

  • 2000年7月 ～ 2002年10月
    三重大学生物資源学部 助手

  • 1997年4月 ～ 2000年6月
    カリフォルニア大学デービス校分子細胞生物学 リサーチ・アソシエイト

  • 2024年4月 ～
    三重大学 名誉教授

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学歴 1

  • 三重大学　大学院生物資源研究科　生物機能応用科学専攻

    ～ 1997年

委員歴 4

  • 日本生物工学会北日本支部　代議員

    2024年5月 ～ 継続中

  • バイオインダストリー協会　グリーン・イノベーション・フォーラム委員

    2018年 ～ 継続中

  • 日本生化学会　代議員

    2019年9月 ～ 2023年9月

  • 日本生物工学会　理事・中部支部長

    2021年5月 ～ 2023年5月

所属学協会 7

  • 日本ゲノム編集学会

  • 日本生化学会

  • 日本薬理学会

  • 日本分子生物学会

  • アメリカ微生物学会

  • 日本生物工学会

  • 日本農芸化学会

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研究キーワード 8

  • 合成生物学

  • 生化学

  • 比較機能ゲノミクス

  • システムバイオロジー

  • 生物工学

  • 分子生物学

  • Applied Bacteriology

  • The Utilization for Aquatic Bioresources

研究分野 5

  • エネルギー / 地球資源工学、エネルギー学 /

  • ライフサイエンス / 水圏生命科学 /

  • ライフサイエンス / 応用微生物学 /

  • ライフサイエンス / 分子生物学 /

  • ものづくり技術（機械・電気電子・化学工学） / バイオ機能応用、バイオプロセス工学 /

受賞 1

  1. 名誉教授

    2024年4月　三重大学

論文 164

  1. Proteomic Characterization of the Clostridium cellulovorans Cellulosome and Noncellulosomal Enzymes with Sorghum Bagasse

    Mohamed Y. Eljonid, Fumiyoshi Okazaki, Eiji Hishinuma, Naomi Matsukawa, Sahar Hamido, Yutaka Tamaru

    International Journal of Molecular Sciences　2025年12月3日

    DOI： 10.3390/ijms262311728 　

  2. β-1,3-Xylanase BcXyn26A from Bacteroides cellulosilyticus exhibits a unique exo-mode of action that liberates β-1,3-xylobiose

    Sanae Hori, Kotone Yamamoto, Toshiyoshi Araki, Yutaka Tamaru, Katsutoshi Hori, Satoshi Fukuzaki, Takahiko Aoki, Fumiyoshi Okazaki

    Biochemical and Biophysical Research Communications　2025年11月

    DOI： 10.1016/j.bbrc.2025.152810 　

  3. Cyclical short-term fasting and refeeding effects on immunological alteration of the disk abalone, Haliotis discus discus

    Dien Arista Anggorowati, Liqing Zang, Yutaka Tamaru, Takahiko Aoki, Fumiyoshi Okazaki

    AQUACULTURE, FISH AND FISHERIES　5　(3)　2025年6月

    DOI： 10.1002/aff2.70061 　

    ISSN：2693-8847

  4. Recent research advances on non-linear phenomena in various biosystems

    Yutaka Tamaru, Shuji Nakanishi, Kenya Tanaka, Mitsuo Umetsu, Hikaru Nakazawa, Aruto Sugiyama, Tomoyuki Ito, Naofumi Shimokawa, Masahiro Takagi

    Journal of Bioscience and Bioengineering　2023年8月

    DOI： 10.1016/j.jbiosc.2023.03.012 　

  5. Comparison of Different Carbon Sources on Biomethane Production with Clostridium cellulovorans and Methanogens

    Haruki Sawada, Hisao Tomita, Fumiyoshi Okazaki, Yutaka Tamaru

    Applied Microbiology　2023年5月25日

    DOI： 10.3390/applmicrobiol3020035 　

  6. Recent research advances on non-linear phenomena in various biosystems

    Tamaru, Y., Nakanishi, S., Tanaka, K., Umetsu, M., Nakazawa, H., Sugiyama, A., Ito, T., Shimokawa, N., Takagi, M.

    Journal of Bioscience and Bioengineering　2023年

    DOI： 10.1016/j.jbiosc.2023.03.012 　

    ISSN：1347-4421 1389-1723

  7. Investigation into the combustion kinetics and spontaneous ignition of sweet sorghum as energy resource

    Numan Luthfi, Tappei Ohkoshi, Yutaka Tamaru, Takashi Fukushima, Kenji Takisawa

    Bioresources and Bioprocessing　9　(1)　2022年12月

    DOI： 10.1186/s40643-022-00536-0 　

    eISSN：2197-4365

  8. Perturbation by Antimicrobial Bacteria of the Epidermal Bacterial Flora of Rainbow Trout in Flow-Through Aquaculture. 国際誌

    Hajime Nakatani, Naoki Yamada, Naoki Hashimoto, Fumiyoshi Okazaki, Tomoko Arakawa, Yutaka Tamaru, Katsutoshi Hori

    Biology　11　(8)　2022年8月22日

    DOI： 10.3390/biology11081249 　

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    The bacterial flora of the epidermal mucus of fish is closely associated with the host's health and susceptibility to pathogenic infections. In this study, we analyzed the epidermal mucus bacteria of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) reared in flow-through aquaculture under environmental perturbations. Over ~2 years, the bacteria present in the skin mucus and water were analyzed based on the 16S rDNA sequences. The composition of the mucus bacterial community showed significant monthly fluctuations, with frequent changes in the dominant bacterial species. Analysis of the beta- and alpha-diversity of the mucus bacterial flora showed the fluctuations of the composition of the flora were caused by the genera Pseudomonas, Yersinia, and Flavobacterium, and some species of Pseudomonas and Yersinia in the mucus were identified as antimicrobial bacteria. Examination of the antimicrobial bacteria in the lab aquarium showed that the natural presence of antimicrobial bacteria in the mucus and water, or the purposeful addition of them to the rearing water, caused a transition in the mucus bacteria community composition. These results demonstrate that specific antimicrobial bacteria in the water or in epidermal mucus comprise one of the causes of changes in fish epidermal mucus microflora.

  9. Enzymatic Characterization of Unused Biomass Degradation Using the Clostridium cellulovorans Cellulosome

    Eljonaid, M.Y., Tomita, H., Okazaki, F., Tamaru, Y.

    Microorganisms　10　(12)　2022年

    DOI： 10.3390/microorganisms10122514 　

    ISSN：2076-2607

  10. Investigation into the combustion kinetics and spontaneous ignition of sweet sorghum as energy resource

    Luthfi, N., Ohkoshi, T., Tamaru, Y., Fukushima, T., Takisawa, K.

    Bioresources and Bioprocessing　9　(1)　2022年

    DOI： 10.1186/s40643-022-00536-0 　

    ISSN：2197-4365

  11. Direct IBE fermentation from mandarin orange wastes by combination of Clostridium cellulovorans and Clostridium beijerinckii

    Hisao Tomita, Fumiyoshi Okazaki, Yutaka Tamaru

    AMB Express　9　(1)　2019年12月1日

    DOI： 10.1186/s13568-018-0728-7 　

    eISSN：2191-0855

  12. The Second-Generation Biomethane from Mandarin Orange Peel under Cocultivation with Methanogens and the Armed Clostridium cellulovorans 招待有り 査読有り

    Hisao Tomita, Yutaka Tamaru

    Fermentation　5　(4)　95　2019年11月4日

    DOI： 10.3390/fermentation5040095 　

  13. Biomethane production from sugar beet pulp under cocultivation with Clostridium cellulovorans and methanogens 査読有り

    Hisao Tomita, Fumiyoshi Okazaki, Yutaka Tamaru

    AMB EXPRESS　9　2019年2月

    DOI： 10.1186/s13568-019-0752-2 　

    ISSN：2191-0855

  14. The Second-Generation Biomethane from Mandarin Orange Peel under Cocultivation with Methanogens and the Armed Clostridium cellulovorans

    Hisao Tomita, Yutaka Tamaru

    Fermentation　5　(4)　2019年

    DOI： 10.3390/fermentation5040095 　

    eISSN：2311-5637

  15. Synergistic properties of cellulases from Clostridium cellulovorans in the presence of cellobiose

    Kosuke Yamamoto, Yutaka Tamaru

    AMB Express　6　(1)　1-6　2016年12月1日

    DOI： 10.1186/s13568-015-0169-5 　

    eISSN：2191-0855

  16. Temporal fluctuation in the abundance of alginate-degrading bacteria in the gut of abalone Haliotis gigantea over 1 year

    Reiji Tanaka, Toshiyuki Shibata, Hideo Miyake, Tetsushi Mori, Yutaka Tamaru, Mitsuyoshi Ueda, Peter Bossier

    Aquaculture Research　47　(9)　2899-2908　2016年9月1日

    DOI： 10.1111/are.12740 　

    ISSN：1355-557X

    eISSN：1365-2109

  17. Temporal fluctuation in the abundance of alginate-degrading bacteria in the gut of abalone Haliotis gigantea over 1year 査読有り

    Reiji Tanaka, Toshiyuki Shibata, Hideo Miyake, Tetsushi Mori, Yutaka Tamaru, Mitsuyoshi Ueda, Peter Bossier

    AQUACULTURE RESEARCH　47　(9)　2899-2908　2016年9月

    DOI： 10.1111/are.12740 　

    ISSN：1355-557X

    eISSN：1365-2109

  18. Important Roles of the Cellulosome on Degradation of Plant Biomass

    Kosuke Yamamoto, Yutaka Tamaru

    New and Future Developments in Microbial Biotechnology and Bioengineering: Microbial Cellulase System Properties and Applications　3-8　2016年8月2日

    DOI： 10.1016/B978-0-444-63507-5.00001-0 　

  19. Bacterial strategies for plant cell wall degradation and their genomic information

    Yutaka Tamaru, Roy H. Doi

    Handbook of Carbohydrate-Modifying Biocatalysts　2　897-925　2016年7月11日

    DOI： 10.4032/9789814669795 　

  20. Direct visualization of replication dynamics in early zebrafish embryos. 国際誌

    Kenji Kuriya, Eriko Higashiyama, Eriko Avşar-Ban, Nanami Okochi, Kaede Hattori, Shin Ogata, Shin-Ichiro Takebayashi, Masato Ogata, Yutaka Tamaru, Katsuzumi Okumura

    Bioscience, biotechnology, and biochemistry　80　(5)　945-8　2016年5月

    DOI： 10.1080/09168451.2016.1141039 　

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    We analyzed DNA replication in early zebrafish embryos. The replicating DNA of whole embryos was labeled with the thymidine analog 5-ethynyl-2'-deoxyuridine (EdU), and spatial regulation of replication sites was visualized in single embryo-derived cells. The results unveiled uncharacterized replication dynamics during zebrafish early embryogenesis.

  21. Synergistic properties of cellulases from Clostridium cellulovorans in the presence of cellobiose. 国際誌

    Kosuke Yamamoto, Yutaka Tamaru

    AMB Express　6　(1)　1-1　2016年3月

    DOI： 10.1186/s13568-015-0169-5 　

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    An anaerobic mesophile, Clostridium cellulovorans, produces a multienzyme complex called the cellulosome and actively degrades polysaccharides in the plant cell wall. C. cellulovorans also changes cellulosomal subunits to form highly active combinations dependent on the carbon substrate. A previous study reported on the synergistic effects of exoglucanase S (ExgS) and endoglucanase H (EngH) that are classified into the glycosyl hydrolase (GH) families 48, and 9, respectively. In this study, we investigated synergistic effects of ExgS and EngK, a GH9 cellulase different from EngH. In addition, since EngK was known to produce cellobiose as its main product, the inhibition on cellulase activity of EngK with cellobiose was examined. As a result, the effect of cellobiose inhibition on EngK coexistent with ExgS was found to be much lower than that with EngH. Thus, although EngH and EngK are in the same GH9 family, enzymatic activity in the presence of cellobiose was significantly different.

  22. Conservation of the Nrf2-Mediated Gene Regulation of Proteasome Subunits and Glucose Metabolism in Zebrafish

    Yutaka Tamaru

    Oxidative Medicine and Cellular Longevity　2016年

    DOI： 10.1155/2016/5720574 　

  23. Direct visualization of replication dynamics in early zebrafish embryos

    Yutaka Tamaru

    Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry　2016年

    DOI： 10.1080/09168451.2016.1141039 　

  24. Temporal fluctuation in the abundance of alginate-degrading bacteria in the gut of abalone Haliotis gigantea over 1year

    Yutaka Tamaru

    Aquaculture Research　2016年

    DOI： 10.1111/ARE.12740 　

  25. Synergistic properties of cellulases from Clostridium cellulovorans in the presence of cellobiose

    Yamamoto, K., Tamaru, Y.

    AMB Express　6　(1)　2016年

    DOI： 10.1186/s13568-015-0169-5 　

    ISSN：2191-0855

  26. Direct visualization of replication dynamics in early zebrafish embryos

    Kuriya, K., Higashiyama, E., Av?ar-Ban, E., Okochi, N., Hattori, K., Ogata, S., Takebayashi, S.-I., Ogata, M., Tamaru, Y., Okumura, K.

    Bioscience, Biotechnology and Biochemistry　80　(5)　2016年

    DOI： 10.1080/09168451.2016.1141039 　

    ISSN：1347-6947 0916-8451

  27. Temporal fluctuation in the abundance of alginate-degrading bacteria in the gut of abalone Haliotis gigantea over 1 year

    Tanaka, R., Shibata, T., Miyake, H., Mori, T., Tamaru, Y., Ueda, M., Bossier, P.

    Aquaculture Research　47　(9)　2016年

    DOI： 10.1111/are.12740 　

    ISSN：1365-2109 1355-557X

  28. Conservation of the Nrf2‐Mediated Gene Regulation of Proteasome Subunits and Glucose Metabolism in Zebrafish

    Vu Thanh Nguyen, Yuji Fuse, Junya Tamaoki, Shin-ichi Akiyama, Masafumi Muratani, Yutaka Tamaru, Makoto Kobayashi

    Oxidative Medicine and Cellular Longevity　2016　2016年1月

    DOI： 10.1155/2016/5720574 　

    ISSN：1942-0994 1942-0900

  29. Direct visualization of replication dynamics in early zebrafish embryos

    Kenji Kuriya, Eriko Higashiyama, Eriko Avşar-Ban, Nanami Okochi, Kaede Hattori, Shin Ogata, Shin Ichiro Takebayashi, Masato Ogata, Yutaka Tamaru, Katsuzumi Okumura

    Bioscience, Biotechnology and Biochemistry　80　(5)　945-948　2016年

    DOI： 10.1080/09168451.2016.1141039 　

    ISSN：0916-8451

    eISSN：1347-6947

  30. Conservation of the Nrf2-Mediated Gene Regulation of Proteasome Subunits and Glucose Metabolism in Zebrafish

    Vu Thanh Nguyen, Yuji Fuse, Junya Tamaoki, Shin Ichi Akiyama, Masafumi Muratani, Yutaka Tamaru, Makoto Kobayashi

    Oxidative Medicine and Cellular Longevity　2016　2016年

    DOI： 10.1155/2016/5720574 　

    ISSN：1942-0900

    eISSN：1942-0994

  31. Important Roles of the Cellulosome on Degradation of Plant Biomass

    Yutaka Tamaru

    New and Future Developments in Microbial Biotechnology and Bioengineering: Microbial Cellulase System Properties and Applications　2016年

    DOI： 10.1016/B978-0-444-63507-5.00001-0 　

  32. Important Roles of the Cellulosome on Degradation of Plant Biomass

    Yamamoto, K., Tamaru, Y.

    New and Future Developments in Microbial Biotechnology and Bioengineering: Microbial Cellulase System Properties and Applications　2016年

    DOI： 10.1016/B978-0-444-63507-5.00001-0 　

  33. Bacterial strategies for plant cell wall degradation and their genomic information

    Tamaru, Y., Doi, R.H.

    Handbook of Carbohydrate-Modifying Biocatalysts　2　2016年

    DOI： 10.4032/9789814669795 　

  34. Conservation of the Nrf2-Mediated Gene Regulation of Proteasome Subunits and Glucose Metabolism in Zebrafish. 国際誌

    Vu Thanh Nguyen, Yuji Fuse, Junya Tamaoki, Shin-Ichi Akiyama, Masafumi Muratani, Yutaka Tamaru, Makoto Kobayashi

    Oxidative medicine and cellular longevity　2016　5720574-5720574　2016年

    DOI： 10.1155/2016/5720574 　

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    The Keap1-Nrf2 system is an evolutionarily conserved defense mechanism against oxidative and xenobiotic stress. Besides the exogenous stress response, Nrf2 has been found to regulate numerous cellular functions, including protein turnover and glucose metabolism; however, the evolutionary origins of these functions remain unknown. In the present study, we searched for novel target genes associated with the zebrafish Nrf2 to answer this question. A microarray analysis of zebrafish embryos that overexpressed Nrf2 revealed that 115 candidate genes were targets of Nrf2, including genes encoding proteasome subunits and enzymes involved in glucose metabolism. A real-time quantitative PCR suggested that the expression of 3 proteasome subunits (psma3, psma5, and psmb7) and 2 enzymes involved in glucose metabolism (pgd and fbp1a) were regulated by zebrafish Nrf2. We thus next examined the upregulation of these genes by an Nrf2 activator, diethyl maleate, using Nrf2 mutant zebrafish larvae. The results of real-time quantitative PCR and whole-mount in situ hybridization showed that all of these 5 genes were upregulated by diethyl maleate treatment in an Nrf2-dependent manner, especially in the liver. These findings implied that the Nrf2-mediated regulation of the proteasome subunits and glucose metabolism is evolutionarily conserved among vertebrates.

  35. Direct visualization of DNA replication dynamics in zebrafish cells

    Kenji Kuriya, Eriko Higashiyama, Eriko Avşar-Ban, Yutaka Tamaru, Shin Ogata, Shin Ichiro Takebayashi, Masato Ogata, Katsuzumi Okumura

    Zebrafish　12　(6)　432-439　2015年12月

    DOI： 10.1089/zeb.2015.1151 　

    ISSN：1545-8547

  36. Formosa haliotis sp. Nov., a brown-alga-degrading bacterium isolated from the gut of the abalone haliotis gigantea

    Reiji Tanaka, Ilse Cleenwerck, Yukino Mizutani, Shunpei Iehata, Toshiyuki Shibata, Hideo Miyake, Tetsushi Mori, Yutaka Tamaru, Mitsuyoshi Ueda, Peter Bossier, Peter Vandamme

    International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology　65　(12)　4388-4393　2015年12月

    DOI： 10.1099/ijsem.0.000586 　

    ISSN：1466-5026

  37. Direct Visualization of DNA Replication Dynamics in Zebrafish Cells. 国際誌

    Kenji Kuriya, Eriko Higashiyama, Eriko Avşar-Ban, Yutaka Tamaru, Shin Ogata, Shin-ichiro Takebayashi, Masato Ogata, Katsuzumi Okumura

    Zebrafish　12　(6)　432-9　2015年12月

    DOI： 10.1089/zeb.2015.1151 　

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    Spatiotemporal regulation of DNA replication in the S-phase nucleus has been extensively studied in mammalian cells because it is tightly coupled with the regulation of other nuclear processes such as transcription. However, little is known about the replication dynamics in nonmammalian cells. Here, we analyzed the DNA replication processes of zebrafish (Danio rerio) cells through the direct visualization of replicating DNA in the nucleus and on DNA fiber molecules isolated from the nucleus. We found that zebrafish chromosomal DNA at the nuclear interior was replicated first, followed by replication of DNA at the nuclear periphery, which is reminiscent of the spatiotemporal regulation of mammalian DNA replication. However, the relative duration of interior DNA replication in zebrafish cells was longer compared to mammalian cells, possibly reflecting zebrafish-specific genomic organization. The rate of replication fork progression and ori-to-ori distance measured by the DNA combing technique were ∼ 1.4 kb/min and 100 kb, respectively, which are comparable to those in mammalian cells. To our knowledge, this is a first report that measures replication dynamics in zebrafish cells.

  38. Formosa haliotis sp. nov., a brown-alga-degrading bacterium isolated from the gut of the abalone Haliotis gigantea. 国際誌 査読有り

    Reiji Tanaka, Ilse Cleenwerck, Yukino Mizutani, Shunpei Iehata, Toshiyuki Shibata, Hideo Miyake, Tetsushi Mori, Yutaka Tamaru, Mitsuyoshi Ueda, Peter Bossier, Peter Vandamme

    International journal of systematic and evolutionary microbiology　65　(12)　4388-4393　2015年12月

    DOI： 10.1099/ijsem.0.000586 　

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    Four brown-alga-degrading, Gram-stain-negative, aerobic, non-flagellated, gliding and rod-shaped bacteria, designated LMG 28520T, LMG 28521, LMG 28522 and LMG 28523, were isolated from the gut of the abalone Haliotis gigantea obtained in Japan. The four isolates had identical random amplified polymorphic DNA patterns and grew optimally at 25 °C, at pH 6.0-9.0 and in the presence of 1.0-4.0 % (w/v) NaCl. Phylogenetic trees based on 16S rRNA gene sequences placed the isolates in the genus Formosa with Formosa algae and Formosa arctica as closest neighbours. LMG 28520T and LMG 28522 showed 100 % DNA-DNA relatedness to each other, 16-17 % towards F. algae LMG 28216T and 17-20 % towards F. arctica LMG 28318T; they could be differentiated phenotypically from these established species. The predominant fatty acids of isolates LMG 28520T and LMG 28522 were summed feature 3 (iso-C15 : 0 2-OH and/or C16 : 1ω7c), iso-C15 : 1 G and iso-C15 : 0. Isolate LMG 28520T contained menaquinone-6 (MK-6) as the major respiratory quinone and phosphatidylethanolamine, two unknown aminolipids and an unknown lipid as the major polar lipids. The DNA G+C content was 34.4 mol% for LMG 28520T and 35.5 mol% for LMG 28522. On the basis of their phylogenetic and genetic distinctiveness, and differential phenotypic properties, the four isolates are considered to represent a novel species of the genus Formosa, for which the name Formosa haliotis sp. nov. is proposed. The type strain is LMG 28520T ( = NBRC 111189T).

  39. Formosa haliotis sp nov., a brown-alga-degrading bacterium isolated from the gut of the abalone Haliotis gigantea 査読有り

    Reiji Tanaka, Ilse Cleenwerck, Yukino Mizutani, Shunpei Iehata, Toshiyuki Shibata, Hideo Miyake, Tetsushi Mori, Yutaka Tamaru, Mitsuyoshi Ueda, Peter Bossier, Peter Vandamme

    INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY　65　4388-4393　2015年12月

    DOI： 10.1099/ijsem.0.000586 　

    ISSN：1466-5026

    eISSN：1466-5034

  40. Formosa haliotis sp nov., a brown-alga-degrading bacterium isolated from the gut of the abalone Haliotis gigantea

    Yutaka Tamaru

    International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology　2015年

    DOI： 10.1099/IJSEM.0.000586 　

  41. Direct Visualization of DNA Replication Dynamics in Zebrafish Cells

    Yutaka Tamaru

    Zebrafish　2015年

    DOI： 10.1089/ZEB.2015.1151 　

  42. Formosa haliotis sp. Nov., a brown-alga-degrading bacterium isolated from the gut of the abalone haliotis gigantea

    Tanaka, R., Cleenwerck, I., Mizutani, Y., Iehata, S., Shibata, T., Miyake, H., Mori, T., Tamaru, Y., Ueda, M., Bossier, P., V, amme, P.

    International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology　65　(12)　2015年

    DOI： 10.1099/ijsem.0.000586 　

    ISSN：1466-5026

  43. Direct visualization of DNA replication dynamics in zebrafish cells

    Kuriya, K., Higashiyama, E., Av?ar-Ban, E., Tamaru, Y., Ogata, S., Takebayashi, S.-I., Ogata, M., Okumura, K.

    Zebrafish　12　(6)　2015年

    DOI： 10.1089/zeb.2015.1151 　

    ISSN：1545-8547

  44. A noncellulosomal mannanase26E contains a CBM59 in clostridium cellulovorans

    Yamamoto, K., Tamaru, Y.

    BioMed Research International　2014　2014年

    DOI： 10.1155/2014/438787 　

    ISSN：2314-6141 2314-6133

  45. A noncellulosomal mannanase26E contains a CBM59 in clostridium cellulovorans

    Kosuke Yamamoto, Yutaka Tamaru

    BioMed Research International　2014　2014年

    DOI： 10.1155/2014/438787 　

    ISSN：2314-6133

    eISSN：2314-6141

  46. A noncellulosomal mannanase26E contains a CBM59 in Clostridium cellulovorans. 国際誌

    Kosuke Yamamoto, Yutaka Tamaru

    BioMed research international　2014　438787-438787　2014年

    DOI： 10.1155/2014/438787 　

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    A multicomponent enzyme-complex prevents efficient degradation of the plant cell wall for biorefinery. In this study, the method of identifying glycoside hydrolases (GHs) to degrade hemicelluloses was demonstrated. The competence of C. cellulovorans, which changes to be suitable for degradation of each carbon source, was used for the method. C. cellulovorans was cultivated into locust bean gum (LBG) that is composed of galactomannan. The proteins produced by C. cellulovorans were separated into either fractions binding to crystalline cellulose or not. Proteins obtained from each fraction were further separated by SDS-PAGE and were stained with Coomassie Brilliant Blue and were detected for mannanase activity. The proteins having the enzymatic activity for LBG were cut out and were identified by mass spectrometry. As a result, four protein bands were classified into glycosyl hydrolase family 26 (GH26) mannanases. One of the identified mannanases, Man26E, contains a carbohydrate-binding module (CBM) family 59, which binds to xylan, mannan, and Avicel. Although mannose and galactose are the same as a hexose, the expression patterns of the proteins from C. cellulovorans were quite different. More interestingly, zymogram for mannanase activity showed that Man26E was detected in only LBG medium.

  47. Biochemical characterization of a thermostable β-1,3-xylanase from the hyperthermophilic eubacterium, Thermotoga neapolitana strain DSM 4359 査読有り

    Fumiyoshi Okazaki, Nanami Nakashima, Chiaki Ogino, Yutaka Tamaru, Akihiko Kondo

    Applied Microbiology and Biotechnology　97　(15)　6749-6757　2013年8月

    DOI： 10.1007/s00253-012-4555-5 　

    ISSN：0175-7598

    eISSN：1432-0614

  48. Display of Clostridium cellulovorans xylose isomerase on the cell surface of Saccharomyces cerevisiae and its direct application to xylose fermentation

    Miki Ota, Hiroshi Sakuragi, Hironobu Morisaka, Kouichi Kuroda, Hideo Miyake, Yutaka Tamaru, Mitsuyoshi Ueda

    Biotechnology Progress　29　(2)　346-351　2013年4月

    DOI： 10.1002/btpr.1700 　

    ISSN：8756-7938

    eISSN：1520-6033

  49. Fixation of CO2 in Clostridium cellulovorans analyzed by 13C-isotopomer-based target metabolomics

    Shinohara, M., Sakuragi, H., Morisaka, H., Miyake, H., Tamaru, Y., Fukusaki, E., Kuroda, K., Ueda, M.

    AMB Express　3　2013年

    DOI： 10.1186/2191-0855-3-61 　

    ISSN：2191-0855

  50. Display of Clostridium cellulovorans xylose isomerase on the cell surface of Saccharomyces cerevisiae and its direct application to xylose fermentation

    Ota, M., Sakuragi, H., Morisaka, H., Kuroda, K., Miyake, H., Tamaru, Y., Ueda, M.

    Biotechnology Progress　29　(2)　2013年

    DOI： 10.1002/btpr.1700 　

    ISSN：8756-7938 1520-6033

  51. Biochemical characterization of a thermostable β-1,3-xylanase from the hyperthermophilic eubacterium, Thermotoga neapolitana strain DSM 4359

    Okazaki, F., Nakashima, N., Ogino, C., Tamaru, Y., Kondo, A.

    Applied Microbiology and Biotechnology　97　(15)　2013年

    DOI： 10.1007/s00253-012-4555-5 　

    ISSN：0175-7598 1432-0614

  52. Fixation of CO<inf>2</inf> in Clostridium cellulovorans analyzed by 13C-isotopomer-based target metabolomics

    Masahiro Shinohara, Hiroshi Sakuragi, Hironobu Morisaka, Hideo Miyake, Yutaka Tamaru, Eiichiro Fukusaki, Kouichi Kuroda, Mitsuyoshi Ueda

    AMB Express　3　1-6　2013年

    DOI： 10.1186/2191-0855-3-61 　

    eISSN：2191-0855

  53. Display of Clostridium cellulovorans xylose isomerase on the cell surface of Saccharomyces cerevisiae and its direct application to xylose fermentation. 国際誌

    Miki Ota, Hiroshi Sakuragi, Hironobu Morisaka, Kouichi Kuroda, Hideo Miyake, Yutaka Tamaru, Mitsuyoshi Ueda

    Biotechnology progress　29　(2)　346-51　2013年

    DOI： 10.1002/btpr.1700 　

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    Xylose isomerase (XI) is a key enzyme in the conversion of D-xylose, which is a major component of lignocellulosic biomass, to D-xylulose. Genomic analysis of the bacterium Clostridium cellulovorans revealed the presence of XI-related genes. In this study, XI derived from C. cellulovorans was produced and displayed using the yeast cell-surface display system, and the xylose assimilation and fermentation properties of this XI-displaying yeast were examined. XI-displaying yeast grew well in medium containing xylose as the sole carbon source and directly produced ethanol from xylose under anaerobic conditions.

  54. Fixation of CO2 in Clostridium cellulovorans analyzed by 13C-isotopomer-based target metabolomics 査読有り

    Masahiro Shinohara, Hiroshi Sakuragi, Hironobu Morisaka, Hideo Miyake, Yutaka Tamaru, Eiichiro Fukusaki, Kouichi Kuroda, Mitsuyoshi Ueda

    AMB Express　3　1-6　2013年

    出版者・発行元： Springer Verlag

    DOI： 10.1186/2191-0855-3-61 　

    ISSN：2191-0855

  55. Functional and heterologous expression of human protein O-linked mannose β-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase 1 in zebrafish

    Eriko Avşar-Ban, Hisayoshi Ishikawa, Shin'ichi Akiyama, Hiroshi Manya, Tamao Endo, Yutaka Tamaru

    Journal of Bioscience and Bioengineering　114　(2)　237-239　2012年8月

    DOI： 10.1016/j.jbiosc.2012.03.013 　

    ISSN：1389-1723

    eISSN：1347-4421

  56. Functional and heterologous expression of human protein O-linked mannose β-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase 1 in zebrafish.

    Eriko Avşar-Ban, Hisayoshi Ishikawa, Shin'ichi Akiyama, Hiroshi Manya, Tamao Endo, Yutaka Tamaru

    Journal of bioscience and bioengineering　114　(2)　237-9　2012年8月

    DOI： 10.1016/j.jbiosc.2012.03.013 　

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    Although membrane-associated proteins are related to many diseases and are important targets for drug discovery, their expression is often difficult in bacterial hosts such as Escherichia coli. To overcome this limitation, here, we focused on a novel host-vector system in zebrafish for the expression of human protein O-linked mannose β-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase 1 (hPOMGnT1) which is related to muscle-eye-brain disease. For the expression of hPOMGnT1, the vector pZex-EGFP-pXI-hPOMGnT1 was constructed and injected into fertilized eggs. Using this system, we demonstrated that recombinant hPOMGnT1 was successfully expressed in the whole bodies of zebrafish embryos.

  57. BACTERIAL STRATEGIES FOR PLANT CELL DEGRADATION AND THEIR GENOMIC INFORMATION

    Yutaka Tamaru

    Carbohydrate-modifying Biocatalysts　2012年

    DOI： 10.4032/9789814303484 　

  58. Functional and heterologous expression of human protein O-linked mannose β-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase 1 in zebrafish

    Av?ar-Ban, E., Ishikawa, H., Akiyama, S., Manya, H., Endo, T., Tamaru, Y.

    Journal of Bioscience and Bioengineering　114　(2)　2012年

    DOI： 10.1016/j.jbiosc.2012.03.013 　

    ISSN：1389-1723 1347-4421

  59. Profile of native cellulosomal proteins of Clostridium cellulovorans adapted to various carbon sources

    Yutaka Tamaru

    AMB Express　2012年

    DOI： 10.1186/2191-0855-2-37 　

  60. Profile of native cellulosomal proteins of Clostridium cellulovorans adapted to various carbon sources

    Morisaka, H., Matsui, K., Tatsukami, Y., Kuroda, K., Miyake, H., Tamaru, Y., Ueda, M.

    AMB Express　2　(1)　2012年

    DOI： 10.1186/2191-0855-2-37 　

    ISSN：2191-0855

  61. Profile of native cellulosomal proteins of Clostridium cellulovorans adapted to various carbon sources

    Hironobu Morisaka, Kazuma Matsui, Yohei Tatsukami, Kouichi Kuroda, Hideo Miyake, Yutaka Tamaru, Mitsuyoshi Ueda

    AMB Express　2　(1)　2012年

    DOI： 10.1186/2191-0855-2-37 　

    eISSN：2191-0855

  62. Profile of native cellulosomal proteins of Clostridium cellulovorans adapted to various carbon sources 査読有り

    Hironobu Morisaka, Kazuma Matsui, Yohei Tatsukami, Kouichi Kuroda, Hideo Miyake, Yutaka Tamaru, Mitsuyoshi Ueda

    AMB Express　2　(1)　1-7　2012年

    DOI： 10.1186/2191-0855-2-37 　

    ISSN：2191-0855

  63. Bacterial strategies for plant cell degradation and their genomic information

    Yutaka Tamaru, Roy H. Doid

    Carbohydrate-Modifying Biocatalysts　761-789　2011年11月30日

    DOI： 10.4032/9789814303484 　

  64. Tissue-restricted expression of Nrf2 and its target genes in zebrafish with gene-specific variations in the induction profiles

    Hitomi Nakajima, Yaeko Nakajima-Takagi, Tadayuki Tsujita, Shin Ichi Akiyama, Takeshi Wakasa, Katsuki Mukaigasa, Hiroshi Kaneko, Yutaka Tamaru, Masayuki Yamamoto, Makoto Kobayashi

    PLoS ONE　6　(10)　2011年10月25日

    DOI： 10.1371/journal.pone.0026884 　

    eISSN：1932-6203

  65. Putative role of cellulosomal protease inhibitors in Clostridium cellulovorans based on gene expression and measurement of activities 査読有り

    Hirokazu Meguro, Hironobu Morisaka, Kouichi Kuroda, Hideo Miyake, Yutaka Tamaru, Mitsuyoshi Ueda

    Journal of Bacteriology　193　(19)　5527-5530　2011年10月

    DOI： 10.1128/JB.05022-11 　

    ISSN：0021-9193

  66. セルロソーム生産菌 Clostridium cellulovorans 743B の全ゲノム解析 査読有り

    三宅, 英雄, 田丸, 浩

    三重大学大学院生物資源学研究科紀要　37　1-9　2011年2月1日

    出版者・発行元： 三重大学大学院生物資源学研究科

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    application/pdf Among Clostridia, an extracellular enzyme complex called the cellulosomes produced by Clostridium species are particularly designed for efficient degradation of plant cell wall polysaccharides. Clostridium cellulovorans 743B, an anaerobic and mesophilic bacterium, produces the cellulosomes on the cell surface and free extracellular enzymes called noncellulosomes. Recently, we have reported the whole genome sequence of C. cellulovorans comprising 4,220 predicted genes in 5.10Mbp. As a result, the genome size of C. cellulovorans was about 1Mbp larger than that of other cellulosome-producing clostridia, mesophilic C. cellulolyticum and thermophilic C. thermocellum. A total of 57 cellulosomal genes were found in the C. cellulovorans genome, in addition to two novel genes encoding scaffolding proteins CbpB and CbpC. C. cellulovorans genome included not only cellulosomal genes but also a large number of genes encoding noncellulosomal enzymes, the genome expansion of C. cellulovorans included genes more related to degradation of polysaccharides, such as hemicelluloses and pectins, than to cellulose. Clostridia の中にはセルロソームと呼ばれる細胞外に酵素複合体を形成する Clostridium 属が存在し、それらは植物細胞壁を効率よく分解する。Clostridium cellulovorans 743B は, 嫌気性中温菌であり, 細胞表層にセルロソームと細胞外にフリーな酵素であるノンセルロソームを生産する。近年, 我々は, C. cellulovorans の全ゲノム配列を決定し, 予想される遺伝子は 4,220 あり, そのゲノムサイズは 5.1Mbp であった。中温菌である C. cellulolyticum や高温菌である C. thermocellum と比較すると C. cellulovorans は約 1Mbp ゲノムサイズが大きいことが分かった。C. cellulovorans のゲノム中にセルロソーマルな遺伝子は合計 57 個あり, 新たに 2 つの骨格タンパク質をコードする遺伝子である CbpB と CbpC が見つかった。C. cellulovorans のゲノムは, セルロソーマルな遺伝子だけでなく, 多数のノンセルロソーマルな酵素をコードする遺伝子が含まれており, セルロースを分解する酵素よりもヘミセルロースやペクチンを分解する酵素の方が多く含まれていた。

  67. セルロソーム生産菌Clostridium cellulovorans 743Bの全ゲノム解析

    三宅, 英雄, 田丸, 浩

    三重大学大学院生物資源学研究科紀要 = The bulletin of the Graduate School of Bioresources Mie University　(37)　1-9　2011年2月

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    Clostridiaの中にはセルロソームと呼ばれる細胞外に酵素複合体を形成するClostridium属が存在し, それらは植物細胞壁を効率よく分解する。Clostridium cellulovorans 743Bは、嫌気性中温菌であり，細胞表層にセルロソームと細胞外にフリーな酵素であるノンセルロソームを生産する。近年，我々は，C. cellulovoransの全ゲノム配列を決定し，予想される遺伝子は4,220あり，そのゲノムサイズは5.1Mbpであった。中温菌であるC.cellulolyticumや高温菌であるC.thermocellum と比較するとC.cellulovorans は約1Mbpゲノムサイズが大きいことが分かった。C.cellulovoransのゲノム中にセルロソーマルな遺伝子は合計57個あり，新たに2つの骨格タンパク質をコードする遺伝子であるCbpBとCbpCが見つかった。C.cellulovoransのゲノムは，セルロソーマルな遺伝子だけでなく，多数のノンセルロソーマルな酵素をコードする遺伝子が含まれており，セルロースを分解する酵素よりもへミセルロースやペクチンを分解する酵素の方が多く含まれていた。

  68. Tissue-restricted expression of Nrf2 and its target genes in zebrafish with gene-specific variations in the induction profiles

    Nakajima, H., Nakajima-Takagi, Y., Tsujita, T., Akiyama, S.-I., Wakasa, T., Mukaigasa, K., Kaneko, H., Tamaru, Y., Yamamoto, M., Kobayashi, M.

    PLoS ONE　6　(10)　2011年

    DOI： 10.1371/journal.pone.0026884 　

    ISSN：1932-6203

  69. Putative Role of Cellulosomal Protease Inhibitors in Clostridium cellulovorans Based on Gene Expression and Measurement of Activities

    Yutaka Tamaru

    Journal of Bacteriology　2011年

    DOI： 10.1128/JB.05022-11 　

  70. Comparison of the mesophilic cellulosome-producing Clostridium cellulovorans genome with other cellulosome-related clostridial genomes

    Yutaka Tamaru

    Microbial Biotechnology　2011年

    DOI： 10.1111/J.1751-7915.2010.00210.X 　

  71. Putative role of cellulosomal protease inhibitors in Clostridium cellulovorans based on gene expression and measurement of activities

    Meguro, H., Morisaka, H., Kuroda, K., Miyake, H., Tamaru, Y., Ueda, M.

    Journal of Bacteriology　193　(19)　2011年

    DOI： 10.1128/JB.05022-11 　

    ISSN：0021-9193 1098-5530

  72. Comparison of the mesophilic cellulosome-producing Clostridium cellulovorans genome with other cellulosome-related clostridial genomes

    Tamaru, Y., Miyake, H., Kuroda, K., Nakanishi, A., Matsushima, C., Doi, R.H., Ueda, M.

    Microbial Biotechnology　4　(1)　2011年

    DOI： 10.1111/j.1751-7915.2010.00210.x 　

    ISSN：1751-7907 1751-7915

  73. Comparison of the mesophilic cellulosome-producing Clostridium cellulovorans genome with other cellulosome-related clostridial genomes

    Yutaka Tamaru, Hideo Miyake, Kouichi Kuroda, Akihito Nakanishi, Chiyuki Matsushima, Roy H. Doi, Mitsuyoshi Ueda

    Microbial Biotechnology　4　(1)　64-73　2011年1月

    DOI： 10.1111/j.1751-7915.2010.00210.x 　

    ISSN：1751-7907

    eISSN：1751-7915

  74. Bacterial strategies for plant cell degradation and their genomic information

    Tamaru, Y., Doid, R.H.

    Carbohydrate-Modifying Biocatalysts　2011年

    DOI： 10.4032/9789814303484 　

  75. Tissue-restricted expression of Nrf2 and its target genes in zebrafish with gene-specific variations in the induction profiles. 国際誌

    Hitomi Nakajima, Yaeko Nakajima-Takagi, Tadayuki Tsujita, Shin-Ichi Akiyama, Takeshi Wakasa, Katsuki Mukaigasa, Hiroshi Kaneko, Yutaka Tamaru, Masayuki Yamamoto, Makoto Kobayashi

    PloS one　6　(10)　e26884　2011年

    DOI： 10.1371/journal.pone.0026884 　

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    The Keap1-Nrf2 system serves as a defense mechanism against oxidative stress and electrophilic toxicants by inducing more than one hundred cytoprotective proteins, including antioxidants and phase 2 detoxifying enzymes. Since induction profiles of Nrf2 target genes have been studied exclusively in cultured cells, and not in animal models, their tissue-specificity has not been well characterized. In this paper, we examined and compared the tissue-specific expression of several Nrf2 target genes in zebrafish larvae by whole-mount in situ hybridization (WISH). Seven zebrafish genes (gstp1, mgst3b, prdx1, frrs1c, fthl, gclc and hmox1a) suitable for WISH analysis were selected from candidates for Nrf2 targets identified by microarray analysis. Tissue-restricted induction was observed in the nose, gill, and/or liver for all seven genes in response to Nrf2-activating compounds, diethylmaleate (DEM) and sulforaphane. The Nrf2 gene itself was dominantly expressed in these three tissues, implying that tissue-restricted induction of Nrf2 target genes is defined by tissue-specific expression of Nrf2. Interestingly, the induction of frrs1c and gclc in liver and nose, respectively, was quite low and that of hmox1a was restricted in the liver. These results indicate the existence of gene-specific variations in the tissue specificity, which can be controlled by factors other than Nrf2.

  76. Comparison of the mesophilic cellulosome-producing Clostridium cellulovorans genome with other cellulosome-related clostridial genomes 査読有り

    Yutaka Tamaru, Hideo Miyake, Kouichi Kuroda, Akihito Nakanishi, Chiyuki Matsushima, Roy H. Doi, Mitsuyoshi Ueda

    Microbial Biotechnology　4　(1)　64-73　2011年1月

    DOI： 10.1111/j.1751-7915.2010.00210.x 　

    ISSN：1751-7907

  77. 次世代バイオ燃料開発に向けたセルロソーム生産菌ゲノム解読

    田丸, 浩, 山本, 康介, 川出, 雄二郎, 三宅, 英雄

    三重大学社会連携研究センター研究報告　18　135-138　2010年12月1日

    出版者・発行元： 三重大学社会連携研究センター

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    application/pdf

  78. Crystal structure of zinc-finger domain of Nanos and its functional implications

    Hiroshi Hashimoto, Kodai Hara, Asami Hishiki, Shigeta Kawaguchi, Naoki Shichijo, Keishi Nakamura, Satoru Unzai, Yutaka Tamaru, Toshiyuki Shimizu, Mamoru Sato

    EMBO Reports　11　(11)　848-853　2010年11月

    DOI： 10.1038/embor.2010.155 　

    ISSN：1469-221X

    eISSN：1469-3178

  79. Crystal structure of zinc-finger domain of Nanos and its functional implications. 国際誌

    Hiroshi Hashimoto, Kodai Hara, Asami Hishiki, Shigeta Kawaguchi, Naoki Shichijo, Keishi Nakamura, Satoru Unzai, Yutaka Tamaru, Toshiyuki Shimizu, Mamoru Sato

    EMBO reports　11　(11)　848-53　2010年11月

    DOI： 10.1038/embor.2010.155 　

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    Nanos is an RNA-binding protein that is involved in the development and maintenance of germ cells. In combination with Pumilio, Nanos binds to the 3' untranslated region of a messenger RNA and represses its translation. Nanos has two conserved Cys-Cys-His-Cys zinc-finger motifs that are indispensable for its function. In this study, we have determined the crystal structure of the zinc-finger domain of zebrafish Nanos, for the first time revealing that Nanos adopts a novel zinc-finger structure. In addition, Nanos has a conserved basic surface that is directly involved in RNA binding. Our results provide the structural basis for further studies to clarify Nanos function.

  80. Protein O-mannosylation is necessary for normal embryonic development in zebrafish

    Eriko Avşar-Ban, Hisayoshi Ishikawa, Hiroshi Manya, Masatoki Watanabe, Shinichi Akiyama, Hideo Miyake, Tamao Endo, Yutaka Tamaru

    Glycobiology　20　(9)　1089-1102　2010年9月

    DOI： 10.1093/glycob/cwq069 　

    ISSN：0959-6658

    eISSN：1460-2423

  81. Protein O-mannosylation is necessary for normal embryonic development in zebrafish 査読有り

    Eriko Avsar-Ban, Hisayoshi Ishikawa, Hiroshi Manya, Masatoki Watanabe, Shinichi Akiyama, Hideo Miyake, Tamao Endo, Yutaka Tamaru

    GLYCOBIOLOGY　20　(9)　1089-1102　2010年9月

    DOI： 10.1093/glycob/cwq069 　

    ISSN：0959-6658

    eISSN：1460-2423

  82. Genome sequence of the cellulosome-producing mesophilic organism Clostridium cellulovorans 743B

    Yutaka Tamaru, Hideo Miyake, Kouichi Kuroda, Akihito Nakanishi, Yujiro Kawade, Kousuke Yamamoto, Masaaki Uemura, Yasuhiro Fujita, Roy H. Doi, Mitsuyoshi Ueda

    Journal of Bacteriology　192　(3)　901-902　2010年2月

    DOI： 10.1128/JB.01450-09 　

    ISSN：0021-9193

  83. Genome sequence of the cellulosome-producing mesophilic organism Clostridium cellulovorans 743B 査読有り

    Yutaka Tamaru, Hideo Miyake, Kouichi Kuroda, Akihito Nakanishi, Yujiro Kawade, Kousuke Yamamoto, Masaaki Uemura, Yasuhiro Fujita, Roy H. Doi, Mitsuyoshi Ueda

    Journal of Bacteriology　192　(3)　901-902　2010年2月

    DOI： 10.1128/JB.01450-09 　

    ISSN：0021-9193

  84. ソフトバイオマス完全糖化を目指したデザイナブルセルロソームの構築(<特集>地球環境問題へのバイオテクノロジーの貢献の新時代)—特集 地球環境問題へのバイオテクノロジーの貢献の新時代

    三宅 英雄, 田丸 浩

    生物工学会誌 / 日本生物工学会 編　88　(7)　336-339　2010年

    出版者・発行元： 吹田 : 日本生物工学会

    ISSN：0919-3758

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    コレクション : 国立国会図書館デジタルコレクション > 電子書籍・電子雑誌 > 学術機関 > 学協会

  85. Crystal structure of zinc-finger domain of Nanos and its functional implications

    Yutaka Tamaru

    EMBO Reports　2010年

    DOI： 10.1038/EMBOR.2010.155 　

  86. Comparative genomics of the mesophilic cellulosome-producing Clostridium cellulovorans and its application to biofuel production via consolidated bioprocessing

    Yutaka Tamaru

    Environmental Technology　2010年

    DOI： 10.1080/09593330.2010.490856 　

  87. Genome Sequence of the Cellulosome-Producing Mesophilic Organism Clostridium cellulovorans 743B

    Yutaka Tamaru

    Journal of Bacteriology　2010年

    DOI： 10.1128/JB.01450-09 　

  88. Comparative genomics of the mesophilic cellulosome-producing Clostridium cellulovorans and its application to biofuel production via consolidated bioprocessing

    Tamaru, Y., Miyake, H., Kuroda, K., Ueda, M., Doi, R.H.

    Environmental Technology　31　(8-9)　2010年

    DOI： 10.1080/09593330.2010.490856 　

    ISSN：1479-487X 0959-3330

  89. Crystal structure of zinc-finger domain of Nanos and its functional implications

    Hashimoto, H., Hara, K., Hishiki, A., Kawaguchi, S., Shichijo, N., Nakamura, K., Unzai, S., Tamaru, Y., Shimizu, T., Sato, M.

    EMBO Reports　11　(11)　2010年

    DOI： 10.1038/embor.2010.155 　

    ISSN：1469-221X 1469-3178

  90. Protein O-mannosylation is necessary for normal embryonic development in zebrafish

    Av?ar-Ban, E., Ishikawa, H., Manya, H., Watanabe, M., Akiyama, S., Miyake, H., Endo, T., Tamaru, Y.

    Glycobiology　20　(9)　2010年

    DOI： 10.1093/glycob/cwq069 　

    ISSN：0959-6658 1460-2423

  91. Genome sequence of the cellulosome-producing mesophilic organism Clostridium cellulovorans 743B

    Tamaru, Y., Miyake, H., Kuroda, K., Nakanishi, A., Kawade, Y., Yamamoto, K., Uemura, M., Fujita, Y., Doi, R.H., Ueda, M.

    Journal of Bacteriology　192　(3)　2010年

    DOI： 10.1128/JB.01450-09 　

    ISSN：0021-9193

  92. Comparative genomics of the mesophilic cellulosome-producing Clostridium cellulovorans and its application to biofuel production via consolidated bioprocessing 査読有り

    Yutaka Tamaru, Hideo Miyake, Kouichi Kuroda, Mitsuyoshi Ueda, Roy H. Doi

    Environmental Technology　31　(8-9)　889-903　2010年

    DOI： 10.1080/09593330.2010.490856 　

    ISSN：0959-3330

  93. Research and development of combinatorial bioengineering using zebrafish and its application on drug discovery

    Yutaka Tamaru

    Yakugaku Zasshi　129　(11)　1285-1293　2009年11月

    DOI： 10.1248/yakushi.129.1285 　

    ISSN：0031-6903

    eISSN：1347-5231

  94. [Research and development of combinatorial bioengineering using zebrafish and its application on drug discovery].

    Yutaka Tamaru

    Yakugaku zasshi : Journal of the Pharmaceutical Society of Japan　129　(11)　1285-93　2009年11月

    ISSN：0031-6903

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    The main challenge of the post-genomic era is to functionally characterize genes identified by the genome sequencing projects. Model organisms, including zebrafish (Danio rerio), are indispensable for this demanding task. Zebrafish has recently been successfully incorporated into large-scale genetic screens due to the optical clarity of the embryos and their accessibility to various experimental techniques throughout development. The attractiveness of the zebrafish as a model organism is enhanced by the biological availability of continuously improving genomic tools and methodologies for functional characterization of the genes. In addition, transparent zebrafish embryos are well suited to manipulations involving DNA or mRNA injection, cell labeling, and transplantation. Once the scheduled zebrafish genome project is complete, targeted genetic manipulations in zebrafish would be able to become even more desirable. In my laboratory, we propose that the "embryoarray technology" supports to characterize especially unknown proteins using zebrafish embryos which offer a platform for assessing the biological effects by not only chemical compounds including medical drugs, siRNAs (small interfering RNAs) and micro RNAs, but foreign genes that are never existing in zebrafish. Thus, zebrafish offers a high-quality, high-throughput bioassay tool for determining the biological effect of small molecules as well as for dissecting biological pathways. In this review, I would like to introduce a couple of recent data that we have constructed the gene expression system in zebrafish and have succeeded to produce several membrane-associated proteins. Furthermore, several tools with zebrafish embryos are available to examine the interactions between protein-protein using fully automatic high-throughput microinjection system.

  95. Purification, crystallization and initial X-ray diffraction study of the zinc-finger domain of zebrafish Nanos 査読有り

    Hiroshi Hashimoto, Shigeta Kawaguchi, Kodai Hara, Keishi Nakamura, Toshiyuki Shimizu, Yutaka Tamaru, Mamoru Sato

    ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY AND CRYSTALLIZATION COMMUNICATIONS　65　(Pt 9)　959-961　2009年9月

    DOI： 10.1107/S1744309109032163 　

    ISSN：1744-3091

  96. Purification, crystallization and initial X-ray diffraction study of the zinc-finger domain of zebrafish Nanos

    Hiroshi Hashimoto, Shigeta Kawaguchi, Kodai Hara, Keishi Nakamura, Toshiyuki Shimizu, Yutaka Tamaru, Mamoru Sato

    Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications　65　(9)　959-961　2009年8月20日

    DOI： 10.1107/S1744309109032163 　

    ISSN：1744-3091

    eISSN：1744-3091

  97. A novel application of metabolomics in vertebrate development

    Shunsuke Hayashi, Shinichi Akiyama, Yutaka Tamaru, Yasuaki Takeda, Toshinobu Fujiwara, Kunio Inoue, Akio Kobayashi, Shingo Maegawa, Eiichiro Fukusaki

    Biochemical and Biophysical Research Communications　386　(1)　268-272　2009年8月14日

    DOI： 10.1016/j.bbrc.2009.06.041 　

    ISSN：0006-291X

    eISSN：1090-2104

  98. A novel application of metabolomics in vertebrate development. 国際誌

    Shunsuke Hayashi, Shinichi Akiyama, Yutaka Tamaru, Yasuaki Takeda, Toshinobu Fujiwara, Kunio Inoue, Akio Kobayashi, Shingo Maegawa, Eiichiro Fukusaki

    Biochemical and biophysical research communications　386　(1)　268-72　2009年8月14日

    DOI： 10.1016/j.bbrc.2009.06.041 　

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    Many studies have demonstrated the functions of individual genes associated with embryogenesis and have determined the genome sequences of several organisms. Despite the availability of enormous amount of genetic information, dynamic changes that occur during embryogenesis have not yet been completely understood. In order to understand the dynamic processes involved in embryogenesis, we employed the metabolomic approach. The results of our study indicated that there is a close correlation between metabolomes and developmental stages. Our method enables the identification of embryonic stages using metabolomes as "fingerprints." In this manner, we could successfully predict embryonic development on the basis of metabolomic fingerprints. This is the first report describing a model for predicting vertebrate development by using metabolomics.

  99. Research and development of combinatorial bioengineering using zebrafish and its application on drug discovery

    Tamaru, Y.

    Yakugaku Zasshi　129　(11)　2009年

    DOI： 10.1248/yakushi.129.1285 　

    ISSN：0031-6903 1347-5231

  100. A novel application of metabolomics in vertebrate development

    Hayashi, S., Akiyama, S., Tamaru, Y., Takeda, Y., Fujiwara, T., Inoue, K., Kobayashi, A., Maegawa, S., Fukusaki, E.

    Biochemical and Biophysical Research Communications　386　(1)　2009年

    DOI： 10.1016/j.bbrc.2009.06.041 　

    ISSN：0006-291X 1090-2104

  101. Cloning and characterization of a β-1,4-mannanase 5C possessing a family 27 carbohydrate-binding module from a marine bacterium, Vibrio sp. strain MA-138

    Tanaka, M., Umemoto, Y., Okamura, H., Nakano, D., Tamaru, Y., Araki, T.

    Bioscience, Biotechnology and Biochemistry　73　(1)　2009年

    DOI： 10.1271/bbb.80521 　

    ISSN：0916-8451 1347-6947

  102. Purification, crystallization and initial X-ray diffraction study of the zinc-finger domain of zebrafish Nanos

    Hashimoto, H., Kawaguchi, S., Hara, K., Nakamura, K., Shimizu, T., Tamaru, Y., Sato, M.

    Acta Crystallographica Section F: Structural Biology and Crystallization Communications　65　(9)　2009年

    DOI： 10.1107/S1744309109032163 　

    ISSN：1744-3091

  103. Cloning and characterization of a β-1,4-mannanase 5C possessing a family 27 carbohydrate-binding module from a marine bacterium, Vibrio sp. strain MA-138

    Megumi Tanaka, Yoshiaki Umemoto, Hidenori Okamura, Daiichirou Nakano, Yutaka Tamaru, Toshiyoshi Araki

    Bioscience, Biotechnology and Biochemistry　73　(1)　109-116　2009年

    DOI： 10.1271/bbb.80521 　

    ISSN：0916-8451

    eISSN：1347-6947

  104. Cloning and characterization of a beta-1,4-mannanase 5C possessing a family 27 carbohydrate-binding module from a marine bacterium, Vibrio sp. strain MA-138. 国際誌

    Megumi Tanaka, Yoshiaki Umemoto, Hidenori Okamura, Daiichirou Nakano, Yutaka Tamaru, Toshiyoshi Araki

    Bioscience, biotechnology, and biochemistry　73　(1)　109-16　2009年1月

    eISSN：1347-6947

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    The beta-1,4-mannanase 5C gene (man5C) of Vibrio sp. strain MA-138 was cloned and expressed in Escherichia coli. The man5C gene consisted of 2,010 bp nucleotides encoding a protein of 669 amino acids with a predicted molecular weight of 76,309. beta-1,4-Mannanase (Man5C) is a modular enzyme composed of a catalytic module belonging to glycoside hydrolase family 5, a linker region, and a putative carbohydrate-binding module (CBM) belonging to family 27. Recombinant Man5C exhibited maximal activity at 50 degrees C at pH 7.0, and it had a K(m) of 0.6 mg ml(-1) and a V(max) of 556.2 micromol min(-1) mumol(-1) for glucomannan. Binding studies revealed that the C-terminal putative CBM27 had the ability to bind soluble beta-mannans and contributed to increasing the rate of depolymerization by binding to the polymeric substrate. Man5C of Vibrio sp. MA-138 is the first non-extremophile enzyme to be identified as a beta-mannanase possessing CBM27.

  105. Femtosecond pulsed laser as a microscalpel for microdissection and isolation of specific sections from biological samples

    Masaaki Sakakura, Shinichiro Kajiyama, Masafumi Tsutsumi, Jinhai Si, Eiichiro Fukusaki, Yutaka Tamaru, Shin Ichi Akiyama, Kiyotaka Miura, Kazuyuki Hirao, Mitsuyoshi Ueda

    Japanese Journal of Applied Physics, Part 1: Regular Papers and Short Notes and Review Papers　46　(9 A)　5859-5864　2007年9月7日

    DOI： 10.1143/JJAP.46.5859 　

    ISSN：0021-4922

    eISSN：1347-4065

  106. Construction of an expression vector containing a β-actin promoter region for gene transfer by microinjection in red sea bream Pagrus major

    Keitaro Kato, Masayoshi Takagi, Yutaka Tamaru, Shin Ichi Akiyama, Takafumi Konishi, Osamu Murata, Hidemi Kumai

    Fisheries Science　73　(2)　440-445　2007年4月

    DOI： 10.1111/j.1444-2906.2007.01352.x 　

    ISSN：0919-9268

    eISSN：1444-2906

  107. A unique β-agarase, AgaA, from a marine bacterium, Vibrio sp. strain PO-303

    Jinhua Dong, Yutaka Tamaru, Toshiyoshi Araki

    Applied Microbiology and Biotechnology　74　(6)　1248-1255　2007年4月

    DOI： 10.1007/s00253-006-0781-z 　

    ISSN：0175-7598

  108. Construction of an expression vector containing a β-actin promoter region for gene transfer by microinjection in red sea bream Pagrus major

    Keitaro Kato, Masayoshi Takagi, Yutaka Tamaru, Shin-ichi Akiyama, Takafumi Konishi, Osamu Murata, Hidemi Kumai

    Fisheries Science　73　(2)　440-445　2007年4月

    DOI： 10.1111/j.1444-2906.2007.01352.x 　

    ISSN：0919-9268

  109. Molecular cloning, expression, and characterization of a β-agarase gene, agaD, from a marine bacterium, Vibrio sp. strain PO-303

    Dong, J., Tamaru, Y., Araki, T.

    Bioscience, Biotechnology and Biochemistry　71　(1)　2007年

    DOI： 10.1271/bbb.60304 　

    ISSN：0916-8451 1347-6947

  110. A unique β-agarase, AgaA, from a marine bacterium, Vibrio sp. strain PO-303

    Dong, J., Tamaru, Y., Araki, T.

    Applied Microbiology and Biotechnology　74　(6)　2007年

    DOI： 10.1007/s00253-006-0781-z 　

    ISSN：0175-7598

  111. Construction of an expression vector containing a β-actin promoter region for gene transfer by microinjection in red sea bream Pagrus major

    Kato, K., Takagi, M., Tamaru, Y., Akiyama, S.-I., Konishi, T., Murata, O., Kumai, H.

    Fisheries Science　73　(2)　2007年

    DOI： 10.1111/j.1444-2906.2007.01352.x 　

    ISSN：0919-9268 1444-2906

  112. Molecular cloning, expression, and characterization of a β-agarase gene, agaD, from a marine bacterium, Vibrio sp. strain PO-303

    Jinhua Dong, Yutaka Tamaru, Toshiyoshi Araki

    Bioscience, Biotechnology and Biochemistry　71　(1)　38-46　2007年

    DOI： 10.1271/bbb.60304 　

    ISSN：0916-8451

    eISSN：1347-6947

  113. Femtosecond pulsed laser as a microscalpel for microdissection and isolation of specific sections from biological samples

    Sakakura, M., Kajiyama, S., Tsutsumi, M., Si, J., Fukusaki, E., Tamaru, Y., Akiyama, S.-I., Miura, K., Hirao, K., Ueda, M.

    Japanese Journal of Applied Physics, Part 1: Regular Papers and Short Notes and Review Papers　46　(9 A)　2007年

    DOI： 10.1143/JJAP.46.5859 　

    ISSN：0021-4922 1347-4065

  114. Cloning of the novel gene encoding β-agarase C from a marine bacterium, Vibrio sp. strain PO-303, and characterization of the gene product

    Jinhua Dong, Shinnosuke Hashikawa, Takafumi Konishi, Yutaka Tamaru, Toshiyoshi Araki

    Applied and Environmental Microbiology　72　(9)　6399-6401　2006年9月

    DOI： 10.1128/AEM.00935-06 　

    ISSN：0099-2240

  115. Application of the arming system for the expression of the 380R antigen from red sea bream iridovirus (RSIV) on the surface of yeast cells: A first step for the development of an oral vaccine

    Yutaka Tamaru, Masanori Ohtsuka, Keitaro Kato, Sadao Manabe, Kouichi Kuroda, Mitsuaki Sanada, Mitsuyoshi Ueda

    BIOTECHNOLOGY PROGRESS　22　(4)　949-953　2006年8月

    DOI： 10.1021/bp060130x 　

    ISSN：8756-7938

    eISSN：1520-6033

  116. Enhancing the tolerance of zebrafish (Danio rerio) to heavy metal toxicity by the expression of plant phytochelatin synthase. 国際誌

    Takafumi Konishi, Sachiko Matsumoto, Yusuke Tsuruwaka, Kentaro Shiraki, Kazumasa Hirata, Yutaka Tamaru, Masahiro Takagi

    Journal of biotechnology　122　(3)　316-25　2006年4月10日

    DOI： 10.1016/j.jbiotec.2005.12.013 　

    ISSN：0168-1656

  117. Cloning of the novel gene encoding β-agarase C from a marine bacterium, Vibrio sp. strain PO-303, and characterization of the gene product

    Dong, J., Hashikawa, S., Konishi, T., Tamaru, Y., Araki, T.

    Applied and Environmental Microbiology　72　(9)　2006年

    DOI： 10.1128/AEM.00935-06 　

    ISSN：0099-2240

  118. Enhancing the tolerance of zebrafish (Danio rerio) to heavy metal toxicity by the expression of plant phytochelatin synthase

    Konishi, T., Matsumoto, S., Tsuruwaka, Y., Shiraki, K., Hirata, K., Tamaru, Y., Takagi, M.

    Journal of Biotechnology　122　(3)　2006年

    DOI： 10.1016/j.jbiotec.2005.12.013 　

    ISSN：0168-1656

  119. The first thermodynamic characterization of β-1,3-Xylanase from a marine bacterium

    Fumiyoshi Okazaki, Kentaro Shiraki, Yutaka Tamaru, Toshiyoshi Araki, Masahiro Takagi

    Protein Journal　24　(7-8)　413-421　2005年11月

    DOI： 10.1007/s10930-005-7637-8 　

    ISSN：1572-3887

    eISSN：1875-8355

  120. The first thermodynamic characterization of β-1,3-Xylanase from a marine bacterium 国際誌

    Fumiyoshi Okazaki, Kentaro Shiraki, Yutaka Tamaru, Toshiyoshi Araki, Masahiro Takagi

    Protein Journal　24　(7-8)　413-421　2005年11月1日

    DOI： 10.1007/s10930-005-7637-8 　

    ISSN：1572-3887

  121. The first crystal structure of a family 31 carbohydrate-binding module with affinity to β-1,3-xylan

    Hiroshi Hashimoto, Youichi Tamai, Fumiyoshi Okazaki, Yutaka Tamaru, Toshiyuki Shimizu, Toshiyoshi Araki, Mamoru Sato

    FEBS Letters　579　(20)　4324-4328　2005年8月15日

    DOI： 10.1016/j.febslet.2005.06.062 　

    ISSN：0014-5793

  122. The first crystal structure of a family 31 carbohydrate-binding module with affinity to beta-1,3-xylan. 国際誌 査読有り

    Hiroshi Hashimoto, Youichi Tamai, Fumiyoshi Okazaki, Yutaka Tamaru, Toshiyuki Shimizu, Toshiyoshi Araki, Mamoru Sato

    FEBS letters　579　(20)　4324-8　2005年8月15日

    ISSN：0014-5793

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    Here, we present the crystal structure of the family 31 carbohydrate-binding module (CBM) of beta-1,3-xylanase from Alcaligenes sp. strain XY-234 (AlcCBM31) determined at a resolution of 1.25A. The AlcCBM31 shows affinity with only beta-1,3-xylan. The AlcCBM31 molecule makes a beta-sandwich structure composed of eight beta-strands with a typical immunoglobulin fold and contains two intra-molecular disulfide bonds. The folding topology of AlcCBM31 differs from that of the large majority of other CBMs, in which eight beta-strands comprise a beta-sandwich structure with a typical jelly-roll fold. AlcCBM31 shows structural similarity with CBM structures of family 34 and family 9, which also adopt structures based on immunoglobulin folds.

  123. A new class of glutathione S-transferase from the hepatopancreas of the red sea bream Pagrus major

    Takafumi Konishi, Keitaro Kato, Toshiyoshi Araki, Kentaro Shiraki, Masahiro Takagi, Yutaka Tamaru

    Biochemical Journal　388　(1)　299-307　2005年5月15日

    DOI： 10.1042/BJ20041578 　

    ISSN：0264-6021

  124. A new class of glutathione S-transferase from the hepatopancreas of the red sea bream Pagrus major

    Takafumi Konishi, Keitaro Kato, Toshiyoshi Araki, Kentaro Shiraki, Masahiro Takagi, Yutaka Tamaru

    Biochemical Journal　388　(1)　299-307　2005年5月15日

    DOI： 10.1042/BJ20041578 　

    ISSN：0264-6021

  125. Molecular cloning and characterization of α-class glutathione S-transferase genes from the hepatopancreas of red sea bream, Pagrus major

    Takafumi Konishi, Keitaro Kato, Toshiyoshi Araki, Kentaro Shiraki, Masahiro Takagi, Yutaka Tamaru

    Comparative Biochemistry and Physiology - C Toxicology and Pharmacology　140　(3-4)　309-320　2005年3月

    DOI： 10.1016/j.cca.2005.02.012 　

    ISSN：1532-0456

  126. The first thermodynamic characterization of β-1,3-Xylanase from a marine bacterium

    Okazaki, F., Shiraki, K., Tamaru, Y., Araki, T., Takagi, M.

    Protein Journal　24　(7-8)　2005年

    DOI： 10.1007/s10930-005-7637-8 　

    ISSN：1875-8355 1572-3887

  127. The first crystal structure of a family 31 carbohydrate-binding module with affinity to β-1,3-xylan

    Hashimoto, H., Tamai, Y., Okazaki, F., Tamaru, Y., Shimizu, T., Araki, T., Sato, M.

    FEBS Letters　579　(20)　2005年

    DOI： 10.1016/j.febslet.2005.06.062 　

    ISSN：0014-5793

  128. Molecular cloning and characterization of α-class glutathione S-transferase genes from the hepatopancreas of red sea bream, Pagrus major

    Konishi, T., Kato, K., Araki, T., Shiraki, K., Takagi, M., Tamaru, Y.

    Comparative Biochemistry and Physiology - C Toxicology and Pharmacology　140　(3-4)　2005年

    DOI： 10.1016/j.cca.2005.02.012 　

    ISSN：1532-0456

  129. A new class of glutathione S-transferase from the hepatopancreas of the red sea bream Pagrus major

    Konishi, T., Kato, K., Araki, T., Shiraki, K., Takagi, M., Tamaru, Y.

    Biochemical Journal　388　(1)　2005年

    DOI： 10.1042/BJ20041578 　

    ISSN：0264-6021

  130. Molecular cloning and characterization of α-class glutathione S-transferase genes from the hepatopancreas of red sea bream, Pagrus major

    Takafumi Konishi, Keitaro Kato, Toshiyoshi Araki, Kentaro Shiraki, Masahiro Takagi, Yutaka Tamaru

    Comparative Biochemistry and Physiology - C Toxicology and Pharmacology　140　(3-4)　309-320　2005年

    DOI： 10.1016/j.cca.2005.02.012 　

    ISSN：1532-0456

  131. Cellulosomes from mesophilic bacteria

    Doi, R.H., Kosugi, A., Murashima, K., Tamaru, Y., Han, S.O.

    Journal of Bacteriology　185　(20)　2003年

    DOI： 10.1128/JB.185.20.5907-5914.2003 　

    ISSN：0021-9193

  132. Cell-surface-anchoring role of N-terminal surface layer homology domains of Clostridium cellulovorans EngE. 国際誌

    Akihiko Kosugi, Koichiro Murashima, Yutaka Tamaru, Roy H Doi

    Journal of bacteriology　184　(4)　884-8　2002年2月

    ISSN：0021-9193

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    engE, coding for endoglucanase E, one of the three major subunits of the Clostridium cellulovorans cellulosome, has been cloned and sequenced (Y. Tamaru and R. H. Doi, J. Bacteriol. 181:3270-3276, 1999). The N-terminal-half region of EngE possesses three repeated surface layer homology (SLH) domains, which are homologous to those of some bacterial S-layer proteins. Also, the C-terminal-half region consists of a catalytic domain of glycosyl hydrolase family 5 and a duplicated sequence (dockerin) for binding EngE to scaffolding protein CbpA. Our hypothesis is that the SLH domains serve in the role of anchoring to the cell surface. This model was investigated by using recombinant EngEs (rEngE) with and without SLH domains that were synthesized in Escherichia coli and cell wall preparations from C. cellulovorans. When rEngE and SLH polypeptides of EngE were incubated with cell wall fragments prepared by sodium dodecyl sulfate treatment, these proteins bound strongly to the cell wall. However, rEngEs without SLH domains lost their ability to bind to cell walls. When rEngE was incubated with mini-CbpA, consisting of two cohesin domains, and cell wall fragments, the mini-CbpA was able to bind to the cell wall with rEngE. However, the binding of mini-CbpA was dramatically inhibited by addition of a chelating reagent, such as EDTA, which prevents cohesin-dockerin interactions. These results suggest not only that the SLH domains of EngE can bind to the cell surface but also that EngE plays an anchoring role for cellulosomes through the interaction of its dockerin domain with a CbpA cohesin.

  133. Novel carbohydrate-binding module of β-1,3-xylanase from a marine bacterium, Alcaligenes sp. strain XY-234

    Okazaki, F., Tamaru, Y., Hashikawa, S., Li, Y.-T., Araki, T.

    Journal of Bacteriology　184　(9)　2002年

    DOI： 10.1128/JB.184.9.2399-2403.2002 　

    ISSN：0021-9193

  134. Cell-surface-anchoring role of N-terminal surface layer homology domains of Clostridium cellulovorans EngE

    Kosugi, A., Murashima, K., Tamaru, Y., Doi, R.H.

    Journal of Bacteriology　184　(4)　2002年

    DOI： 10.1128/jb.184.4.884-888.2002 　

    ISSN：0021-9193

  135. Heterologous production of Clostridium cellulovorans engB, using protease-deficient Bacillus subtilis, and preparation of active recombinant cellulosomes

    Murashima, K., Chen, C.-L., Kosugi, A., Tamaru, Y., Doi, R.H., Wong, S.

    Journal of Bacteriology　184　(1)　2002年

    DOI： 10.1128/JB.184.1.76-81.2002 　

    ISSN：0021-9193

  136. Formation of protoplasts from cultured tobacco cells and Arabidopsis thaliana by the action of cellulosomes and pectate lyase from Clostridium cellulovorans

    Tamaru, Y., Ui, S., Murashima, K., Kosugi, A., Chan, H., Doi, R.H., Liu, B.

    Applied and Environmental Microbiology　68　(5)　2002年

    DOI： 10.1128/AEM.68.5.2614-2618.2002 　

    ISSN：0099-2240

  137. Heterologous production of Clostridium cellulovorans engB, using protease-deficient Bacillus subtilis, and preparation of active recombinant cellulosomes

    K. Murashima, C. L. Chen, A. Kosugi, Y. Tamaru, R. H. Doi, S. Wong

    Journal of Bacteriology　184　(1)　76-81　2002年

    DOI： 10.1128/JB.184.1.76-81.2002 　

    ISSN：0021-9193

  138. Cell-surface-anchoring role of N-terminal surface layer homology domains of Clostridium cellulovorans EngE

    Akihiko Kosugi, Koichiro Murashima, Yutaka Tamaru, Roy H. Doi

    Journal of Bacteriology　184　(4)　884-888　2002年

    DOI： 10.1128/jb.184.4.884-888.2002 　

    ISSN：0021-9193

  139. Novel carbohydrate-binding module of β-1,3-xylanase from a marine bacterium, Alcaligenes sp. strain XY-234

    Fumiyoshi Okazaki, Yutaka Tamaru, Shinnosuke Hashikawa, Yu Teh Li, Toshiyoshi Araki

    Journal of Bacteriology　184　(9)　2399-2403　2002年

    DOI： 10.1128/JB.184.9.2399-2403.2002 　

    ISSN：0021-9193

  140. Formation of protoplasts from cultured tobacco cells and Arabidopsis thaliana by the action of cellulosomes and pectate lyase from Clostridium cellulovorans

    Yutaka Tamaru, Sadaharu Ui, Koichiro Murashima, Akihiko Kosugi, Helen Chan, Roy H. Doi, Bo Liu

    Applied and Environmental Microbiology　68　(5)　2614-2618　2002年

    DOI： 10.1128/AEM.68.5.2614-2618.2002 　

    ISSN：0099-2240

  141. Heterologous production of Clostridium cellulovorans engB, using protease-deficient Bacillus subtilis, and preparation of active recombinant cellulosomes. 国際誌

    Koichiro Murashima, Chyi-Liang Chen, Akihiko Kosugi, Yutaka Tamaru, Roy H Doi, Sui-Lam Wong

    Journal of bacteriology　184　(1)　76-81　2002年1月

    ISSN：0021-9193

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    In cellulosomes produced by Clostridium spp., the high-affinity interaction between the dockerin domain and the cohesin domain is responsible for the assembly of enzymatic subunits into the complex. Thus, heterologous expression of full-length enzymatic subunits containing the dockerin domains and of the scaffolding unit is essential for the in vitro assembly of a "designer" cellulosome, or a recombinant cellulosome with a specific function. We report the preparation of Clostridium cellulovorans recombinant cellulosomes containing the enzymatic subunit EngB and the scaffolding unit, mini-CbpA, containing a cellulose binding domain, a putative cell wall binding domain, and two cohesin units. The full-length EngB containing the dockerin domain was expressed by Bacillus subtilis WB800, which is deficient in eight extracellular proteases, to prevent the proteolytic cleavage of the enzymatic subunit between the catalytic and dockerin domains that was observed in previous attempts to express EngB with Escherichia coli. The assembly of recombinant EngB with the mini-CbpA was confirmed by immunostaining, a cellulose binding experiment, and native polyacrylamide gel electrophoresis analysis.

  142. Pectate lyase A, an enzymatic subunit of the Clostridium cellulovorans cellulosome

    Yutaka Tamaru, Roy H. Doi

    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America　98　(7)　4125-4129　2001年3月27日

    DOI： 10.1073/pnas.071045598 　

    ISSN：0027-8424

  143. Suppressive Effects of Green Tea Polyphenols on Microbial Growth and Volatile Basic Nitrogen Content in Round Form Yellowtail (Seriola quinqueradiata) Meat during Ice Storage

    Noriyuki ISHIHARA, Toshiyoshi ARAKI, Yutaka TAMARU, Misa INOUE, Akifumi NISHIMURA, Nobuyuki AOI, Djong-Chi CHU, Lekh Raj JUNEJA, Tatsuo MORISHITA

    food preservation science　27　(5)　269-276　2001年

    出版者・発行元： Japan Association of Food Preservation Scientists

    DOI： 10.5891/jafps.27.269 　

    ISSN：1344-1213

    eISSN：2186-1277

  144. Pectate lyase A, an enzymatic subunit of the Clostridium cellulovorans cellulosome

    Tamaru, Y., Doi, R.H.

    Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America　98　(7)　2001年

    DOI： 10.1073/pnas.071045598 　

    ISSN：0027-8424

  145. The clostridium cellulovorans cellulosome: An enzyme complex with plant cell wall degrading activity

    Doi, R.H., Tamaru, Y.

    Chemical Records　1　(1)　2001年

    DOI： 10.1002/1528-0691(2001)1:1<24::aid-tcr5>3.0.co;2-w 　

    ISSN：1527-8999

  146. The clostridium cellulovorans cellulosome: An enzyme complex with plant cell wall degrading activity

    Roy H. Doi, Yutaka Tamaru

    Chemical Records　1　(1)　24-32　2001年

    DOI： 10.1002/1528-0691(2001)1:1<24::aid-tcr5>3.0.co;2-w 　

    ISSN：1527-8999

  147. The engL gene cluster of Clostridium cellulovorans contains a gene for cellulosomal ManA

    Tamaru, Y., Doi, R.H.

    Journal of Bacteriology　182　(1)　2000年

    DOI： 10.1128/JB.182.1.244-247.2000 　

    ISSN：0021-9193

  148. A large gene cluster for the Clostridium cellulovorans cellulosome

    Tamaru, Y., Karita, S., Ibrahim, A., Chan, H., Doi, R.H.

    Journal of Bacteriology　182　(20)　2000年

    DOI： 10.1128/JB.182.20.5906-5910.2000 　

    ISSN：0021-9193

  149. A large gene cluster for the Clostridium cellulovorans cellulosome

    Y. Tamaru, S. Karita, A. Ibrahim, H. Chan, R. H. Doi

    Journal of Bacteriology　182　(20)　5906-5910　2000年

    DOI： 10.1128/JB.182.20.5906-5910.2000 　

    ISSN：0021-9193

  150. The engL gene cluster of Clostridium cellulovorans contains a gene for cellulosomal ManA

    Yutaka Tamaru, Roy H. Doi

    Journal of Bacteriology　182　(1)　244-247　2000年1月

    DOI： 10.1128/JB.182.1.244-247.2000 　

    ISSN：0021-9193

  151. Three surface layer homology domains at the N terminus of the Clostridium cellulovorans major cellulosomal subunit engE

    Yutaka Tamaru, Doi Roy H

    Journal of Bacteriology　181　(10)　3270-3276　1999年5月

    DOI： 10.1128/jb.181.10.3270-3276.1999 　

    ISSN：0021-9193

  152. Three surface layer homology domains at the N terminus of the Clostridium cellulovorans major cellulosomal subunit engE

    Tamaru, Y., Roy H, D.

    Journal of Bacteriology　181　(10)　1999年

    DOI： 10.1128/jb.181.10.3270-3276.1999 　

    ISSN：0021-9193

  153. Cellulosome and noncellulosomal cellulases of Clostridium cellulovorans

    Doi, R.H., Park, J.-S., Liu, C.-C., Malburg Jr., L.M., Tamaru, Y., Ichiishi, A., Ibrahim, A.

    Extremophiles　2　(2)　1998年

    DOI： 10.1007/s007920050042 　

    ISSN：1431-0651

  154. Cloning, DNA sequencing, and expression of the β-1,4-mannanase gene from a marine bacterium, Vibrio sp. strain MA-138

    Tamaru, Y., Araki, T., Morishita, T., Kimura, T., Sakka, K., Ohmiya, K.

    Journal of Fermentation and Bioengineering　83　(2)　1997年

    DOI： 10.1016/S0922-338X(97)83584-2 　

    ISSN：0922-338X

  155. Cloning, DNA sequencing, and expression of the β-1,4-mannanase gene from a marine bacterium, Vibrio sp. strain MA-138

    Yutaka Tamaru, Toshiyoshi Araki, Tatsuo Morishita, Tetsuya Kimura, Kazuo Sakka, Kunio Ohmiya

    Journal of Fermentation and Bioengineering　83　(2)　201-205　1997年

    DOI： 10.1016/S0922-338X(97)83584-2 　

    ISSN：0922-338X

  156. Purification and characterization of an extracellular β-1,4-mannanase from a marine bacterium, Vibrio sp. strain MA-138

    Tamaru, Y., Araki, T., Amagoi, H., Mori, H., Morishita, T.

    Applied and Environmental Microbiology　61　(12)　1995年

    DOI： 10.1128/aem.61.12.4454-4458.1995 　

    ISSN：0099-2240

  157. Purification and characterization of an extracellular β-1,4-mannanase from a marine bacterium, Vibrio sp. strain MA-138

    Y. Tamaru, T. Araki, H. Amagoi, H. Mori, T. Morishita

    Applied and Environmental Microbiology　61　(12)　4454-4458　1995年

    DOI： 10.1128/aem.61.12.4454-4458.1995 　

    ISSN：0099-2240

  158. ISOLATION AND REGENERATION OF HAPLOID PROTOPLASTS FROM BANGIA ATROPURPUREA (RHODOPHYTA) WITH MARINE BACTERIAL ENZYMES

    Toshiyoshi Araki, Michio Hayakawa, Yutaka Tamaru, Keiji Yoshimatsu, Tatsuo Morishita

    Journal of Phycology　30　(6)　1040-1046　1994年12月

    DOI： 10.1111/j.0022-3646.1994.01040.x 　

    ISSN：0022-3646

    eISSN：1529-8817

  159. ISOLATION AND REGENERATION OF HAPLOID PROTOPLASTS FROM BANGIA ATROPURPUREA (RHODOPHYTA) WITH MARINE BACTERIAL ENZYMES

    Araki, T., Hayakawa, M., Tamaru, Y., Yoshimatsu, K., Morishita, T.

    Journal of Phycology　30　(6)　1994年

    DOI： 10.1111/j.0022-3646.1994.01040.x 　

    ISSN：1529-8817 0022-3646

  160. β-1,4-mannanases from marine bacteria, Vibrio spp. MA-129 and MA-138

    Araki, T., Tamaru, Y., Morishita, T.

    Journal of General and Applied Microbiology　38　(4)　1992年

    DOI： 10.2323/jgam.38.343 　

    ISSN：0022-1260

  161. β-1,4-mannanases from marine bacteria, Vibrio spp. MA-129 and MA-138

    T. Araki, Y. Tamaru, T. Morishita

    Journal of General and Applied Microbiology　38　(4)　343-351　1992年

    DOI： 10.2323/jgam.38.343 　

    ISSN：0022-1260

  162. Comparison of Different Carbon Sources on Biomethane Pro-Duction With Clostridium cellulovorans and Methanogens

    Yutaka Tamaru

    DOI： 10.20944/preprints202305.0930.v1 　

  163. Effects of Different Carbon Sources on Biomethane Production with <em>Clostridium Cellulovorans</em> and Methanogens

    Yutaka Tamaru

    DOI： 10.20944/preprints202302.0185.v3 　

  164. Effects of Different Carbon Sources on Biomethane Production with <em>Clostridium Cellulovorans</em> and Methanogens

    Yutaka Tamaru

    DOI： 10.20944/preprints202302.0185.v1 　

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MISC 74

  1. Recent research advances on non-linear phenomena in various biosystems

    Yutaka Tamaru, Shuji Nakanishi, Kenya Tanaka, Mitsuo Umetsu, Hikaru Nakazawa, Aruto Sugiyama, Tomoyuki Ito, Naofumi Shimokawa, Masahiro Takagi

    Journal of Bioscience and Bioengineering　136　(2)　75-86　2023年8月

    DOI： 10.1016/j.jbiosc.2023.03.012 　

    ISSN： 1389-1723

    eISSN： 1347-4421

  2. 魚類養殖におけるプロバイオティクス飼料開発

    山田紗里奈, 岡崎文美, 梅川碧里, 中谷肇, 堀克敏, 田丸浩

    日本生物工学会大会講演要旨集　73rd　2021年

  3. 水田土壌細菌叢のNGS解析と発電菌の同定

    田丸浩, 林真由, 岡﨑文美

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2021　2021年

    ISSN： 2186-7976

  4. 飼育環境によるニジマス表皮細菌叢の変遷

    中谷肇, 山田尚毅, 荒川友子, 橋本直樹, 小幡宏志郎, 岡崎文美, 田丸浩, 堀克敏

    日本水産学会大会講演要旨集(CD-ROM)　2021　2021年

  5. 水田土壌細菌叢のNGS解析と発電菌の同定

    林真由, 岡崎文美, 田丸浩

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)　43rd　2020年

  6. 好冷性海洋細菌が産生するβ-1,3-キシラナーゼの機能解析

    谷口瑞季, 工藤基徳, 荻野千秋, 近藤昭彦, 田丸浩, 青木恭彦, 岡崎文美

    日本農芸化学会中部支部例会講演要旨集(Web)　187th　2020年

  7. Clostridium cellulovoransとClostridium beijerinckiiによる温州みかん残渣からのIBE発酵

    富田寿男, 岡崎文美, 岡崎文美, 岡崎文美, 田丸浩, 田丸浩, 田丸浩

    日本生物工学会大会講演要旨集　71st　2019年

  8. Clostridium cellulovoransおよびメタン生成菌の共培養によるシュガービートパルプからのバイオメタンガス生産

    富田寿男, 岡崎文美, 岡崎文美, 岡崎文美, 田丸浩, 田丸浩, 田丸浩

    日本生物工学会大会講演要旨集　71st　2019年

  9. 好冷性海洋細菌Psychroflexus torquis由来β-1,3-キシラナーゼの酵素化学的諸性質

    谷口瑞季, 工藤基徳, 荻野千秋, 近藤昭彦, 田丸浩, 青木恭彦, 岡崎文美

    日本生物工学会大会講演要旨集　71st　2019年

  10. リポソームを用いたキンギョ免疫法によるscFv断片の取得

    岡崎文美, 岡崎文美, 岡崎文美, 栗山風貴子, 安達優華, 田丸浩, 田丸浩, 田丸浩

    日本生物工学会大会講演要旨集　71st　2019年

  11. キンギョゲノムを基にした水泡液中の遺伝子発現と抗体遺伝子の多様性解析

    岡崎文美, 岡崎文美, 岡崎文美, 田丸浩, 田丸浩, 田丸浩

    日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web)　42nd　2019年

  12. キンギョ由来抗体遺伝子の多様性解析と抗原特異的scFv断片の取得

    岡崎文美, 岡崎文美, 岡崎文美, 栗山風貴子, 百瀬直樹, 額田夏生, 田丸浩, 田丸浩, 田丸浩

    日本生化学会大会(Web)　92nd　2019年

  13. Clostridium cellulovoransによる多様なセルロース系バイオマスを活用したバイオリファイナリー構築

    富田寿男, 岡崎文美, 田丸浩

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2018　2018年

    ISSN： 2186-7976

  14. キンギョ由来抗体遺伝子の多様性解析と抗原特異的scFv断片の取得

    岡崎文美, 岡崎文美, 岡崎文美, 額田夏生, 百瀬直樹, 田丸浩, 田丸浩, 田丸浩

    日本生物工学会大会講演要旨集　70th　2018年

  15. Clostridium cellulovoransおよびClostridium beijerinckii共培養によるシュガービートパルプからの酪酸生産

    富田寿男, 川出雄二郎, 岡崎文美, LOPEZ-CONTRERAS Ana M., 田丸浩, 田丸浩, 田丸浩

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)　2017　2017年

    ISSN： 2186-7976

  16. キンギョ抗体遺伝子の多様性解析と抗原特異的scFv断片の取得

    岡崎文美, 岡崎文美, 額田夏生, 百瀬直樹, 田丸浩, 田丸浩, 田丸浩

    日本生化学会大会(Web)　90th　2017年

  17. バイオインターフェイス(前編)生命現象から見たバイオインターフェイス セルロソーム生産菌によるバイオインターフェイスとバイオリファイナリーへの応用

    岡崎文美, 田丸浩

    生物工学会誌　94　(11)　2016年

    ISSN： 0919-3758

  18. Clostridium cellulovoransおよびClostridium beijerinckiiの共培養系によるシュガービートパルプからの有用物質生産

    川出雄二郎, 富田寿男, 岡崎文美, LOPEZ-CONTRERAS Ana M., 田丸浩, 田丸浩, 田丸浩

    日本生物工学会大会講演要旨集　68th　2016年

  19. 2P-165 バイオリファイナリーに向けたベトナム産ホンダワラ類の成分分析(バイオマス,資源,エネルギー工学,一般講演)

    牧野,沙紀, 寺田,竜太, 川口,栄男, 田中,礼士, 三宅,英雄, 田丸,浩, モリ,テツシ, 吉川,裕之, 黒田,浩一, 植田,充美, 柴田,敏行

    日本生物工学会大会講演要旨集　67　216　2015年9月25日

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  20. 3P-098 アラメ属・カジメ属褐藻類に含まれるフロロタンニン類の組成と抗酸化性の解析(食品科学,食品工学,一般講演)

    杉浦,真悟, 長山,公紀, 田中,礼士, 三宅,英雄, 田丸,浩, 川口,栄男, 黒田,浩一, 植田,充美, 柴田,敏行

    日本生物工学会大会講演要旨集　67　295　2015年9月25日

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  21. 3P-186 Clostridium cellulovoransのセルロソーム構築に関する研究(バイオマス,資源,エネルギー工学,一般講演)

    長屋,千晶, 石川,岳, 田中,礼士, 柴田,敏行, 黒田,浩一, 植田,充美, 田丸,浩, 三宅,英雄

    日本生物工学会大会講演要旨集　67　317　2015年9月25日

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  22. 3P-187 ブタノール生産菌Clostridium beijerinckiiを用いたClostridium cellulovorans由来ミニセルロソーム発現 : 骨格タンパク質とセルロソーム形成酵素の影響(バイオマス,資源,エネルギー工学,一般講演)

    平松,愛子, 黒田,浩一, 植田,充美, 田丸,浩, 三宅,英雄

    日本生物工学会大会講演要旨集　67　317　2015年9月25日

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  23. 2P-135 アラメ属褐藻類を構成する糖質の定量分析(バイオマス,資源,エネルギー工学,一般講演)

    柴田,敏行, 田中,礼士, 三宅,英雄, 田丸,浩, モリ,テツシ, 吉川,裕之, 川口,栄男, 黒田,浩一, 植田,充美

    日本生物工学会大会講演要旨集　66　140　2014年8月5日

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  24. 3P-180 RNA-Seq を用いたClostridium cellulovoransのゲノムワイドな動的転写プロファイリング(バイオマス,資源,エネルギー工学,一般講演)

    石川,卓, 高嶋,和哉, 岡田,昌子, 田中,礼士, 柴田,敏行, 黒田,浩一, 植田,充美, 田丸,浩, 三宅,英雄

    日本生物工学会大会講演要旨集　66　239　2014年8月5日

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  25. 3P-182 Clostridium cellulovoransが生産するセルロソーム形成酵素とセルロソーム骨格タンパク質との相互作用に関する研究(バイオマス,資源,エネルギー工学,一般講演)

    石川,岳, 長屋,千晶, 江坂,康平, 田中,礼士, 柴田,敏行, 黒田,浩一, 植田,充美, 田丸,浩, 三宅,英雄

    日本生物工学会大会講演要旨集　66　240　2014年8月5日

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  26. 3P-181 Clostridium cellulovoransにおけるセルロソームとノンセルロソーム関連遺伝子の発現調節機構(バイオマス,資源,エネルギー工学,一般講演)

    高嶋,和也, 石川,卓, 田中,礼士, 柴田,敏行, 黒田,浩一, 植田,充美, 田丸,浩, 三宅,英雄

    日本生物工学会大会講演要旨集　66　240　2014年8月5日

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  27. 3P-183 Clostridium cellulovoransのコヘシン-ドックリン相互作用解析(バイオマス,資源,エネルギー工学,一般講演)

    長屋,千晶, 石川,岳, 田中,礼士, 柴田,敏行, 黒田,浩一, 植田,充美, 田丸,浩, 三宅,英雄

    日本生物工学会大会講演要旨集　66　240　2014年8月5日

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  28. 3P-184 ブタノール生産菌Clostridium beijerinckiiを用いたClostridium cellulovoransのセルロソーム遺伝子クラスターの発現(バイオマス,資源,エネルギー工学,一般講演)

    平松,愛子, 黒田,浩一, 植田,充美, 田丸,浩, 三宅,英雄

    日本生物工学会大会講演要旨集　66　240　2014年8月5日

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  29. 1P-197 褐藻バイオマスを構成する糖質の定量分析(一般講演(バイオマス,資源,エネルギー工学))

    柴田,敏行, 松岡,いづみ, 田中,礼士, 三宅,英雄, 田丸,浩, モリ,テツシ, 吉川,裕之, 川口,栄男, 黒田,浩一, 植田,充美

    日本生物工学会大会講演要旨集　65　67　2013年8月25日

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  30. 2P-134 Clostridium cellulovoransが生産するセルロソーム形成マンナナーゼの酵素学的諸性質と新規骨格タンパク質CbpBとの相互作用解析(バイオマス,資源,エネルギー工学,一般講演)

    石川,岳, 中島,大地, 原,浩美, 田中,礼士, 柴田,敏行, 黒田,浩一, 植田,充美, 田丸,浩, 三宅,英雄

    日本生物工学会大会講演要旨集　65　138　2013年8月25日

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  31. 2P-135 Clostridium cellulovoransのセルロソームとノンセルロソーム遺伝子にフォーカスしたRNA-seqトランスクリプトーム解析(バイオマス,資源,エネルギー工学,一般講演)

    三宅,英雄, 高嶋,和也, 石川,卓, 柴田,敏行, 田中,礼士, 黒田,浩一, 植田,充美, 田丸,浩

    日本生物工学会大会講演要旨集　65　138　2013年8月25日

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  32. 3P-016 バイオマスに応じたClostridium cellulovoransの構成酵素プロファイルの解析

    江坂,康平, 松井,一真, 森坂,裕信, 黒田,浩一, 三宅,英雄, 田丸,浩, 植田,充美

    日本生物工学会大会講演要旨集　65　192　2013年8月25日

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  33. 2P-186 ゼブラフィッシュ用HTPインジェクションシステムの性能特性(システムバイオロジー,一般講演)

    アヴシャル,恵利子, 三宅,英雄, 小幡,勝, 橋本,耕成, 橋本,正敏, 田丸,浩

    日本生物工学会大会講演要旨集　65　151　2013年8月25日

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  34. 4Hp01 褐藻アラメから単離したフロロタンニン類のスペクトル解析(生物化学工学/バイオマス,資源,エネルギー工学,一般講演)

    藤井,陽平, 柴田,敏行, 田中,礼士, 三宅,英雄, 川口,栄男, 田丸,浩, 黒田,浩一, 植田,充美

    日本生物工学会大会講演要旨集　64　232　2012年9月25日

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  35. 4Cp26 Clostridium cellulovorans 743Bが生産する新規セルロソーム骨格タンパク質CbpBの機能解析(タンパク質工学/核酸工学,一般講演)

    三宅,英雄, 中島,大地, 永野,彰彦, 森坂,裕信, 黒田,浩一, 植田,充美, 田丸,浩

    日本生物工学会大会講演要旨集　64　201　2012年9月25日

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  36. Yeast cell surface display of xylose isomerase from C. cellulovorans toward efficient xylose fermentation

    Kouichi Kuroda, Miki Ota, Hironobu Morisaka, Hideo Miyake, Yutaka Tamaru, Mitsuyoshi Ueda

    NEW BIOTECHNOLOGY　29　S48-S48　2012年9月

    DOI： 10.1016/j.nbt.2012.08.132 　

    ISSN： 1871-6784

    eISSN： 1876-4347

  37. Focused proteome analysis of cellulosome of Clostridium cellulovorans

    Kazuma Matsui, Hironobu Morisaka, Kouichi Kuroda, Yutaka Tamaru, Hideo Miyake, Mitsuyoshi Ueda

    NEW BIOTECHNOLOGY　29　S49-S49　2012年9月

    DOI： 10.1016/j.nbt.2012.08.136 　

    ISSN： 1871-6784

    eISSN： 1876-4347

  38. Putative role of cellulosomal protease inhibitors in Clostridium cellulovorans based on gene expression and measurement of activities

    Hirokazu Meguro, Hironobu Morisaka, Kouichi Kuroda, Hideo Miyake, Yutaka Tamaru, Mitsuyoshi Ueda

    Journal of Bacteriology　193　(19)　5527-5530　2011年10月

    DOI： 10.1128/JB.05022-11 　

    ISSN： 0021-9193

    eISSN： 1098-5530

  39. 2Ea04 Clostridium cellulovorans 743B由来セルロソーム骨格タンパク質CbpB遺伝子のクローニングと発現(タンパク質工学,一般講演)

    中島,大地, 山本,康介, 森坂,裕信, 黒田,浩一, 植田,充美, 田丸,浩, 三宅,英雄

    日本生物工学会大会講演要旨集　63　141　2011年8月25日

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  40. 1Ap01 キシロースイソメラーゼ細胞表層提示酵母によるキシロース発酵(バイオマス・資源・エネルギー工学,一般講演)

    太田,美希, 櫻木,大志, 黒田,浩一, 三宅,英雄, 田丸,浩, 植田,充美

    日本生物工学会大会講演要旨集　63　21　2011年8月25日

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  41. Investigation the Role of Protein O-Mannosylation during Development

    Tamao Endo, Eriko Avsar-Ban, Hiroshi Manya, Yutaka Tamaru

    GLYCOBIOLOGY　20　(11)　1485-1485　2010年11月

    ISSN： 0959-6658

  42. 2P-1045 ゼブラフィッシュを活用したハイスループットタンパク質生産システムの開発(1b遺伝子工学,一般講演,遺伝学,分子生物学および遺伝子工学,伝統の技と先端科学技術の融合)

    三宅,英雄, 中谷,肇, 小幡,勝, 橋本,正敏, 田丸,浩

    日本生物工学会大会講演要旨集　平成22年度　20　2010年9月25日

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  43. 3P-2034 Clostridium cellulovoransセルロソームにおけるペプチダーゼインヒビターの機能と役割(5c バイオマス,資源,エネルギー工学,一般演題,環境バイオテクノロジー,伝統の技と先端科学技術の融合)

    目黒,裕和, 黒田,浩一, 三宅,英雄, 田丸,浩, 植田,充美

    日本生物工学会大会講演要旨集　平成22年度　152　2010年9月25日

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  44. 2P-2074 Clostridium cellulovorans全ゲノム解析と糖質関連酵素遺伝子の全容解明(5c バイオマス,資源,エネルギー工学,一般演題,環境バイオテクノロジー,伝統の技と先端科学技術の融合)

    田丸,浩, 三宅,英雄, 黒田,浩一, ドリ,ロイ, 植田,充美

    日本生物工学会大会講演要旨集　平成22年度　125　2010年9月25日

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  45. Comparative genomics of the mesophilic cellulosome-producing Clostridium cellulovorans and its application to biofuel production via consolidated bioprocessing

    Yutaka Tamaru, Hideo Miyake, Kouichi Kuroda, Mitsuyoshi Ueda, Roy H. Doi

    Environmental Technology　31　(8-9)　889-903　2010年7月

    DOI： 10.1080/09593330.2010.490856 　

    ISSN： 0959-3330

    eISSN： 1479-487X

  46. 平成21年度VBLプロジェクト実施報告書 ゼブラフィッシュによる次世代型ポストゲノム研究開発

    田丸 浩, 三宅 英雄, 中谷 肇

    Research activities reports　9　58-63　2010年3月

    出版者・発行元： Tsu : Mie University Venture Business Laboratory

  47. 平成20年度VBLプロジェクト実施報告書 ゼブラフィッシュによる次世代型ポストゲノム研究開発

    田丸 浩, 三宅 英雄, 中谷 肇

    Research activities reports　8　52-57　2009年3月

    出版者・発行元： Tsu : Mie University Venture Business Laboratory

  48. A unique beta-agarase, AgaA, from a marine bacterium, Vibrio sp strain PO-303

    Jinhua Dong, Yutaka Tamaru, Toshiyoshi Araki

    APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY　74　(6)　1248-1255　2007年4月

    DOI： 10.1007/s00253-006-0781-z 　

    ISSN： 0175-7598

  49. Molecular cloning, expression, and characterization of a beta-agarase gene, agaD, from a marine bacterium, Vibrio sp strain PO-303

    Jinhua Dong, Yutaka Tamaru, Toshiyoshi Araki

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY　71　(1)　38-46　2007年1月

    DOI： 10.1271/bbb.60304 　

    ISSN： 0916-8451

    eISSN： 1347-6947

  50. Cloning of the novel gene encoding beta-agarase C from a marine bacterium, Vibrio sp strain PO-303, and characterization of the gene product

    Jinhua Dong, Shinnosuke Hashikawa, Takafumi Konishi, Yutaka Tamaru, Toshiyoshi Araki

    APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY　72　(9)　6399-6401　2006年9月

    DOI： 10.1128/AEM.00935-06 　

    ISSN： 0099-2240

  51. 3B10-5 ゼブラフィッシュによるタンパク質発現系の開発(分析化学,物理化学,生物工学一般,一般講演)

    田丸,浩, 黒川,純司, 秋山,真一, 三宅,英雄

    日本生物工学会大会講演要旨集　平成18年度　34　2006年8月3日

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  52. 海洋細菌Alcaligenes sp. XY-234株由来β-1,3-キシラナーゼの熱力学的安定性

    岡崎文美, 白木賢太郎, 田丸浩, 荒木利芳, 高木昌宏

    日本農芸化学会大会講演要旨集　2005　2005年

  53. Cellulosomes from mesophilic bacteria

    Roy H. Doi, Akihiko Kosugi, Koichiro Murashima, Yutaka Tamaru, Sung Ok Han

    Journal of Bacteriology　185　(20)　5907-5914　2003年10月

    DOI： 10.1128/JB.185.20.5907-5914.2003 　

    ISSN： 0021-9193

  54. Cellulosomes from mesophilic bacteria

    RH Doi, A Kosugi, K Murashima, Y Tamaru, SO Han

    JOURNAL OF BACTERIOLOGY　185　(20)　5907-5914　2003年10月

    DOI： 10.1128/JB.185.20.5907-5914.2003 　

    ISSN： 0021-9193

    eISSN： 1098-5530

  55. ゼブラフィッシュによるトキシコゲノミクス研究（共著）

    田丸 浩, 秋山 真一, 田中 利男

    バイオサイエンスとインダストリー　61, 1, 31　(1)　31-34　2003年

    出版者・発行元： バイオインダストリ-協会

    ISSN： 0914-8981

  56. Novel carbohydrate-binding module of beta-1,3-xylanase from a marine bacterium, Alcaligenes sp strain XY-234

    F Okazaki, Y Tamaru, S Hashikawa, YT Li, T Araki

    JOURNAL OF BACTERIOLOGY　184　(9)　2399-+　2002年5月

    DOI： 10.1128/JB.184.9.2399-2403.2002 　

    ISSN： 0021-9193

  57. Formation of protoplasts from cultured tobacco cells and Arabidopsis thaliana by the action of cellulosomes and pectate lyase from Clostridium cellulovorans

    Y Tamaru, S Ui, K Murashima, A Kosugi, H Chan, RH Doi, B Liu

    APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY　68　(5)　2614-2618　2002年5月

    DOI： 10.1128/AEM.68.5.2614-2618.2002 　

    ISSN： 0099-2240

    eISSN： 1098-5336

  58. ハマチの緑茶ポリフェノール給与飼育が氷蔵中における魚体の硬直指数ならびに肉部のＫ値に及ぼす影響

    石原 則幸, 荒木 利芳, 田丸 浩, 井上 美佐, 西村 昭史, 青井 暢之, 朱 政治, ジュネジャ レカ ラジュ, 森下 達雄

    日本食品保蔵科学会誌　28　(4)　175-181　2002年

    出版者・発行元： 日本食品保蔵科学会

    DOI： 10.5891/jafps.28.175 　

    ISSN： 1344-1213

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    緑茶ポリフェノール (GTP) を添加したモイストペレットを当才魚のハマチに給餌した。給餌開始2週間後にハマチを活けじめし, ラウンド氷蔵中の魚体の硬直指数ならびにK値に及ぼす影響を検討した。<BR>その結果, GTP給与により魚体の硬直指数は完全硬直後も高値を示し, 解硬に伴う低下が緩慢であった。<BR>また, 魚肉部のK値については, 無添加区と比較して変化が認められなかった。それゆえ, GTPはATP代謝系酵素反応の阻害あるいは促進に関与していないと推察された。<BR>これらのことから, GTPの養殖魚への給与は, 保存あるいは流通段階の硬直指数を指標とした鮮度保持に効果的であることが認められた。

  59. 比較ゲノミクスと薬理ゲノミクス「新世紀の神経薬理ゲノミクス」

    Clinical Neuroscience　20巻, 1号, p.498　2002年

  60. Pectate lyase A, an enzymatic subunit of the Clostridium cellulovorans cellulosome

    Y Tamaru, PH Doi

    PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA　98　(7)　4125-4129　2001年3月

    DOI： 10.1073/pnas.071045598 　

    ISSN： 0027-8424

  61. 海洋細菌Alcaligenes sp. XY-234株のβ-1,3-キシラナーゼ(TxyA)の糖質結合モジュール(CBM)に関する研究

    岡崎文美, 田丸浩, 荒木利芳

    日本生物工学会大会講演要旨集　2001　2001年

  62. 612 海洋細菌Alcaligenes sp. XY-234株のβ-1,3-キシラナーゼ(TxyA)の糖質結合モジュール(CBM)に関する研究

    岡崎 文美, 田丸 浩, 荒木 利芳

    日本生物工学会大会講演要旨集　13　260-260　2001年

    出版者・発行元： 日本生物工学会

  63. The Clostridium cellulovorans cellulosome: An enzyme complex with plant cell wall degrading activity

    RH Doi, Y Tamaru

    CHEMICAL RECORD　1　(1)　24-32　2001年

    DOI： 10.1002/1528-0691(2001)1:1<24::AID-TCR5>3.3.CO;2-N 　

    ISSN： 1527-8999

  64. A large gene cluster for the Clostridium cellulovorans cellulosome

    Y Tamaru, S Karita, A Ibrahim, H Chan, RH Doi

    JOURNAL OF BACTERIOLOGY　182　(20)　5906-5910　2000年10月

    DOI： 10.1128/JB.182.20.5906-5910.2000 　

    ISSN： 0021-9193

  65. A large gene cluster for the Clostridium cellulovorans cellulosome

    Y Tamaru, S Karita, A Ibrahim, H Chan, RH Doi

    JOURNAL OF BACTERIOLOGY　182　(20)　5906-5910　2000年10月

    DOI： 10.1128/JB.182.20.5906-5910.2000 　

    ISSN： 0021-9193

  66. The ┣DBClostridium(/)-┫DB ┣DBcellulovorans(/)-┫DB cellulosome : An enzyme complex with plant cell wall degrading activity(共著)

    The Chemical Records　2000年

  67. The engL gene cluster of Clostridium cellulovorans contains a gene for cellulosomal manA

    Y Tamaru, RH Doi

    JOURNAL OF BACTERIOLOGY　182　(1)　244-247　2000年1月

    DOI： 10.1128/JB.182.1.244-247.2000 　

    ISSN： 0021-9193

    eISSN： 1098-5530

  68. Three surface layer homology domains at the N terminus of the Clostridium cellulovarans major cellulosomal subunit EngE

    W Tamaru, RH Doi

    JOURNAL OF BACTERIOLOGY　181　(10)　3270-3276　1999年5月

    ISSN： 0021-9193

    eISSN： 1098-5530

  69. Cellulosome and noncellulosomal cellulases of Clostridium cellulovorans

    Roy H. Doi, Jae Seon Park, Chi Chi Liu, Laercio M. Malburg, Yutaka Tamaru, Akihiko Ichiishi, Atef Ibrahim

    Extremophiles　2　(2)　53-60　1998年5月

    DOI： 10.1007/s007920050042 　

    ISSN： 1431-0651

  70. Cellulosome and noncellulosomal cellulases of Clostridium cellulovorans

    RH Doi, JS Park, CC Liu, LM Malburg, Y Tamaru, A Ichiishi, A Ihrahim

    EXTREMOPHILES　2　(2)　53-60　1998年5月

    DOI： 10.1007/s007920050042 　

    ISSN： 1431-0651

  71. Cloning, DNA sequencing, and expression of the beta-1,4-mannanase gene from a marine bacterium, Vibrio sp. strain MA-138

    Y Tamaru, T Araki, T Morishita, T Kimura, K Sakka, K Ohmiya

    JOURNAL OF FERMENTATION AND BIOENGINEERING　83　(2)　201-205　1997年

    DOI： 10.1016/S0922-338X(97)83584-2 　

    ISSN： 0922-338X

  72. PURIFICATION AND CHARACTERIZATION OF AN EXTRACELLULAR BETA-1,4-MANNANASE FROM A MARINE BACTERIUM, VIBRIO SP STRAIN MA-138

    Y TAMARU, T ARAKI, H AMAGOI, H MORI, T MORISHITA

    APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY　61　(12)　4454-4458　1995年12月

    ISSN： 0099-2240

  73. ISOLATION AND REGENERATION OF HAPLOID PROTOPLASTS FROM BANGIA-ATROPURPUREA (RHODOPHYTA) WITH MARINE BACTERIAL ENZYMES

    T ARAKI, M HAYAKAWA, Y TAMARU, K YOSHIMATSU, T MORISHITA

    JOURNAL OF PHYCOLOGY　30　(6)　1040-1046　1994年12月

    ISSN： 0022-3646

  74. BETA-1,4-MANNANASES FROM MARINE-BACTERIA, VIBRIO SPP MA-129 AND MA-138

    T ARAKI, Y TAMARU, T MORISHITA

    JOURNAL OF GENERAL AND APPLIED MICROBIOLOGY　38　(4)　343-351　1992年8月

    DOI： 10.2323/jgam.38.343 　

    ISSN： 0022-1260

    eISSN： 1349-8037

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書籍等出版物 10

  1. 非線形・非対称な生命現象

    田丸 浩

    日本生物工学会　2024年7月

  2. 非線形バイオシステム研究の世界 ～非線形・非平衡なゆらぎと秩序～ 特集によせて

    田丸 浩

    日本生物工学会　2024年7月

  3. 微生物飼料を活用した次世代陸上養殖の展開

    田丸 浩, 堀 克敏

    BIOINDUSTRY　2023年

  4. バイオマス分解酵素研究の最前線 : セルラーゼ・ヘミセルラーゼを中心として

    近藤, 昭彦, 天野, 良彦, 田丸, 浩

    シーエムシー出版　2018年9月

    ISBN: 9784781312927

  5. エコバイオリファイナリー : 脱石油社会へ移行するための環境ものづくり戦略

    植田, 充美, 田丸, 浩

    シーエムシー出版　2016年11月

    ISBN: 9784781311258

  6. バイオマス分解酵素研究の最前線 : セルラーゼ・ヘミセルラーゼを中心として

    近藤, 昭彦, 天野, 良彦, 田丸, 浩

    シーエムシー出版　2012年3月

    ISBN: 9784781305219

  7. 機能ゲノミクスへの応用「コンビナトリアル・バイオエンジニアリングの最前線」（共著）

    シーエムシー出版　2004年

  8. 比較ゲノミクスへの応用「コンビナトリアル・バイオエンジニアリングの最前線」（共著）

    シーエムシー出版　2004年

  9. ケモゲノミクスへの応用「コンビナトリアル・バイオエンジニアリングの最前線」（共著）

    シーエムシー出版　2004年

  10. 臨床薬理ゲノミクス『先端バイオ研究の進めかた』(辻本豪三, 田中利男/編)(共著)

    羊土社　2001年

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産業財産権 5

  1. 抗体の製造方法

    特許6078865

    産業財産権の種類: 特許権

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    特願2004-229931

  2. 魚類による蛋白質の製造方法

    特許4937570

    産業財産権の種類: 特許権

    詳細を見る 詳細を閉じる

    特願2004-024518

  3. トランスジェニック金魚

    特許5688849

    産業財産権の種類: 特許権

    詳細を見る 詳細を閉じる

    特願2003-138880

  4. ソフトバイオマスの分解方法

    産業財産権の種類: 特許権

    詳細を見る 詳細を閉じる

    特開2002-302500

  5. アルコールの製造方法

    産業財産権の種類: 特許権

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    特開2003-052354

共同研究・競争的資金等の研究課題 23

  1. 金魚免疫系×ヒトモデル化血液脳関門チップで変革する中枢送達型抗体開発

    立川 正憲, 田丸 浩, 船本 健一

    2022年6月30日 ～ 2025年3月31日

    詳細を見る 詳細を閉じる

    核酸やタンパク質を新たなモダリティーとする高分子薬を中枢疾患治療薬として開発する場合、ヒト血液脳関門(Blood-Brain Barrier, BBB)の突破戦略の構築は重要な課題である。近年、BBB受容体に結合する抗体と薬物との複合体を創製し、受容体介在型トランスサイトーシス機構(Receptor-Mediated Transcytosis, RMT)を利用してBBB突破を図る技術が注目されている。一方で、BBBにおける標的受容体は限定的であり、新たな受容体介在型トランスサイトーシスの分子実体の同定が必要である。本研究では、ヒト脳血管内皮細胞の細胞膜画分に対する抗体を創製し、BBBにおいてRMTの第一ステップとなる受容体介在型エンドサイトーシス機能を有する受容体を同定することを目的とした。ヒトBBBモデルとして脳微小血管内皮細胞(hCMEC/D3細胞)の細胞膜画分を抗原としてマウスに免疫し、ポリクローナル抗体を含む血清を取得した。免疫沈降とプロテオミクスを組み合わせた手法を用い、hCMEC/D3細胞の細胞膜タンパク質に対する抗体と結合する受容体タンパク質を同定した。同定した受容体の介在型エンドサイトーシス機能は、標的タンパク質に対するモノクローナル抗体の内皮細胞への内在化を検出することで評価した。その結果、抗体に結合するhCMEC/D3細胞の膜タンパク質として、既知のトランスフェリン受容体を含めて新規分子を同定した。同定された分子に対するモノクローナル抗体は、hCMEC/D3細胞へ内在化活性を示し、細胞内において粒子状のシグナルが検出された。同分子をノックダウンしたhCMEC/D3細胞では、抗体の内在化活性が有意に低下した。以上から、BBBにおいて介在型エンドサイトーシス機能を有する受容体の同定に至った。

  2. 魚類免疫系を活用した一本鎖抗体取得システムの開発

    田丸 浩

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    研究機関：Mie University

    2019年4月1日 ～ 2022年3月31日

    詳細を見る 詳細を閉じる

    3コピーのhLGR5遺伝子を搭載したタンデムリピート型プラスミドをゼブラフィッシュ受精卵にマイクロインジェクションすることで、hLGR5タンパク質を発現することに成功した（特許出願１件）。 次に、キンギョIg遺伝子についてコイ科およびニジマスのゲノム情報と比較した結果、キンギョゲノムにはIgM遺伝子に加えて、IgZ、IgZ2、IgZ3遺伝子の存在が確認された。さらに、大腸菌曝露前後におけるキンギョIg遺伝子発現量の変動を確認した結果、キンギョ（和金）ではIgZ、IgZ2は鰓でのみ遺伝子発現量が増加し、IgM遺伝子はゼブラフィッシュほどの発現増加は検出されなかった。

  3. 魚卵をターゲットとした超効率・超集積型タンパク質発現系の開発

    田丸 浩, 中谷 肇, 堀 克敏

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research

    研究機関：Mie University

    2016年4月1日 ～ 2018年3月31日

    詳細を見る 詳細を閉じる

    ゼブラフィッシュで機能的なCRISPR-Cas9システム用プラスミドの構築を目指した。すなわち、当研究室で開発したゼブラフィッシュ全身発現用プロモーター zef1alphaを用いてCas9タンパク質を発現し、一方でゼブラフィッシュ由来U6プロモーターを用いてguide RNA (gRNA)の発現を行った。構築したプラスミドをインジェクションした24hpf胚において、Cas9遺伝子の下流に位置する蛍光タンパク質（EGFP）の発現を確認するとともに、Cas9タンパク質の発現も確認した。一方、U6プロモーターによってビトロジェニン1(Vtg1)遺伝子で設計したgRNAの発現にも成功した。

  4. 魚類による高効率な抗原・抗体生産システムの開発

    田丸 浩

    2013年 ～ 2014年

  5. ハイスループットタンパク質生産システムの開発 競争的資金

    2009年 ～ 2011年

  6. ハイスループットタンパク質生産システムの開発

    田丸 浩

    2009年 ～ 2011年

    詳細を見る 詳細を閉じる

    魚類発現を用いた全く新しいタンパク質生産システムを開発します。本開発では、ゼブラフィッシュの受精卵を宿主とし、組織特異的なタンパク質発現ベクターを用いることで、これまで発現が困難であった膜タンパク質や細胞毒性を示すタンパク質も生産可能です。受精卵の自動回収装置と1時間に3,000個の受精卵に遺伝子導入可能な装置によりハイスループット・システムを実現します。これにより、多くのタンパク質の構造・機能解析が加速度的に進展し、創薬や医薬品製造などの産業応用が期待できます。

  7. 麹菌タンパク質高発現系を用いた効率的な魚類抗体生産技術の開発 競争的資金

    2009年 ～ 2010年

  8. 抗体生産を目指した次世代型フィッシュモデルの創出

    田丸 浩

    2009年 ～ 2010年

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    本研究では、実験モデル動物として注目されている小型魚類のゼブラフィッシュ(Danio rerio)から次世代型モデルフィッシュとして注目した金魚(水泡眼)を用いた抗体生産系の創出を目指した。すなわち、既存の免疫哺乳動物(マウス、ウサギなど)では作製が困難な膜タンパク質に対する抗体を取得するためには、種が離れた魚類などの脊椎動物を用いることでその問題を克服できると考えた。そこで最終年度となる本年度は、金魚由来の免疫グロブリン重鎖(IgH)遺伝子のクローニングならびに塩基配列の決定を行った。さらに、水泡眼の腹腔内あるいは水泡内に抗原タンパク質(GFP-His)を直接またはアジュバンドとともに投与して追加免疫をした後、水泡内液を採取した。ポジティブコントロールとして市販の抗GFP抗体または抗Hisタグ抗体を用いたサンドイッチ法によるドットブロットを行うことで、抗原となるGFP-Hisに対する水泡液内の抗体を検出した。その結果、腹腔内へのGFP-Hisでは明らかな抗体生産の誘導が認められなかったが、アジュバンドとともにGFP-Hisを水泡内に投与した場合に強く抗体生産が誘導されることが判明した。

  9. 魚類によるn-3系高度不飽和脂肪酸生産系の創製

    田丸 浩, 柴田 敏行, 三宅 英雄

    提供機関：Japan Society for the Promotion of Science

    制度名：Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目：Grant-in-Aid for Scientific Research (C)

    研究機関：Mie University

    2007年 ～ 2008年

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    実験モデル動物として注目されている小型魚類のゼブラフィッシュ(Daniorerio)に線虫由来のfat-1遺伝子を導入したトランスジェニック個体の作出に成功した。さらに、得られたトランスジェニック系統を用いて脂肪酸組成を分析した結果、野生型と比較してエイコサペンタエン酸(EPA C20:5)あるいはドコサヘキサエン酸(DHA C22:6)などのn-3系高度不飽和脂肪酸を多く含有していた。

  10. ミリスチル化脂質修飾を標的とした個体レベルの時空間モニタリングとその定量解析

    田丸 浩

    2007年 ～ 2008年

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    本研究では、ゼブラフィッシュをモデル動物として、受精卵(1細胞)からの発生・分化過程という「時間的・空間的な動態」におけるミリスチル化脂質修飾酵素ならびにその標的タンパク質を介した時空間動態の定量的解析法の確立を目指した。最終年度となる今年度は、ミリスチン酸(myr)-グリシン(Gly)残基に対する抗体を作製し、ミリスチル化ペプチドに対する抗体の免疫学的力価の検討を行った。その結果、50ng以上のミリスチル化ペプチドに対して直線的な相関が得られた。さらに、大腸菌発現系を用いてゼブラフィッシュzNMT1遺伝子の組換え体酵素を精製し、標的ペプチドに対するミリスチル化の反応産物を質量分析器を用いてMyr付加の有無を検討した。その結果、組換えzNMT1は標的ペプチドをミリスチル化し、ミリスチル化ペプチドに予想通りの分子量の変動が確認された。最後に、ゼブラフィッシュ遺伝子発現系を用いて蛍光共鳴エネルギー移動(FRET)によるタンパク質間相互作用について検討を行った。当研究室で開発したpZexベクターならびに全身細胞で発現するpXIを組み合わせて、孵化腺細胞におけるFRETを観察した。その結果、受精後24-48時間において強いFRETが観察され、高等動物におけるタンパク質間相互作用解析が可能となった。 今後は、発現が困難である膜タンパク質についてのミリスチル化とタンパク質間相互作用解析を組み合わせることで、タンパク質ミリスチル化が関与する生命現象の解明を進めていく予定である。

  11. 嫌気性細菌Clostridium cellulovoransによる未利用バイオマスの有効利用 競争的資金

    2008年 ～

  12. ミリスチル化タンパク質の生体内モニタリングとその定量解析法の確立

    田丸 浩

    2006年 ～ 2006年

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    本研究では、ゼブラフィッシュをモデル動物として、受精卵(1細胞)からの発生・分化過程に関与するタンパク質の脂肪酸修飾を触媒するN-ミリスチル転移酵素(NMT)に焦点を絞り、ミリスチル化タンパク質の生体内モニタリングとその定量解析法の確立を目指した。 そこでまず、ゼブラフィッシュの初期発生過程におけるNMT遺伝子ならびにミリスチル化関連酵素(MetAP)についての生体内発現局在をホールマウントin situハイブリダイゼーション(WISH)法で調べた。その結果、受精後24時間の胚ではNMT遺伝子は頭部の内部に発現が見られるのに対して、MetAP遺伝子は頭部表層および全身に発現していた。さらに、受精後48時間の胚では、両遺伝子は頭部においてほぼ同様に発現しており、全身に発現していたMetAP遺伝子は消失していた。また、市販の抗ヒトNMT抗体を用いたホールマウント免疫組織染色を行った。その結果、NMT1タンパク質は受精後1日(dpf)から頭部および体幹の表層部、卵黄嚢の後端部、眼部、膜鰭に認められ、2〜3dpfでは孵化腺、胸鰭および膜鰭で発現していた。さらに、4dpf以降では内耳および体表の神経丘、ならびに眼周辺部でも発現が認められた。一方、エストラジオールを曝露した個体では血島でのNMTタンパク質の発現が増大していた。以上の結果から、NMTタンパク質はゼブラフィッシュの発生過程において広範な組織で発現し、感覚器でも発現していることが新たに明らかになった。

  13. ナノ制御マイクロインジェクション用送液系の開発

    田丸 浩

    2005年 ～ 2005年

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    ポストゲノム時代における次世代技術として、解明された3~4万遺伝子の機能解析やネットワーク解析を如何に行うかに注目が集まっている。このような大量で網羅的な解析を行うには、ヒトに外挿できるモデル動物を取り扱う必要があり、この点において世界中で最も注目を浴びているのが「ゼブラフィッシュ」である。そこで本研究開発では、これまでにゼブラフィッシュ受精卵に自動インジェクションが可能な「ナノオートインジェクション装置」におけるインジェクション時の液量を100ピコリットルレベルで正確に制御が可能なシステムの開発を最終目標とする。

  14. 魚類経口ワクチンの開発 競争的資金

    2003年 ～ 2005年

  15. 魚類用ユニバーサル発現ベクターの開発

    田丸 浩

    2002年 ～ 2004年

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    本研究では、イリドウイルスの幅広い宿主域を利用して、そのプロモーターを組み込んだ発現ベクターを作成することで、様々な魚種に利用可能な発現解析系を構築することを試みた。すなわち、既存プロモーターに見られる魚種特異性の問題が解決するものと思われ、得られたイリドウイルスプロモーターは、これまで医学や理学の分野で幅広く用いられ莫大な成果をもたらしてきたSV40あるいはCMVプロモーターと同等の役割を果たすと予想される。 本年度は、(1)イリドウイルスプロモーターのクローン化、(2)蛍光タンパク質(Green Fluoresent Protein : GFP)とプロモーターを含むプラスミドの構築、(3)ゼブラフィッシュ受精卵へのインジェクション効率の検討、の3つの点に関して検討した。 (1)イリドウイルス由来のATPase遺伝子の上流域994bp(あるいは439bp)およびMCP遺伝子の上流域1411bpをPCRで増幅し、両遺伝子のプロモーターの単離に成功した。また、マダイβ-アクチン遺伝子の下流域352bpについても同様の方法でクローニングした。 (2)上記のイリドウイルス・プロモーター領域およびマダイβ-アクチンUTR領域を組み合わせて、GFPをレポーター遺伝子とする4種類のプラスミドを構築した。すなわち、(i)pEGFP/n:プロモーターのないもの、(ii)pEGFP/ATP044:ATPaseプロモーター(994bpの439bp領域)、(iii)pEGFP/ATP099:ATPaseプロモーター(994bp領域)、(iv)pEGFP/MCP141:MCPプロモーター(1411bp領域)。 (3)ゼブラフィッシュ受精卵へのインジェクション効率を算出するために、インジェクションするDNA溶液の濃度およびGFP発現効率を指標とした。コントロールとして、アフリカツメガエルEF-1αプロモーターにGFPが連結した環状プラスミドを用いた。その結果、80ng/μl濃度で33%のGFP発現効率がみられた。

  16. 魚類性決定過程を利用した内分泌撹乱物質のリスク評価

    高木 昌宏, 田丸 浩

    2001年 ～ 2001年

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    (研究計画)有性生殖を行なう生物種において個体の遺伝的な性は受精時に決まり、それが生殖腺の性を決め、生殖付属器官や二次性徴、さらに脳、行動などの表現型の性が決定されて性が確立すると言われている。内分泌撹乱物質などの汚染物質が環境問題として重要視されている昨今、魚類の雌化、あるいは奇形魚の殆どを占める骨形成異常について遺伝子、蛋白質レベルでの解析を行い、環境要因に敏感に応答する因子を用いたバイオセンサーを構築する事を本研究の目的とした。 具体的な計画は、【1】性決定を制御する因子の序列化と探索、【2】性決定・確立に関与する遺伝子取得とマッピング、【3】骨形成過程に関与する遺伝子シグナル、細胞分化ステップの同定、【4】外的要因の受容体タンパク質を用いた環境バイオセンサーの開発。 (研究経過および成果)性決定因子の序列化には至っていないが、ゼブラフィッシュ、メダカ初期胚における卵膜の可塑性をプロテアーゼ処理により向上させることに成功し、発生時における遺伝子発現プロファイリング、アポトーシス評価が可能になった。また、ヒトアポトーシス抑制遺伝子(bc1-2)を導入したトランスジェニックゼブラフィッシュが骨形成異常を起こす点も明らかにし、骨形成異常、性決定と内分泌撹乱物質の関係を調べる基礎を築くことができたと認識している。今後、特に発生段階における性決定・骨形成におけるアポトーシスの役割を調べ、内分泌撹乱物質の関連を明らかにすることは、上述の通り環境問題、発生・分化、再生医療を論ずる上でも重要である。

  17. ゼブラフィッシュによるトキシコゲノミクス／トキシコプロテオミクス研究 競争的資金

    2000年 ～

  18. Study on toxicogenomics/Proteomics by Zebrafish 競争的資金

    制度名：Grant-in-Aid for Scientific Research

    2000年 ～

  19. タンパク質翻訳後修飾による機能ゲノムネットワーク解析 競争的資金

  20. ゼブラフィッシュによる次世代型ポストゲノム研究開発 競争的資金

  21. Study on Cellulosome from Marine Bacteria 競争的資金

  22. Study on Degradation and Synthesis of Cell Wall in Seaweed 競争的資金

  23. Study on Fatty Metabolism in Fish 競争的資金

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Works（作品等） 2

  1. 環境化学物質リスク評価のためのモニタリングシステクの開発

    2002年 ～ 2003年

  2. 化学物質安全性評価のためのエンブリオアレイシステムの開発

    2003年 ～