-
博士(理学)(総合研究大学院大学)
-
修士(農学)(名古屋大学)
委員歴 1
-
日本進化学会 代議員
2022年1月 ~ 継続中
所属学協会 3
-
日本遺伝学会
-
日本生態学会
-
日本進化学会
研究キーワード 4
-
遺伝子発現制御の進化
-
遺伝子重複の進化
-
分子進化学
-
比較ゲノム学
研究分野 1
-
ライフサイエンス / 進化生物学 / 分子進化学
論文 63
-
Detection of evolutionary conserved and accelerated genomic regions related to adaptation to thermal niches in <i>Anolis</i> lizards
Fuku Sakamoto, Shunsuke Kanamori, Luis M. Díaz, Antonio Cádiz, Yuu Ishii, Katsushi Yamaguchi, Shuji Shigenobu, Takuro Nakayama, Takashi Makino, Masakado Kawata
Ecology and Evolution 14 (3) 2024年3月7日
出版者・発行元:WileyDOI: 10.1002/ece3.11117
ISSN:2045-7758
eISSN:2045-7758
-
Transcriptomic signatures associated with underlying rapid changes in the early phase brain of bi-directional sex change in <i>Trimma okinawae</i>
Katsunori Tamagawa, Tomoki Sunobe, Takashi Makino, Masakado Kawata
Royal Society Open Science 10 (12) 2023年12月6日
出版者・発行元:The Royal SocietyDOI: 10.1098/rsos.231450
eISSN:2054-5703
-
Genomic adaptive potential to cold environments in the invasive red swamp crayfish
Daiki X. Sato, Yuki Matsuda, Nisikawa Usio, Ryo Funayama, Keiko Nakayama, Takashi Makino
iScience 107267-107267 2023年7月
出版者・発行元:Elsevier BVDOI: 10.1016/j.isci.2023.107267
ISSN:2589-0042
-
RNA-seq analysis to identify genes related to resting egg production of panarctic Daphnia pulex
Natsumi Maruoka, Takashi Makino, Jotaro Urabe
BMC Genomics 24 (1) 2023年5月17日
出版者・発行元:Springer Science and Business Media LLCDOI: 10.1186/s12864-023-09369-3
eISSN:1471-2164
-
Differentially expressed genes associated with body size changes and transposable element insertions between <i>Caenorhabditis elegans</i> and its sister species, <i>C. inopinata</i>.
Kazuma Kawahara, Taruho Inada, Ryusei Tanaka, Mehmet Dayi, Takashi Makino, Shinichi Maruyama, Taisei Kikuchi, Asako Sugimoto, Masakado Kawata
Genome Biology and Evolution 2023年4月18日
出版者・発行元:Oxford University Press (OUP)DOI: 10.1093/gbe/evad063
eISSN:1759-6653
-
Invasions of an obligate asexual daphnid species support the nearly neutral theory
Hajime Ohtsuki, Hirotomo Norimatsu, Takashi Makino, Jotaro Urabe
Scientific Reports 12 (1) 2022年12月
出版者・発行元:Springer Science and Business Media LLCDOI: 10.1038/s41598-022-11218-4
eISSN:2045-2322
-
Transcriptomic heterochrony and completely cleistogamous flower development in the mycoheterotrophic orchid<i>Gastrodia</i>
Kenji Suetsugu, Kenji Fukushima, Takashi Makino, Shuka Ikematsu, Tomoaki Sakamoto, Seisuke Kimura
New Phytologist 237 (1) 323-338 2022年10月17日
出版者・発行元:WileyDOI: 10.1111/nph.18495
ISSN:0028-646X
eISSN:1469-8137
-
Massive expression of cysteine-containing proteins causes abnormal elongation of yeast cells by perturbing the proteasome 国際誌
Shotaro Namba, Hisaaki Kato, Shuji Shigenobu, Takashi Makino, Hisao Moriya
G3 Genes|Genomes|Genetics 12 (6) 2022年4月29日
出版者・発行元:Oxford University Press (OUP)DOI: 10.1093/g3journal/jkac106
eISSN:2160-1836
-
Open reading frame dominance indicates protein-coding potential of RNAs. 国際誌
Yusuke Suenaga, Mamoru Kato, Momoko Nagai, Kazuma Nakatani, Hiroyuki Kogashi, Miho Kobatake, Takashi Makino
EMBO reports e54321 2022年4月19日
-
Capturing hidden regulation based on noise change of gene expression level from single cell RNA-seq in yeast 国際誌
Thoma Itoh, Takashi Makino
Scientific Reports 11 (1) 22547-22547 2021年12月
出版者・発行元:Springer Science and Business Media LLCDOI: 10.1038/s41598-021-01558-y
eISSN:2045-2322
-
Exploring the Loci Responsible for Awn Development in Rice through Comparative Analysis of All AA Genome Species 国際誌
Kanako Bessho-Uehara, Yoshiyuki Yamagata, Tomonori Takashi, Takashi Makino, Hideshi Yasui, Atsushi Yoshimura, Motoyuki Ashikari
Plants 10 (4) 725-725 2021年4月8日
出版者・発行元:MDPI AGeISSN:2223-7747
-
Significant loss of genetic diversity and accumulation of deleterious genetic variation in a critically endangered azalea species, Rhododendron boninense, growing on the Bonin Islands 査読有り
Yuji Isagi, Takashi Makino, Tomoko Hamabata, Ping-Lin Cao, Satoshi Narita, Yoshiteru Komaki, Kazuki Ktuita, Akiyo Naiki, Yoshiaki Kameyama, Toshiaki Kondo, Mayu Shibabayashi
PLANT SPECIES BIOLOGY 35 (3) 166-174 2020年7月
出版者・発行元:WILEYISSN:0913-557X
eISSN:1442-1984
-
Genetic factors for short life span associated with evolution of the loss of flight ability 査読有り
Atsushi Ikemoto, Daiki X. Sato, Takashi Makino, Masakado Kawata
Ecology and Evolution 10 (12) 6020-6029 2020年5月29日
出版者・発行元:WileyDOI: 10.1002/ece3.6342
ISSN:2045-7758
eISSN:2045-7758
-
Sensitivity to gene dosage and gene expression affects genes with copy number variants observed among neuropsychiatric diseases. 国際誌 査読有り
Maria Yamasaki, Takashi Makino, Seik-Soon Khor, Hiromi Toyoda, Taku Miyagawa, Xiaoxi Liu, Hitoshi Kuwabara, Yukiko Kano, Takafumi Shimada, Toshiro Sugiyama, Hisami Nishida, Nagisa Sugaya, Mamoru Tochigi, Takeshi Otowa, Yuji Okazaki, Hisanobu Kaiya, Yoshiya Kawamura, Akinori Miyashita, Ryozo Kuwano, Kiyoto Kasai, Hisashi Tanii, Tsukasa Sasaki, Makoto Honda, Katsushi Tokunaga
BMC medical genomics 13 (1) 55-55 2020年3月29日
DOI: 10.1186/s12920-020-0699-9
-
Accumulation of deleterious mutations in landlocked threespine stickleback populations 査読有り
Yoshida K, Ravinet M, Makino T, Toyoda A, Fujiyama A, Kokita T, Mori S, and Kitano J.
Genome Biology and Evolution 2020年
-
Invasive invertebrates associated with highly duplicated gene content. 査読有り
Makino, T, M. Kawata
Molecular Ecology 28 1652-1663 2019年4月
DOI: 10.1111/mec.15019
-
Endangered island endemic plants have vulnerable genomes. 国際誌 査読有り
Tomoko Hamabata, Gohta Kinoshita, Kazuki Kurita, Ping-Lin Cao, Motomi Ito, Jin Murata, Yoshiteru Komaki, Yuji Isagi, Takashi Makino
Communications biology 2 (244) 244-244 2019年
DOI: 10.1038/s42003-019-0490-7
-
JmjC domain-encoding genes are conserved in highly regenerative metazoans and are associated with planarian whole-body regeneration 査読有り
Cao PL, Kumagai N, Inoue T, Agata K, Makino T
Genome Biology and Evolution 11 (2) 552-564 2019年1月
-
Factors affecting interspecific differences in genetic divergence among populations of Anolis lizards in Cuba 査読有り
Cádiz, A, N. Nagata, L. Díaz, Y. Suzuki-Ohno, L.Echenique-Díaz, H. Akashi, T. Makino, M. Kawata
Zoological Letters 4 21 2018年8月
DOI: 10.1186/s40851-018-0107-x
-
Comparisons of behavioural and TRPA1 heat sensitivities in three sympatric Cuban Anolis lizards 査読有り
Hiroshi D. Akashi, Shigeru Saito, Antonio Cádiz Díaz, Takashi Makino, Makoto Tominaga, Masakado Kawata
Molecular Ecology 27 (9) 2234-2242 2018年5月1日
出版者・発行元:Blackwell Publishing LtdDOI: 10.1111/mec.14572
ISSN:1365-294X 0962-1083
-
Evolution of gustatory receptor gene family provides insights into adaptation to diverse host plants in nymphalid butterflies 査読有り
Suzuki, H. C, K. Ozaki, T. Makino, H. Uchiyama, S. Yajima, M. Kawata
Genome Biology and Evolution 10 1351-1362 2018年5月
DOI: 10.1093/gbe/evy093
-
Elevated proportions of deleterious genetic variation in domestic animals and plants 査読有り
Takashi Makino, Carl-Johan Rubin, Miguel Carneiro, Erik Axelsson, Leif Andersson, Matthew T. Webster
Genome Biology and Evolution 10 (1) 276-290 2018年1月1日
出版者・発行元:Oxford University PressDOI: 10.1093/gbe/evy004
ISSN:1759-6653
-
Inferring evolutionary responses of Anolis carolinensis introduced into the Ogasawara archipelago using whole genome sequence data 査読有り
Satoshi Tamate, Watal M. Iwasaki, Kenneth L. Krysko, Brian J. Camposano, Hideaki Mori, Ryo Funayama, Keiko Nakayama, Takashi Makino, Masakado Kawata
SCIENTIFIC REPORTS 7 (1) 18008 2017年12月
出版者・発行元:NATURE PUBLISHING GROUPDOI: 10.1038/s41598-017-17852-7
ISSN:2045-2322
-
Inference of causative genes for Alzheimer’s disease due to dosage imbalance 査読有り
Sekine M, Makino T
Molecular Biology and Evolution 34 (9) 2396-2407 2017年9月
出版者・発行元:NoneISSN:0737-4038
eISSN:1537-1719
-
HSF1 and HSF3 cooperatively regulate the heat shock response in lizards 査読有り
Ryosuke Takii, Mitsuaki Fujimoto, Yuki Matsuura, Fangxu Wu, Namiko Oshibe, Eiichi Takaki, Arpit Katiyar, Hiroshi Akashi, Takashi Makino, Masakado Kawata, Akira Nakai
PLOS ONE 12 (7) e0180776 2017年7月
出版者・発行元:PUBLIC LIBRARY SCIENCEDOI: 10.1371/journal.pone.0180776
ISSN:1932-6203
-
Factors restricting the range expansion of the invasive green anole Anolis carolinensis on Okinawa Island, Japan 査読有り
Yukari Suzuki-Ohno, Kenjiro Morita, Nobuaki Nagata, Hideaki Mori, Shintaro Abe, Takashi Makino, Masakado Kawata
ECOLOGY AND EVOLUTION 7 (12) 4357-4366 2017年6月
出版者・発行元:WILEYDOI: 10.1002/ece3.3002
ISSN:2045-7758
-
Physiological conditions and genetic controls of phaeomelanin pigmentation in nestling barn swallows 査読有り
Emi Arai, Masaru Hasegawa, Takashi Makino, Akihiko Hagino, Yusuke Sakai, Hajime Ohtsuki, Kazumasa Wakamatsu, Masakado Kawata
BEHAVIORAL ECOLOGY 28 (3) 706-716 2017年5月
出版者・発行元:OXFORD UNIV PRESS INCISSN:1045-2249
eISSN:1465-7279
-
The Effects of CpG Densities around Transcription Start Sites on Sex-Biased Gene Expression in Poecilia reticulata 査読有り
Katsunori Tamagawa, Takashi Makino, Masakado Kawata
GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION 9 (5) 1204-1211 2017年5月
出版者・発行元:OXFORD UNIV PRESSDOI: 10.1093/gbe/evx083
ISSN:1759-6653
-
Different contributions of local- and distant-regulatory changes to transcriptome divergence between stickleback ecotypes 査読有り
Asano Ishikawa, Makoto Kusakabe, Kohta Yoshida, Mark Ravinet, Takashi Makino, Atsushi Toyoda, Asao Fujiyama, Jun Kitano
EVOLUTION 71 (3) 565-581 2017年3月
出版者・発行元:WILEYDOI: 10.1111/evo.13175
ISSN:0014-3820
eISSN:1558-5646
-
Accumulation of Deleterious Mutations on the Neo-Y Chromosome of Japan Sea Stickleback (Gasterosteus nipponicus) 査読有り
Kohta Yoshida, Takashi Makino, Jun Kitano
JOURNAL OF HEREDITY 108 (1) 63-68 2017年1月
出版者・発行元:OXFORD UNIV PRESS INCISSN:0022-1503
eISSN:1465-7333
-
Genetic basis for variation in salinity tolerance between stickleback ecotypes 査読有り
Makoto Kusakabe, Asano Ishikawa, Mark Ravinet, Kohta Yoshida, Takashi Makino, Atsushi Toyoda, Asao Fujiyama, Jun Kitano
MOLECULAR ECOLOGY 26 (1) 304-319 2017年1月
出版者・発行元:WILEY-BLACKWELLDOI: 10.1111/mec.13875
ISSN:0962-1083
eISSN:1365-294X
-
Organ identity specification factor WGE localizes to the histone locus body and regulates histone expression to ensure genomic stability in Drosophila 査読有り
Nao Ozawa, Hirofumi Furuhashi, Keita Masuko, Eriko Numao, Takashi Makino, Tamaki Yano, Shoichiro Kurata
GENES TO CELLS 21 (5) 442-456 2016年5月
出版者・発行元:WILEYDOI: 10.1111/gtc.12354
ISSN:1356-9597
eISSN:1365-2443
-
Differentially expressed genes associated with adaptation to different thermal environments in three sympatric Cuban Anolis lizards 査読有り
Hiroshi D. Akashi, Antonio Cadiz Diaz, Shuji Shigenobu, Takashi Makino, Masakado Kawata
MOLECULAR ECOLOGY 25 (10) 2273-2285 2016年5月
出版者・発行元:WILEY-BLACKWELLDOI: 10.1111/mec.13625
ISSN:0962-1083
eISSN:1365-294X
-
Whole-genome sequencing reveals small genomic regions of introgression in an introduced crater lake population of threespine stickleback 査読有り
Kohta Yoshida, Ryutaro Miyagi, Seiichi Mori, Aya Takahashi, Takashi Makino, Atsushi Toyoda, Asao Fujiyama, Jun Kitano
ECOLOGY AND EVOLUTION 6 (7) 2190-2204 2016年4月
出版者・発行元:WILEY-BLACKWELLDOI: 10.1002/ece3.2047
ISSN:2045-7758
-
Natural selection in a population of Drosophila melanogaster explained by changes in gene expression caused by sequence variation in core promoter regions 査読有り
Mitsuhiko P. Sato, Takashi Makino, Masakado Kawata
BMC EVOLUTIONARY BIOLOGY 16 35 2016年2月
出版者・発行元:BIOMED CENTRAL LTDDOI: 10.1186/s12862-016-0606-3
ISSN:1471-2148
-
Contribution of Nonohnologous Duplicated Genes to High Habitat Variability in Mammals 査読有り
Satoshi C. Tamate, Masakado Kawata, Takashi Makino
MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION 31 (7) 1779-1786 2014年7月
出版者・発行元:OXFORD UNIV PRESSISSN:0737-4038
eISSN:1537-1719
-
Sex Chromosome Turnover Contributes to Genomic Divergence between Incipient Stickleback Species 査読有り
Kohta Yoshida, Takashi Makino, Katsushi Yamaguchi, Shuji Shigenobu, Mitsuyasu Hasebe, Masakado Kawata, Manabu Kume, Seiichi Mori, Catherine L. Peichel, Atsushi Toyoda, Asao Fujiyama, Jun Kitano
PLOS GENETICS 10 (3) e1004223 2014年3月
出版者・発行元:PUBLIC LIBRARY SCIENCEDOI: 10.1371/journal.pgen.1004223
ISSN:1553-7390
eISSN:1553-7404
-
Ohnologs are overrepresented in pathogenic copy number mutations 査読有り
Aoife McLysaght, Takashi Makino, Hannah M. Grayton, Maria Tropeano, Kevin J. Mitchell, Evangelos Vassos, David A. Collier
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 111 (1) 361-366 2014年1月
出版者・発行元:NATL ACAD SCIENCESISSN:0027-8424
-
The neo-sex-chromosome formation drove the evolution of protein-coding sequences and transcriptome in three-spine sticklebacks 査読有り
Kohta Yoshida, Takashi Makino, Katsushi Yamaguchi, Shuji Shigenobu, Mitsuyasu Hasebe, Masakado Kawata, Atsushi Toyoda, Asao Fujiyama, Jun Kitano
GENES & GENETIC SYSTEMS 88 (6) 356-356 2013年12月
出版者・発行元:GENETICS SOC JAPANISSN:1341-7568
eISSN:1880-5779
-
Genome-wide deserts for copy number variation in vertebrates 査読有り
Takashi Makino, Aoife McLysaght, Masakado Kawata
NATURE COMMUNICATIONS 4 2283 2013年8月
出版者・発行元:NATURE PUBLISHING GROUPDOI: 10.1038/ncomms3283
ISSN:2041-1723
-
Relative importance of habitat use, range expansion, and speciation in local species diversity of Anolis lizards in Cuba 査読有り
Antonio Cadiz, Nobuaki Nagata, Masatoshi Katabuchi, Luis M. Diaz, Lazaro M. Echenique-Diaz, Hiroshi D. Akashi, Takashi Makino, Masakado Kawata
ECOSPHERE 4 (7) UNSP 78 2013年7月
出版者・発行元:ECOLOGICAL SOC AMERDOI: 10.1890/ES12-00383.1
ISSN:2150-8925
-
Identification of dosage-sensitive genes in Saccharomyces cerevisiae using the genetic tug-of-war method 査読有り
Koji Makanae, Reiko Kintaka, Takashi Makino, Hiroaki Kitano, Hisao Moriya
GENOME RESEARCH 23 (2) 300-311 2013年2月
出版者・発行元:COLD SPRING HARBOR LAB PRESS, PUBLICATIONS DEPTISSN:1088-9051
-
Positionally biased gene loss after whole genome duplication: Evidence from human, yeast, and plant 査読有り
Takashi Makino, Aoife McLysaght
GENOME RESEARCH 22 (12) 2427-2435 2012年12月
出版者・発行元:COLD SPRING HARBOR LAB PRESS, PUBLICATIONS DEPTISSN:1088-9051
eISSN:1549-5469
-
Habitat variability correlates with duplicate content of drosophila genomes 査読有り
Takashi Makino, Masakado Kawata
Molecular Biology and Evolution 29 (10) 3169-3179 2012年10月
ISSN:0737-4038 1537-1719
-
Evolution of Vertebrate Tissues Driven by Differential Modes of Gene Duplication 査読有り
Satake Masanobu, Kawata Masakado, McLysaght Aoife, Makino Takashi
DNA RESEARCH 19 (4) 305-316 2012年8月
出版者・発行元:OXFORD UNIV PRESSISSN:1340-2838
-
Mammalian X chromosome inactivation evolved as a dosage-compensation mechanism for dosage-sensitive genes on the X chromosome 査読有り
Eugenie Pessia, Takashi Makino, Marc Bailly-Bechet, Aoife McLysaght, Gabriel A. B. Marais
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 109 (14) 5346-5351 2012年4月
出版者・発行元:NATL ACAD SCIENCESISSN:0027-8424
-
Comprehensive Primer Design for Analysis of Population Genetics in Non-Sequenced Organisms 査読有り
Ayumi Tezuka, Noe Matsushima, Yoriko Nemoto, Hiroshi D. Akashi, Masakado Kawata, Takashi Makino
PLOS ONE 7 (2) e32314 2012年2月
出版者・発行元:PUBLIC LIBRARY SCIENCEDOI: 10.1371/journal.pone.0032314
ISSN:1932-6203
-
Divergence in Sex Steroid Hormone Signaling between Sympatric Species of Japanese Threespine Stickleback 査読有り
Jun Kitano, Yui Kawagishi, Seiichi Mori, Catherine L. Peichel, Takashi Makino, Masakado Kawata, Makoto Kusakabe
PLOS ONE 6 (12) e29253 2011年12月
出版者・発行元:PUBLIC LIBRARY SCIENCEDOI: 10.1371/journal.pone.0029253
ISSN:1932-6203
-
Duplicability of self-interacting human genes 査読有り
Asa Perez-Bercoff, Takashi Makino, Aoife McLysaght
BMC EVOLUTIONARY BIOLOGY 10 (160) 2010年5月
出版者・発行元:BIOMED CENTRAL LTDISSN:1471-2148
-
Ohnologs in the human genome are dosage balanced and frequently associated with disease 査読有り
Takashi Makino, Aoife McLysaght
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA 107 (20) 9270-9274 2010年5月
出版者・発行元:NATL ACAD SCIENCESISSN:0027-8424
-
Functional divergence of duplicated genes 査読有り
Makino T, Knowles DG, McLysaght A
Evolution After Gene Duplication (Katharina Dittmar and David Liberles eds) 23-30 2010年
DOI: 10.1002/9780470619902.ch2
-
The complex relationship of gene duplication and essentiality 査読有り
Takashi Makino, Karsten Hokamp, Aoife McLysaght
TRENDS IN GENETICS 25 (4) 152-155 2009年4月
出版者・発行元:ELSEVIER SCIENCE LONDONDOI: 10.1016/j.tig.2009.03.001
ISSN:0168-9525
-
Evolutionary Analyses of Protein Interaction Networks 査読有り
Makino T, McLysaght A
Biological Data Mining in Protein Interaction Network (Xiao-Li Li, See-Kiong Ng eds) 169-181 2009年
DOI: 10.4018/978-1-60566-398-2.ch010
-
The Evolution of Functional Gene Clusters in Eukaryote Genomes 査読有り
Takashi Makino, Aoife McLysaght
EVOLUTIONARY BIOLOGY: CONCEPT, MODELING, AND APPLICATION 185-+ 2009年
出版者・発行元:SPRINGER-VERLAG BERLINDOI: 10.1007/978-3-642-00952-5_11
-
Interacting Gene Clusters and the Evolution of the Vertebrate Immune System (vol 25. pg 1855, 2007) 査読有り
Takashi Makino, Aoife McLysaght
MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION 25 (12) 2771-2771 2008年12月
出版者・発行元:OXFORD UNIV PRESSISSN:0737-4038
-
Evolution of Pacific Ocean and the Sea of Japan populations of the gobiid species, Pterogobius elapoides and Pterogobius zonoleucus, based on molecular and morphological analyses 査読有り
Akihito, Akishinonomiya Fumihito, Yuji Ikeda, Masahiro Aizawa, Takashi Makino, Yumi Umehara, Yoshiaki Kai, Yuriko Nishimoto, Masami Hasegawa, Tetsuji Nakabo, Takashi Gojobori
GENE 427 (1-2) 7-18 2008年12月
出版者・発行元:ELSEVIER SCIENCE BVDOI: 10.1016/j.gene.2008.09.026
ISSN:0378-1119
-
The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts 査読有り
Chisato Yamasaki, Katsuhiko Murakami, Yasuyuki Fujii, Yoshiharu Sato, Erimi Harada, Jun-Ichi Takeda, Takayuki Taniya, Ryuichi Sakate, Shingo Kikugawa, Makoto Shimada, Motohiko Tanino, Kanako O. Koyanagi, Roberto A. Barrero, Craig Gough, Hong-Woo Chun, Takuya Habara, Hideki Hanaoka, Yosuke Hayakawa, Phillip B. Hilton, Yayoi Kaneko, Masako Kanno, Yoshihiro Kawahara, Toshiyuki Kawamura, Akihiro Matsuya, Naoki Nagata, Kensaku Nishikata, Akiko Ogura Noda, Shin Nurimoto, Naomi Saichi, Hiroaki Sakai, Ryoko Sanbonmatsu, Rie Shiba, Mami Suzuki, Kazuhiko Takabayashi, Aiko Takahashi, Takuro Tamura, Masayuki Tanaka, Susumu Tanaka, Fusano Todokoro, Kaori Yamaguchi, Naoyuki Yamamoto, Toshihisa Okido, Jun Mashima, Aki Hashizume, Lihua Jin, Kyung-Bum Lee, Yi-Chueh Lin, Asami Nozaki, Katsunaga Sakai, Masahito Tada, Satoru Miyazaki, Takashi Makino, Hajime Ohyanagi, Naoki Osato, Nobuhiko Tanaka, Yoshiyuki Suzuki, Kazuho Ikeo, Naruya Saitou, Hideaki Sugawara, Claire O'Donovan, Tamara Kulikova, Eleanor Whitfield, Brian Halligan, Mary Shimoyama, Simon Twigger, Kei Yura, Kouichi Kimura, Tomohiro Yasuda, Tetsuo Nishikawa, Yutaka Akiyama, Chie Motono, Yuri Mukai, Hideki Nagasaki, Makiko Suwa, Paul Horton, Reiko Kikuno, Osamu Ohara, Doron Lancet, Eric Eveno, Esther Graudens, Sandrine Imbeaud, Marie Anne Debily, Yoshihide Hayashizaki, Clara Amid, Michael Han, Andreas Osanger, Toshinori Endo, Michael A. Thomas, Mika Hirakawa, Wojciech Makalowski, Mitsuteru Nakao, Nam-Soon Kim, Hyang-Sook Yoo, Sandro J. De Souza, Maria de Fatima Bonaldo, Yoshihito Niimura, Vladimir Kuryshev, Ingo Schupp, Stefan Wiemann, Matthew Bellgard, Masafumi Shionyu, Libin Jia, Danielle Thierry-Mieg, Jean Thierry-Mieg, Lukas Wagner, Qinghua Zhang, Mitiko Go, Shinsei Minoshima, Masafumi Ohtsubo, Kousuke Hanada, Peter Tonellato, Takao Isogai, Ji Zhang, Boris Lenhard, Sangsoo Kim, Zhu Chen, Ursula Hinz, Anne Estreicher, Kenta Nakai, Izabela Makalowska, Winston Hide, Nicola Tiffin, Laurens Wilming, Ranajit Chakraborty, Marcelo Bento Soares, Maria Luisa Chiusano, Yutaka Suzuki, Charles Auffray, Yumi Yamaguchi-Kabata, Takeshi Itoh, Teruyoshi Hishiki, Satoshi Fukuchi, Ken Nishikawa, Sumio Sugano, Nobuo Nomura, Yoshio Tateno, Tadashi Imanishi, Takashi Gojobori
NUCLEIC ACIDS RESEARCH 36 (SI) D793-D799 2008年1月
出版者・発行元:OXFORD UNIV PRESSDOI: 10.1093/nar/gkm999
ISSN:0305-1048
eISSN:1362-4962
-
Evolution of protein-protein interaction network 査読有り
T. Makino, T. Gojobori
Genome Dynamics 3 13-29 2007年
DOI: 10.1159/000107601
ISSN:1660-9263
-
Differential evolutionary rates of duplicated genes in protein interaction network 査読有り
Takashi Makino, Yoshiyuki Suzuki, Takashi Gojobori
GENE 385 57-63 2006年12月
出版者・発行元:ELSEVIER SCIENCE BVDOI: 10.1016/j.gene.2006.06.028
ISSN:0378-1119
-
The evolutionary rate of a protein is influenced by features of the interacting partners 査読有り
T Makino, T Gojobori
MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION 23 (4) 784-789 2006年4月
出版者・発行元:OXFORD UNIV PRESSISSN:0737-4038
-
Integrative annotation of 21,037 human genes validated by full-length cDNA clones 査読有り
T Imanishi, T Itoh, Y Suzuki, C O'Donovan, S Fukuchi, KO Koyanagi, RA Barrero, T Tamura, Y Yamaguchi-Kabata, M Tanino, K Yura, S Miyazaki, K Ikeo, K Homma, A Kasprzyk, T Nishikawa, M Hirakawa, J Thierry-Mieg, D Thierry-Mieg, J Ashurst, LB Jia, M Nakao, MA Thomas, N Mulder, Y Karavidopoulou, LH Jin, S Kim, T Yasuda, B Lenhard, E Eveno, Y Suzuki, C Yamasaki, J Takeda, C Gough, P Hilton, Y Fujii, H Sakai, S Tanaka, C Amid, M Bellgard, MD Bonaldo, H Bono, SK Bromberg, AJ Brookes, E Bruford, P Carninci, C Chelala, C Couillault, SJ de Souza, MA Debily, MD Devignes, Dubchak, I, T Endo, A Estreicher, E Eyras, K Fukami-Kobayash, GR Gopinath, E Graudens, Y Hahn, M Han, ZG Han, K Hanada, H Hanaoka, E Harada, K Hashimoto, U Hinz, M Hirai, T Hishiki, Hopkinson, I, S Imbeaud, H Inoko, A Kanapin, Y Kaneko, T Kasukawa, J Kelso, P Kersey, R Kikuno, K Kimura, B Korn, Kuryshev, V, Makalowska, I, T Makino, S Mano, R Mariage-Samson, J Mashima, H Matsuda, HW Mewes, S Minoshima, K Nagai, H Nagasaki, N Nagata, R Nigam, O Ogasawara, O Ohara, M Ohtsubo, N Okada, T Okido, S Oota, M Ota, T Ota, T Otsuki, D Piatier-Tonneau, A Poustka, SX Ren, N Saitou, K Sakai, S Sakamoto, R Sakate, Schupp, I, F Servant, S Sherry, R Shiba, N Shimizu, M Shimoyama, AJ Simpson, B Soares, C Steward, M Suwa, M Suzuki, A Takahashi, G Tamiya, H Tanaka, T Taylor, JD Terwilliger, P Unneberg, Veeramachaneni, V, S Watanabe, L Wilming, N Yasuda, HS Yoo, M Stodolsky, W Makalowski, M Go, K Nakai, T Takagi, M Kanehisa, Y Sakaki, J Quackenbush, Y Okazaki, Y Hayashizaki, W Hide, R Chakraborty, K Nishikawa, H Sugawara, Y Tateno, Z Chen, M Oishi, P Tonellato, R Apweiler, K Okubo, L Wagner, S Wiemann, RL Strausberg, T Isogai, C Auffray, N Nomura, T Gojobori, S Sugano
PLOS BIOLOGY 2 (6) 856-875 2004年6月
出版者・発行元:PUBLIC LIBRARY SCIENCEDOI: 10.1371/journal.pbio.0020162
ISSN:1545-7885
-
Purification, characterization, and molecular cloning of acidophilic xylanase from Penicillium sp 40 査読有り
T Kimura, J Ito, A Kawano, T Makino, H Kondo, S Karita, K Sakka, K Ohmiya
BIOSCIENCE BIOTECHNOLOGY AND BIOCHEMISTRY 64 (6) 1230-1237 2000年6月
出版者・発行元:TAYLOR & FRANCIS LTDDOI: 10.1271/bbb.64.1230
ISSN:0916-8451
eISSN:1347-6947
-
Analysis of the Promoter Activity of the Taka-Amylase Gene and the Phosphoglycerate Kinase Gene in a Shoyu-koji Mold Aspergillus oryzae KBN616 査読有り
Tetsuya Kimura, Takashi Makino, Takeshi Aburatani, Shuichi Karita, Kazuo Sakka, Kunio Ohmiya
Food Science and Technology Research 6 (1) 44-47 2000年
出版者・発行元:S. Karger AGDOI: 10.3136/fstr.6.44
ISSN:1344-6606
MISC 11
-
脊椎動物における形態進化に関する比較ゲノミクスおよび発生生物学的解析
関谷洸, 宮腰拓, 米井小百合, 阿部玄武, 田中良和, 牧野能士, 田村宏治
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 42nd 2019年
-
ゲノム比較と発生学的手法を用いたアプローチから脊椎動物の形態進化を考察する
関谷洸, 宮腰拓, 米井小百合, 阿部玄武, 田中良和, 牧野能士, 田村宏治
日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 42nd 2019年
-
イトヨの海水適応に必須な遺伝子を遺伝学的視点から探る
日下部 誠, 石川麻乃, Mark Ravinet, 吉田恒太, 牧野能士, 北野潤
月刊海洋 49 (4) 187-195 2017年
-
小笠原諸島に侵入したグリーンアノールの進化的変化の検出と集団ゲノム解析
玉手智史, 森英章, COMPOSANO Brian J., LKRYSKO Kenneth, 舟山亮, 中山啓子, 牧野能士, 河田雅圭
日本生態学会大会講演要旨(Web) 63rd 2016年
-
小笠原諸島に侵入したグリーンアノールの進化的変化の検出と集団ゲノミクス解析
玉手智史, 森英章, KRYSKO Kenneth L., 牧野能士, 河田雅圭
日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web) 17th 2015年
-
ゲノム内の遺伝子重複の進化がもたらす生物の適応力
河田雅圭, 牧野能士
化学と生物 53 (11) 731-733 2015年
出版者・発行元:日本農芸化学会 ; 1962-DOI: 10.1271/kagakutoseibutsu.53.731
ISSN:0453-073X
-
小笠原諸島に侵入したグリーンアノールの進化的変化の検出
玉手智史, 牧野能士, 森英章, KRYSKO Kenneth L., 河田雅圭
日本生態学会大会講演要旨(Web) 61st 2014年
-
重複遺伝子が生み出す生命システムのロバストネス
牧野能士
細胞工学 33 (1) 73-78 2014年
出版者・発行元:学研メディカル秀潤社ISSN:0287-3796
-
生物が持つ遺伝子の数の話
牧野能士
まなびの杜 70 3-4 2014年
-
タンパク質間相互作用がタンパク質分子の進化に与える影響
牧野能士, 五條堀孝
生体の科学 58 (5) 348-351 2007年
出版者・発行元:金原一郎記念医学医療振興財団ISSN:0370-9531
-
ゲノミクスの現状と展望
牧野能士, 五條堀孝
ファルマシア 42 (1) 17-20 2006年
出版者・発行元:公益社団法人日本薬学会ISSN:0014-8601
書籍等出版物 2
-
遺伝学の百科事典 : 継承と多様性の源 = Encyclopedia of genetics : origin of inheritance and diversity
日本遺伝学会
丸善出版 2022年1月
ISBN: 9784621306604
-
ヒトゲノム事典
井ノ上, 逸朗, 今西, 規, 河村, 正二, 斎藤, 成也, 颯田, 葉子, 田嶋, 敦
一色出版 2021年11月
ISBN: 9784910389127
講演・口頭発表等 5
-
Evolutionary approaches to the estimation of deleterious CNVs causing diseases 招待有り
牧野能士
静岡がんセンター 研究所リサーチカンファレンス 2022年12月21日
-
絶滅危惧種の保全優先度評価に向けたゲノム科学的アプローチ 招待有り
牧野能士
水産育種研究会・定例シンポジウム 2022年12月10日
-
希少植物の絶滅危険度はゲノムの情報から読み取ることができる 招待有り
牧野能士
日本生態学会 企画集会 2022年3月
-
RNA-seq解析による希少植物のゲノム診断 招待有り
牧野能士
種生物学会 2021年12月
-
低温環境に適応した侵略種アメリカザリガニのパラロガスゲノミクス
牧野能士
日本進化学会沖縄大会 シンポジウム
共同研究・競争的資金等の研究課題 23
-
ダイズ遺伝子の精密発現調節技術の開発
吉田均(代表)
2023年7月 ~ 2029年3月
-
絶滅に瀕する島嶼陸産貝類の保全に向けた貝食性外来種防除技術の開発
千葉聡(代表)
2024年4月 ~ 2027年3月
-
新たな限界発現系gTOW2.0で解き明かす発現制約メカニズムの全体像
守屋央朗, 牧野能士
2024年4月 ~ 2027年3月
-
シングルセル解析による作物の転写制御システムの解明
内藤 健, 牧野 能士, 川勝 泰二, 黒羽 剛
提供機関:Japan Society for the Promotion of Science
制度名:Grants-in-Aid for Scientific Research
研究種目:Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
研究機関:National Agriculture and Food Research Organization
2023年4月1日 ~ 2026年3月31日
-
刺胞動物エダアシクラゲにおける枝分かれ形成機構の解析
熊野岳, 牧野能士
2023年 ~ 2026年
-
遺伝子近傍保存モジュールによる発現抑制機構の解明と分子育種への利用
吉田 均, 黒羽 剛, 川原 善浩, 牧野 能士
2022年4月1日 ~ 2025年3月31日
-
胴体切断可能な節足動物の再生過程におけるHRJDの機能解明
牧野 能士, 熊野 岳
提供機関:Japan Society for the Promotion of Science
制度名:Grants-in-Aid for Scientific Research
研究種目:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
研究機関:Tohoku University
2021年4月1日 ~ 2025年3月31日
-
連続するアミノ酸(PolyX)が生み出す細胞毒性のメカニズム
守屋 央朗, 牧野 能士, 紀藤 圭治
2022年6月30日 ~ 2024年3月31日
-
アノールトカゲを用いた温度ニッチシフトの進化機構の解明
河田 雅圭, 赤司 寛志, 牧野 能士
提供機関:Japan Society for the Promotion of Science
制度名:Grants-in-Aid for Scientific Research
研究種目:Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
研究機関:Tohoku University
2019年10月7日 ~ 2023年3月31日
-
体サイズの進化に伴って変化する性質と独立な性質:遺伝子改変線虫を用いて
河田 雅圭, 杉本 亜砂子, 牧野 能士, 丸山 真一朗, 横山 潤
提供機関:Japan Society for the Promotion of Science
制度名:Grants-in-Aid for Scientific Research
研究種目:Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
研究機関:Tohoku University
2016年4月1日 ~ 2018年3月31日
-
グッピーにおける雌配偶者選好性の個体間変異と可塑性の進化機構の解明
河田 雅圭, 牧野 能士, 河村 正二, 狩野 賢司
提供機関:Japan Society for the Promotion of Science
制度名:Grants-in-Aid for Scientific Research
研究種目:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
研究機関:Tohoku University
2015年4月1日 ~ 2018年3月31日
-
トゲウオ淡水進出の鍵形質の遺伝基盤
北野 潤, 牧野 能士
提供機関:Japan Society for the Promotion of Science
制度名:Grants-in-Aid for Scientific Research
研究種目:Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
研究機関:National Institute of Genetics
2015年4月1日 ~ 2018年3月31日
-
化学量不均衡を避けるメカニズムの解明
守屋 央朗, 牧野 能士
提供機関:Japan Society for the Promotion of Science
制度名:Grants-in-Aid for Scientific Research
研究種目:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
研究機関:Okayama University
2014年4月1日 ~ 2017年3月31日
-
遺伝子重複と生物の適応力の進化;酵母の進化実験系の確立による検証
河田 雅圭, 牧野 能士
提供機関:Japan Society for the Promotion of Science
制度名:Grants-in-Aid for Scientific Research
研究種目:Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
研究機関:Tohoku University
2014年4月1日 ~ 2016年3月31日
-
新たな気候帯への適応進化機構の解明:半砂漠地帯のキューバアノールトカゲを用いて
河田 雅圭, 牧野 能士, 田村 宏治, 瀧本 岳, 長太 伸章
提供機関:Japan Society for the Promotion of Science
制度名:Grants-in-Aid for Scientific Research
研究種目:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
研究機関:Tohoku University
2013年4月1日 ~ 2016年3月31日
-
山岳氷河の掘削試料から得られた樹木花粉のDNA分析による古森林遺伝学的研究
陶山 佳久, 中澤 文男, 牧野 能士, 松木 悠
提供機関:Japan Society for the Promotion of Science
制度名:Grants-in-Aid for Scientific Research
研究種目:Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
研究機関:Tohoku University
2012年4月1日 ~ 2016年3月31日
-
異種トゲウオ間のゲノム不適合と生殖隔離の分子機構
北野 潤, 牧野 能士
提供機関:Japan Society for the Promotion of Science
制度名:Grants-in-Aid for Scientific Research
研究種目:Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
研究機関:National Institute of Genetics
2011年4月1日 ~ 2016年3月31日
-
分布停滞および拡大に関わる進化的要因:チョウ類を用いての検証
河田 雅圭, 横山 潤, 牧野 能士, 長太 伸章
提供機関:Japan Society for the Promotion of Science
制度名:Grants-in-Aid for Scientific Research
研究種目:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
研究機関:Tohoku University
2012年4月1日 ~ 2015年3月31日
-
遺伝子コピー数変異の野外集団解析による新たな疾病生態学の開拓
河田 雅圭, 牧野 能士
提供機関:Japan Society for the Promotion of Science
制度名:Grants-in-Aid for Scientific Research
研究種目:Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
研究機関:Tohoku University
2012年4月1日 ~ 2014年3月31日
-
酵母の量的均衡遺伝子が作るネットワークの全容解明
守屋 央朗, 牧野 能士
提供機関:Japan Society for the Promotion of Science
制度名:Grants-in-Aid for Scientific Research
研究種目:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
研究機関:Okayama University
2011年4月1日 ~ 2014年3月31日
-
アノールトカゲにおける複合適応形質としての温度適応分化の遺伝的基盤の解明
牧野 能士
2011年4月1日 ~ 2013年3月31日
-
キューバにおけるアノールトカゲの適応形質部位特定とその候補遺伝子探索
河田 雅圭, 牧野 能士, 北野 潤, 田村 宏治, 瀧本 岳, 北野 潤, 田村 宏治
提供機関:Japan Society for the Promotion of Science
制度名:Grants-in-Aid for Scientific Research
研究種目:Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
研究機関:Tohoku University
2010年 ~ 2012年
-
相同組替えがヒト遺伝子に与える有害な影響
牧野 能士
提供機関:Japan Society for the Promotion of Science
制度名:Grants-in-Aid for Scientific Research
研究種目:Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
研究機関:Tohoku University
2010年 ~ 2011年