顔写真

アベ ナオキ
阿部 直樹
Naoki Abe
所属
大学院農学研究科 農芸化学専攻 生物化学講座(応用微生物学分野)
職名
助手
学位
  • 農学修士(東北大学)

e-Rad 研究者番号
90202671

委員歴 8

  • 日本農芸化学会 2021年農芸化学大会実行委員

    2020年4月 ~ 2021年3月

  • 糸状菌分子生物学研究会 大会事務局

    2013年11月 ~ 2014年11月

  • 日本農芸化学会2013年度大会 大会運営委員

    2012年4月 ~ 2013年3月

  • 糸状菌分子生物学研究会 会計担当

    2009年7月 ~ 2012年6月

  • 2008年度日本生物工学会大会(仙台)実行委員会委員 総務担当

    2007年3月 ~ 2008年8月

  • 日本微生物生態学会 大会実行委員

    2003年10月 ~ 2004年12月

  • 日本農芸化学会 大会実行委員

    2001年4月 ~ 2002年3月

  • 日本農芸化学会東北支部 東北支部第142回大会の運営

    2007年11月 ~

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所属学協会 2

  • 日本生物工学会

  • 日本農芸化学会

研究キーワード 8

  • ヘテロ酸性多糖分解システム

  • Selenomonas ruminantium

  • 小豆

  • モヤシ

  • ポリアミン

  • ポリ乳酸

  • アセタン

  • パエニバチルス

研究分野 3

  • ライフサイエンス / 環境、天然医薬資源学 /

  • ライフサイエンス / 生物有機化学 /

  • ライフサイエンス / 応用生物化学 /

論文 36

  1. High cellulolytic potential of the Ktedonobacteria lineage revealed by genome-wide analysis of CAZymes 査読有り

    Yu Zheng, Mayumi Maruoka, Kei Nanatani, Masafumi Hidaka, Naoki Abe, Jun Kaneko, Yasuteru Sakai, Keietsu Abe, Akira Yokota, Shuhei Yabe

    Journal of Bioscience and Bioengineering 131 (6) 622-630 2021年6月

    出版者・発行元:Elsevier BV

    DOI: 10.1016/j.jbiosc.2021.01.008  

    ISSN:1389-1723

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    Traditionally, filamentous fungi and actinomycetes are well-known cellulolytic microorganisms that have been utilized in the commercial production of cellulase enzyme cocktails for industrial-scale degradation of plant biomass. Noticeably, the Ktedonobacteria lineage (phylum Chloroflexi) with actinomycetes-like morphology was identified and exhibited diverse carbohydrate utilization or degradation abilities. In this study, we performed genome-wide profiling of carbohydrate-active enzymes (CAZymes) in the filamentous Ktedonobacteria lineage. Numerous CAZymes (153-290 CAZymes, representing 63-131 glycoside hydrolases (GHs) per genome), including complex mixtures of endo- and exo-cellulases, were predicted in 15 available Ktedonobacteria genomes. Of note, 4-28 CAZymes were predicted to be extracellular enzymes, whereas 3-29 CAZymes were appended with carbohydrate-binding modules (CBMs) that may promote their binding to insoluble carbohydrate substrates. This number far exceeded other Chloroflexi lineages and were comparable to the cellulolytic actinomycetes. Six multi-modular extracellular GHs were cloned from the thermophilic Thermosporothrix hazakensis SK20-1T strain and heterologously expressed. The putative endo-glucanases of ThazG5-1, ThazG9, and ThazG12 exhibited strong cellulolytic activity, whereas the putative exo-glucanases ThazG6 and ThazG48 formed weak but observable halos on carboxymethyl cellulose plates, indicating their potential biotechnological application. The purified recombinant ThazG12 had near-neutral pH (optimal 6.0), high thermostability (60°C), and broad specificity against soluble and insoluble polysaccharide substrates. It also represented described a novel thermostable bacterial β-1,4-glucanase in the GH12 family. Together, this research revealed the underestimated cellulolytic potential of the Ktedonobacteria lineage and highlighted its potential biotechnological utility as a promising microbial resource for the discovery of industrially useful cellulases.

  2. Intermolecular ionic interactions serve as a possible switch for stem release in the staphylococcal bi-component toxin for β-barrel pore assembly. 査読有り

    武田 慶胤, 田中 良和, 阿部 直樹, 金子 淳

    TOXICON 155 43-48 2018年10月

  3. Effect of Oleosins on the Stability of Oil Bodies in Soymilk 査読有り

    Shiori Idogawa, Naoki Abe, Keietsu Abe, Tomoyuki Fujii

    Food Science and Technology Research 24 (4) 677-685 2018年1月

  4. Genomic analysis of Bacillus subtilis lytic bacteriophage phi NIT1 capable of obstructing natto fermentation carrying genes for the capsule-lytic soluble enzymes poly-gamma-glutamate hydrolase and levanase 査読有り

    Tatsuro Ozaki, Naoki Abe, Keitarou Kimura, Atsuto Suzuki, Jun Kaneko

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY 81 (1) 135-146 2017年1月

    出版者・発行元:TAYLOR & FRANCIS LTD

    DOI: 10.1080/09168451.2016.1232153  

    ISSN:0916-8451

    eISSN:1347-6947

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    Bacillus subtilis strains including the fermented soybean (natto) starter produce capsular polymers consisting of poly--glutamate and levan. Capsular polymers may protect the cells from phage infection. However, bacteriophage phi NIT1 carries a -PGA hydrolase gene (pghP) that help it to counteract the host cell's protection strategy. phi NIT had a linear double stranded DNA genome of 155,631-bp with a terminal redundancy of 5,103-bp, containing a gene encoding an active levan hydrolase. These capsule-lytic enzyme genes were located in the possible foreign gene cluster regions between central core and terminal redundant regions, and were expressed at the late phase of the phage lytic cycle. All tested natto origin Spounavirinae phages carried both genes for capsule degrading enzymes similar to phi NIT1. A comparative genomic analysis revealed the diversity among phi NIT1 and Bacillus phages carrying pghP-like and levan-hydrolase genes, and provides novel understanding on the acquisition mechanism of these enzymatic genes.

  5. Complete genome sequence of Selenomonas ruminantium subsp lactilytica will accelerate further understanding of the nature of the class Negativicutes 査読有り

    Jun Kaneko, Sachiko Yamada-Narita, Naoki Abe, Tomoko Onodera, Eiichiro Kan, Seiji Kojima, Takao Miyazaki, Yuji Yamamoto, Akio Oguchi, Akiho Ankai, Natsuko Ichikawa, Hidekazu Nakazawa, Shigehiro Fukui, Mikio Takahashi, Syuji Yamazaki, Nobuyuki Fujita, Yoshiyuki Kamio

    FEMS MICROBIOLOGY LETTERS 362 (9) 1-6 2015年5月

    出版者・発行元:OXFORD UNIV PRESS

    DOI: 10.1093/femsle/fnv050  

    ISSN:0378-1097

    eISSN:1574-6968

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    Selenomonas ruminantium subsp. lactilytica, a strictly anaerobic ruminal bacterium, possesses typical Gram-negative cell surface structure comprising cytoplasmic membrane, peptidoglycan layer and outer membrane, whereas its 16S rRNA-based taxonomy shows that the bacteria belongs to Gram-positive Firmicutes. Complete genome analysis showed that genes or gene clusters involved in Gram-negative cell structure were scattered in the S. ruminantium genome, and might provide the new insight of phylogenetic relationship between the bacterium and other bacterial species.

  6. Development of an efficient soymilk cream production method by papain digestion, heat treatment, and low-speed centrifugation 査読有り

    Naoki Abe, Chang-Yu Wu, Yoon-Kyung Kim, Tomoyuki Fujii, Keietsu Abe

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY 79 (11) 1890-1892 2015年

    出版者・発行元:TAYLOR & FRANCIS LTD

    DOI: 10.1080/09168451.2015.1050990  

    ISSN:0916-8451

    eISSN:1347-6947

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    We developed the simple method of soymilk cream production from the high-fat soymilk, which was prepared by papain digestion and heat treatment. As a result of the treatment, high-fat soymilk was aggregated and it became possible to separate soymilk cream as the surface fraction by low-speed centrifugation (6000 x g, 10 min).

  7. Phosphatidylethanolamine plasmalogen enhances the inhibiting effect of phosphatidylethanolamine on γ-secretase activity 査読有り

    Tomoko Onodera, Eugene Futai, Eiichiro Kan, Naoki Abe, Takafumi Uchida, Yoshiyuki Kamio, Jun Kaneko

    J Biochem 1-9 2014年11月8日

  8. Mutations suppressing the loss of DegQ function in Bacillus subtilis (natto) poly- γ-glutamate synthesis 査読有り

    Thi-Huyen Do, Yuki Suzuki, Naoki Abe, Jun Kaneko, Yoshifumi Itoh, Keitarou Kimura<SU, SUP

    Applied and Environmental Microbiology 77 (23) 8249-8258 2011年12月

    出版者・発行元:None

    DOI: 10.1128/AEM.05827-11  

    ISSN:0099-2240

    eISSN:1098-5336

  9. Cadaverine Covalently Linked to the Peptidoglycan Serves as the Correct Constituent for the Anchoring Mechanism between the Outer Membrane and Peptidoglycan in Selenomonas ruminantium 査読有り

    Seiji Kojima, Jun Kaneko, Naoki Abe, Yumiko Takatsuka, Yoshiyuki Kamio

    JOURNAL OF BACTERIOLOGY 193 (9) 2347-2350 2011年5月

    出版者・発行元:AMER SOC MICROBIOLOGY

    DOI: 10.1128/JB.00106-11  

    ISSN:0021-9193

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    In Selenomonas ruminantium, a strictly anaerobic and Gram-negative bacterium, cadaverine covalently linked to the peptidoglycan is required for the interaction between the peptidoglycan and the S-layer homologous (SLH) domain of the major outer membrane protein Mep45. Here, using a series of diamines with a general structure of NH(3)(+) (CH(2))(n)NH(3)(+) (n = 3 to 6), we found that cadaverine (n = 5) specifically serves as the most efficient constituent of the peptidoglycan in acquiring the high resistance of the cell to external damage agents and is required for effective interaction between the SLH domain of Mep45 and the peptidoglycan, facilitating the correct anchoring of the outer membrane to the peptidoglycan.

  10. Biotransformation of a biosynthetic intermediate mimic of nonactin by Streptomyces griseus 査読有り

    Tadaatsu Hanadatea, Kentaro Takaia, Naoki Abe, Teiko Yamada, Shigefumi Kuwahara, Hiromasa Kiyota

    Heterocyclic Communications 17 (4) 93-98 2011年4月

    DOI: 10.1515/HC.2011.021  

  11. Characterization of Lateral Flagella of Selenomonas ruminantium 査読有り

    Shohei Haya, Yuya Tokumaru, Naoki Abe, Jun Kaneko, Shin-ichi Aizawa

    APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY 77 (8) 2799-2802 2011年4月

    出版者・発行元:AMER SOC MICROBIOLOGY

    DOI: 10.1128/AEM.00286-11  

    ISSN:0099-2240

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    Selenomonas ruminantium produces a tuft of flagella near the midpoint of the cell body and swims by rotating the cell body along the cell&apos;s long axis. The flagellum is composed of a single kind of flagellin, which is heavily glycosylated. The hook length of S. ruminantium is almost double that of Salmonella.

  12. Synthesis of N1- and N8-(gamma –L- Glutamyl) spermidines and (gamma-L-Glutamyl) putrescine 査読有り

    Kazuya Toho, Naoki Abe※, Teiko Yamada, Yoshifumi Ito, Hiroyuki Konno, Shigefumi Kuwahara, Hiromasa Kiyota<SU, SUP

    Letters in Organic Chemistry 8 (1) 1-4 2011年1月

    出版者・発行元:None

    ISSN:1570-1786

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    Naoki AbeとHiromasa Kiyotaの二人がcorrespond Author<br /> <br /> IF:0.785

  13. Cadaverine Covalently Linked to Peptidoglycan Is Required for Interaction between the Peptidoglycan and the Periplasm-Exposed S-Layer-Homologous Domain of Major Outer Membrane Protein Mep45 in Selenomonas ruminantium 査読有り

    Seiji Kojima, Kyong-Cheol Ko, Yumiko Takatsuka, Naoki Abe, Jun Kaneko, Yoshifumi Itoh, Yoshiyuki Kamio

    JOURNAL OF BACTERIOLOGY 192 (22) 5953-5961 2010年11月

    出版者・発行元:AMER SOC MICROBIOLOGY

    DOI: 10.1128/JB.00417-10  

    ISSN:0021-9193

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    The peptidoglycan of Selenomonas ruminantium is covalently bound to cadaverine (PG-cadaverine), which likely plays a significant role in maintaining the integrity of the cell surface structure. The outer membrane of this bacterium contains a 45-kDa major protein (Mep45) that is a putative peptidoglycan-associated protein. In this report, we determined the nucleotide sequence of the mep45 gene and investigated the relationship between PG-cadaverine, Mep45, and the cell surface structure. Amino acid sequence analysis showed that Mep45 is comprised of an N-terminal S-layer-homologous (SLH) domain followed by alpha-helical coiled-coil region and a C-terminal beta-strand-rich region. The N-terminal SLH domain was found to be protruding into the periplasmic space and was responsible for binding to peptidoglycan. It was determined that Mep45 binds to the peptidoglycan in a manner dependent on the presence of PG-cadaverine. Electron microscopy revealed that defective PG-cadaverine decreased the structural interactions between peptidoglycan and the outer membrane, consistent with the proposed role for PG-cadaverine. The C-terminal beta-strand-rich region of Mep45 was predicted to be a membrane-bound unit of the 14-stranded beta-barrel structure. Here we propose that PG-cadaverine possesses functional importance to facilitate the structural linkage between peptidoglycan and the outer membrane via specific interaction with the SLH domain of Mep45.

  14. Simple and rapid detection of histamine-forming bacteria by differential agar medium 査読有り

    Zhihua Tao, Minoru Sato, Naoki Abe, Toshiyasu Yamaguchi, Toshiki Nakano

    FOOD CONTROL 20 (10) 903-906 2009年10月

    出版者・発行元:ELSEVIER SCI LTD

    DOI: 10.1016/j.foodcont.2008.12.014  

    ISSN:0956-7135

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    The simple and rapid detection of histamine-forming bacteria (HFB) was achieved using a newly developed filtration method. In this method not only liquid samples including seawater, but also seafood, can be assayed on-site. Liquid samples were filtered through a two-layer filtration system with an upper 10-mu m pore size membrane filter (phi 25 mm) and lower 0.2-mu m pore size, spherical membrane filter (phi 25 mm). In the case of seafood, samples were minced with nine volumes (v/w) of sterilized saline solution in aseptic conditions, and the homogenates and their dilutions were filtered through the two-layer system. The two-layer membrane filter was then rinsed with 10 ml sterilized saline solution. The lower membrane filter was placed on an artificial seawater agar medium plate (pH 5.8), containing histidine (0.5%) as a carbon source and bromothymol blue (0.04%) as a pH indicator, and incubated at 35 degrees C. HFB were detected as blue halo colonies on the lower membrane filter after 5 h of incubation. The color change in agar medium is attributed to the alkaline shift following histamine formation by HFB. Histamine-producing ability for colonies with a blue halo was confirmed by prolonged incubation in histidine broth medium at 35 degrees C for 24 h. This simple filtration method can rapidly detect HFB and can be applied to food hygiene systems, including the hazard analysis and control critical point (HACCP) system in seafood processing lines. Crown Copyright (C) 2009 Published by Elsevier Ltd. All rights reserved.

  15. Cell-surface Location of Xylanase 5 and its Role in the Expression ofthe Xylanase Gene System in Paenibacillus sp. W-61. 査読有り

    M. Fukuda, J. Kaneko, N. Abe, Y. Kamio, Y. Itoh

    Biotechnology of Lignocellulose Degradation and Biomass Utilization 2009年

  16. Occurrence of agmatine pathway for putrescine synthesis in Selenomonas ruminatium 査読有り

    Shaofu Liao, Phuntip Poonpairoj, Kyong-Cheol Ko, Yumiko Takatuska, Yoshihiro YamaguchI', Naoki Abe, Jun Kaneko, Yoshiyuki Kamio

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY 72 (2) 445-455 2008年2月

    出版者・発行元:TAYLOR & FRANCIS LTD

    DOI: 10.1271/bbb.70550  

    ISSN:0916-8451

    eISSN:1347-6947

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    Selenomonas ruminantium synthesizes cadaverine and putrescine from L-lysine and L-ornithine as the essential constituents of its peptidoglycan by a constitutive lysine/ ornithine decarboxylase (LDC/ODC). S. ruminantium grew normally in the presence of the specific inhibitor for LDC/ODC, DL-alpha-difluoromethylornithine, when arginine was supplied in the medium. In this study, we discovered the presence of arginine decarboxylase (ADC), the key enzyme in agmatine pathway for putrescine synthesis, in S. ruminantium. We purified and characterized ADC and cloned its gene (adc) from S. ruminantium chromosomal DNA. ADC showed more than 60% identity with those of LDC/ODC/ADCs from Gram-positive bacteria, but no similarity to that from Gram-negative bacteria. In this study, we also cloned the aguA and aguB genes, encoding agmatine deiminase (AguA) and N-carbamoyl-putrescine amidohydrolase (AguB), both of which are involved in conversion from agmatine into putrescine. AguA and AguB were expressed in S. ruminantium. Hence, we concluded that S. ruminantium has both ornithine and agmatine pathways for the synthesis of putrescine.

  17. Novel laccases of Ganoderma sp KU-Alk4, regulated by different glucose concentration in alkaline media 査読有り

    Churapa Teerapatsakul, Naoki Abe, Christopher Bucke, Ngampong Kongkathip, Saeree Jareonkitmongkol, Lerluck Chitradon

    WORLD JOURNAL OF MICROBIOLOGY & BIOTECHNOLOGY 23 (11) 1559-1567 2007年11月

    出版者・発行元:SPRINGER

    DOI: 10.1007/s11274-007-9401-z  

    ISSN:0959-3993

    eISSN:1573-0972

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    Physiological regulation of laccase production from Ganoderma sp. KU-Alk4, isolated in Thailand, was controlled by the initial glucose concentration in liquid culture. Different laccase isozymes were produced using different starting concentrations of glucose. With 1% glucose, two isozymes, KULac 1 and 2 were produced, while with 4% glucose, three different isozymes, KULac 3, 4 and 5, were produced. The KULacs differed in their molecular mass, ranging from 53 to 112 kDa. KULac 2 was a new laccase that had a different N-terminal amino acid sequence from other laccases previously reported. All the isozymes had optimum pH at 3.5 and were stable over the wide range of pH, 3.0-10.0, especially in alkaline pH. It is noteworthy that the activities of the four KULacs with 2,6-dimethoxyphenol were extremely high up to 90 degrees C. They retained 100% of their activities at 60 degrees C for 1 h.

  18. Gene cloning and molecular characterization of an extracellular poly(L-lactic acid) depolymerase from Amycolatopsis sp strain K104-1 査読有り

    E Matsuda, N Abe, H Tamakawa, J Kaneko, Y Kamio

    JOURNAL OF BACTERIOLOGY 187 (21) 7333-7340 2005年11月

    出版者・発行元:AMER SOC MICROBIOLOGY

    DOI: 10.1128/JB.187.21.7333-7340.2005  

    ISSN:0021-9193

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    We have isolated a polylactide or poly(L-lactic acid) (PLA)-degrading bacterium, Amycolatopsis sp. strain K104-1, and purified PLA depolymerase (PLD) from the culture fluid of the bacterium. Here, we cloned and expressed the pld gene encoding PLD in Streptomyces lividans 1326 and characterized a recombinant PLD (rPLD) preparation. We also describe the processing mechanism from nascent PLD to mature PLD. The pld gene encodes PLD as a 24,225-Da polypeptide consisting of 238 amino acids. Biochemical and Western immunoblot analyses of PLD and its precursors revealed that PLD is synthesized as a precursor (prepro-type), requiring proteolytic cleavage of the N-terminal 35-amino-acid extension including the 26-amino-acid signal sequence and 9-residue prosequence to generate the mature enzyme of 20,904 Da. The cleavage of the prosequence was found to be autocatallytic. PLD showed about 45% similarity to many eukaryotic serine proteases. In addition, three amino acid residues, H 57, D 102, and S-195 (chymotrypsin numbering), which are implicated in forming the catalytic triad necessary for cleavage of amide bond of substrates in eukaryotic serine proteases, were conserved in PLD as residues H 74, D-111, and S-197 The G(193) residue (chymotrypsin numbering), which is implicated in forming an oxyanion hole with residue S195 and forms an important hydrogen bond for interaction with the carbonyl group of the scissile peptide bond, was also conserved in PLD. The functional analysis of the PLD mutants H74A, D111A, and S197A revealed that residues H 74, D-111, and S197 are important for the depolymerase and caseinolytic activities of PLD and for cleavage of the prosequence from pro-type PLD to form the mature one. The PLD preparation had elastase activity which was not inhibited by 1 mM elastatinal, which is 10 times higher than needed for complete inhibition of porcine pancreatic elastase. The rPLD preparation degraded PLA with an average molecular mass of 220 kDa into lactic acid dimers through lactic acid oligomers and finally into lactic acid. The PLD preparation bound to high polymers of 3-hydoxybutyrate, epsilon-caprolacton, and butylene succinate as well as PIA, but it degraded only PLA.

  19. Cloning and expression of the poly (L-lactic acid) depolymerase gene and characterization of the recombinant PLD

    Emiko Matsuda, Naoki Abe<SU, SUP, Jun Kaneko, Yoshiyuki Kamio

    Biotechnology for Sustainable Utilization of Biological Resources in the Tropics 17 273-277 2005年3月

  20. The Highest Thermophilic Endocellulase from Fungi, Pseudeurotium sp. HTN 14/1

    Lerluck Chitradon, Amornrat Boonmasir, Supaluck Sudkaow, Naoki Abe, Saeree Jaroenkitmongkol, Weerasit Kalayakrit

    Biotechnology for Sustainable Utilization of Biological Resources in the Tropics 17 318-323 2005年3月

  21. Cloning, expression, and cell surface localization of Paenibacillus sp strain W-61 xylanase 5, a multidomain xylanase 査読有り

    Y Ito, T Tomita, N Roy, A Nakano, N Sugawara-Tomita, S Watanabe, N Okai, N Abe, Y Kamio

    APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY 69 (12) 6969-6978 2003年12月

    出版者・発行元:AMER SOC MICROBIOLOGY

    DOI: 10.1128/AEM.69.12.6969-6978.2003  

    ISSN:0099-2240

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    We have shown that a xylan-degrading bacterium, W-61, excretes multiple xylanases, including xylanase 5 with a molecular mass of 140 kDa. Here, we emend the previously used classification of the bacterium (i.e., Aeromonas caviae W-61) to Paenibacillus sp. strain W-61 on the basis of the nucleotide sequence of the 16S rRNA gene, and we clone and express the xyn5 gene encoding xylanase 5 (Xyn5) in Escherichia coli and study the subcellular localization of Xyn5. xyn5 encodes 1,326 amino acid residues, including a 27-amino-acid signal sequence. Sequence analysis indicated that Xyn5 comprises two family 22 carbohydrate-binding modules (CBM), a family 10 catalytic domain of glycosyl hydrolases, a family 9 CBM, a domain similar to the lysine-rich region of Clostridium thermocellum SdbA, and three S-layer-homologous (SLH) domains. Recombinant Xyn5 bound to a crystalline cellulose, Avicel PH-101, while an N-terminal 90-kDa fragment of Xyn5, which lacks the C-terminal half of the family 9 CBM, did not bind to Avicel PH-101. Xyn5 was cell bound, and the cell-bound protein was digested by exogenous trypsin to produce immunoreactive and xylanolytic fragments with molecular masses of 80 and 60 kDa. Xyn5 was exclusively distributed in the cell envelope fraction consisting of a peptidoglycan-containing layer and an associated S layer. Thus, Paenibacillus sp. strain W-61 Xyn5 is a cell surface-anchored modular xylanase possessing a functional cellulose-binding module and SLH domains. Possible cooperative action of multiple xylanases produced by strain W-61 is discussed on the basis of the modular structure of Xyn5.

  22. Cloning of the Poly(L-lactic acid )Depolymerase Gene (pld) from the Chromosome of Amycolatopsis sp. Strain K104-1

    Emiko Matsuda, Kohei Nakamura, Toshio Tomita, Naoki Abe, Yoshiyuki Kamio

    Biotechnology for Sustainable Utilization of Biological Resources in the Tropics 15 (8) 1 2002年3月

  23. Purification and characterization of an extracellular poly(L-lactic acid) depolymerase from a soil isolate, Amycolatopsis sp strain K104-1 査読有り

    K Nakamura, T Tomita, N Abe, Y Kamio

    APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY 67 (1) 345-353 2001年1月

    出版者・発行元:AMER SOC MICROBIOLOGY

    DOI: 10.1128/AEM.67.1.345-353.2001  

    ISSN:0099-2240

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    Poly(L-lactic acid) (PLA)-degrading Amycolatopsis sp, strains K104-1 and K104-2 were isolated by screening 300 soil samples for the ability to form clear zones on the PLA-emulsified mineral agar plates. Both of the strains assimilated &gt;90% of emulsified 0.1% (wt/vol) PLA within 8 days under aerobic conditions. A novel PLA depolymerase with a molecular weight of 24,000 was purified to homogeneity from the culture supernatant of strain K104-1, The purified enzyme degraded high-molecular-weight PLA in emulsion and in solid film, ultimately forming lactic acid. The optimum pH for the enzyme activity was 9.5, and the optimum temperature was 55 to 60 degreesC, The PLA depolymerase also degraded casein and fibrin but did not hydrolyze collagen type I, triolein, tributyrin, poly(beta -hydroxybutyrate), or poly(epsilon -caprolactone). The PLA-degrading and caseinolytic activities of the enzyme were inhibited by diisopropyl fluorophosphate and phenylmethylsulfonyl fluoride but were not significantly affected by soybean trypsin inhibitor, N-tosyl-L-lysyl chloromethyl ketone, N-tosyl-L-phenylalanyl chloromethyl ketone, and Streptomyces subtilisin inhibitor. Thus, Amycolatopsis sp. strain K104-1 excretes the unique PLA-degrading and fibrinolytic serine enzyme, utilizing extracellular polylactide as a sole carbon source.

  24. 宮城県南部の廃水処理場から分離されたノカルジア型放線菌の性質 査読有り

    金野賢逸, 阿部直樹, 佐藤義朗, 赤坂浩司, 阿部誠, 川辺潤一, 斎藤孝一, 江成敬次郎, 伊崎和夫

    日本水処理生物学会誌 36 (4) 56-63 2000年1月

    出版者・発行元:Japanese Society of Water Treatment Biology

    DOI: 10.2521/jswtb.36.161  

    ISSN:0910-6758

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    Five strains belonging to Nocardiaform Actinomycets were isolated from the samples of foaming and scumming activated sludges of a sewage treatment plant in southern part of Miyagi, using modified Bennett medium. Their taxonomical identification was carried out on the basis of the presence of mycolic acid, type of menaquinone and other morphorogical, physiological and genetical examinations. All of the isolated strains had lipolytic activities while none of them had amylolytic and proteolytic activites. They assimilated fatty acids relatively well while they did not assimilate hydrocarbons except octadecane.<BR>Most of them were sensitive to tetracycline and chloramphenicol although some of them were resistant to penicillin G and streptomycin. All of them did not have any foaming and sediment retarding effect on the activated sludges when their cultures were added to the normal activated sludges under various laboratory conditions.

  25. バクテリアセルロース生産性向上を目的とした新規レバナーセおよびアセタン分解酵素の開発

    阿部直樹

    学際科学研究センター「環境センシングに基づく新化学プロセスの創製プログラム」最終報告書 56 1998年10月

  26. ISOLATION AND PROPERTIES OF NEW PHOTOSYNTHETIC BACTERIA ISOLATED FROM SEAWATER 査読有り

    W CHOORIT, N ABE, J KANEKO, N NOPARATNARAPORN, Y KAMIO, K IZAKI

    BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY 57 (12) 2189-2191 1993年12月

    出版者・発行元:TAYLOR & FRANCIS LTD

    DOI: 10.1271/bbb.57.2189  

    ISSN:0916-8451

    eISSN:1347-6947

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    Three strains of purple nonsulfur photosynthetic bacteria were isolated from seawater. They showed the characteristic properties of Rhodobacter species. Their biochemical, physiological, and chemotaxonomical properties were different from those of previously known species.

  27. Purification and properties of β-1, 4-xylanases 2 and 3 from Aeromonas caviae W-61 査読有り

    D. N. Viet, S.Vetayasuporn, Y. Kamio, N. Abe, J. Kaneko, K. Izaki

    Purification and properties of β-1, 4-xylanases 2 and 3 from Aeromonas caviae W-61 57 (10) 1708-1712 1993年10月

    出版者・発行元:None

    DOI: 10.1271/bbb.57.1708  

    ISSN:0916-8451

    eISSN:1347-6947

  28. Isolation ,Purification and Identification of Antibiotics Produced by Bacillus MUV4

    Aran H-Kittikun, Naoki Abe, Kazuo Izaki

    Annual Report of 14 340 1992年3月

  29. Isolation of a Cyclic peptide Antibiotic Active Against Fungi, Yeast and Bacteria from Bacillus sp.

    Pramote Tammarate, Naoki Abe, Takeyoshi Sugiyama, Toshihiko Watanabe, Yoshiyuki Kamio, Kazuo Izaki

    Annual Report of IC Biotech 14 329 1991年3月

  30. Purification and properties of β-1, 4-xylanase from Aeromonas caviae W-61 査読有り

    D. N., Viet, Y. Kamio, N. Abe, J. Kaneko, K.Izaki

    Appl. Environ. Microbiol. 57 (2) 445-449 1991年2月

    出版者・発行元:None

    ISSN:0099-2240

    eISSN:1098-5336

  31. Purification and Properties of an Alkaline Xylanase from Aeromonas caviae

    Nguyen Viet Dung, Yoshiyuki Kamio, Naoki Abe, Jun Kaneko, Kazuo Izaki

    nnual Report of IC 13 217 1990年3月

  32. Purification and properties of β-1,4-xylanase from Aeromonas caviae W-61 査読有り

    D. V. Nguyen, Y. Kamio, N. Abe, J. Kaneko, K. Izaki

    Microbial Utilization of Renewable Resources, 7 77-86 1990年

  33. Purification and Properties of a New Restriction Endonuclease, Mxal, from Myxococcus xanthus F18E 査読有り

    Yoshiko Nomura, Hirokazu Kotani, Keiko Kita, Atsuko Sadaoka, Nobutsugu Hiraoka, Teruya Nakamura, Naoki Abe, Kazuo Izaki

    Agricultural and Biological Chemistry 54 (11) 3011-3012 1990年

    DOI: 10.1271/bbb1961.54.3011  

    ISSN:0002-1369

  34. Antibiotic Produced by Myxococcus xanthus Strain BE44

    MorakotSukchotiratana, Naoki Abe, Kazuo Izaki

    Annual Report of IC Biotech 11 1988年3月

  35. Lytic Enzymes from Myxobacteria

    Naoki Abe, Emi Kanno, Takahiro Konta, Sontana Saengchjan, Lavanaya Kraidej, Tongchai Kampee, Kalee Suwana-Adth, KazuoIzaki

    Annual Report of IC Biotech 10 438 1987年3月

  36. 粘液細菌の分離とその性質 査読有り

    阿部直樹, 渡辺敏彦, 伊崎和夫, 高橋甫

    日本微生物生態学会報 1 (1) 1-7 1986年4月

    出版者・発行元:Japanese Society of Microbial Ecology / The Japanese Society of Soil Microbiology

    DOI: 10.1264/microbes1986.1.1  

    ISSN:0911-7830

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    We developed a method for isolation of Myxobacteria which have a particular bacteriolytic activity on other microorganisms. We collected 77 soil samples from Tohoku District (northern parts of Japan) and obtained 53 purified strains of Myxobacteria using the method. These Myxobacteria showed some interesting properties of producing protease, lytic enzymes and antibiotics.

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MISC 12

  1. 黄色ブドウ球菌二成分性毒素γ‐ヘモリジンのβバレル型膜孔形成機構の解明

    武田慶胤, 田中良和, 阿部直樹, 金子淳

    日本農芸化学会東北支部大会プログラム・講演要旨集 153rd 34 2018年9月22日

  2. 2P-069 好熱性Brevibacillus sp.の生産するオリゴ乳酸分解酵素の性質解明(酵素学,酵素工学,一般講演)

    阿部 直樹, 古川 縁, 佐藤 友彦, 金子 淳, 阿部 敬悦

    日本生物工学会大会講演要旨集 66 124-124 2014年

    出版者・発行元:日本生物工学会

  3. 抗生物質の作用機構及び検出法

    金子淳, 阿部直樹, 神尾好是

    乳業技術 60 57-65 2011年3月

    出版者・発行元:日本乳業技術協会

    ISSN:1341-7878

  4. 16S rRNA遺伝子の多様性とその意義

    阿部直樹

    生物工学会誌 87 (12) 600-600 2009年12月

    出版者・発行元:日本生物工学会

    ISSN:0919-3758

  5. 3S4a02 Paenibacillus sp. W-61の産生するβ-1,4-キシラナーゼの機能、分泌および局在(植物バイオマスの解体資源化技術の最前線,シンポジウム)

    神尾 好是, 渡辺 誠司, 福田 睦, NGUYEN Viet Dung, 岡井 直子, 伊藤 靖子, ROY Narayan, 金子 淳, 阿部 直樹, 冨田 敏夫, 伊藤 義文

    日本生物工学会大会講演要旨集 20 47-47 2008年

    出版者・発行元:日本生物工学会

  6. Recent research progress in the applied microbiology laboratory:enzumes, toxins and cell-envelope structure of environmental and pathogenic bacteria

    Naoki Abe, Yoshifumi Ito, Jun kaneko, Seiji Kojima, Mutumi Fukuda, Kazuteru Yamada

    Tohoku jurnal of agriculture 2008年

  7. 偏性嫌気性菌Selenomonas ruminantiumのポリアミン代謝とS‐アデノシルメチオニン脱炭酸酵素の解析

    矢吹知佳子, 山口良弘, 高塚由美子, 阿部直樹, 神尾好是

    日本農芸化学会大会講演要旨集 2004 267 2004年3月5日

  8. S1003 グラム陰性細菌Aeromonas caviae W-61の分泌型キシラナーゼおよび細胞結合型キシラナーゼ(環境対策技術の最前線,シンポジウム)

    神尾 好是, 冨田 敏夫, 阿部 直樹, Dung Nguyen Viet, 岡井 直子, Narayan Roy, 伊東 靖子

    日本生物工学会大会講演要旨集 14 195-195 2002年

    出版者・発行元:日本生物工学会

  9. ハトムギ種子中に含まれる抗変異原活性に関する研究(第2報) : 食品

    高塚 由美子, 阿部 直樹, 菊地 智子, 忍頂寺 晃嗣, 冨田 敏夫, 神尾 好是

    日本農藝化學會誌 70 195-195 1996年3月5日

    出版者・発行元:社団法人日本農芸化学会

    ISSN:0002-1407

  10. Aeromonas cavia由来のキシラナーゼI遺伝子のクローニング : 酵素

    ヌエン ベト ズン, 阿部 直樹, 金子 淳, 村本 光二, 神尾 好是

    日本農藝化學會誌 69 203-203 1995年7月5日

    出版者・発行元:社団法人日本農芸化学会

    ISSN:0002-1407

  11. Pseudomonas sp. KO-8940の産生するmaltopentaose-forming amylaseに関する研究 : 酵素

    牛木 祐子, 阿部 直樹, 金子 淳, 伊崎 和夫, 伊藤 義文, 神尾 好是

    日本農藝化學會誌 69 15-15 1995年7月5日

    出版者・発行元:社団法人日本農芸化学会

    ISSN:0002-1407

  12. ハトムギ種子中に含まれる抗変異原活性に関する研究 : 食品

    高塚 由美子, 阿部 直樹, 菊池 智子, 忍頂寺 晃嗣, 神尾 好是

    日本農藝化學會誌 69 171-171 1995年7月5日

    出版者・発行元:社団法人日本農芸化学会

    ISSN:0002-1407

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書籍等出版物 5

  1. 農学・生命科学のための学術リテラシー

    阿部直樹, 阿部敬悦

    朝倉書店 2011年8月25日

  2. リサイクル・廃棄物事典

    阿部直樹, 阿部敬悦, 高橋徹

    (株)産業調査会 2011年

  3. 農芸化学に学ぶ〜くらしにいきるバイオサイエンス/バイオテクノロジー〜

    阿部直樹, 神尾好是

    日本農芸化学会CD-ROM版 2006年2月

  4. 微生物の取り扱いと利用・応用技術

    神尾好是, 冨田敏夫, 阿部直樹, 松田英美子, 中村浩平

    株式会社情報機構 2003年5月26日

  5. 小辞典・微生物の手帖

    阿部直樹

    ブルーバックス、講談社 1988年8月

講演・口頭発表等 62

  1. Exploring a molecular switch for beta-barrel pore assembly in the staphylococcal bi-component toxin

    2019 Sakura-Bio Meeting 2019年3月30日

  2. Selemonomas ruminantiumの特異な細胞表層構造構築に関わる遺伝子の探索の試み

    小西亜希, 樋口敬太, 菅英一郎, 五十嵐貴之, 小野寺智子, 金子 淳

    第13回日本ゲノム微生物学会 2019年3月6日

  3. 黄色ブドウ球菌二成分性毒素におけるβバレル型膜孔形成機構の解明

    武田慶胤, 田中良和, 阿部直樹, 金子淳

    日本農芸化学会 東北・北海道合同支部大会 2018年9月23日

  4. 発酵豆乳に使用しているずんき乳酸菌Sn26のアミノ酸代謝について

    共同研究結果報告会 2015年7月9日

  5. ファージ尾部状バクテリオシンを利用したファージ宿主認識の研究

    樋口大祐, 鈴木敦斗, 木村啓太郎, 阿部直樹, 金子淳

    日本農芸化学会2014年度大会 2014年3月28日

  6. ルーメン細菌Selenomonas ruminantium TAM6421株のゲノム解析

    小野寺智子, 阿部直樹, 金子淳, 神尾好是

    日本農芸化学会2013年度大会 2013年3月24日

  7. ポリ乳酸分解酵素PldAの立体構造から見えてきた特徴

    日本農芸化学会2011年度大会 2011年3月28日

  8. Selenomonas ruminantiumにおけるペプチドグリカン結合型カダベリンを介した外膜ーPG間接着機構の解明

    児島征司, 高塚由美子, 阿部直樹, 金子淳, 神尾好是

    日本農芸化学会2011年度大会 2011年3月26日

  9. Brevibacillus sp. 93株由来の可溶性ポリ乳酸分解酵素の遺伝子クローニング

    佐藤友彦, 中川甲斐, 遠藤睦子, 冨田耕右, 阿部直樹

    日本農芸化学会2011年度大会 2011年3月26日

  10. γポリグルタミン酸分解酵素遺伝子を有する納豆菌ファージのゲノム解析

    尾崎達郎, 阿部直樹, 木村啓太郎, 金子淳

    日本農芸化学会2011年度大会 2011年3月26日

  11. Cadaverine covalently linked to the peptidoglycan of Selenomonas ruminantium interacts with the major outer membrane protein Mep45 through the N-terminal SLH domain in the periplasmic space 国際会議

    児島征司, Kyong-Cheol Ko, 阿部直樹, 金子淳, 伊藤義文, 神尾好是

    2010 INTERNATIONAL POLYAMINE CONFERENCE 2010年6月

  12. Paenibacillus sp. W-61のキシラン資化性におけるXyn1, Xyn3の機能解明

    伊東広哉, 福田睦, 加藤陽治, 伊藤義文, 阿部直樹, 阿部敬悦, 神尾好是, 金子淳

    日本農芸化学会2010年度大会 2010年3月28日

  13. キシラン分会細菌Paenibacillus sp. W-61におけるキシラナーゼ遺伝子群の発現を制御する誘導物質と制御機構の解明

    福田睦, 伊藤義文, 阿部直樹, 阿部敬悦, 神尾好是, 金子淳

    日本農芸化学会2010年度大会 2010年3月28日

  14. Selenomonas ruminantiumにおける主要外膜蛋白質Mep45とペプチドグリカン結合型カダベリンとの相互作用の解析

    児島征司, Ko Kyong-CVheol, 阿部直樹, 金子淳, 伊藤義文, 神尾好是

    日本農芸化学会2010年度大会 2010年3月28日

  15. Amycolatopsis sp. K104-1株由来ポリ乳酸分解酵素のX線結晶構造解析

    北村萌, 村山和隆, 玉川英幸, 金子淳, 阿部直樹

    日本農芸化学会2010年度大会 2010年3月28日

  16. Brevibacillus brevis NBRC100599株の産生する生分解性プラスチック’(オリゴ乳酸)分解酵素に関する研究

    中川甲斐, 遠藤睦子, 冨田耕右, 神尾好是, 金子淳, 阿部直樹

    日本農芸化学会2010年度大会 2010年3月28日

  17. 納豆菌のDegS-DegU二成分制御系のDegSの可溶性維持条件の検討

    鈴木由貴, 木村啓太郎, 阿部直樹, 伊藤義文, 金子淳

    日本農芸化学会2010年度大会 2010年3月28日

  18. 生分解性プラスチック(ポリ乳酸)分解酵素の研究ー耐熱性ポリ乳酸分解酵素の精製・栄室解明

    中川甲斐, 遠藤睦子, 冨田耕右, 金子淳, 阿部直樹

    第6回東北大学バイオサイエンスシンポジウム 2009年6月16日

  19. 好熱性細菌Brevibacillus sp. 93株の産生するオリゴ乳酸分解酵素

    阿部直樹, 冨田耕右, 中川甲斐, 伊藤義文

    58回高分子学会年次大会 2009年5月27日

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    新型インフルエンザ騒動で大会は中止になったが、予稿集が平成21年5月12日付で既に発行されているために、「研究発表を行ったものとみなす」との扱いにする(高分子学会)。

  20. S. ruminantium細胞表層構造におけるポリアミン分子種の機能解析

    児島征司, 阿部直樹, 神尾好是, 伊藤義文

    日本農芸化学会2009年度大会 2009年3月28日

  21. 偏性嫌気性細菌S. ruminantium TAM6421における16S リボゾームRNA遺伝子の多様性に関する研究

    宮崎隆雄, 阿部直樹, 金子淳, 伊藤義文

    日本農芸化学会2009年度大会 2009年3月28日

  22. 緑膿菌における新規のスペルミジン、スペルミン代謝経路に関する研究

    東方和也, 清田清正, 船田剛玄, 伊藤義文, 阿部直樹

    日本ポリアミン研究会第23回研究発表会 2009年1月22日

  23. 緑膿菌における2種類のポリアミングルタミルトランスフェラーゼの基質および反応特性の解析

    東方和也, 清田清正, 伏見泰広, 阿部直樹, 伊藤義文

    農芸化学会東北支部代43回大会 2008年10月11日

  24. Selenomonas ruminantiumにおけるポリアミン分子種の生理機能解析

    児島征司, 阿部直樹, 神尾好是, 伊藤義文

    農芸化学会東北支部代43回大会 2008年10月11日

  25. Cell surface location of xylanase 5 and its role in the regulation of the xylanase gene system in Paenibacillus sp. W-61. 国際会議

    福田睦, 金子淳, 阿部直樹, 神尾好是, 伊藤義文

    MIE BIORORUM 2008 2008年9月1日

  26. Paenibacillus sp. W-61の産生するβ-1,4-キシラナーゼの機能、分泌および局在

    神尾好是, 渡辺誠司, 福田睦, Nguyen Viet Dung, 岡井直子, 伊藤靖子, Roy Narayan, 金子淳, 阿部直樹, 冨田敏夫, 伊藤義文

    第60回日本生物工学大会 2008年8月27日

  27. 偏性嫌気性細菌Selenomonas ruminantium TAM6421株の16SリボゾームRNA遺伝子における挿入配列の解析

    宮崎隆雄, 阿部直樹, 伊藤義文

    日本農芸化学会2008年度大会(名古屋) 2008年3月27日

  28. ルーメン偏性嫌気性細菌Selenomonas ruminantium の主要外膜蛋白質Mep45の複合体構造とペプチドグリカンとの相互作用の解析

    児島征司, 阿部直樹, 神尾好是, 伊藤義文

    日本農芸化学会2008年度大会(名古屋) 2008年3月27日

  29. 偏性嫌気性ルーメン細菌Selenomonas ruminantiumの主要膜タンパク質に関する研究

    児島征司, 阿部直樹, 神尾好是, 伊藤義文

    日本農芸化学会東北支部第142回大会 2007年11月10日

  30. 偏性嫌気性ルーメン細菌Selenomonas ruminantium TAM6421株の16SリボゾームRNA遺伝子における挿入配列に関する研究

    宮崎隆雄, 阿部直樹, 伊藤義文

    日本農芸化学会東北支部第142回大会 2007年11月10日

  31. 好熱性細菌 Bacillus brevis 93株の産生するオリゴ乳酸分解酵素の精製・諸性質

    遠藤睦子, SUP, 阿部直樹, 神尾好是, 冨田耕右, 伊藤義文

    日本農芸化学会2007年度大会 2007年3月

  32. 緑膿菌のポリアミン代謝に関与するグルタミル化酵素の解析

    船田剛玄, SUP, 阿部直樹, 神尾好是, 伊藤義文

    日本農芸化学会2007年度大会 2007年3月

  33. ・ Amycolatopsis sp. K104-1株由来ポリ乳酸分解酵素pldB、pldCの遺伝子クローニングと発現系の構築

    玉川 英幸, SUP, 阿部直樹, 松田 英美子, 神尾 好是, 伊藤 義文

    日本農芸化学会2007年度大会 2007年3月

  34. ・ Paenibacillus sp. W-61の菌体表層Xyn5によるキシラナーゼ遺伝子群発現誘導機構

    福田睦, SU, SUP, 渡部誠司, 金子淳, 阿部直樹, 神尾好是, 伊藤義文

    日本農芸化学会2007年度大会 2007年3月

  35. 緑膿菌ポリアミン代謝系の多様性

    船田剛玄, SUP, 阿部直樹, 神尾好是, 伊藤義文

    日本ポリアミン研究会第21回研究発表会 2007年1月

  36. ・ Amycolatopsis sp. K104-1株の生産するポリ乳酸分解酵素群の精製、性質の解明、遺伝子クローニング、遺伝子解析に関する研究

    阿部直樹, SUP, 玉川英幸, 松田英美子, 神尾好是

    日本生物工学会平成18年度大会 2006年9月

  37. アセタン資化に関与するPaenibacillus sp. OTKのラムノシダーゼに関する研究

    阿部直樹, SUP, 春田裕子, 林あい, 神尾好是

    日本農芸化学会2006年度大会 2006年3月

  38. 緑膿菌のポリアミン代謝系に関する研究

    船田剛玄, SUP, 阿部直樹, 神尾好是, 伊藤義文

    日本農芸化学会2006年度大会 2006年3月

  39. 偏性嫌気性細菌Selenomonas ruminantiumにおける新規リポタンパク質の探索

    福田菜央子, SUP, 阿部直樹, 山口良弘, 神尾好是

    日本農芸化学会2006年度大会 2006年3月

  40. Paenibacillus sp. W-61におけるキシラナーゼ5遺伝子の破壊株作成とその諸性質

    福田睦, SU, SUP, 渡部誠司, 金子淳, 阿部直樹, 神尾好是

    日本農芸化学会2006年度大会 2006年3月

  41. ・ Amycolatopsis sp. K104-1株が生産する第二、第三のポリ乳酸分解酵素の精製と性質

    玉川英幸, SUP, 阿部直樹, 松田英美子, 神尾好是

    日本農芸化学会2006年度大会 2006年3月

  42. Pseudomonas aeruginosaのポリアミン代謝系に関する研究

    船田剛玄, SUP, 阿部直樹, 神尾好是, 伊藤義文

    日本ポリアミン研究会第20回研究発表会 2006年1月

  43. ・ Agmatine pathway for putrescine synthesis in Selenomonas ruminantium : Gene

    Phuntip Poonpairoj<SUP, SUP, Shaofu Liao, Naoki Abe, Jun Kaneko, Yoshiyuki Kamio

    日本ポリアミン研究会第20回研究発表会 2006年1月

  44. Purification and characterization of Selenomonas ruminantium arginine decarboxylase and cloning of the gene 国際会議

    Liao, S, Naoki Abe<SU, SUP, Phuntip Poonpairoy, Yoshiyuki Kamio

    International Interdiscriplinary Coference on Vitamins, Coenzymes, and Biofactors 2005 Awaji 2005年11月6日

  45. 持続可能な資源循環型社会をめざして〜生分解性プラスチック・ポリ乳酸分解細菌とその分解機構について〜

    阿部直樹, SUP, 松田英美子, 金子淳, 神尾好是

    第2回東北大学バイオサイエンスシンポジウム 2005年5月16日

  46. アセタン分解に関わるPaenibacillus sp. OTK株由来α-L-ラムノシダーゼの精製と諸性質

    春田裕子, SUP, 阿部直樹, 神尾好是

    日本農芸化学会2005年度大会 2005年3月

  47. 偏性嫌気性細菌Selenomonas ruminantiumのS-アデノシルメチオニン脱炭酸酵素(SAMDC)の精製と性質

    Ko Kyong--cheol<SUP, SUP, 阿部直樹, 矢吹知佳子, 山口良弘, 神尾好是

    日本農芸化学会2005年度大会 2005年3月

  48. ・ 偏性嫌気性細菌Selenomonas ruminantiumのアルギニン脱炭酸酵素遺伝子(adc)のクローニングと発現

    寥紹富, SU, SUP, 阿部直樹, 山口良弘, 高塚由美子, 神尾好是

    日本農芸化学会2005年度大会 2005年3月

  49. 偏性嫌気性細菌Selenomonas ruminantiumのagmatine代謝に関する研究

    Poonpairoj<SU, SUP, 寥紹富, 阿部直樹, 神尾好是

    日本農芸化学会2005年度大会 2005年3月

  50. Amycolatopsis sp. K104-1株由来ポリ乳酸分解酵素遺伝子に関する研究

    松田英美子, SUP, 阿部直樹, 金子淳, 神尾好是

    日本農芸化学会2005年度大会 2005年3月

  51. Microbial Utilization for Recycling of Agricultural Wastes 国際会議

    Naoki Abe<SU, SUP, Emiko Matsuda, Yoshiyuki Kamio

    JSPS-NRCT/DOST/LIPI/VCC Joint Seminar 2004年12月3日

  52. 生分解性プラスチック/ポリ乳酸

    阿部直樹, SUP, 金子 淳, 神尾好是

    アグリビジネス創出フェア 2004年10月14日

  53. Streptomyces lividans PL2株によるAmycolatopsis sp. K104-1株由来ポリ乳酸分解酵素の発現

    松田英美子, SUP, 阿部直樹, 冨田敏夫, 金子淳, 神尾好是

    日本農芸化学会2004年度大会 2004年3月

  54. 偏性嫌気性細菌Selenomonas ruminantiumのポリアミン代謝とS-アデノシルメチオニン脱炭酸酵素の解析

    矢吹千佳子, SUP, 山口良弘, 高塚由美子, 阿部直樹, 神尾好是

    日本農芸化学会2004年度大会 2004年3月

  55. ポリ乳酸分解菌Amycolatopsis sp. K104-1株が産生するポリヒドロキシ酪酸分解酵素

    信田幸大, SUP, 松田英美子, 阿部直樹, 冨田敏夫, 神尾好是

    日本農芸化学会2003年度大会 2003年4月1日

  56. 黄色ブドウ球菌の産出する二成分性血球崩壊毒素の誘導物質の単利、同定

    加藤文紀, SUP, 阿部直樹, 金子淳, 神尾好是

    日本農芸化学会2003年度大会 2003年4月1日

  57. Tropical Bio-resources and Green Chemistry Strategy 国際会議

    Cambodia-Japan Workshop 2002年6月28日

  58. Tropical Bio-resources and Green Chemistry Strategy 国際会議

    Vietnam-Japan Workshop in Hanoi 2002年6月24日

  59. Paenibacillus sp. OTK株のαマンノシダーゼ遺伝子のクローニング、シーケンスと発現

    日本農芸化学会2002年度大会 2002年3月24日

  60. JSPS Seminar 国際会議

    Bio Thailand 2001 2001年11月7日

  61. Microbial treatment and recycling of wastes 国際会議

    Cooperation for project 7 of ICBiotech program 2001年11月6日

  62. 微生物のハンティング、優良菌株をスクリーニングする

    日本農芸化学会市民フォーラム 1993年3月

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産業財産権 1

  1. レバナーゼを用いたバクテリアルセルロースの製造法

    外内尚人, 土田隆康, 吉永文弘, 神尾好是, 阿部直樹

    産業財産権の種類: 特許権

共同研究・競争的資金等の研究課題 12

  1. カット野菜の褐変現象抑制に関する研究 競争的資金

    制度名:Contract Research

    2015年4月 ~ 継続中

  2. もやし製造工程における糸状菌の抑制技術開発の研究 競争的資金

    制度名:Funded Research

    2015年1月 ~ 継続中

  3. 粘液細菌の生産する有用物質に関する研究 競争的資金

    制度名:Basic Science Research on Life Science

    2011年5月 ~ 継続中

  4. Selenomonas ruminantiumのポリアミン代謝 競争的資金

    制度名:The Other Research Programs

    2002年4月 ~ 継続中

  5. アセタン分解酵素の研究 競争的資金

    制度名:The Other Research Programs

    1998年4月 ~ 継続中

  6. ポリ乳酸分解酵素に関する研究 競争的資金

    1998年4月 ~ 継続中

  7. 高脂肪豆乳の酵素処理による有効利用法の開発 競争的資金

    制度名:Contract Research

    2014年4月 ~ 2015年3月

  8. 発酵豆乳用乳酸菌に関する研究 競争的資金

    制度名:Funded Research

    2014年4月 ~ 2015年3月

  9. 細胞外栄養貯蔵物質の合成と分解の制御機構に関する研究

    伊藤 義文, 阿部 直樹, 小笠原 博信, 木村 啓太郎

    提供機関:Japan Society for the Promotion of Science

    制度名:Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    2005年 ~ 2006年

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    ポリグルタミン酸(PGA)は、定常期の栄養欠乏に備えた納豆菌の貯蔵栄養であり、その合成と分解は環境の栄養源に左右される。本研究は、栄養源と細胞密度シグナル伝達系によるPGAの合成と分解に関る遺伝子の発現制御機構の解明を目的とした。以下に研究計画に沿って研究実績を報告する。 1.栄養源によるPGA合成遺伝子の発現制御 PGA合成遺伝子のプロモーターにlacZを連結したPcapB-lacZを作成し、栄養源のPGA合成とPcapB-lacZの発現に及ぼす影響を調べた。グルコースやグルタミン酸はPGA合成を2.5〜3倍促進させ、PcapB-lacZの発現を1/6〜1/2に低下させた。合成原料が不十分なときにPAGの合成が確保するために発現が増強されると解釈される。 2.コーラムセンシングによるPGA合成遺伝子の発現制御 degQ遺伝子及びdegS-degU二成分制御遺伝子がPGAの合成を制御していることを明らかした。合成遺伝子のプロモーターの-720と-660に制御部位があり、そこにDegU蛋白質が結合することをゲルシフト法で実証した。さらに、大腸菌で発現.精製したDegQ、DegS及びDegUを用いて、DegQがDegSの自己リン酸化を促進することを発見した。 3.ywrDの発現制御機構 ywrDとggtはそれぞれエンド型とエキソ型の分解酵素をコードする。前者はグルコースで、後者はグルタミン酸で抑制されることを明らかにした。ggtが合成遺伝子と同様にComQXPA-DegQ-DegS-DegUのシグナル伝達系で制御されることも明らかにした。 4.yvzDの機能解析 yvzDを破壊してもPGAの合成量には変化がなかったが、細胞に結合したPGAの量は顕著に増加していた。この結果から、PGAは一端細胞表層に結合することが明らかとなった。本遺伝子の発現は栄養源の影響を受けなかった。

  10. ステビア発酵液の殺菌物質の同定及び本物質を利用した病原細菌除去技術の開発

    神尾 好是, 阿部 直樹, 金子 淳, 冨田 敏夫, 白石 廣行, 宇賀 俊之

    提供機関:Japan Society for the Promotion of Science

    制度名:Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    研究機関:Tohoku University

    2000年 ~ 2001年

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    本研究者らは新規殺菌物質を探索する目的で、パラグアイ原産のキク科植物、ステビアの熱水抽出物を自然発酵させたステビア発酵液の殺菌作用を検討した。その結果、ステビア発酵液はサルモネラなど食中毒菌に対して強力な殺菌作用を示すが、正常な腸管フローラ保持に有用なビフィズス菌および乳酸菌を殺菌しないことが明らかになった。本展開研究においては、(1)ステビア発酵液の酢酸エチル画分をODSカラムクロマトグラフィ、陰イオン交換カラムクロマトグラフィ、シリカゲル薄層クロマトグラフィによって分画して殺菌活性画分を得た。この画分は1mg/mlの濃度で37℃で1時間、大腸菌に対して作用させると、10^8個/mlの生菌数を10^2個/mlにまで低下させた。この殺菌成分は、可視光に曝露されると暗紫色に変化して殺菌活性を失った。核磁気共鳴法、質量分析法によって構造決定を進めている。(2)子ウシ(60kg)に10^9個のネズミチフス菌を経口投与し、感染の成立を確かめた後に、ステビア発酵液の経口投与(200ml,3回)をおこなった。糞便中のサルモネラ生菌数は10^7個/mlから10^5個/mlへ低下し、サルモネラの腸管組織浸襲を低減した。(3)抗生物質を使用しない豚肉生産を目指して、ステビア発酵液を小豚に投与して生育を検討した。離乳期の子豚20頭を1グループとして、離乳前後42日間、1頭につき1日当たり発酵液5mlを投与した。その結果、下痢の発症率が著しく低下して、発育不全の豚がなくなり、良好な生育が見られた。体重増加が高まり、体重105Kgに達する日数が約1カ月短縮され、筋肉質の体型となった。(4)採卵鶏にステビア発酵液(0.08%)を15日間投与した結果、ブドウ球菌の感染率に有意な低下が見られた。

  11. ステビア発酵液の殺菌作用の解明及びステビア発酵液を利用した病原細菌駆除技術の開発

    神尾 好是, 金子 淳, 阿部 直樹, 冨田 敏夫, 白石 廣行, 佐藤 直彦

    提供機関:Japan Society for the Promotion of Science

    制度名:Grants-in-Aid for Scientific Research

    研究種目:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)

    研究機関:TOHOKU UNIVERSITY

    1998年 ~ 1999年

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    (1)ステビア発酵液に酢酸エチルを添加して酢酸エチル層に殺菌物質を分配し、ODSカラムによる高速液体クロマトグラフィにより分画した。大腸菌に対する殺菌活性を調べた結果、2つの殺菌画分、および、殺菌活性を増強する画分を得た。2つの殺菌画分の内1つは乳酸であった。残り1つの殺菌画分については、ODSカラムクロマトグラフィによって精製した。この物質は、大腸菌に対して4mg/mlの濃度で37℃で1時間作用させると、10^9個/mlの生菌数を10^3個/mlにまで低下させ、お茶の殺菌成分であるカテキンと比較すると格段に強力な殺菌力を示した。この物質は280nmに吸収極大を示し、光によって暗紫色に変化して殺菌活性を失った。現在、NMR、FAB質量分析によって構造決定を進めている。(2)リステリア感染させたマウスにステビア発酵液を経ロ投与して腸管内の菌数測定した結果、ステビア発酵液を投与したマウスでは、糞便1g当たりの菌数が顕著に減少した。サルモネラ感染させた子ウシにおいては、サルモネラの駆除はできなかったものの、腸管におけるサルモネラの菌数及び組織侵襲を低減した。(3)下痢症に罹患した哺乳子ブタ(約200頭)に対してステビア発酵液の経ロ投与をおこなった結果、発症初期の子ブタについては投与後1〜3日の内に下痢症状がなくなり、その後の生育についても良好な成績を得た。(4)ステビア発酵液のブタに対する発育効果を検討する目的で、ステビア発酵液の3ミリリットル相当分を毎日投与した結果、非投与群に比較して体重増加が顕著であり、10頭中半数は6カ月齢で出荷が可能であった。食肉検査場の成績では廃棄臓器がゼロであり、特に肝臓の状態が良好であるとの評価を得た。ステビア発酵液がブタの健康増進及び成長促進効果を示したものと推定される。

  12. 粘液細菌の生産する抗生物質メゴバリシンの作用機構の解明

    阿部 直樹

    1994年 ~ 1994年

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    1.メゴバリシン(Mと略)の調整……(M)生産株Myxococcus sp.YN31株を7日間液体振とう培養し、得られた上清を濃縮後、酢酸エチルで抽出し、シリカゲルTLC、逆相TLC、ODS-HPLCで精製した結果、培養液1リットル当たり200μgの(M)を得ることができた。最終的には50リットルの大量培養を行い、実験に十分な量である10mgの純粋な(M)を得た。 2.大腸菌のリン脂質に対する(M)の影響……(M)の存在下で^<14>C-myristic acidのリン脂質への取り込みが促進された。TLCでリン脂質を分析した結果、PE,PG,CLのすべてにおいて取り込みが増加しており、特にCLでは約2倍の増加が認められた。LPS(lipid A)が欠損するとその埋め合わせでリン脂質の合成が促進されるという報告が他の研究者によってなされており、(M)の作用がlipid Aである可能性を示唆する結果となった。 3.lipid A成分に対する(M)の影響……(M)の存在下で lipid Aを^<14>C-acetateでラベルし、それをTLCで分析した結果、全体の取り込み量には影響が認められなかったが、特異的に増強される成分を見出した。この成分は放射活性では検出できたが、物質としての存在量がごく微量なため、当初の目的である機器分析等の解析が不可能であった。 4.今後の展開……lipid A中間体やそのアナログ化合物の化学合成が既に他の研究者によってなされており、それらを入手することが可能である。従って、(M)によって増強される成分との比較をTLCなどで行い、(M)の構造を推定する予定である。

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社会貢献活動 7

  1. 仙台明治青年大学

    2020年9月16日 ~

  2. 白石市立白川中学校の自主研修見学学習の担当

    2010年10月 ~

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    職場紹介 研究紹介

  3. 白石市立白川中学校の自主研修見学学習の担当

    2009年7月2日 ~

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    1年生8名に対し、研修を行った。

  4. 白石市立白川中学校の自主研修見学学習の担当

    2008年12月18日 ~

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    1年生7名に対し、研修を行った。

  5. 仙台市立桜ヶ丘中学校の職場体験の担当

    2008年11月19日 ~

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    2年生2名に対し、職場体験指導を行った。

  6. 仙台市立上杉山中学校体験学習の担当

    2008年10月22日 ~

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    1年生1名に対し、研究業務について体験指導を行った。

  7. 中学生の「職場体験学習」の担当

    2007年10月17日 ~

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    研究室の業務(培地調製→滅菌操作、機器の保守管理)などの体験学習を指導担当した

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その他 12

  1. 植物由来ワキガ起因菌の増殖抑制物質の探索

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    我が国では、ワキガ症は深刻な悩みとなっている。ワキガの根本的治癒法は、手術による以外に根本的な治療法がない為、制汗デオドラント製品が用いられているが、デオドラント常用による肌荒れや皮膚の異常を訴える人が増えている。被災地でに避難所生活では体臭もストレスの原因となったことであろう。我々は研究協力者の体験から、植物由来の成分にワキガ臭軽減効果を見いだし、それがワキガ起因菌の増殖抑制活性を有することを確認した。本研究は東北地方で収穫できる植物からワキガ起因菌等皮膚細菌の活動をコントロールする天然成分を抽出し、その本体を明らかにすると共に、ワキガ症の根本的抑制デオドラント剤としての開発の可能性を検証する。

  2. 生分解性食品容器包装資材を家庭用簡易型コンポスターで堆肥化するための機能性微生物の開発

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    近年、再生可能な植物資源を原料とする生分解性プラスチック・ポリ乳酸(PLA)の食品容器包装資材への利用が進んでいる。各自治体では生ゴミの減量化や環境に配慮して、生ゴミの家庭での簡易型コンポスターによる堆肥化(生分解)を奨励しているが、PLAを生ゴミと一緒に堆肥化処理した場合、時としてPLAの生分解が不完全で破片が残り、堆肥を有機肥料として再利用する際に妨げとなる問題が指摘されていた。 そこで本課題では、申請者が研究対象としている好熱性PLA分解微生物を簡易型コンポスターに添加することで、PLAを完全に堆肥化することを可能とする機能性微生物の開発を目的とする。

  3. 細胞壁成分を改質した麹を利用する機能性甘酒飲料の開発

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    甘酒は米麹を利用した日本の伝統的栄養飲料であり、近年、市場が拡大しているが、健康機能性を持つ製品は開発されていない。甘酒米麹に使用する麹菌の細胞最外層(細胞壁)には、ヒト免疫応答回避因子である多糖α-1,3-グルカン(AG)が存在し、内側の免疫賦活化作用のある多糖β-1,3-グルカン(BG)を被覆することで、麹菌の免疫賦活化能を弱めている。本申請では、麹菌のAGを甘酒製造工程で酵素消化して低減する技術または、AG合成能欠損変異株を育種・使用する技術を開発し、BGの露出した麹菌菌体を利用した免疫賦活化能のある新たな機能性甘酒を開発する。

  4. バイオリソースとしての粘液細菌株コレクションの構築

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    新奇な生理活性物質の供給源として様々な生物資源が求められている。粘液細菌は可能性を秘めた生物資源の一つとして期待されているが、自然界からの単離が容易でないことから、日本国内において大規模な菌株コレクションを保有している研究機関は存在しない。唯一我々が保有していたコレクションも今回の大震災に伴う長期間の停電で全滅してしまったことから、生物資源としての活用と提供を目的として、粘液細菌株コレクションの再構築と拡充を行う。

  5. 植物由来の抗ワキガ物質に関する研究

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    ワキガ起因菌に抗菌活性を示す植物由来の物質に関する研究

  6. 原子内包フラーレンが生物に及ぼす生理、生化学的影響に関する研究

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    新規な機能性素材として期待される原子内包フラーレンが微生物に及ぼす影響(生育、生理活性、変異原性など)について検討し、得られた研究成果をもとに、原子内包フラーレンのバイオテクノロジー分野における応用の可能性を検討する。

  7. 秋田県央エリア産学官連携促進事業

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    ACE阻害を中心とした抗高血圧因子の探索、機能解析および食品への応用

  8. Selenomanas ruminantiumのべん毛に関する研究

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    Selenomanas ruminantiumのべん毛形成に関する遺伝子の発現制御システムの解明

  9. Selenomonas ruminantiumの全ゲノムシーケンスの決定

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    Selenomonas ruminantiumの全ゲノムシーケンスを決定し、遺伝子(ORF)を明らかにする。

  10. 酵素法によるポリ乳酸リサイクル技術の開発

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    技術課題 1.ポリ乳酸の酵素分解の効率化 2.分解酵素製造コストの削減 3.分解酵素の回収・再利用 技術課題を解決するための研究手法 1.ポリ乳酸酵素分解の複合化 2.菌体表面提示

  11. 生育環境を変化させたマコモの根における色の変化を支配する要因

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    マコモ根のSDS-PAGEによる蛋白質分析を担当

  12. ルーメン細菌の飼料添加物としての利用技術開発

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    本研究室保存のルーメン細菌Selenomonas ruminantiumを飼料添加物に加工し、高性能飼料を開発する。 私は本菌株の最適培養条件等の検討を担当する。

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