顔写真

イシワタ リヨウスケ
石渡 龍輔
Ryosuke Ishiwata
所属
東北メディカル・メガバンク機構 医療情報ICT部門
職名
助教
学位
  • 博士(医学)(東京医科歯科大学)

  • 博士(情報科学)(名古屋大学)

  • 修士(理学)(東京医科歯科大学)

e-Rad 研究者番号
30850648
プロフィール

交通流数理研究会のウェブサーバーおよびウェブページの管理と運営に関わらせていただいております.
http://traffic.phys.cs.is.nagoya-u.ac.jp/~mstf/ 

情報処理安全確保支援士 第024020号

https://riss.ipa.go.jp/r?r=024020

経歴 5

  • 2019年4月 ~ 継続中
    東北大学 東北メディカル・メガバンク機構 助教

  • 2018年4月 ~ 2019年3月
    名古屋大学 大学院情報学研究科 協力研究員

  • 2017年9月 ~ 2018年3月
    名古屋大学 大学院情報学研究科 研究員

  • 2017年4月 ~ 2017年8月
    名古屋大学 大学院情報学研究科 協力研究員

  • 2015年4月 ~ 2017年3月
    名古屋大学 大学院情報科学研究科 協力研究員

学歴 4

  • 名古屋大学 大学院 情報科学研究科 博士課程(後期課程)

    2013年4月 ~ 2016年3月

  • 東京医科歯科大学 大学院 医歯学総合研究科 博士課程

    2006年4月 ~ 2013年3月

  • 東京医科歯科大学 生命情報科学教育部 博士(前期)課程

    2004年4月 ~ 2006年3月

  • 芝浦工業大学 システム工学部 電子情報システム学科

    2000年4月 ~ 2004年3月

所属学協会 1

  • 日本物理学会

研究キーワード 5

  • 計算物理学

  • 応用物理学

  • 非線形物理学

  • 物理生物学

  • 生命情報学

研究分野 1

  • 自然科学一般 / 数理物理、物性基礎 /

受賞 1

  1. 創立者有元史郎記念賞

    2004年3月 芝浦工業大学

論文 26

  1. Association Between Olfactory Test Data with Multiple Levels of Odor Intensity and Suspected Cognitive Impairment: A Cross-Sectional Study. 国際誌 査読有り

    Shuichi Sato, Takao Imaeda, Shunji Mugikura, Naoko Mori, Masaki Takanashi, Kazumi Hayakawa, Tomo Saito, Makiko Taira, Akira Narita, Mana Kogure, Ippei Chiba, Rieko Hatanaka, Kumi Nakaya, Ikumi Kanno, Ryosuke Ishiwata, Tomohiro Nakamura, Ikuko N Motoike, Naoki Nakaya, Seizo Koshiba, Kengo Kinoshita, Shinichi Kuriyama, Soichi Ogishima, Fuji Nagami, Nobuo Fuse, Atsushi Hozawa

    Journal of Alzheimer's disease : JAD 2023年9月11日

    DOI: 10.3233/JAD-230318  

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    BACKGROUND: Olfactory function decline has recently been reported to be associated with a risk of cognitive impairment. Few population-based studies have included younger adults when examining the association between olfactory test data with multiple odor intensities and suspected cognitive impairment. OBJECTIVE: We investigated the association between high-resolution olfactory test data with fewer odors and suspected cognitive impairments. We also examined the differences between older and younger adults in this association. METHODS: The Japanese version of the Montreal Cognitive Assessment (MoCA-J) was administered to 1,450 participants, with three odor-intensity-level olfactometry using six different odors. Logistic regressions to discriminate suspected cognitive impairment were conducted to examine the association, adjusted for age, sex, education duration, and smoking history. Data were collected from the Program by Tohoku University Tohoku Medical Megabank Organization, with an additional olfactory test conducted between 2019 and 2021. RESULTS: We generally observed that the lower the limit of distinguishable odor intensity was, the higher the MoCA-J score was. The combination of spearmint and stuffy socks contributed most to the distinction between suspected and unsuspected cognitive impairment. Furthermore, the association was significant in women aged 60-74 years (adjusted odds ratio 0.881, 95% confidence interval [0.790, 0.983], p = 0.024). CONCLUSIONS: The results indicate an association between the limit of distinguishable odor intensity and cognitive function. The olfactory test with multiple odor intensity levels using fewer odors may be applicable for the early detection of mild cognitive impairment, especially in older women aged 60-74 years.

  2. dbTMM: an integrated database of large-scale cohort, genome and clinical data for the Tohoku Medical Megabank Project. 国際誌

    Soichi Ogishima, Satoshi Nagaie, Satoshi Mizuno, Ryosuke Ishiwata, Keita Iida, Kazuro Shimokawa, Takako Takai-Igarashi, Naoki Nakamura, Sachiko Nagase, Tomohiro Nakamura, Naho Tsuchiya, Naoki Nakaya, Keiko Murakami, Fumihiko Ueno, Tomomi Onuma, Mami Ishikuro, Taku Obara, Shunji Mugikura, Hiroaki Tomita, Akira Uruno, Tomoko Kobayashi, Akito Tsuboi, Shu Tadaka, Fumiki Katsuoka, Akira Narita, Mika Sakurai, Satoshi Makino, Gen Tamiya, Yuichi Aoki, Ritsuko Shimizu, Ikuko N Motoike, Seizo Koshiba, Naoko Minegishi, Kazuki Kumada, Takahiro Nobukuni, Kichiya Suzuki, Inaho Danjoh, Fuji Nagami, Kozo Tanno, Hideki Ohmomo, Koichi Asahi, Atsushi Shimizu, Atsushi Hozawa, Shinichi Kuriyama, Nobuo Fuse, Teiji Tominaga, Shigeo Kure, Nobuo Yaegashi, Kengo Kinoshita, Makoto Sasaki, Hiroshi Tanaka, Masayuki Yamamoto

    Human genome variation 8 (1) 44-44 2021年12月10日

    DOI: 10.1038/s41439-021-00175-5  

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    To reveal gene-environment interactions underlying common diseases and estimate the risk for common diseases, the Tohoku Medical Megabank (TMM) project has conducted prospective cohort studies and genomic and multiomics analyses. To establish an integrated biobank, we developed an integrated database called "dbTMM" that incorporates both the individual cohort/clinical data and the genome/multiomics data of 157,191 participants in the Tohoku Medical Megabank project. To our knowledge, dbTMM is the first database to store individual whole-genome data on a variant-by-variant basis as well as cohort/clinical data for over one hundred thousand participants in a prospective cohort study. dbTMM enables us to stratify our cohort by both genome-wide genetic factors and environmental factors, and it provides a research and development platform that enables prospective analysis of large-scale data from genome cohorts.

  3. Cellular inertia 査読有り

    Ryosuke Ishiwata, Masatomo Iwasa

    Scientific Reports 11 (1) 2021年12月

    出版者・発行元:Springer Science and Business Media LLC

    DOI: 10.1038/s41598-021-02384-y  

    eISSN:2045-2322

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    <title>Abstract</title>It has been experimentally reported that chemotactic cells exhibit cellular memory, that is, a tendency to maintain the migration direction despite changes in the chemoattractant gradient. In this study, we analyzed a phenomenological model assuming the presence of cellular inertia, as well as a response time in motility, resulting in the reproduction of the cellular memory observed in the previous experiments. According to the analysis, the cellular motion is described by the superposition of multiple oscillative functions induced by the multiplication of the oscillative polarity and motility. The cellular intertia generates cellular memory by regulating phase differences between those oscillative functions. By applying the theory to the experimental data, the cellular inertia was estimated at <inline-formula><alternatives><tex-math>$$m=3-6$$</tex-math><mml:math xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"> <mml:mrow> <mml:mi>m</mml:mi> <mml:mo>=</mml:mo> <mml:mn>3</mml:mn> <mml:mo>-</mml:mo> <mml:mn>6</mml:mn> </mml:mrow> </mml:math></alternatives></inline-formula> min. In addition, physiological parameters, such as response time in motility and intracellular processing speed, were also evaluated. The agreement between the experiemental data and theory suggests the possibility of the presence of the response time in motility, which has never been biologically verified and should be explored in the future.

  4. Correlations and responses for a system of n coupled linear oscillators with asymmetric interactions 査読有り

    Ryosuke Ishiwata, Reo Yaguchi, Yuki Sugiyama

    Physical Review E 2020年7月28日

    DOI: 10.1103/PhysRevE.102.012150  

  5. Analysis of dynamically stable patterns in a maze-like corridor using the Wasserstein metric 査読有り

    Ryosuke Ishiwata, Ryota Kinukawa, Yuki Sugiyama

    Scientific Reports 8 (1) 2018年12月1日

    出版者・発行元:Nature Publishing Group

    DOI: 10.1038/s41598-018-24777-2  

    ISSN:2045-2322

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    The two-dimensional optimal velocity (2d-OV) model represents a dissipative system with asymmetric interactions, thus being suitable to reproduce behaviours such as pedestrian dynamics and the collective motion of living organisms. In this study, we found that particles in the 2d-OV model form optimal patterns in a maze-like corridor. Then, we estimated the stability of such patterns using the Wasserstein metric. Furthermore, we mapped these patterns into the Wasserstein metric space and represented them as points in a plane. As a result, we discovered that the stability of the dynamical patterns is strongly affected by the model sensitivity, which controls the motion of each particle. In addition, we verified the existence of two stable macroscopic patterns which were cohesive, stable, and appeared regularly over the time evolution of the model.

  6. 非対称散逸粒子系のN体系の揺動散逸関係 査読有り

    石渡 龍輔, 矢口 令朗, 杉山 雄規

    交通流と自己駆動粒子系シンポジウム論文集 24 2018年

    ISSN:2434-5946

  7. 非対称散逸粒子系の揺動散逸関係の解析 査読有り

    石渡 龍輔, 矢口 令朗, 杉山 雄規

    交通流と自己駆動粒子系シンポジウム論文集 23 2017年

    ISSN:2434-5946

  8. Kantorovich metric を用いた2次元OV粒子の集団流の感応度依存性の解析 査読有り

    石渡 龍輔, 衣川 亮太, 杉山 雄規

    交通流と自己駆動粒子系シンポジウム論文集 22 2016年

    ISSN:2434-5946

  9. Analysis in Kantorovich Geometric Space for Quasi-stable Patterns in 2D-OV Model 査読有り

    Ryosuke Ishiwata, Yuki Sugiyama

    Traffic and Granular Flow '15 427 2016年

    出版者・発行元:Springer International Publishing

    DOI: 10.1007/978-3-319-33482-0_54  

  10. Hopf bifurcation analysis for a dissipative system with asymmetric interaction: Analytical explanation of a specific property of highway traffic 査読有り

    Yasuyuki Nomura, Satoshi Saito, Ryosuke Ishiwata, Yuki Sugiyama

    PHYSICAL REVIEW E 93 (1) 012215 2016年1月

    出版者・発行元:AMER PHYSICAL SOC

    DOI: 10.1103/PhysRevE.93.012215  

    ISSN:1539-3755

    eISSN:1550-2376

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    A dissipative system with asymmetric interaction, the optimal velocity model, shows a Hopf bifurcation concerned with the transition from a homogeneous motion to the formation of a moving cluster, such as the emergence of a traffic jam. We investigate the properties of Hopf bifurcation depending on the particle density, using the dynamical system for the traveling cluster solution of the continuum system derived from the original discrete system of particles. The Hopf bifurcation is revealed as a subcritical one, and the property explains well the specific phenomena in highway traffic: the metastability of jamming transition and the hysteresis effect in the relation of car density and flow rate.

  11. Detection of periodic patterns in microarray data reveals novel oscillating transcripts of biological rhythms in Ciona intestinalis 査読有り

    Hiromi Matsumae, Ryosuke Ishiwata, Toshifumi Minamoto, Norio Ishida, Soichi Ogishima, Hiroshi Tanaka

    Artificial Life and Robotics 20 (4) 347-352 2015年12月

    出版者・発行元:Springer Science and Business Media LLC

    DOI: 10.1007/s10015-015-0237-6  

    ISSN:1433-5298

    eISSN:1614-7456

  12. Flow instability originating from particle configurations using the two-dimensional optimal velocity model 査読有り

    Ryosuke Ishiwata, Yuki Sugiyama

    PHYSICAL REVIEW E 92 (6) 062830 2015年12月

    出版者・発行元:AMER PHYSICAL SOC

    DOI: 10.1103/PhysRevE.92.062830  

    ISSN:1539-3755

    eISSN:1550-2376

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    The two-dimensional optimal velocity model has potential applications to pedestrian dynamics and the collective motion of animals. In this paper, we extend the linear stability analysis presented in a previous paper [A Nakayama et al., Phys. Rev. E. 77, 016105 (2008)] and investigate the effects of particle configuration on the stability of several wave modes of collective oscillations of moving particles. We find that, when a particle moves without interacting with particles that are positioned in a diagonally forward or backward direction, the stable region of the particle flow is completely removed by the elliptically polarized mode.

  13. Extracellular and intracellular factors regulating the migration direction of a chemotactic cell in traveling-wave chemotaxis 査読有り

    R. Ishiwata, M. Iwasa

    PHYSICAL BIOLOGY 12 (2) 026004 2015年4月

    出版者・発行元:IOP PUBLISHING LTD

    DOI: 10.1088/1478-3975/12/2/026004  

    ISSN:1478-3967

    eISSN:1478-3975

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    This report presents a simple model that describes the motion of a single Dictyostelium discoideum cell exposed to a traveling wave of cyclic adenosine monophosphate (cAMP). The model incorporates two types of responses to stimulation by cAMP: the changes in the polarity and motility of the cell. The periodic change in motility is assumed to be induced by periodic cAMP stimulation on the basis of previous experimental studies. Consequently, the net migration of the cell occurs in a particular direction with respect to wave propagation, which explains the migration of D. discoideum cells in aggregation. The wave period and the difference between the two response times are important parameters that determine the direction of migration. The theoretical prediction compared with experiments presented in another study. The transition from the single-cell state of the population of D. discoideum cells to the aggregation state is understood to be a specific example of spontaneous breakage of symmetry in biology.

  14. 16aCW-1 ベキ的長距離相互作用と分数階微分を含む解析力学の関係

    石渡 龍輔, 杉山 雄規

    日本物理学会講演概要集 70 2548-2548 2015年

    出版者・発行元:一般社団法人日本物理学会

    DOI: 10.11316/jpsgaiyo.70.2.0_2548  

    ISSN:2189-079X

  15. 22pPSB-50 時間遅れを含む細胞性粘菌の数理モデル

    石渡 龍輔, 巌佐 正智

    日本物理学会講演概要集 70 3080-3080 2015年

    出版者・発行元:一般社団法人日本物理学会

    DOI: 10.11316/jpsgaiyo.70.1.0_3080  

    ISSN:2189-079X

  16. 迷路内での2次元OV粒子の集団運動のKantorovich Metric を用いた解析 査読有り

    石渡 龍輔, 衣川 亮太, 杉山 雄規

    交通流シミュレーションシンポジウム論文集 20 2014年

    ISSN:2434-5946

  17. The 3rd DBCLS BioHackathon: improving life science data integration with Semantic Web technologies 査読有り

    Toshiaki Katayama, Mark D. Wilkinson, Gos Micklem, Shuichi Kawashima, Atsuko Yamaguchi, Mitsuteru Nakao, Yasunori Yamamoto, Shinobu Okamoto, Kenta Oouchida, Hong-Woo Chun, Jan Aerts, Hammad Afzal, Erick Antezana, Kazuharu Arakawa, Bruno Aranda, Francois Belleau, Jerven Bolleman, Raoul J. P. Bonnal, Brad Chapman, Peter J. A. Cock, Tore Eriksson, Paul M. K. Gordon, Naohisa Goto, Kazuhiro Hayashi, Heiko Horn, Ryosuke Ishiwata, Eli Kaminuma, Arek Kasprzyk, Hideya Kawaji, Nobuhiro Kido, Young Joo Kim, Akira R. Kinjo, Fumikazu Konishi, Kyung-Hoon Kwon, Alberto Labarga, Anna-Lena Lamprecht, Yu Lin, Pierre Lindenbaum, Luke McCarthy, Hideyuki Morita, Katsuhiko Murakami, Koji Nagao, Kozo Nishida, Kunihiro Nishimura, Tatsuya Nishizawa, Soichi Ogishima, Keiichiro Ono, Kazuki Oshita, Keun-Joon Park, Pjotr Prins, Taro L. Saito, Matthias Samwald, Venkata P. Satagopam, Yasumasa Shigemoto, Richard Smith, Andrea Splendiani, Matthias Samwald, Venkata P. Satagopam, Yasumasa Shigemoto, Richard Smith, Andrea Splendiani, Hideaki Sugawara, James Taylor, Rutger A. Vos, David Withers, Chisato Yamasaki, Christian M. Zmasek, Shoko Kawamoto, Kosaku Okubo, Kiyoshi Asai, Toshihisa Takagi

    JOURNAL OF BIOMEDICAL SEMANTICS 4 (1) 6 2013年2月

    出版者・発行元:BIOMED CENTRAL LTD

    DOI: 10.1186/2041-1480-4-6  

    ISSN:2041-1480

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    Background: BioHackathon 2010 was the third in a series of meetings hosted by the Database Center for Life Sciences (DBCLS) in Tokyo, Japan. The overall goal of the BioHackathon series is to improve the quality and accessibility of life science research data on the Web by bringing together representatives from public databases, analytical tool providers, and cyber-infrastructure researchers to jointly tackle important challenges in the area of in silico biological research. Results: The theme of BioHackathon 2010 was the 'Semantic Web', and all attendees gathered with the shared goal of producing Semantic Web data from their respective resources, and/or consuming or interacting those data using their tools and interfaces. We discussed on topics including guidelines for designing semantic data and interoperability of resources. We consequently developed tools and clients for analysis and visualization. Conclusion: We provide a meeting report from BioHackathon 2010, in which we describe the discussions, decisions, and breakthroughs made as we moved towards compliance with Semantic Web technologies - from source provider, through middleware, to the end consumer.

  18. Relationships between power-law long-range interactions and fractional mechanics 査読有り

    Ryosuke Ishiwata, Yuki Sugiyama

    PHYSICA A-STATISTICAL MECHANICS AND ITS APPLICATIONS 391 (23) 5827-5838 2012年12月

    出版者・発行元:ELSEVIER SCIENCE BV

    DOI: 10.1016/j.physa.2012.06.055  

    ISSN:0378-4371

    eISSN:1873-2119

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    We investigate the relationships between models of power-law long-range interactions and mechanics based on fractional derivatives. We present the fractional Lagrangian density which gives the Euler-Lagrange equation that serves as the equation of motion for fractional-power-law long-range interactions. We derive this equation by the fractional variational method. In addition, we derive a Noether-like current from the fractional Lagrangian density. (C) 2012 Elsevier B.V. All rights reserved.

  19. 走化性細胞集団の集合分散転移 査読有り

    巌佐 正智, 石渡 龍輔

    交通流シミュレーションシンポジウム論文集 17 2011年

    ISSN:2434-5946

  20. 2次元OV模型に見られる凝集挙動の解析 査読有り

    石渡 龍輔, 杉山 雄規

    交通流シミュレーションシンポジウム論文集 16 2010年

    ISSN:2434-5946

  21. Instability of Collective Flow in Two-Dimensional Optimal Velocity Model 査読有り

    Ryosuke Ishiwata, Yuki Sugiyama

    NATURAL COMPUTING 2 191-+ 2010年

    出版者・発行元:SPRINGER-VERLAG TOKYO

    DOI: 10.1007/978-4-431-53868-4_22  

    ISSN:1867-2914

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    We investigate the difference of the stability between different packings in the two-dimensional optimal velocity model, analytically. We show the phase diagram, and study the behavior of the flow in hexagonal and square arrangements by numerical simulation.

  22. 新たな経路分析による低酸素の時間的な遺伝子発現解析(Temporal gene expression analysis of hypoxia using novel pathway analysis)

    森岡 勝樹, 石渡 龍輔, 荻島 創一, 大城 聰, 曽根 敏雄, 田中 博

    日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 82回 3T6a-11 2009年9月

    出版者・発行元:(公社)日本生化学会

  23. BioCichlid: central dogma-based 3D visualization system of time-course microarray data on a hierarchical biological network 査読有り

    Ryosuke R. Ishiwata, Masaki S. Morioka, Soichi Ogishima, Hiroshi Tanaka

    BIOINFORMATICS 25 (4) 543-544 2009年2月

    出版者・発行元:OXFORD UNIV PRESS

    DOI: 10.1093/bioinformatics/btp008  

    ISSN:1367-4803

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    BioCichlid is a 3D visualization system of time-course microarray data on molecular networks, aiming at interpretation of gene expression data by transcriptional relationships based on the central dogma with physical and genetic interactions. BioCichlid visualizes both physical (protein) and genetic (regulatory) network layers, and provides animation of time-course gene expression data on the genetic network layer. Transcriptional regulations are represented to bridge the physical network (transcription factors) and genetic network (regulated genes) layers, thus integrating promoter analysis into the pathway mapping. BioCichlid enhances the interpretation of microarray data and allows for revealing the underlying mechanisms causing differential gene expressions.

  24. 構造に依存する2次元OV模型の不安定性の比較 査読有り

    石渡 龍輔, 杉山 雄規

    交通流シミュレーションシンポジウム論文集 15 2009年

    ISSN:2434-5946

  25. ベキ的長距離相互作用系とFractional微分を含む拡張された解析力学の関係 査読有り

    石渡 龍輔, 杉山 雄規

    交通流シミュレーションシンポジウム論文集 14 2008年

    ISSN:2434-5946

  26. 1P574 Mathematical modeling reveals nonlinear mechanism in cytochrome-c induced apoptosis(27. Molecular dynamics simulation,Poster Session,Abstract,Meeting Program of EABS & BSJ 2006)

    Ishiwata Ryosuke, Morioka Masaki, Ogishima Soichi, Tanaka Hiroshi

    生物物理 46 (2) S290 2006年

    出版者・発行元:一般社団法人 日本生物物理学会

    DOI: 10.2142/biophys.46.S290_2  

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MISC 9

  1. 29pAR-8 Swarm Oscillators : 大規模粒子群が形成する非定常パターンの数値解析(29pAR 反応拡散系・振動子系,領域11(物性基礎論・統計力学・流体物理・応用数学・社会経済物理))

    石渡 龍輔, 田辺 光弘, 巌佐 正智

    日本物理学会講演概要集 69 (1) 352-352 2014年3月5日

    出版者・発行元:一般社団法人日本物理学会

    ISSN:1342-8349

  2. 21aJD-6 大規模な走化性粒子集団が形成する巨視的構造の解明(21aJD 領域12,領域11合同生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

    石渡 龍輔, 巌佐 正智

    日本物理学会講演概要集 66 (2) 300-300 2011年8月24日

    出版者・発行元:一般社団法人日本物理学会

    ISSN:1342-8349

  3. 21aJD-7 対称な進行波が生成する勾配駆動型粒子の運動(21aJD 領域12,領域11合同生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

    巌佐 正智, 石渡 龍輔

    日本物理学会講演概要集 66 (2) 301-301 2011年8月24日

    出版者・発行元:一般社団法人日本物理学会

    ISSN:1342-8349

  4. 28aPS-71 OV模型の大偏差統計量(28aPS ポスターセッション,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理))

    石渡 龍輔

    日本物理学会講演概要集 66 (1) 363-363 2011年3月3日

    出版者・発行元:一般社団法人日本物理学会

    ISSN:1342-8349

  5. カタユウレイボヤの概日リズム

    松前ひろみ, 源利文, 花井修二, 大石勝隆, 安住薫, 石渡龍輔, 荻島創一, 田中博, 佐藤矩行, 石田直理雄

    時間生物学 14 (2) 69 2008年10月20日

    ISSN:1348-2025

  6. カタユウレイボヤのcDNAマイクロアレイの数理解析による時計候補遺伝子の抽出

    松前ひろみ, 源利文, 花井修二, 大石勝隆, 安住薫, 石渡龍輔, 荻島創一, 田中博, 佐藤矩行, 石田直理雄

    生化学 1P-0927 2007年

    ISSN:0037-1017

  7. ヒストンH3リジン4番のメチル化及び脱メチル化酵素の分子進化解析

    森岡勝樹, 石渡龍輔, 金子佳之, 荻島創一, 田中博

    日本分子生物学会年会講演要旨集 28th 172 2005年11月25日

  8. アポトーシス誘導因子Cytchrome c放出の数学モデリング

    石渡龍輔, 森岡勝樹, 荻島創一, 鈴木泰博, 田中博

    日本分子生物学会年会講演要旨集 28th 500 2005年11月25日

  9. 化学反応系のモデル化手法について

    石渡龍輔, 鈴木泰博, 田中博

    情報処理学会研究報告数理モデル化と問題解決(MPS) 2005 (37) 1-4 2005年5月10日

    出版者・発行元:一般社団法人情報処理学会

    ISSN:0919-6072

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    近年 分子生物学分野において 多くのモデル研究がなされている.モデル研究の中でも よく知られているものとしては 富田勝等の や の が挙げら れる.この2つの研究は それぞれ「連続系」「離散系」を使用している.ここで言う連続系 は微分方程式系であり 離散系はλ 計算やマルチエージェント等である.これら「連続系」と 「離散系」は 様々な系において似通った振る舞いをするが どちらが化学反応をモデル化す る際に妥当であるかは述べられていない.そこで本研究では 離散系として確率離散系を取り 上げ 「連続系」と「離散系」の相違性を確率論の立場から考え また微小状態と巨視状態の中 間状態で化学反応を正しくモデル化出来るモデル化手法について考える.近年,分子生物学分野において,多くのモデル研究がなされている.モデル研究の中でも よく知られているものとしては,富田勝等の や, の が挙げら れる.この2つの研究は,それぞれ「連続系」「離散系」を使用している.ここで言う連続系 は微分方程式系であり,離散系はλ 計算やマルチエージェント等である.これら「連続系」と 「離散系」は,様々な系において似通った振る舞いをするが,どちらが化学反応をモデル化す る際に妥当であるかは述べられていない.そこで本研究では,離散系として確率離散系を取り 上げ,「連続系」と「離散系」の相違性を確率論の立場から考え,また微小状態と巨視状態の中 間状態で化学反応を正しくモデル化出来るモデル化手法について考える.

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書籍等出版物 1

  1. マイクロアレイデータ統計解析プロトコール 第2章 応用解析編 発現傾向解析 (トレンド解析)

    荻島 創一, 石渡 龍輔, 森岡 勝樹

    羊土社 2008年

講演・口頭発表等 1

  1. Quantitative Analysis for Quasi-Stable Pattern In System Of Optimal Velocity Model. 国際会議 招待有り

    石渡 龍輔

    Joint Annual Meeting of the Japanese Society for Mathematical Biology and the Society for Mathematical Biology 2014年

共同研究・競争的資金等の研究課題 4

  1. 非対称散逸系における補助変数を含むラグランジアンの物理的有効性の検討

    石渡 龍輔

    提供機関:Japan Society for the Promotion of Science

    制度名:Grants-in-Aid for Scientific Research Grant-in-Aid for Research Activity start-up

    研究種目:Grant-in-Aid for Research Activity start-up

    研究機関:Tohoku University

    2019年8月30日 ~ 2021年3月31日

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    自動車、魚、鳥、昆虫などを個体として考えて、集団の性質や運動を考える試みが多くなされ、数理的なモデルも多数提案されている。本研究の大きな目的は、数理的なモデルを用い、魚や鳥などの集団に見られる動的な自己組織化パターンを創発する自己駆動粒子のエネルギーを考察することである。具体的には、非対称相互作用を含む非対称散逸系について補助変数を含むラグランジアンを構成し、得られたラグランジアンが自己駆動する個体のエネルギーとして妥当であるかどうかを調べること、構成した擬似ラグランジアンの幾何学的性質を考察することを目的とした。前段階として非対称散逸系における揺動散逸関係について国際論文誌に成果を報告した。

  2. 自己駆動粒子系の集団流構造に見られる集団構造の安定性の解析 競争的資金

    石渡 龍輔

    2015年 ~ 2016年3月

  3. 理論・実験を統合した細胞性粘菌の集団運動のダイナミクスの研究 競争的資金

    石渡 龍輔

    2014年 ~ 2015年3月

  4. 細胞性粘菌の化学走性機構と集団的協調運動機構の統合的理解に向けて 競争的資金

    石渡 龍輔

    2013年 ~ 2014年3月

担当経験のある科目(授業) 3

  1. 物理学実験 名城大学

  2. 物理学(波動) 愛知工業大学

  3. 物理学(力学) 愛知工業大学